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Thesis (M.S. in Engineering Science)--Naval Postgraduate School, December 1990. / Thesis Advisor(s): Davis, David S. Second Reader: Walters, D.L. "December 1990." Description based on title screen as viewed on April 1, 2010. DTIC Identifier(s): Infrared Images, Multiplexing, Spectroscopy, Applied Mathematics. Author(s) subject terms: Spectroscopy, Walsh Functions, Sequency Theory, Infrared Imaging. Includes bibliographical references (p. 120-121). Also available in print.

O desenvolvimento embrionário dos membros é um processo complexo e dinâmico. É controlado por diversos genes e diversos mecanismos morfogenéticos, muitos dos quais ainda não estão completamente elucidados. O objetivo deste estudo é identificar as alterações genéticas responsáveis por defeitos de membros em quatro famílias brasileiras. A família 1 apresenta três indivíduos com um espectro extremamente variável de displasia ectodérmica, ectrodactilia e fenda labiopalatina, características da síndrome EEC. O gene TP63 foi analisado por sequenciamento de Sanger e foi descoberta uma variante nunca descrita anteriormente, c.1037C>A (p.Ala346Gly), em heterozigose, segregando com o fenótipo. Mutações no gene TP63 já foram associadas com casos da síndrome EEC. Concluímos que a variante no gene TP63 é a responsável pelo quadro clínico de EEC na família. A família 2 incluiu cinco indivíduos afetados por polegar trifalângico. O fenótipo de um dos indivíduos é mais grave e se caracteriza por, além do polegar trifalângico, pela presença de braço direito grosseiramente curto e deformado com dedos hipoplásicos, pé direito malformado com metatarsos hipoplásicos e orelha direita pequena e protuberante. Estudos de mapeamento gênico com arrays de SNPs revelaram Lod scores sugestivos de ligação com 8 regiões cromossômicas distintas. O sequenciamento massivo em paralelo do exoma com a amostra de um dos afetados, seguida da seleção das variantes presentes nas regiões com Lod scores sugestivos, revelou a presença da variante c.410dupG (p.Gly138Argfs∗43) no gene SALL4, a qual nunca havia sido descrita. Mutações no SALL4 que alteram a matriz de leitura já foram associadas com casos da síndrome de Okihiro, a qual é caracterizada por defeitos radiais de membros e anomalia oftalmológica de Duane. A segregação da variante entre os indivíduos afetados foi confirmada por sequenciamento de Sanger. Concluimos que esta variante é responsável pelo quadro clínico da família, a qual apresenta a síndrome de Okihiro, porém sem a anomalia de Duane. A análise de todos os casos descritos com variantes no gene SALL4 sugere que há uma correlação entre defeitos nos membros inferiores e o tamanho reduzido da proteína truncada SALL4. A família 3 apresenta três indivíduos afetados por sindactilia completa com polidactilia pré-axial nas mãos, classificada como sindactilia do tipo IV. O sequenciamento massivo em paralelo do exoma com as amostras de três indivíduos afetados e dois normais não revelou a presença de qualquer alteração genética candidata a explicar o quadro clínico. O estudo do array-CGH revelou uma duplicação de aproximadamente 97 kb no gene LMBR1 abrangendo a região de enhancer (ZRS) do gene SHH. Duplicações no ZRS já foram identificadas em casos de sindactilia do tipo IV. Concluímos que a duplicação no ZRS é responsável pelo quadro. A revisão da literatura sobre os casos com duplicação dessa região sugere uma correlação entre duplicações com tamanho ao redor de 97 kb e o fenótipo clássico de sindactilia do tipo IV. A família 4 apresenta seis indivíduos afetados por uma síndrome relativamente nova descrita por nossa equipe em 2008, a síndrome de Santos. Essa síndrome é caracterizada por aplasia/hipoplasia fibular e anoniquia/hipoplasia ungueal dentre outros defeitos de membros. O estudo de ligação com array de SNP e marcadores de microssatélites, com posterior cálculo de Lod score, indicou duas regiões no cromossomo 3 como candidatas a conter a alteração genética responsável pelo fenótipo. Análise dos genes presentes nessas regiões indicou o gene WNT7A como o principal candidato. Alterações neste gene já foram associadas com a síndrome de Fuhrmann e a AARRS (Al-Awadi⁄Raas-Rothschild syndrome), de herança recessiva, as quais apresentam fenótipos correlatos aos presentes na síndrome de Santos. O sequenciamento de Sanger deste gene revelou a presença da variante c.934G>A (p.Gly312Ser), não descrita, em homozigose em cinco dos seis indivíduos afetados da família. O sexto indivíduo afetado é heterozigoto e apresenta fenótipo muito menos grave. Não apresenta qualquer defeito fibular e ungueal, característicos da síndrome. Esse é o primeiro relato de um caso de defeitos de membros como resultado da presença de uma variante em heterozigose no gene WNT7A. O sequenciamento massivo em paralelo do exoma foi realizado com as amostras deste indivíduo e de um dos indivíduos afetados. Contudo, nenhuma outra variante se mostrou candidata a explicar o quadro clínico. Concluímos que a síndrome de Santos é o resultado desta mutação no gene WNT7A. Estudos funcionais in situ baseados na atividade da Luciferase estão em andamento para comprovar o efeito deletério desta variante / Limb development is a complex and dynamic process driven by many different genes and morphogenetic mechanisms. Many of them have not been properly clarified yet. The aim of this study is to identify genetic alterations responsible for limb defects in four Brazilian families. Family 1 includes three individuals affected by an extremely variable phenotype of ectrodactyly, ectodermal dysplasia and cleft lip/palate, and other clinical signs of EEC syndrome. The TP63 gene, associated with this condition, was analyzed through Sanger sequencing and a novel variant, c.1037C>A (p.Ala346Gly), was found; the variant segregated in heterozygous state with the EEC phenotype. Mutations in TP63 gene are already known to be associated with EEC syndrome. Due to the extremely variable phenotype presented by the individuals in the family, the possibility of the mutation c.1037C>G being related to acro-dermato-ungual-lacrimal-tooth (ADULT) syndrome and SHFM cannot be ruled out. Family 2 presents five individuals affected by preaxial polydactyly (triphalangeal thumbs). The phenotype of the proband is more severe, being characterized by triphalangeal thumb, with the following manifestations: grossly shortened and deformed forearm, markedly hypoplastic and appendicular thumb and malformed right foot with hypoplastic metatarsals. Linkage studies by SNP-array pointed to suggestive Lod score values in 8 distinct chromosomal regions. Whole exome sequencing with the sample from one affected individual revealed a novel frameshift variant, c.410dupG (p.Gly138Argfs∗43) in the SALL4 gene. Frameshift mutations in the SALL4 were already associated to Okihiro syndrome, which is characterized by radial limb defects and Duane anomaly. The segregation of the variant among the affected individuals was confirmed by Sanger sequencing. We concluded that this variant is the cause of the clinical signs in the family, which was classified as presenting Okihiro syndrome without Duane anomaly. The review of all clinical cases reported with SALL4 variants indicates a possible correlation between the foot malformation and the reduced size of the SALL4 protein. Family 3 has affected individuals with complete hand syndactyly associated to pre-axial polydactyly (syndactyly type IV). Whole exome sequencing was performed with the samples collected from the three affected individuals and two non-affected ones and no pathogenic variant was detected in genes related to limb development segregating with the phenotype. Through array-CGH, nevertheless, a duplication of about 97 kb including the enhancer (ZRS) of the SHH gene was detected. Duplications in ZRS region were already reported in Syndactyly type IV. We concluded that the 97-kb duplication is the cause of the syndactyly type IV in the family. A review of reported cases (including ours) suggested a possible correlation between the duplication with 97 kb size and the classic phenotype of syndactyly type IV. Family 4 has six individuals affected by a new syndrome (Santos syndrome) described by members of our group in 2008, a condition characterized by fibular agenesis/hipoplasia and ungual hypoplasia⁄anonychia, among other limb defects. Linkage study by SNP-array and microsatellite markers was performed and Lod score calculation pointed to two candidate regions on chromosome 3. Search for candidate genes revealed the WNT7A as the best candidate. Mutations in WNT7A gene, in homozygous state, are known to cause two other limb defect syndromes, Fuhrmann syndrome and AARRS (Al-Awadi/Raas-Rothschild syndrome), both presenting similar phenotypes to Santos syndrome. Sanger sequencing showed a novel variant, in homozygous state, c.934G>A (p.Gly312Ser) in the WNT7A gene in five out of six affected individuals. One affected individual, much less severely affected than his relatives, carries the mutation in heterozygous state. He does not present fibular or ungual malformations, characteristic signals of the syndrome; instead, he is the carrier of a complex polydactyly in his left hand. This is the first report about a heterozygous variant in WNT7A gene resulting in limb defect. Whole exome sequencing was performed with the samples from two affected individuals. However, no other variant in candidate gene to explain the limb defects was detected. We concluded that Santos syndrome is caused by a mutation in the WNT7A gene. Functional assays, based on Luciferase activity, are in execution to test the deleterious effect of the c.934G>A variant in the WNT7A gene

A formação de micorrizas arbusculares é um processo regulado geneticamente e envolve alterações da expressão gênica da planta e do fungo. Poucos genes essenciais para o desenvolvimento da simbiose foram identificados até o presente. Para identificar genes possivelmente envolvidos no controle da colonização fúngica intrarradicular, o perfil de seqüências expressas em raízes de cana-de-açúcar colonizadas por Glomus clarum, em condições de baixo e alto fósforo (P), foi avaliado através do seqüenciamento em larga escala de ESTs e hibridização em macroarranjos de cDNAs. Plântulas micropropagadas de cana-de-açúcar foram plantadas em vasos contendo substrato composto por areia:vermiculita (3:1, vol/vol) e adubado com 20 ou 200 mg P kg-1 de substrato e inoculadas com Glomus clarum. A biomassa seca da parte aérea e a taxa de colonização micorrízica das raízes foram avaliadas no momento da colheita que foi feita oito ou doze semanas após o plantio. O RNA poliA foi extraído das raízes e utilizado para a síntese de cDNAs. Neste trabalho, quatro bibliotecas de cDNA e uma biblioteca subtrativa supressiva foram preparadas a partir de cDNAs de raízes de cana-de-açúcar colonizadas por G. clarum. Esta abordagem resultou na identificação de 1,925 ESTs as quais foram agrupadas em 1615 genes supostamente regulados pela micorrização. Estes clones foram analisados por Northern blots eletrônico, e aqueles que foram diferencialmente expressos foram submetidos a hibridização em macroarranjos de cDNAs. Um total de 386 genes foram arranjados em membranas de náilon e sua expressão avaliada por sondas sintetizadas a partir de cDNA extraído de raízes em diferentes condições. Dentre os genes com expressão diferencial significativa estatística em raízes colonizadas por G. clarum, em condições de baixo e alto P, foram detectados genes codificando proteínas putativamente envolvidas na percepção de moléculas sinais (receptor tipo quinase de proteína), transporte de íons (canais de íons), transdução de sinais (quinases de proteína e calmodulina), regulação da transcrição (fatores de transcrição), alterações de parede celular e citoesqueleto (extensina, arabinogalactanas, tubulinas), respostas de defesa e estresse (síntese de fitoalexinas e metalotioneínas), síntese de fitohormônios (nitrilase). Os dados sugerem que a transdução de sinais em MAs se dá através da fosforilação de proteínas e que a indução de respostas anti-oxidantes pode ser importante para o desenvolvimento da simbiose. Da mesma forma, os dados sugerem que a atividade de aspartatoproteases podem ser essenciais para o controle do crescimento fúngico intrarradicular. A caracterização desses genes e seus padrões de expressão em MAs poderá elucidar os mecanismos genéticos envolvidos no controle da simbiose. / The formation of arbuscular mycorrhizae (AM) is a genetically regulated process and involves alteration in both plant and fungus gene expression. Few genes essential for the development of the symbioses have been identified so far. In order to identify genes possible involved in the intraradical fungal colonization control, the profiles of expressed sequences in sugarcane roots colonized roots with Glomus clarum at low or high phosphate (P) conditions were evaluated using large scale EST sequencing and cDNA macroarray hybridization. Sugarcane micropropagated seedlings were planted in pots containing sand:vermiculite (3:1, vol:vol), and fertilized with 20 or 200 mg P kg-1 substrate. Seedlings were inoculated with G. clarum and cultivated under greenhouse conditions for 8 or 12 weeks. After harvesting shoot dry weight and root colonization rates were evaluated. PolyA RNA was extracted from the root tissues and used for cDNA synthesis. In this work, one suppressive subtractive library and four cDNA libraries were synthesized using cDNA from sugarcane roots not-colonized or colonized by G. clarum, at low and high P conditions. This approach resulted in the identification of 1,925 ESTs which were clustered in 1,615 genes. The expression of these genes was evaluated using electronic Northern blots. A total of 386 genes with putative differential expression were spotted into nylon membranes in macroarrays and their expression profiles in roots under different conditions were evaluated using macroarray hybridization. Among the genes with statistically significant differential expression, in roots colonized by G. clarum grown at low or high P conditions, it was detected genes encoding proteins putatively involved in the perception of signal molecules (receptor-like protein kinase), ion transporte (channel-like protein precursor), signal transduction (protein kinases and calmodulin), transcriptional regulation (transcription factor), cell wall and cytoskeleton alterations (extensin, arabinogalactans, and tubulins), defense and stress responses (phythoalexins synthesis and metalothioneins), and phytohormone biosynthesis (nitrilases). Our data suggest that the signal transduction in AM occurs through protein phosphorylation, and that the induction of anti-oxidant responses may be important for the development of the symbioses. Additionally, the data suggest that aspartic-proteases might be essential for the control of intraradical fungal growth. Further characterization of these genes and their expression patterns in AM would contribute to elucidate the genetic mechanisms controlling the symbioses.

A formação de micorrizas arbusculares é um processo regulado geneticamente e envolve alterações da expressão gênica da planta e do fungo. Poucos genes essenciais para o desenvolvimento da simbiose foram identificados até o presente. Para identificar genes possivelmente envolvidos no controle da colonização fúngica intrarradicular, o perfil de seqüências expressas em raízes de cana-de-açúcar colonizadas por Glomus clarum, em condições de baixo e alto fósforo (P), foi avaliado através do seqüenciamento em larga escala de ESTs e hibridização em macroarranjos de cDNAs. Plântulas micropropagadas de cana-de-açúcar foram plantadas em vasos contendo substrato composto por areia:vermiculita (3:1, vol/vol) e adubado com 20 ou 200 mg P kg-1 de substrato e inoculadas com Glomus clarum. A biomassa seca da parte aérea e a taxa de colonização micorrízica das raízes foram avaliadas no momento da colheita que foi feita oito ou doze semanas após o plantio. O RNA poliA foi extraído das raízes e utilizado para a síntese de cDNAs. Neste trabalho, quatro bibliotecas de cDNA e uma biblioteca subtrativa supressiva foram preparadas a partir de cDNAs de raízes de cana-de-açúcar colonizadas por G. clarum. Esta abordagem resultou na identificação de 1,925 ESTs as quais foram agrupadas em 1615 genes supostamente regulados pela micorrização. Estes clones foram analisados por Northern blots eletrônico, e aqueles que foram diferencialmente expressos foram submetidos a hibridização em macroarranjos de cDNAs. Um total de 386 genes foram arranjados em membranas de náilon e sua expressão avaliada por sondas sintetizadas a partir de cDNA extraído de raízes em diferentes condições. Dentre os genes com expressão diferencial significativa estatística em raízes colonizadas por G. clarum, em condições de baixo e alto P, foram detectados genes codificando proteínas putativamente envolvidas na percepção de moléculas sinais (receptor tipo quinase de proteína), transporte de íons (canais de íons), transdução de sinais (quinases de proteína e calmodulina), regulação da transcrição (fatores de transcrição), alterações de parede celular e citoesqueleto (extensina, arabinogalactanas, tubulinas), respostas de defesa e estresse (síntese de fitoalexinas e metalotioneínas), síntese de fitohormônios (nitrilase). Os dados sugerem que a transdução de sinais em MAs se dá através da fosforilação de proteínas e que a indução de respostas anti-oxidantes pode ser importante para o desenvolvimento da simbiose. Da mesma forma, os dados sugerem que a atividade de aspartatoproteases podem ser essenciais para o controle do crescimento fúngico intrarradicular. A caracterização desses genes e seus padrões de expressão em MAs poderá elucidar os mecanismos genéticos envolvidos no controle da simbiose. / The formation of arbuscular mycorrhizae (AM) is a genetically regulated process and involves alteration in both plant and fungus gene expression. Few genes essential for the development of the symbioses have been identified so far. In order to identify genes possible involved in the intraradical fungal colonization control, the profiles of expressed sequences in sugarcane roots colonized roots with Glomus clarum at low or high phosphate (P) conditions were evaluated using large scale EST sequencing and cDNA macroarray hybridization. Sugarcane micropropagated seedlings were planted in pots containing sand:vermiculite (3:1, vol:vol), and fertilized with 20 or 200 mg P kg-1 substrate. Seedlings were inoculated with G. clarum and cultivated under greenhouse conditions for 8 or 12 weeks. After harvesting shoot dry weight and root colonization rates were evaluated. PolyA RNA was extracted from the root tissues and used for cDNA synthesis. In this work, one suppressive subtractive library and four cDNA libraries were synthesized using cDNA from sugarcane roots not-colonized or colonized by G. clarum, at low and high P conditions. This approach resulted in the identification of 1,925 ESTs which were clustered in 1,615 genes. The expression of these genes was evaluated using electronic Northern blots. A total of 386 genes with putative differential expression were spotted into nylon membranes in macroarrays and their expression profiles in roots under different conditions were evaluated using macroarray hybridization. Among the genes with statistically significant differential expression, in roots colonized by G. clarum grown at low or high P conditions, it was detected genes encoding proteins putatively involved in the perception of signal molecules (receptor-like protein kinase), ion transporte (channel-like protein precursor), signal transduction (protein kinases and calmodulin), transcriptional regulation (transcription factor), cell wall and cytoskeleton alterations (extensin, arabinogalactans, and tubulins), defense and stress responses (phythoalexins synthesis and metalothioneins), and phytohormone biosynthesis (nitrilases). Our data suggest that the signal transduction in AM occurs through protein phosphorylation, and that the induction of anti-oxidant responses may be important for the development of the symbioses. Additionally, the data suggest that aspartic-proteases might be essential for the control of intraradical fungal growth. Further characterization of these genes and their expression patterns in AM would contribute to elucidate the genetic mechanisms controlling the symbioses.

Submitted by Andrea Pereira (andrea.pereira@unipampa.edu.br) on 2017-03-10T16:56:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Impressao_Dissertacao_EdimarFonseca_25FEV2016.pdf: 2692896 bytes, checksum: bfd4805973539cfccbdc6740051ddf67 (MD5) / Approved for entry into archive by Andrea Pereira (andrea.pereira@unipampa.edu.br) on 2017-03-10T17:05:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Impressao_Dissertacao_EdimarFonseca_25FEV2016.pdf: 2692896 bytes, checksum: bfd4805973539cfccbdc6740051ddf67 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T17:05:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Impressao_Dissertacao_EdimarFonseca_25FEV2016.pdf: 2692896 bytes, checksum: bfd4805973539cfccbdc6740051ddf67 (MD5) Previous issue date: 2015-12-11 / Este trabalho baseia-se na aplicação de uma Sequência Didática, com o objetivo de significar a aprendizagem dos estudantes do Ensino Médio da modalidade de Educação de Jovens e Adultos (EJA), sobre tópicos de eletricidade. Ela foi desenvolvida em uma escola pública de Caçapava do Sul, RS. A proposta foi desenvolvida em aulas da componente curricular de Física no ano de 2014, em uma turma da totalidade 9 (equivalente ao 3º ano do Ensino Médio Regular). O trabalho foi desenvolvido baseado em estudos de Andragogia, na teoria da Aprendizagem Significativa proposta por Ausubel e orientado pelas diretrizes curriculares para a EJA. A sequência de sete atividades foi desenvolvida de forma a contemplar o estudo de tópicos de eletricidade como Tensão Elétrica, Corrente Elétrica, Potência Elétrica, Energia Elétrica, em onze encontros ou vinte horas/aulas. A primeira atividade busca situar o estudo de eletricidade e suas características através da leitura de texto e a análise de vídeo de situações que envolvem a eletricidade. Na segunda atividade, é proposto o estudo das especificações elétricas apresentadas nos equipamentos eletroeletrônicos e eletrodomésticos, bem como o estudo do significado das unidades elétricas presentes neles. A terceira atividade propõe a construção (experimental) e o estudo do funcionamento de circuitos elétricos e suas características. Na quarta atividade, é proposta a realização de atividades de resolução de problemas que envolvem o uso de unidades de medidas elétricas. A quinta atividade propõe o estudo das características das ligações elétricas em residências, apresentando orientações básicas para o uso correto delas. Na sexta atividade, o aluno tem como tarefa identificar as peças que compõem o chuveiro elétrico e explicar o funcionamento desse eletrodoméstico. Na última atividade, é proposto o cálculo do consumo de energia elétrica em uma residência. Os resultados evidenciam que as atividades propostas na sequência didática têm um bom potencial para o estudo de tópicos de eletricidade, pois ao longo da sua aplicação, os alunos demonstraram habilidades para diferenciar e compreender o funcionamento de circuitos elétricos, assimilar conceitos básicos de eletricidade, entender o cálculo do consumo de energia elétrica e o funcionamento da rede elétrica residencial. O trabalho desenvolvido está sintetizado na produção educacional apresentada no apêndice a esta dissertação e constitui-se de um material de apoio didático direcionado para docentes da educação básica que ministrem o conteúdo de eletricidade. / This work is based on the application of a Didactic Sequence, in order to mean the learning of high school students in adult education (In Brazil, educação de jovens e adultos – EJA) on electricity topics. It was developed in the State School public in Caçapava do Sul. The proposal was applied in Physics classes in 2014, in a “class of nine” (equivalent to senior year on regular High School Education). The study was conducted based on Andragogy studies in the theory of Meaningful Learning by Ausubel and guided by the curriculum lines for adult education. The sequency of seven activities was developed to contemplate the study of electricity topics like Electric Voltage, Electric Current, Electric Power and Energy, to be applied in eleven classes. The first activity seeks to situate the study of the electricity and its features by reading text and video analysis of situations involving electricity. In the second activity is proposed the study of the electrical specifications presented in electronic equipment and appliances, as well as the study of the meanings of electrical units present in them. The third activity is proposing to build an experimental mode of electrical circuit operation and their characteristics. The fourth activity is a propose to carry out problem-solving activities that evolved the use of electrical measure units. The fifth activity is the study of the characteristics of the electrical wiring in homes, with basic guidelines for the correct use of them. In the sixth activity the student has the task of identifying the component parts of the electric shower and explains the operation when it’s in use. In the last activity of the sequence is based on the calculation of electricity consumption in a residence. The results show that the activities proposed in the didactic sentence present a good potential for the study of electricity topics because throughout their application, students demonstrated improved skills to differentiate and understand the functioning of electrical circuits, assimilate the basic concepts of electricity and understand calculating the power consumption and operation of residential grid. The developed work is summarized in educational production presented in the appendix to this thesis and consists of a didactic support material directed to teachers of elementary, high school and adult education where the teaching of electrics is presented.

O Epstein-Barr vírus (EBV) é a única espécie humana pertencente ao gênero Lymphocryptovirus. A transmissão ocorre através da saliva contaminada e geralmente ainda na infância. Nosso estudo analisou 165 amostras clínicas de pacientes, portadores de HIV, em tratamento com antiretrovirais, atendidos no Sistema Hospitalar do Sistema Penitenciário do Estado de São Paulo. Nosso enfoque foi pesquisar o EBV nas células mononucleares do sangue periférico, através das técnicas de PCR, Nested-PCR e seqüenciamento de nucleotídeos. Os resultados obtidos, indicaram que 11,51% (19) das amostras analisadas, apresentaram-se positivas para o EBV. Essas 19 amostras, foram seqüenciadas com primers específicos para a região da EBNA-1 (Epstein Barr Nuclear Antigen 1). As amostras foram alinhadas com o auxílio do DNASTAR. Ao alinharmos as amostras, encontramos uma troca de base (de G para A) em 7 amostras e essa troca não alterou a conformação da proteína EBNA-1. Na análise filogenética de nossas sequências com as depositadas no GenBank, foi possível observar dois grupos, que representam tipo 1 e o tipo 2 do EBV. 100% das amostras estudadas por nós foram identificadas como pertencentes ao grupo que caracteriza o tipo 2. Sendo assim, as 7 amostras que apresentaram a troca sugerem a origem um novo subtipo. / The Epstein-Barr Virus (EBV) is the only species to the genus Lymphocriptovirus that infects humans. One of the possible route for its transmission thought by contamined saliva and usually occurs in the childhood. This study analysed 165 clinical samples from HIV infected patients, treated by HARRT, attended in the Hospitalar System in the Penitentiary System from Sao Paulo State. The aim of this study was to search EBV in peripheral blood mononuclear cells by PCR, Nested-PCR and sequencing analysis. The results showed 11,51% of the analysed samples, positive for EBV. This samples, was sequenced with specifics primers from the EBNA-1 (Epstein Barr Nuclear Antigen 1) region. The samples were aligned by DNASTAR program. The aligned sequences showed the base conversion G to A in seven samples. This conversion caused no alteration in the EBNA-1 protein conformation. In the phylogenetic analysis the studied sequences with the sequences from GenBank was possible to observe two groups represented with type 1 and type 2 from EBV. 100% the samples studied was identified with the group characterized by the type 2 to EBV. So the seven samples showed the conversion, suggesting the origin of the one new subtype.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-10-31T16:24:50Z No. of bitstreams: 1 2016 - Fernanda Lessa Pereira.pdf: 5142376 bytes, checksum: f5e9e29e4465c1e4afbbb76f8bae823f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-31T16:24:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Fernanda Lessa Pereira.pdf: 5142376 bytes, checksum: f5e9e29e4465c1e4afbbb76f8bae823f (MD5) Previous issue date: 2016-12-06 / CAPES / This research is guided through an observed situation that many students from Young and Adults Education (EJA) classes have a limitated dominium of the habilities using of punctuation signals used in the textual productions in a variety of genders. There is as an objetive, by means od the didactic sequencial aplication, make these learners become proficientes in the writing production and in the using of the many diversificated graphic punctuation signals. Itis also intention of this research to discuss about the language teaching in EJA, presenting the teoric structure about textual genders, mainly the midiactic gender of newspaper report, to the aimed-public composed by 161 and 162 classes, belonged to the two last classes from the fundamental teaching in a not seriated way that is offered to young and adults students registeredin EJA modality. The place where this research happened is Leonel de Moura Brizola Ciep, that has as an adress Brasil Avenue, 8.666, most precisally in front of the famous Ramos?s Large Swimming Pool. It was noticed by the reseacher-teacher that these Young and adullts students registered in the both classes have a lot to contribute as protagonists of the newspaper reports that tackeled spot questions, according to their point of views, residents that cohabit and that know as nobody else the problematic that they face in their day-by-day. The aplication of this research becomes relevant for the garantee of a kind of learning that explores the social use of language, contributing to the, in school and extraschool activities, our students could be prepared to make the adapted use of the many types of punctuation signals, with an expected competence of a student that concludes a fundamental teaching. Considering this, as teoric support, the research is based in theoretician such as Dolz, Noverraz e Schneuwly (2004); Kleiman (2006); Soares (2004); Marcuschi (2008, 2010); Loch (2009); Koch (2014); Mollica (2009); Rojo (2012); Freire (1996); Paiva (2009), referred documents, such as PCN (1998; 2001), Curriculars Orientations (2010) and Norteating Documents of PEJA (2016). Somewhere else, it is the punctuation graphic signals apropriation, this research presented the right prescrition to the using of punctuation signals fixxed by the gramaticians Azeredo (2008), Cintra e Cunha (2001). So, it treats about a qualitative research approach with a sociointeracionist focus, allied to an action-research based in Thiollent (2011). In relation to the results of this research by means of newspaper report, it is possible to assert that the choice in teaching ponctuation by means of newspaper report it made the participants councius about the gramatical and textual problems that round their lives and that hinder them of using the so powerful existent tool: the writing. There were productions that have the condiction to become better, but that are effort of the ones that still have the will in learning and having employeement oportunities, that ask a good dominium of writing. Of course, they cannot be compared to a newspaper report model, but they already show that the structure was assimilated, even than they had stayed above of expected. They are, in fact, embrionary texts, that have not comtemplated all the possibilities proposed by the choosen gender, but that urges for a new way of work with classes that compose the so single EJA modality. / RESUMO: Esta pesquisa se pauta na situa??o observada de que muitos alunos de turmas de Educa??o de Jovens e Adultos (EJA) t?m um dom?nio limitado das habilidades de uso de sinais de pontua??o nas produ??es de textos de variados g?neros. Objetiva-se, por meio da aplica??o de uma sequ?ncia did?tica, fazer esses aprendizes proficientes na produ??o escrita e na utiliza??o dos mais diversos sinais gr?ficos de pontua??o. ? tamb?m inten??o desta pesquisa discutir acerca do ensino da l?ngua na EJA, apresentando o arcabou?o te?rico sobre g?neros textuais, principalmente o g?nero midi?tico reportagem, ao p?blico-alvo composto pelas turmas 161 e 162, correspondem ?s duas ?ltimas s?ries do ensino fundamental de um ensino n?o seriado ofertado a jovens e adultos matriculados na modalidade de EJA. O local desta pesquisa ? o Ciep Leonel de Moura Brizola, que fica na Avenida Brasil, 8.666, precisamente em frente ao famoso Piscin?o de Ramos. Foi percebido pela professora-pesquisadora que esses jovens e adultos matriculados nas duas turmas t?m muito a contribuir como protagonistas da produ??o de reportagens que abordassem quest?es locais, segundo o ponto de vista deles, moradores que convivem e que sabem como ningu?m as problem?ticas que enfrentam em seu dia a dia. A aplica??o dessa pesquisa torna-se relevante para a garantia de uma aprendizagem que explore o uso social da l?ngua, contribuindo para que, em atividades escolares e extraescolares, nosso alunado esteja apto a fazer adequado uso dos mais diferentes tipos de sinais de pontua??o, com a compet?ncia esperada de um concluinte do ensino fundamental. Para isso, como embasamento te?rico, a pesquisa ? pautada em estudiosos como Dolz, Noverraz e Schneuwly (2004); Kleiman (2006); Soares (2004); Marcuschi (2008, 2010); Loch (2009); Koch (2014); Mollica (2009); Rojo (2012); Freire (1996); Paiva (2009), al?m de documentos de refer?ncia, tais como PCN (1998;2001), Orienta??es Curriculares (2010) e Documentos Norteadores do PEJA (2016). Outrossim, como o foco ? a apropria??o dos sinais gr?ficos de pontua??o, esta pesquisa apresentou as prescri??es para o adequado emprego dos sinais de pontua??o elaboradas pelos gram?ticos Azeredo (2008), Cintra e Cunha (2001). Trata-se de uma pesquisa qualitativa de abordagem sociointeracionista do ensino da l?ngua, aliada ? metodologia de pesquisa-a??o de Thiollent (2011). No que diz respeito aos resultados desta pesquisa, ? poss?vel afirmar que a escolha de ensinar pontua??o por meio do g?nero reportagem levou os participantes ? conscientiza??o dos muitos problemas gramaticais e textuais que os cercam e que os impedem de usar a t?o poderosa ferramenta existente: a escrita. Foram produ??es que t?m muito a melhorar, mas que s?o fruto dos que ainda t?m muita vontade de aprender e de ter oportunidades de emprego, que exigem o bom dom?nio da escrita. Nem se comparam ao que se pode chamar de uma reportagem modelar, entretanto j? mostram que a estrutura foi assimilada, embora tenham ficado, em sua maioria, aqu?m do esperado. S?o, portanto, textos embrion?rios, que n?o contemplaram todas as possibilidades proporcionadas pelo g?nero escolhido, mas que urgem para uma nova forma de trabalho com turmas que comp?em a t?o singular modalidade de EJA.

O Epstein-Barr vírus (EBV) é a única espécie humana pertencente ao gênero Lymphocryptovirus. A transmissão ocorre através da saliva contaminada e geralmente ainda na infância. Nosso estudo analisou 165 amostras clínicas de pacientes, portadores de HIV, em tratamento com antiretrovirais, atendidos no Sistema Hospitalar do Sistema Penitenciário do Estado de São Paulo. Nosso enfoque foi pesquisar o EBV nas células mononucleares do sangue periférico, através das técnicas de PCR, Nested-PCR e seqüenciamento de nucleotídeos. Os resultados obtidos, indicaram que 11,51% (19) das amostras analisadas, apresentaram-se positivas para o EBV. Essas 19 amostras, foram seqüenciadas com primers específicos para a região da EBNA-1 (Epstein Barr Nuclear Antigen 1). As amostras foram alinhadas com o auxílio do DNASTAR. Ao alinharmos as amostras, encontramos uma troca de base (de G para A) em 7 amostras e essa troca não alterou a conformação da proteína EBNA-1. Na análise filogenética de nossas sequências com as depositadas no GenBank, foi possível observar dois grupos, que representam tipo 1 e o tipo 2 do EBV. 100% das amostras estudadas por nós foram identificadas como pertencentes ao grupo que caracteriza o tipo 2. Sendo assim, as 7 amostras que apresentaram a troca sugerem a origem um novo subtipo. / The Epstein-Barr Virus (EBV) is the only species to the genus Lymphocriptovirus that infects humans. One of the possible route for its transmission thought by contamined saliva and usually occurs in the childhood. This study analysed 165 clinical samples from HIV infected patients, treated by HARRT, attended in the Hospitalar System in the Penitentiary System from Sao Paulo State. The aim of this study was to search EBV in peripheral blood mononuclear cells by PCR, Nested-PCR and sequencing analysis. The results showed 11,51% of the analysed samples, positive for EBV. This samples, was sequenced with specifics primers from the EBNA-1 (Epstein Barr Nuclear Antigen 1) region. The samples were aligned by DNASTAR program. The aligned sequences showed the base conversion G to A in seven samples. This conversion caused no alteration in the EBNA-1 protein conformation. In the phylogenetic analysis the studied sequences with the sequences from GenBank was possible to observe two groups represented with type 1 and type 2 from EBV. 100% the samples studied was identified with the group characterized by the type 2 to EBV. So the seven samples showed the conversion, suggesting the origin of the one new subtype.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Taking in consideration studies in writing as a procedural activity, in which the text needs to go through revision stages until its completion, and since school is a propitious environment for the training of readers and the development of written skills, there is a need for a deepening of the discussions about these topics in the school environment. From this study, a work was carried out with a group on the 6th grade at the elementary school Esperidião Monteiro , a State School located in the city of Santo Amaro das Brotas, Sergipe. For that, the fable textual genre was privileged, from which issues related to reading, comprehension and writing were worked out in a textual-interactive perspective of language. Methodologically, a structured didactic sequence was applied from texts of tales, involving activities of reading, comprehension and procedural writing. From a conceptual point of view, authors like Marcuschi (2008) and his studies on textual genres which have gained prominence; Passarelli (2012), about the reflections on writing as a process; Koch and Elias (2014, 2017), with studies in the area of reading, comprehension and text production; Suassuna (2011), with studies about evaluation and rewriting of school texts; Antunes (2014, 2016, 2017), with reflections on textual and teaching practices in Portuguese classes; Soares (2008), and her studies about production and textual revision; Ruiz (2015) and her reflections on correction of essays in school; among other authors. The analysis of the application showed that students broadened their discursive skills in several points, such as: the recognition of the fable as a textual genre as well as its social function; the development of a critical reflection on the theme presented in the texts; and the appropriation of procedures of planning, writing and text review. / A par de estudos que abordam a escrita como uma atividade processual, em que o texto precisa passar por etapas de revisão até a sua finalização, e sendo a escola um ambiente profícuo à formação de leitores e ao desenvolvimento da habilidade escrita, urge a necessidade de um aprofundamento das discussões acerca desses temas no ambiente escolar. A partir dessa vertente de estudo, foi realizado um trabalho com uma turma de 6° ano do Ensino Fundamental da Escola Estadual Esperidião Monteiro, localizada no município de Santo Amaro das Brotas - SE. Para tanto, foi privilegiado o gênero textual fábula, a partir do qual foram trabalhadas questões pertinentes à leitura, à compreensão e à escrita numa perspectiva textual-interativa da linguagem. Metodologicamente, foi aplicada uma sequência didática estruturada a partir de textos do referido gênero, envolvendo atividades de leitura, interpretação e escrita processual. Do ponto de vista conceitual, ganharam destaque autores como Marcuschi (2008) e seus estudos sobre os gêneros textuais; Passarelli (2012), com suas reflexões sobre a perspectiva processual da escrita; Koch e Elias (2014, 2017), com estudos acerca de leitura, compreensão e produção de textos; Suassuna (2011), com estudos sobre avaliação e reescrita de textos escolares; Antunes (2014), com reflexões sobre as práticas docentes nas aulas de português; Soares (2008) e seus estudos sobre produção e revisão textual; Ruiz (2015) e suas reflexões sobre correção de redações na escola; dentre outros autores. A análise da aplicação mostrou que os alunos ampliaram suas competências discursivas em diversos pontos, tais como: o reconhecimento da fábula enquanto gênero textual, bem como de sua função social; a reflexão crítica acerca das temáticas apresentadas; e a apropriação de procedimentos de escrita, planejamento e revisão. / São Cristóvão, SE