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Avaliação da toxicidade induzida pelos componentes do radiofármaco 99m Tc-MDP em cepa de E. coli AB1157 e células eucarióticas de ratos e humanos / Evaluation of toxicity induced by 99mtc-MDP radiopharmaceutical componentsin E. coli AB 1157 and human and rats eukaryotic cellsMichelle Pinheiro Rodrigues 29 August 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As células dos seres vivos são constantemente ameaçadas por agentes químicos ou físicos que possam causar danos ao DNA. Um dos agentes deste estudo foi o cloreto estanoso (SnCl2), utilizado na medicina nuclear como redutor de um isótopo radioativo do tecnécio, o 99mTc. O SnCl2 é um agente cujo mecanismo de produção de lesões em estruturas celulares envolve a geração de espécies reativas de oxigênio (ERO), tais como o H2O2 e o radical OH. Essas ERO podem causar uma série de doenças, o envelhecimento e até mesmo a morte celular, por apoptose ou necrose. Sendo assim, torna-se importante a pesquisa sobre os efeitos biológicos, tanto desse sal, quanto das outras substâncias que compõem os radiofármacos utilizados em medicina nuclear. Desta forma, nosso objetivo geral foi avaliar a toxicidade do cloreto estanoso, associado, ou não, ao kit 99mTc-MDP, bem como dos demais componentes do kit, em diferentes sistemas biológicos. Eletroforese em gel alcalino de agarose em células de E. coli AB 1157 para a avaliação da genotoxicidade; Ensaio do Cometa em células de sangue total de ratos Wistar para estudar a genotoxicidade; Ensaio do Micronúcleo em células da medula óssea de ratos Wistar para verificar o potencial aneugênico e clastogênico; Ensaio Cometa em células de sangue total e em células mononucleares de sangue periférico humano para estudar a genotoxicidade; Ensaio de Viabilidade com Azul Trypan e citometria de fluxo para analisar a citotoxicidade em PBMC; Ensaio do Micronúcleo em linfócitos humanos para verificar o potencial aneugênico e clastogênico. Em cepas de E. coli AB1157, o SnCl2 e o MDP induziram quebras no DNA genômico, quando isolados; porém quando usados de forma associada, ocorreu uma atenuação do número de quebras. Em ratos Wistar, o 99mTc-MDP não foi genotóxico e também não induziu clastogênese ou aneugênese. Em Sangue total, in vitro, o SnCl2 apresentou efeito dose-resposta. Em PBMC, in vitro, o 99mTc-MDP causou redução da viabilidade celular e apresentou genotoxicidade, porém não induziu clastogênese e nem aneugênese. / Alive cells are constantly threated by chemical and physical agents that can generate DNA damage. Here, the studied agent was stannous chloride (SnCl2), a 99mTc reducing agent employed in nuclear medicine. This salt can produce lesions through generation of reactive oxygen species (ROS) as H2O2 and OH. These ROS can be the origin of several diseases and cell death by apoptosis or necrosis. In this way it is important the research about the biological effects of this salt and the other substances composing the radiopharmaceuticals used in nuclear medicine.The aim of this work was to evaluate, in different biological systems, the stannous chloride toxic potentiality, associated or not to 99mTc-MDP radiopharmaceutical as well as the other kit components. Alkaline electrophoresis agarosis gel of E. coli AB 1157 to evaluate the genotoxicity in prokariotic cells; Comet assay in Wistar rats total blood to evaluate the genotoxicity in eukaryotic cells; Micronucleous assay in Wistar rats bone marrow cells to verify the aneugenic and clastogenic effects; Comet assay in human in peripherical total blood and mononuclear cells to evaluate the genotoxicity; Trypan blue viability assay and flow cytometry to evaluate citotoxicity in PBMC; Micronucleous assay in human lymphocyte cells to verify the aneugenic and clastogenic effects; SnCl2 and MDP when isolated induced breaks in E. coli genomic DNA. But, when used in an associated way it was observed an atenuation of the breaks number. 99mTc-MDP was not genotoxic, clastogenic nor aneugenic in Wistar rats In ex vivo human total blood, SnCl2 presented a dose-response effect
In ex vivo PBMC; 99mTc-MDP induced a cellular viability reduction and presented genotoxic but not clastogenic or aneugenic effects.
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Avaliação da toxicidade induzida pelos componentes do radiofármaco 99m Tc-MDP em cepa de E. coli AB1157 e células eucarióticas de ratos e humanos / Evaluation of toxicity induced by 99mtc-MDP radiopharmaceutical componentsin E. coli AB 1157 and human and rats eukaryotic cellsMichelle Pinheiro Rodrigues 29 August 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As células dos seres vivos são constantemente ameaçadas por agentes químicos ou físicos que possam causar danos ao DNA. Um dos agentes deste estudo foi o cloreto estanoso (SnCl2), utilizado na medicina nuclear como redutor de um isótopo radioativo do tecnécio, o 99mTc. O SnCl2 é um agente cujo mecanismo de produção de lesões em estruturas celulares envolve a geração de espécies reativas de oxigênio (ERO), tais como o H2O2 e o radical OH. Essas ERO podem causar uma série de doenças, o envelhecimento e até mesmo a morte celular, por apoptose ou necrose. Sendo assim, torna-se importante a pesquisa sobre os efeitos biológicos, tanto desse sal, quanto das outras substâncias que compõem os radiofármacos utilizados em medicina nuclear. Desta forma, nosso objetivo geral foi avaliar a toxicidade do cloreto estanoso, associado, ou não, ao kit 99mTc-MDP, bem como dos demais componentes do kit, em diferentes sistemas biológicos. Eletroforese em gel alcalino de agarose em células de E. coli AB 1157 para a avaliação da genotoxicidade; Ensaio do Cometa em células de sangue total de ratos Wistar para estudar a genotoxicidade; Ensaio do Micronúcleo em células da medula óssea de ratos Wistar para verificar o potencial aneugênico e clastogênico; Ensaio Cometa em células de sangue total e em células mononucleares de sangue periférico humano para estudar a genotoxicidade; Ensaio de Viabilidade com Azul Trypan e citometria de fluxo para analisar a citotoxicidade em PBMC; Ensaio do Micronúcleo em linfócitos humanos para verificar o potencial aneugênico e clastogênico. Em cepas de E. coli AB1157, o SnCl2 e o MDP induziram quebras no DNA genômico, quando isolados; porém quando usados de forma associada, ocorreu uma atenuação do número de quebras. Em ratos Wistar, o 99mTc-MDP não foi genotóxico e também não induziu clastogênese ou aneugênese. Em Sangue total, in vitro, o SnCl2 apresentou efeito dose-resposta. Em PBMC, in vitro, o 99mTc-MDP causou redução da viabilidade celular e apresentou genotoxicidade, porém não induziu clastogênese e nem aneugênese. / Alive cells are constantly threated by chemical and physical agents that can generate DNA damage. Here, the studied agent was stannous chloride (SnCl2), a 99mTc reducing agent employed in nuclear medicine. This salt can produce lesions through generation of reactive oxygen species (ROS) as H2O2 and OH. These ROS can be the origin of several diseases and cell death by apoptosis or necrosis. In this way it is important the research about the biological effects of this salt and the other substances composing the radiopharmaceuticals used in nuclear medicine.The aim of this work was to evaluate, in different biological systems, the stannous chloride toxic potentiality, associated or not to 99mTc-MDP radiopharmaceutical as well as the other kit components. Alkaline electrophoresis agarosis gel of E. coli AB 1157 to evaluate the genotoxicity in prokariotic cells; Comet assay in Wistar rats total blood to evaluate the genotoxicity in eukaryotic cells; Micronucleous assay in Wistar rats bone marrow cells to verify the aneugenic and clastogenic effects; Comet assay in human in peripherical total blood and mononuclear cells to evaluate the genotoxicity; Trypan blue viability assay and flow cytometry to evaluate citotoxicity in PBMC; Micronucleous assay in human lymphocyte cells to verify the aneugenic and clastogenic effects; SnCl2 and MDP when isolated induced breaks in E. coli genomic DNA. But, when used in an associated way it was observed an atenuation of the breaks number. 99mTc-MDP was not genotoxic, clastogenic nor aneugenic in Wistar rats In ex vivo human total blood, SnCl2 presented a dose-response effect
In ex vivo PBMC; 99mTc-MDP induced a cellular viability reduction and presented genotoxic but not clastogenic or aneugenic effects.
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Formação de oxigênio singlete O2 (1Δg) por fagócitos / Singlet oxygen formation O2 (1Δg) by phagocytesFlavia Garcia 20 October 2005 (has links)
Neste trabalho avaliamos a formação de oxigênio singlete in vitro em fagócitos, (células mononucleares e neutrófilos) isolados de sangue periférico humano, e eosinófilos, de lavado bronco alveolar de camundongos balb/c, ativados por estímulo partículado: zimosan opsonizado contendo o 9,10difenilantraceno (DPA) adsorvido como sonda captadora de 1O2. Por este método, a formação do 1O2 pode ser verificada pela formação do 9,10-difenilantraceno endoperóxido (DPAO2), que é detectado por HPLC. Observamos, que os fagócitos formam 1O2 e que esta formação parece ocorrer de forma diferenciada para os dois tipos celulares (neutrófilos e células mononucleares). Visando ampliar os estudos anteriores sobre o papel da melatonina (MLT) no processo inflamatório, foi testado seu efeito em fagócitos e a relação na produção de 1O2 destas células. Observamos que MLT inibe a formação de 1O2 totalmente no caso de neutrófilos e parcialmente no caso de células mononucleares e eosinófilos. Paralelamente, foi desenvolvida a síntese de um novo captador químico de 1O2, o éster 9,10-antracenil-3-bispropionato de etila (ABPE), cuja finalidade principal é o acúmulo no interior da célula, depois de sofrer hidrólise enzimática. Esta sonda, terá facil acesso ao interior das células em sua forma ester. Este novo captador de 1O2 foi testado em células mononucleares e neutrófilos estimulados de formas diferentes: via receptor independente e dependente. Os resultados demonstraram produção equivalente de 1O2 nestes fagócitos. / In this study, we evaluated the singlet oxygen (1O2) formation in vitro from phagocytes (neutrophils and mononuclear cells) isolated from human blood cells and eosinophils isolated from bronchoalveolar lavage fluid of mice balb/c activated, by opsonized zymosan. To determine whether singlet oxygen is produced by phagocytes, zymosan particles were coated with a specific chemical trap for 1O2, 9,10-diphenylanthracene (DPA). The production of 1O2 was followed using HPLC, to measure its product, 9,10-diphenylanthracene endoperoxide (DPAO2). We also noticed that the 1O2 production occurs at different levels of for two cell types, neutrophils and mononuclear cells. In order to broaden previous studies on the role of melatonin (MLT) in inflammatory processes, its effect was tested in phagocytes was tested in relation to 1O2 formation by these cells. We observed that MLT inhibits the 1O2 formation totallymt neutrophils and partiallym mononuclear cells and eosinophils. At the some time, it was also developed the synthesis of a new probe for 1O2, the 9,10-anthracene-bis-3-ethyl-propionate (ABEP), with the purpose to accumulate inside the cells, after its enzymatic hydrolysis. This probe presents easy acess to the inferior of the cells in its ester form. This new probe for trapping 1O2 was tested in mononuclear cells and neutrophils stimulated in two ways: via independent and dependent receptor. The results showed equivalent production of 1O2 for both cell types.
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Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. / Representation of Biological Systems from Dynamical Systems: Transcription Control from EstrogenRis, Marcelo 14 April 2008 (has links)
Esta pesquisa de doutorado apresenta resultados em três áreas distintas: (i) Ciência da Computação e Estatística -- devido ao desenvolvimento de uma nova solução para o problema de seleção de características, um problema conhecido em Reconhecimento de Padrões; (ii) Bioinformática -- em razão da construção de um método baseado em um \\textit de algoritmos, incluindo o de seleção de características, visando abordar o problema de identificação de arquiteturas de redes de expressão gênica; e (iii) Biologia -- ao relacionar o estrógeno com uma nova função biológica, após analisar informações extraídas de séries temporais de \\textit pelas novas ferramentas computacionais-estatísticas desenvolvidas. O estrógeno possui um importante papel nos tecidos reprodutivos. O crescimento das gândulas mamárias e do endométrio durante a gravidez e o ciclo menstrual são estrógeno dependentes. O crescimento das células tumorais nesses órgãos podem ser estimuladas pela simples presença de estrógeno; mais de $300$ genes são conhecidos por terem regulação positiva ou negativa devido a sua presença. A motivação inicial desta pesquisa foi a construção de um método que possa servir de ferramenta para a identificação de genes que tenham seu nível de expressão alterado a partir de uma resposta induzida por estrógeno, mais precisamente, um método para modelar os inter-relacionamentos entre os diversos genes dependentes do estrógeno. Apresentamos um novo \\textit de algoritmos que, a partir de dados temporais de \\textit e um conjunto inicial de genes que compartilham algumas características comuns, denominados de \\textit{genes sementes}, devolve como saída a arquitetura de uma rede gênica representada por um grafo dirigido. Para cada nó da rede, uma tabela de predição do gene representado pelo nó em função dos seus genes preditores (genes que apontam para ele) pode ser obtida. O método foi aplicado em estudo de série-temporal de \\textit para uma cultura de células \\textit submetidas a tratamento com estrógeno, e uma possível rede de regulação foi obtida. Encontrar o melhor subconjunto preditor de genes para um dado gene pode ser estudado como um problema de seleção de características, no qual o espaço de busca pode ser representado por um reticulado Booleano e cada um de seus elementos representa um subconjunto candidato. Uma característica importante desse problema é o fato de que para cada elemento existe uma função custo associada, e esta possui forma de curva em U para qualquer cadeia maximal do reticulado. Para esse problema, apresentamos um nova solução, o algoritmo ewindex. Esse algoritmo é um método do tipo \\textit, o qual utiliza a estrutura do reticulado Booleano e a característica de curva em U da função custo para explorar um subconjunto do espaço de busca equivalente à busca completa. Nosso método obteve excelentes resultados em eficiência e valores quando comparado com as heurísticas mais utilizadas (SFFS e SFS). A partir de um método baseado no \\textit e de um conjunto inicial de genes regulados \\textit pelo estrógeno, identificamos uma evidência de envolvimento do estrógeno em um processo biológico ainda não relacionado: a adesão celular. Esse resultado pode direcionar os estudos sobre estrógeno e câncer à investigação de processo metastático, o qual é influenciado por genes relacionados à adesão celular. / This Phd. research presents in three distinct areas: (i) Computer Science and Statistics -- on the development of a new solution for the feature selection problem which is an important problem in Pattern Recognition; (ii) Bioinformatics -- for the construction of a pipeline of algorithms, including the feature selection solution, to address the problem of identification the architecture of a genetic expression network and; (iii) Biology -- relating estrogen to a new biological function, from the results obtained by the new computational-statistic tools developed and applied to a time-series microarray data. Estrogen has an important role in reproductive tissues. The growth mammary glands and endometrial growing during menstrual cycle and pregnancy are estrogen dependent. The growth of tumor cells in those organs can be stimulated by the simple presence of estrogen. Over $300$ genes are known by their positive or negative regulation by estrogen. The initial motivation of this research was the construction of a method that can serve as a tool for the identification of genes that have changed their level of expression changed by a response induced by estrogen, more specifically, a method to model the inter-relationships between the several genes dependent on estrogen. We present a new pipeline of algorithms that from the data of a time-series microarray experiment and from an initial set of genes that share some common characteristics, known as \\textit{seed genes}, gives as an output an architecture of the genetic expression network represented by a directed graph. For each node of the network, a prediction table of the gene, represented by the node, in function of its predictors genes (genes that link to it) can be obtained. The method was applied in a study of time-series microarray for a cell line \\textit submitted to a estrogen treatment and a possible regulation network was obtained. Finding the best predictor subset of genes for a given gene can be studied as a problem of feature selection where the search space can be represented by a Boolean lattice and each one of its elements represents a possible subset. An important characteristic of this problem is: for each element in the lattice there is a cost function associated to it and this function has a U-shape in any maximal chain of the search space. For this problem we present a new solution, the \\textit algorithm. This algorithm is a branch-and-bound solution which uses the structure of the Boolean lattice and U-shaped curves to explore a subset of the search space that is equivalent to the full search. Our method obtained excellent results in performance and values when compared with the most commonly used heuristics (SFFS and SFS). From a method based on the pipeline of algorithms and from an initial set of genes direct regulated by estrogen, we identified an evidence of involvement of estrogen in a biological process not yet related to estrogen: the cell adhesion. This result can guide studies on estrogen and cancer to research in metastatic process, which is affected by cell adhesion related genes.
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Um modelo de duas escalas da resposta elétrica de tecido muscular induzida por ativação de mastócitos / 2-Scales modelling electrical response from muscular tissue induced by mast cells activation.Orellana, Esbel Tomás Valero 28 February 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010-02-28 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / The study of the mechanisms that set off allergic reactions is being a subject of great scientific interest. Anaphylaxis, severe systemic allergic reaction, occupies a prominence place in researches. Different laboratory experiments, in vivo as well as in vitro, and also different mathematical models based on experimental results, tries to investigate if mast cells takes part in those mechanisms or not. However, the obtained results are inconclusive, dividing the scientific community in two groups: one considering that mast cells have a prime role in releasing histamine, and another one which considers that histamine is not the determinative neurotransmitter in the anaphylactic reaction. Previous works proposed differential models to simulate processes related to anaphylactic reactions in the cellular scale for the cell membrane potential generation mechanism. More recently, it has been proposed a probabilistic model, in the tissue scale, to simulate an in vitro antigen response. In the organism level scale, multi-compartimental models have been proposed for the kinetics of histamine in the blood. Nevertheless, no work, until now, has proposed the construction of a model that is able to describe the processes that participate in the mechanism of anaphylactic reaction in different scales.
In this work, a model is proposed that integrates the cellular and the tissue scales, allowing to model in vitro experiments, being capable to be extended to the organism scale by the inclusion of the blood flow to model in vivo experiments. The proposed model couples the electric response in the cellular level with the reaction-diffusion of histamine and antigens in the tissue, considering the reaction mechanism mediated by the mast cells. To integrate these two scales, it is proposed here a constitutive relation based on experimental results for the mechanical response (tissue contraction) to electric stimulus. This model allows to design experiments specifically related to the anaphylaxis reaction, indicating the parameters that should be estimated. With this model, numerical simulations have been performed for a wide variation range of the parameters to identify the different domains of the model. A dimensionless parameter based analysis is presented for the obtained results. / O estudo dos mecanismos que desencadeiam as reações alérgicas é um tema de grande interesse científico na atualidade. A anafilaxia, reação alérgica sistêmica severa, tem ocupado um lugar de destaque nas pesquisas. Diferentes experimentos em laboratório, tanto in vivo quanto in vitro, assim como diferentes modelos matemáticos baseados nos resultados experimentais, têm procurado investigar a participação ou não dos mastócitos nesse mecanismo. No entanto, os resultados obtidos não são conclusivos, dividindo a comunidade científica em dois grupos: os que consideram determinante o papel dos mastócitos responsáveis pela liberação de histamina e os que consideram que a histamina não é o neurotransmissor determinante na reação anafilática. Trabalhos anteriores propuseram modelos diferenciais para simular processos relacionados com a reação anafilática na escala celular para o mecanismo de geração de potencial na membrana das células. Mais recentemente foi proposto, a nível de tecido, um modelo probabilístico para simular a resposta in vitro a antígenos. A nível de organismo têm sido propostos modelos de multi compartimentos para a cinética da histamina no fluido sanguíneo. Contudo, nenhum trabalho até o momento abordou a construção de um modelo capaz de descrever os processos que participam no mecanismo de reação anafilática nas diversas escalas. Neste trabalho propomos um modelo que integra as escalas celular e do tecido, que permite modelar experimentos in vitro, e que pode ser estendido para escala do organismo incluindo o fluxo sanguíneo para modelar experimentos in vivo. O modelo proposto integra o mecanismo de resposta elétrica a nível celular com o processo de reação-difusão da histamina e dos antígenos no tecido, considerando o mecanismo de reação mediado por mastócitos. Para integrar as duas escalas propomos uma relação constitutiva baseada em resultados experimentais da resposta mecânica (contração do tecido) a estímulos elétricos. Este modelo permite o desenho de novos experimentos especificamente direcionados ao estudo da reação anafilática, indicando os parâmetros a serem estimados. Utilizando-se o modelo proposto, foram realizadas simulações numéricas para uma ampla faixa de variação dos parâmetros visando identificar domínios com diferentes comportamentos do modelo. Uma análise dos resultados obtidos baseada em parâmetros adimensionais é apresentada.
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Um modelo de duas escalas da resposta elétrica de tecido muscular induzida por ativação de mastócitos / 2-Scales modelling electrical response from muscular tissue induced by mast cells activation.Esbel Tomás Valero Orellana 28 February 2010 (has links)
O estudo dos mecanismos que desencadeiam as reações alérgicas é um tema de grande interesse científico na atualidade. A anafilaxia, reação alérgica sistêmica severa, tem ocupado um lugar de destaque nas pesquisas. Diferentes experimentos em laboratório, tanto in vivo quanto in vitro, assim como diferentes modelos matemáticos baseados nos resultados experimentais, têm procurado investigar a participação ou não dos mastócitos nesse mecanismo. No entanto, os resultados obtidos não são conclusivos, dividindo a comunidade científica em dois grupos: os que consideram determinante o papel dos mastócitos responsáveis pela liberação de histamina e os que consideram que a histamina não é o neurotransmissor determinante na reação anafilática. Trabalhos anteriores propuseram modelos diferenciais para simular processos relacionados com a reação anafilática na escala celular para o mecanismo de geração de potencial na membrana das células. Mais recentemente foi proposto, a nível de tecido, um modelo probabilístico para simular a resposta in vitro a antígenos. A nível de organismo têm sido propostos modelos de multi compartimentos para a cinética da histamina no fluido sanguíneo. Contudo, nenhum trabalho até o momento abordou a construção de um modelo capaz de descrever os processos que participam no mecanismo de reação anafilática nas diversas escalas. Neste trabalho propomos um modelo que integra as escalas celular e do tecido, que permite modelar experimentos in vitro, e que pode ser estendido para escala do organismo incluindo o fluxo sanguíneo para modelar experimentos in vivo. O modelo proposto integra o mecanismo de resposta elétrica a nível celular com o processo de reação-difusão da histamina e dos antígenos no tecido, considerando o mecanismo de reação mediado por mastócitos. Para integrar as duas escalas propomos uma relação constitutiva baseada em resultados experimentais da resposta mecânica (contração do tecido) a estímulos elétricos. Este modelo permite o desenho de novos experimentos especificamente direcionados ao estudo da reação anafilática, indicando os parâmetros a serem estimados. Utilizando-se o modelo proposto, foram realizadas simulações numéricas para uma ampla faixa de variação dos parâmetros visando identificar domínios com diferentes comportamentos do modelo. Uma análise dos resultados obtidos baseada em parâmetros adimensionais é apresentada. / The study of the mechanisms that set off allergic reactions is being a subject of great scientific interest. Anaphylaxis, severe systemic allergic reaction, occupies a prominence place in researches. Different laboratory experiments, in vivo as well as in vitro, and also different mathematical models based on experimental results, tries to investigate if mast cells takes part in those mechanisms or not. However, the obtained results are inconclusive, dividing the scientific community in two groups: one considering that mast cells have a prime role in releasing histamine, and another one which considers that histamine is not the determinative neurotransmitter in the anaphylactic reaction. Previous works proposed differential models to simulate processes related to anaphylactic reactions in the cellular scale for the cell membrane potential generation mechanism. More recently, it has been proposed a probabilistic model, in the tissue scale, to simulate an in vitro antigen response. In the organism level scale, multi-compartimental models have been proposed for the kinetics of histamine in the blood. Nevertheless, no work, until now, has proposed the construction of a model that is able to describe the processes that participate in the mechanism of anaphylactic reaction in different scales.
In this work, a model is proposed that integrates the cellular and the tissue scales, allowing to model in vitro experiments, being capable to be extended to the organism scale by the inclusion of the blood flow to model in vivo experiments. The proposed model couples the electric response in the cellular level with the reaction-diffusion of histamine and antigens in the tissue, considering the reaction mechanism mediated by the mast cells. To integrate these two scales, it is proposed here a constitutive relation based on experimental results for the mechanical response (tissue contraction) to electric stimulus. This model allows to design experiments specifically related to the anaphylaxis reaction, indicating the parameters that should be estimated. With this model, numerical simulations have been performed for a wide variation range of the parameters to identify the different domains of the model. A dimensionless parameter based analysis is presented for the obtained results.
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Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. / Representation of Biological Systems from Dynamical Systems: Transcription Control from EstrogenMarcelo Ris 14 April 2008 (has links)
Esta pesquisa de doutorado apresenta resultados em três áreas distintas: (i) Ciência da Computação e Estatística -- devido ao desenvolvimento de uma nova solução para o problema de seleção de características, um problema conhecido em Reconhecimento de Padrões; (ii) Bioinformática -- em razão da construção de um método baseado em um \\textit de algoritmos, incluindo o de seleção de características, visando abordar o problema de identificação de arquiteturas de redes de expressão gênica; e (iii) Biologia -- ao relacionar o estrógeno com uma nova função biológica, após analisar informações extraídas de séries temporais de \\textit pelas novas ferramentas computacionais-estatísticas desenvolvidas. O estrógeno possui um importante papel nos tecidos reprodutivos. O crescimento das gândulas mamárias e do endométrio durante a gravidez e o ciclo menstrual são estrógeno dependentes. O crescimento das células tumorais nesses órgãos podem ser estimuladas pela simples presença de estrógeno; mais de $300$ genes são conhecidos por terem regulação positiva ou negativa devido a sua presença. A motivação inicial desta pesquisa foi a construção de um método que possa servir de ferramenta para a identificação de genes que tenham seu nível de expressão alterado a partir de uma resposta induzida por estrógeno, mais precisamente, um método para modelar os inter-relacionamentos entre os diversos genes dependentes do estrógeno. Apresentamos um novo \\textit de algoritmos que, a partir de dados temporais de \\textit e um conjunto inicial de genes que compartilham algumas características comuns, denominados de \\textit{genes sementes}, devolve como saída a arquitetura de uma rede gênica representada por um grafo dirigido. Para cada nó da rede, uma tabela de predição do gene representado pelo nó em função dos seus genes preditores (genes que apontam para ele) pode ser obtida. O método foi aplicado em estudo de série-temporal de \\textit para uma cultura de células \\textit submetidas a tratamento com estrógeno, e uma possível rede de regulação foi obtida. Encontrar o melhor subconjunto preditor de genes para um dado gene pode ser estudado como um problema de seleção de características, no qual o espaço de busca pode ser representado por um reticulado Booleano e cada um de seus elementos representa um subconjunto candidato. Uma característica importante desse problema é o fato de que para cada elemento existe uma função custo associada, e esta possui forma de curva em U para qualquer cadeia maximal do reticulado. Para esse problema, apresentamos um nova solução, o algoritmo ewindex. Esse algoritmo é um método do tipo \\textit, o qual utiliza a estrutura do reticulado Booleano e a característica de curva em U da função custo para explorar um subconjunto do espaço de busca equivalente à busca completa. Nosso método obteve excelentes resultados em eficiência e valores quando comparado com as heurísticas mais utilizadas (SFFS e SFS). A partir de um método baseado no \\textit e de um conjunto inicial de genes regulados \\textit pelo estrógeno, identificamos uma evidência de envolvimento do estrógeno em um processo biológico ainda não relacionado: a adesão celular. Esse resultado pode direcionar os estudos sobre estrógeno e câncer à investigação de processo metastático, o qual é influenciado por genes relacionados à adesão celular. / This Phd. research presents in three distinct areas: (i) Computer Science and Statistics -- on the development of a new solution for the feature selection problem which is an important problem in Pattern Recognition; (ii) Bioinformatics -- for the construction of a pipeline of algorithms, including the feature selection solution, to address the problem of identification the architecture of a genetic expression network and; (iii) Biology -- relating estrogen to a new biological function, from the results obtained by the new computational-statistic tools developed and applied to a time-series microarray data. Estrogen has an important role in reproductive tissues. The growth mammary glands and endometrial growing during menstrual cycle and pregnancy are estrogen dependent. The growth of tumor cells in those organs can be stimulated by the simple presence of estrogen. Over $300$ genes are known by their positive or negative regulation by estrogen. The initial motivation of this research was the construction of a method that can serve as a tool for the identification of genes that have changed their level of expression changed by a response induced by estrogen, more specifically, a method to model the inter-relationships between the several genes dependent on estrogen. We present a new pipeline of algorithms that from the data of a time-series microarray experiment and from an initial set of genes that share some common characteristics, known as \\textit{seed genes}, gives as an output an architecture of the genetic expression network represented by a directed graph. For each node of the network, a prediction table of the gene, represented by the node, in function of its predictors genes (genes that link to it) can be obtained. The method was applied in a study of time-series microarray for a cell line \\textit submitted to a estrogen treatment and a possible regulation network was obtained. Finding the best predictor subset of genes for a given gene can be studied as a problem of feature selection where the search space can be represented by a Boolean lattice and each one of its elements represents a possible subset. An important characteristic of this problem is: for each element in the lattice there is a cost function associated to it and this function has a U-shape in any maximal chain of the search space. For this problem we present a new solution, the \\textit algorithm. This algorithm is a branch-and-bound solution which uses the structure of the Boolean lattice and U-shaped curves to explore a subset of the search space that is equivalent to the full search. Our method obtained excellent results in performance and values when compared with the most commonly used heuristics (SFFS and SFS). From a method based on the pipeline of algorithms and from an initial set of genes direct regulated by estrogen, we identified an evidence of involvement of estrogen in a biological process not yet related to estrogen: the cell adhesion. This result can guide studies on estrogen and cancer to research in metastatic process, which is affected by cell adhesion related genes.
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