Foi estudada a atividade ovariana de fêmeas de onça-pintada (Panthera onca; adultas n=2 e pré-púberes n=3) mantidas em cativeiro, pela extração e quantificação de estrógenos e progestinas fecais. Foram colhidas amostras fecais de 2-7 vezes por semana durante 16-18 meses. Foi realizada a validação dos radioimunoensaios em fase sólida, progesterona e 17β-estradiol, para uso em extratos fecais em onça-pintada. A duração média (±EPM) do ciclo ovariano (n=7) definido por dois picos consecutivos de estrógenos fecais foi de 38,28 ±2,52dias (variando de 25 a 44 dias). A fase de estro teve duração média de 10,42 ±1,15dias (variando de 7 a 15dias) e a fase de inter-estro durou em média 28,00 ±1,43dias (variando de 28 a 31 dias). O nível basal médio de estrógenos fecais no período de inter-estro foram de 31,26 ±1,34ng/g de fezes secas. No período de estro, os valores médios encontrados foram de 115,91 ±8,82ng/g de fezes secas, foi observado um pico entre o D-5 e o D-2, com valores médios de 164,45 ±3,49ng/g de fezes secas. As progestinas fecais apresentaram valores médios de 0,44 ±0,05µg/g de fezes secas, não apresentando variações significantes durante todo o ciclo. Os dados obtidos durante a avaliação do perfil longitudinal das concentrações de estrógenos fecais, no grupo dos animais pré-púberes, permitem indicar um possível início da atividade ovariana a partir do bimestre agosto-setembro, onde os valores médios dos picos detectados para estrógenos fecais, foram de 135,31 ±3,16ng/g de fezes secas. Todos os animais entraram na fase peripuberal com idade aproximada de 20 meses. / Ovarian function of captive jaguars (Panthera onca; adults n=2 and pre-pubertal n=3) was assessed by extraction and quantification of fecal estrogens and progestins. Fecal samples were obtained 2-7 times per week during 16-18 months. Validation of solid phase radioimmunoassay for progesterone and 17β-estradiol was performed for jaguar fecal extracts. Ovarian cycle mean duration (±SEM), defined by two consecutive peaks of fecal estrogens, was 38.28 ±2.52days (range, 25 - 44days; n=7). Mean estrous phase duration was 10.42 ± 1.15days (range, 7 - 15days), and inter-estrous phase mean duration was 28.00 ±1.43days (range, 28 - 31days). Basal fecal estrogen mean concentration in inter-estrous period was 31.26 ± 1.34ng/g of dry feces. During estrous period mean value was 115.91 ±8.82ng/ g of dry feces, and was observed a mean peak (164.45 ±3.49 ng/g of dry feces) between D-5 and D-2. Fecal progestins had a mean concentration of 0,44 ± 0.05µg/g of dry feces, with no significant variations during the cycles. Data obtained during the evaluation of fecal estrogen longitudinal profiles in the pre-pubertal group, allow to indicate the beginning of ovarian activity in August-September bimester with fecal estrogen mean peaks of 135.31 ± 3.16ng/ g of dry feces. AlI animaIs started pre-pubertal phase around 20 months of age.

Invasões biológicas estão entre as principais causas da perda de biodiversidade no planeta. Ambientes isolados como as ilhas oceânicas e ambientes sujeitos a distúrbio antrópico são considerados mais propensos à invasão. Para as plantas, o sucesso na invasão pode ter relação com a superioridade na competição com as espécies nativas, que pode ocorrer através da produção de substâncias alelopáticas. Dentre as 100 principais espécies invasoras do planeta está a Leguminosa Leucaena leucocephala, que produz substâncias com potencial alelopático e está estabelecida em ilhas oceânicas tropicais em todo o mundo. No Brasil, a invasora foi introduzida na ilha de Fernando de Noronha, onde ocupa vastas áreas. Apesar da relevância desta ilha para a conservação da biodiversidade, não há informações essenciais para o manejo da invasora, como a situação da invasão e seus fatores determinantes. Neste trabalho, realizado em Fernando de Noronha, utilizamos experimentos para investigar a alelopatia como mecanismo associado à invasão e para avaliar o efeito de L. leucocephala sobre o estabelecimento de Erythrina velutina (Leguminosae), espécie nativa comum na ilha, mas frequentemente excluída das áreas invadidas por L. leucocephala. Não encontramos indícios de efeitos alelopáticos de L. leucocephala sobre a germinação de E. velutina, mas a exótica reduziu o crescimento e a sobrevivência da nativa. O efeito negativo é potencializado quando L. leucocephala está associada à Capparis flexuosa (Capparaceae), única espécie nativa frequentemente encontrada em áreas invadidas. Isoladamente, o efeito de C. flexuosa sobre E. velutina varia de positivo a neutro, evidenciando que o saldo das interações entre espécies nativas é alterado na presença de uma exótica. Adicionalmente, diagnosticamos a extensão atual da invasão e sua expansão nos últimos 20 anos, seus fatores determinantes e o impacto sobre a comunidade de plantas nativas em Fernando de Noronha. O diagnóstico da invasão mostrou que L. leucocephala está amplamente distribuída pela ilha, povoando densamente a maioria dos locais onde ocorre. A área ocupada pela espécie aumentou cerca de 40% nos últimos 20 anos, e não há restrições ambientais para o estabelecimento da exótica, embora ela seja favorecida pela atividade agropecuária. Em áreas invadidas o número de espécies nativas diminui quase pela metade e observamos uma tendência à homogeneização da comunidade. É provável que o alto grau de perturbação antrópica em Fernando de Noronha gere limitações à dispersão e modifique os ambientes tornando-os desfavoráveis para o estabelecimento de espécies nativas. Entretanto, há fortes evidências de que L. leucocephala causa mudanças ecológicas na ilha influenciando na perda espécies nativas. Considerando a importância biológica de Fernando de Noronha, ações de controle da expansão da exótica e restauração das áreas invadidas demonstram-se urgentes / Biological invasions are among the main causes of biodiversity loss on the planet. Isolated environments such as oceanic islands and disturbed environments are considered more prone to invasion. For plants, the invasion success may be related to advantages in competition with native species, which may occur through the production of allelopathic substances. Among the 100 most invasive species on the planet is the legume Leucaena leucocephala, which produces substances with putative allelopathic effects and is established on tropical oceanic islands worldwide. In Brazil, the invader was introduced on the island of Fernando de Noronha, where it occupies vast areas. Despite the relevance of this island for biodiversity conservation, important information for the management of the invasion, as its extension and determinants, do not exist. In this work we use experiments to investigate allelopathy as a mechanism associated with the invasion and to evaluate the effect of L. leucocephala on the establishment of Erythrina velutina, a native species common on the island, but often absent from invaded areas. We found no evidence of allelopathic effects of L. leucocephala in the germination of E. velutina, but the exotic reduced the growth and survival of the native. The negative effect is enhanced when L. leucocephala is associated with Capparis flexuosa, the only native species often found in heavily invaded areas. When alone, the effect of C. flexuosa on E. velutina varies from positive to neutral, indicating that the balance of interactions between native species is altered in the presence of an exotic. Additionally, we describe the current distribution of L. leucocephala and its expansion in the last 20 years in Fernando de Noronha. We also investigate the environmental and anthropic factors determining the invasion and the impact of L. leucocephala on the plant community. We found that L. leucocephala is widely distributed throughout the island, densely populating most places where it occurs. The area occupied by the species increased about 40% in the last 20 years, and there are no environmental restrictions for the establishment of exotic, although it is favored by farming. In invaded areas, the number of dominant native species decreased by almost half and we observed a tendency towards homogenization of the community. It is likely that the high degree of human disturbance in Fernando de Noronha poses dispersal limitations and modifies the environments making them unsuitable to the establishment of natives. However, there are strong evidences that L. leucocephala is driving ecological changes on the island that influence in native species loss. Considering the biological importance of Fernando de Noronha, actions to control the expansion of exotic and to restore the invaded areas are urgent

O paradigma de sistemas de moléculas auto-replicantes é o modelo de quase-espécies, no qual as moléculas são representadas por seqüências binárias de tamanho L e o mecanismo de replicação é suposto imperfeito. Em particular, cada seqüência é gerada corretamente com probabilidade Q = qL, onde q é a probabilidade de cópia exata por dígito. Um dos resultados mais intrigantes no modelo para o relevo de replicação de pico único, no qual há apenas um tipo de molécula com vantagem seletiva a em relação aos outros tipos, é a observação de um limiar de erro a partir do qual toda informação biológica relevante é perdida. A transição de limiar de erro verificada para Qc = l /a pode ser visualizada como uma transição de fase do tipo ordem-desordem. Verificamos que a largura dessa transição decresce com L de acordo com L-1. Concluímos também que as grandezas físicas de interesse são bem descritas por meio de funções de escala. Elaboramos ainda uma versão estocástica (isto é, tamanho de população N finito) para o modelo de quase-espécies, no qual a dinâmica é descrita por uma cadeia de Markov. Mostramos que o tempo característico &#964 para o desaparecimento de seqüências mestras na população obedece uma relação de escala bem definida. A transição em nosso modelo é constatada através da divergência de &#964 em Qc no limite de N &#8594 &#8734 ,sendo que a largura da transição decresce de acordo com N -1/2. Em nossa abordagem não utilizamos nenhuma definição arbitrária para o limiar de erro para população finita. Como solução para o problema da crise de informação associada ao limiar de erro estudamos o modelo de hiperciclos. Neste modelo, as macromoléculas se replicam com o auxílio de outros membros do hiperciclo por meio do mecanismo de catálise. Estudamos analiticamente a propagação de erro no hiperciclo e obtemos os diagramas de fases no espaço de parâmetros para vários tamanhos de hiperciclo n. Esses diagramas descrevem as regiões de estabilidade das diversas soluções de estado estacionário do sistema. Constatamos que para hiperciclos com n &#8804 4 existe um limiar de erro menor que aquele verificado no modelo de quase-espécies. Desde que o suporte catalítico realizado por uma molécula no hiperciclo pode ser considerado de fato um comportamento altruísta, modelos para evolução do altruísmo como, a teoria de seleção de grupos, têm sido utilizados no contexto de evolução pré-biótica. Aqui investigamos a evolução da produção de enzimas e os efeitos de sinergia utilizando esses conceitos. / The quasi-species model is the paradigm of systems composed of self-replicating molecules, which are represented by sequences of fixed length L. The replication machinery is assumed to be imperfect. Particularly, each sequence is copied exactly with probability Q=qL, where q denotes the probability of exact copy per digit. One of the most intriguing results of the model for the single-peak replication landscape, which considers the existence of a master sequence that has a selective advantage a in comparison to the other types, is the occurrence of an error threshold phenomenon beyond the biological information is completely lost. The error threshold transition can be viewed as an order-disorder phase-transition. We investigated the sharpness of the threshold and found that its characteristics persist across a range of Q of order L-1 about Qc. Other physical quantities of interest are also well described by universal functions. We formulate a stochastic version (i.e., finite population size N) for the quasispecies model, in which a Markov chain defines the dynamics. We show that the characteristic time r for the disappearance of master sequences in the population obeys a well defined scaling relation. The transition in this model is signalized by the divergente of t at Qc in the limit N &#8594 &#8734, and the sharpness of the transition decreases like N -1/2. In our approach we do not use any arbitrary definition of the error threshold for finite population. As a solution for the information crisis associated to the error threshold, here we considered the hypercycle model, where the macromolecules self-replicate with the catalytic support of the other members of the hypercycle. We study analytically the error propagation in the hypercycle and obtain the phases diagrams in the space of parameters for several hypercycle sizes n. These diagrams describe the stability regions of the steady state solutions of the system. We find that for hypercicle size n &#8804 4 the error threshold is smaller than that for the quasispecies model. Since the catalytic support developed by a molecule is in fact an altruistic behavior, some models for the evolution of altruism, for instance, the selection group theory, have been investigated in the context of pre-biotic evolution. Specifically, here we analyze the evolution of enzyme production and the effects of synergism.

Thesis advisor: Clare O'Connor / Within cells, reactive oxygen species (ROS) are synthesized naturally and in response to environmental stimuli. However, ROS have deleterious effects on a wide range of cellular molecules. Oxidative stress, caused by the ROS generated by the partial reduction of oxygen, is a major cause of cell damage linked to the initiation and progression of numerous diseases. Thioredoxin peroxidase (Tpx1) plays important roles in cellular defense against ROS. Although homologous genes and their functions have been identified in other eukaryotes, the level of activity as well as the necessity of this protective enzyme in S. pombe exposed to oxidative stress has yet to be fully elucidated. To explore the role of the Tpx1 protein in oxidative stress resistance, novel strains were constructed in which the tpx1 gene was overexpressed. The polymerase chain reaction was used to amplify txp1, and the amplified sequence was cloned into the yeast overexpression plasmid, pNMT41, which allows overexpression under the control of the powerful promoter. DNA sequencing was used to determine that the sequences had been properly inserted into the vector. The plasmids were transformed into two leu- yeast strains: FWP6 and TP108-3C. Production of the Tpx1 protein was ensured using Western Blot techniques. Experimentation to test the responses of the tpx1 strain to oxidative stress will employ a variety of reactive oxygen generators, including hydrogen n peroxide, menadione, tert-butyl hydroperoxide, and paraquat. The results generally supported the proposed role of Tpx1 to confer additional resistance against the oxidative stress. In a complementary line of investigation, knockout strains are being constructed to reduce the levels of the Tpx1 in S. pombe. Gene deletion cassettes were constructed for tpx1. Currently, the strains are being analyzed for the successful replacement of the endogenous tpx1 gene by homologous recombination. If the absence of the protein results in decreased cell viability, the role of Tpx1 indicated by the overexpression experiments could be supported. / Thesis (BS) — Boston College, 2006. / Submitted to: Boston College. College of Arts and Sciences. / Discipline: Biology. / Discipline: College Honors Program.

Thesis advisor: Daniel A. Kirschner / Reactive oxygen species (ROS) are implicated in a range of degenerative conditions, including aging, neurodegenerative diseases, and neurological disorders such as multiple sclerosis. Myelin is a lipid-rich multilamellar assembly that facilitates rapid nerve conduction in higher animals, and may be intrinsically vulnerable to oxidative damage given the high energetic demands and low antioxidant capacity of myelinating cells. To determine whether ROS can cause structural damage to internodal myelin, whole mouse sciatic and optic nerves were incubated ex vivo with a previously-characterized copper (Cu)/hydrogen peroxide (HP)/o-phenanthroline (OP)-based hydroxyl radical-generating system followed by quantitative determination of myelin packing by x-ray diffraction. Exposure to Cu/OP/HP-mediated ROS caused irreversible myelin decompaction in both sciatic and optic nerves. The addition of the hydroxyl radical scavenger, sodium formate, to the ROS-producing incubation solution significantly prevented sciatic nerve myelin decompaction, implicating hydroxyl radical species in causing the damage. Furthermore, Cu/OP/HP-mediated decompaction could be prevented by the addition of EDTA, which can compete with OP for Cu binding and sequester the metal within the bulk solution. These findings suggest that Cu/OP/HP-dependent myelin decompaction is caused by OP-mediated membrane-targeted hydroxyl radical production. Myelin membranes are particularly enriched in plasmalogen phospholipids, which have been linked to antioxidant activity; this enrichment may constitute an endogenous ROS-defense mechanism that protects ROS-vulnerable myelin tissue from damage. Intriguingly, it was found that sciatic nerve myelin from plasmalogen deficient (Pex7 KO) mice was significantly more susceptible to ROS-mediated decompaction than that from WT mice, supporting the role of plasmalogens as endogenous antioxidants. / Thesis (MS) — Boston College, 2009. / Submitted to: Boston College. Graduate School of Arts and Sciences. / Discipline: Biology.

Recentemente, Ben-Ari e Schinazi (2016) propuseram um modelo estocástico em tempo discreto para a evolução da população de espécies com alta possibilidade de mutação. Neste trabalho, é proposto essencialmente o mesmo modelo, mas em tempo contínuo e com atribuição não-uniforme de indivíduos. Nesse modelo, novas espécies surgem com taxa r, 0<r<1, e a cada nova espécie é atribuída, no instante de nascimento, uma aptidão uniforme em [0,1], independente das demais espécies presentes no sistema naquele instante. No instante de surgimento de uma nova espécie, aquela nova espécie passa a contar com 1 indivíduo no sistema. Além disso, com taxa 1-r a atribuição de 1 novo indivíduo é feita a uma espécie presente no sistema; cada espécie tem probabilidade proporcional a uma dada função f de sua aptidão de receber o novo indivíduo. Finalmente, com taxa , com <r, ocorrem eventos de extinção, quando a espécie presente com menor aptidão é removida do sistema (incluindo todos os seus indivíduos). Estudamos o comportamento assintótico da distribuição do tamanho de uma espécie escolhida ao acaso em um tempo grande: determinamos a forma assintótica desta distribuição sob certas condições sobre a função f. / Recently, Ben-Ari and Schinazi (2016) proposed a discrete time stochastic model for high mutation rate species. Essentially, we propose the same model for the continuous time. In this model, the birth rate of a species is r, 0 <r<1, and each species receives at birth a uniform fitness in [0,1], independent of the other species of the process at that time. Each new species has 1 individual at the moment of birth. Furthermore, an assignment of a new individual to a species present in the system occurs with rate 1-r. Each species has a probability of assignment weighted by a given function f, that depends on species fitness. Finally, the death rate is , <r. When a death event occurs, the species with the lowest fitness of the system is removed with all individuals. We study the asymptotic behavior of the distribution of the size of a species chosen randomly for a big time: we characterize the asymptotic form of this distribution under certain conditions on the function f.

Orientador: Celso Luis Marino / Resumo: The forest-breeding program in Brazil has the general objective of providing most adapted plants to different environments for various Brazilian regions, for fulfilling timber demands meant for multiple uses in the country. One of the main problems found in different forest breeding programs are the difficulty to identify the different species and hybrids. The use of molecular biology techniques in plant breeding programs is found very effective in the optimization of the time and the direction of these programs, particularly among those plants of the same subgenus. The process of selection and hybrid plants selected for planting in most cases; significantly increase the gain in terms of production and adaptability. The use of molecular markers to characterize the molecular variability of forest species has revolutionized genetic analysis in recent years. The bulk segregant analysis (BSA) is a technique used to identify molecular markers linked to monogenic, dominant or recessive characters. BSA technique in combination with Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) technique is an efficient methodology for the detection of polymorphism from genomic restriction fragments through PCR amplification; which helps in analyzing large number of loci for testing without the need for previous information of their sequence in respect to their dominance and reproducibility. The most recent and promising applications of molecular biological methods for the detection of small DNA fra... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Dentre os representantes de Campanulariidae, o gênero Orthopyxis é conhecido pela ampla plasticidade morfológica de suas espécies, bem como pela semelhança com o gênero Campanularia. Essas características levaram à descrição de muitas espécies nominais no Atlântico sul-ocidental e confusões com o gênero Campanularia, dificultando a identificação das espécies. Nesse contexto, este estudo teve os objetivos de (1) rever as ocorrências de Orthopyxis no Atlântico sul-ocidental, (2) compreender a variação morfológica intra-específica de Orthopyxis e delimitar suas espécies por meio de estudo morfométrico e molecular, e (3) compreender as relações entre os gêneros Orthopyxis e Campanularia no Atlântico sul-ocidental, levantando evidências morfológicas e moleculares que pudessem delimitá-los. A análise das sequências de DNA resultou no monofiletismo do gênero Orthopyxis e na delimitação das espécies O. sargassicola, O. integra e O. crenata, esta última um novo registro para o Atlântico sul-ocidental. As análises morfológicas permitiram identificar os caracteres informativos para a delimitação dessas linhagens, bem como a amplitude de variação dos caracteres morfológicos frequentemente utilizados para diagnose das espécies de Orthopyxis. Esse estudo aponta evidências morfológicas informativas para a delimitação dos gêneros, principalmente em relação ao cnidoma. O presente estudo do gênero Orthopyxis no Atlântico sul-ocidental poderá servir como modelo para o delineamento de outras pesquisas envolvendo a família Campanulariidae, ao mostrar que as espécies podem ser corretamente delimitadas a partir de análises morfológicas e moleculares. / Within the Campanulariidae, the genus Orthopyxis is known for its morphological plasticity and resemblance with the genus Campanularia. These characteristics have led to the description of numerous nominal species in the southwestern Atlantic, and also to considerable confusion with the genus Campanularia, making taxonomic identification very difficult. In this context, the goal of this study was to (1) review the occurrences of Orthopyxis in the southwestern Atlantic, (2) understand its intraspecific morphological variation and delimit species using morphological and molecular data, and (3) investigate the relationships between Orthopyxis and Campanularia to find morphological and molecular evidence for their delimitation. The molecular analyses resulted in a monophyletic Orthopyxis, and in the delimitation of O. sargassicola, O. integra, and O. crenata, the latter a new record for the southwestern Atlantic. The morphological analyses identified the characters that are most informative for the delimitation of these lineages, as well as the amplitude of morphological variation within the characters frequently used in the taxonomy of Orthopyxis.This study identified some morphological evidence for the delimitation of both genera, especially in relation to the cnidae. The present study of the genus Orthopyxis in the southwestern Atlantic can be used as a model for the delineation of future investigations of the family Campanulariidae, in the sense that species may be successfully delimited with an integrated morphological and molecular approach.

A interação espontânea entre pirita e íons mercúrio foi acompanhada por meio de voltametria cíclica. Eletrodos de carbono grafite e parafina sólida recobertos com grãos de pirita foram mergulhados em soluções contendo íons mercúrio, retirados, lavados e introduzidos na solução de trabalho (solução tampão de ácido acético 0,25M e acetato de sódio 0,25M). Eletrodos que previamente estiveram imersos na solução contendo íons Hg(II) apresentaram um potencial de circuito aberto maior que o potencial típico da pirita na mesma solução. Com o elevado número de novos processos eletroquímicos detectados verifica-se a complexidade do sistema pirita/íons Hg(II) e que mais de uma espécie de mercúrio se deposita espontaneamente sobre o mineral. A possibilidade de formação de sulfeto de mercúrio sobre a pirita foi investigada construindo eletrodos com duas espécies de sulfeto (HgS(preto) e HgS(vermelho)). A resposta eletroquímica do HgS(preto) apresenta processos catódicos e anódicos semelhantes aos processos observados no voltamograma da pirita, após sua interação com íons Hg(II). Entretanto, o perfil eletroquímico do HgS(vermelho) não apresenta qualquer semelhança com voltamograma do sistema pirita/íons Hg(II). Realizou-se estudos para verificar a influência de variáveis químicas (concentração e pH) e físicas (tempo, temperatura e transporte de massa). Observou-se que o transporte de massa acelera o processo de adsorção de espécies de mercúrio sobre a pirita e determinou-se a melhor condição experimental de retirada de íons mercúrio. / The spontaneous interaction between pyrite and mercury ions was studied employing cyclic voltammetry. The electrodes, consisting of solid paraffin and graphite covered by pyrite particles, were immersed in solutions containing mercury ions. After mineral/mercury ions interaction, the electrode was washed and introduced in the working solution (acetic acid 0,25M and acetate of sodium 0,25M). Eletrodes which were immersed in the solution containing mercury ions, presented a open circuit potential more positive than that of the pyrite in the same solution. The high number of new electrochemical processes detected denotes the complexity of the system pyrite/mercury ions and indicates that several species of mercury may deposit spontaneously on the mineral surface. The possibility of formation of mercury sulfide on the pyrite was investigated employing electrodes constructed with HgS(Black) and HgS(red). The electrochemical response of HgS(black) presents cathodic and anodic processes similar to that observed in the voltammogram of pyrite, after interaction with mercury ions. The potentiodynamic profile of HgS(red) it does not present any similarity with the voltammogram of the system pyrite/mercury ions. Studies were carried out to verify the influence of chemical (concentration and pH) and physical variables (time, temperature and mass transport). It was observed that the mass transport accelerates the adsorption process of mercury species on the pyrite surface and the optimal experimental condition for scavenging mercury ions was determined.

A Mata Atlântica é considerada um dos ecossistemas mais biodiversos e ao mesmo tempo mais ameaçados do planeta. As aves são apontadas como o grupo de vertebrados com a maior riqueza geral, endemismos e espécies ameaçadas desse domínio. Embora possa ser considerado o domínio natural brasileiro cuja avifauna foi mais intensamente estudada, o conhecimento ornitológico acumulado sobre a Mata Atlântica encontra-se segmentado e altamente disperso, o que acaba por torná-lo sub-utilizável. Embora existam na literatura valores de riqueza e listas de espécies de aves da Mata Atlântica, há uma grande discrepância entre os resultados apresentados e uma falta de métodos explícitos detalhados nas maior parte desses trabalhos. Essa situação, somada a um significativo crescimento do conhecimento ornitológico em anos recentes, demonstra a necessidade de uma iniciativa que busque reunir o atual estado de conhecimento sobre a avifauna desse domínio. Dentro desse contexto, os objetivos do presente estudo foram definir a riqueza e composição de espécies, subspécies e endemismos da avifauna da Mata Atlântica, compilar informações sobre o status de ocorrência e preferência de habitat das suas espécies e traçar um panorama atualizado sobre a conservação das mesmas. Para isso, foram analisados os padrões de distribuição dos táxons com ocorrência conhecida dentro dos limites geográficos da Mata Atlântica e, para as espécies aceitas como pertencentes à sua avifauna, informações sobre sua ecologia e sazonalidade. Como fontes de informação foram consultados a literatura científica, mapas de distribuição, espécimes ornitógicos e informações primárias colhidas durante trabalhos de campo. Os resultados apontam que a avifauna da Mata Atlântica possui elevada riqueza de táxons, sendo composta por 891 espécies, das quais 464 são políticas e representadas no domínio por 608 subespécies, totalizando 1035 táxons específicos e subespecíficos, distribuidos em 26 ordens e 80 famílias. Apesar da maioria das espécies de aves da Mata Atlântica ser residente, deve ser ressaltada a presença de um número expressivo de espécies que realizam deslocamentos sazonais, cerca de 16%. Mais da metade das espécies de aves da Mata Atlântica ocorrem em ambientes florestais, mas uma parte significativa está associada a outros habitats, incluindo ambientes abertos naturais e antrópicos, áreas úmidas e ambientes marinhos costeiros. A avifauna da Mata Atlântica é caracterizada por uma alta taxa de endemismos, incluindo 27 gêneros, 213 espécies e 162 subespécies. O panorama atualizado sobre o estado de conservação das aves da Mata Atlântica reitera sua situação crítica e revela que um número de espécies muito maior do que se supunha pelas listas nacionais e internacional de espécies ameaçadas corre sério risco de se extinguir ou já se extinguiu dentro do domínio. Com base nas informações compiladas durante esse estudo são apontados como os principais desafios e oportunidades de pesquisa para a ornitologia da Mata Atlântica: a necessidade de revisão taxonômica de um grande número de subespécies, sobretudo de diversos táxons endêmicos e ameaçados; necessidade de revisão das áreas de endemismos de aves no domínio; utilização dos padrões de distribuição das aves da Mata Atlântica para analisar afinidades biogeográficas entre suas diferentes regiões; necessidade de levantar informações sobre padrões de ocorrência e sazonalidade de suas espécies migratórias e uma reavaliação da atual estratégica de conservação baseada em listas nacionais de espécies ameaçadas / The Atlantic Forest is one of the most important biodiversity hotspots, yet it is one of the most threatened domains in the planet. Birds are among the vertebrates with the greatest species richness, endemism and number of threatened species of this domain. The Atlantic Forest may be considered the domain in which the avifauna has been studied the most, but this ornithological knowledge is fragmented and highly dispersed, which makes it underused. Some reviews of the bird species occurring in the Atlantic Forest are available in the literature, but a comparative analysis of their results reveals many discrepancies and a lack of systematic methodology among most of them. In addition, in recent years there has been a significant increase in the ornithological knowledge of the Atlantic Forest, demonstrating the need for a new review that gathers the current knowledge about the avifauna of the Atlantic Forest. Therefore, the objectives of the present study were to define which are the species, sub-species and endemisms of the Atlantic Forest avifauna, to gather information about species occurrence and habitat preference and to give an updated overview of their conservation status. I analyzed the distribution patterns of each species and/or subspecies within the Atlantic Forest and described their habitat and seasonality. Data was gathered from the scientific literature, distribution maps, museum specimens and field work. The Atlantic Forest avifauna is composed of 861 species, with 464 of them being polytypic and accounting for, 608 subspecies, thus amounting 1035 specific and subspecific taxons grouped into 26 orders and 80 families. The majority of the species were found to be resident whereas a noteworthy 16% of them perform seasonal movements. More than half of species occur in forest habitats, while a significant portion is associated with other habitats including natural open habitats and anthropic environments, humid areas and costal marine environments. The Atlantic Forest avifauna is characterized by a high level of endemism, including 27 genera, 213 species and 162 sub-species. The updated overview about the conservation status of the Atlantic Forest birds reiterates their critical situation and reveals that the number of threatened or extinct species in this domain is much greater than previously reported in national and international lists of threatened species. The main challenges and opportunities to future research efforts on the Atlantic Forest avifauna are the need for a taxonomic review of the large number of sub-species, especially the many endemic and threatened taxons; a review of the endemic areas within the domain; the use of distribution patterns of the Atlantic Forest birds to analyze the biogeographic affinities among the different regions of the domain; to gather information about the occurrence of migratory species and their seasonal patterns; and re-evaluation of the a current conservation policies based on the national red list of threatened species