Les compoix sont, dans le Languedoc médiéval et moderne, les ancêtres des matrices cadastrales. Antérieurs à la Révolution, ils servent d’outils fiscaux à l’usage potentiel de chacune des 2700 communautés d’habitants de la province. Source documentaire abondamment employée par les historiens, depuis les travaux économiques et sociaux d’Albert Soboul et Emmanuel Le Roy Ladurie en particulier, elle n’a jamais fait l’objet, pourtant, de sa propre histoire. Celle-ci agit cependant comme un prisme qui révèle beaucoup d’aspects de l’évolution de la vie politique, institutionnelle et sociale du Languedoc ancien, considérée sur presque cinq siècles. Créés pour répartir l’impôt foncier, les compoix constituent ainsi un observatoire de la manière dont une société provinciale compose avec les progrès de l’État. Élaborés pour identifier les détenteurs du sol, ils cristallisent des enjeux relatifs à la sociabilité des communautés d’habitants rurales et urbaines. Réalisés par le recensement des parcelles et de la nature de leur mise en valeur, ils disent l’espace tel qu’on se le représente à un moment donné et tous ensemble, parlent de la conception évolutive du territoire. Les compoix sont à la fois les réceptacles et les pôles émetteurs des mutations lentes, profondes et parfois saccadées qui traversent les sociétés anciennes qui les ont rédigés. Le Languedoc ne constitue finalement qu’un poste d’observation commode de la longue construction interne du royaume de France par le développement de l’État, de son administration, de ses institutions et de ses relations avec la population et les territoires placés sous autorité. / The Languedoc compoix are, for medieval and modern times, the forerunners of actual land registers. Prior to the French Revolution, they were potentially used as fiscal tools by each one of the Province 2700 former municipalities. This documentary source has been widely used by historians, at first by Albert Soboul and Emmanuel Le Roy Ladurie for economic and social investigations. But the own history of the compoix has never been written before. However it acts as a prism able to show a lot of facets in ancient Languedoc political, institutional and social life evolutions – and this nearly over five centuries. As they were created to distribute the land tax between taxpayers, the compoix constitute an observation point of the way a provincial society puts up with the State development. They were elaborated to identify the landowners and they crystallize many stakes in the sociability of urban and rural communities. As they were carried out by listing land plots and the nature of their land use, they talk about space such as we all visualize it, and deal about the evolving conception of territories. The compoix are the transceivers of the slow, deep and sometimes jerky changes in the ancient societies, which ordered to make these registers. The Languedoc only constitutes a convenient vantage point to gaze at the French Kingdom internal building, by developing the State, its administration, its institutions and finally its relationships with local populations and territories under its authority.

Le processus de digestion anaérobie conduit à la production de biométhane, un vecteur flexible d’énergie renouvelable. L’amélioration du rendement de ce processus est souvent évoquée comme dépendante de la compréhension approfondie de la structure et de la dynamique des communautés microbiennes qui y sont impliquées. L’objectif de la thèse a été de caractériser les communautés microbiennes impliquées dans le processus de digestion anaérobie et de déterminer l’influence de facteurs opérationnels sur leurs dynamiques. Nous nous sommes en particulier intéressés à l’augmentation du taux de charge organique, le type de digesteurs anaérobies (réacteur continu perpétuellement mélangé vs réacteur anaérobie à chicane), mais aussi à la phase de démarrage d’un digesteur de ferme avec une montée en température. En absence de conditions contraignantes, nous avons observé l’installation de populations méthanogènes les mieux adaptées à la production de biogaz dans les réacteurs étudiés et la mise en place de communautés microbiennes similaires entre réacteurs réplicats. Cependant, des changements au niveau opérationnel ont conduit au développement de communautés divergentes en termes de structure. En effet, en présence d’un environnement déterministe, la plupart des bactéries et archées impliquées en digestion anaérobie ont montré une redondance fonctionnelle à la perturbation. Toutefois, certaines populations bactériennes dominantes ont également pu montrer des phénomènes de résistance, en termes de présence et d’abondance, à l’évolution des conditions environnementales. Au cours de nos études, les différentes communautés s’installant dans les digesteurs étudiés ont également montré des aptitudes variables pour la production de biogaz. De plus, des corrélations entre les communautés bactériennes, archées et eucaryotes ont aussi été démontrées, soulignant le rôle non négligeable des eucaryotes dans le processus de digestion anaérobie et l’installation de communautés microbiennes dominantes et spécifiques à la production de biogaz. Ainsi, les changements au sein de la communauté microbienne résultant de la modification progressive de facteurs opérationnels, et ce bien avant l’apparition des premiers symptômes d’inhibition de la production de biogaz, pourraient permettre le développement d’indicateurs microbiens de l’état du processus de digestion anaérobie et donc la mise en place d’une gestion microbiologique raisonnée des digesteurs anaérobies / The anaerobic digestion process leads to the production of biomethane, a versatile renewable energy vector. The dynamics and interactions between specific microbial groups are currently considered as key research subjects towards the improvement of the anaerobic digestion (AD) process. Indeed, deeper knowledge of the ecology of AD, the dynamics of the microbial populations and their structure could provide valuable information regarding unexplained and unpredictable failures or malfunctioning of the anaerobic digestion process. The aim of this work was to characterize the microbial communities involved in the AD process, and to study their responses due to the change of operational parameters such as an increase of the organic loading rate, the reactor type (completely stirred tank reactor vs anaerobic baffled reactor), or the start-up phase of a farm reactor with a shift from psychrophilic to mesophilic temperature range. While we observed the installation of similar microbial populations between replicated reactors under stable conditions, best adapted to biogas production, the microbial communities started to diverge once the operational parameters changed. Indeed, due to deterministic environment, most of bacteria and archaea showed redundant functional adaptation to the changing environmental conditions. However, some dominant bacterial populations were also resistant in terms of presence and abundance to the environmental change. The specific microbial communities established in our studied reactors showed also discrepancies in terms of biogas yields. Furthermore, correlations between the bacterial, archaeal and eukaryotic communities were pointed out, indicating the putative influence of eukaryotes on the anaerobic digestion process and the establishment of the other microbes having crucial functions during the anaerobic biomass digestion. Interestingly, shifts inside the anaerobic microbial community due to the gradual change of operational parameters, were detected prior to any biogas production inhibition, giving the opportunity for the development of potential early microbial indicators for assessing the AD process status and improving the microbial management of anaerobic reactors