La contamination des équipements d’alimentation des veaux en pré-sevrage est une préoccupation de santé importante dans l’industrie laitière, et peut être associée à une augmentation des taux de morbidité et de mortalité. Les producteurs laitiers et intervenants ont donc besoin d’un outil pratique, rapide et fiable pour évaluer la propreté des équipements, compte tenu que l’évaluation visuelle seule est insuffisante. Les objectifs de cette étude sont de développer une méthode standardisée pour évaluer la propreté de plusieurs équipements grâce à la luminométrie, d’estimer la prévalence de contamination et décrire les pratiques de gestion recommandées pour le nettoyage. Un total de 7 troupeaux laitiers du Québec a été choisi par convenance. Après l’évaluation visuelle de l’hygiène, la propreté des équipements a été évaluée par écouvillonnage direct pour les seaux et les tétines avec des écouvillons Hygiena UltraSnap®. Une technique de rinçage a été utilisée pour les tubes à gaver, les biberons et les distributrices automatiques de lait (AMF) avec des écouvillons UltraSnap®, AquaSnap® et MicroSnap®. Pour valider la technique d’écouvillonnage direct des seaux, une étape avec le même opérateur et entre plusieurs opérateurs a été réalisée, ainsi qu’une culture bactérienne conventionnelle. Au total, 519 écouvillons ont été prélevés sur 201 équipements. La contamination médiane (intervalle interquartile) en RLU pour le biberon, le tube à gaver, l’AMF, le seau et la tétine est de 2 (1;6), 2 (0;12), 52 (19;269), 886 (128;7,230) et 899 (142;6 928), respectivement. La technique d’écouvillonnage direct, qui consiste à écouvillonner directement la surface d’un équipement, a montré une excellente corrélation pour la fidélité intra-opérateur (corrélation intra-classe (ICC) = 0,93; IC95%: 0,88-0,96). La fidélité inter-opérateur (2 sessions avec 3 opérateurs différents) a montré une corrélation élevée (ICC = 0,88; IC95%: 0,78-0,94 pour la 1ère session et ICC = 0,89; IC95%: 0,79-0,95 pour la 2e). Le score visuel (qui grade de 1 à 4 la propreté des équipements selon la quantité de matières organiques) des tubes à gaver, de l’AMF et des seaux a été positivement associé aux valeurs du luminomètre. Une corrélation positive entre la culture bactérienne et l’écouvillonnage direct des seaux a été trouvée pour l’UltraSnap (rho de Spearman (rs) = 0,653; IC95%: 0,283-0,873; P = 0,0003) et le MicroSnap (rs = 0,569; IC95%: 0,309-0,765; P = 0,002). Cette étude décrit une technique standardisée d’écouvillonnage à la ferme pour évaluer le statut hygiénique des équipements par luminométrie, qui peut être intégrée dans la gestion des problèmes de santé des veaux laitiers en pré-sevrage. / The contamination of equipment used to feed pre-weaned calves is an important health issue for the dairy industry, which can be associated with increased morbidity and mortality rates. Therefore, dairy producers and consultants need a practical, quick, and reliable tool to assess equipment cleanliness, since visual assessment alone is insufficient. The objectives of this cross-sectional study are to develop a standardized robust method to evaluate the cleanliness of several types of feeding equipment on-farm by using luminometry, with special emphasis on a direct swabbing technique to sample buckets, and to estimate the prevalence of contamination and the recommended management practices for cleaning and describing equipment. A total of 7 Quebec commercial dairy herds were selected conveniently. Following visual hygiene scoring, the cleanliness of available piece of feeding equipment was assessed using direct surface swabbing for buckets and nipples with Hygiena Ultra-Snap® swabs. A liquid rinsing technique was used for esophageal feeders, bottles, and automatic milk feeders (AMF) with UltraSnap®, AquaSnap®, and MicroSnap® swabs. To validate the direct swabbing technique of buckets, a comparison within and between operators was realized, as well as a conventional bacterial culture. A total of 519 swab samples were obtained from 201 pieces of equipment. The median (interquartile range) contamination in RLU for a bottle, esophageal feeder, AMF, bucket and nipple was 2 (1;6), 2 (0;12), 52 (19;269), 886 (128;7,230) and 899 (142;6,928), respectively. The direct swabbing technique, which consists in swabbing directly the surface of an equipment, showed an excellent correlation for inter-rater reliability (intraclass correlation (ICC) = 0.93; 95%CI: 0.88–0.96). The inter-operator (2 sessions with 3 different operators) reliability showed high correlation (ICC = 0.88; 95%CI: 0.78–0.94 for the 1st session, and ICC = 0.89; 95%CI: 0.79–0.95 for the 2nd session). The visual score (who ranks equipment cleanliness from 1 to 4 according to the quantity of organic matter) of esophageal feeders, AMF and buckets was positively associated with luminometer values. A positive correlation between bacterial culture and direct swabbing of buckets was found for the UltraSnap (Spearman’s rho (rs) = 0.653; 95%CI: 0.283–0.873; P = 0.0003) and MicroSnap (rs = 0.569, 95%CI: 0.309–0.765; P = 0.002). This study describes a standardized and practical on-farm swabbing technique for assessing the hygienic status of feeding equipment by luminometry, which can be integrated in the investigation of preweaning dairy calves’ health problems.

Les entérobactéries productrices de carbapénèmases peuvent être responsables d’impasses thérapeutiques puisque ces souches sont multirésistantes aux antibiotiques. La colistine, un antibiotique de la famille des polymyxines, fait partie des molécules de derniers recours potentiellement utilisables pour le traitement des patients infectés par ces souches. Son utilisation est ainsi en augmentation constante mais des résistances émergent.Ce travail a contribué à l’amélioration du diagnostic de la résistance à la colistine par le développement de deux nouveaux outils diagnostiques : un test rapide, le Rapid Polymyxin NP test et un milieu de culture sélectif, la gélose SuperPolymyxin. Il a permis d’identifier de nouvelles mutations chromosomiques au sein des gènes pmrA, pmrB, phoP, phoQ, mgrB et crrB responsables de l’acquisition de résistances et d’hétérorésistance à la colistine chez K. pneumoniae et K. oxytoca. Il a révélé que les mutations chromosomiques et les résistances plasmidiques étaient additionnelles et pouvaient entraîner l’acquisition d’un haut niveau de résistance à la colistine chez E. coli. Il a permis d’identifier une épidémie de souches de K. pneumoniae productrices de la carbapénèmase OXA-48 et résistantes à la colistine en France en 2014. Il a démontré que Hafnia était un genre d’entérobactéries présentant une résistance naturelle de bas niveau à la colistine. Enfin, il a permis de proposer une option thérapeutique, le ceftazidime/avibactam en association ou non avec l’aztréonam, pour traiter les patients infectés par les souches de K. pneumoniae productrices de carbapénèmases et résistantes à la colistine.Ce travail a ainsi contribué à améliorer les connaissances sur la résistance à la colistine chez les BGN au niveau du diagnostic, des mécanismes de résistance acquis, des résistances naturelles, et de l’épidémiologie et a permis de proposer des combinaisons d’antibiotiques actives in vitro sur les souches de K. pneumoniae productrices de carbapénèmases et résistantes à la colistine. / Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae may be responsible for therapeutic impasses since these strains are multidrug-resistant. Colistin, an antibiotic of the polymyxin family, is one of the last-resort molecules potentially usable for the treatment of patients infected with these strains. Its use is thus constantly increasing but resistances emerge.This work contributed to improve the diagnosis of colistin resistance by developing two new diagnostic tools: a rapid test, the Rapid Polymyxin NP test and a selective culture medium, the SuperPolymyxin agar. It identified new chromosomal mutations within the pmrA, pmrB, phoP, phoQ, mgrB and crrB genes responsible for the acquisition of colistin resistance and heteroresistance in K. pneumoniae and K. oxytoca. It revealed that chromosomal mutations and plasmid resistance were additional and could lead to the acquisition of a high level of colistin resistance in E. coli. It identified an outbreak caused by colistin-resistant OXA-48-producing K. pneumoniae strains in France in 2014. It demonstrated that Hafnia was a genus of enterobacteria with low-level intrinsic resistance to colistin. Finally, it suggested a therapeutic option, the ceftazidime / avibactam in combination or not with aztreonam, to treat patients infected with colistin-resistant and carbapenemase-producing K. pneumoniae.This work has significantly contributed to improve the knowledge of colistin resistance in Gram negatives in diagnostic, in characterization of acquired or intrinsic resistance mechanisms, and in epidemiology.

Fin avril 2009, un nouveau virus grippal A/H1N1 d'origine porcine émerge dans le monde causant la première pandémie grippale du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent la gestion de cette situation au laboratoire de virologie des hôpitaux publics de Marseille. D'avril 2009 à avril 2010, nous avons analysé plus de 13 000 prélèvements issus de cas suspects. Nous avons dû adapter continuellement les moyens mis en œuvre pour effectuer le diagnostic et la mise en place d'une stratégie 'Point of Care' s'est avérée très utile. Nos résultats montrent que l'usage des tests rapides en complément de la RT-PCR en temps réel permet de réduire significativement le délai de rendu des résultats pour les patients infectés. Les données épidémiologiques sur les nombreux cas suspects dépistés ont également permis d'obtenir en temps réel des informations précieuses sur l'épidémiologie de cette pandémie comme l'estimation de l'incidence par classe d'âge, la proportion de patients hospitalisés et la mortalité. Enfin, nous avons réalisé une étude de séroprévalence qui montre qu'environ 12% de la population française a été infectée par ce nouveau virus en 2009-2010 et que les taux d'attaque les plus élevés ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes. / In late April 2009, a new swine-origin A/H1N1 Influenza virus emerged and spread rapidly worldwide causing the first influenza pandemic of the 21st century. This work describes how we coped with this emergency situation in the virology laboratory of Marseille public hospitals. From April 2009 to April 2010, we analyzed more than 13,000 samples from suspected cases. We needed to adapt continuously the organization to maintain diagnostic capacity and the implementation of a point of care strategy revealed very useful to achieve this goal. Our results support the use of rapid Influenza detection tests in combination with real-time RT-PCR because it reduces significantly the delay from sample to result for positive cases, thus giving the opportunity to improve patient management. Epidemiological data from all suspected cases tested allowed us to obtain timely precious information about the epidemiology of this pandemic as the estimation of (i) the incidence by age group, (ii) the rate of hospitalization and (iii) the mortality rate among tested patients. Finally, we set up a serological study and showed that around 12% of the French population had been infected by this new virus in 2009-2010 with higher attack rates observed in children and young adults.

Introduction – La place des tests de diagnostic rapide (TDR) et des règles de décision cliniques (RDC) pour le diagnostic des pharyngites à streptocoque du groupe A (SGA) chez l’enfant varie selon les recommandations internationales en raison de doutes sur la stabilité des performances diagnostiques du TDR et d’une validation insuffisante des RDC. Méthodes – Dans une étude prospective multicentrique (n=17) ambulatoire réalisée au sein du réseau clinique pédiatrique ACTIV de 2009 à 2011, 1776 enfants avec pharyngite ou sains ont été soumis à des prélèvements de gorge pour réaliser un TDR et une mise en culture (test de référence). Nous avons étudié l’effet indépendant de variables liées aux patients et aux médecins sur les performances diagnostiques du TDR, exploré systématiquement les faux-Positifs (FP) du TDR et réalisé une validation externe et une comparaison des RDC existantes. Résultats – La sensibilité du TDR (en moyenne 87%) variait selon la présentation clinique (âge, signes cliniques), l’inoculum bactérien et le phénomène de portage (paramètres aussi liés entre eux), et selon des variables liées aux médecins (dont le type d’activité clinique). La valeur prédictive négative du TDR était élevée (autour de 90%) et stable. Les FP du TDR étaient positifs pour le SGA en PCR. Aucune RDC n’était satisfaisante en termes de calibration et de discrimination. Conclusion – Le TDR est suffisant pour le diagnostic de pharyngite à SGA si les cliniciens évaluent leurs propres performances et les améliorent si besoin. Aucune RDC ne peut être recommandée en pratique clinique en pédiatrie. / Background – The roles of rapid antigen detection tests (RADT) and clinical prediction rules (CPR) for the diagnosis of group A streptococcus (GAS) in children with pharyngitis vary across international clinical guidelines. This might be related to unstable diagnostic accuracy of RADTs and insufficient validation of CPRs. Methods – In a prospective multicenter (n=17) office-Based study that took place in France within the ACTIV network between 2009 and 2011, 1776 children with pharyngitis or healthy controls underwent throat swabs to perform a RADT and a throat culture (reference standard). We assessed the independent effect of patient- and physician-Level characteristics on the accuracy of a RADT, systematically re-Analyzed RADT false-Positive results, and externally validated and compared existing CPRs. Results – RADT sensitivity (overall 87%) varied according to clinical signs and symptoms, bacterial inoculum size and GAS throat carriage (factors also related to each other), and according to physician-Level characteristics (including type of clinical practice). RADT negative predictive value was high (about 90%) and stable. RADT false-Positives were positive for GAS when using a new PCR technique. No CPR had sufficient performances regarding calibration and discrimination. Conclusions – RADTs are sufficient for diagnosing GAS pharyngitis if clinicians accept diagnostic accuracy monitoring and adequate training when needed. No CPR can be recommended for use in pediatrics.