Spongiaires Irciniidae de Méditerranée : Chimiotaxonomie, métabolites volatils et bio-indicateurs de pollution par les éléments traces métalliquesLe projet de recherche qui m’a été confié concerne l’étude des éponges Irciniidae de Méditerranée : Ircinia oros, I. variabilis, I. dendroides, Sarcotragus spinosulus et S. foetidus ; collectées, dans le cadre du programme ECIMAR (ANR Biodiversité 2006), dans huit différents sites : détroit de Gibraltar (Ceuta - Espagne), bassin nord occidental (Costa Blanca et l’Estartit – Espagne et Banyuls, Marseille et l’île de Corse - France) et le bassin oriental (Crète - Grèce et Liban).La famille Irciniidae est actuellement constituée de trois genres : Ircinia, Sarcotragus et Psammocinia. La systématique de ces éponges est relativement complexe. Ainsi, le statut de Sarcotragus est considéré comme incertain et la distinction entre certaines espèces d’Ircinia fait encore l’objet de nombreuses discussions. Pour tenter de clarifier ce désordre de la classification biologique, nous avons choisi, dans un premier temps, une étude chimiotaxonomique basée sur la RMN 1H et les analyses multivariées. Par cette approche de métabolomique des différentes espèces, nous avons pu démontrer que les genres Ircinia et Sarcotragus sont caractérisés, d’un point de vue chimique, par des marqueurs chimiotaxonomiques appartenant respectivement à la famille des furanoterpènes et des hydroquinones prénylées.Dans un second temps, nous avons mené une étude comparative des composés volatils présents dans les espèces I. oros, I. variabilis, I. dendroides et S. spinosulus, provenant de trois sites : Marseille, Ceuta et Costa blanca. En effet, des composés volatils comme le diméthylsulfure, le méthylisocyanate et le méthylisothiocyanate, sont présents dans Ircinia felix et ils sont responsables de la forte odeur caractéristique et nauséabonde de cette espèce. L’identité et le rôle écologique potentiel de l’ensemble des volatils sont encore peu étudiés. Plusieurs hypothèses concernant leurs origines ont été proposées (éponge et/ou symbiote) sans toutefois parvenir à une conclusion certaine. De plus, les composés volatils présents dans les éponges Sarcotragus n’ont pas été étudiés, bien qu’elles se distinguent également par une forte odeur. Dans ce cadre, nous avons mis au point un protocole d’étude des composés volatils des spongiaires en utilisant la microextraction SPME de l’espace de tête et l’analyse par CG-SM et/ou CG*CG-MS. Les composés identifiés sont des alcanes, des alcènes, des aldéhydes, des dérivés furaniques et soufrés, issus fort probablement de la dégradation de terpénoïdes par les bactéries associées aux éponges.Enfin, nous avons réalisé une étude comparative de la bioaccumulation d’éléments trace métalliques (ETM) par I. oros, I. variabilis et S. spinosulus, afin d’identifier de potentiels bioindicateurs de pollution par les ETM dont la contamination a considérablement augmenté en Méditerranée pendant ces 20 dernières années. Notre étude a révélé que les différentes espèces semblent bioaccumuler l’arsenic, le chrome, le cuivre, le fer et le plomb, alors qu’elles régulent le cadmium. / The Irciniidae marine sponges from the Mediterranean Sea: secondary metabolism, volatile compounds and potential bio-indicators of a heavy metal pollutionMarine sponges of the Irciniidae family (I. oros, I. variabilis, I. dendroides, S. spinosulus and S. foetidus) collected during the french ANR program ECIMAR from eight different areas over the Mediterranean Sea: Gibraltar Straits (Ceuta - Spain), North Western basin (Costa Blanca and Estartit – Spain and Banyuls, Marseille and Corsica Island - France, and Monaco) and Eastern basin (Crete - Greece and Lebanon) were studied.We used first a chemotaxonomical approach based on 1H NMR chemical fingerprints and multivariate analysis to better characterize the species. Systematic of the Irciniidae family is still unclear, notably the status of Sarcotragus is viewed as uncertain and the distinction of some Ircinia species remains difficult. To clarify this biological classification disorder, we used a chemosystematics strategy. In the present study, we showed that Ircinia and Sarcotragus genera are chemically characterized by chemotaxonomic markers belonging to furanoterpenes and prenylated hydroquinones families respectively. We report also a comparative GC-MS analysis of the volatile components of S. spinolusus, I. oros, I. variabilis and I. dendroides using static headspace solid phase microextraction (HS-SPME). Sponges of the genus Ircinia were described to exude low-molecular-weight volatile compounds (e.g., dimethyl sulfide, methyl isocyanide, methyl isothiocyanate) that give these sponges a characteristic strong and unpleasant odor. To date, the volatile constituents of sponges of the genus Sarcotragus have not been studied, though their odor is no lighter than the associated genus Ircinia from the same family. The impact of different parameters (e.g., sample weight, fiber coating, extraction time and temperature) was evaluated to determine the best conditions of analysis. The types of compounds identified include alkanes, alkenes, aldehydes, ketones, furans, and sulfides probably produced from bacterial degradation of naturally occurring terpenoids. Finally, we performed a comparative study on metal bioaccumulation by I. oros, I. variabilis, and S. spinosulus to select the most suitable species for metal monitoring. Contamination by heavy metals has increased drastically in the coastal Mediterranean during the last 20 years. Arsenic, chromium, copper, iron and lead bioaccumulation were shown to fit an accumulation strategy, while cadmium seemed to be bio-regulated.

Au cours de la première moitié de l’Holocène les conditions climatiques, eustatiques et anthropiques connaissent de nombreuses et importantes modifications. Parmi celles-ci, les données. Parmi celles-ci, les données régionales relatives au quart nord-ouest du bassin méditerranéen révèlent plusieurs variations pluriscalaires et significatives des conditions d’humidité ainsi que des températures. Parallèlement, la hausse du niveau marin enregistre des vitesses très élevées et la région de l’arc Liguro-Provençal voit l’installation des premières communautés agro-pastorales de la culture « Impressa », en l’occurrence dès le début du 6ème millénaire cal. BCE. Afin de qualifier la réponse de la végétation alluviale côtière, entre la fin du 8ème et le 5ème millénaire, face à l’évolution de ces conditions, l’analyse pollinique à haute résolution de deux séquences sédimentaires alluviales (bassin du Loup et de la Cagne) à été réalisée. Grâce à une approche pluridisciplinaire (carpologie, ostracologie, sédimentologie…) et méthodologique inédite (analyse du transport pollinique fluviatile) les résultats montrent une évolution précise des écosystèmes végétaux côtiers et alluviaux. Au sein de cette évolution, la remontée du niveau marin joue un rôle fondamental comme en témoigne l’expansion littorale des aulnaies marécageuses. Le forçage climatique joue également un rôle important. Les étés plus humides du 6ème millénaire participe à la diffusion du sapin à basse altitude, alors que l’augmentation de la fréquence des sécheresses estivales enregistrées à partir du 5ème millénaire favorise le développement d’une végétation sclérophylle à bruyère arborescente. La néolithisation de la région participe également au façonnage des paysages littoraux. La récurrence du type pollinique Cerealia (gr. Hordeum) dès les premières décennies du 6ème millénaire atteste de l’importance des plaines alluviales côtières dans l’économie de production des premiers groupes néolithiques. / This study investigates the impact of climate and sea level changes and the anthropogenic perturbations on the alluvial vegetation in the Mediterranean French coastal plains during the early to mid Holocene. Between 7000 and 3700 BCE, the combination of different type of regional proxy records reveal significant changes in the humid conditions and temperatures. These records also reveal rapid sea level changes and the first Neolithic settlement (5800 caL. BCE) in Southeastern France (« Impressed ware culture »). High resolution pollen data from two cores sampled in the alluvial plains of the Cagne and the Loup Rivers enable to study the vegetation responses to these changes. Thisstudy employed a pluridisciplinary approach (carpology, study of ostracods, sedimentology…) and developed a new ethodology for the assessment of the fluvial pollen transport. The results reveal a significant connection between the vegetation structure from the coastal area and the sea level changes. This relationship explains the alder expansion in the swamp area. Moreover the results also reveal the effects of the humid summer conditions on the vegetation dynamics and explain the spruce expansion during the sixth millennium BCE as well as the expansion of the sclerophyllous vegetationduring the fifth millennium BCE. The impact of the Neolithic agriculture on the alluvial land cover started with the first ecades of the sixth millennium BCE. Thanks to the frequencies of the pollen grains of cereals (Hordeum gr.) and the pollen vidence of forest decline between 6000 and 3700 BCE, the results show the significance of the Mediterranean coastal area in the Neolithic economy.

Ce travail de thèse porte sur l'analyse fonctionnelle des assemblages lithiques de la période protoaurignacienne (environ 40 000 – 32 000 BP) dans l'arc méditerranéen, visant à mettre en évidence les comportements techno-économiques de ces groupes humains. L’attention est portée sur deux aspects principaux associés à l’émergence de l’homme moderne en Europe occidentale : la production systématique des lamelles et l’exploitation de la matière dure animale. Plusieurs gisements sont considérés, appartenant à deux aires géographiques majeures : la Zone méditerranéenne (Grotte de l’Observatoire, Esquicho Grapaou, La Laouza) et le Nord de la France (Grotte des Cottés). / The Ph.D thesis deals with the Protoaurignacian lithic assemblages (circa 40 000 to 30 000 BP) from Mediterranean area sites via usewear observations, in order to display the techno-economic behaviours of these hunter-gatherer groups.Two major topics are considered, in association with the emergence of the modern Humans in Western Europe: bladelet production and osseous material exploitation. Many sites are concerned by our analysis, from different geographic zones: Mediterranean Area (Observatoire cave, Esquicho Grapaou, La Laouza) and Northern France (Les Cottés cave).

L'émergence de maladies telles que le SRAS et le SIDA au cours des dernières décennies a fait prendre conscience des liens étroits existant entre santé animale, santé humaine et santé des écosystèmes. En effet, les pathogènes émergents ont pour la plupart une origine zoonotique (i.e. ils circulaient à l'origine au sein des populations animales). Les risques sanitaires associés à ces émergences sont en constante évolution sous l'influence des changements globaux qui modifient les écosystèmes et les contacts entre les hôtes. La prévention et le contrôle des maladies infectieuses émergentes nécessitent la compréhension de leur dynamique dans l'ensemble des compartiments dans lesquels elles circulent. Le travail présenté ici avait pour objectif d'améliorer cette compréhension au sein des zones humides méditerranéennes en ce concentrant sur deux pathogènes émergents : les virus Influenza A (VIA) et le virus West Nile. Il a été structuré selon trois axes de recherche : i) Utiliser la surveillance épidémiologique de l'avifaune sauvage pour comprendre la circulation du virus West Nile dans le bassin méditerranéen ii) Comprendre la dynamique des VIA au sein des différents compartiments où ils circulent et à leur interface iii) Comprendre le rôle des conditions environnementales dans la dynamique des VIA notamment au sein des populations humaines. Nos résultats mettent en évidence l'intérêt de mener des études multidisciplinaires sur le long terme pour comprendre l'épidémiologie des maladies émergentes. Ils soulignent également le rôle des activités anthropiques et des conditions environnementales dans la dynamique de ces maladies. Nos études apportent des éléments de réflexion pour allier gestion des risques d'émergence et gestion des écosystèmes et des populations. Elles encouragent à développer ce type d'approche afin de relever le défi de la prévention et du contrôle des pathogènes émergents. / During the last decades, the emergence of numerous infectious diseases such as SARS and AIDS has raised awareness of the close links that exist between animal health, human health and ecosystem health. Many of the emerging pathogens have a zoonotic origin (i.e. they originally circulated among animal populations). The health risks associated with the emergence of these diseases are progressing under the influence of global changes that affect ecosystems and contacts between hosts. The prevention and control of emerging infectious diseases require an in-depth understanding of their dynamics in all the compartments in which they occur. The aim of the present work is to improve our understanding of these phenomena within the context of Mediterranean wetlands by focusing on two emerging pathogens: Influenza A viruses (IAV) and West Nile virus. The thesis is structured around three research axes i) Using epidemiological surveillance of wild birds to investigate the circulation of West Nile virus in the Mediterranean Basin ii) Exploring IAV dynamics in the different compartments in which they circulate and at their interface iii) Determining the role of environmental conditions in IAV dynamics, especially within human populations. Our results highlight the value of long-term interdisciplinary studies for the understanding of the epidemiology of emerging diseases. They also emphasize the role of human activities and environmental conditions in the dynamics of these diseases. Our studies open up perspectives for combining emerging disease risk management and the management of ecosystems and populations. They also argue in favour of further developing this type of approach in order to meet the challenge of emerging pathogen prevention and control.

Sous les effets combinés de la surexploitation des ressources marines et du changement climatique la mer Méditerranée se transforme progressivement en un point chaud du changement global. En dépit d’un grand nombre de modèles développés localement ou régionalement en mer Méditerranée, aucun ne s’est encore attelé aux modifications d'assemblages d’espèces à l’échelle du bassin avec une modélisation intégrée des écosystèmes de la physique jusqu’aux prédateurs et représentant explicitement les dimensions à la fois multi-spécifique, spatiale, et trophique. Ces travaux de thèse présentent donc un triple enjeu : (i) mettre en œuvre une telle modélisation de la richesse spécifique en Méditerranée basée sur les traits de vie et représentant l'intégralité du cycle de vie d’espèces en interaction ; (ii) projeter les conséquences des changements physiques et biogéochimiques induits par le changement climatique sur la distribution spatiale des espèces et sur la structure et le fonctionnement trophique de l'écosystème méditerranéen ; (iii) explorer des scénarios de gestion des pêches visant à reconstituer certains stocks d'intérêts commerciaux dans un contexte de changement climatique. Pour répondre à ces enjeux, un modèle end-to-end, OSMOSE-MED, s’appuyant sur le couplage d’un modèle de hauts niveaux trophiques OSMOSE à des modèles de physique et de biogéochimie NEMOMED12 et ECO3M-S, a été développé. Avec cent espèces modélisées, représentant près de 95 % des captures effectuées en Méditerranée, il s’agit du premier modèle trophique de ce type intégrant une aussi grande richesse spécifique, sur une échelle spatiale aussi vaste (la mer Méditerranée dans son ensemble) et à fine résolution (20x20 km²). Selon le scénario d'émissions de gaz à effet de serre RCP8.5, les projections réalisées avec le modèle OSMOSE-MED mettent en évidence une augmentation globale de la biomasse et des captures, respectivement de 22% et 7% d'ici la fin du siècle. Ces augmentations masquent néanmoins de grandes disparités géographiques. Le bassin oriental se démarque par une augmentation globale de la biomasse associée aux espèces exotiques. Au regard des captures, le modèle prévoit des augmentations dans le bassin oriental et une diminution importante dans la partie occidentale. Un changement de la composition spécifique des captures pourrait apparaître au cours du 21ème siècle avec l'apparition d'espèces gagnantes (e.g. anchois) et perdantes (e.g. merlu). Les espèces gagnantes seraient principalement les espèces de petits pélagiques, thermophiles et/ou exotiques, de plus petites tailles et de plus bas niveaux trophiques tandis que les espèces perdantes seraient généralement les grands démersaux et pélagiques, pouvant pâtir d'un décalage spatial avec leurs proies potentielles à la suite d'une contraction ou d'un déplacement de leur aire de répartition géographique. Dans ce contexte, les projections de scénarios de gestion des pêches mettent en évidence les avantages d'une plus grande sélectivité ou d'une réduction de la mortalité par pêche pour reconstituer certains stocks d'intérêts commerciaux, en particulier parmi les organismes appartenant au groupe des démersaux, benthiques et grands pélagiques. Une réduction de la mortalité par pêche pourrait en outre inverser les tendances projetées à la baisse de la biomasse et des captures totales en Méditerrannée occidentale. / Under the combined effects of overexploitation of marine resources and climate change the Mediterranean Sea is gradually becoming a hotspot of global change. Despite a large number of models developed locally or regionally in the Mediterranean Sea, no previous studies have addressed changes in species assemblages at the basin scale with an integrated ecosystem modelling from physics to predators and explicitly representing the multi-species, spatial, and trophic dimensions. This thesis work presents a threefold challenge: (i) implementing such a model of the species richness in the Mediterranean Sea based on life history traits and representing the entire life cycle of interacting species; (ii) projecting the consequences of physical and biogeochemical changes induced by climate change on the spatial distribution of species and on the structure and trophic functioning of the Mediterranean ecosystem; (iii) exploring fisheries management scenarios aiming at rebuilding some stocks of commercial interest in a climate change context. To address these challenges, an end-to-end model, OSMOSE-MED, based on the coupling of a high trophic level OSMOSE model with NEMOMED12 and ECO3M-S physical and biogeochemical models, has been developed. With 100 modelled species, representing nearly 95% of the catches made in the Mediterranean Sea, it is the first trophic model of this type to integrate such a large diversity of species, on such a large spatial scale (the Mediterranean Sea as a whole) and at fine resolution (20x20 km²). According to the greenhouse gas emissions scenario RCP8.5, projections made with the OSMOSE-MED model show an overall increase in biomass and catches of 22% and 7% respectively by the end of the century. However, these increases mask large geographical disparities. The eastern basin is characterized by an overall increase in biomass associated with exotic species. With regard to catches, the model projects increase in the eastern basin and a significant decrease in the western part. A change in the species composition of catches could appear during the 21st century with winner (e.g. anchovy) and loser (e.g. hake) species. Winner species would mainly belong to the small pelagics group, are thermophilic and/or exotic, of smaller sizes and of low trophic level while loser species are generally large-sized, some of them of great commercial interest, and could suffer from a spatial mismatch with potential prey subsequent to a contraction or shift of their geographic range. Fisheries management scenario projections highlight the benefits of greater selectivity or reduced fishing mortality for the recovery of certain stocks of commercial interest, particularly among organisms belonging to the demersal, benthic and large pelagic groups. A reduction in fishing mortality could also reverse the projected decline in biomass and total catches in the Western Mediterranean.

Localisé à l’extrême sud-ouest de la péninsule anatolienne en Turquie, Patara était un des principaux sites portuaires de la province de Lycie antique qui maintint son importance durant la période protobyzantine. Parmi les édifices balnéaires de Patara, les bains de Hurmalik se distinguent par sa localisation à l'intersection septentrionale des routes reliant le centre-ville au port et à la porte érigée en l'honneur du gouverneur Modeste. Les bains de Hurmalik sont parmi les premiers édifices fouillés de Patara. Construit vers la fin du Ier ou début du Ile siècle, l'édifice a connu une intensive réutilisation durant la période protobyzantine. Dans le but de comprendre les différentes phases d'utilisations et de réaménagements des bains, des fouilles ont été reprises de 2005 à 2008. L'étude du mobilier céramique des saisons 2005-2008 a révélé plusieurs groupes de céramiques importées et de productions locales appartenant à la période protobyzantine. Les céramiques importées se composent des grands groupes de céramiques fines et d'amphores. En provenance d'Afrique du Nord, du Levant et de l'Egée, ces produits de consommation montrent l'effervescence du économique de la ville et dans un plus large sens, les relations commerciales et culturelles qu'entretenait la Lycie avec les régions proches ou lointaines de l'espace méditerranéen entre le IVe et la première moitié du VIIe siècle. / Located on the southwestern edge of the Anatolian peninsula in Turkey, Patara was one of the main port sites of the antique Province of Lycia which. maintained its importance during the early Byzantine period. Among the bath buildings of Patara, the "Hurmalik Hamam" is distinguished by his location at the northern intersection of the roads linking the city center with the port and the gate erected in honor of Governor Modestus. The bath was among the first excavated buildings of Patara. Constructed towards the end of the 1st to the beginning of the 2nd century, the building experienced an intensive re-use during the early byzantine period. In order to determine the different phases of use and redevelopment of the bath, excavations were carried out from 2005 to 2008. The study of the ceramic repertory of the 2005-2008 excavation seasons revealed several groups of imported ceramics and local productions belonging to the early byzantine period. Imported ceramics consist of large groups of red slip wares and amphorae. Coming from North Africa, the Levant and the Aegean, these consumer products show the economical effervescence of the city and, in a broader sense, the trade and cultural relations that Lycia bas with neighboring regions or Far from the Mediterranean area from the 4th to the first half of the 7th century.

A passagem dos séculos I e II d.C. assistiu ao desenvolvimento de um cristianismo dinâmico na província romana da Ásia Proconsular, na costa egeia da Ásia Menor. Concomitante à ascensão política e econômica da região no contexto do Mediterrâneo em pleno Alto Império Romano, as comunidades cristãs locais apresentam um prolífico quadro doutrinal e ritual, o qual lhes confere destaque e as torna destinatárias da maior parte do curto epistolário de um personagem histórico tão marcante quanto enigmático: Inácio de Antioquia, que afirma ser o supervisor da igreja presente na grande metrópole síria, e que passa pela Ásia acorrentado a um pelotão de soldados, rumo à capital romana, para lá ser supostamente executado na arena. As cartas de Inácio sugerem a existência, em comunidades presentes em centros urbanos importantes da província, de um corpo de líderes fixos, dentre os quais destacando-se a figura de um único supervisor, do qual o prisioneiro defende a autoridade sobre todos os cristãos de uma mesma cidade. Uma análise de documentos datados de antes da composição do breve epistolário inaciano não oferece, contudo, bases para a afirmação de uma perenidade de tal forma de governo das comunidades cristãs asiáticas. Ao invés, uma leitura atenta das fontes aponta para um processo social de ligeira alteração dos referenciais de autoridade, de modo que, sobretudo após a morte do apóstolo Paulo de Tarso (principal fundador do cristianismo na Ásia Proconsular), um valor singular é dado a líderes homens que sejam reconhecidos publicamente como bons chefes de households. Nesse processo Inácio de Antioquia procura tomar parte, de modo a solidificar a autoridade do supervisor por meio de um incremento do alcance de seu controle social: ele prega, com autoarrogada autoridade profética, que o encarregado da supervisão da comunidade seja visto como a própria representação da figura divina e patriarcal de Deus Pai, e que apenas sob ele uma reunião ritual pode ser considerada válida. / The transit from the first to the second century CE saw the development of a dynamic Christianity in the Roman province of Asia Proconsularis, on the Aegean Asia Minor coast. Concomitant to the political and economic ascension of the region in the context of the Mediterranean, in plain Early Roman Empire, the local Christian communities show a prolific doctrinal and ritual frame, which give them highlighted status, and make them the recipients of most of the short epistolary of a historical character so outstanding as enigmatic: Ignatius of Antioch, who claims to be the overseer of the church in the great Syrian metropolis, and which goes through Asia bonded to a band of soldiers in way to the Roman capital, where he should, supposedly, be executed in the arena. The letters of Ignatius suggest the existence, in communities existent in the provinces main urban centers, of a group of fixed leaders, from which is detached the figure of the sole overseer. This overseers authority, the prisoner says, is extended over all the Christians living in a same city. However, an analysis of the documents dated from before the composition of the short Ignatian epistolary, do not offer basis to the affirmation of perennial status of such a way in governing the Asiatic Christian communities. To the contrary, a careful reading of the sources directs to a slight social process of change in the references of authority, in such a way that, especially after the death of the apostle Paul of Tarsus (main founder of Christianity in Asia Proconsularis), a special value is given to men leaders publicly recognized as good household chiefs. Ignatius of Antioch attempts to have a part in this process with the aim of solidifying the authority of the overseer by incrementing the range of his social control; he preaches, with selfproclaimed prophetic authority, that the one charged with community overseeing should be seen as the very representation of the divine and patriarchal figure of God the Father, and that only under him a ritual reunion could be considered as valid.

Les questions qui entourent les relations homme-chien, sont nombreuses. Parmi elles, la variabilité morphologique des chiens (Canis lupus familiaris) est au centre des attentions. Trouvant son origine entre sélection humaine et contraintes environnementales, la variabilité des chiens est la source de multiples utilisations, bien plus diverses que pour tout autre animal domestique. Les premiers témoins d’une sélection humaine en tant qu’acte délibéré sont fournis au cours de l’âge du Bronze et ceux de la première explosion de la variabilité morphologique sous l’Antiquité romaine. L’étude réalisée au cours de ce Doctorat a donc ciblé cet intervalle chronologique, en ouvrant une fenêtre orientée sur la Méditerranée nord-occidentale, lieu d’échanges culturels et économiques. Un référentiel inédit a été constitué afin d’étudier la variabilité morphologique des chiens actuels. Les méthodes de morphométrie utilisées ont par la suite été transposées à des spécimens issus de quatre sites archéologiques de France et de Catalogne (Espagne). Des comparaisons ont été faites avec les deux seuls canidés sauvages présents dans la zone d’étude depuis le début de l’Holocène, le loup gris (Canis lupus) et le renard roux (Vulpes vulpes). L’analyse des données portant sur les spécimens actuels a montré de nombreux critères diagnostiques, d’ordre typologique et spécifique, transposables au matériel archéologique. Les résultats font état pour l’âge du Bronze de populations soustraites au contrôle des hommes, se déplaçant et s’alimentant sans doute librement. A l’Antiquité, des morphotypes canins variés sont déterminés, certains attestés pour la première fois dans leur région de découverte. Les différences importantes entre les périodes et les sites sont l’œuvre de sélections plus ou moins intenses de la part des populations humaines dont les besoins et modes de vie ont considérablement orienté la gestion des chiens. / Among the questions about human-dog relationships, the morphological variability of dogs (Canis lupus familiaris) is the center of attention. Originating between human selection and environmental constraints, the variability of dogs is the source of many uses, more than any other domestic animal. The first evidences of human selection are given during the Bronze Age and those of the first explosion of variability come from the Roman period. This study had thus focused this chronological timeline, looking towards north-western Mediterranean, crossroad for trade and cultural exchanges. A unique referential was built in order to study the morphological variability of modern dogs. Morphometric methods used on modern animals were thereafter transposed on archaeological specimens from France and Catalonia (Spain). Comparisons were made with the only two wild canids living in the studied area during the Holocene, the grey wolf (Canis lupus) and the red fox (Vulpes vulpes). The analysis relating to modern specimens showed several diagnostic criteria, related to typological or specific features, and transferable to archaeological remains. Results for Bronze Age dogs outline populations of free-ranging dogs, feeding and traveling probably beyond human control. Roman dogs consist of diverse and identified morphotypes, some of them recorded for the first time in the studied area. Substantial differences between periods and sites originate from variable anthropic pressures, depending on the needs and lifestyles, which have deeply shaped the dogs.

L’historiographie ottomaniste traitant de la question de l’esclavage s’est surtout concentrée sur la période tardive de l’Empire (XIXe-XXe s.) produisant des livres de recherche et de synthèse (B. Lewis 1971, 1990 ; E. Toledano 1982, 1997, 2007 ; H. Erdem 1996 ; M. Zilfi 2010). Sur l’époque moderne, on dispose d’un corpus grandissant d’études portant sur des aspects ponctuels du phénomène servile. L’objectif de cette thèse est de réaliser la première monographie (en quelque langue que ce soit) sur l’esclavage dans la société ottomane de l’époque dite « classique » (XVIe-XVIIe s.), en s’intéressant à l’esclavage pratiqué dans l’espace privé et non au domaine, beaucoup plus étudié, des esclaves du sultan et du système d’asservissement militaro-administratif. À partir essentiellement de documents d’archives de l’État ottoman, du corpus juridique et législatif et de textes littéraires, la thèse aborde des questions d’histoire juridique, sociale, économique, culturelle et des mentalités. Les axes principaux de la recherche concernent ainsi le cadre juridique doctrinaire de l’esclavage en tant qu’institution et l’application du droit par les autorités ottomanes, le commerce des esclaves, les différentes formes de la main d’œuvre servile, l’esclavage au quotidien, le devenir des affranchis, mais aussi la représentation que se faisait l’élite ottomane de l’esclavage, sujet auquel est consacré un tiers de la thèse. Le cadre géographique couvre les « provinces centrales » (Roumélie, Istanbul, Anatolie), mais des micro-études sont consacrées à la Syrie (arabophone mais indissociable de l’Anatolie), l’Égypte, la Crimée, le Caucase et le Kurdistan. / Ottoman historiography dealing with slavery has been concentrated particularly on the later period of the Empire (19th-20th c.) and produced monographs of research and synthesis (B. Lewis 1971, 1990 ; E. Toledano 1982, 1997, 2007 ; H. Erdem 1996 ; M. Zilfi 2010).). For the early-modern period, there is a growing body of articles on localized aspects of the servile phenomenon. This dissertation’s objective is to realize the first monograph on slavery in the Ottoman society of the so-called “classical” period in whatever language it may be. The main focus is on slavery in the private space as opposed to the more well-known and studied sultan’s slaves and the military-administrative servitude (the “kul system”). Based essentially on archival documents of the Ottoman state, legal and juridical records, as well as literary texts, the dissertation tackles problems of juridical, social, economical, cultural history, as well as that of mentalities. Thus the research’s main axes concern the legal doctrine of slavery as an institution and the implementation of law by the Ottoman authorities; the slave trade; various forms of slave labour; slavery in everyday life; the fate of manumitted slaves; but also the representations of slavery by the Ottoman elites (topic to which a third of the thesis is devoted). The geographical framework covers the “central provinces” (Rumelia, Istanbul, Anatolia), but the dissertation also includes micro-studies on Syria (Arab-speaking but inseparable from Anatolia), Egypt, Crimea, Caucasus and Kurdistan.

Les influences respectives de l’anthropisation et de la variabilité climatique sur l’histoire de la végétation méditerranéenne sont difficiles à différencier et peuvent être variables d’une région à une autre. Ce travail de recherche a pour objectif de mieux caractériser l’influence des populations humaines et de la variabilité climatique sur la mise en place des environnements du nord-ouest de la Méditerranée (i) en apportant une contribution inédite à l’étude de l’histoire de la végétation de cette région et (ii) en développant de nouveaux outils de traitement des données paléo-environnementales. Pour cela, deux nouvelles séquences polliniques à haute résolution temporelle situées dans le Languedoc (France) et dans la région de Murcie (Espagne) ont été acquises. Elles couvrent respectivement les 7800 et 6500 dernières années. Dans le Languedoc, la végétation est dominée par des taxons plutôt mésophiles pendant la majeure partie de la séquence, notamment le hêtre qui forme des forêts à basse latitude en zone méditerranéenne. Ce dernier régresse sous l’effet d’une aridification croissante du climat, combinée à des crises d’aridités centennales. D’un autre côté, la végétation sclérophylle méditerranéenne s’installe progressivement depuis le Néolithique en lien avec une anthropisation croissante. Dans la région de Murcie, l’impact du climat sur la végétation est plus équivoque, c’est l’impact de l’Homme qui est le plus nettement visible. Les formations arbusitives et pionnières montrent clairement des phases de développement et de régression reliées aux variations de l’anthropisation du territoire. D’autre part, un travail de calibration du signal pollinique par rapport à la végétation a été initié. Le modèle de transport des grains de pollen, REVEALS, a été adapté aux environnements de dépôts côtiers tels que ceux étudiés dans cette thèse. De plus, des données en vue de la quantification de la production pollinique de douze des principaux taxons méditerranéens ont été collectées et traitées. Pour finir, l’analyse spectrale de séries temporelles paléoclimatiques a permis de caractériser l’influence de l’activité solaire, de la circulation thermohaline atlantique et de la variabilité climatique tropicale sur le climat du nord-ouest de la Méditerranée. La variabilité spatiale du signal climatique à l’Holocène en Méditerranée a également été discutée grâce à une remise en contexte des résultats de cette thèse à l’échelle de l’ensemble du bassin Méditerranéen. / Holocene climate fluctuations and human activities since the Neolithic have shaped present-day Mediterranean environments. Separating anthropogenic effects from climatic impacts to better understand Mediterranean paleoenvironmental changes over the last several millennia remains a challenging issue. This work aims to characterize the influence of human activities and past climate variability over the development of north western Mediterranean environments by (i) providing new data about the vegetation history of this region and (ii) developing new tools for paleoenvironmental data processing. Two high-resolution pollen sequences from Languedoc (France) and the Murcia region (Spain) are presented, covering the last 7800 and 6500 years, respectively. In Languedoc, the past vegetation is dominated by mesophilous forests during most of the sequence, in particular beech forests growing at low altitude within the Mediterranean area. However, recurrent abrupt climate changes, the late Holocene aridity trend, and human deforestation caused beech forests to decline. On the other hand, evergreen Mediterranean vegetation has developed gradually since the Neolithic due to the increasing human impact. In the Murcia region, the influence of past climate variability on the environment is less obvious. Changes in human activities are clearly driving most of the observed vegetation changes. Shrubs and pioneer plants show spread and decline phases alternatively in relation to archeological and historical records. Work to adapt pollen based land-cover reconstruction methods developed in northern Europe to the Mediterranean area was also initiated. REVEALS model of pollen dispersal and deposition was adapted to coastal sedimentary basins such as those studied in this PhD. However, to apply such pollen based land-cover reconstruction methods, pollen productivity estimates are needed. Thus, the data necessary to quantify the pollen productivity of 12 Mediterranean plant taxa were collected and processed. Finally, spectral analysis of paleoclimate time series using wavelets allowed us to characterize the influence of solar variability, the Atlantic thermohaline circulation, and tropical climate variability on the past climate of the north-western Mediterranean. The spatial variability of past climate changes in the Mediterranean is also highlighted by comparing our results obtained for the north western Mediterranean with paleoclimate data from the whole Mediterranean basin.