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Relação Ancestral do Clone Endêmico de Pseudomonas aeruginosa produtor de SPM-1: Análise Comparativa entre Eletroforese em Campo Pulsátil e Tipagem por Seqüenciamento de Múltiplos Loci

Silva, Fernanda Marques da [UNIFESP] 28 May 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-05-28. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:50Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10895.pdf: 1239975 bytes, checksum: fe176974c14d400d198cabc963cd2f6c (MD5) / Introducao: No Brasil, a disseminacao de um clone endemico de P. aeruginosa produtor de SPM-1, uma metalo-ƒÀ-lactamase (MƒÀL) codificada por um plasmideo, tem sido frequentemente reportada. Recentemente, uma alta variedade genomica foi observada entre os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1. Assim, os principais objetivos deste trabalho foram realizar a implantacao da metodologia MLST para tipagem molecular destes microrganismos em nosso laboratorio e dessa forma caracterizar a evolucao filogenetica do clone de P. aeruginosa produtor da MƒÀL SPM-1; comparar o poder discriminatorio e a reprodutibilidade desta tecnica com as tecnicas de PFGE e ribotipagem automatizada para tipagem molecular de P. aeruginosa e avaliar a capacidade do MLST de discriminar amostras que foram classificadas sob ribogrupos distintos, mas com padroes de PFGE identicos. Metodos: Um total de 50 amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 foram coletadas de nove centros brasileiros. Tres amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 e duas amostras de P. aeruginosa nao produtoras de MƒÀL foram incluidas no estudo. A tecnica de MLST foi padronizada conforme descrito por Curran et al. As sequencias obtidas foram comparadas com as existentes no banco de dados mundial de MLST para P. aeruginosa (www.pubmlst.org/paeruginosa) para que dessa forma fosse determinado o perfil alelico e, subsequentemente, o tipo de sequencia (ST). Para a analise filogenetica foi utilizado o metodo de Jukes-Cantor e Neighbor-Joining. Um total de cinco STs foram identificadas entre as 55 amostras de P. aeruginosa estudadas. Todos os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1 apresentaram perfil alelico identico e, dessa forma, receberam a mesma ST (ST277), com excessao dse uma amostra proveniente de Belo Horizonte, a qual recebeu a ST235. As tres amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 foram classificadas sob a mesma ST (ST593), enquanto que as amostras nao produtoras de MƒÀL apresentaram perfis alelico ainda nao existentes no banco de dados, e assim, duas novas STs foram criadas para estas amostras (ST594 e ST595). O clone endemico brasileiro de P. aeruginosa produtor de SPM-1 (ST277) mostrou perfil alelico identico ao de uma cepa isolada na Austria (ID 275), em setembro de 2006. Variacao em um unico locus da ST277 foi encontrada em uma amostra proveniente da Austria (ID279), isolada em janeiro 2007. Similaridade entre cinco dos sete alelos foi encontrada entre as amostras deste estudo pertencentes a ST277 e uma amostra isolada no Canada (ID 148), em 1990. Conclusao: Nossos dados sugerem que as amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 descendem de um ancestral comum e que podem possuir relacao ancestral com os isolados da Austria e mais remotamente com a amostra do Canada / TEDE
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Fungos isolados de sirênios e cetáceos no brasil: uma abordagem fenotípica, genotípica, diagnóstica e de virulência / Fungi isolated from Sirenia and cetaceans in Brazil: a phenotypic approach, genotypic, diagnostic and virulence

Carvalho, Vitor Luz 30 July 2015 (has links)
CARVALHO, V. L. Fungos isolados de sirênios e cetáceos no brasil: uma abordagem fenotípica, genotípica, diagnóstica e de virulência. 2015. 129 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-10-03T15:49:36Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_vlcarvalho.pdf: 1968760 bytes, checksum: ae1c1743825089a0b61ba0c31e597c62 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-10-03T15:50:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_vlcarvalho.pdf: 1968760 bytes, checksum: ae1c1743825089a0b61ba0c31e597c62 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-03T15:50:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_vlcarvalho.pdf: 1968760 bytes, checksum: ae1c1743825089a0b61ba0c31e597c62 (MD5) Previous issue date: 2015-07-30 / The aim of this study was to isolate Sirenia fungi and cetaceans in Brazil to investigate phenotypic aspects, genotypic, diagnostics and virulence. Thus, it was collected with sterile swabs, oral cavity material, nostril / blowhole, genital opening and / or rectum of 104 animals, including 50-manatees of-Amazon (inunguis Trichechus), 33 manatees Navy ( T. manatus), 13 porpoises-red (Inia geoffrensis), three dwarf sperm whales (Kogia sima), two dolphins head-to-melon (Peponocephala electra) a pygmy sperm whale (K. breviceps), a sperm whale (Physeter macrocephalus) and a humpback whale (Megaptera novaeangliae). Among these animals, one Amazonian manatee eight manatees navy had suspected ringworm skin lesions, performed skin scrapings. The swabs were plated onto Sabouraud agar plates containing chloramphenicol, maintained at 37 ° C for five days, while skin scales were seeded in tubes containing Sabouraud agar with chloramphenicol at 25 ° C for ten days. The yeasts were identified by biochemical tests, micromorphology, automated system Vitek, PCR, RFLP and / or sequencing as filamentous fungi were identified by the macro and micromorphology. The strains of Candida spp. (N = 114) obtained were subjected to the broth microdilution test for evaluation of the sensitivity profile to antifungals itraconazole, fluconazole and amphotericin B and the test production of virulence factors (phospholipases, proteases and biofilm). Yeast C. albicans species were submitted to molecular typing by MLST. Two cases of skin surface mycoses in sirenians been diagnosed, a mixed levedurose by C. tropicalis and Trichosporon asahii and a case phaeohyphomycosis by Bipolaris hawaiiensis, and an outbreak of Fusarium (Fusarium sp.). 155 strains were isolated, and 112 inunguis T. (40 Candida albicans, 14 C. parapsilosis strictly speaking, 3 C. metapsilosis, 4 C. orthopsilosis, 9 C. guilliermondii, C. pelliculosa 3, 2 C. tropicalis, 2 C . glabrata, C. famata, 1, 1 C. krusei, C. norvegensis 1, C 1 Ciferri, 22 Trichosporon sp., 6 T.asahii, 2 Rhodotorula sp., Cryptococcus laurentii 1) T. manatus 29 (12 C. albicans, C. tropicalis,4 4 C. famata, C. guilliermondii 3, 1 C. krusei, 1 Rhodotorula sp., 2 R. mucilaginosa, R 1 minute, 1 Trichosporon sp.) and 14 cetaceans (6 C. tropicalis, C. parapsilosis 2, 2 C. famata, 1 Candida sp., 3 Cryptococcus sp.). The minimum inhibitory concentrations (MICs) to amphotericin B ranged from 0.03 to 1μg / ml, resistant strains were observed. The MICs of itraconazole and fluconazole ranged from 0.03 to 16 g / ml and 0.125 to 64 mg / ml, respectively, and found resistance to at least one drug in 34.2% of the isolates, especially C. albicans and C. tropicalis. As for the virulence factors tested, 50% phospholipases produced with high frequency in C. albicans; 50% produced proteases, with a higher prevalence in C. albicans and C. tropicalis; and 35% produced biofilm in varying scales, with higher prevalence in C. tropicalis, and C. orthopsilosis. Molecular typing was performed with 45 strains of C. albicans, yielding genotypes from six clades among the 18 species existing for varying according to the host and geographic location. Based on the above, this study represents a systematic, multidisciplinary contribution about mycology aquatic mammals. / O objetivo desse trabalho foi isolar fungos de sirênios e cetáceos no Brasil, visando investigar aspectos fenotípicos, genotípicos, diagnósticos e de virulência. Para tanto, foi coletado‚ com swabs estéreis‚ material da cavidade oral‚ narina/espiráculo‚ abertura genital e/ou reto de 104 animais, incluindo 50 peixes-bois-da-Amazônia (Trichechus inunguis), 33 peixes-bois-marinho (T. manatus), 13 botos-vermelhos (Inia geoffrensis), três cachalotes-anão (Kogia sima), dois golfinhos-cabeça-de-melão (Peponocephala electra)‚ um cachalote-pigmeu (K. breviceps)‚ um cachalote (Physeter macrocephalus) e uma baleia-jubarte (Megaptera novaeangliae). Dentre estes animais, um peixe-boi-da-Amazônia e oito peixes-boi-marinho apresentaram lesões suspeitas de micose cutânea, sendo realizados raspados de pele. Os swabs foram semeados em placas contendo ágar Sabouraud com cloranfenicol‚ mantidas a 37ºC por cinco dias, enquanto as escamas de pele foram semeadas em tubos contendo ágar Sabouraud com cloranfenicol a 25ºC por dez dias. As leveduras isoladas foram identificadas através de provas bioquímicas, micromorfologia, sistema automatizado Vitek, PCR, RFLP e/ou sequenciamento, enquanto os fungos filamentosos foram identificados pela macro e micromorfologia. As cepas de Candida spp. (n=114) obtidas foram submetidas ao teste de microdiluição em caldo para avaliação do perfil de sensibilidade aos antifúngicos itraconazol‚ fluconazol e anfotericina B e aos testes de produção de fatores de virulência (fosfolipases, proteases e biofilme). Leveduras da espécie C. albicans foram submetidas à tipagem molecular por MLST. Foram diagnosticados dois casos de micoses superficiais cutâneas em sirênios, sendo uma levedurose mista por C. tropicalis e Trichosporon asahii e um caso de feohifomicose por Bipolaris hawaiiensis, bem como um surto de fusariose (Fusarium sp.). Foram isoladas 155 cepas‚ sendo 112 de T. inunguis (40 Candida albicans‚ 14 C. parapsilosis sensu stricto‚ 3 C. metapsilosis, 4 C. orthopsilosis, 9 C. guilliermondii‚ 3 C. pelliculosa‚ 2 C. tropicalis‚ 2 C. glabrata‚ 1 C. famata‚ 1 C. krusei‚ 1 C. norvegensis‚ 1 C. ciferri‚ 22 Trichosporon sp.‚ 6 T.asahii, 2 Rhodotorula sp., 1 Cryptococcus laurentii), 29 de T. manatus (12 C. albicans‚ 4 C. tropicalis‚4 C. famata‚ 3 C. guilliermondii‚ 1 C. krusei‚ 1 Rhodotorula sp.‚ 2 R. mucilaginosa, 1 R. minuta, 1 Trichosporon sp.) e 14 de cetáceos (6 C. tropicalis, 2 C. parapsilosis, 2 C. famata, 1 Candida sp., 3 Cryptococcus sp.). As concentrações inibitórias mínimas (CIMs) para anfotericina B variaram de 0‚03 a 1µg/mL‚ não sendo observadas cepas resistentes. As CIMs de itraconazol e fluconazol variaram de 0‚03 a 16 µg/ml e de 0‚125 a 64 µg/ml‚ respectivamente‚ sendo constatada resistência a pelo menos uma droga em 34‚2% dos isolados, com destaque para C. albicans e C. tropicalis. Quanto aos fatores de virulência testados, 50% produziram fosfolipases, com elevada frequência em C. albicans; 50% produziram proteases, com maior prevalência em C. albicans e C. tropicalis; e 35% produziram biofilme em escalas variáveis, com maior prevalência em C. tropicalis e C. orthopsilosis. A tipagem molecular foi realizada com 45 cepas de C. albicans, obtendo-se genótipos pertencentes a seis clados dentre os 18 existentes para a espécie, variando de acordo com o hospedeiro e localização geográfica. Baseado no exposto, esse estudo representa uma contribuição sistemática e multidisciplinar acerca da micologia de mamíferos aquáticos.
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Caracterização de linhagens pertencentes ao grupo Bacillus cereus lato sensu isoladas no Brasilfilogenia e avaliação do potencial toxigênico e de virulência

Chaves, Jeane Quintanilha January 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-05-11T13:04:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 jeane_chaves_ioc_dout_2015.pdf: 2760622 bytes, checksum: 22a415e0c04aa5ab5b2492c9a5233839 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Neste estudo, foram analisadas 167 cepas [82 B. thuringiensis (Bt), 70 B. cereus (Bc) e 15 B. mycoides], isoladas no Brasil e provenientes de diversas origens. Foram avaliados alguns aspectos fenotípicos, tais como, a capacidade de motilidade, atividade hemolítica, produção de lecitinase e hidrólise do amido, bem como, genótipos relacionados ao potencial toxigênico e de virulência. A maioria das estirpes produziu enzimas extracelulares, tais como, amilase e lecitinases, o que ressalta o potencial deteriorante dessas espécies. A motilidade e a atividade hemolítica apresentaram proporções semelhantes nas cepas analisadas. A maioria das estirpes (155,93%) foi \03B2-hemolítica. A expressão dos genes toxigênicos e de virulência foram investigados através da PCR. De acordo com a ocorrência dos genes das enterotoxinas e da toxina emética, as cepas selecionadas foram divididas em 7 perfis toxigênicos. O perfil predominante, o perfil I, incluiu 119 cepas (71%) que foram positivas para todos os genes das enterotoxinas. As enterotoxinas HBL e NHE foram detectadas em 143 (86%) e 164 (98%) das cepas, respectivamente. Todas as cepas possuem genótipo positivo para entFM. O gene da cytK-2 estava presente em 134 cepas (80%). Todas as cepas foram negativas para os genes cytK-1 e ces. Na distribuição dos fatores de virulência, o perfil predominante, o perfil I, (20%, 34/167) incluiu cepas positivas para todos os determinantes hemolíticos, sendo divididos em 24 perfis. Entre os genes de virulência a hlyIII foi o mais prevalente (130/78%). O gene piplc foi encontrado em 112 cepas (67%) e o gene pcplc em 118 cepas (71%). Já o gene sph foi detectado em 76 estirpes (45%) O gene menos comum, a hlyII foi detectada em 69 das estirpes (41%). Para ambos os perfis, a espécie Bt apresentou alta prevalência desses genótipos. Somente o genótipo mesofílico (gene cspF) foi detectado nas cepas selecionadas. Além das 28 cepas que amplificaram todos os fatores de virulência (20 Bt e 8 Bc), 12 cepas (3 Bt e 9 Bc) foram selecionadas randomicamente entre as 167 estirpes, as quais foram submetidas a caracterização genotípica por rep-PCR e MLST. Através da análise do rep-PCR, observa-se que a distribuição das sequências rep-PCR em Bt, tende a ser menos variáveis, havendo uma propensão para o agrupamento dos perfis eletroforéticos específicos de cepas de Bt, não sendo a mesma orientação apresentada pelas cepas de Bc, que demonstraram perfis altamente polimórficos. O MLST permitiu caracterizar e observar as relações filogenéticas entre as estirpes selecionadas agrupando-as em 20 Sts, com 17 dos Sts apresentando perfis alélicos novos (ST156 a ST170). A análise por MLST demonstrou que as cepas de distintas fontes compartilham origens clonais comuns surgindo de diferentes grupos filogenéticos. A expressiva distribuição dos determinantes de virulência observada entre as cepas estudadas atesta o dinamismo e o alto potencial toxigênico e deteriorante, fatos que provavelmente contribuem para entender a epidemiologia e a biodiversidade das espécies que compõem o B. cereus l.s. / In this study, 167 isolates [82 B. thuringiensis (Bt), 70 B. cereus (Bc) and 15 B. mycoides], isolated in Brazil from diverse sources were analyzed. Some phenotypic aspects such as motility, hemolytic activity, lecithinase production and hydrolysis of starch, as well as toxigenic and virulence genotypes were evaluated. Most isolates produced extracellular enzymes, such as amylase and lecithinases, which emphasizes the spoilage potential of these species. Motility and hemolytic activity were found in similar proportions among the isolates analyzed. The majority of the isolates (155, 93%) were -hemolytic. Detection of toxigenic and virulence factors were investigated by PCR. According to the occurrence of genes encoding enterotoxins and the emetic toxin, the isolates were divided into 7 toxigenic patterns. The predominant toxigenic pattern was type I (119, 71%) which included isolates positive for all toxin genes but ces. The nonhemolytic enterotoxin (NHE) was found in 164 isolates (98%) positive for the three genes (nheA, nheB, nheC). All isolates were positive for entFM. Enterotoxic HBL complex (hblA, hblC and hblD) was found in 143 (86%) isolates. The cytK-2 gene was present in 134 (80%) isolates. All isolates were negative for cytK-1 gene. For the additional virulence factors analyzed, 24 patterns were observed and the predominant pattern was type I (20%, 34/167) which included isolates positive for all hemolytic genes. Among the additional virulence genes studied hlyIII was the most prevalent and was found in 130 (78%) isolates. piplc was found in 112 (67%) isolates and pcplc in 118 (71%) isolates. sph was detected in 76 (45%) isolates. Far less common, hlyII was detected in 69 (41%) of the isolates. For both, toxigenic and virulence patterns, Bt lineages showed high prevalence of genotypes including the highest numbers of genes. Only the mesophilic genotype (gene cspF) was detected in the isolates. The isolates that amplified all virulence determinants (20 Bt and 8 Bc) and 12 isolates (3 Bt and 9 Bc) randomly selected were genotyped by rep-PCR and MLST. By rep-PCR analysis, it was observed that the distribution of rep-PCR sequences in Bt, tend to be less variable, there is a tendency for clustering of specific electrophoretic profiles of Bt isolates, which was far less common for Bc isolates and demonstrated highly polymorphic profiles. MLST allowed observing the phylogenetic relationships among the 40 isolates selected, grouping them into 20 STs, with 17 of STs assigned new allelic pattern (ST156 to ST170). The MLST analysis demonstrated that the isolates from distinct sources share common clonal origin located in different phylogenetic groups. The significant distribution of virulence determinants observed among isolates studied attests to the dynamism and the high toxigenic and spoilage potential among the isolates, facts that probably contribute to understand the epidemiology and the biodiversity of species that comprise the B. cereus l.s.
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Estudo de staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA) por técnicas genotípicas e fenotípicas

Braoios, Alexandre [UNESP] 13 December 2005 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-12-13Bitstream added on 2014-06-13T20:21:07Z : No. of bitstreams: 1 braoios_a_dr_arafcf.pdf: 1217984 bytes, checksum: 5239ef0501af6f189fd2b422aad8dc7d (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Staphylococcus aureus é um dos principais agentes de infecção humana, especialmente em indivíduos hospitalizados. Cepas MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) constituem um grave problema em hospitais de todo o mundo, aumentando a morbidade e mortalidade de indivíduos infectados. A vancomicina é uma das únicas opções terapêuticas. No entanto, o uso excessivo desse antibiótico pode selecionar cepas resistentes, agravando ainda mais o problema. Trabalhadores hospitalares podem carrear S. aureus nas narinas anteriores e pele e, assim, constituem um importante elo na epidemiologia das infecções nosocomiais. Nesse trabalho foram coletadas amostras das mãos e narinas de 100 trabalhadores do Hospital Universitário Dr. Domingos Leonardo Cerávolo da Universidade do Oeste Paulista - UNOESTE, em Presidente Prudente (SP). Desse total, 68% não eram portadores de S. aureus, 27% carreavam S. aureus sensível a meticilina, 4% carreavam MRSA e 1% carreava BORSA (Borderline Oxacillin Resistant Staphylococcus aureus). No mesmo período (julho a dezembro de 2002), 54,3% das infecções estafilocócicas em pacientes internados nessa Instituição tinham como agente MRSA. A técnica da PCR (Polymerase Chain Reaction) Multiplex para a detecção do gene femA (gene espécie-específico), mecA (resistência à meticilina) e ileS-2 (resistência à mupirocina) foi comparada com o método da difusão com discos e provas convencionais de identificação. Os resultados da PCR Multiplex apresentaram completa concordância com os resultados obtidos com os testes fenotípicos convencionais. Para verificar a relação genética entre as 30 cepas MRSA, 5 isoladas de trabalhadores e 25 de pacientes, foram realizadas a antibiotipagem e tipagem molecular através da técnica RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Pela antibiotipagem as cepas MRSA foram... . / Staphylococcus aureus is considered as a major infeccious disease agent in human, especially in hospitalized people. Methicillin-resistant strains (MRSA) constitute a serious problem in hospitals around the world, increasing the morbity and mortality rate of infected people. Usually, vancomycin is the only therapeutic choice for the treatment of MRSA infections. However, excessive use of this antibiotic can select resistant strains, aggravating the problem. Health workers can carry S. aureus in the anterior nares and skin, constituting an important link for the epidemiology of nosocomial infections. In this study, samples of the hands and nares of one hundred workers from the University Hospital Dr. Domingos Leonardo Cerávolo , at Presidente Prudente, SP, Brazil, were assessed. Among the one hundred workers, 68% did not carry S. aureus, methicillin-susceptible S. aureus was found in 27/100 (27%) of those people; MRSA in 4/100 (4%) and BORSA (Borderline Resistant Staphylococcus aureus) was found in 1 (1%) health worker. In the same period (July to December of 2002), 54,3% of the staphylococcal infections in hospitalized patients were caused by MRSA. Multiplex PCR assay for the detection of femA (species-specific gene), mecA (methicillin resistance gene) and ileS-2 (mupirocin resistance gene) was compared to the disk diffusion susceptibility test and conventional identification test methods. The Multiplex PCR technic results were in complete agreement with the results obtained from conventional methods. Genetic relationship among the 30 MRSA strains, five isolated from workers and twenty five from patients, was established by antibiotyping and molecular typing by RAPD. On the basis of the antibiotyping, the 30 strains were grouped into four clusters (A to D), of a which 87% were grouped into antibiotype A. According to the profile of RAPD, eight clusters... (Complete abstract, click electronic address below).
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Análise molecular da prevalência dos genes beta-lactamases blaCTX-M, blaSHV e blaTEM em Klebsiella pneumoniae isoladas de pacientes com diagnóstico de infecção hospitalar na Santa Casa de Misericórdia de Sobral, Ceará / Molecular analysis of the prevalence of blaCTX-M, blaSHV, and blaTEM beta-lactamases genes in Klebsiella pneumoniae isolated from patients with nosocomial infection at the Santa Casa de Misericordia de Sobral, Ceará

Rocha, Francisco Ruliglésio January 2015 (has links)
ROCHA, F. R. Análise molecular da prevalência dos genes beta-lactamases blaCTX-M, blaSHV e blaTEM em Klebsiella pneumoniae isoladas de pacientes com diagnóstico de infecção hospitalar na Santa Casa de Misericórdia de Sobral, Ceará. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2015. / Submitted by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-06-29T12:47:17Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_frrocha.pdf: 1459850 bytes, checksum: 6a734a21f99b3793158529da7ea38c47 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-06-29T12:49:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_frrocha.pdf: 1459850 bytes, checksum: 6a734a21f99b3793158529da7ea38c47 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T12:49:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_frrocha.pdf: 1459850 bytes, checksum: 6a734a21f99b3793158529da7ea38c47 (MD5) Previous issue date: 2015 / Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative bacillus responsible for a significant portion of urinary tract infections, respiratory, and bloodstream of adults in hospitals, besides infections in neonates in intensive care units. Its importance has increased due the emergence of extended-spectrum beta-lactamase-producing strains (ESBLs). These enzymes mediate resistance to oxyimino-β-lactams. In K. pneumoniae, most of the identified ESBLs are of the TEM, SHV, and CTX-M types. In addition, carbapenem-hydrolyzing beta-lactamases of KPC and GES types has been detected in these isolates. Outbreaks of nosocomial infections caused by multidrug-resistant K. pneumoniae clones have been described in various regions of the country. However, this is the first report of the genetic characterization of ESBL-producing K. pneumoniae in the state of Ceará, Brazil. This study aimed firstly to detect the main genes responsible for ESBL production in K. pneumoniae strains obtained from patients who developed nosocomial infections in a tertiary support hospital in the northern region of the Ceará state, from November 2013 to August 2014 and, secondly, to analyze the genetic similarity of these isolates. Thirty-six clinical isolates of ESBL-producing K. pneumoniae were evaluated. The detection of blaCTX-M groups 1 and 2, blaSHV-like, blaTEM-like, blaKPC-like, and blaGES-like genes was performed by PCR. Molecular typing of isolates was performed by pulsed-field gel electrophoresis PFGE. Groups 1 or 2 blaCTX-M and blaSHV-like genes were detected in 100% of the isolates and blaTEM-like genes in 55.6%. In addition, 55.6% of CTX-M-producers also produced SHV and TEM. No blaKPC-like and blaGES-like genes were detected. Molecular typing by PFGE showed great diversity between the isolates, although two isolates collected in different wards showed the same banding profile and had the same bla genes and so were considered to belong to a single strain. Detection of blaCTX-M genes in 100% of the isolates suggests that CTX-M enzymes are the major ESBLs responsible for the beta-lactam resistance phenotypes of the studied isolates. Data presented in this study call attention to an endemic resistance problem caused by multiclonal strains of multidrug-resistant K. pneumoniae whose control passes essentially the improvement of antimicrobial prescription policies and the implementation of prevention and control programs the spread of these pathogens in the studied hospital. / Klebsiella pneumoniae é um bacilo gram-negativo responsável por uma parcela significativa de infecções do trato urinário, respiratório e corrente sanguínea de adultos em hospitais, além de infecções em recém-nascidos em unidades de terapia intensiva. Sua importância tem aumentado devido ao surgimento de cepas produtoras de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). Estas enzimas medeiam resistência aos oxyimino-β-lactâmicos. Em K. pneumoniae, a maioria das ESBL identificadas são dos tipos TEM, SHV e CTX-M. Em adição, β-lactamases que hidrolisam carbapenêmicos dos tipos KPC e GES tem sido detectadas nestes isolados. Surtos de infecção hospitalar causados por clones de K. pneumoniae multiressistentes tem sido descritos em várias regiões do país. No entanto, este é o primeiro relato de caracterização genética de isolados de K. pneumoniae produtores de ESBL no estado do Ceará, Brasil. Este estudo teve como objetivo, em primeiro lugar, detectar os principais genes responsáveis pela produção de ESBL em cepas de K. pneumoniae obtidas a partir de pacientes que desenvolveram infecções hospitalares em um hospital de cuidados terciários na região norte do estado do Ceará, de novembro de 2013 a agosto de 2014 e, em segundo lugar, analisar a similaridade genética destes isolados. Trinta e seis isolados clínicos de K. pneumoniae produtores de ESBL foram avaliados. A detecção dos genes blaCTX-M dos grupos 1 e 2, blaSHV-like, blaTEM-like, blaKPC-like e blaGES-like foi realizada por PCR. A tipagem molecular dos isolados foi realizada por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Os genes blaCTX-M dos grupos 1 ou 2 e blaSHV-like foram detectados em 100% dos isolados e os genes blaTEM-like em 55,6%. Em adição, 55,6% dos produtores de CTX-M também produziram SHV e TEM. Nenhum gene blaKPC-like e blaGES-like foi detectado. A tipagem molecular por PFGE mostrou grande diversidade entre os isolados, contudo dois isolados coletados em diferentes clínicas mostraram o mesmo perfil de bandas e tinham os mesmos genes bla e, então, foram considerados como pertencentes a uma única cepa. A detecção dos genes blaCTX-M em 100% dos isolados sugere que as enzimas CTX-M são as principais ESBL responsáveis pelo fenótipo de resistência aos beta-lactâmicos nos isolados estudados. Dados apresentados neste estudo chamam atenção para um problema de resistência endêmico causado por cepas multiclonais de K. pneumoniae multirresistentes cujo controle passa essencialmente pelo aprimoramento das políticas de prescrição de antimicrobianos e pela implantação de programas de prevenção e controle da disseminação destes patógenos no hospital pesquisado.
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Perfis genéticos e resistência a antimicrobianos de estirpes de escherichia coli diarreogênicas e salmonella spp isoladas no Estado do Paraná

Assis, Flávia Emanoelli Araujo de January 2016 (has links)
Orientadora : Profª. Drª. Cyntia M. T. Fadel Picheth / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas. Defesa: Curitiba, 17/06/2016 / Inclui referências : f. 73-91 / Área de concentração: Análises clínicas / Resumo: As doenças diarreicas são um problema de saúde pública e uma das principais causas de morbidade e mortalidade em todo o mundo. Salmonella e Escherichia coli diarreogênicas (DEC) estão entre as principais causas de diarreia. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar geneticamente e determinar o perfil de resistência aos antimicrobianos de estirpes de Salmonella e DEC isoladas no estado do Paraná. As amostras foram isoladas de culturas de fezes de pacientes envolvidos em surtos ou casos esporádicos de diarreia, sendo composta por 46 estirpes de Salmonella identificadas bioquimicamente e 66 estirpes de DEC incluindo 38 E. coli enteropatogênicas atípicas (aEPEC), 19 E. coli enteroagregativas (EAEC), 4 E. coli produtoras de toxina Shiga (STEC), 3 E. coli de aderência difusa (DAEC), 1 E. coli enteropatogênica (tEPEC) e 1 E. coli enteroinvasora (EIEC) previamente caracterizadas através de PCR. As estirpes de Salmonella foram analisadas por PCR para a identificação do gênero e sorotipagem molecular. A subtipagem foi realizada através da eletroforese em campo pulsado (PFGE) e amplificação de múltiplos loci de fagos (MAPLT). As DEC foram analisadas utilizando PFGE, PCRMultiplex para a determinação do grupo filogenético e quanto à presença de 10 genes adicionais de virulência. O perfil de resistência aos antimicrobianos foi determinado pelo método de disco-difusão. As 46 estirpes de Salmonella foram molecularmente confirmadas quanto ao gênero e classificadas nos sorotipos Enteritidis (33 estirpes) ou Typhimurium (13 estirpes). A PFGE revelou um elevado coeficiente de similaridade (94,6%) entre Salmonella Enteritidis, e o perfil denominado PA/P1 foi compartilhado por 27 (81,8%) dessas estirpes. Duas estirpes de Salmonella Typhimurium foram não tipáveis por PFGE. As 11 restantes produziram 8 perfis de PFGE e 3 de MAPLT, indicando maior diversidade entre as bactérias deste sorotipo. Resistência a um ou mais antimicrobianos foi observada em 42 (91,3%) das estirpes, sendo resistência ao ácido nalidíxico a mais comum (39 estirpes, 84,8%). Os resultados indicam que Salmonella Enteritidis é o sorotipo predominante no estado do Paraná, e o perfil PA/P1/MI/R1 o mais frequentemente associado com casos esporádicos de diarreia e envolvido com 7 de 9 surtos notificados. O poder discriminatório do MAPLT foi menor que da PFGE. Entre os isolados de E. coli uma estirpe de EAEC foi não tipável por PFGE e 59 perfis distintos foram observados entre as 65 DEC remanescentes. Apenas 2 perfis de PFGE foram compartilhados entre aEPEC e 2 entre EAEC. Quanto à filogenia 23 (34,8%) estirpes foram classificadas no grupo B2, 19 (28,8%) no grupo A, 14 (21,2%) no grupo D e 10 (15,2%) no grupo B1. A presença de um ou mais genes adicionais de virulência foi detectada em 57 (86,4%) DEC sendo astA (47%), que codifica a toxina termoestável de EAEC1, e a adesina iha (34,8%) os mais frequentes. O gene codificador da citotoxina subtilase (subAB) não foi detectado em nenhuma das estirpes. Resistência a um ou mais antimicrobianos foi observada entre 45 (68,2%) estirpes sendo a resistência à ampicilina a mais frequente (51,5%) e 14 estirpes apresentaram multirresistência. Este trabalho traz informações importantes para a epidemiologia das doenças diarreicas na região. Palavras-chaves: Tipagem molecular, Salmonella, Escherichia coli diarreogênicas, PFGE, Filogenia. / Abstract: Diarrheal diseases are a major public health problem and a major cause of morbidity and mortality worldwide. Salmonella and diarrheagenic Escherichia coli (DEC) are among the main causes of diarrhea. The objectives of this study were to characterize genetically and determine the resistance profile to antimicrobials of Salmonella and DEC isolated in Paraná state. The samples were isolated from stool cultures of patients involved in outbreaks and sporadic cases of diarrhea, consisting of 46 Salmonella strains identified biochemically, and 66 strains DEC including 38 atypical enteropathogenic E. coli (aEPEC), 19 enteroaggregative E. coli (EAEC), 4 E. coli Shiga toxin producing (STEC), 3 diffuse adherence E. coli (DAEC), 1 enteropathogenic E. coli (tEPEC) and 1 enteroinvasive E. coli (EIEC) previously characterized by PCR. Salmonella strains were analyzed by PCR to identify the genus and for molecular serotyping. Subtyping was performed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and multiple amplification of phage loci typing (MAPLT). DEC were analyzed using PFGE, PCR-Multiplex for determining the phylogenetic group, and for the presence of 10 additional virulence genes. The antimicrobial resistance profile was determined by disk diffusion method. The 46 strains of Salmonella were molecularly confirmed regarding the genus and classified in serotypes Enteritidis (33 strains) or Typhimurium (13 strains). PFGE revealed a high similarity coefficient (94.6%) among Salmonella Enteritidis, and the pattern PA / P1 was shared by 27 (81.8%) of these strains. Two Salmonella Typhimurium strains were non-typeable by PFGE. The remaining 11 produced 8 PFGE pattern and 3 MAPLT, indicating greater diversity among bacteria of this serotype. Resistance to one or more antimicrobials was observed in 42 (91.3%) of the strains, with resistance to nalidixic acid being the most common (39 strains, 84.8%). Results indicate that Salmonella Enteritidis is the serotype predominant in Paraná state, and the profile PA / P1 / M1 was the most often associated with sporadic cases of diarrhea and involved in 7 of 9 reported outbreaks. The discriminatory power of MAPLT was lower than the PFGE. Among E. coli isolates, 1 EAEC strain was not typeable by PFGE and 59 different profiles were observed among the 65 DEC remaining. Only 2 PFGE profiles were shared between aEPEC and 2 between EAEC. In regard to phylogeny, 23 (34.8%) strains were classified as B2, 19 (28.8%) in group A, 14 (21.2%) in group D and 10 (15.2%) in group B1. The presence of one or more additional virulence genes was detected in 57 (86.4%) DEC; astA (47%) encoding the heat-stable toxin EAEC1 and iha adhesin (34.8%) were more frequent. The gene encoding the subtilase cytotoxin (subAB) was not detected in any of the strains. Resistance to one or more antibiotics was observed in 45 (68.2%) strains, ampicillin resistance was the most common (51.5%); 14 strains showed multidrug resistance. This study provides important information for the epidemiology of diarrheal diseases in the region. Keywords: molecular typing, Salmonella, diarrheagenic Escherichia coli, PFGE, phylogeny.
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Caracterização genética de isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae resistentes a antibióticos β-lactâmicos de última geração provenientes de Recife-PE

CABRAL, Adriane Borges 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:33:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo998_1.pdf: 1609980 bytes, checksum: 24a98edce3674f14a6034cad4970277e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Universidade Federal de Pernambuco / Klebsiella pneumoniae é uma enterobactéria associada a infecções hospitalares graves que acomete principalmente, o trato urinário e respiratório, causando também meningite e septicemia, particularmente, em pacientes imunocomprometidos. O objetivo desse trabalho foi caracterizar geneticamente isolados clínicos de K. pneumoniae através da investigação dos genes de resistência a β-lactâmicos blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM, blaIMP e blaSPM, do perfil plasmidial e da ERIC-PCR. Foram analisados 24 isolados clínicos de K. pneumoniae provenientes de hospital público e de um hospital particular nos anos de 2007 e 2008, respectivamente, da cidade de Recife-PE. O Teste de sinergia de disco duplo, o Teste de Hodge Modificado e o E-Test MBL foram aplicados para detecção fenotípica de ESBLs, KPC e MBL, respectivamente. Todos os isolados apresentaram o gene blaSHV, 62,5% blaCTX-M, 29% blaTEM. Dentre os isolados do Hospital particular 71% apresentaram blaKPC e 50% blaVIM. Este é o primeiro relato do gene blaVIM em K. pneumoniae em Recife-PE, Brasil. Os genes blaIMP e blaSPM não foram detectados. O achado de 14 isolados (58%) carreando no mínimo 3 dentre os 7 genes de β-lactamases pesquisados é preocupante, uma vez que não é frequentemente relatado. O perfil plasmidial, agrupou os isolados em 17 grupos e 3 subgrupos. A ERIC-PCR classificou os isolados em 19 perfis distintos com 6 isolados apresentando o mesmo perfil, mostrando relação clonal. Podemos concluir que os isolados estudados acumularam determinantes de resistência que, consequentemente, impõem uma limitação nas opções terapêuticas disponíveis, podendo explicar muitos episódios de insucesso na tentativa de controle das infecções hospitalares
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Prevalência de genes de resistência em isolados de e. Coli provenientes de frangos de corte / Prevalence of resistance genes in e. Coli isolated from broiler chickens

Lentz, Silvia Adriana Mayer January 2017 (has links)
A resistência antimicrobiana é um desafio atual à saúde públ ica. Agentes antimicrobianos são indispensáveis no controle de infecções bacterianas, não só em seres humanos, mas também em animais e plantas. A pressão seletiva imposta pela utilização sistemática de um antimicrobiano pode selecionar cepas com algum mecanismo de resistência e estas, disseminarem-se pelo ambiente. Muitas teorias e controvérsias existem a respeito da disseminação da resistência entre animais e humanos, além disso, a prevalência de genes que conferem resistência às cefalosporinas de espectro estendido, carbapenêmicos e col istina, em bactérias zoonóticas comensais é pouco conhecida. Este trabalho avaliou a prevalência dos principais genes de resistência de importância clínica (bla1MP -type, blav1M -type, blaNoM- 1. blaKPc -type, blaGEs -type, blaoXA-48, blarEM, blasHv, blacrx-M e mcr-1) em isolados de E. colí, originados de aves de produção. Foram coletados swab cloacal de frangos, em um abatedouro frigorífico localizado no Rio Grande do Sul. Foram obtidos 343 isolados de E. colí que cresceram em presença de ceftazidima. Entretanto, 57 isolados foram positivos para os genes que conferem resistência às cefalosporinas: 3 blasHv, 18 blacrx-M, 30 blarEM e 6 para blacrx-M e blarEM concomitantemente Destes, 25 isolados foram positivos no teste fenotípico para pesquisa de ESBL. De acordo com o perfil de susceptibilidade aos antibióticos, 56 (98%) isolados foram considerados m ultirresistentes. Quanto à pesquisa do gene mcr-1, 1 O isolados foram positivos (2,9%), sendo todos multirresistentes. Destes, 8 obtiveram valor de CIM para polimixina de 2mgiL, os outros dois isolados obtiveram CIM 0.25mg/L e 1mg/L. A 1 tipagem molecular realizada por PFGE demonstrou que 5 isolados do mesmo lote foram clonalmente re lacionados, enquanto outros 5 não tiveram relação clonal. A tipagem molecular real izada in silico a partir do sequenciamento completo do genoma bacteriano de 4 isolados positivos para o gene mcr-1 revelou a presença de 3 STs: ST38, ST58 e ST2491 . A ST38 é bastante disseminada e associada com infecções em humanos. Diante da emergência da propagação do gene mcr-1 a partir de bactérias comensais de animais, torna-se crucial a implementação de práticas interdisciplinares no controle do uso de antim icrobianos na medicina veterinária, humana e no ambiente, evitando a disseminação da resistência e o esgotamento das opções terapêuticas. Alternativas ao uso indiscriminado dos antibióticos na produção animal j unto a ações que procurem diminuir o potencial reservatório ambiental destes genes, devem ser implementadas. / Antimicrobial resistance is a current public health challenge. Antimicrobial agents are essential in lhe control of bacterial infections, not only in humans, but also in animais and plan ts. The pressure selection imposed by lhe systematic use of an antimicrobial, selects strains that harbor some resistance mechanism. The antibiotic resistance spread among animais and humans is controversial, furthermore, lhe prevalence of genes related to resistance to extended-spectrum cephalosporins, carbapenems and colistin in zoonotic commensal bacteria is no! completely known. This study evaluated lhe prevalence of important clinicai resistance genes (blatMP -type, b/avtM -type, b/aNoM- 1, b/aKPc -type, b/aGEs -type, b/aoXA-48, b/arEM, b/asHv, blacrx-M and mcr-1) in E. co/i isolates originated from poul try production. Cloacal swabs were collected from chickens in a slaughterhouse located in Rio Grande do Sul. A total of 343 E. co/i isolates were grown in the presence of ceftazidime. Genes encoding resistance to carbapenems, were not detected. However, 57 isolates were positive to cephalosporins resistance genes: 3 b/asHv, 18 b/acrx-M, 30 b/arEM and six isolates were co-producers of b/acrx-M and b/arEM. Phenotypic test for confirmation of ESBL, were positive for 25 isolates. According to lhe profile of susceptibility to antibiotics, 56 isolates were considered multiresistant (98%). Regarding the mcr-1 gene investigation, 10 isolates were positive, ali of them multiresistant. The polymixin MIC of 8 isolates was 2 mg/L, lhe other two isolates presented MIC = 0.25mg/L and MIC = 1 mg/L. The molecular typing analysis, performed by PFGE, showed that 5 isolates from lhe same batch were clonally related , while another 5 were not related. Molecular typing performed in silíco from complete sequencing of the bacterial genome of 4 mcr-1 positive isolates revealed the presence of 3 sequences type: ST38, ST58 e ST2491 . With lhe present data in our hands and lhe emergence of mcr-1 gene, detected in commensal bacteria, with animal origins, it is cru cial to implement interdisciplinary practices, to control lhe use of antimicrobials in veterinary medicine, human and the environment, avoiding lhe spread of resistance and depletion of therapeutic options. The indiscriminate use of antibiotics in animal production should be re-consider, as well as actions aiming to reduce lhe potential environmen tal reservoir of resistance genes, in order to prevent global spread.
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Tipagem molecular, perfis de sensibilidade e caracterização de transcritos diferencialmente expressos durante a infecção de Cryptococcus neoformans

Matsumoto, Marcelo Teruyuki [UNESP] 14 December 2006 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-14Bitstream added on 2014-06-13T20:04:32Z : No. of bitstreams: 1 matsumoto_mt_dr_arafcf.pdf: 7554122 bytes, checksum: 0910afc354605fb9e82889bf3660ea86 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Cryptococcus neoformans é patógeno importante, principalmente em pacientes imunocomprometidos. A principal porta de entrada deste patógeno é pela via respiratória, disseminando-se posteriormente e atingindo principalmente o sistema nervoso central, provocando a meningite criptocóccica. A primeira parte deste estudo teve como objetivos determinar, nos 106 isolados clínicos de C. neoformans obtidos de dois Estados (São Paulo e Rio de Janeiro), (1) as variedades e (2) os mating-types por PCR (Polymerase Chain Reaction), (3) analisar a diversidade genética por PCR-fingerprinting com a seqüência iniciadora específica para regiões microssatélite (GACA)4, (4) por RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) com o iniciador 6 e (5) por PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) do gene da fosfolipase B (PLB1) digerido com a enzima de restrição AvaI e (6) determinar a sensibilidade a quatro antifúngicos (fluconazol, itraconazol, 5-fluorocitosina e anfotericina B) seguindo o método de referência (documento M27-A2) do CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute). A segunda parte teve como objetivo, analisar transcritos diferencialmente expressos durante a infecção pulmonar de C. neoformans, pela técnica de RDA (Representational Difference Analysis). Entre os 106 isolados, 104 foram identificados como C. neoformans e apenas dois foram C. gattii (=C. neoformans var. gattii), todos MATa. O tipo molecular VNI (C. neoformans var. grubii, sorotipo A) foi o mais prevalente entre os isolados (97/106), seguido do tipo VNII (C. neoformans var. grubii, sorotipo A) (7/106) e VGII (C. gattii, sorotipos B ou C) (2/106) quando analisados por PCR-fingerprinting e PCR-RFLP. Homogeneidade alta foi obtida com o iniciador (GACA)4, com a maioria dos isolados apresentando correlação em torno de 0,9. Os resultados do RAPD, por sua vez, revelaram maior heterogeneidade com número maior de perfis moleculares. / Cryptococcus neoformans is an important pathogen, mainly in immunocompromised patients. The pathogen penetrates mainly by respiratory way, disseminate afterward and reach specially the central nervous system causing the cryptococcal meningitis. The first part of this study had the objective to determine, in the 106 clinical isolates of C. neoformans obtained from São Paulo and Rio de Janeiro State, (1) the varieties and (2) mating-types by PCR (Polymerase Chain Reaction), (3) analyze the genetic diversity by PCR-fingerprinting with specific primer to microsatellite regions (GACA)4, (4) by RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) with primer 6 and (5) by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) of the phospholipase B gene (PLB1) digested with restriction enzyme AvaI and (6) to determine the susceptibility to four antifungal (fluconazole, itraconazole, 5-flucytosine and amphotericin B) following the reference method (document M27-A2) from CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute). The second part had the goal to analyze differentially expressed transcription during pulmonary infection of C. neoformans, by RDA (Representational Difference Analysis) technique. Among 106 isolates, 104 were identified as C. neoformans and only two were C. gattii (=C. neoformans var. gattii), all MATa. The molecular type VNI (C. neoformans var. grubii, serotype A) was the most prevalent among the isolates (97/106), followed by VNII (C. neoformans var. grubii, serotype A) (7/106) and VGII (C. gattii, serotypes B ou C) (2/106) when analyzed by PCR-fingerprinting and PCR-RFLP. High homogeneity was obtained with the primer (GACA)4, with most of the isolates showing correlation around 0.9. By contrast, the RAPD analysis revealed more heterogeneous with more numbers of molecular profiles.
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Prevalência e sensibilidade antimicrobiana de escherichia coli e klebsiella pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais no hospital regional norte em sobral/ce e detecção genética de blatem, blashv blactx-m e blages em espécimes produtores de betalactamase de espectro estendido (esbl) / Prevalence and antimicrobial sensitivity of escherichia coli e klebsiella pneumoniae isolated from nosocomal infections in the hospital regional north in sobral / ce and genetic detection of blaht, blashv blactx-m and blages in species of betalactamase extended spectrum (esbl)

Braga, Jisbaque Melo 01 December 2016 (has links)
BRAGA, J.M. Prevalência e sensibilidade antimicrobiana de escherichia coli e klebsiella pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais no hospital regional norte em sobral/ce e detecção genética de blatem, blashv blactx-m e blages em espécimes produtores de betalactamase de espectro estendido (esbl). 2016. 101f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) – Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2016. / Submitted by Mestrado Ciências da Saúde (ppgcsufcsobral@gmail.com) on 2017-05-25T14:15:01Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-05-26T18:41:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T18:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) Previous issue date: 2016-12-01 / Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae are Gram-negative bacilli account for a significant portion of infections in hospitals. Its importance has increased due to increased production of beta-lactamases of extended spectrum (ESBL). These enzymes are produced by some Gram negative bacilli and mediate resistance to beta-lactams, such as cephalosporins and aztreonam. In these pathogens, the majority of the ESBL identified are TEM, SHV and CTX-M types. This study aimed to analyze the prevalence and antimicrobial susceptibility of E. coli and K. pneumoniae isolated from nosocomial infections in North Regional Hospital in Sobral/CE, Brazil, from March 2015 to March 2016, and to detect blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM and blaGES genes of isolates which exhibited ESBL phenotype. A total of 245 isolates (132 E. coli and 113 K. pneumoniae) were analyzed. Of these, 145 (59.1%) had ESBL phenotype and 44 were characterized genetically by presence of blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM and blaGES genes. The rates of E.coli and Klebsiella pneumoniae ESBL producers were 49.2% and 70.8%, respectively. This research revealed that ESBL-producing E. coli strains were more sensitive to meropenem (100%), amikacin (96.9%), colistin (90.8%) and tigecycline (90.8%), and more resistant to ampicillin (100%), ceftriaxone (100%) and cefepime (96.9%). On the other hand, K. pneumoniae ESBL producers were more sensitive to colistin (100%), amikacin (96.2%) and meropenem (93.7%), and more resistant to ceftriaxone (100%), ceftazidime (100%), cefepime (98.7%) and ampicillin (98.7%). The blaCTX-M gene was detected in 14 (31.8%) isolates, blaTEM and blaSHV genes were detected both in 3 specimens (6.8%), the blaGES gene was detected in only one isolate (2.2%), while blaKPC and blaVIM genes were not detected. Our findings show high levels of resistance to beta-lactam antibiotics, as well as increasing linear trend for ESBL production by the studied species. The gene with the highest detection rates among the isolates was blaCTX-M gene, which is certainly the most important ESBL gene today. We detected one strain of Klebsiella pneumoniae harboring blaGES and blaCTX-M genes, being of our knowledge the first report in Brazil, which demonstrates the great potential for worldwide spread of resistance genes between Gram-negative bacillus. / Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae são bacilos Gram-negativos responsáveis por uma parcela significante de infecções em ambiente hospitalar. Sua importância aumentou devido ao surgimento de espécimes produtoras de betalactamases de espectro estendido (ESBL). Essas enzimas são produzidas por alguns bacilos Gram-negativos e conferem resistência aos betalactâmicos, como cefalosporinas e aztreonam. Nesses patógenos, a maioria das ESBL identificadas é do tipo TEM, SHV e CTX-M. Este estudo teve como objetivo analisar a prevalência e a sensibilidade antimicrobiana de E.coli e K. pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais do Hospital Regional Norte, Sobral/CE, Brasil no período de março de 2015 a março de 2016, assim como realizar a detecção dos genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM e blaGES nos isolados que exibiram fenótipo ESBL. No total, 245 isolados (132 E. coli e 113 K. pneumoniae) foram analisados. Destes, 145 (59,1%) apresentaram fenótipo ESBL e 44 foram caracterizados geneticamente quanto à detecção dos genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM e blaGES. As taxas de produção de ESBL por E.coli e K. pneumoniae foram 49,2% e 70,8%, respectivamente. Essa pesquisa revelou que E.coli produtoras de ESBL foram mais sensíveis ao meropenem (100%), amicacina (96,9%), colistina (90,8%) e tigeciclina (90,8%), e mais resistentes à ampicilina (100%), ceftriaxona (100%) e cefepima (96,9%). Já K. pneumoniae produtoras de ESBL foram mais sensíveis à colistina (100%), amicacina (96,2%) e meropenem (93,7%), e mais resistentes à ceftriaxona (100%), ceftazidima (100%), cefepima (98,7%) e ampicilina (98,7%). O gene blaCTX-M foi detectado em 12 (27,2%) isolados, os genes blaTEM e blaSHV foram detectados em 3 espécimes cada um (6,8%), o gene blaGES foi detectado em apenas um isolado (2,2%), enquanto os genes blaKPC e blaVIM não foram detectados. Nossos achados revelam altos índices de resistência aos betalactâmicos, assim como tendência linear crescente para produção de ESBL pelas espécies estudadas. O gene com maiores taxas de detecção entre os isolados foi o gene blaCTX-M que, certamente, é o gene ESBL mais importante clinicamente na atualidade. Nós detectamos um isolado de Klebsiella pneumoniae contendo o gene blaGES e blaCTX-M, sendo do nosso conhecimento o primeiro relato no Brasil, o que demonstra o grande potencial de disseminação mundial de genes de resistência entre bacilos Gram-negativos.

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