Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-11-24Bitstream added on 2014-06-13T20:00:40Z : No. of bitstreams: 1 baeza_lc_dr_arafcf.pdf: 2250737 bytes, checksum: 666c7d374ebfa4ff8507fbfbe951a4b8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / As dermatofitoses são processos infecciosos de pele, pêlo e unhas muito comuns no mundo inteiro. Trichophyton rubrum é o dermatófito mais freqüentemente isolado em lesões superficiais de pele e unha. Estudos envolvendo este patógeno são cada vez mais importantes devido ao aparecimento de linhagens resistentes aos medicamentos antifúngicos disponíveis no mercado e ao comportamento invasivo deste agente em pacientes com o sistema imune comprometido. Estes fatos e poucos estudos levam à necessidade de se ampliar o conhecimento sobre a biologia deste agente. Visando colaborar nesse sentido, o presente trabalho teve dois objetivos centrais: 1) Realizar a tipagem molecular de isolados clínicos de T. rubrum com e sem relação epidemiológica por RAPD (Amplificação Randômica de DNA Polimórfico) com duas seqüências randômicas diferentes (denominadas de 1 e 6), bem como a análise dos elementos repetitivos (TRS-1 e TRS-2) do espaço não transcrito (NTS) do DNA ribossomal (DNAr) e 2) Identificar transcritos envolvidos na interação deste patógeno com fonte humana de queratina, através do RDA (Análise de Diferença Representacional). A aplicação do RDA permitiu pela primeira vez a identificação de alguns transcritos expressos, provavelmente relacionados à patogênese deste microrganismo. / Dermatophytosis is common infection process which occurs in skin, hair and nails and Trichophyton rubrum is the most frequently isolated dermatophyte. Studies on this pathogen are becoming increasingly important because of frequent reports on resistant strains to antifungal drugs commercially available and the invasive behavior of these agents in immunocompromised patients. These facts, associated with few studies with this agent, indicate the need to expand the information about the fungal biology. As a contribution to this goal, the present study had two central objectives: 1) To compare different methodologies for molecular typing of clinical isolates of T. rubrum epidemiologically related and unrelated for RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) with two different random primers (denominated of 1 and 6); as well as the analysis of the repetitive elements (TRS-1 and TRS-2) of the space non-transcribed (NTS) of the ribosomal DNA (DNAr) and 2) To identify transcripts involved in the interaction of this pathogen with human keratin by RDA (Representational Difference Analysis). The application of the RDA allowed for the first time the identification of expressed transcripts during the microorganism proliferation that could be related to the T. rubrum virulence.

Orientador: Maria José Soares Mendes Giannini / Banca: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Celia Maria de Almeida Soares / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: Mário Hiroyuki Hirata / Resumo: As dermatofitoses são processos infecciosos de pele, pêlo e unhas muito comuns no mundo inteiro. Trichophyton rubrum é o dermatófito mais freqüentemente isolado em lesões superficiais de pele e unha. Estudos envolvendo este patógeno são cada vez mais importantes devido ao aparecimento de linhagens resistentes aos medicamentos antifúngicos disponíveis no mercado e ao comportamento invasivo deste agente em pacientes com o sistema imune comprometido. Estes fatos e poucos estudos levam à necessidade de se ampliar o conhecimento sobre a biologia deste agente. Visando colaborar nesse sentido, o presente trabalho teve dois objetivos centrais: 1) Realizar a tipagem molecular de isolados clínicos de T. rubrum com e sem relação epidemiológica por RAPD (Amplificação Randômica de DNA Polimórfico) com duas seqüências randômicas diferentes (denominadas de 1 e 6), bem como a análise dos elementos repetitivos (TRS-1 e TRS-2) do espaço não transcrito (NTS) do DNA ribossomal (DNAr) e 2) Identificar transcritos envolvidos na interação deste patógeno com fonte humana de queratina, através do RDA (Análise de Diferença Representacional). A aplicação do RDA permitiu pela primeira vez a identificação de alguns transcritos expressos, provavelmente relacionados à patogênese deste microrganismo. / Abstract: Dermatophytosis is common infection process which occurs in skin, hair and nails and Trichophyton rubrum is the most frequently isolated dermatophyte. Studies on this pathogen are becoming increasingly important because of frequent reports on resistant strains to antifungal drugs commercially available and the invasive behavior of these agents in immunocompromised patients. These facts, associated with few studies with this agent, indicate the need to expand the information about the fungal biology. As a contribution to this goal, the present study had two central objectives: 1) To compare different methodologies for molecular typing of clinical isolates of T. rubrum epidemiologically related and unrelated for RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) with two different random primers (denominated of 1 and 6); as well as the analysis of the repetitive elements (TRS-1 and TRS-2) of the space non-transcribed (NTS) of the ribosomal DNA (DNAr) and 2) To identify transcripts involved in the interaction of this pathogen with human keratin by RDA (Representational Difference Analysis). The application of the RDA allowed for the first time the identification of expressed transcripts during the microorganism proliferation that could be related to the T. rubrum virulence. / Doutor

O Brasil é o segundo maior produtor de inoculantes do mundo e possui uma das legislações mais rigorosas para qualidade de inoculantes, entretanto com o grande desenvolvimento de novas estirpes e produtos, novas metodologias de análise dos produtos devem ser pesquisadas visando melhor qualidade e praticidade. A utilização de métodos de análise de perfis genômicos, direto do produto inoculante, para a caracterização dos microrganismos recomendados para inoculação no País foi o objetivo do presente estudo. Foram utilizadas as quatro estirpes recomendadas para soja, duas recomendadas pra milho/trigo e vinte produtos inoculantes com misturas dos referidos microrganismos, em diversas formulações. As estirpes isoladas, suas misturas e os inoculantes foram caracterizados quanto ao melhor tipo de extração de DNA, coloração do gel de agarose e através de técnicas moleculares, com análise da distribuição dos elementos repetitivos BOX e ERIC, de oligonucleotídeos iniciadores específicos para bradirrizóbios e eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE). Os resultados obtidos mostram que a extração realizada com kit apresenta maior concentração de DNA extraído e melhor qualidade, quando comparada às demais. A coloração dos géis de agarose foi padronizada para utilização do corante Blue green. As análises com a técnica de DGGE permitiu a identificação das estirpes recomendadas para soja dentro do produto inoculante. / Brazil is the second largest producer of inoculants in the world and has one of the more stringent law´s quality, however with the development of new strains and products, new methodologies for analyzing the products should be investigated in order to better quality and practicality. The use of methods of analysis of genomic profiles, direct from the product, for the characterization of microorganisms recommended for inoculation in the country was the aim of this study. Four strains recommended for soybean, two recommended to corn / wheat and twenty inoculant products with mixtures of such microorganisms, in various formulations, were used for the tests. The methodology of analysis of the isolated strains, inoculants and their mixtures were characterized as the best type of DNA extraction, staining of the agarose gel and using molecular techniques to analyze the distribution of consensus elements BOX and ERIC primer specific for bradhyirizobia and electrophoresis in denaturing gradient gel (DGGE). The results show that the extraction performed with kit has a higher concentration of DNA extracted and better quality when compared to the other. The staining of agarose gels has been standardized for use of the Blue green dye. The DGGE technique allowed the identification of the strains recommended for soybean inoculant into the product.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-05-13. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:45:46Z : No. of bitstreams: 1 000846304.pdf: 3321509 bytes, checksum: c673b1568c327961a322434f621d5c56 (MD5) / Acinetobacter baumannii é frequentemente encontrado em infecções hospitalares, ocasionando pneumonia associada à ventilação, bacteremia, infecções de trato urinário e meningite secundária. Nos últimos anos, o uso extensivo de antimicrobianos em hospitais contribuiu para o aumento e emergência de cepas resistentes, incluindo os carbapenêmicos, os principais recomendados no tratamento. Assim, os aminoglicosídeos ganham importância como opção terapêutica. A resistência a estes antimicrobianos é decorrente, principalmente, da produção de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs) e de enzimas 16S rRNA Metilases. No Brasil, informações sobre o perfil de suscetibilidade e genes que codificam estas enzimas são escassas. Assim, é fundamental a identificação de mecanismos de resistência e reservatórios potenciais, bem como realizar comparação de isolados para controlar a disseminação de A. baumannii no ambiente hospitalar. O presente estudo teve como objetivos avaliar e comparar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, genes de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs), genes de enzimas 16S rRNA Metilases e similaridade genética entre isolados de A. baumannii com importância clínica no Hospital de Base (HB) de São José do Rio Preto, SP. Além disso, estes resultados foram comparados com um estudo anterior realizado no mesmo hospital. Foram avaliados 32 isolados coletados no período entre dezembro de 2013 a maio de 2014. A identificação da espécie foi realizada por metodologias automatizadas e confirmada por Duplex-PCR. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram resultantes de teste automatizado de microdiluição e disco-difusão, para aminoglicosídeos Amicacina (AK), Gentamicina (CN), Tobramicina (TOB) e Canamicina (CAN), de acordo com o CLSI, 2014 e FDA, 2013. Primers específicos e PCRmultiplex foram usados para a detecção dos genes... / Acinetobacter baumannii is found in nosocomial infections, causing ventilator-associated pneumonia, bacteremia, urinary tract infections and secondary meningitis. In recent years, the extensive use of antibiotics in hospitals has contributed to the rise and emergence of A. baumannii strains resistant to a wide range of antimicrobials, including carbapenems, main antibiotics recommended on treatment. In this context, aminoglycosides gain importance as therapeutic options. Resistance to aminoglycosides is mainly due to the Aminoglycoside Modifying Enzymes (AMEs) and 16S rRNA Methylases production. In Brazil, high infection rates to carbapenem-resistant A. baumannii are observated, however information about aminoglycoside susceptibility profile and occurance of this genes are scarce. Thus, it is essential to identify resistance mechanisms and potential reservoirs, as well as perform comparison of isolates to control the spread of A. baumannii in the hospital environment. This study aimed to evaluate and compare the antimicrobial susceptibility profile, genes of aminoglycoside modifying enzymes and 16S rRNA Methylases and genetic similarity among A. baumannii isolates with clinical importance at Hospital de Base (HB) in São José do Rio Preto, SP. Additionally, the results were compared to another previous study achieved in the same hospital. 32 isolates collected between December 2013 and May 2014 were evaluated. Specie identification was performed using automated methodology and confirmed by Duplex- PCR. The susceptibility tests were the result of automated and disc-diffusion tests - for aminoglycosides Amikacin (AK), Gentamicin (CN), Tobramycin (TOB) and Kanamycin (K) - according to CLSI, 2014 and FDA, 2013. Specific primers and Multiplex-PCR were used in AMEs' and 16S rRNA Methylases' genes detection and primers REP1-REP2 were used in molecular typing by REP-PCR. All the isolates of this study...

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-12Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000809517.pdf: 1406671 bytes, checksum: 300a5db1601aa75ec0cdf0efcca6e5bd (MD5) / O gênero Acinetobacter compreende bacilos Gram-negativos ubíquos na natureza e suas principais espécies, A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pittii e A. nosocomialis, foram agrupadas no complexo Acinetobacter baumannii-Acinetobacter calcoaceticus (complexo ACB) por apresentarem alta similaridade genética e por serem de difícil diferenciação por métodos bioquímicos. As infecções mais causadas pelo complexo ACB são pneumonias e bacteremias e, para o tratamento destas, são muito utilizados os beta-lactâmicos, aminoglicosídeos e polimixinas. Entretanto, a resistência aos beta-lactâmicos e aminoglicosídeos tem aumentado em Acinetobacter spp., principalmente, devido à produção de enzimas chamadas beta-lactamases e enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (EMAs). Neste contexto, os objetivos do estudo foram avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, investigar genes de carbapenemases (blaOXA-23like, blaOXA-51like, blaOXA-58like, blaOXA24-40like, blaOXA-143like, blaOXA-48like, blaKPC, blaGES,blaVIM, blaIMPe blaSPM), e de EMAs [aac(3)-Ia, aac(3’)-II, aaac(6’)-Ih, aph(3’)-VI, ant(2’)-Ia, aph(3’)-Ia e aac(6’)-Ib] por PCR e determinar a similaridade genéticados isolados de A. baumannii por REP-PCR. Cem isolados do complexo ACB resistentes aos carbapenêmicos provenientes de pacientes admitidos em unidades de terapia intensiva (UTIs) do Hospital de Base de São José do Rio Preto (HB) foram encaminhados ao laboratório de Microbiologia da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), onde foram realizadas a extração de DNA, a identificação da espécie, a investigação dos genes e a tipagem molecular por REP-PCR. Todos os isolados apresentaram fenótipo de multirresistência e foram identificados como pertencentes à espécie A. baumannii. Os genes blaOXA-23like e blaOXA-51like foram detectados em 100% dos isolados, e, em todos, ISAba1 estava localizado “upstream” ao gene blaOXA-23like ... / The Acinetobacter genus comprises ubiquitous Gram-negative bacilli and its main species, A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pittii and A. nosocomialis were grouped in the the Acinetobacter baumannii - Acinetobacter calcoaceticus Complex (ACB Complex) due to their high genetic similarity and for their difficult differentiation by biochemical methods. Most infections caused by ACB complex are pneumonia and bacteremias, and, to treat these, beta-lactams, aminoglycosides and polymyxins are widely used. Nevertheless, beta-lactams and aminoglycosides resistance has been increasing in Acinetobacter spp., mainly, due to the enzymes production called beta-lactamases and aminoglycosides modifying enzymes (AMEs). Thus, the study objectives were to evaluate the antimicrobial susceptibility profile, investigate the carbapenemases gene (blaOXA-23like, blaOXA-51like, blaOXA-58like, blaOXA24-40like, blaOXA-143like, blaOXA-48like, blaKPC, blaGES, blaVIM, blaIMPand blaSPM), the AMEs genes [aac(3)-Ia, aac(3)-II, aac(6’)-Ih, aph(3’)-VI, ant(2’)-Ia, aph(3’)-Ia and aac(6’)-Ib], and to determine the genetic similarity by REP-PCR. One hundred carbapenem resistant isolates of ACB complex were sent to the Microbiology Laboratory of the Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, where DNA extraction, species identification, PCRs and molecular typing by REP-PCR were carried out. All of the isolates showed multidrug resistance phenotype and were identified as A. baumannii. The genes blaOXA-23like and blaOXA-51like were present in 100% of the isolates andISAba1 was “upstream” to the blaOXA-23likegene. The AMES genes detected were aph(3')-VI (55%), aac(6')-Ib (46%), aac(3)-Ia (30%) and aph(3')-Ia (24%). The REP-PCR typing generated five groups (A, B, C, D and E) with 20 clusters. Of these, many were endemic clusters, because they were isolated during all the collection period and in all the HB´s ICUs. Furthermore, the horizontal transmission ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-11-10T11:58:06Z : No. of bitstreams: 1 000788226.pdf: 1131808 bytes, checksum: 28d833162bb9319534cd3abb7cdc566f (MD5) / Staphylococcus aureus apresenta vários mecanismos de evasão contra o sistema imune humano, muitos deles carreados por elementos móveis permitindo a transferência horizontal de genes entre as cepas, como ocorre com o Cluster de Imuno Evasão (IEC), sendo um micro-organismo com grande capacidade de evasão e desenvolvimento de doenças, que podem variar de intoxicações alimentares até a morte por bacteremia em pessoas imuno-comprometidas, crianças e idosos. S.aureus é colonizador frequente da pele e membranas mucosas e pode facilmente se infiltrar na cadeia de alimentos, possuindo alta transmissibilidade entre pessoas, animais e alimentos, podendo ser um problema levando em conta sua capacidade de evasão, adaptação e evolução. Por esses motivos, o objetivo do trabalho foi caracterizar cepas de S. aureus, isoladas de mãos e nariz de manipuladores de alimentos, quanto à presença do IEC e à tipagem molecular por spa-typing. Foram utilizadas 35 cepas de S.aureus, nas quais foram encontrados os clusters tipo A, B, D e F, presentes em 10 isolados (28,5%). Foram encontrados 15 spa-types diferentes, sendo os mais prevalentes t127 e t002, além de um spa-type descrito pela primeira vez neste trabalho, registrado como t13335. As cepas de MSSA podem ser fontes de genes que contribuem para a virulência de S. aureus meticilina resistentes. Uma vez que a frequencia do IEC parece ser alta em S. aures isolados de seres humanos e baixa em cepas isoladas de animais, pode ser que tenha ocorrido contaminação dos manipuladores, através de alimentos de origem animal / Staphylococcus aureus has various evasion mechanisms againt human innate immunity, many of them are carried by mobile elements enabling horizontal transfer of genes between strains, as with Immune Evasion Cluster (IEC) having great capacity for evasion and disease development which may vary from food poisoning to death for bacteremia when related to immuno compromised people, children and elderly. S. aureus is a frequent colonizer of skin and mucous membranes and can easily enter in food chain having hight transmissibility between people, animals and food which may be a problem when we think of evasion, adaptation ability and evolution. For these reasons the aim of this work was characterize S.aureus strains, isolated from hands and nare of food handlers, as to presence of IEC and molecular typing using spa-typing technique. We used 35 S. aureus strains and found the cluster types A, B, D e F, present in 10 isolates (28,5%). We found 15 different spa-types, being the most prevalent t127 and t002, besides a new spa-type described for the first time in this work, registered as t13335. The MSSA strains can be source of genes that contribute to meticillin resistant S. aureus virulence. Since frequency of IEC seems to be high in S. aures from human being and low is animal strains, may have occurred contamination of food handlers by foods of animal origin

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Coorientador: Nathalia Cristina Cirone Silva / Banca: Rodrigo Tavanelli Hernandes / Banca: Sandra de Moraes Gimenes Bosco / Resumo: Staphylococcus aureus apresenta vários mecanismos de evasão contra o sistema imune humano, muitos deles carreados por elementos móveis permitindo a transferência horizontal de genes entre as cepas, como ocorre com o Cluster de Imuno Evasão (IEC), sendo um micro-organismo com grande capacidade de evasão e desenvolvimento de doenças, que podem variar de intoxicações alimentares até a morte por bacteremia em pessoas imuno-comprometidas, crianças e idosos. S.aureus é colonizador frequente da pele e membranas mucosas e pode facilmente se infiltrar na cadeia de alimentos, possuindo alta transmissibilidade entre pessoas, animais e alimentos, podendo ser um problema levando em conta sua capacidade de evasão, adaptação e evolução. Por esses motivos, o objetivo do trabalho foi caracterizar cepas de S. aureus, isoladas de mãos e nariz de manipuladores de alimentos, quanto à presença do IEC e à tipagem molecular por spa-typing. Foram utilizadas 35 cepas de S.aureus, nas quais foram encontrados os clusters tipo A, B, D e F, presentes em 10 isolados (28,5%). Foram encontrados 15 spa-types diferentes, sendo os mais prevalentes t127 e t002, além de um spa-type descrito pela primeira vez neste trabalho, registrado como t13335. As cepas de MSSA podem ser fontes de genes que contribuem para a virulência de S. aureus meticilina resistentes. Uma vez que a frequencia do IEC parece ser alta em S. aures isolados de seres humanos e baixa em cepas isoladas de animais, pode ser que tenha ocorrido contaminação dos manipuladores, através de alimentos de origem animal / Abstract: Staphylococcus aureus has various evasion mechanisms againt human innate immunity, many of them are carried by mobile elements enabling horizontal transfer of genes between strains, as with Immune Evasion Cluster (IEC) having great capacity for evasion and disease development which may vary from food poisoning to death for bacteremia when related to immuno compromised people, children and elderly. S. aureus is a frequent colonizer of skin and mucous membranes and can easily enter in food chain having hight transmissibility between people, animals and food which may be a problem when we think of evasion, adaptation ability and evolution. For these reasons the aim of this work was characterize S.aureus strains, isolated from hands and nare of food handlers, as to presence of IEC and molecular typing using spa-typing technique. We used 35 S. aureus strains and found the cluster types A, B, D e F, present in 10 isolates (28,5%). We found 15 different spa-types, being the most prevalent t127 and t002, besides a new spa-type described for the first time in this work, registered as t13335. The MSSA strains can be source of genes that contribute to meticillin resistant S. aureus virulence. Since frequency of IEC seems to be high in S. aures from human being and low is animal strains, may have occurred contamination of food handlers by foods of animal origin / Mestre

O Brasil é o segundo maior produtor de inoculantes do mundo e possui uma das legislações mais rigorosas para qualidade de inoculantes, entretanto com o grande desenvolvimento de novas estirpes e produtos, novas metodologias de análise dos produtos devem ser pesquisadas visando melhor qualidade e praticidade. A utilização de métodos de análise de perfis genômicos, direto do produto inoculante, para a caracterização dos microrganismos recomendados para inoculação no País foi o objetivo do presente estudo. Foram utilizadas as quatro estirpes recomendadas para soja, duas recomendadas pra milho/trigo e vinte produtos inoculantes com misturas dos referidos microrganismos, em diversas formulações. As estirpes isoladas, suas misturas e os inoculantes foram caracterizados quanto ao melhor tipo de extração de DNA, coloração do gel de agarose e através de técnicas moleculares, com análise da distribuição dos elementos repetitivos BOX e ERIC, de oligonucleotídeos iniciadores específicos para bradirrizóbios e eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE). Os resultados obtidos mostram que a extração realizada com kit apresenta maior concentração de DNA extraído e melhor qualidade, quando comparada às demais. A coloração dos géis de agarose foi padronizada para utilização do corante Blue green. As análises com a técnica de DGGE permitiu a identificação das estirpes recomendadas para soja dentro do produto inoculante. / Brazil is the second largest producer of inoculants in the world and has one of the more stringent law´s quality, however with the development of new strains and products, new methodologies for analyzing the products should be investigated in order to better quality and practicality. The use of methods of analysis of genomic profiles, direct from the product, for the characterization of microorganisms recommended for inoculation in the country was the aim of this study. Four strains recommended for soybean, two recommended to corn / wheat and twenty inoculant products with mixtures of such microorganisms, in various formulations, were used for the tests. The methodology of analysis of the isolated strains, inoculants and their mixtures were characterized as the best type of DNA extraction, staining of the agarose gel and using molecular techniques to analyze the distribution of consensus elements BOX and ERIC primer specific for bradhyirizobia and electrophoresis in denaturing gradient gel (DGGE). The results show that the extraction performed with kit has a higher concentration of DNA extracted and better quality when compared to the other. The staining of agarose gels has been standardized for use of the Blue green dye. The DGGE technique allowed the identification of the strains recommended for soybean inoculant into the product.

A Mancha marrom é uma das principais doenças do trigo, causada pelo fitopatógeno Bipolaris sorokiniana, responsável por grandes perdas econômicas no cultivo do trigo em todo mundo. Este fungo apresenta uma grande diversidade morfológica, fisiológica e genética. O objetivo do trabalho foi utilizar marcadores moleculares e fenotípicos para avaliar a variabilidade genética em isolados monopóricos e polispóricos de Bipolaris sorokiniana de sementes de trigo oriundos do Brasil e outros países. A caracterização molecular envolveu as metodologias URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR assim como testes isoenzimáticos e de patogenicidade. A análise de patogenicidade revelou que isolados polispóricos são mais severos para as sementes que para as partes aéreas das plantas quando comparados com os monospóricos. A caracterização isoenzimática e molecular através das técnicas URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR exibiram uma grande diversidade intra-populacional. REP-PCR e ERIC-PCR revelaram maior diversidade entre os isolados, com uma similaridade inferior a 70%. No entanto, as amplificações realizadas com o BOX-PCR apresentaram um perfil com uma maior similaridade. Com os resultados obtidos a partir das amplificações com BOX-PCR um par de primers foi desenhado a partir de um fragmento comum a todos os isolados e que foi capaz de amplificar um produto único ao gênero Bipolaris sp. entre as amostras testadas. Com a realização de mais ensaios com outros microrganismos é possível que o mesmo possa ser utilizado como um marcador deste gênero. A técnica de PCR-RFLP utilizando as enzimas HaeIII, HinfI, HhaI, EcoRI e HindIII apresentaram perfis de restrição com variação no número de fragmentos e no peso molecular. Uma possível explicação para à variabilidade observada em todas as técnicas utilizadas pode ser atribuída à condição multinucleada das células de B. sorokiniana bem como a heterocariose, que pode levar a recombinação mitótica e ao polimorfismo. / The brown spot is a major disease of wheat caused by the pathogen Bipolaris sorokiniana, responsible for large economic losses in wheat cultivation worldwide. This fungus has a wide morphological, physiological and genetic diversity. The main objective of this work was to characterize monosporic and polisporic B. sorokiniana isolates of wheat seeds from Brazil and other countries. Pathogenicity tests were conducted to evaluate the feasibility of virulence genes as well as different molecular methodologies were tested as: URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR and isoenzyme patterns of the isolates. The pathogenicity assay reveals that the polysporic isolates caused a more severe disease to seeds than to aerial parts of the plants when compared to single spore isolates. Isoenzyme and molecular characterization through the URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR techniques showed a large intra-population diversity among the isolates. REP and ERIC-PCR revealed greater diversity among the isolates with a similarity below 70%. However, the amplification results using with BOX- PCR showed a highest similarity. The PCR-RFLP using HaeIII, HinfI , HhaI , EcoRI and HindIII restriction enzymes showed a profile variation between all isolates in relation to the number and molecular weight of the fragments. However the results obtained with BOX- PCR amplifications a higher similarity was obtained. With this result a primer was designed, based on a fragment common to all isolates, and the amplifications using these primers produced a unique fragment with the Bipolaris genus among others isolates tested. More phytopatogeneic isolates must be tested in order to confirme the specificity for Bipolaris sp. With the PCR-RFLP assay, using the enzymes HaeIII, HinfI, HhaI, EcoRI e HindIII, variability was observed among the restriction patterns realated to the number of fragments and molecular weight. One possible explanation for the observed variability in all techniques used may be attributed to the condition of multinucleated cells of B. sorokiniana and the heterokaryosis which can lead to mitotic recombination and polymorphis.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Klebsiella pneumoniae à um bacilo gram-negativo responsÃvel por uma parcela significativa de infecÃÃes do trato urinÃrio, respiratÃrio e corrente sanguÃnea de adultos em hospitais, alÃm de infecÃÃes em recÃm-nascidos em unidades de terapia intensiva. Sua importÃncia tem aumentado devido ao surgimento de cepas produtoras de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). Estas enzimas medeiam resistÃncia aos oxyimino-β-lactÃmicos. Em K. pneumoniae, a maioria das ESBL identificadas sÃo dos tipos TEM, SHV e CTX-M. Em adiÃÃo, β-lactamases que hidrolisam carbapenÃmicos dos tipos KPC e GES tem sido detectadas nestes isolados. Surtos de infecÃÃo hospitalar causados por clones de K. pneumoniae multiressistentes tem sido descritos em vÃrias regiÃes do paÃs. No entanto, este à o primeiro relato de caracterizaÃÃo genÃtica de isolados de K. pneumoniae produtores de ESBL no estado do CearÃ, Brasil. Este estudo teve como objetivo, em primeiro lugar, detectar os principais genes responsÃveis pela produÃÃo de ESBL em cepas de K. pneumoniae obtidas a partir de pacientes que desenvolveram infecÃÃes hospitalares em um hospital de cuidados terciÃrios na regiÃo norte do estado do CearÃ, de novembro de 2013 a agosto de 2014 e, em segundo lugar, analisar a similaridade genÃtica destes isolados. Trinta e seis isolados clÃnicos de K. pneumoniae produtores de ESBL foram avaliados. A detecÃÃo dos genes blaCTX-M dos grupos 1 e 2, blaSHV-like, blaTEM-like, blaKPC-like e blaGES-like foi realizada por PCR. A tipagem molecular dos isolados foi realizada por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Os genes blaCTX-M dos grupos 1 ou 2 e blaSHV-like foram detectados em 100% dos isolados e os genes blaTEM-like em 55,6%. Em adiÃÃo, 55,6% dos produtores de CTX-M tambÃm produziram SHV e TEM. Nenhum gene blaKPC-like e blaGES-like foi detectado. A tipagem molecular por PFGE mostrou grande diversidade entre os isolados, contudo dois isolados coletados em diferentes clÃnicas mostraram o mesmo perfil de bandas e tinham os mesmos genes bla e, entÃo, foram considerados como pertencentes a uma Ãnica cepa. A detecÃÃo dos genes blaCTX-M em 100% dos isolados sugere que as enzimas CTX-M sÃo as principais ESBL responsÃveis pelo fenÃtipo de resistÃncia aos beta-lactÃmicos nos isolados estudados. Dados apresentados neste estudo chamam atenÃÃo para um problema de resistÃncia endÃmico causado por cepas multiclonais de K. pneumoniae multirresistentes cujo controle passa essencialmente pelo aprimoramento das polÃticas de prescriÃÃo de antimicrobianos e pela implantaÃÃo de programas de prevenÃÃo e controle da disseminaÃÃo destes patÃgenos no hospital pesquisado. / Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative bacillus responsible for a significant portion of urinary tract infections, respiratory, and bloodstream of adults in hospitals, besides infections in neonates in intensive care units. Its importance has increased due the emergence of extended-spectrum beta-lactamase-producing strains (ESBLs). These enzymes mediate resistance to oxyimino-β-lactams. In K. pneumoniae, most of the identified ESBLs are of the TEM, SHV, and CTX-M types. In addition, carbapenem-hydrolyzing beta-lactamases of KPC and GES types has been detected in these isolates. Outbreaks of nosocomial infections caused by multidrug-resistant K. pneumoniae clones have been described in various regions of the country. However, this is the first report of the genetic characterization of ESBL-producing K. pneumoniae in the state of CearÃ, Brazil. This study aimed firstly to detect the main genes responsible for ESBL production in K. pneumoniae strains obtained from patients who developed nosocomial infections in a tertiary support hospital in the northern region of the Cearà state, from November 2013 to August 2014 and, secondly, to analyze the genetic similarity of these isolates. Thirty-six clinical isolates of ESBL-producing K. pneumoniae were evaluated. The detection of blaCTX-M groups 1 and 2, blaSHV-like, blaTEM-like, blaKPC-like, and blaGES-like genes was performed by PCR. Molecular typing of isolates was performed by pulsed-field gel electrophoresis PFGE. Groups 1 or 2 blaCTX-M and blaSHV-like genes were detected in 100% of the isolates and blaTEM-like genes in 55.6%. In addition, 55.6% of CTX-M-producers also produced SHV and TEM. No blaKPC-like and blaGES-like genes were detected. Molecular typing by PFGE showed great diversity between the isolates, although two isolates collected in different wards showed the same banding profile and had the same bla genes and so were considered to belong to a single strain. Detection of blaCTX-M genes in 100% of the isolates suggests that CTX-M enzymes are the major ESBLs responsible for the beta-lactam resistance phenotypes of the studied isolates. Data presented in this study call attention to an endemic resistance problem caused by multiclonal strains of multidrug-resistant K. pneumoniae whose control passes essentially the improvement of antimicrobial prescription policies and the implementation of prevention and control programs the spread of these pathogens in the studied hospital.