Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:14:38Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_me_sjrp.pdf: 3983929 bytes, checksum: 587fc4359397e3ed6de6922651160d80 (MD5) / O HCV é uma das maiores causas de doença do fígado, sendo estimado que mais de 2% da população mundial está infectada. Este vírus possui um genoma de RNA (+) fita simples, que devido à falta de atividade corretiva da polimerase viral apresenta variabilidade genética em vários níveis: genótipos, subtipos e quasispecies. O genótipo 1 é o mais prevalente no Brasil e no mundo, sendo preditivo de uma baixa resposta à terapia antiviral, que atualmente é baseada na administração de PEG-IFN e ribavirina. A variabilidade genética da região viral NS5A tem sido relacionada à sensibilidade ou resistência ao IFN. Este estudo teve como objetivo investigar se a possível relação entre a composição de quasispecies da NS5A e a resposta ao tratamento. Foram selecionados 12 pacientes, sendo 4 respondedores (R), 4 não respondedores (NR) e 4 respondedores ao final do tratamento (RFT). As amostras pré-tratamento destes pacientes foram amplificadas, clonadas e seqüenciadas, resultando em 165 seqüências da NS5A completa. Estas seqüências foram alinhadas, editadas e a construção da topologia da árvore filogenética foi realizada. A NS5A e suas regiões específicas CRS, PKR-binding, ISDR, NLS e V3 foram analisadas quanto às substituições e o grau de variabilidade genético. O grupo de pacientes RFT apresentou uma maior taxa de substituições sinônimas em relação aos demais grupos. Uma maior quantidade de mutações foi observada na região downstream à ISDR, principalmente na região V3. Nenhum sítio específico de mutação foi relacionado a um tipo particular de resposta, e não houve agrupamento filogenético das quasispecies de acordo com o tipo de resposta. Estes resultados sugerem que o número de mutações não é suficiente para predizer a sensibilidade ou resistência à terapia baseada em IFN, sendo necessário avaliar se estas mutações conservaram ou não as propriedades químicas dos aminoácidos. / Hepatitis C virus (HCV) is major causes of liver desease and about 2% of world s population are infected. This virus is a single strain RNA genome of approximately 9.6 kb. Genetics variability of HCV exists at several different levels: genotypes, subtypes and quasispecies. The high mutation rates are related to the low fidelity of viral RNA polymerase. Genotype 1 HCV is the most prevalent in Brazil, as well as worldwide. Genotypes 1a and 1b are predictive of lower sustained virological response in peginterferon (PEG-IFN) plus ribavirin combination therapy. Genetic variability of viral NS5A has been related to IFN sensibility or resistance. To evaluate whether HCV NS5A quasispecies composition are related to responsiveness to combined PEG-IFN and ribavirin therapy, this study analyzed before treatment sample of 12 treated patients (4 sustained responders - SR, 4 non responders - NR and 4 end of treatment responder - ETR). Samples were amplified, cloned and sequenced, resulting in 165 sequences of complete NS5A. Sequences were aligned, edited and phylogenetical tree was constructed. Mutations and mean of genetic distance were analyzed to NS5A and specific regions CRS, PKR-binding, ISDR, NLS and V3. The number of synonymous substitutions per synonymous sites was higher in ETR patients than in other patient groups. Mutations were more common downstream ISDR, mainly concentrated in V3 domain. No single amino acid position or motif was associated with different responses to therapy in any NS5A regions analyzed and phylogenetic analysis did not show clustering of nucleotide sequences of viral isolates from SR, NR or ETR. These results suggest that number of mutations is not sufficient to predict sensibility or resistance to IFN based therapy. Other studies are necessary to evaluate whether chemical characteristics of amino acids were altered for the mutations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-04Bitstream added on 2014-06-13T20:25:44Z : No. of bitstreams: 1 nascimento_ml_dr_botfca.pdf: 3273623 bytes, checksum: fd00789b4214b08e31a8b053642da850 (MD5) / The present work aimed to characterize a new virus, possibility belonging to CrPV like viruses group, isolated from Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae), the eucalyptus brown looper, and to evaluated its potencial to use as virus bioinsecticide. The experiments were carried out at the laboratory from FCA/UNESP Botucatu - SP and ESALQ/USP Piracicaba- SP. Thyrinteina arnobia virus (TaV) came from sick caterpillars collected in Itatinga, SP in 1996 and in Lençóis Paulista SP in 1997 and colonies were replicated in T. arnobia caterpillars reared in laboratory. The caterpillars mortality from the first to the fourth instar was 100%. Caterpillars infected in the sixth instar and could reach the adult stage showed females with reduced fertility when compared to health ones. Through the survivorship analysis was possible to verify the caterpillars susceptibility to TaV in each T. arnobia instar. All larvae instars exhibited viruses characteristic symptoms. Purified virus suspension samples were observed at the transmission eletronic microscopy and it was visualized a large quantity of picornavirus particles measuring about 30 nm of diameter. Shorter particles with 15 nm were detected, suggesting the existence of satellite virus. The TaV virus cover proteins was serologically detected using antisera produced in rabbit. This cover is composed by three proteins with molecular weight of 47, 60 and 66 kDa. The genomic RNA size varies from 4 to 6 kb. Through ultraslim sections, it was possible to verify that T. arnobia caterpillars infection due to TaV seem to be limited to midgut epithelium, where there has the virions accumulation. The characteristic cytopathic effect was multivesicular bodies formation, apparently due to mitochondrial derivation. Preliminaries assays indicated that TaV did not infect Bombyx mori and Spodoptera... (Complete abstract, click electronic address below).

Resumo: A Hepatite C é uma das principais causas de doença crônica hepática. A combinação entre o interferon peguilado e a ribavirina tem sido considerado o padrão-ouro de tratamento para Hepatite C. A resposta ao tratamento vem sendo associada a fatores ambientais, do vírus e também do paciente, tais como polimorfismos genéticos dos antígenos leucocitários humanos (HLA), da interleucina-10 e do fator de necrose tumoral-a. Plaquetas possuem em suas membranas glicoproteínas que expressam segmentos protéicos polimórficos, os quais são chamados de antígenos plaquetários humanos (HPA). Os sistemas HPA-1, -3, -4 e -5 residem em integrinas, proteínas que possuem interações com interferon. O objetivo desse estudo foi avaliar a associação entre freqüência dos HPA-1, -3, -4 e -5 e a resposta ao tratamento, em 138 pacientes tratados para Hepatite C. A genotipagem dos HPA-1, -3 e -4 foi realizada pela técnica de PCR-SSP e do HPA-5 pela PCR-RFLP. A genotipagem do HCV foi realizada através do Kit comercial INNO-LiPA® v.1.0 (Innogenetics, Ghent, Belgium), segundo as instruções do fabricante. Os pacientes foram divididos em grupos e subgrupos de acordo com o esquema terapêutico, a resposta ao tratamento e o genótipo do HCV. Os pacientes que possuíam o genótipo do HCV não-1 e que foram tratados com IFN-a+RBV, com falha terapêutica, apresentaram uma diferença estatística significante (p<0.05) nas freqüências alélicas e genotípicas do sistema HPA-3, com aumento do alelo 3b. O sistema HPA-3 está localizado em uma integrina que se liga a fibronectina, um receptor de interferon. Nesse contexto, a alteração conformacional glicoprotéica decorrente da presença do alelo HPA-3b, poderia estar associada à falha ao tratamento com IFN-a+RBV em pacientes portadores de genótipo viral não-1. / Abstract: Hepatic fibrosis leading cirrhosis in 20 to 30% of patients with chronic hepatitis C virus (HCV) infection. Rapid progression to fibrosis has been related to environmental, viral and host factors. However, genetic polymorphisms have recently been associated with this progression, including the expression of integrins. Platelet membrane glycoproteins express several polymorphic antigenic determinants on their surface, which are called human platelet antigens (HPA). HPA-1, -3, -4 and -5 reside in integrins. The association between HPA antigens and stage of fibrosis can determine if HPA is related to progression of fibrosis. Thus, the goal of this study was to determine the association between the HPA-1, -3, -4 and -5 and the liver fibrosis stage in 175 HCV-infected patients. HPA-1, -3 and -4 genotyping was performed by PCR-SSP and, HPA-5 by PCR-RFLP. Fibrosis progression was evaluated using the METAVIR scoring system. There were no significant differences (p>0.05) in allelic and genotypic frequency distribution of HPA-1, -3 and -5, residing in integrins. / Orientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Coorientador: Giovanni Faria Silva / Banca: Rejane M. T. Grotto / Banca: Paula Rahal / Banca: Ricardo Alberto Moliterno / Banca: Fernando Lopes Gonçalves Junior / Doutor

Conhecido como vírus da imunodeficiencia humana, o HIV é o causador da AIDS, a sindrome de imunodeficiencia adquirida. O vírus, ao infectar o hospedeiro, ataca células T CD4 do sistema imune. Existem drogas da terapia anti-retroviral para o tratamento da AIDS, um regime complexo de drogas prontas para atacar o HIV em certos estágios do seu ciclo de vida. O HIV, em média, demora dez anos para passar de infecção primária para AIDS propriamente dita. Anteriormente, sabia-se que a taxa de replicação do HIV era muito baixa, mas juntamente com a terapia, percebeu-se que essa taxa poderia crescer rapidamente. A modelagem dessas taxas indicou que o vírus poderia se tornar resistente a qualquer droga, principalmente daquelas que precisavam de uma mutação para gerar resistência. Neste trabalho foram gerados três modelos intra - hospedeiro, que tentam retratar a dinâmica viral no interior de um indivíduo, abordando certas questões de interesse, tal como resistência, tratamento ARV e adesão ao tratamento, com EDOs, resolvidas através do Programa Model-Builder. O modelo I descreve a interação entre células T CD4 suscetíveis (T), células infectadas por vírus selvagem (Is), por células infectadas por vírus resistentes (Ir), vírus selvagens (Vs) e vírus resistentes (Vr). As células T CD4 são geradas a uma taxa &#955;, morrem a uma taxa d por célula, e são infectadas a uma taxa Ks e Kr. Células infectadas a constante &#948; e produzem vírus uma taxa fs e fr por célula. O modelo I foi testado através de dados da literatura de dois pacientes com dados experimentais coletados. Os gráficos gerados pelo programa Model-Builder foram similares aos da literatura.Inibidores de transcriptase reversa são usados para bloquear a habilidade do vírus de infectar a célula, enquanto que inibidores de protease provocam a liberação de partículas virais não infecciosas. Sendo assim, o modelo II descreve a interação entre as células T CD4 suscetíveis (T), quatro tipos de células infectadas, as duplamente sensíveis aos inibidores de RT e IP (Iss), as sensíveis a RT e resistentes a IP (Isr), as resistentes a RT e sensíveis a IP (Irs) e as duplamente resistentes (Irr), e os quatro tipos de vírus livres, que estão de acordo com a descrição anterior, Vss, Vsr, Vrs, Vrr. As células T CD4 são geradas a uma taxa &#955; e morrem a uma taxa d por célula e são infectadas a uma taxa k específica para cada tipo viral. Células infectadas morrem a uma taxa constante &#948; por célula e produzem novos vírus a taxas fss, frs, fsr e frr, respectivamente e novos vírus são liberados no sistema a uma taxa c por vírus, onde &#949;rt e &#949;ip são as eficácias para IRT e IP, ao se abordar o tratamento ARV, no qual &#949; = 1 significa uma droga perfeita. Sabe-se que a simulação da dinâmica viral em redes sociais/sexuais tenta identificar quais as possibilidades de cepas virais resistentes serem transmitidas para a população. Assim, um modelo populaciona dinâmico, inter-hospedeiro foi desenvolvido para demonstrar como o vírus se espalha através das redes de contato da população através de uma redes sexual fictícia de 200 pessoas suscetíveis, com um tempo de 100 dias, no qual primariamente um indivíduo era inoculado com uma infecção mista, sendo rodado o modelo III no mesmo e depois, este indivíduo índice transmitia a infecção para o resto da rede. Os resultados desta dinâmica indicaram que em uma infecção mista, com tipos virais selvagens e resistentes, o tipo selvagem pode vencer a competição em cenários de baixa e intermidiária adesão, mas em cenários de alta adesão na população, o tipo resistente e o selvagem podem coexistir na presença de várias combinações de ARV. Logo, através deste modelo epidemiológico, novas propostas de políticas e estratégias para o uso da terapia ARV e revisão do uso da HAART podem ser propostas, com a finalidade de um melhor resultado, na presença de ambos os tipos de vírus, na sobrevida das pessoas que vivem com HIV/AIDS hoje, no mundo

Introdução: Arbovírus são vírus transmitidos por artrópodos, pertencendo, principalmente, aos gêneros Flavivirus (Flaviviridae), Alphavirus (Togaviridae) e Orthobunyavirus (Bunyavirus). Os Flavivirus, em sua maioria, são associados a zoonoses, causando doenças humanas febrís, febres hemorrágicas e encefalites. Inclusive, causam epidemias que são sério problema de saúde pública. Este estudo mostra uma pesquisa de Flavivirus em culicídeos, de diferentes regiões do país, utilizando uma técnica para identificação viral por RT-PCR com primers Flavivirusespecíficos e uma Multiplex-nested-PCR com primers espécie-específicos. Métodos: Culicídeos foram capturados, quantificados, identificados, agrupados em lotes por espécie e congelados. No laboratório, os animais foram macerados e tiveram o RNA extraído. Estes extratos foram submetidos a RT-PCR gênero-específica e à Multiplex-nested-PCR, para detecção e identificação dos vírus a nível de espécie. Resultado: De 3317 culicídios adultos e 571 larvas coletados em 4 diferentes regiões do Brasil, Sul, Sudeste, Norte e Nordeste, fez-se 246 lotes de mosquitos e desses foi possível obter amplicon sugestivo de Flavivirus em 16 (6,5%). Em 3 lotes contendo larvas de Aedes albopictus obteve-se amplicon sugestivo de vírus do dengue tipo 3. Também, em 13 lotes contendo Haemagogus leucocelaenus, Aedes aegypti e Aedes albopictus foi possível obter amplicons sugestivos de vírus do dengue tipos 1 e 2. Dos amplicons obtidos, 4 tiveram nucleotídios seqüenciados o que permitiu confirmar a presença dos vírus do dengue tipo 3 e Cacipacoré. Conclusão: O trabalho permitiu concluir que: a metodologia de RT-PCR para Flavivirus seguida de Multiplex-nested-PCR espécie-específica foi adequada para detecção e identificação destes vírus em culicídios; amplificaram-se genomas de Flavivirus em 6,5% dos lotes de culicídios estudados; vírus do dengue tipo 1 e tipo 2 foram encontrados infectando Aedes aegypti de Santos em 1999, Manaus em 2005-2006 e Foz do Iguaçu; vírus do dengue tipos 2 e 3 foram encontrados em Aedes albopictus de Santos em 1999 e Manaus em 2005-2006, sugerindo que este mosquito participe na transmissão de dengue; vírus do dengue tipo 3 foi encontrado em larvas de Aedes albopictus mostrando transmissão vertical do vírus; vírus do dengue tipo 1 foi encontrado infectando Haemagogus sp. sugerindo existência de ciclo silvático deste vírus; Aedes aegypti do Amazonas estavam infectados com o vírus Cacipacoré. / Introduction: Arbovirus are rodent-borne viruses mostly from Flavivirus (Flaviviridae), Alphavirus (Togaviridae) e Orthobunyavirus (Bunyavirus) genus. Flavivirus, are commonly zoonotic and can cause febrile illness, haemorrhagic fever and encephalitis. Flavivirus outbreaks occur in Brazil and are a major public health problem. We show here a research looking for Flavivirus infections in Culicidae by a RT-PCR using Flavivirus-especific primers and a Multiplex-nested-PCR using specie-specific primers for virus identification. Methods: Culicidae were captured, quantified, identified, pooled based on the specie and frozzen. In the laboratory, the animals were crushed and had the RNA extracted. These extracts were tested by a Flavivirus genus-specific RT-PCR followed by a specie-specific Multiplex-nested-PCR. Results: From 3317 captured adult Culicidae and 571 collected larvae in 4 different regions of Brazil, 246 pools were obtained and from these, Flavivirus indicative amplicons were obtained in 16 (6.5%). Amplicons of dengue type 3 were obtained from 3 pools of Aedes albopictus larvae. It was also possible to obtain indicative amplicons of dengue types 1 and 2 in 13 pools of Haemagogus leucocelaenus, Aedes aegypti and Aedes albopictus. Besides, 4 amplicons had the nucleotides sequenced, confirming the mosquito infection by dengue type 3 and Cacipacoré viruses. Conclusion: The technique combining a Flavivirus genus-specific RT-PCR followed by a specie-specific Multiplex-nested-PCR was suitable for detection of these viruses in the mosquitoes; Flavivirus infecting Culicidae were detected in 6.5% of the analyzed mosquito pools; dengue virus type 1 and type 2 were found infecting Aedes aegypti from Santos (1999), Manaus (2005-2006) and Foz do Iguaçu cities; dengue type 2 virus was found in Aedes albopictus from Santos city (1999) and Manaus city (2005-2006), suggesting that this mosquito could be participating on dengue transmition; dengue type 3 virus was found in Aedes albopictus larvae showing the vertical transmission of this virus; dengue type 1 virus was found infecting Haemagogus sp. what suggests on the existence of a sylvatic maintenance cycle of this virus; Aedes aegypti from Amazonas state were found infeted by Cacipacoré virus.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-16Bitstream added on 2014-06-13T19:55:49Z : No. of bitstreams: 1 sabbag_mp_me_sjrp.pdf: 582990 bytes, checksum: a674199278bb87518fc43d93309aefd1 (MD5) / As infecções respiratórias agudas (IRAs) constituem a principal causa de mortalidade infantil no mundo, e o Vírus Respiratório Sincicial Humano (hRSV – Human Respiratory Syncytial Virus) é um dos principais agentes etiológicos das IRAs. Este vírus pertencente à família Paramyxoviridae, é envelopado, de simetria helicoidal, cujo genoma é RNA de fita simples não segmentada. A infectividade do vírus está relacionada com suas proteínas de membrana e dentre elas a glicoproteína G, que é responsável pela ligação do vírus à célula hospedeira e conseqüente instalação da infecção. Esta glicoproteína exerce um importante papel como antígeno de reconhecimento, sendo alvo para identificação do RSV através de anticorpos. Existem evidências de que esta proteína se liga a receptores glicosilados na célula hospedeira, porém ainda não foi descrito um receptor para a proteína G na célula. Para elucidar estes mecanismos de interação, foram realizados estudos experimentais e teóricos desta proteína. Os domínios solúveis da região N-terminal (1 a 38 aa) e C-terminal (67 a 298 aa), com 231 aminoácidos da glicoproteína G do hRSV foram clonados e a região N-terminal foi expressa em bactéria BL21 pLysS. Em paralelo, foi realizada a caracterização teórica desta proteína, e foram avaliados os possíveis sítios de interação da mesma com glicosaminoglicanos (heparina). Foram obtidos dois modelos teóricos para a proteína G do hRSV, bem como dois modelos de interação com heparina, determinando portanto, um possível sítio de ocorrência de interação. O conhecimento da estrutura da proteína G é de grande importância para elucidar a composição da estrutura e os mecanismos de interação com potenciais ligantes e deste modo, em um passo posterior, propor mecanismos de reconhecimento celular pelo hRSV, através de glicosaminoglicanos / Acute Respiratory Infections (ARI) are the leading cause of infant mortality in the world, and the Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is one of the main agents of ARI. This virus belongs to Paramyxoviridae family, has a lipidic envelope, helical symmetry and its genome is a single-stranded RNA. The viral infectivity is related to its membrane proteins and among them the G glycoprotein, which is responsible for binding the virus to the host cell and consequent infection. This glycoprotein plays an important role as antigen recognition, being the target for hRSV identification through antibodies. There are evidences that this protein binds to host cell glycosylated receptors, but it has not been described a receptor for G protein in the cell yet. To elucidate these interaction mechanisms and understand the process of viral infectivity, we performed experimental and theoretical studies of this protein. The soluble domains of the N-terminal (1-38 aa) and C-terminal regions (67-298 aa), with 231 amino acids of the hRSV G glycoprotein have been cloned and the N-terminal region was expressed in BL21 pLysS bacteria. In a later trial these peptides will be purified and biophysical tests will be done. It was also performed a theoretical characterization of this protein, to assess the possible interaction sites with glycosaminoglycan (heparin). It were obtained two theoretical models for the hRSV G protein as well as two interaction models with heparin, in order to determine a possible site of occurrence of interaction. Knowledge of G protein structure is of great importance to elucidate the mechanism of viral infectivity and interaction mechanisms with potential ligants, and the results obtained in this work will allow us, in a later step, to propose mechanisms of cellular recognition by hRSV through glycosaminoglycans

Orientador: Prof. Dr. Nelson A. Rosário Filho / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Saúde da Criança e do Adolescente. Defesa: Curitiba, 12/12/2014 / Inclui referências / Área de concentração: Alergia, imunologia e pneumonia pedátrica / Resumo: O vírus sincicial respiratório humano (VSR) é considerado o principal agente isolado de infecções respiratórias na infância. Quase a totalidade das crianças aos 2 ano de idade já foram infectadas pelo VSR. Prematuros, crianças com broncodisplasia pulmonar e os cardiopatas compõe os grupos de risco para infecções mais graves, hospitalizações e óbito em infecções agudas pelo VSR. Fatores ambientais e sociais como desmame precoce, tabagismo passivo, permanência em creches, aglomerações domiciliares, convívio com crianças escolares e baixo nível de escolaridade dos pais, aumentam a gravidade da infecção. O estudo tem por objetivo verificar a incidência de infecções graves pelo VSR em crianças prematuras. Acompanhou-se 103 prematuros durante 1 ano após a alta da unidade de terapia intensiva (UTI) neonatal do Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná As avaliações clínicas foram mensais. Contatos telefônicos com as famílias ocorriam semanalmente e toda vez que fosse identificada uma intercorrência respiratória realizava-se um consulta não programada. Nos quadros de infecções do trato respiratório inferior (ITRI) a pesquisa de vírus respiratórios (VSR, adenovírus, metapneumovírus, influenza A e B, parainfluenza 1,2,3, bocavírus e coronavírus) no lavado nasofaríngeo (LNF) era realizada pelo método de reação em cadeia de polimerase (PCR). Foram avaliados 136 episódios de ITRI. Em 20 episódios houve necessidade de internamento sendo 8 em UTI. Foi pesquisado vírus em 125 amostras do LNF. O VSR foi o mais frequentemente encontrado em 33,4% das amostras isoladamente ou em co-detecções. O Bocavírus foi o segundo vírus mais detectado (23,4%). O VSR foi detectado em amostras de 45% das crianças que internaram em enfermaria e na UTI. As variáveis sociais, econômicas e ambientais não mostraram-se significativas para ITRI grave no grupo estudado. Houve codetecção em 36% das amostras. Cerca de 10% dos pacientes acompanhados apresentaram sibilância recorrente (mais que 3 episódios) durante o período. A incidência de infecções graves pelo VSR na população estudada foi de 8,73%. Não comprovou-e a associação de variáveis ambientais e sociais com a gravidade do quadros respiratórios causados pelo VSR. Palavras-chave: Infecções por vírus respiratório sincicial. Vírus respiratórios. Infecções respiratórias. Prematuro. / Abstract: The human respiratory syncytial virus (RSV) is the main agent isolated from respiratory infections in childhood. Almost all children 2 years of age have been infected with RSV. Premature infants, children with bronchopulmonary dysplasia and heart disease are the risk groups for severe infections, hospitalizations and death in acute RSV infections. Environmental and social factors such as cessation of breastfeeding, passive smoking, stay in daycare, home crowded, contact with school siblings and low levels of parental education, increase the severity of infection. The study aims to determine the incidence of severe RSV infections in premature infants. Followed up 103 premature infants for 1 year after discharge from the intensive care unit (ICU) of the Clinics Hospital of the Federal University of Paraná. Clinical assessments were monthly. Telephone contacts with families occurred weekly and every time it was identified a respiratory complication a non-scheduled visit was realized. In lower respiratory tract infections (LRTI) the research of respiratory viruses (RSV, adenovirus, metapneumovirus, influenza A and B, parainfluenza 1,2,3, bocavirus and coronavirus) in nasopharyngeal lavage (LNF) was performed by the method polymerase chain reaction (PCR) There were 136 episodes of LRTI. Hospitalization was need in 20 episodes of LRTI and in 8 cases need ICU admission. Viruses were screened in 125 samples of LNF. The RSV was most often found in 33.4% of samples alone or in co-detections. Bocavirus was the second most frequently detected virus (23.4%). RSV was detected in samples from 45% of children who were hospitalized. Social, economic and environmental variables were not significant for severe LRTI in the group studied. There was co-detection in 36% of samples. About 10% of patients had recurrent wheezing (more than 3 episodes) during the period. The incidence of severe RSV infections in the study population was 8.73%. The association of environmental and social variables with the severity of respiratory symptoms caused by RSV was not confirmed. Keywords: Respiratory syncytial virus infections. Respiratory viruses. Respiratory tract infections. Infant, Premature.

Os poliomavírus humanos JC (JCV) e BK (BKV) pertencentes a família Polyomaviridae, são ubíquos na população humana. Seguida da infecção primária, a reativação destes vírus pode ocasionar nefropatia e rejeição do enxerto em pacientes transplantados renais. Além da importância clínica desses vírus, estudos têm sido feitos em diversas regiões do mundo no sentido de avaliar a detecção de JCV e BKV como possíveis indicadores de poluição fecal em ambientes hídricos. Este interesse surgiu após ser demonstrado que esses vírus são eliminados pela urina de seres humanos, além de ter sido observado que a ausência dos marcadores microbiológicos tradicionais na água não garante a ausência de vírus neste mesmo ambiente. Este estudo foi conduzido para acessar a distribuição e circulação do JCV e BKV em pacientes transplantados renais e indivíduos saudáveis e em águas superficiais de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Para alcançar este objetivo duas reações em cadeia da polimerase do tipo nested (nPCRs) foram otimizadas. Dentre as amostras clínicas 92 urinas constituíram o grupo de pacientes transplantados renais, enquanto que 88 urinas foram coletadas de indivíduos saudáveis, estabelecendo o grupo controle. As amostras ambientais foram coletadas de um grande corpo hídrico, o Arroio Dilúvio, e da maior estação de tratamento de esgoto (ETE) da região, a ETE São João – Navegantes, ambos localizados em Porto Alegre. Desta amostragem, 14 foram coletadas no arroio e 16 na ETE, totalizando 30 amostras de águas superficiais. O DNA das amostras foi extraído e submetido às nPCRs. Os produtos de amplificação foram selecionados, sequenciados e submetidos à análise filogenética. Entre as amostras de urina, o DNA de BKV foi encontrado em maior frequência nos pacientes transplantados renais (65,2 %) do que nos indivíduos saudáveis (32,9 %) (p<0,001). Por outro lado o JCV foi igualmente detectado em ambos os grupos de indivíduos. Considerando todas as amostras de água analisadas, 40 % foram positivas para JCV, enquanto 20 % foram positivas para BKV. Todos os genótipos de JCV e BKV encontrados nas amostras de água foram também encontrados nas amostras de urina, enquanto o contrário não foi observado. Este trabalho reforçou a importância da detecção do BKV em transplantados renais para impedir o desenvolvimento de complicações póstransplante induzidas por este vírus. Além disso, foi demonstrada a importância dos poliomavírus, principalmente do JCV, como contaminante no ambiente hídrico, o que sugere que esse vírus poderia ser escolhido como um marcador adicional de poluição fecal de origem humana em águas superficiais. / The human polyomaviruses JC (JCV) and BK (BKV), members of the Polyomaviridae family, are widespread in the human population. Following the primary infection, virus reactivation may lead to nephropathy and graft rejection in renal transplant patients (RTPs). In addition, JCV and BKV have been evaluated as potential indicators of fecal pollution in environmental waters. This is particularly interesting because these viruses are excreted by human urine, and because the absence of the traditional microbial indicators of environmental does not ensure the absence of human’s pathogenic viruses in water. This study was carried out to access the distribution of BK and JC polyomaviruses in urine samples collected from RTPs and healthy individuals and in superficial waters of Porto Alegre, Rio Grande do Sul. To achieve these objectives two nested polymerase chain reactions (nPCRs) were optimized. Ninety two and 88 urine samples were collected from RTPs and healthy individuals, respectively. The environmental samples were collected from a large canalized water stream, Arroio Dilúvio, and from a large sewage treatment plant (STP), the STP São João – Navegantes, both located in Porto Alegre. Fourteen samples were collected from Arroio Dilúvio and 16 from the STP, in total 30 superficial water samples were analyzed. The viral DNA was extracted and submitted to the nPCRs. The amplicons were selected, sequenced and submitted to phylogenetic analysis. A higher frequency of BKV was found in the urine samples of RTPs (65.2 %) comparing with the control group (32.9 %) (p<0.001). JCV DNA was equally detected in both groups. Considering all the water samples analyzed, 40 % were JCV positive, while 20 % of the samples were BKV positive. All the JCV and BKV genotypes found in the water samples were found in the urine samples, and the opposite was not observed. This study strengthens the importance of BKV detection in RTPs to prevent the developed of pos-transplant complications. Analyzing the water samples, both polyomaviruses were found, and JCV was more frequent as a fecal contaminant, being a possible choice as an additional indicator of human fecal pollution in superficial waters.

Os poliomavírus humanos JC (JCV) e BK (BKV) pertencentes a família Polyomaviridae, são ubíquos na população humana. Seguida da infecção primária, a reativação destes vírus pode ocasionar nefropatia e rejeição do enxerto em pacientes transplantados renais. Além da importância clínica desses vírus, estudos têm sido feitos em diversas regiões do mundo no sentido de avaliar a detecção de JCV e BKV como possíveis indicadores de poluição fecal em ambientes hídricos. Este interesse surgiu após ser demonstrado que esses vírus são eliminados pela urina de seres humanos, além de ter sido observado que a ausência dos marcadores microbiológicos tradicionais na água não garante a ausência de vírus neste mesmo ambiente. Este estudo foi conduzido para acessar a distribuição e circulação do JCV e BKV em pacientes transplantados renais e indivíduos saudáveis e em águas superficiais de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Para alcançar este objetivo duas reações em cadeia da polimerase do tipo nested (nPCRs) foram otimizadas. Dentre as amostras clínicas 92 urinas constituíram o grupo de pacientes transplantados renais, enquanto que 88 urinas foram coletadas de indivíduos saudáveis, estabelecendo o grupo controle. As amostras ambientais foram coletadas de um grande corpo hídrico, o Arroio Dilúvio, e da maior estação de tratamento de esgoto (ETE) da região, a ETE São João – Navegantes, ambos localizados em Porto Alegre. Desta amostragem, 14 foram coletadas no arroio e 16 na ETE, totalizando 30 amostras de águas superficiais. O DNA das amostras foi extraído e submetido às nPCRs. Os produtos de amplificação foram selecionados, sequenciados e submetidos à análise filogenética. Entre as amostras de urina, o DNA de BKV foi encontrado em maior frequência nos pacientes transplantados renais (65,2 %) do que nos indivíduos saudáveis (32,9 %) (p<0,001). Por outro lado o JCV foi igualmente detectado em ambos os grupos de indivíduos. Considerando todas as amostras de água analisadas, 40 % foram positivas para JCV, enquanto 20 % foram positivas para BKV. Todos os genótipos de JCV e BKV encontrados nas amostras de água foram também encontrados nas amostras de urina, enquanto o contrário não foi observado. Este trabalho reforçou a importância da detecção do BKV em transplantados renais para impedir o desenvolvimento de complicações póstransplante induzidas por este vírus. Além disso, foi demonstrada a importância dos poliomavírus, principalmente do JCV, como contaminante no ambiente hídrico, o que sugere que esse vírus poderia ser escolhido como um marcador adicional de poluição fecal de origem humana em águas superficiais. / The human polyomaviruses JC (JCV) and BK (BKV), members of the Polyomaviridae family, are widespread in the human population. Following the primary infection, virus reactivation may lead to nephropathy and graft rejection in renal transplant patients (RTPs). In addition, JCV and BKV have been evaluated as potential indicators of fecal pollution in environmental waters. This is particularly interesting because these viruses are excreted by human urine, and because the absence of the traditional microbial indicators of environmental does not ensure the absence of human’s pathogenic viruses in water. This study was carried out to access the distribution of BK and JC polyomaviruses in urine samples collected from RTPs and healthy individuals and in superficial waters of Porto Alegre, Rio Grande do Sul. To achieve these objectives two nested polymerase chain reactions (nPCRs) were optimized. Ninety two and 88 urine samples were collected from RTPs and healthy individuals, respectively. The environmental samples were collected from a large canalized water stream, Arroio Dilúvio, and from a large sewage treatment plant (STP), the STP São João – Navegantes, both located in Porto Alegre. Fourteen samples were collected from Arroio Dilúvio and 16 from the STP, in total 30 superficial water samples were analyzed. The viral DNA was extracted and submitted to the nPCRs. The amplicons were selected, sequenced and submitted to phylogenetic analysis. A higher frequency of BKV was found in the urine samples of RTPs (65.2 %) comparing with the control group (32.9 %) (p<0.001). JCV DNA was equally detected in both groups. Considering all the water samples analyzed, 40 % were JCV positive, while 20 % of the samples were BKV positive. All the JCV and BKV genotypes found in the water samples were found in the urine samples, and the opposite was not observed. This study strengthens the importance of BKV detection in RTPs to prevent the developed of pos-transplant complications. Analyzing the water samples, both polyomaviruses were found, and JCV was more frequent as a fecal contaminant, being a possible choice as an additional indicator of human fecal pollution in superficial waters.

Submitted by Heitor Rapela Medeiros (heitor.rapela@ufpe.br) on 2015-03-06T13:45:50Z No. of bitstreams: 2 TESE MARIA JOSE COUTO OLIVEIRA.pdf: 3444115 bytes, checksum: 23f3f8857155eb1b13b9abe031e11e3b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T13:45:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE MARIA JOSE COUTO OLIVEIRA.pdf: 3444115 bytes, checksum: 23f3f8857155eb1b13b9abe031e11e3b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Durante a pandemia (2009-2010) com o vírus influenza A(H1N1)pdm09 foi recomendado o tratamento com o oseltamivir ou zanamivir. Com o aumento da detecção de vírus de Influenza A (H1N1) sazonal resistente ao oseltamivir houve a preocupação de que o mesmo ocorresse com o novo vírus pandêmico. Nesta pandemia, muitos pacientes com suspeita de infecção pelo vírus A(H1N1)pdm09 tiveram o teste negativo para influenza A, ficando sem uma definição do agente etiológico. Testes moleculares podem detectar a presença de mutações relacionadas à resistência ao oseltamivir, à virulência e antigenicidade do vírus, assim como podem definir o diagnóstico etiológico por vírus respiratórios. Para esclarecer essas questões dois estudos foram realizados. O primeiro foi a “Caracterização genética dos vírus influenza A (H1N1)pdm09 detectados no Estado de Pernambuco, Brasil, no período de maio de 2009 a maio de 2010”, com o objetivo de verificar a resistência desse vírus ao oseltamivir e também avaliar a diversidade genética dos vírus circulantes. Foram analisadas 118 amostras do vírus A(H1N1)pdm09 através de pirosequenciamento, precedida da transcrição reversa e reação em cadeia da polimerase em tempo real (rRT-PCR) para amplificação do H1N1pdm-N1 fragmento C e posterior detecção da mutação H274Y, utilizando o equipamento PyroMark Q-96 ID no modo SNP (single nucleotide polymorphism). Foram sequenciados os genes da hemaglutinina de 31 amostras, pela técnica de Sanger, de acordo com o Protocolo do CDC para Influenza. Foi utilizado o kit “Big Dye® terminator Cycle Sequencing” (Applied Biosystem) e o produto submetido ao método de precipitação X-terminator. A mutação H274Y não foi observada, indicativo de que os vírus sequenciados eram sensíveis ao oseltamivir. As 31 amostras sequenciadas mostraram-se intimamente relacionadas com a cepa de referência A/California/7/2009(H1N1), entretanto, foram detectados 14 tipos de mutações, porém sem implicação no aumento da virulência. O segundo estudo realizado: ”Aspectos epidemiológicos e virológicos da infecção por Influenza A(H1N1)pdm09 e frequência de outros vírus respiratórios no Estado de Pernambuco, Brasil: 2009 – 2010” teve como objetivo analisar a pandemia de influenza no estado e identificar os vírus respiratórios responsáveis pelo quadro clínico que levou à hipótese diagnóstica da influenza pandêmica. Foram analisados espécimes de 705 casos para detecção do vírus da influenza A, utilizando-se a PCR em tempo real, sistema TaqMan, de acordo com o Centers for Disease Control and Prevention / Atlanta, das quais, 26,3% (186/705) foram positivas para o vírus A(H1N1)pdm09 e 2,3% (16/705) positivas para influenza A sazonal. Para detecção de outros vírus respiratórios foram analisadas 146 amostras negativas para o vírus A (H1N1)pdm09 por RT-PCR multiplex, com o kit “FTD Respiratory21 PLUS”. Entre as amostras negativas para o vírus A(H1N1)pdm09, 36,5% (53/146) foram positivas para outros vírus respiratórios, com três casos de infecção viral múltipla. Foram detectados: rhinovírus (41%), coronavírus 43 (14,3%), metapneumovírus humano (14,3%), bocavírus (7,1%), vírus respiratório sincicial (5,3%), influenza B (3,6%), parainfluenza 2 (3,6%), parainfluenza 3 (3,6%), adenovírus (1,8%), coronavírus HKU (1,8%), enterovírus (1,8%) e parainfluenza 1 (1,8%). Estes resultados mostram a circulação, além da Influenza A(H1N1)pdm09, de outros vírus respiratórios no estado em 2009-2010; evidenciam a necessidade da análise laboratorial dos casos suspeitos de influenza e a importância do monitoramento laboratorial das infecções respiratórias, uma vez que o diagnóstico etiológico baseado apenas em critérios clínicos nem sempre é acurado.