Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2011. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-10-17T11:57:12Z No. of bitstreams: 1 2011_MikaelAraujoGuimaraesLemos.pdf: 25221855 bytes, checksum: f7f4a4d0e6a3d9806b4cc224ebdda964 (MD5) / Approved for entry into archive by Leila Fernandes (leilabiblio@yahoo.com.br) on 2011-10-17T13:22:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_MikaelAraujoGuimaraesLemos.pdf: 25221855 bytes, checksum: f7f4a4d0e6a3d9806b4cc224ebdda964 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-17T13:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_MikaelAraujoGuimaraesLemos.pdf: 25221855 bytes, checksum: f7f4a4d0e6a3d9806b4cc224ebdda964 (MD5) / A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV - Human immunodeficiencyVirus) caracteriza-se por uma imunossupressão progressiva e aumento da infectividade e replicação viral. Apesar dos exatos mecanismos moleculares envolvidos na patogênesedo HIV não terem sido completamente elucidados, diversos fatores genéticos do hospedeiro e do vírus foram descritos. Dentre os fatores virais, encontram-se alterações em domínios protéicos de regiões biologicamente ativas de várias proteínas virais. As proteínas acessórias Vif e Vpr participam de diversos mecanismos patogênicos. Dentro deste contexto este projeto teve como principal objetivo caracterizar o pool de seqüências dos genes vif e vpr presentes em amostras de DNA genômico de células de sangue periférico de oito pacientes, sendo três deles em dois estágios da infecção (inicial etardio). Foram obtidas 115 sequências, sendo 57 do gene vif e 58 do gene vpr. A salterações presentes nos diferentes domínios foram correlacionadas com as principais funções biológicas, com a progressão à doença (modelo de regressão linear simples) e com as estruturas terciárias das proteínas. Finalmente foram realizadas análises filognéticas de ambos os genes . Dentre as principais mudanças detectadas para os alelos de vif e vpr, podemos destacar : Em Vpr, L5P, S10P, R73G, R85P, R87K, V57A, G75K ,G75R, nos alelos presentes no estágio inicial e S94G, F72L, W54 por stop codon, presentes nos dois estágios de infecção. No caso de Vif as principais mudanças detectadas foram: W38L, W21 por stop codon, W38 por stop codon, nos alelos do estágio inicial e D101G e D101N em ambos os momentos. A análise da correlação entre as alterações presentes nos alelos de vpr e vif e os diferentes estágios clínicos da infecção pelo HIV-1, revelou que o score influencia a contagem de células CD4+. É possivel notar uma tendência no gráfico de regressão, onde quanto maior é o score, menor é o número de células CD4+. Há portanto uma forte correlação (r = -0,826 [Vpr] e r = -0,840 [Vif])entre as mudanças nas proteínas acessórias Vpr (score 1) e Vif (score 2) e a diminuição das células CD4+. As arvóres filogenéticas geradas com base nas sequências dos alelos de vif e vpr indicam uma tendência de agrupamento entre os alelos dos mesmos pacientes nos estágios iniciais de finais. Não houve significativa mudança estrutural nas sequências analisadas, quando comparadas com a estrutura terciária do consenso do subtipo B. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Human immunodeficiency virus (HIV) is caracterized by a progressive immunossupression and infectivity and viral replication increase. Although the exact molecular mechanisms involved in HIV pathogenesis have not been totally elucidated, several genetic factors of both host and vírus have been described. Among some viralf actors, there are alterations in protein domains of biologically active regions of several viral proteins. The accessory proteins Vif and Vpr participate of many pathogenic mechanisms. Taking this these ideas into consideration, this Project aimed at caracterizing the pool of sequences of vif and vpr genes present in genomic DNA samples of peripheral blood from eight patients, three of them from two different infection stages (early and late). Total of 115 sequences, 57 from vif gene and 58 from vpr gene were obtained. The alterations present at the different domains were correlated to the main biological functions, within the desease progression context (simple linear regression model), and with the protein’s terciary structure. Finally, filogenetic analysis were made for both genes. Among all detected mutations in vif and vpr aleles, we may highlight: in Vpr: L5P, S10P, R73G, R85P, R87K, V57A, G75K , G75R, ate the alleles present in the initiasl state and S94G, F72L, W54 for a stop cod on, present at both infection stages. In the Vif paradigm, the main detected changes were: W38L, W21 for a stop codon, in the early stage aleles and D101G e D101N in both moments. The correlation analysis of changes in vif and vpr aleles and the different clinical stages of HIV-1 infection showed that the influence score affect the CD4+ cells count. It is clearly possible to note a tendency in the regression graphic, being noticeable that when the score increases, CD4+ cells number decreases. Furthermore, there is a strong correlation between the changes in the accessory proteins Vpr (score 1) and Vif (score 2) and the diminish in the CD4+ cells count (r = -0,826 [Vpr] and r = -0,840 [Vif]). The filogenetic trees generated with regard to the sequence of the vif and vpr aleles indicate that there isa tendency in the gathering of the aleles of the same patients in the early and late stages. There hás not been noticed significant changes in the structure of the analysed sequences, when compared to the 3D consensus structure of the subtype B.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-19T16:20:52Z No. of bitstreams: 1 2017_FabríciodaSilvaMorgado.pdf: 7664868 bytes, checksum: 4767942a70994bbd3c3882749c32c0a1 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-18T16:45:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_FabríciodaSilvaMorgado.pdf: 7664868 bytes, checksum: 4767942a70994bbd3c3882749c32c0a1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-18T16:45:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_FabríciodaSilvaMorgado.pdf: 7664868 bytes, checksum: 4767942a70994bbd3c3882749c32c0a1 (MD5) Previous issue date: 2017-08-18 / Os baculovírus são vírus que infectam larvas de mariposas e borboletas. São vírus capazes de formar dois fenótipos virais ao longo da infecção celular separados temporalmente. O primeiro fenótipo, os budded vírus, são vírus que brotam da célula e retêm um envelope a partir da membrana celular. Estes servem como agentes da proliferação sistêmica dentro do corpo do hospedeiro. O segundo fenótipo, os occlusion derived virus, são partículas virais envelopadas no núcleo e oclusas dentro da matriz cristalina formada pela proteína poliedrina, abundantemente expressa em momentos muito tardios da infecção. O progresso da infecção e os padrões de expressão gênica são controlados principalmente a nível transcricional, com base na sequência de DNA contida nos promotores dos genes. Para avaliar o programa transcricional e os elementos controladores das infecções baculovirais, desenvolvemos uma nova metodologia de detecção de luminescência em tempo real, derivada da infecção de células de inseto por baculovírus recombinantes contendo promotores de genes expressos em diferentes fases da infecção que controlam a expressão da proteína quimioluminescente Luciferase de vaga-lume. Isto permitiu, de forma inédita, a caracterização detalhada da expressão gênica a partir de promotores dos baculovírus Anticarsia gemmatalis MNPV e Autographa californica MNPV. O que revelou perfis de expressão diferenciais em linhagens permissivas, semipermissivas e não-permissivas à infecção por estes baculovírus. Também foram avaliados promotores do Bracovírus endosimbiótico encontrado em Microplitis demolitor, uma vespa parasita de larvas de Lepidoptera, através da metodologia de medição de luminescência em tempo real. Estes promotores derivados do Bracovírus apresentaram perfis de expressão similares aos de promotores tardios dos baculovírus. A capacidade de transdução e entrega gênica na linhagem celular derivada da vespa M. demolitor por baculovírus recombinantes também foi avaliada / The baculoviruses are infectious to the larvae of moths and butterflies. These are viruses capable of forming two distinct phenotypes throughout the cellular infection that are temporally separated. The first phenotype, the budded virus, are virions the budded thru the cell membrane, carrying an envelope. These are the agents of the systemic infection within the host’s body. The second phenotype, the occlusion derived virus, are enveloped viral particles that are occluded within the crystalline matrix that forms the occlusion bodies, that protect the virus in the environment in the absence of the host. The progress of the cell infection and the patterns of gene expression are controlled at the transcriptional level, mainly based on the DNA sequence of the gene promoters. To evaluate the transcriptional program and the controlling elements of the baculovírus, we developed a new methodology of real time detection of luminescence derived from the infection of insect cells by recombinante baculovírus containing gene promoters of different phases of the infection controlling the chemilluminescent firefly Luciferase protein. This allowed for the detailed characterization of the gene expression from selected Anticarsia gemmatalis and Autographa californica MNPV genes promoters. This revelaed differential patterns of expression in permissive, semipermissive and non-permissive cell lines. We also evaluated gene promoters of the endosymbiont Bracovirus found in Microplitis demolitor, a parasitic wasp of Lepidopteran larvae, using the real-time luminescence detection technique. These promoters revealed patterns similar to late gene promoters from the baculoviruses. The ability of recombinant baculovirus to transduce and deliver genes to a M. demolitor wasp derived cell line was also assessed.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-15T21:04:04Z No. of bitstreams: 1 2016_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 5455901 bytes, checksum: fe4633e3d83f5d329ef96a0881076c7a (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-08T12:16:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 5455901 bytes, checksum: fe4633e3d83f5d329ef96a0881076c7a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-08T12:16:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 5455901 bytes, checksum: fe4633e3d83f5d329ef96a0881076c7a (MD5) / O estado da arte do conhecimento sobre as relações entre variabilidade genética e a dinâmica das populações humanas é reflexo de anos de descrições de frequências alélicas e genotípicas. Os padrões de variação de marcadores genéticos em regiões codificadoras e nãocodificadoras não são necessariamente os mesmos, uma vez que mutações em regiões codificadoras podem ter impactos significativos na sobrevivência de um indivíduo. Esse trabalho tem por principal objetivo explorar a variabilidade genética humana sob duas perspectivas. Na saúde refere-se à variabilidade genética acessada por marcadores genéticos neutros, que caracterizam as relações de variabilidade entre os grupos populacionais de uma forma não-enviesada. Para isso, utilizou-se um painel de 100 inserções Alu em um conjunto de 1125 amostras de populações mundiais. O painel evidenciou grande desequilíbrio de ligação nas populações brasileiras e na população de Utah, fruto da miscigenação recente (250 anos) durante a formação dessas populações. A miscigenação detectada pelo painel distorce as relações entre os grupos populacionais, uma vez que Kalunga forma um grupo à parte dentro do grupo africano (devido à miscigenação europeia) e Brasília se assemelha mais ao grupo do Oriente Médio do que ao europeu (devido à miscigenação africana). Além disso, o painel evidenciou que os grupos populacionais não podem ser considerados homogêneos, apesar de pelo menos uma população de cada grupo não apresentar diferenciação populacional às outras populações do seu grupo. Na doença, a variabilidade genética de genes e regiões gênicas foram avaliadas usando como exemplo a susceptibilidade de indivíduos a formas severas da infecção pelo vírus da influenza H1N1, a partir de uma busca da variabilidade genética global acessada por meio do 1000 Genomes Project. A variabilidade genética para marcadores associados à susceptibilidade a formas severas da infecção pelo vírus da influenza é pequena, ocorrendo principalmente em regiões intergênicas e que, a priori, não afetam a expressão dos genes. No entanto, mutações que já haviam apresentado associação a quadros severos da infecção alcançaram maiores frequências nas populações que tiveram maiores taxas de mortalidade durante a pandemia de H1N1/2009, que estão também relacionadas à ancestralidade compartilhada dessas populações. Portanto, os marcadores genéticos neutros foram suficientes para a diferenciação de grupos de amostras quanto à ancestralidade geográfica, onde as populações miscigenadas tenderam a se agrupar a populações que representassem o grupo com maior contribuição genética daquela população. Já os marcadores genéticos associados à susceptibilidade à infecção pelo vírus da influenza, permitiram identificar poucos grupos, normalmente também congruentes com a ancestralidade genética das amostras. Dessa forma, entender a ancestralidade genética de um grupo populacional facilitaria entender a susceptibilidade a doenças infecciosas, isto é, as duas classes de marcadores se complementam na busca de um melhor entendimento da transição entre a saúde e a doença. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The state of the art of the knowledge about the relationship between genetic variability and the dynamics of human populations is a result of yeas of describing allelic and genotypic frequencies. The patterns of variation for genetic markers in coding and non-coding regions are not the same, since mutations in coding regions might have significant impact in one’s ability to survive. The main goal for this work is to explore the human genetic variability under two different perspectives. In health, it refers to the genetic variability that is accessed by neutral genetic markers, which describe the variability relationships among population groups in an unbiased way. To achieve that, a panel of 100 Alu insertions was used in a set of 1125 worldwide samples, including 160 samples from two admixed Brazilian populations, Brasília and Kalunga. The insertion panel showed a tenfold increase in the number of linked loci to each locus in Brasilia, Kalunga and Utah when compared to African, European, Asian and Indian populations. Which is mainly due to the recent admixture of different populations in the making of those populations (250 years). Kalunga clusters with the African populations, but still shows differentiation due to being admixed, Brasilia clusters with both the European and the Middle- Eastern groups, being the last one more genetically similar to Brasilia than the first due to an African genetic component. The population groups cannot be considered homogeneous, despite at least one population of each group not showing population differentiation to the other populations of its group. In health, the genetic variability of genes and coding regions were evaluated using as a model the susceptibility of an individual to severe forms of H1N1 influenza virus infection, by searching a global genetic variability that exists in the 1000 Genome Project database. The genetic variability of genetic markers that are associated to susceptibility to severe forms of influenza infection is small, occurring mainly in intergenic regions that, a priori, do not affect gene expression. However, mutations that have been associated to severe forms of infection have reached larger frequencies in populations that had larger mortality rates during the H1N1/2009 pandemic. Therefore, the neutral genetic markers were sufficient to the clustering of samples related to their geographic region. An exception to that were the admixed Brazilian populations that clustered with the groups that had contributed most to their genetic composition. The genetic markers related to susceptibility to influenza virus infection, on the other hand, could tell apart few groups, usually coincidental to their genetic ancestry. In this way, understanding the genetic ancestry of a population group would make it easier to understand the susceptibility to infectious diseases, that is to say that both classes of genetic markers complete each other in the search for a better understanding of the transition between health and sickness.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-10-24T15:42:17Z No. of bitstreams: 1 2017_KarolinedosAnjos.pdf: 13759442 bytes, checksum: 67f82fbe592b08b0f37f08cd9aafb104 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-25T16:20:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KarolinedosAnjos.pdf: 13759442 bytes, checksum: 67f82fbe592b08b0f37f08cd9aafb104 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-25T16:20:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KarolinedosAnjos.pdf: 13759442 bytes, checksum: 67f82fbe592b08b0f37f08cd9aafb104 (MD5) Previous issue date: 2017-10-25 / Os calicivírus humanos são os principais causadores de gastroenterites no mundo, atualmente. No entanto, por não possuírem ainda um sistema de replicação viral in vitro, diferentes abordagens são desenvolvidas para que se possa obter maiores informações a cerca da biologia desses vírus. A análise ambiental tem demonstrado que assim como os demais vírus entéricos, as partículas dos calicivírus humanos são resistentes e são passíveis de serem detectados a partir de metodologias como RT-PCR em diferentes amostras. No Capítulo I desta tese utilizou-se a tecnologia de Next Generation Sequencing para a avaliação da população viral encontrada em um esgoto urbano coletado na Estação de Tratamento de Esgoto Norte, Brasília, DF, Brasil, com intuito de se determinar quais possíveis vírus humanos estariam circulando na população do Distrito Federal. Além de vírus humanos, foram encontrados vírus animais, vegetais e de insetos nas amostras analisadas. No entanto apenas os vírus com hit para entéricos causadores de doença humana tiveram seu genoma completo montado. Dentre os achados pelo menos três genótipos de sapovírus foram encontrados, assim como o novo genótipo epidêmico de norovírus GII.17 e, um vírus novo descrito como astrovirus-tipo, o bastrovirus. No Capítulo II seis diferentes genótipos de norovírus pouco detectados foram utilizados para expressar o domínio protuberante (P) do capsídeo, com intuito de se comparar e compreender possíveis mudanças estruturais e nucleotidícas em relação ao genótipo mais prevalente (GII.4). Como resultados as estruturas cristalizadas de domínio P de norovírus GII.21, GII.22 e GII.22 ligada a fucose, que é um açúcar precursor na diferenciação de HBGA (histo-blood group antigens) foram resolvidas. Por fim, no Capítulo III, um clone contendo o cDNA referente ao genoma do sapovírus BR01 foi construído. O uso de microscopia confocal a laser e citometria de fluxo confirmaram a funcionalidade do clone pela positividade de reação entre as células transfectadas e o anticorpo anti-P2 (subdomínio de VP1). Futuros experimentos poderão validar o uso desse clone como ferramenta para genética reversa. / Human caliciviruses are the main cause of gastroenteritis in the world today. However, because they do not have a viral multiplication system in cell culture, different approaches are developed so that more information can be obtained about the biology of these viruses. Environmental analysis has shown that, like other enteric viruses, human calicivirus particles are resistant and can be identified from methodologies such as RTPCR in water or food samples. In Chapter I of this thesis was used the Next Generation Sequencing technology to evaluate the viral population found in an urban sewage collected in the North Waste Water Treatment, Brasilia, DF, Brazil, in order to determine which possible human viruses would be circulating in the population of the Federal District. In addition to human viruses, animal, plant and insect viruses were found in the samples analyzed. However only the hit viruses for enteric-causing human disease had their complete genome assembled. Among the findings, at least three sapovirus genotypes were found, as well as the novel genotype of norovirus GII.17 and, a novel virus described as astrovirus-type, bastrovirus. In Chapter II, six different genotypes of undetected norovirus were used to express the protruding (P) capsid domain, in order to compare and understand possible structural and nucleotid changes in relation to the most prevalent genotype (GII.4). As results the crystallized P domain structures of norovirus GII.21, GII.22 and GII.22 linked to fucose, which is a precursor sugar in the differentiation of HBGA (histo-blood group antigens) were resolved. Finally, in Chapter III, a clone containing the cDNA for the genome of sapovirus BR01 was constructed. The use of laser confocal microscopy and flow cytometry confirmed the functionality of the clone by the reactivity positivity between the transfected cells and the anti-P2 antibody (subdomain of VP1). Future experiments could validate the use of this clone as a tool for reverse genetics.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-05Bitstream added on 2014-06-13T20:35:40Z : No. of bitstreams: 1 simas_pvm_me_sjrp.pdf: 757596 bytes, checksum: 7eea9161648de54e0aebc8de24ca086d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O virus sincicial respiratório humano (hRSV) é o principal agente causador de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças menores que 5 anos de idade. Estudos de variabilidade genética tem identificado 2 grupos antigênicos de hRSV (A e B). A proteína G tem sido alvo destes estudos e tem fornecido informações importantes sobre as características clínicas e epidemiológicas do vírus. Os objetivos deste estudo foram determinar o genótipo, identificar o padrão de circulação das variantes de hRSV e comparar o diagnóstico apresentado por crianças provenientes de grupos clinicamente distintos. Foram colhidas amostras de aspirado nasofaringe de crianças menores que 6 anos de idade com IRA que freqüentaram uma creche municipal no período de julho de 2003 a setembro de 2005 e que foram internadas no Hospital de Base entre maio de 2004 e setembro de 2005 em São José do Rio Preto-SP. O diagnóstico viral foi realizado por RT-PCR e a genotipagem por sequenciamento da região variável (G2) do gene da proteína G. As árvores filogenéticas foram construídas a partir de alinhamentos das seqüências com outras disponíveis no GenBank para hRSV A e B. Foram identificadas 142 amostras positivas para hRSV (29% - 79/272 nas crianças hospitalizadas; e 7,7% -63/817 nas crianças da creche), das quais 61 foram genotipadas (29 da creche e 32 do hospital). Destas, 92% (56/61) pertencem a hRSV A e 8% (5/61) ao hRSV B. As análise filogenéticas hRSVA mostraram a existência de três agrupamentos, GA1, GA2 e GA5, que co-circularam durante o período analisado. Nos isolados de crianças de creche, houve apenas detecção de hRSV GA1 (isolados muito similares a cepa protótipo A2). Os isolados do subgrupo B pertencem ao genótipo BA – GB3 e foram identificados apenas nas crianças hospitalizadas. Nossos isolados foram similares aos identificados nas cidades de Ribeirão Preto, São Paulo... / Not available