O vírus respiratório sincicial humano (HRSV) é o principal agente viral causador de doença respiratória em bebês e crianças em idade pré-escolar. A fim de estudar a variabilidade genética de HRSV, grupo B, com inserção de 60 nucleotídeos no gene G, selecionamos amostras de aspirado de nasofaringe de crianças menores de 5 anos de idade, com doença respiratória aguda, admitidas no hospital universitário da Universidade de São Paulo. Testamos 521 amostras, das quais 35,3% foram positivas para HRSV. A região G2 da glicoproteína G foi utilizada para genotipar essas amostras. Todas as amostras do grupo B apresentaram a inserção de 60 nucleotídeos no gene da proteína G, como descrito anteriormente em Buenos Aires, em 1999. As modificações de aminoácidos e nucleotídeos dessas amostras foram comparadas com outras amostras com inserção de 2001-2005. A seqüência de nucleotídeos duplicados foi a cópia exata dos 60 nucleotídeos precedentes em vírus mais antigos, mas as cópias do segmento duplicado acumularam substituições de nucleotídeos em vírus mais recentes. / Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the leading viral cause of respiratory illness in infants and young children. In order to study the genetic variability of HRSV group B, with 60-nucleotide duplication in the gene G, we selected nasopharyngeal aspirates samples of children less than five years of age, with acute respiratory illness admitted in the university hospital of São Paulo (USP). We tested 521 samples and the HRSV-detection test positivity rate was 35.3%. The G2 region of glycoprotein G was used as genotyping default. All type B HRSV had a 60-nucleotide duplication in the attachment protein gene like previously described in Buenos Aires, in 1999. Changes in aminoacids and nucleotides in these samples were compaired with other samples with duplication from 2001-2005. The duplicated nucleotide sequence was an exact copy of the preceding 60 nucleotides in early viruses, but copies of the duplicated segment accumulated nucleotide substituions in more recent viruses.

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) é considerado o principal causador de doenças agudas do trato respiratório inferior durante a infância, sendo o principal responsável por um elevado índice de hospitalização de crianças com até cinco anos de idade. Possui distribuição mundial, podendo acometer todas as faixas etárias, entretanto as crianças de 6 semanas a 9 meses são as que desenvolvem problemas mais sérios, como pneumonia e bronquiolite. A epidemia de HRSV apresenta uma sazonalidade bem clara, ocorrendo anualmente no período de outono tardio, inverno ou início da primavera, mas não durante o verão. No presente estudo foi realizada a análise da região G2 da glicoproteína G do HRSV. Um total de 44 amostras positivas para o HRSV do Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), nos anos de 2007-2008, foram seqüenciadas e posteriormente analisadas, sendo então comparadas com seqüências obtidas do NCBI/GeneBank. A análise filogenética mostrou que os genótipos GA2 e GA5, do grupo A, foram os predominantes nos anos de 2007 e 2008, alternando o padrão verificado nos anos anteriores, onde os genótipos do grupo B foram altamente predominantes. A comparação das mutações sinônimas e não sinônimas mostrou uma grande evidência de seleção positiva nos genótipos GA2 e GA5 do grupo A. / Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is considered the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children and are the main guilty for the elevated children hospitalizations rate under 5 years of age. The HRSV has a world-wide distribution, being able to attack all the ages however the 6 weeks to 9 months children of are the ones that develop more serious problems as pneumonia and bronquiolite. The HRSV outbreak presents a well defined season, occurring annually in the delayed falls period, winter or springs beginning, but not during the summer. In the present study, we performed a phylogenetic analysis from G2 region of HRSV G glycoprotein. Forty four samples positive for HRSV from University Hospital (UH) of University of Sao Paulo (USP) in 2007-2008, were submitted to sequencing by PCR and compared with GenBank sequences. Phylogenetic analysis revealed that HRSV group A genotypes GA2 and GA5 was the predominant in 2007-2008, alternating the standard verified in the previous years, where the group B genotypes had been highly predominant. Comparison of the synonymous/nonsynonymous mutation ratios showed greater evidence for positive selection pressure for group A genotypes GA2 and GA5.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 978407 bytes, checksum: abc230b0a9261c1fd0c377d2f4c3770a (MD5) Previous issue date: 2006-06 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As doenças do trato respiratório são as principais queixas nos serviços de atendimento médico, sendo as infecções respiratórias agudas (IRA) as manifestações mais comuns, principalmente em crianças menores de cinco anos de idade. Em países em desenvolvimento as IRA constituem um sério problema de saúde pública. Em todo mundo estima-se que ocorram cerca de dois milhões de mortes devido as IRA a cada ano. Dentre os agentes causais das mesmas, destaca-se o Vírus Respiratório Sincicial (VRS), especialmente por causar doença grave em crianças menores de dois anos. Com o objetivo de gerar dados sobre a epidemiologia molecular deste vírus, foram analisadas amostras colhidas de pacientes com IRA no período de 2000 a 2006 na cidade de Belém, Pará. Foram utilizados testes de imunofluorescência indireta (IFI) para caracterização antigênica dos vírus isolados e RT-PCR para os genes codificadores das proteínas G e F, que foram em seguida parcialmente seqüenciados. Dentro do período estudado, 153 amostras positivas para VRS foram detectadas. A faixa etária de 0-4 anos foi a que concentrou maior número de casos (n=138; 90,19%). Em relação ao perfil sazonal, o pico de atividade do VRS ocorreu nos primeiros seis meses do ano, estando associado principalmente ao período de troca da estação chuvosa para um período de menor pluviosidade. Houve co-circulação dos subgrupos A e B nos anos de 2001 e 2003. Em 2000, 2005 e 2006 somente o subgrupo A circulou. Entretanto no ano de 2004 foi registrada a ocorrência somente do subgrupo B. Dentro do período estudado, genótipos distintos da proteína G do subgrupo A (GA2 e GA5) e do subgrupo B (SAB1 e SAB3) foram detectados, indicando o primeiro relato da circulação do genótipo SAB1 na América do Sul. Em 2004, um cluster diferenciado dos demais genótipos circulantes foi encontrado, sendo este denominado BRB1. A análise do gene codificador da proteína F permitiu a identificação de mutações na sequência nucleotídica resultando em trocas na cadeia aminoacídica da mesma. Este estudo representa o primeiro relato sobre dados da epidemiologia molecular do Vírus Respiratório Sincicial na região Norte do Brasil. / The diseases of respiratory tract are the main complaints in the services of medical consultations, acute respiratory infections (ARI) are the most common manifestations, mainly in children under five years old. In developing countries ARI represent a serious problem of public health. Every year, ARI are responsible by about 2 million deaths all over the world. Among the infectious agents the Respiratory Syncytial virus (RSV) is the most important pathogen in infants and young children because of severe bronchiolitis and pneumonia that it may cause. With the objective to generate data on the molecular epidemiology of this virus, patients' clinical samples with ARI were analyzed during the period 2000 - 2006 in the city of Belém, Pará. Test of Indirect immunofluorescence (TIF) was used for antigenic characterization of isolated viruses and the RT-PCR for the genes encoders of the proteins G and F, that were partially sequenced. In the total period, 153 positive samples of RSV were analyzed. The age group 0-4 years showed the larger number of cases (90,19%). In relation to the seasonal profile, the pick of activity of RSV happened in the first six months of the year, being associated mainly to the period of change of the rainy season to a less rainy period. There was a co-circulation of the subgroups A and B in the years of 2001 and 2003. In 2000, 2005 and 2006 just the subgroup A was detected. However in the year of 2004 was only registered the occurrence of subgroup B. Inside the studied period, were detected different genotypes from the protein G of the subgroup A (GA2 and GA5) and of the subgroup B (SAB1 and SAB3) , indicating the first report about circulation of the genotype SAB1 in South America. In 2004, was found a differentiated cluster of the other circulating genotypes, being denominated BRB1. The analysis from gene encoder of the protein F allowed identification of mutations in the nucleotidic sequence that resulted in changes in the aminoacídica chain. This study represents the first report about the molecular epidemiology of the Respiratory Syncytial Virus in the North region of Brazil.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-22Bitstream added on 2014-06-13T18:55:48Z : No. of bitstreams: 1 affonso_ib_me_jabo.pdf: 804054 bytes, checksum: 44c5a047b2c4507ea787e45752bb674c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus Respiratório Sincicial Bovino (BRSV) é um dos patógenos pertencentes ao complexo respiratório bovino. Apesar de não provocar enfermidade severa na maioria dos casos, há evidências de que este vírus possa facilitar o estabelecimento de outros patógenos. Assim, o presente estudo buscou estabelecer a possibilidade de relação entre o BRSV e o Herpesvírus Bovino Tipo 1 (BoHV-1), em três propriedades leiteiras, localizadas em três municípios do noroeste do Estado de São Paulo. Além disso, visou também monitorar ao longo do tempo os títulos de anticorpos contra o BRSV em bezerros desde o nascimento. Com base em dados previamente estabelecidos, essas propriedades foram categorizadas como tendo alta, média e baixa prevalência de BoHV-1, respectivamente, propriedade A, no município de Viradouro, (78,6%); propriedade B, no município de Altinópolis, (40%); e, propriedade C, no município de Jaboticabal, (1,6%). Com relação à prevalência de BRSV, a propriedade B apresentou maior prevalência sorológica (82,4%), possivelmente por possuir fatores de risco facilitadores para o desenvolvimento da infecção, enquanto que as propriedades A e C mostraram prevalências estatisticamente equivalentes (45,6% e 59,1%, respectivamente), sem qualquer correlação entre as prevalências de BRSV e BoHV-1. A curva dos títulos de anticorpos contra o BRSV em bezerros nas propriedades A e B monitorados ao longo de um ano foi semelhante, pois ambas apresentaram redução dos títulos a partir do sexto até o oitavo mês de idade dos animais, com seguida retomada de títulos cada vez mais elevados, fato característico de infecção natural. A propriedade C apresentou uma dinâmica semelhante, porém, a maior parte dos bezerros manteve-se positiva durante todo o período, com títulos que decresceram e voltaram a aumentar. / The Bovine Respiratory Syncytial Vírus (BRSV) is one of the Bovine Respiratory Complex pathogens. The disease caused by this virus is often mild, but there are evidences that this pathogen may ease the establishment of other pathogens. Data on the epidemiology of BRSV are still scarce. Based on that, this study aimed to determine the prevalence and evaluate antibody titers in calves from three farms. Moreover, the relationship between BRSV and the Bovine Herpesvirus Type 1 (BHV-1) was investigated, based on epidemiological data previously determined in these farms. The three farms were categorized as A, in Viradouro municipality, with high prevalence of BHV-1 (78.6%); B, in Altinópolis municipaltity, with intermediate prevalence for this agent (40%); and C, in Jaboticabal municipality, with low prevalence of BHV-1 (1.6%). Farm B showed higher BRSV prevalence (82.4%), maybe due to larger herd and colder climate than farms A and C, which showed equivalent prevalences for BRSV (45.6% and 59.1%, respectively). The curve of antibody titers against BRSV in calves from farms A and B over one year were similar, as both showed lower titers by 6 to 8 months of age, rising up again due to antigenic induction. Farm C showed equivalent dynamics, but calves remained positive all over the year. In disagree to literature data, this experiment did not showed correlation between BRSV and BHV-1 prevalences, maybe due to lack of circulation of the latter.

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) é considerado o principal causador de doenças agudas do trato respiratório inferior durante a infância, sendo o principal responsável por um elevado índice de hospitalização de crianças com até cinco anos de idade. Possui distribuição mundial, podendo acometer todas as faixas etárias, entretanto as crianças de 6 semanas a 9 meses são as que desenvolvem problemas mais sérios, como pneumonia e bronquiolite. A epidemia de HRSV apresenta uma sazonalidade bem clara, ocorrendo anualmente no período de outono tardio, inverno ou início da primavera, mas não durante o verão. No presente estudo foi realizada a análise da região G2 da glicoproteína G do HRSV. Um total de 44 amostras positivas para o HRSV do Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), nos anos de 2007-2008, foram seqüenciadas e posteriormente analisadas, sendo então comparadas com seqüências obtidas do NCBI/GeneBank. A análise filogenética mostrou que os genótipos GA2 e GA5, do grupo A, foram os predominantes nos anos de 2007 e 2008, alternando o padrão verificado nos anos anteriores, onde os genótipos do grupo B foram altamente predominantes. A comparação das mutações sinônimas e não sinônimas mostrou uma grande evidência de seleção positiva nos genótipos GA2 e GA5 do grupo A. / Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is considered the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children and are the main guilty for the elevated children hospitalizations rate under 5 years of age. The HRSV has a world-wide distribution, being able to attack all the ages however the 6 weeks to 9 months children of are the ones that develop more serious problems as pneumonia and bronquiolite. The HRSV outbreak presents a well defined season, occurring annually in the delayed falls period, winter or springs beginning, but not during the summer. In the present study, we performed a phylogenetic analysis from G2 region of HRSV G glycoprotein. Forty four samples positive for HRSV from University Hospital (UH) of University of Sao Paulo (USP) in 2007-2008, were submitted to sequencing by PCR and compared with GenBank sequences. Phylogenetic analysis revealed that HRSV group A genotypes GA2 and GA5 was the predominant in 2007-2008, alternating the standard verified in the previous years, where the group B genotypes had been highly predominant. Comparison of the synonymous/nonsynonymous mutation ratios showed greater evidence for positive selection pressure for group A genotypes GA2 and GA5.