Os cladóceros são popularmente conhecidos como pulgas d’água, habitam principalmente ambientes aquáticos de água doce e são considerados bons indicadores tróficos. Esses microcrustáceos são usados tanto em pesquisas básicas, quanto aplicadas, como estudos ecológicos, evolutivos e ecotoxicológicos. A despeito da dificuldade na análise de caracteres morfológicos, uma grande riqueza de espécies de cladóceros já foi detectada em Minas Gerais usando essas ferramentas. Devido a essa dificuldade, ferramentas moleculares são cada vez mais aplicadas para acessar essa biodiversidade. Atualmente, o marcador molecular conhecido como Código de Barras do DNA – DNA barcode, que tem como base um segmento do gene mitocondrial, o citocromo c oxidase subunidade 1 (COI) tem sido cada vez mais utilizado na taxonomia, identificação de espécies crípticas e estudos de diversidade. Neste contexto, nós avaliamos a diversidade genética de espécies de Cladocera de um ponto do Reservatório da Usina Hidrelétrica de Furnas e outro no município de Heliodora (ambos no Sul de Minas Gerais). Este é o primeiro inventário molecular de Cladocera no Brasil, cujo objetivo foi conhecer a diversidade de espécimes brasileiros e compará-los geneticamente com exemplares de outros países, verificando, assim, problemas taxonômicos e existência de espécies crípticas. Obtivemos sequências para 11 espécies de Cladocera, distribuídas nas famílias Sididae, Daphnidae, Bosminidae e Chydoridae. Os fragmentos amplificados variaram de 493 a 659 pares de base, das quais 90% foram maiores que 500pb. Algumas destas sequências de COI (Bosmina freyi e Bosminopsis deitersi) constituem as primeiras da espécie no mundo. Ainda verificamos que a maioria dos isolados brasileiros são molecularmente diferentes dos espécimes do México, Canadá e Guatemala. Para Daphnia laevis as divergências genéticas obtidas entre o isolado brasileiro e o argentino as classificam como integrantes da mesma entidade taxonômica, dados esses que dão força ao conceito de endemismo continental. Além da avaliação da diversidade, com a determinação do COI de Ovalona kaingang (Cladocera: Chydoridae) confirmamos as análises morfológicas recentes que realocaram espécies do grupo pulchella para Ovalona, já que as divergências genéticas entre Ovalona e as outras espécies do banco de dados são superiores a 19,1%. Portanto, o uso do DNA barcode foi eficiente como marcador molecular tanto na detecção da diversidade genética dos espécimes de Cladocera, quanto como ferramenta taxonômica. Futuramente nossos dados poderão ser aplicados em estudos de diversidade filogenética, distribuição geográfica, padrões biogeográficos e auxiliar em revisões taxonômicas. / Cladocerans are popularly known as water fleas, inhabit mainly freshwater aquatic environments and are considered good trophic indicators. These microcrustaceans have been used in basic and applied research, such as ecological, evolutionary and ecotoxicological studies. Morphological tools have been used to detect species richness of cladocerans from Minas Gerais, but given the difficulty of this morphological analysis, it is interesting to access this biodiversity by molecular tools as the DNA barcode. This molecular marker is based on a short segment of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit 1 (COI). It has been increasingly used in taxonomy, identification of cryptic species and diversity studies. In this context, we characterized the genetic diversity of Cladocera species from a point in the Furnas Hydroelectric Power Plant Resevoir and another in the Heliodora city (both in the south of Minas Gerais). This is the first molecular Cladocera inventory in Brazil, whose objective was to differentiate the Brazilian isolates of specimens from other countries, thus verifying taxonomic problems and cryptic species. We obtained sequences for 11 Cladocera species, distributed in Sididae, Daphnidae, Bosminidae and Chydoridae. The amplified fragments range from 493 to 659 base pairs, of which 90% were larger than 500 bp. Some of these COI sequences (for Bosmina freyi and Bosminopsis deitersi) represent the first molecular data in the world. We also found that the majority of Brazilian isolates are molecularly different from specimens from Mexico, Canada and Guatemala. For Daphnia laevis the genetic differences found between the Brazilian and Argentine isolates qualify them as members of the same taxonomic entity, reinforcing the concept of continental endemism. Besides the evaluation of diversity, with the determination of the COI for Ovalona kaingang (Cladocera: Chydoridae) we confirmed the morphological data, relocating the pulchella-group species to Ovalona, since the genetic differences between Ovalona and other species from the database were higher than 19.1%. Therefore, the use of DNA barcode was efficient to detect the genetic diversity of Cladocera specimens as a taxonomic tool. In the future our data can be applied to phylogenetic diversity studies, geographic distribution, biogeographic patterns and to assist in taxonomic revisions. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

O Corymbia citriodora (ex Eucalyptus citriodora) é uma espécie que ocupa um lugar de destaque no segmento de plantas aromáticas. Além de ser plantada, principalmente por pequenos e médios proprietários rurais, destinada a usos múltiplos, a espécie se destaca por colocar o Brasil como o maior produtor mundial de óleo essencial obtido de suas folhas. Dessa forma, os estudos de variação genética envolvendo caracteres de produção silvicultural e de óleo são importantes, visando à seleção de materiais geneticamente superiores. Diante de tais fatos, este trabalho teve como objetivos a avaliação do potencial de uma população originária de Atherton QLD, Austrália, a caracterização morfológica de matrizes e progênies superiores e a seleção de progênies e indivíduos superiores, em relação a produção de folhas, rendimento de óleo essencial e teor do seu componente químico principal, o citronelal. O experimento foi instalado em fevereiro de 2003, na Estação Experimental de Ciências Florestais de Anhembi, localizada no município de Anhembi, SP, pertencente à Universidade de São Paulo e administrada pelo Departamento e Ciências Florestais da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz". O delineamento experimental foi o de blocos completos ao acaso, com o plantio de árvores originadas de sementes de 45 progênies existentes na Estação Experimental, que por sua vez foram implantadas com material proveniente de uma População Base localizada em Atherton, QLD, Austrália. Foram instaladas parcelas lineares com 10 plantas, com 3 repetições, no espaçamento de plantio de 3m x 2 m. Aos 11 meses de idade, procedeu-se a avaliação do plantio em relação à sobrevivência, altura das plantas, produção de folhas, rendimento de óleo essencial e seu teor de citronelal. Os resultados indicaram: a) o crescimento em altura das plantas foi excelente, possibilitando a redução do período inicial de colheita das folhas; b) as progênies estudadas apresentam pouca variabilidade genética em relação aos caracteres estudados; c) a produção de folhas, expressou os maiores ganhos de seleção; d) a seleção pela média de progênies é mais indicada para os caracteres altura da planta, produção de folhas e rendimento de óleo e em nível indivíduos para o caráter teor de citronelal no óleo essencial; e) a morfologia de sementes das matrizes e folhas e pilos das mudas servem de orientação para seleção de materiais; f) o ranqueamento com base em multi caracteres é eficiente para a seleção de progênies superiores e g) a população apresenta média superior às que têm sido usadas comercialmente no Brasil, destinadas à produção de óleo essencial. / Corymbia citriodora is an important species among aromatic plants. It is a multipurpose species cultivated by small and intermediate farmers, which makes Brazil the largest world producer of essential oils obtained from leaves. Therefore, the study of genetic variations of the silvicultural variables and the oil production characteristics are necessary for the selection of desirable materials for a tree-breeding program. The main objective was to evaluate a C.citriodora population from Atherton QLD, Australia regarding the morphological characteristics of selected trees and superior progenies, their leaf biomass production, essential oil yield and citronelal content. The experiment was settled in February 2003, at Anhembi Forest Experimental Station, at Anhembi, SP, which belongs to the University of Sao Paulo and is managed by the the Forest Sciences Department of the "Luiz de Queiroz" Superior Agriculture College. The statistical design was completely randomised blocks, with progenies from 45 selected trees of a basic population from Atherton, QLD Australia. Ten-plants linear plots were used, with 3 repetitions, on 3 x 2 m spacing. At 11 months-old, survival rate, total height, leaf-biomass production, essential oil yield, and the citronelal content of the progenies was determined. Results demonstrated that: a) plant height growth was excellent, leading to a earlier first leaf harvesting; b) the progenies showed low genetic variation related to the characteristics evaluated; c) leaf production showed high selection gains; d) average of progenies’ selection is recommended for plant height, leaf production and oil yield. An evaluation of individuals is better for citronelal content selection; e) morphology of seeds fromselect trees, leaves and pilos of seedlings can help the selection of desirable materials; f) use of a rank system based on multiple variables is efficient for selection of desirable materials; g) the studied population showed, on average, a greater oil potential than others populations currently used in Brazil for essential oil production.

Uma coleção nuclear consiste de um grupo de acessos selecionados para representar a diversidade genética de uma coleção com um mínimo de redundância. Essa estratégia permite priorizar e concentrar a aplicação de recursos de modo a formar uma base de informações mais completa sobre este conjunto de acessos. O objetivo deste estudo foi o desenvolvimento da coleção nuclear de soja e a validação da mesma, utilizando cinco estratégias de amostragem. Foram reunidas todas as informações disponíveis dos dados de passaporte e de caracterização e avaliação de 18 caracteres quantitativos de 15.559 acessos da subcoleção de germoplasma de Glycine max (L.) Merrill, do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA). A intensidade de amostragem para todas as estratégias foi de 10,28%, resultando em 1.600 acessos para cada coleção base obtida. A primeira coleção nuclear foi obtida pela amostragem ao acaso (estratégia A). As outras quatro coleções nucleares foram obtidas através da combinação de dois procedimentos para a escolha do numero de acessos em cada grupo (proporcional e logarítmico) e de dois procedimentos para a escolha dos acessos em cada grupo (amostragem ao acaso e amostragem baseada na analise multivariada dos caracteres quantitativos), gerando as seguintes estratégias: proporcional (P), logarítmica (L), proporcional multivariada (PMV) e logarítmica multivariada (LMV). As estimativas de parâmetros (médias, variâncias e amplitudes de variação), os testes estatísticos e as distribuições de freqüências indicaram haver diferenças entre as cinco coleções nucleares, quando comparados com a coleção base. Porém todas são consideradas aceitáveis para representar a coleção base, visto que mais que 70% das médias e amplitudes das características não foram significativamente diferentes das médias e amplitudes da coleção base. A coleção nuclear desenvolvida pela estratégia A foi a que melhor representou a estrutura genética da coleção base em termos estatísticos. Porém, este tipo de amostragem pode não incluir os acessos cuja proporção na coleção base é pequena. As estratégias P e L, embora não maximizem a representatividade das coleções nucleares em termos estatísticos, atendem melhor aos requisitos do melhoramento genético quanto à preservação da variabilidade. Neste sentido, as estratégias PMV e LMV produziram as duas melhores coleções nucleares, com uma ligeira superioridade da primeira. Estas se caracterizam por manter a máxima variabilidade e o mínimo de redundância dos acessos. Assim, optou-se por formar uma coleação nuclear composta de 1.600 acessos, utilizando a estratégia PMV. / A core collection is a group of accessions selected to represent the genetic variability of the entire germplasm collection of a species with minimum redundancy. Core collection construction is strategic because it allows prioritization of assessment, characterization and resource application in a manageable group of accessions of a species. The main objective of this study was to develop and validate a soybean core collection using five sampling strategies. All the available information was gathered from passport and characterization (qualitative) data and 18 quantitative traits from 15,558 accessions of the Glycine max (L.) Merrill germplasm subcollection from the United States Department of Agriculture (USDA). The sampling intensity for all the strategies was 10.28% resulting in 1,600 accessions for each entire collection obtained. The first core collection was obtained by random sampling (strategy R). The other four core collection were obtained by the combination of two procedures to choose the number of accession in each group (proportion and logarithm) and two procedures to choose the accessions in each group (random sampling and sampling based on multivariate analysis of the quantitative traits) that generated the following strategies: proportional (P), logarithmic (L), proportional multivariate (MVP) and logarithmic multivariate (MVL). The parameter estimates (means, variances and variation amplitudes), the statistical tests and frequency distributions indicated that there were differences among the five core collections compared with the entire collection. But all were considered acceptable to represent the entire collection because more than 70% of the means and amplitudes of the characteristics were not significantly different from the means and amplitudes of the entire collection. The core collection developed by strategy R best represented the genetic structure of the base collection in statistical terms. But this type of sampling may not include the accession whose proportion is small in the entire collection. Strategies P and L, while not maximizing the representativeness of the core collection in statistical terms, were superior in terms of variability preservation for breeding purposes. In this sense, the MVP and MVL strategies produced the two best core collections with the first being slightly superior. The MVP sampling strategy was characterized by maintaining the maximum variability and minimum redundancy of the accessions, and therefore, was chosen to form the soybean core collection consisting of 1,600 accessions.

Orientador: Edson Luiz Furtado / Coorientador: Christian Cilas / Banca: Waldir Cintra de Jesus Junior / Banca: Ana Carolina Firmino / Banca: Leo Zimback / Banca: Willian Bucker Moraes / Resumo: A Moniliase do cacaueiro, causada pelo fungo Moniliophthora roreri, é uma das doençasmais devastadoras do cacaueiro na região oeste da América do Sul e Central, por exemplo,a região do Vale do Magdalena na Colômbia, considerada o possível centro de origem paraá espécie. Para analisar a diversidade genética foram utilizados isolados dos estados deSantander, Antioquia, Tolima e Huila da Colômbia utilizando vinte-três marcadoresmicrossatélites (SSR). No total, 117 genotipos multilocus diferentes se encontraram entre os120 isolados, cada um representado como um haplotipo único. O índice de associaçãoobservado e estandardizado (IA e řd) indicaram que as populações de M. roreri são clonais.Além disso, dada a alta diversidade de haplotipos com desequilíbrio de ligação se sugere queM. roreri poderia ser uma espécie assexual possivelmente com recombinação rara ou parcialdevida à parasexualidade. Enquanto a estrutura populacional, três grupos geográficos foramreconhecidos entre os isolados utilizando métodos de agrupamento bayesianos. Resultadossimilares se obtiveram depois do analises discriminante de componentes principais (DAPC),analise de coordenadas principais (PCA) e a arvore de semelhança com os loci dosmicrossatélites baseados na distância de Nei. A identificação destes agrupamentos explicassepela diferenciação geográfica e clones de cacaueiro e variáveis ambientais não contribuemsignificativamente à diferenciação genéticas entre os grupos. Em re... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Frosty pod rot disease (FPR) on cocoa, caused by Moniliophthora roreri, is one of the mostdevastating cocoa diseases in the Western Hemisphere, including the Magdalena Valleyareas in Colombia, which is considered the possible center of origin for the species. Weanalyzed the genetic diversity of isolates from the states Santander, Antioquia, Tolima andHuila of Colombia using twenty-three simple sequence repeats (SSR) markers. In total, 117different multilocus genotypes were found among 120 isolates, each one represented as aunique haplotype. The observed and standardized index of association (IA and řd) indicatesthat the populations of M. roreri are clonal populations. Furthermore, given the highhaplotype diversity with linkage disequilibrium are suggest that M. roreri could be anasexual species possibly undergoing rare recombination or partial recombination due toparasexuality. Three geographical groups were recognized among the isolates using Bayesian clustering methods. Similar results were obtained after discriminant analysis ofprincipal components (DAPC), principal coordinate analysis (PCA) and a neighbor-joiningtree from microsatellite loci based on Nei distance. The identified clusters where explainedby geographical differentiation and cacao clones and environmental variables did notcontribute significantly to the genetic differentiation between groups. Regarding to thedisease epidemiology, incidence of Frosty Pod Rot (FPR) disease, caused ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Rubén Pablo Schocken Iturrino / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Caroline Peters Pigatto de Nardi / Banca: Alessandra Aparecida Medeiros / Resumo: A produção de aves no Brasil tem aumentado consideravelmente, impulsionada principalmente pelo consumo da carne de frango, o que gera uma preocupação com a transmissão de patógenos ao ser humano. Porém, a higienização e cuidados adequados durante toda cadeia produtiva pode-se evitar contaminações dos alimentos. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a presença de bactérias patogênicas em granjas, esteiras condutoras de cortes de frango em frigoríficos antes e após a higiene pré-operacional e operacional, e em cortes de frangos congelados adquiridos em supermercados, além de comparar geneticamente os isolados obtidos nos diferentes pontos da cadeia produtiva por sequências repetitivas utilizando a técnica Rep-PCR. Os mesmos isolados também foram submetidos ao teste de sensibilidade a antimicrobianos. Para tanto, foram realizadas contagem de Enterobactérias e de Clostridium spp., identificação por PCR de Salmonella spp., Clostridium perfringens e Escherichia coli diarreiogênicas (E. coli enteropatogênica - EPEC, E. coli shigatoxigênica - STEC, E. coli enteroagregativa - EAEC, E. coli enterotoxigênica - ETEC), e isolamento bacteriano. Para quantificação de Enterobactérias e de Clostridium spp., foram colhidos 311 suabes de esteiras de frigoríficos, dos quais procedeu-se, também, o cultivo bacteriano para posterior identificação das amostras por PCR espécie-específico. Em granjas comerciais, foram colhidas 164 amostras de suabes com conteúdo cloacal de frangos saudáveis e 20 amostras de cortes de frangos congelados em supermercados. Nas granjas, foram identificadas 107 amostras contendo EPEC, já nas esteiras condutoras de cortes nos frigoríficos, foram verificadas 23 amostras positivas para E. coli EPEC e uma para C. perfringens. Em cortes de frangos congelados de supermercados, foram encontradas quatro amostras contendo EPEC, duas contendo STEC e quatro... / Abstract: Brazilian poultry production has been increasing significantly, mainly by the consumption of chicken meat, which leads to concern about the transmission of pathogens to human. However, proper hygiene and management in the production chain of poultry meat may avoid food bacteria contamination. Thus, this study aimed to evaluate the presence of pathogenic bacteria in poultry farms, sanitary conveyors of Brazilian slaughterhouses, before and after the pre-operational and operational hygiene, and in frozen cuts of chicken commercialized in supermarkets, beyond of comparing isolates obtained in different points of the production chain by repetitive sequences using Rep-PCR. The same isolates were also submitted to antimicrobial sensitivity test. For this, it was performed Enterobacteriaceae and Clostridium spp. counts, identification of Salmonella spp., Clostridium perfringens and diarrheagenic Escherichia coli (Enteropathogenic E. coli - EPEC, Shigatoxigenic E. coli - STEC, Enteroaggregative E. coli - EAEC, Enterotoxigenic E. coli - ETEC) through PCR and bacterial isolation. For quantification of Enterobacteriaceae and Clostridium spp. and PCR identification of pathogens, 311 samples were collected from sanitary conveyors using sterile swabs. From poultry farms, 164 samples of cloacal content swabs were collected from healthy chickens, and 20 samples of frozen chicken cuts were taken from supermarkets. In commercial poultry farms, 107 positives samples for EPEC were identified. Similarly, it was found 23 positive samples for EPEC and one for C. perfringens in sanitary conveyor at chicken slaughterhouses. In cuts of chicken from supermarkets, it was found four positive samples for EPEC, two for STEC and four for C. perfringens. No samples were diagnosed with the presence of Salmonella spp.. The genetic profile analysis of 27 EPEC strains showed that there was a genetic relationship among ... / Doutor

Orientador: Marilia de Freitas Calmon / Coorientador: Paula Rahal / Coorientador: Caroline Measso do Bonfim / Banca: Carolina Colombelli Pacca / Banca: Ricardo Barros Mariutti / Resumo: Condiloma acuminado (CA) ou verrugas genitais são lesões proliferativas benignas epidérmicas ou mucosas. O condiloma é causado pela infecção pelo papilomavírus humano (HPV), principalmente os tipos de baixo-risco 6 e 11, mas também pode ocorrer coinfecção com os HPVs de alto-risco. As variantes dos HPVs são definidas como sequências virais que compartilham identidade na sequência nucleotídica do gene L1 maior que 98%. Baseado nesse critério, linhagens de variantes de HPV6 e 11 têm sido estudadas e ainda há uma tentativa de correlacionar essas variações genéticas com os resultados clínicos diferenciais da infecção. Dessa forma, o objetivo do estudo foi detectar as variantes e alterações nucleotídicas presentes em E6 do HPV dos tipos 6 e 11 presentes em amostras de condiloma acuminado, correlacionar a presença de HPV com os dados clínico-patológicos das pacientes e determinar as relações filogenéticas das variantes encontradas com variantes de outras partes do mundo. A região E6 de 32 amostras de condiloma acuminado foi sequenciada, sendo dessas 25 positivas para HPV6 e sete para HPV11. Entre as amostras HPV6, 12 foram identificadas como a variante HPV6a, apresentando a mutação nucleotídica G474A, sendo uma delas também apresentando a mutação T369G no genoma. As 13 pacientes restantes foram positivas para a variante HPV6vc, não apresentando alterações nucleotídicas. Na análise das amostras HPV11, observou-se que todas as pacientes mostraram as mutações T137C e C380T. Além disso... / Abstract: Condyloma acuminatum (CA) or genital warts are benign proliferative lesions that can be epidermal or mucous. Condyloma is caused by infection with human papillomavirus (HPV), mainly the low-risk types 6 and 11, but can also occur coinfection with high-risk HPVs. Human papillomaviruses have the capacity to infect the skin, oral and genital mucosa, and induce benign or malignant proliferative lesions. The variants of HPVs are defined as viral sequences that share identity in the nucleotide sequence of the L1 gene greater than 98%. Based on this criterion, HPV6 and 11 variants lineages have been studied and there is still an attempt to correlate these genetic variants with different clinical findings of infection. In this way, the aim of this study was to detect variants and nucleotide alterations presents in E6 region of HPV types 6 and 11 detected in condyloma acuminatum samples, to correlate the HPV presence with the clinical-pathological data of the patients and to determine phylogenetic relations of variants found with variants of others places of the world. The E6 region of 32 samples of condyloma were sequenced, being 25 positive to HPV6 and seven diagnosed HPV11. Twelve samples were identified as the HPV6a variant, and presented the mutation G474A, and one of these also showed the mutation T369G. The others 13 patients were positive to HPV6vc without nucleotide alterations. In the analysis of the seven HPV11 samples, it was observed that all patients showed the mutations ... / Mestre

Este trabalho teve como objetivo avaliar a estrutura populacional e genética de Hymenaea stigonocarpa Mart. ex Hayne em duas áreas no Cerrado do Estado de São Paulo. Para tanto, foram transferidos oito iniciadores microssatélites nucleares (SSR) de Hymenaea courbaril para H. stigonocarpa, além de cinco iniciadores microssatélites cloroplastidiais (cpSSR) universais. O presente trabalho respondeu às hipóteses sobre a dispersão restrita de sementes, a existência de propagação vegetativa e a viabilidade evolutiva das populações nas unidades de conservação analisadas. O estudo foi conduzido em duas unidades de conservação administradas pelo Instituto Florestal do Estado de São Paulo e representam alguns dos últimos remanescentes protegidos de Cerrado no Estado, com fisionomias e históricos contrastantes. Na população localizada na Estação Ecológica de Itirapina (EEI), Itirapina, S.P., foram encontrados 68 indivíduos de H. stigonocarpa dispostos em reboleiras. Utilizando marcadores SSR, foram constatados apenas 18 genótipos diferentes (genetes), evidenciando a propagação vegetativa na EEI. Apesar do número reduzido de genetes na área, esta população apresentou excesso de heterozigotos. Mesmo assim, a área mínima viável para conservação ( AMV ) foi maior do que a área total da EEI devido à baixa densidade de indivíduos. A análise de paternidade, utilizando todas as sementes disponíveis na EEI (n = 71), revelou que 42,46% tiveram doadores de pólen fora na área amostrada e o tamanho efetivo de vizinhança de polinização foi de 1.283 ha, mostrando a importância da preservação de áreas particulares ou a expansão da unidade de conservação. Houve dominância de doadores de pólen e a distância média de polinização foi de 2.325 m, variando de 0,35 a 3.570 m. Além disso, os marcadores cpSSR revelaram um forte efeito fundador, com a existência de um único haplótipo. Contrastando com a EEI, a população estudada na Estação Ecológica de Assis e na Floresta Estadual de Assis (EEA) apresentou 47 indivíduos distintos geneticamente (genetes). O uso de marcadores SSR na população da EEA revelou um alto e significativo índice de fixação ( f = 0,177), associado a uma significativa estrutura genética espacial (EGE) ( xy q = 0,075) até 750 m. A EGE foi resultante de uma dispersão restrita de sementes, comprovada pelo uso de marcadores cpSSR. A alta divergência genética demonstrada pelos marcadores SSR e o número de haplótipos privados encontrado na população da EEA fez com que cada população fosse considerada uma Unidade Independente para o Manejo (UIM) e, ao mesmo tempo uma Unidade Evolutiva Significativa (USE). Essas designações implicam que, apesar das populações da EEA e da EEI possuírem um tamanho efetivo ( e N ) e uma AMV insuficientes para a manutenção da endogamia local de H. stigonocarpa em curto prazo, a localização específica dessas unidades permitiu englobar reservatórios gênicos distintos, importantes para se iniciar uma conservação evolutivo-adaptativa. Assim, programas visando a restauração florestal ou melhoramento de H. stigonocarpa devem contemplar genótipos de cada USE. Além disso, a coleta de sementes visando a conservação deve obedecer a uma distância mínima de 750 m quando os indivíduos não estiverem dispostos em reboleiras. / This study aimed to evaluate the population and genetic structure of Hymenaea stigonocarpa Mart. ex Hayne in two areas of Cerrado in the State of São Paulo. For this, eight nuclear microsatellite (SSR) primers from Hymenaea courbaril and five universal chloroplastidial microsatellite primers (cpSSR) were transferred from Hymenaea coubaril to H. stigonocarpa. This study answered the assumptions regarding restricted seed dispersal, vegetative propagation and the existence of the populations evolutionary viability in the studied conservation units. This study was conducted in two protected areas managed by the Forest Institute State of São Paulo and represent some of the last protected remnants of Cerrado in the State with contrasting physiognomies and history. The 68 trees of H. stigonocarpa on the population located in the Ecological Station of Itirapina (ESI), Itirapina, S.P., were spatially clumped. Using SSR markers only 18 different genotypes (genets) were found, showing the existence of vegetative propagation in ESI. Despite the limited number of genets in the area, this population showed an excess of heterozygotes. Even so, the minimum viable area for conservation ( AMV ) was greater than the total area of the ESI due to low density of individuals. The paternity analysis using all the available seeds in ESI (n = 71) revealed that 42.46% of pollen donors were outside the sampled area and the effective neighborhood size of pollination was 1283 ha demonstrating the importance of surrounding areas and the expansion of the protected area. There was pollen donor dominance and the average distance of pollination was 2325 m, ranging from 0.35 to 3570 m. Furthermore, the markers cpSSR revealed a strong founder effect, with the existence of a single haplotype. In contrast to the ESI, the population studied in the Ecological Station of Assis and in the Assis State Forest (EEA), had 47 trees, all genets. The use of SSR markers in the population of the ESA revealed a high and significant fixation index ( f = 0177), associated with a significant spatial genetic structure (SGS) ( xy q = 0075) up to 750 m. The SGS was originated by a limited seed dispersal, as evidenced by the use of cpSSR markers. The high genetic divergence shown by SSR markers and the number of private haplotypes found in the population of the ESA are reasons to consider each population independent units for management (IUM) and at the same time an Evolutionary Significant Unit (ESU). These designations mean that, in despite of the populations of the ESI and ESA have insufficient effective sizes ( e N ) and AMV for the maintenance of H. stigonocarpa inbreeding level in the short term, the specific location of these units allowed to include different gene pools, important in starting an adaptive-evolutionary conservation. Thus, programs aimed at forest restoration or breeding of H. stigonocarpa shall address each ESU genotypes. Moreover, the collection of seeds for conservation should have a minimum distance of 750 m among trees, when these are not clumped.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T12:10:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-07T16:31:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-07T16:31:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / A febre do dengue é uma das mais importantes arboviroses distribuída por todas as áreas tropicais do mundo. O vírus dengue (VDEN) é transmitido principalmente pela picada do mosquito Aedes aegypti infectado. A dispersão do vetor e o aumento do fluxo migratório entre países possibilitaram a ocorrência de grandes epidemias e manifestações clínicas severas, como febre hemorrágica do dengue (FHD) e Síndrome do choque do dengue (SCD). O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de isolados do VDEN sorotipo 1 (VDEN-1) no Brasil ao nível dos genes estruturais C/prM/M/E de 29 cepas isoladas durante epidemias ocorridas no Brasil no período de 1994 a 2008. A identidade nucleotídica entre as cepas de VDEN-1 do estudo em relação às outras isoladas no Brasil variou de 96,1% a 100%, enquanto o percentual de identidade de aminoácidos foi determinado entre 98,4% a 100%. As diferenças de aminoácidos entre as cepas do estudo, quando comparadas com a cepa FGA/89 (Guiana Francesa), mostraram a presença de importantes substituições não-sinônimas com mudança de caráter bioquímico, tais como os resíduos E297 (Met Tre) e E338 (Ser Leu), sendo necessário estudos para verificar se essas alterações podem ou não estar relacionadas à virulência. A análise filogenética para a proteína E, realizada por meio do método de máxima verossimilhança para as cepas do estudo e outras cepas selecionadas do banco de dados do Genbank, mostraram que as cepas de VDEN-1 isoladas no Brasil desde 1982 pertencem ao genótipo V, corroborando com os resultados publicados anteriormente. O tempo de divergência do VDEN-1, estimado através da hipótese de relógio molecular, mostrou que este vírus teve sua origem a partir de uma linhagem ancestral, há aproximadamente, 113 anos e observou-se ainda que as cepas de VDEN-1 circulantes no Brasil e as provenientes da África possuem um ancestral comum, sendo necessário estudos de filogeografia que mostrem as possíveis rotas de entrada do VDEN-1 no Brasil. / Dengue fever is one of the most important arboviral disease distributed to all tropical areas of the world. Dengue virus (DENV) is transmitted mainly by the bite of infected Aedes aegypti mosquitoes. The dispersion of the vector and the increase of migration between countries caused the occurrence of major epidemics and severe clinical manifestations, such as the dengue hemorrhagic fever (DHF) and the dengue shock syndrome (DSS). The objective of this study was the molecular characterization of isolates of DENV-1 in Brazil at the level of structural genes C / prM / M / E of 29 strains isolated during outbreaks occurred in Brazil between 1994 and 2008. The nucleotide identity among strains of this DENV-1 study compared with other strains isolated in Brazil ranged from 96.1% to 100%, while the percentage of amino acid identity was determined between 98.4% to 100%. The amino acid differences between strains of the study, compared with the strain FGA/89 (French Guiana) showed the presence of important non-synonymous substitutions change of the amino acid biochemical character, such as the E297 residue (Met Thr) and E338 (Ser Leu), more detailed studies are needed to investigate if any of them may be related to DENV-1 virulence. The phylogenetic analysis of the E gene, performed using the maximum likelihood method for the studied strains and other strains selected from the database of GenBank showed that the DENV-1 isolates from Brazil since 1982 belonged to genotype V, confirming previously published data. The time of divergence of DENV-1, estimated by molecular clock method, showed that this virus was originated from an ancestral lineage, there are approximately 113 years and it was also observed that DENV-1 strains circulating in Brazil and those from Africa have a common ancestor, and finally it is necessary phylogeographic studies to show the possible routes of entry of DENV-1 in Brazil.

Orientador: Adriane Pinto Wasko / Coorientador: Flávia Torres Presti / Banca: Alexandra Sanches / Banca: Vanessa Paes da Cruz / Resumo: A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie considerada vulnerável à extinção em consequência, especialmente, da perda do seu habitat e do intenso tráfico ilegal. O número estimado de indivíduos em vida livre no Brasil é de 6.500 animais, distribuídos em três regiões: no Pará, no nordeste do país e no Pantanal Matogrossense, onde se encontra a maioria dos exemplares de A. hyacinthinus. Informações sobre a biologia, ecologia e variabilidade genética dessa espécie são fundamentais para subsidiar e elaborar estratégias de conservação de suas populações naturais e cativas. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de diferentes populações de A. hyacinthinus e investigar a dinâmica populacional entre as áreas de distribuição da espécie. Amostras de DNA foram obtidas de 100 exemplares de diferentes localidades e análises genéticas associadas ao primeiro domínio da região controladora do DNA mitocondrial foram realizadas em todos os indivíduos. Um segmento de 498 pares de bases desta região de DNA mitocondrial foi utilizado para caracterizar a estrutura genética populacional dos espécimes de A. hyacinthinus amostrados. As análises evidenciaram a existência de diferenciação genética significativa entre amostras do Pantanal Norte e as demais regiões de distribuição da espécie. Menor grau de diferenciação genética, embora significativo, foi evidenciado entre Pantanal Sul e Pará, Pantanal Sul e Nordeste e entre Nordeste e Pará. O nível de diversidade genética encontrado para a espécie estudada se mostrou similar ao descrito em trabalhos anteriores para A. hyacinthinus e mais baixo do que valores reportados para outras espécies de psitacídeos não ameaçados. A rede haplotípica gerada, em formato de estrela, sugere que a espécie tem passado por expansão recente, cenário também apontado pela curva unimodal obtida para... / Abstract: Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus) is considered as a threatened species, classified as vulnerable, especially due to the habitat loss and intense illegal trade. The total estimated number of wild individuals in Brazil is around 6,500 animals, distributed in three regions: Pará State, Northeast Brazil, and Pantanal of Mato Grosso and Pantanal of Mato Grosso do Sul, where most of the hyacinth macaws can be found. Data about the biology, ecology, and genetic variability of this species are fundamental to support and develop conservation strategies of its natural populations. Therefore, the present study primarily aimed to analyze the genetic structure of different populations of A. hyacinthinus and examine the population dynamics among the distribution areas of the species. DNA samples were obtained from 100 individuals from distinct areas and genetic analyses associated to the first domain of the mitochondrial control region were performed for all samples. A segment of 498 base pairs of this mitochondrial DNA region was used to characterize the genetic population structure of the sampled hyacinth macaws. The analyses showed the existence of a significant genetic differentiation between samples of North Pantanal and the other distribution regions. A low differentiation level, although also significant, was evidenced between South Pantanal and Pará, between South Pantanal and Northeast, and between Northeast and Pará regions. The genetic diversity index for the studied species was similar to reported data in previous studies of hyacinth macaw and lower than those values described for other non-threatening species of parrots. The generated haplotype network, with a star shape, indicates a recent population expansion, a scenery that was also evidenced by the unimodal shape of the populations from Pará and Northeast. However, the obtained bimodal curve for the populations from North Pantanal and South Pantanal suggests that they ... / Mestre

PUBLICAÇÃO INDISPONIVEL CONFORME SOLICITAÇÃO DO AUTOR / Orientador: Marcia Ortiz Mayo Marques / Coorientador: Maria Imaculada Zucchi / Banca: Maria da Paz Lima / Banca: Ernane Ronie Martins / Banca: Carmen Silvia Fernandes Boaro / Banca: Roselaine Facanali / Resumo: Lychnophora ericoides e Lychnophora pinaster são espécies medicinais, endêmicas do Brasil utilizadas na medicina popular, como analgésico, antiinflamatório, no tratamento de contusões e reumatismo. O presente estudo tratou da caracterização genética e da composição química dos óleos essenciais de três populações de L. ericoides (P1 - São Roque de Minas e P2 e P3 - Capitólio), e duas populações de L. pinaster (P4 - Olhos D'Água e P5 - Estrada de Diamantina), coletadas no estado de Minas Gerais. Os óleos essenciais foram extraídos por hidrodestilação e a caracterização da composição química realizada em cromatógrafo gasoso acoplado a espectrômetro de massas. A caracterização da diversidade genética foi realizada utilizando marcador molecular microssatélite. As substâncias majoritárias dos óleos essenciais de L. ericoides da população P1 foram γ- eudesmol, α-muurolol e α-eudesmol e das populações P2 e P3 foram terpin-4-ol, β-atlantol e orto-acetoxi-bisabolol. As principais substâncias da espécie L. pinaster para a população P4 foram o 14-hidroxi-Z-cariofileno e um sesquiterpeno oxigenado e para a população P5 o 14- hidroxi-α-humuleno e ácido-14-oico-α-humuleno. O valor médio da heterozigosidade observada (HO) e esperada (HE) foi de 0,297 e 0,406 para L. ericoides e de 0,222 e 0,307 para L. pinaster, respectivamente. A variabilidade genética foi maior dentro das populações para ambas as espécies, entretanto as populações de L. ericoides também apresentaram alta diversidade entre as populações (FST = 0,370), enquanto que as populações de L. pinaster 2 possui baixa variabilidade entre as populações (FST = 0,014). A análise da AMOVA entre grupo de populações separadas por espécie foi de 9%, sugerindo cruzamento entre as espécies. A análise de agrupamento evidenciou a formação de dois grupos, grupo 1 constituído pela população ... / Abstract: Lychnophora ericoides and Lychnophora pinaster are endemic Brazilian medicinal species used in popular medicine as an analgesic and anti-inflammatory for treating bruises and rheumatism. This study considered the genetic characterization and chemical composition of the essential oils of three populations of L. ericoides (P1 - São Roque de Minas and P2 and P3 - Capitólio), and two populations of L. pinaster (P4 - Olhos D'Água and P5 - Estrada de Diamantina), collected in the State of Minas Gerais. The essential oils were extracted by hydro-distillation and the characterization of the chemical composition was performed by gas chromatography-mass spectrometry. The characterization of the genetic diversity was made using molecular microsatellite marker. The major substances of the essential oils from L. ericoides of P1-population were γ-eudesmol, α-muurolol and α-eudesmol and P2- and P3-population were terpinen-4-ol, β-atlantol and orto-acetoxy-bisabolol. The main substances of the species L. pinaster of P4-population were 14-hydroxy-Z-caryophyllene and an oxygenated sesquiterpene and of P5-population were 14-hydroxy-α-humulene and α- humulene-14-oic acid. The average value of the heterozygosity observed (HO) and expected (HE) were 0.297 and 0.406 for L. ericoides, and 0.222 and 0.307 for L. pinaster, respectively. The genetic variability was higher within populations for both species, however populations of L. ericoides also presented high diversity among the populations (FST = 0.370), while populations of L. pinaster presented low variability among populations (FST = 0.014). The AMOVA analysis between groups of populations separated by species was 9%, suggesting crossing between the species. The cluster analysis highlighted the formation of two groups:... / Doutor