Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T07:27:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 274971.pdf: 2846578 bytes, checksum: f745a914e07ddeda6a34cc83417453f8 (MD5) / O Mal-do-Panamá causado por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC) é um dos principais problemas fitossanitários da bananicultura. Para esta doença, o uso da resistência genética é o método de controle recomendável. Porém, sua eficiência depende tanto de genes de resistência disponíveis como da presença de patótipos do patógeno. Assim este estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade genética de isolados de FOC por meio de descritores morfológicos e marcadores moleculares (RAPD, SSR). Para tanto, foram avaliados 66 isolados coletados em regiões produtoras de Santa Catarina. Os resultados de patogenicidade revelaram que 100% dos isolados foram patogênicos à bananeira da cultivar Enxerto. Quanto às características morfológicas dos isolados não se observou diferenças significativas com relação à taxa de crescimento das colônias, que variaram de 4,4 a 6,6 mm.dia-1. A coloração das colônias sobre meio de cultura BDA variou de branco, salmão e roxo. Os resultados utilizando marcadores moleculares RAPD apresentaram uma variabilidade considerável entre os isolados de FOC, com estimativas de similaridade que variaram de 35 a 98%. Baseado nos 10 marcadores selecionados de RAPD, os 66 isolados foram agrupados em cinco grupos distintos, sendo que o número de indivíduos provenientes das regiões norte e sul do Estado foi igualmente distribuído no primeiro grupo, onde 58 indivíduos foram agrupados. Nos outros quatro grupos formados teve-se somente isolados provenientes do norte do Estado, os quais apresentaram uma maior distância genética quando comparados ao grupo um. A técnica de marcador molecular SSR separou os isolados em três grupos distintos. O primeiro grupo foi constituído de 59 indivíduos provenientes dos diversos municípios onde as coletas foram feitas. O segundo grupo, composto por dois isolados (CO16, JS23), caracterizou-se por apresentar alelo nulo para o marcador MB11. Já o terceiro grupo, formado por quatro isolados (JS26, SI53, SI54, SI55, SI56), apresentou um alelo extra no marcador MB02. No estudo de compatibilidade vegetativa não foi possível observar o pareamento entre os quatro isolados testados não havendo, portanto compatibilidade vegetativa entre os mesmos. Não houve associação dos agrupamentos RAPD e SSR com origens geográficas e características morfológicas da colônia de FOC, visto que os isolados foram distribuídos indistintamente nos grupos.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T07:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 290780.pdf: 1246487 bytes, checksum: abb9a6ccacbcf4dc8b265571f6aa1115 (MD5) / Os objetivos deste estudo foram investigar a partir de marcadores microssatélites a distância e os padrões realizados de dispersão de pólen e sementes, a estrutura genética espacial (EGE) e a dinâmica da endogamia entre gerações de uma população de Araucaria angustifolia, localizada em uma floresta contínua da Reserva Genética de Caçador, estado de Santa Catarina. Para fazer isso, uma parcela de 7,2 ha foi estabelecida no interior da reserva, onde foram mapeadas, sexadas, medido diâmetro a altura do peito (DAP) e genotipadas todas as 290 árvores adultas existentes, além de uma amostra de 223 juvenis. O teste de desequilíbrio de ligação, não detectou nenhum indício de desequilíbrio entre os locos avaliados, indicando que estes podem ser usados em estudos de diversidade genética, estrutura genética espacial, sistema de reprodução e análise de parentesco. Dos 513 indivíduos genotipados a partir de nove locos foram detectados 86 alelos, a heterozigosidade esperada em equilíbrio de Hardy-Weinberg (He=0,639) foi maior que a heterozigosidade observada (Ho=0,559) e o índice de fixação positivo e significativamente diferente de zero (F=0,125), o que indica que a população tem altos níveis de diversidade genética, embora também apresente endogamia. Quando a população foi separada em faixas etárias, os índices de diversidade genética e de fixação diferiram entre adultos e juvenis. Ambas heterozigosidades observada e esperada foram significativamente maiores nos adultos ( =0,580, =0,647) do que nos juvenis ( =0,534, =0,624). O alto índice de fixação observado nos adultos (F=0,096) foi atribuído, em parte, ao efeito Wahlund, devido à presença de EGE na população. Após descontar o efeito Wahlund o índice de fixação diferiu entre adultos (F=0,082) e juvenis (F=0,163). A análise EGE revelou estruturação genética significativa nos adultos e juvenis até 20 m. A EGE foi causada possivelmente pela dispersão de sementes nas vizinhanças da árvore materna e dispersão curta do pólen. O poder de exclusão do par de parentes para o conjunto de locos foi alto ( =0,99998), mostrando que esta bateria de locos tem alto poder para resolver testes de parentescos. O estudo da dispersão de pólen e sementes foi realizado dividindo a população adulta em duas classes etárias, sub-adultos (20 cm<DAP<30 cm) e adultos (DAP 30 cm) e utilizando-se os juvenis. A análise de parentesco indicou que a grande maioria dos parentais maternos e paternos está dentro da parcela, revelando uma baixa taxa de imigração de sementes (5% nos juvenis e 9% nos sub-adultos) e de pólen (5,9% nos juvenis e 14% nos sub-adultos). Este estudo também revelou uma alta frequência de dispersão de pólen (50% até 130 m) e sementes (50% até 133 m) a curtas distâncias. Em conclusão, os resultados indicam que a população estudada é importante para a conservação genética in situ e pode ser utilizada para a coleta de sementes para a conservação ex situ, dado os altos níveis de diversidade genética que ela apresenta. Entretanto, é fundamental considerar que sementes coletadas de polinização aberta vão conter alguns níveis de endogamia advindo do cruzamento entre parentes, devido a presença de estrutura genética espacial na população reprodutiva.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2015-11-03T03:09:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 336037.pdf: 2880450 bytes, checksum: fac37b41535e9928fac0ef43df275ffe (MD5) / O milho doce é uma hortaliça cultivada em muitas partes do mundo, cujas principais finalidades são o consumo in natura e o processamento industrial. Na região Oeste de Santa Catarina, o Projeto Mays- desenvolvido pelo Núcleo de Estudos em Agrobiodiversidade da UFSC - identificou agricultores que conservavam, em suas propriedades, variedades crioulas de milho indicadas como mais doces e, assim, classificadas pelo Censo da Diversidade de Milho (Diagnóstico da Diversidade I) como variedades locais de milho adocicado. Diante disso, o objetivo desta pesquisa foi analisar a diversidade de milho doce e adocicado conservada pelos agricultores familiares dos municípios de Anchieta e Guaraciaba, quanto ao conhecimento e manejo dos agricultores, distribuição espacial e atributos fenotípicos das variedades. Para tanto, durante o ano de 2013, foi conduzido o Diagnóstico da Diversidade II nesses municípios, por meio de entrevistas semiestruturadas junto a famílias de agricultores mantenedores de variedades crioulas de milho adocicado. Os dados gerados a partir das entrevistas foram sistematizados em planilhas Excel e submetidos a análises descritivas, não-paramétricas, multivariadas e espaciais. O diagnóstico permitiu identificar 29 variedades de milho, das quais 19 foram classificados como milhos doces e 10 como milhos adocicados. As variedades de milho doce e adocicado são conservadas, em pequenas propriedades rurais, há uma média de 11,1 e 5 anos, respectivamente. A análise espacial demonstrou que as variedades se encontram amplamente distribuídas pelos dois municípios, embora não estejam presentes em todas as comunidades. Foram identificados 12 diferentes nomes locais, com maior porcentagem de ocorrência do nome Doce. Quatro variedades exclusivas e raras foram identificadas por meio da análise de quatro células, efetuada com base no ?nome local? e ?grupo morfológico?. O Índice de Shannon (H?) calculado para cor, tipo de espiga e tempo de cultivo para milho doce, foi de 0,83, 1,19 e 1,46, respectivamente, e de 1,50, 1,17 e 0,64, para milho adocicado. Os agricultores citaram 71 indicações de valores de uso e preferências para as variedades, a maior parte delas dentro da categoria gastronômica. As variedades crioulas de milho doce e adocicado são utilizadas, quase que em sua totalidade, para consumo da família na forma de milho verde. A análise de agrupamento, com base nos dados morfológicos informados pelos agricultores, separou as variedades de acordo com o tipo de milho (doce e adocicado). O cultivo, o manejo e a seleção das variedades crioulas de milho doce e adocicado são realizados, em 62% dos casos,por mulheres. A idade média dos mantenedores é de 57,8 anos e são poucos os casos em que a propriedade possui sucessor. Além disso, existe pouco interesse dos filhos na conservação das variedades. Na maior parte das propriedades, as variedades crioulas de milho doce e adocicado são cultivadas em sistemas tradicionais, com reduzida utilização de equipamentos agrícolas e limitado consumo de insumos externos. Cerca de 90,0% dos agricultores utilizam estratégias de isolamento (temporal, espacial ou ambos) para produção de sementes, visto que na propriedade são cultivadas variedades crioulas e comerciais de milho comum e pipoca, paralelamente ao cultivo das variedades crioulas de milho doce e adocicado. A quantidade de sementes armazenadas de uma safra para a outra é muito baixa, variando de 1 a 12 espigas em 45,0% dos casos. Para fins de caracterização fenotípica e produção de semente genética, foram coletadas 21 variedades, sendo 11 identificadas como doce e 10 como adocicado, distribuídas por 17 comunidades de Anchieta e Guaraciaba. Das 21 variedades, 19 foram caracterizadas de acordo com descritores de espiga e grão; a análise de agrupamento identificou a formação de sete grupos. Portanto, assim como na análise de agrupamento realizada utilizando descrição morfológica citada pelos agricultores, a análise de agrupamento baseado na caracterização dos descritores para espiga e grão, as variedades de milho doce se agruparam separadamente das adocicado e apresentando maior similaridade entre si, com sete das nove variedades se associaram ao mesmo grupo. A presente pesquisa permite afirmar que os municípios de Anchieta e Guaraciaba apresentam um número significativo de variedades crioulas de milho doce. Contudo, a análise sociocultural e de manejo dos mantenedores demonstrou que as variedades se encontram em constante ameaça de erosão, seja pela idade avançada dos mantenedores, pela falta de sucessão familiar, pela pouca quantidade de sementes armazenadas ou pelos riscos de contaminação com outras lavouras de milho. Dessa forma, os municípios devem ser incluídos em estratégias de conservação in situ-on farm, paralelamente à conservação ex situ, a fim de diminuir os riscos iminentes de perda de variedades. As informações obtidas com este estudo podem colaborar para o desenvolvimento de estratégias integradas de conservação in situ-on farm e ex situ, bem como para a estruturação de um programa de melhoramento participativo de milho doce ajustado às demandas de agricultores tradicionais e aos agroecosssitemas do Oeste catarinense.<br> / Abstract : Sweet corn is a vegetable cultivated in many parts of the world, whose main purposes are consumption in natura and industrial processing. In western region of Santa Catarina (SC), the Mays Project ? developed by Agrobiodiversity Studies Group at Federal University of Santa Catarina ? identified farmers that conserve on farm local varieties as sweeter, and as such, classified by the Corn Diversity Census (Diversity Diagnose I) as varieties of sweetish corn. Therefore, this research aimed to analyze the diversity of sweet and sweetish corn, which are conserved in Anchieta and Guaraciaba by small-scale farmers; the farmers? knowledge and management performed by farmers and; spatial distribution and phenotypical attributes of these varieties. In 2013, Diversity Diagnose (II) was carried out in these two municipalities through semi structured interviews made with the maintainers of sweetish corn. The data was systematized on Excel spreadsheets and submitted to descriptive, non-parametric, multivariate and spatial analyses. The diagnosis allowed to identify 29 local varieties of which 19 were classified as sweet corn and 10 as sweetish corn. Sweet and sweetish varieties have been conserved in small farms for 11.1 and 5 years in average, respectively. According to spatial analysis, the varieties are widely distributed in all yield areas in the two municipalities, although were not present in all communities. A quantity of 12 different local names was identified and a major percentage was named Sweet. Four exclusive and rare varieties were identified by four-cell analysis, which was based on ?local name? and ?morphologic group?. Shannon?s Index (H?) was calculated for color, type of cob and cultivation time; for sweet corn, H? was 0.83, 1.19 and 1.46, and for sweetish corn, H? was 1.50, 1.17 and 0.64, respectively. The farmers cited 71 indications of use and preferences for the varieties, mostly in the gastronomical category. The varieties of sweet and sweetish corn are used almost in their totality for consumption in form of green corn. Grouping analysis based on morphological data informed by the farmers separated the varieties according with type of corn (sweet and sweetish). Women perform cultivation, management and selection of sweet and sweetish corn in 62% of cases. The average age of the maintainers is 57.8 years old and few are the cases where the farm has a successor. In addition, there is little interest of young farmers of conserving the local varieties. In the most of farms, the sweet and sweetish varieties are cultivated in traditional systems through little agricultural equipment and limited external inputs. Isolation strategies (temporal, spatial or both) for seed production are utilized by approximately 90% of thefarmers, since both landraces and commercial corns, and popcorn are cultivated at the same time with sweet and sweetish landraces. The quantity of stored seeds from one season to next is very low, ranging 1 to 12 ears in 45% of the cases. Twenty-one varieties were collected for the purpose of phenotypical characterization and genetic seed production: 11 were identified as sweet and 10 as sweetish, distributed in 17 communities of Anchieta and Guaraciaba. Of 21 varieties, 19 were characterized for ear and grain descriptors; the grouping analysis identified the formation of seven groups. Therefore, as in the grouping analysis held using morphological description cited by the farmers, the grouping analysis based on characterization through ear and grain descriptors, sweet corn varieties were grouped separately from sweetish and showed greater similarity between themselves wherein 7 of the 9 varieties joined the same group.(Rose, refazer essa frase, pois está muito confuse). Significant quantity of sweet varieties are being conserved in Anchieta and Guaraciaba. Nevertheless, the data shows that many factors threat the varieties and contribute for genetic erosion, such as the lack of family succession, small quantity of stored seeds or/and the risk of contamination by other corn farming. Thereby, Anchieta and Guaraciaba must be included in strategies plan of in situ-on farm and ex situ conservation, in order to minimize imminent risks of varieties lost. The information contained within this study can help the development of integrated strategies of in situ-on farm and ex situ conservation, as well as the organization of a participatory breeding program for sweet corn adjusted to the demands of traditional farmers and agroecosystems in western Santa Catarina.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-01T15:19:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2159462 bytes, checksum: b0441893ed64ffdb6b2ab859e1b8ffd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-01T15:19:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2159462 bytes, checksum: b0441893ed64ffdb6b2ab859e1b8ffd2 (MD5) Previous issue date: 2015-04-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O “carrapato do boi” é um parasito que causa danos substanciais na produção de bovinos em áreas tropicais. Embora países como o Brasil tenham progredido em avaliações genéticas para a resistência ao carrapato, essas avaliações normalmente não tem considerado a interação genótipo x ambiente (G*A), o que pode afetar diretamente no ganho genético uma vez que a comparação entre os valores genéticos dos animais é dependente do ambiente. O objetivo desse estudo foi investigar a presença de G*A, utilizando modelos com diferentes pressuposições de variância genética e residual. Foram utilizados 10.673 contagens de carrapatos de 4.363 animais Hereford e Braford e um pedigree que continha 11.967 indivíduos. Nove modelos, sendo dois modelos animais tradicionais (MA) e sete modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) foram investigados. Modelos de um passo e dois passos foram usados para inferir sobre a sensibilidade dos valores genéticos ao ambiente via MHNR. O critério de informação da deviance (DIC) foi utilizado como critério estatístico na escolha do melhor modelo. O modelo de melhor ajuste foi o modelo de normas de reação de um passo com 10 classes de variâncias residuais baseados em percentis das estimativas de grupo de contemporâneos utilizadas como gradiente ambiental. Os modelos de normas de reação de um passo apresentaram as maiores estimativas de variância genética. As estimativas de variância do efeito de ambiente permanente foram, em geral, similares entre os modelos testados e variaram de 0,007 a 0,010. As estimativas de correlações genéticas entre o intercepto e a inclinação para ambos os efeitos variaram de baixa a média magnitude e apresentaram altos desvios padrão o que pode ser um indicativo de independência paramétrica. Estimativas de herdabilidades foram maiores para MHNR em comparação com MA. As estimativas de repetibilidade variaram ao longo do gradiente ambiental (de 0,18 a 0,45), o que implica na importância do efeito de ambiente permanente para a característica de resistência ao carrapato. As médias a posteriori das correlações genéticas ao longo do gradiente ambiental apresentaram um grande platô com valores acima de 0,80 para ambientes de baixa infestação de carrapatos. Os MHNR são uma poderosa ferramenta na identificação e quantificação da G*A além de ser uma alternativa promissora para as avaliações genéticas para resistência ao carrapato em bovinos Hereford e Braford, podendo elevar a eficiência de seleção e progresso genético. Melhores respostas à seleção são também esperadas em MHNR que consideram heterogeneidade de variância residual. Em um segundo estudo, foi incorporada a informação de marcador para comparar a eficiência de modelos animais convencionais e modelos de normas de reação utilizando o procedimento de um passo que combina a informação de marcador a de pedigree e também comparar o desempenho das predições de valores genéticos genômicos (GEBV) obtidos utilizando apenas o fenótipo e a informação de pedigree, como também incorporando a informação de marcador. Quatro diferentes modelos foram testados: dois modelos convencionais (BLUP) e dois de normas de reação de um passo (MNR), sendo um BLUP e um MNR com e sem informação de marcador SNP. Os modelos convencionais apresentaram um pior ajuste em comparação com os modelos de normas de reação. O modelo de normas de reação que incluiu a informação de marcador apresentou estimativa de variância genética inferior ao modelo de normas de reação que não a incluía. Estimativas de herdabilidade e repetibilidade foram, em geral, similares em ambos os modelos e variaram ao longo do gradiente ambiental de 0,07 a 0,46 e 0,20 a 0,60, respectivamente. As correlações genéticas foram notoriamente baixas entre ambientes extremos, o que indica a presença de interação genótipo x ambiente (G*A) para a característica de resistência ao carrapato. As predições de acurácias em um estudo de validação cruzada para os modelos testados foram altas e superiores a 0,55 e 0,59 para os procedimentos de partições “K-means” e partições aleatórias, respectivamente. Esses resultados sugerem que a informação de marcador não contribui para o aumento da acurácia de predição em que estas decrescem à medida que a infestação de carrapatos aumenta e, ou a relação de parentesco entre animais na população de referência e da população de validação diminui. Em um terceiro estudo, os objetivos foram: obter predições de valores genéticos em bovinos Hereford e Braford usando o procedimento de passo único que combina informação de pedigree a de marcador (ssBLUP), estimar os efeitos de marcador das normas de reação associadas com a resistência ao carrapato, bem como identificar genes candidatos derivados dos marcadores SNP mais relevantes. Um modelo de normas de reação de um passo foi ajustado para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos. Para estudar os efeitos de marcadores SNP ao longo de diferentes níveis de infestação de carrapato, foram identificados os 1% SNPs mais relevantes em cada nível de infestação de carrapato e apontadas a similaridade entre estes marcadores ao longo dos níveis. Os efeitos genéticos e de ambiente permanente apresentaram significantes inclinações confirmando a presença de G*A. As correlações entre o intercepto e a inclinação foram positivas e de alta (0,52±0,18) e média (0,26±0,15) magnitudes, respectivamente, para os efeitos genéticos e de ambiente permanente. Dos 410 (1%) de SNPs identificados, 75 foram constantemente relevantes em todos os níveis ambientais e indicaram presença de interação SNP x ambiente. Os SNPs mais relevantes estão localizados nos cromossomos 1, 2, 6, 7, 9, 11, 14, 21 e 23 e genes encontrados próximos a esses marcadores apresentaram variadas funções como metabolismo energético, pigmentação do epitélio da retina, integridade e manutenção de células fotorreceptoras e diferenciação celular. / The cattle tick is a parasite that adversely affects livestock performance in tropical areas. Although countries such as Australia and Brazil have provided genetic evaluations for tick resistance, these evaluations have not typically considered genotype by environment interaction (G*E); hence genetic gains could be adversely affected as breedstock comparisons are environmentally- dependent in the presence of G*E, particularly if residual variability is also heterogeneous across environments. The objective of this study was to investigate the existence of G*E based on various models with different assumptions on genetic and residual variability. Data were collected by the Delta G Connection improvement program including 10,673 tick count phenotypes on 4,363 animals. Nine models including two traditional animal models (AM) and seven different hierarchical Bayesian reaction norm models (HBRNM) were investigated. One-step and two-step modeling approaches were used to infer upon G*E. Model choice was based on the deviance criterion information (DIC). The best-fitting model specified heterogeneous residual variances across 10 subclasses as delimited by every decile of the contemporary group estimates of tick count effects. One-step models generally had the highest estimated genetic variances. Estimates of heritabilities were generally higher for HBRNM than AM. Furthermore, one- step models based on heterogeneous residual variances also generally lead to higher heritability estimates, especially in harsh environments. Estimates of repeatability varied along the environmental gradient (range 0.18-0.45) implying that the relative importance of additive and permanent environment effects for tick resistance is environmentally influenced. The posterior means of the genetic correlations across environmental tick infestation surface plot demonstrated a large plateau above 0.80. HBRNM represent powerful tools to infer G*E and account for their effects for genetic evaluations of tick resistance. Additional increases in accuracies on estimated breeding values are also expected based on HBRNM analyses that additionally consider heterogeneity of residual variances across environments. In a second study, we incorporated marker information to compare a conventional genomic- based single step BLUP model with its one-step genomic reaction norm model extension on tick infestation phenotypes and to compare the performance of genomic estimates breeding values (GEBV) predictions obtained from using only phenotypes and phenotypes plus marker information. Four different models were tested: two conventional animal models, and two one-step reaction norm model with and without genomics. The non reaction norm models seem to be poorer fitting in comparison with its one-step extensions. The reaction norm model including marker information presented lower intercept and slope genetic variance estimates in comparison with the models that included the pedigree-based relationship matrix. Heritability and repeatability estimates were, in general, similar for both models and ranged over the environmental gradient (EG) from 0.07 to 0.46 and from 0.20 to 0.60, respectively. Genetic correlations were remarkably low between extreme EG, indicating the presence of G*E for tick resistance. Cross validation estimates were in average 0.66±0.02, 0.67±0.02, 0.67±0.02 and 0.66±0.02 for BLUP, GBLUP, GLRNM and LRNM, respectively, based on K-means partitioning, whereas GLRNM was 0.71±0.01 and tend to better than BLUP (0.67±0.01), GBLUP (0.70±0.01) and LRNM (0.70±0.01) based on random partitioning. However, no statistical significance was reported between GLRNM and LRNM. Our results also suggest that marker information do not lead for higher prediction accuracies which decreased as the tick infestation level increased and as the relationship between animals in training and validation datasets decreased. In third and last study, was aimed to perform genome-enabled predictions for tick resistance in Hereford and Braford cattle by using single step genomic BLUP methodology (ssGBLUP), to estimate marker effects from reaction norms associated with tick resistance as well as to identify candidate genes derived from the most relevant SNP markers. A one-step reaction norm model was fitted to estimate the (co)variance components and genetic parameters. To study SNP effects across different tick infestation (TI) levels, we identified the top 1% of SNPs in each TI and pointed out to the similarity between these markers across the levels. The additive genetic and permanent environment effects showed significant slope confirming the presence of G*E. Correlations between intercept and slope were positive with high (0.52±0.18) and moderate (0.26±0.15) magnitude for genetic and permanent environment effects, respectively. From the top 1% SNPs (410), 75 were consistently relevant across TI and indicated SNP by environment interaction. The most relevant SNPs were located on chromosomes 1, 2, 6, 7, 9, 11, 14, 21 and 23 and the annotated genes closest these markers showed functions related to energy metabolism, retinal pigment epithelium, maintenance and integrity of the photoreceptor cells, and cell differentiation.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-18T09:46:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 926264 bytes, checksum: 416b10a79cd9725bb4a42f91379a81ee (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T09:46:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 926264 bytes, checksum: 416b10a79cd9725bb4a42f91379a81ee (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superio / As duas espécies de Mycoplasma mais prevalentes na indústria suinícola são Mycoplasma hyopneumoniae e Mycoplasma hyorhinis. Estes patógenos podem causar perdas econômicas significativas para os produtores e para a indústria. Variabilidade genética tem sido observada em cepas de M. hyopneumoniae usando diferentes técnicas de tipificação. Já a diversidade genética de M. hyorhinis tem sido o foco de um número limitado de estudos nos últimos anos. Mycoplasma apresentam numerosas regiões repetitivas (VNTR) no seu genoma, e essas regiões repetitivas são conhecidos por serem sítios ativos para recombinação genética. Isso trouxe em evidencia a hipótese de que a análise em multilocus de repetições em Tandem de número variável (MLVA) seria uma técnica adequada para investigar a variação genética em Mycoplasma. Portanto, o objetivo principal desta dissertação foi investigar a distribuição não aleatória dos genótipos de diferentes localizações geográfica usando análise em multilocus de repetições em Tandem de número variável (MLVA) para tipificar M. hyopneumoniae e M. hyorhinis avançando o conhecimento sobre a diversidade genética e epidemiologia desses agentes. Quando o foco foi o estudo da diversidade genética de M. hyopneumoniae, um elevado número de tipos de MLVA parecem circular entre rebanhos de suínos com uma distribuição não aleatória dos tipos de MLVA entre regiões. Um único tipo comum não foi identificado entre as amostras obtidas a partir de todas as regiões em estudo. Do mesmo modo, foi observada a diversidade genética de M. hyorhinis, com uma variação limitada em um dos VNTRs alvo. Um ponto relevante observado neste estudo foi a identificação de diferentes tipos de MLVA no mesmo animal em diferentes tipos de amostras, o que sugere que o animal foi colonizado por diferentes cepas. Com foco na indústria de suínos do Brasil, uma das mais importantes do mundo, um estudo específico observou uma elevada diversidade de cepas de M. hyopneumoniae em circulação no país. A comparação entre o número de repetições em tandem (TR) no P97 RR1 e RR3 P146 mostrou uma correlação negativa significativa o que pode sugerir um possível mecanismo compensatório que permitiria a bactéria manter sua capacidade de aderência completa mesmo após a redução da TR em RR1-P97. Em conclusão, a identificação da heterogeneidade genética de M. hyopneumoniae e M. hyorhinis ajudará investigações epidemiológicas ou de surtos locais e ajudará conceber estratégias de controle futuras, bem como servir como uma ferramenta potencial para o estudo da biologia evolutiva da espécie. / The two most prevalent Mycoplasmas species present in the swine industry are Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis. These pathogens can cause significant economic losses for producers and for the industry. Genetic variability has been observed in M. hyopneumoniae using different techniques and heterogeneity of M. hyorhinis has been the focus of a limited number of studies in the past years. The fact that Mycoplasma genomes contain numerous repetitive regions (VNTR) within their DNA and that they are known to be active sites for genetic recombination has prompted the hypothesis that Multiple locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) would be an appropriate technique to investigate genetic variation in Mycoplasma. Therefore, the main goal of this dissertation was to investigate the non random distribution of genotypes from different geographical location using multiple locus variable tandem repeat analysis (MLVA) to type M. hyopneumoniae and M. hyorhinis and advance the knowledge on the genetic diversity and the epidemiology of these pathogens.When the M. hyopneumoniae study was taken in account, a high number of M. hyopneumoniae MLVA types appear to circulate among swine herds with a non-random distribution of the MLVA types among regions, also a common type was not identified among samples obtained from all regions in this study. Likewise, heterogeneity of M. hyorhinis was observed, with limited variation in one of the target VNTR in the M. hyorhinis study. A relevant point observed in this study was that different MLVA types were identified in the same animal in different sample types, which suggests that the pig was colonized with different strains. With a focus on Brazil pig industry, one of the most important in the world, a specific study observed a high heterogeneity of M. hyopneumoniae strains circulating in the country, and the comparison between the number of tandem repeats (TR) in RR1 P97 and RR3 P146 showed a significant negative correlation that may suggest a possible compensatory mechanism that would allow the bacterium to keep its full adhesion capacity even after reduction of TR in RR1-P97. In conclusion, the identification of the genetic heterogeneity of M. hyopneumoniae and M. hyorhinis will assist local epidemiological or outbreak investigations, design future control strategies as well as serve as a potential tool to study the evolutionary biology of this species.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-27T14:27:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1652814 bytes, checksum: eb04b97fc0b892ebed6c35181487174a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-27T14:27:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1652814 bytes, checksum: eb04b97fc0b892ebed6c35181487174a (MD5) Previous issue date: 2015-08-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Infectious bronchitis virus (IBV) é uma das principais causas de perdas econômicas na indústria avícola, afetando galinhas de todas as idades, apesar das tentativas de controle por vacinação. Os objetivos deste estudo de três capítulos propôs-se: 1) analisar a composição genética das vacinas vivas H120 e Ma5 de IBV disponíveis comercialmente no Brasil, 2) promover a caracterização molecular de IBV acometendo um plantel de matrizes e, 3) investigar persistência viral nesse lote ao final do ciclo de produção e verificar a ocorrência de transmissão vertical. No capítulo 1 foi obtida a sequência completa do gene S1 das vacinas produzidas por diferentes laboratórios, sendo verificada que as vacinas H120 possuem subpopulações de IBV distintas, refletindo em até 14 diferenças na sequência de aminoácidos entre as vacinas. Na análise do cromatograma de S1 obtida da vacina Ma5 também foi detectado pico secundário, sugerindo a presença de subpopulação do vírus. Para abordar essa questão foi desenvolvido um sistema para identificar a população de espécies de RNA dessa vacina. Apesar de ser clonada foram identificadas pelo menos cinco subpopulações do vírus intra-vacina. Portanto, essa grande diversidade genética entre as vacinas poderia justificar os diferentes resultados da vacinação. No capítulo 2, a sequência parcial de S1 de IBV foi obtida diretamente de amostras clínicas. A vacina Ma5, previamente utilizada nesse lote, foi detectada na traqueia e no intestino delgado; enquanto subpopulação de IBV variante foi identificada em órgão específico das aves. Esse achado tem grande importância sob o ponto de vista aplicado porque ele ilustra o potencial repertório patogênico que a infecção por IBV de campo pode imputar sobre um lote de galinhas acometidas pela doença. Finalmente, no capítulo 3, diferentes órgãos dessas galinhas em final de produção e líquido cório-alantoide (LCA) de embriões vivos com 18 dias de incubação oriundos desse lote foram utilizados para a detecção e identificação de IBV. A vacina Ma5 foi detectada no intestino delgado, rins e oviduto das galinhas e no LCA de embriões. No entanto, nas tonsilas cecais foi detectado IBV com significativa diferença genética na comparação com a vacina Ma5 previamente utilizada e aqueles identificados nos diferentes órgãos das aves na época da doença. Esses achados sugerem que além da vacina, outras subpopulações de IBV podem persistir por longos períodos no hospedeiro e, pelo menos em galinhas em final de produção a vacina Ma5 pode ser transmitida verticalmente. / Infectious bronchitis virus (IBV) is a major cause of economic losses in the poultry industry, affecting chickens of all ages, despite attempts to control by vaccination. The objectives of this three-chapter study were: 1) analyze the genetic makeup of the 120 and Ma5 IBV vaccines strains available commercially in Brazil, 2) promote the molecular characterization of IBV affecting one broiler breeding flock and, 3) to investigate IBV persistence in this flock at the end of the production cycle and to verify the occurrence of vertical transmission. In chapter 1, the complete sequence of the S1 gene of vaccines produced by different laboratories was obtained and verified that the vaccines of the strain H120 have different subpopulations, resulting in up to 14 amino acid sequence substitutions among the vaccines. On the other hand, the analysis of Ma5 strain S1 gene an additional peak was detected suggesting the presence of subpopulation of the virus. To address this issue a system to identify the population of RNA species of the vaccine was developed. Despite being cloned, at least five subpopulations of genotypes were detected with in a Ma5 batch. Therefore, this great genetic diversity among the vaccines could justify the different vaccination reactions/results. In chapter 2, partial sequence of S1 of the IBV was obtained directly from clinical specimens. In alignment with the Ma5, which was previously used therein, the same was detected in the trachea and small intestine; while subpopulation of IBV variant was identified in specific organ of birds. This finding has great importance from the applied point of view because illustrates the potential pathogenic repertoire that infection by field IBV can charge on the same lot of chickens affected by the disease. Finally, in chapter 3, different organs of breeders at the end of production and allantoic fluid of embryos with 18 days of incubation deriving this flock were used for the detection and identification of IBV. The Ma5 vaccine was detected in small intestine, kidneys and oviduct of the chickens, and also in the allantoic fluid embryos. However, in the cecal tonsils, IBV was detected in significant genetic difference in comparison with the previously used Ma5 vaccine and those detected in different organs of the birds at the time of disease. These results suggest that in addition to vaccine, other (s) subpopulation (s) of IBV can persist for long periods in the lost least chickens at the end of production Ma5 vaccine can be transmitted vertically.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:50Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10912.pdf: 489538 bytes, checksum: a31cdbf32d17c5739e275f6c404f998e (MD5) / Item withdrawn by Andrea Hayashi (deachan@gmail.com) on 2016-01-22T14:04:18Z Item was in collections: Em verificação - Dissertações e teses (ID: 50) No. of bitstreams: 2 Publico-10912.pdf: 489538 bytes, checksum: a31cdbf32d17c5739e275f6c404f998e (MD5) Publico-10912.pdf.txt: 99064 bytes, checksum: 19968453e528a64deb0c57251df53017 (MD5) / Item reinstated by Andrea Hayashi (deachan@gmail.com) on 2016-01-22T14:06:22Z Item was in collections: Em verificação - Dissertações e teses (ID: 50) No. of bitstreams: 2 Publico-10912.pdf: 489538 bytes, checksum: a31cdbf32d17c5739e275f6c404f998e (MD5) Publico-10912.pdf.txt: 99064 bytes, checksum: 19968453e528a64deb0c57251df53017 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2014-08-06T17:57:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 327054.pdf: 1959405 bytes, checksum: acea8532c84c4cac245e7125179e1098 (MD5) Previous issue date: 2014 / A fragmentação florestal é reconhecida como um dos principais fatores de ameaça as populações naturais, pois causa ruptura na continuidade de habitats. Esse processo provoca mudanças tanto nas características da estrutura da paisagem quanto nos índices genéticos de determinadas espécies. Este trabalho teve como objetivo indicar estratégias e áreas efetivas de conservação de Apuleia leiocarpa, Cedrela fissilis e Myrocarpus frondosus, por meio da análise da paisagem e da diversidade genética dessas espécies. Para isso, foram amostradas nove populações adultas para cada espécie e cinco populações jovens para A. leiocarpa, bem como, caracterizados o uso e cobertura do solo onde se inserem suas populações. Foram estimados índices de diversidade genética empregando eletroforese de isoenzimas e a análise da estrutura da paisagem, empregando métricas da paisagem referentes a seis classes de uso e cobertura, num Buffer de 4 km a partir do centróide dos fragmentos. Em termos genéticos as espécies caracterizadas neste trabalho, apresentaram em média alta diversidade genética e elevado índice de fixação, sendo que as populações jovens de A. leiocarpa, apresentaram um baixo índice de fixação. M. frondosus apresentou elevada estruturação das populações. Em termos de paisagem, a cobertura florestal se encontra fragmentada e a matriz composta por agricultura, reflorestamento e pastagens. A análise das informações referentes ao uso do solo e a diversidade genética das três espécies mostraram que as áreas mais fragmentadas apresentaram fragmentos menores, com maior densidade das bordas, menor índice de área-núcleo, formato mais irregular, elevado grau de divisão da paisagem e maior distância entre os fragmentos. Nestas áreas há presença maior do número de alelos, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), assim como, o número de alelos raros e exclusivos. Os resultados obtidos indicaram a importância de pequenos fragmentos na conservação e manutenção da diversidade genética dessas espécies, mesmo estando sobre forte pressão antrópica, possivelmente em decorrência das característica ecológicas das espécies estudadas. O trabalho reflete a relevância de alinhar o estudo de genética de populações e o contexto da paisagem na conservação dos recursos florestais.<br>

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T21:15:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 329785.pdf: 2085623 bytes, checksum: a5f2b461892ed6a8257e429781bebdc3 (MD5) Previous issue date: 2014 / O palmiteiro (Euterpe edulis) e a canela preta (Ocotea catharinesis) são duas espécies estruturantes da Floresta Ombrófila Densa catarinense, ambas consideradas ameaçadas de extinção. O bioma Mata Atlântica, a exemplo de outros, teve sua área severamente reduzida e fragmentada devido ao histórico de uso e ocupação. Dessa maneira, entender quais as relações entre os processos antrópicos de redução e fragmentação de área e a diversidade genética das espécies torna-se vital, no sentido de se modelar estratégias efetivas de conservação. O objetivo deste estudo foi estabelecer relações entre características da paisagem atual e indicadores de diversidade genética histórica (adultos) e atual (regenerantes) de populações de Euterpe edulis e Ocotea catharinensis, visando fundamentar estratégias de conservação para populações das espécies da FOD em Santa Catarina. Foram genotipadas 20 populações de indivíduos adultos e nove de indivíduos regenerantes de palmiteiro, além de 17 populações de indivíduos adultos e sete de indivíduos regenerantes de canela preta. Ademais, para cada unidade amostral foram obtidas métricas de classe e de mancha, para a análise da paisagem. Posteriormente, os dados de genética e de paisagem de cada espécie e coorte, foram ordenados, por meio de análises de componentes principais (PCA) visando identificar paisagens mais favoráveis à conservação de diversidade genética. Além disso, a fim de verificar que magnitude da diversidade genética, de ambas as espécies, está contida nas UCs estudadas foram realizadas comparações entre as populações de áreas particulares e populações que estão em Unidades de Conservação (UCs). Ambas as espécies apresentaram, de maneira geral, alta diversidade genética, para ambas as coortes, bem como altos índices de fixação para a coorte adulta. No caso do palmiteiro, houve uma redução média expressiva do índice de fixação na coorte regenerante, fato não observado para a canela preta. As populações, de ambas as espécies apresentaram baixa divergência genética interpopulacional. A paisagem do entorno de cada fragmento é ocupada majoritariamente por florestas em estágio médio ou avançado, e a média de área dos fragmentos estudados foi de 2261 ha para o palmiteiro e de 2959 ha para a canela preta. As relações importantes entre os índices de diversidade genética e os indicadores de paisagem foram poucas, não sendo suficientes para apontar fragmentos ou situações "ideais" para a conservação da diversidade genética das espécies estudadas. Agregar aspectos relacionados ao histórico de uso e exploração dos fragmentos, bem como uma revisão de quais métricas a serem utilizadas nas análises se fazem necessárias, para um melhor entendimento das relações entre paisagem e genética. As UCs avaliadas capturam a maior parte da diversidade genética estimada para os adultos das duas espécies. Pelos resultados em termos de diversidade genética e pela versatilidade de uso sugere-se que as medidas de conservação para o palmiteiro devam privilegiar o uso da espécie, especialmente de seus frutos. O estímulo à conservação de fragmentos por parte de agricultores, bem como à criação de Reservas Particulares do Patrimônio Natural e a utilização da espécie em programas de restauração florestal são ações indicadas como prioritárias para a conservação da canela preta.<br> / Abstract: The palmiteiro (Euterpe edulis) and the canela preta (Ocotea catharinensis) are two structuring species of Santa Catarina's Dense Ombrophilous Forest (DOF), both species are considered endangered. The Atlantic Forest biome, like others, had its area severely reduced and fragmented due to historical use and occupation. Thus, to understand which relations between anthropic processes of reduction and fragmentation area and genetic diversity of the species becomes vital in order to model effective conservation strategies. The aim of this study was to establish relations between characteristics of the current landscape and indicators of historical (adults) and current (saplings) genetic diversity of Euterpe edulis and Ocotea catharinensis, aiming support conservation strategies for the species populations of DOF in Santa Catarina. Twenty populations of adults individuals and nine populations of saplings individuals of palmiteiro were genotyped, as well 17 populations of adults individuals and seven populations of saplings individuals of canela preta. Moreover, for each sample unit were obtained class and patch metrics, for landscape analysis. Subsequently, data from genetic and landscape of each species and cohort were ordinated through principal component analysis (PCA) to identify most favorable landscapes for conservation of genetic diversity. Furthermore, in order to verify which magnitude of genetic diversity of both species is contained in Protected Areas (PA) studied, comparisons between populations of particular areas and populations that are at PA were performed. Both species presented, in general, high levels of genetic diversity, for both cohorts, as well as high fixation indexes for the adult cohort. In the case of palmiteiro, there was a significant mean reduction in the fixation indexes in sapling cohort, which was not observed for canela preta. The populations of both species showed low interpopulation genetic divergence. The landscape around each fragment is mostly covered by forests in middle or advanced stage, and the average area of the studied fragments was 2261 ha to palmiteiro populations and 2959 ha to canela preta populations. Few were the relations between indices of genetic diversity and landscape indicators, and they are not sufficient to indicate "ideal" fragments or situations for the conservation of genetic diversity of the species studied. Aggregate aspects related to land use and exploitation of fragments, as well as a review of which metrics should be used in the analyzes are needed for a better understanding of the relations between landscape and genetics. Due the results in terms of genetic diversity and due to its versatility ofuse, it is suggested that the conservation measures for palmiteiro should encourage the use of the species, especially its fruits. Encouraging the conservation of fragments remnants by farmers, as well as the creation of Private Reserves of Natural Heritage and use of the species in forest restoration programs are listed as priority actions for the conservation of canela preta.

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 thaysse_leite_ioc_mest_2012.pdf: 7565112 bytes, checksum: ca76c2180dbd28697c61c22419476ef0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-05-21 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo HIV-1 écaracterizada por um período assintomático extremamente variável entre os indivíduos, o que permitiu a descrição de diferentes perfis de progressão para aids, os quais tem sido associados a características específicas do hospedeiro e/ou do vírus, tal como o subtipo viral. Diante do exposto, como o Rio de Janeiro apresenta uma cocirculação dos subtipos B, F1, recombinantes BF1, além da variante B\201Ddo subtipo B, e háum suporte do governo quanto a realização dos exames de rotina, o que permite o monitoramento dos pacientes HIV-1 positivos, foi possível a caracterização desses quanto ao perfil de progressão para aids. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo avaliar a associação dos subtipos de HIV-1 circulantes no Rio de Janeiro com os distintos perfis de progressão e analisar em um subconjunto de pacientes a mudança do uso do correceptor de entrada utilizado pelo vírus em dois momentos distintos da infecção, antes e após a progressão. A casuística deste estudo foi composta por pacientes HIV-1 positivos que de acordo com seu acompanhamento clínico foram classificados nos distintos perfis de progressão para aids: Progressores Rápidos (PR \2013 progressão em até3 anos), Progressores Intermediários (PI - progridem a partir de 4 anos de infecção) e Não progressores de longo termo (LTNP - mais de 10 anos de infecção sem progressão). A subtipagem das amostras foi realizada a partir da região C2-V3 da gp120 do envelope viral através da análise filogenética pelo método Neighbor-Joining com modelo de substituição de Tamura-Nei, utilizando-se o programa Mega e análise de recombinação pelo método de boostcan do programa Simplot Das 486 amostras classificadas quanto ao seu perfil de progressão, 285 eram PI, 179 PR e 22 LTNP. Destas, 238 foram caracterizadas quanto ao subtipo, sendo 84,5% pertencentes ao subtipo B (destes 28,9% B\201D); 9,2% F1; 3,4% C; 1,3% D; 1,3% BF1 e 0,4% CRF01_AE, esta distribuição concorda com a descrita em estudos prévios com indivíduos do Rio de Janeiro. Dos 92 PR, 54,3% foram caracterizados como B, 22,8% B\201D, 12% F1, 4,3% C, 3,3%D, 1,1% AE e 2,2% BF1. Dos 131 PI, 64,1% pertenciam ao subtipo B, 24,4% B\201D, 7,6% F1, 3,1% C e 0,8% BF1. Dos 15 LTNP, 60% foram B, 33,3% B\201De 6,7% F1. Nossos achados apontam para uma maior porcentagem do subtipo F1 em PR, porém sem significância estatística. Contrapondo-se a outros estudos prévios, não foi verificada associação entre progressão mais lenta e a variante B\201D. As análises de predição do uso do correceptor foram realizadas para 29 indivíduos. A maior parte dos indivíduos caracterizados como subtipos B, B\201De F1 apresentou a form a viral R5 em ambos momentos estudados, no entanto uma alta proporção de vírus X4 (42,9%) foi detectada em indivíduos classificados como B\201D, fato que corrobora a ausência de associação da variante B\201Dcom a progressão mais lenta. No seu conjunto, os resultados deste trabalho reforçam a necessidade de melhor se compreender características virais que possam apontar marcadores de prognóstico para a aids / The HIV - 1 infection is characterized by an asymptomatic period highly variable among the in dividuos leading to a description of different profiles to aids progression , which have been associated with specific characteristics of the host and/or virus, such as viral subtype. Given the above, as Rio de Janeiro city has a a co - circulation of subtype s B, F1, BF1 recombinants in addition to B ” variant of subtype B, and there is a government support for routine exames allowing a good clinical follow up of the HIV - 1 infected patients, it was possible to characterize them in the distinct aids progression profiles. Therefore , this study aimed to evaluate the association between HIV - 1 subtypes circulating in Rio de Janeiro with distinct progression profiles and analyse the shift of the use of the correceptor used by virus in a subset of patients at two diff erents periods of infection, before and after progression. The subjects of this study consisted of HIV - 1 seropositives which were classified according to their profile progression: rapid progressors (RP – less than to 3 years to aids progression), intermed iate progressors (IP – progression after 4 years of infection), and long - term non - progressors (LTNP - more than 10 years of infection without progression). The samples subtyping was performed based on the C2 - V3 region of gp120 of the envelope viral by usi ng Neighbor - Joining phylogenetic inferences with Tamura - Nei substituition model, in Mega program and recombination analysis b y bootscan method i n Simplot. From 486 classified samples, 285 were as IP, 179 as RP and 22 as LTNP. From those, 238 were subtype c haracterized , being 84.5% B (28.9% B"); 9.2% F1, 3.4 % C, 1.3% A, 1.3% and 0.4% CRF01_AE BF1, this distribution goes in agreement with those reported in previous studies with individuals from Rio de Janeiro. From those 92 characterized as RP, 54.3% were cl assified as B, 22.8% B ", 12% F1, 4.3% C 3.3% D 1.1% and 2.2% AE BF1. From those 131 IP, 64.1% classified as B, 24.4% B ” , 7.6% F1, 3.1% C and 0.8% BF1. From those 15 LTNP, 60% were B, 33.3% B ” and 6.7% F1. Our findings depicted a higher percentage of sub - s ubtype F1 in RP, even thought no statistical significance was observed. Distinct to the previous studies, no association between slower progression and variant B" was verified . The coreceptor predition analisys were performed for 29 patients . Most individu als characterized as subtypes B, B ” and F1 presented R5 viral form in both periods, however, a high proportion (42,9%) of X4 virus was detected in individuals classified as B ” , fact consistent with no association among var iant B ” and slower progression. Ta ken together, our results shows the necessity of better understanding the viral characteristics that may reinforce prognostic markers for aids.