O estudo de 135 acessos de batata-doce (Ipomoea batatas L. Lam), do Banco de Germoplasma da Embrapa-CNPH, constituída com materiais oriundos de todas as regiões brasileiras, materiais do CIP-Peru e materiais dos Estados Unidos, Japão e Peru, com marcadores microssatélites e descritores morfoagronômicos, permitiu obter informações sobre a diversidade genética e a distribuição desta diversidade dentro e entre regiões geográficas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética destes 135 acessos de batata-doce, a partir de oito locos de microssatélites, de 21 descritores morfológicos, que totalizaram 124 caracteres diferentes entre parte aérea e raiz tuberosa, e de caracteres agronômicos através da porcentagem de matéria seca, porcentagem de umidade e produtividade por planta. Podemos ressaltar que mesmo com o elevado número de acessos (135) e o elevado número de caracteres morfológicos (97) para a parte aérea avaliados neste trabalho, houve a expressão de 77% e dos (69) caracteres morfológicos da raiz, houve a expressão de 80% desses caracteres. A ausência de 23% e 20% dos caracteres avaliados para parte aérea e raiz, respectivamente, pode ser decorrente da sua não ocorrência no material avaliado, e em parte pela dificuldade de identificá-los na planta, por ser subjetivo ou qualitativo, uma vez que o resultado varia com o avaliador, principalmente para as características relacionadas à cor e forma. O grau de similaridade morfológica foi de 0,13 a 0,83, e o grau de similaridade molecular foi de 0,23 a 1,0 obtidos pelo coeficiente de Jaccard (J). Conclui-se que os materiais da Coleção do Banco de Germoplasma do CIP-Peru e dos demais países (Estados Unidos, Japão e Peru) não são geneticamente distintos dos materiais do Brasil, ou seja, não foram agrupados separadamente. Existe alta variabilidade entre os materiais estudados, que se verifica pelo coeficiente de similaridade de Jaccard para ambos os dados moleculares e morfológicos. Para ambos os marcadores, morfológicos e moleculares, a maior parte da variação ocorre dentro das regiões. / The study of 135 accessions of sweet potato (Ipomoea batatas L. Lam), from the Germplasm Bank of Embrapa-CNPH, constituted by materials from all Brazilian regions, from CIP-Peru and from the United States, Japan and Peru, with microsatellite markers and morphoagronomic descriptors, provided information about the genetic diversity and distribution of this diversity within and among geographic regions. The objective of this study was to characterize the genetic diversity of 135 accessions of sweet potato with eight microsatellite loci, 21 morphological descriptors, which totaled 124 different characters among the aerial vegetative and tuberous roots traits, and agronomic characters such as the dry matter percentage, moisture percentage and plant yield. We emphasize that even with the high number of accessions (135) and the large number of morphological characters (97) among to aerial vegetative traits assessed in this study, 77% of these traits were expressed and of the tuberous roots (69) morphological traits, 80% of these were expressed. The absence of 23% and 20% of the characters evaluated for aerial vegetative and tuberous roots traits, respectively, may be due to their non-occurrence in the material evaluated, and in part by the difficulty of their identification in the plants, considering that due to the fact of being subjective or qualitative, the results vary with the evaluator, especially for the characteristics related to color and shape. The degree of morphological similarity varied from 0.13 to 0.83, and the degree of molecular similarity varied from 0.23 to 1.0, both obtained by the Jaccards coefficient. It is concluded that the materials from the Germplasm Bank of CIP-Peru and other countries (United States, Japan and Peru) are not genetically distinct from the materials from Brazil, or were not grouped separately. There is high variability among the studied materials, verified by the Jaccards similarity coefficient for both molecular and morphological data. Also, for both markers, morphological and molecular, most of the variation occurs within regions.

Uma coleção nuclear consiste de um grupo de acessos selecionados para representar a diversidade genética de uma coleção com um mínimo de redundância. Essa estratégia permite priorizar e concentrar a aplicação de recursos de modo a formar uma base de informações mais completa sobre este conjunto de acessos. O objetivo deste estudo foi o desenvolvimento da coleção nuclear de soja e a validação da mesma, utilizando cinco estratégias de amostragem. Foram reunidas todas as informações disponíveis dos dados de passaporte e de caracterização e avaliação de 18 caracteres quantitativos de 15.559 acessos da subcoleção de germoplasma de Glycine max (L.) Merrill, do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA). A intensidade de amostragem para todas as estratégias foi de 10,28%, resultando em 1.600 acessos para cada coleção base obtida. A primeira coleção nuclear foi obtida pela amostragem ao acaso (estratégia A). As outras quatro coleções nucleares foram obtidas através da combinação de dois procedimentos para a escolha do numero de acessos em cada grupo (proporcional e logarítmico) e de dois procedimentos para a escolha dos acessos em cada grupo (amostragem ao acaso e amostragem baseada na analise multivariada dos caracteres quantitativos), gerando as seguintes estratégias: proporcional (P), logarítmica (L), proporcional multivariada (PMV) e logarítmica multivariada (LMV). As estimativas de parâmetros (médias, variâncias e amplitudes de variação), os testes estatísticos e as distribuições de freqüências indicaram haver diferenças entre as cinco coleções nucleares, quando comparados com a coleção base. Porém todas são consideradas aceitáveis para representar a coleção base, visto que mais que 70% das médias e amplitudes das características não foram significativamente diferentes das médias e amplitudes da coleção base. A coleção nuclear desenvolvida pela estratégia A foi a que melhor representou a estrutura genética da coleção base em termos estatísticos. Porém, este tipo de amostragem pode não incluir os acessos cuja proporção na coleção base é pequena. As estratégias P e L, embora não maximizem a representatividade das coleções nucleares em termos estatísticos, atendem melhor aos requisitos do melhoramento genético quanto à preservação da variabilidade. Neste sentido, as estratégias PMV e LMV produziram as duas melhores coleções nucleares, com uma ligeira superioridade da primeira. Estas se caracterizam por manter a máxima variabilidade e o mínimo de redundância dos acessos. Assim, optou-se por formar uma coleação nuclear composta de 1.600 acessos, utilizando a estratégia PMV. / A core collection is a group of accessions selected to represent the genetic variability of the entire germplasm collection of a species with minimum redundancy. Core collection construction is strategic because it allows prioritization of assessment, characterization and resource application in a manageable group of accessions of a species. The main objective of this study was to develop and validate a soybean core collection using five sampling strategies. All the available information was gathered from passport and characterization (qualitative) data and 18 quantitative traits from 15,558 accessions of the Glycine max (L.) Merrill germplasm subcollection from the United States Department of Agriculture (USDA). The sampling intensity for all the strategies was 10.28% resulting in 1,600 accessions for each entire collection obtained. The first core collection was obtained by random sampling (strategy R). The other four core collection were obtained by the combination of two procedures to choose the number of accession in each group (proportion and logarithm) and two procedures to choose the accessions in each group (random sampling and sampling based on multivariate analysis of the quantitative traits) that generated the following strategies: proportional (P), logarithmic (L), proportional multivariate (MVP) and logarithmic multivariate (MVL). The parameter estimates (means, variances and variation amplitudes), the statistical tests and frequency distributions indicated that there were differences among the five core collections compared with the entire collection. But all were considered acceptable to represent the entire collection because more than 70% of the means and amplitudes of the characteristics were not significantly different from the means and amplitudes of the entire collection. The core collection developed by strategy R best represented the genetic structure of the base collection in statistical terms. But this type of sampling may not include the accession whose proportion is small in the entire collection. Strategies P and L, while not maximizing the representativeness of the core collection in statistical terms, were superior in terms of variability preservation for breeding purposes. In this sense, the MVP and MVL strategies produced the two best core collections with the first being slightly superior. The MVP sampling strategy was characterized by maintaining the maximum variability and minimum redundancy of the accessions, and therefore, was chosen to form the soybean core collection consisting of 1,600 accessions.

No esquema de cruzamentos do dialelo parcial circulante interpopulacional (DPCI) cada linhagem da população é cruzada com s linhagens da população contrastante. O objetivo deste trabalho foi estudar o efeito do número s nas estimativas de capacidade geral de combinação (CGC) e capacidade especifica de combinação (CEC) de linhagens S1 para duas populações contrastantes (GN-03 e GN-04) de milho (Zea mays L.). Dois dialelos (DPCI A e DPCI B) com 50 linhagens cada, foram cruzadas (GN-03 x GN-04) usando s=6, de acordo com o esquema circulante de cruzamento. Dos 300 híbridos possíveis de cada dialelo, foram obtidos 297 no DPCI (A) e 282 no DPCI B. Os híbridos foram avaliados em três locais (Piracicaba-SP e Uberlândia-MG, com três repetições; e em Jataí-GO com duas repetições); o DPCI B foi avaliado somente nos dois primeiros locais. Os híbridos foram divididos em seis experimentos para cada DPCI. As análises foram realizadas para cada experimento e agrupadas posteriormente; os caracteres analisados foram peso de espigas (t/ha) e altura de planta (cm). As análises do DPCI foram realizadas para diferentes tamanhos de s, a saber, s=3, 4, 5, e 6. A produtividade média dos híbridos S1 x S1 nos dois grupos variou de 94% a 99% em relação à média das testemunhas em Uberlândia e Piracicaba. Na época safrinha avaliada em Jataí, a média dos híbridos foi 17% superior a média da testemunha. A fonte de variação CEC não mostrou significância em todos locais e caracteres avaliados. Em alguns casos a perda de graus de liberdade para a fonte de variação CEC com a redução de s, diminuiu o poder do teste de F. A redução de s levou a uma maior variação das estimativas de CGC e também a uma diminuição na precisão das estimativas de CEC. Os coeficientes de correlação (r) entre os valores obtidos pelo modelo reduzido ( j i ij gˆ + gˆ + ˆ = Y ˆ m ) com os observados ( ij ij j i ij e + s + g + g + = Y m ) foram calculados para ambos os dialelos em todos os locais. Os maiores coeficientes de correlação foram observados com os menores valores de s, induzindo à falsa interpretação de que as estimativas de CEC têm pouca influência na média do híbrido.Resultados consistentes foram obtidos quando utilizou-se o mínimo de cinco cruzamentos por parental (s=5), pois pode-se obter estimativas significativas e adequadas de CGC e CEC. As estimativas de componentes de variância ao nível interpopulacional foram estimados para o caráter peso de espigas, usando s=6 . As estimativas de variância aditiva expressas em (g/planta)2 foram 120,56, 61,92 e 38,44 para os locais Piracicaba, Uberlândia e Jataí, respectivamente. A variância de dominância foi superior a variância aditiva ao nível interpopulacional em todos os locais. As relações encontradas foram 6,05, 4,30 e 7,15 para os locais Piracicaba, Uberlândia e Jataí, respectivamente evidenciando a importância dos efeitos não aditivos entre as populações. / In the partial mating scheme, each line of one population is crosses with a number (s) of lines of the opposite population. The objective of this work was to study the effect of the number s in the estimates of general combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA) of S1 lines from two contrasting populations (GN-03 and GN-04) of maize (Zea mays L.) crossed according to the partial diallel. Two groups (GA and GB) of fifth S1 lines were randomly crossed (GN-03 x GN-04) using s=6. From the 300 possible crosses in each group, some were last resulting 297 in GA and 282 in GB. Crosses were evaluated in three locations (Piracicaba-SP and Uberlandia-MG with three replications; and Jatai-GO with two replications); group GB was evaluated only in the first two locations. The whole set of crosses was divided into six experiments for each group. The analyses of variance were performed for each experiment and then grouped over experiments. The traits ear yield (t/ha) and plant height (cm) were analysed. The analyses were performed for varying number of crosses per line; i.e., for s=3, 4, 5, 6. Ear yield of S1 xS1 crosses in both groups varied from 94% to 99% in relation to the mean of both checks in Uberlandia and Piracicaba. In Jatai, only group GA in midseason planting yielded 17% more than the average of checks. Specific combining ability didn’t showed significance for every traits and locations. While general combining ability was always significant. Decreasing s led to a higher variation in the estimates of GCA and also to a decrease in the precision of SCA estimates. The coefficient of correlation between observed means ( ij ij j i ij e + s + g + g + = Y m ) and predicted means through the reduced model ( j i ij gˆ + gˆ + ˆ = Y ˆ m ) was calculated for boths groups in all locations. The higher coefficients of correlations were observed for smaller s values, leading to a miss interpretation. That SCA is of low importance in the phenotypic expression. Consistent results were observed by using s=5 allowing the detection of significance and good of the estimates of GCA and SCA. The estimates of the interpopulation variance components were obtained for ear yield using s=6. The estimates of the additive genetic variance expressed in (g/plant)2 were 120.56, 61.92 and 38.44 in Piracicaba, Uberlandia and Jatai, respectively. The dominance variance were higher than the additive variance in all locations; the ratios ) / ( 2 A 2 D s s were 6.1, 4.3 and 7.2, respectively, indicating the importance of the non additive effects in the interpopulation.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Ronan Xavier Corrêa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T22:18:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_ElisaSusileneLisboa_D.pdf: 19219557 bytes, checksum: 6dd887ae1478926cac4f0e6781200025 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O cacaueiro é uma planta perene amplamente cultivada entre as latitudes 20ºN e 20ºS. O Brasil é o principal produtor das Américas, tendo 62% da sua produção concentrada em áreas de plantio do sudeste da Bahia. A introdução do cacau neste Estado ocorreu a partir de 1746 no município de Canavieiras, primeiro com a chegada da variedade 'Comum¿ e posteriormente com a chegada das variedades 'Pará' e 'Maranhão'. Descendentes destas introduções foram usadas para gerar plantios que predomiram na Bahia por mais de dois séculos e são denominados de 'cacau da Bahia¿ ou variedades locais baianas. Com a crise da vassoura-de-bruxa, a partir de 1989, as variedades locais baianas passaram a ser substituídas por clones resistentes selecionados em fazendas, coleções de germoplasma e programas de melhoramento genético. Embora tenham sido caracterizadas como susceptível à vassoura-de-bruxa, plantas de 'cacau da Bahia¿ ainda são encontradas em 50% da área produtiva, sendo cultivadas principalmente por pequenos produtores. Tendo em vista o exposto, o objetivo desta tese foi contribuir com informações genético-moleculares para o progresso dos programas de melhoramento do cacaueiro da Bahia. Para tanto, 17 marcadores microssatélite polimórficos foram obtidos a partir de bibliotecas genômicas enriquecidas. Estes marcadores foram somados a outros 13 presentes na literatura e empregados na avaliação da diversidade do 'cacau da Bahia¿, presentes em fazendas e em banco de germoplasma. A análise de 176 genótipos coletados em fazendas e institutos de pesquisa baianos (nos municípios de Canavieiras, Camacan, Uruçuca e Gandu) indicou a existência de dois grupos genéticos (denominados de cacau da Bahia (CB) I e II, "GST = " 0,22). Os valores de diversidade apresentados por CB I e CB II foram baixos (riqueza alélica = 1,31 e 1,41 e "HE = " 0,11 e 0,15, respectivamente para CB I e CB II). Alto índice de fixação alélica foi também observado para os cacaueiros baianos (F = 0,28). Análise de nove características de importância econômica a partir de frutos e grãos em 106 genótipos foi realizada e constitui informações preliminares para a escolha de plantas candidatas a novas avaliações. A avaliação de clones pertencentes às seleções do Instituto do Cacau da Bahia (SIC) e do Instituto Agronômico do Leste (SIAL) (representantes do 'cacau da Bahia' em bancos de germoplasma), também indicaram baixa variabilidade genética (2,6 alelos por loco e "HE =" 0,22) e alto índice de fixação alélica (F = 0,38). A variabilidade foi estruturada em dois grupos ("GST" = 0,27), havendo uma tendência de separar os indivíduos de acordo com a série (SIC ou SIAL). A baixa diversidade observada para o 'cacau da Bahia' é reflexo, entre outros fatores, das restritas introduções de plantas que fundaram boa parte do cultivo no Estado. Análises moleculares conjuntas de todas as plantas neste trabalho indicaram que parte da diversidade dos cacaueiros baianos presente em fazendas não está amostrada nas plantas do banco de germoplasma, sendo urgentemente necessário efetuar amostragens adicionais, para incremento da representatividade dos bancos no que tange o 'cacau da Bahia'. Os resultados obtidos ao longo do trabalho de doutorado trouxeram informações e persperctivas úteis tanto para incrementar a conservação do 'cacau da Bahia' quanto para o delineamento de ações visando implementar programas de seleção recorrente em programas de melhoramento direcionados à obtenção de 'cacau da Bahia' mais produtivo, com qualidade superior e também, tolerante às principais doenças que o acometem / Abstract: Theobroma cacao L. is a perennial plant cultivated in latitudes 20ºN and 20ºS. Brazil is the most important cacao-producing country in the Americas and 62% of the Brazilian cacao production is developed in Southern Bahia region (a Brazilian State). The introduction of cacao in Bahia started in 1746, in the municipality of Canavieiras; first with the arrival of the 'Comum¿ variety and next with the 'Pará' and 'Maranhão' varieties. Descendents of these introductions were naturalized as 'Bahian cacao' or Bahian local varieties and have been cultivated for over 200 years. With the witches' broom outbreak on the Bahian farms in 1989, 'Bahian cacao' have been replaced by more resistant clones, obtained by selection on farms, germplasm collection and from breeding programs. Even though local cultivars are susceptible to witches' broom disease, they are still being planted in 50% of farms, especially by smallholders. The goal of this thesis was to contribute to the breeding program of cacao using molecular and genetics characterization of 'Bahian cacao'. Seventeen polymorphic microsatellite markers for cacao were developed from genomic libraries and, in addition to other thirteen, were employed to characterize 'Bahian cacao' plants obtained from farms and in a germplasm collection. One hundred seventy six cacao genotypes of the Bahian cultivars were obtained from farms and institutes of four Bahian municipalities and the analysis indicated structure from genotypes in two groups ('Bahian cacao¿ (BC) I and II, GST = 0.22). Lower genetic diversity were observed for BC I and BC II (allelic richness = 1.31 and 1.41; and HE = 0.11 and 0.15 for BC I and BC II, respectively). High fixation index was observed for 'Bahian cacao¿ (F = 0.28). Phenotypic evaluations of nine characteristic of economic importance from fruits and seeds in 106 farm cacao plants were realized and constituted a preliminary approach for choise of candidate plants for additional analysis. Evaluation of clones representatives of 'Bahian cacao' in germplasm collections and selected by Bahian Cacao Institute and Agronomic Institute of East (these clones designated as SIC and SIAL, respectively), also indicated low genetic diversity (mean alleles per locus=2.60 and HE = 0.22) and high fixation index (F = 0.38). Structure levels were revealed in two groups (GST = 0.27) formed according to clones selection (SIC and SIAL). The low genetic diversity observed for 'Bahian cacao' reflect the founder effect of introduced plants and that served as resource to start almost all 'Bahian cacao¿ plantations. Combined molecular analyzes of all the plants of 'Bahian cacao' used in this study indicated that part of the diversity present on farm is not sampled in plants of germplasms collections, being additional sampling needed. The results presented in this thesis are useful information both for conservation of 'Bahian cacao' plants and to the use of this in recurrent breeding programs in order to obtain 'Bahian cocoa' more productive, with superior quality and tolerant to major diseases. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Luciana Bolsoni Lourenço / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T03:48:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_Juliana_D.pdf: 2106853 bytes, checksum: f64fce074a208a02085fbde516c48f9c (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Recentes análises filogenéticas e citogenéticas têm revelado grande diversidade dentre leiuperídeos do grupo Physalaemus cuvieri. O parafiletismo de P. cuvieri em relação a Physalaemus ephippifer foi inferido com base na análise de sequências de DNA, e linhagens reconhecidas dentre indivíduos de P. cuvieri parecem representar espécies ainda não descritas. A espécie Physalaemus ephippifer ocorre na foz do Rio Amazonas no Brasil e possivelmente na Guiana, mas sua correta distribuição geográfica permanece desconhecida. Análises citogenéticas de indivíduos de P. ephippifer da localidade-tipo (Belém-PA) revelaram um interessante heteromorfismo entre os homólogos do par cromossômico 8 de fêmeas, caracterizando a presença de um sistema de determinação sexual cromossômico ZZ/ZW. Os cromossomos Z e W apresentam uma NOR distal no braço longo, adjacente a uma banda heterocromática terminal, e o cromossomo W difere do Z por apresentar um segmento terminal no braço curto que inclui uma NOR e uma banda heterocromática. As NORs de P. ephippifer se mostraram co-localizadas, em experimentos de hibridação in situ, com as sequências de DNA repetitivo Pep194. Com o objetivo de contribuir para a investigação da diversidade genética e citogenética de populações amazônicas de Physalaemus do grupo P. cuvieri, analisamos as relações filogenéticas e os cariótipos de indivíduos de P. ephippifer de Santa Isabel-PA e exemplares coletados em localidades do Pará (Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Curuá, Parauapebas e Prainha) e de Roraima (Viruá), cuja identificação taxonômica é incerta. Para tanto, as preparações cromossômicas obtidas de machos a partir de suspensões de células do intestino e testículo foram submetidas à coloração convencional por Giemsa, bandamento C, coloração com DAPI, impregnação por prata e experimentos de hibridação in situ com sondas de DNA repetitivo Pep194 e DNA ribossomal 28S. Além disso, utilizamos uma sonda, chamada de Zqter, produzida a partir de um segmento microdissecado da região terminal do braço longo do cromossomo Z de P. ephippifer. As relações filogenéticas foram inferidas com base em sequências de DNA mitocondrial dos genes 12S, RNAt-val e 16S, utilizando o critério de máxima parcimônia. Os cariótipos dos indivíduos de Physalaemus sp. em análise foram semelhantes entre si, porém três citótipos foram reconhecidos devido ao padrão diferencial na distribuição das NORs no par 8. Os cariótipos dos espécimes de Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Prainha e Curuá (Citótipo I) e Parque Nacional do Viruá (Citótipo II) mostraram uma NOR pericentromérica no braço curto do par 8, porém apenas o Citótipo I foi portador de uma NOR terminal no braço longo desse mesmo par. O exemplar de Parauapebas (Citótipo III) mostrou duas NORs no braço longo dos cromossomos do par 8. Nas inferências filogenéticas, os exemplares de Physalaemus sp. portadores dos Citótipos I e II foram recuperados no mesmo clado (Clado A). Neste clado, foi possível observar uma subestruturação que acompanha a variação cariotípica detectada, no entanto a distância genética entre os dois grupos em questão, inferida com base em sequências parciais do gene 16S, foi baixa (0,1%). É provável, portanto, que os dois citótipos representem uma variação intraespecífica. O exemplar de Parauapebas incluído nas análises filogenéticas (Clado B) apresentou-se como grupo-irmão de um clado que incluiu P. ephippifer (Clado C) e o clado correspondente a uma das linhagens de P. cuvieri (Clado D, equivalente à Linhagem 1 de P. cuvieri, que agrupa indivíduos do norte e do nordeste do Brasil). A alta distância genética do Clado A em relação aos Clados B-D, inferida com base em segmento do gene 16S, sugere que o Clado A possa representar uma espécie ainda não descrita. Nas metáfases de indivíduos de Viruá, Alenquer e Curuá a sonda Zqter foi detectada na região pericentromérica do braço curto do par 8, adjacente às NORs detectadas pela sonda Pep194, sugerindo que esta região é homeóloga a região terminal ao braço longo do Z de P. ephippifer. As homelogias encontradas sugerem um possível evento de inversão cromossômica durante diferenciação desses cariótipos. A sonda Pep194 detectou, além das NORs dos cromossomos Z e W de P. ephippifer e da NOR pericentromérica de Physalaemus sp., as NORs dos cromossomos 8 e 9 de indivíduos de P. cuvieri de Urbano Santos-MA e os cromossomos 8 e 11 de indivíduos de P. cuvieri de Palestina-SP. Em contraste, essa sonda não detectou a NOR pericentromérica do cromossomo 9 de P. centralis, uma espécie mais distantemente relacionada filogeneticamente a P. cuvieri e P. ephippifer / Abstract: Recent phylogenetic and cytogenetic analyses have revealed high diversity among leiuperids of the Physalaemus cuvieri group. The paraphyly of P. cuvieri with respect to Physalaemus ephippifer was inferred based on the analysis of DNA sequences, and genetic lineages that included individuals at first identified as P. cuvieri may represent undescribed species. P. ephippifer occurs at the mouth of the Amazon River in Brazil and possibly in Guyana, but its geographical distribution is unclear. Cytogenetic analyses of individuals of P. ephippifer from the type locality (Belém-PA) revealed an interesting heteromorphism between the homologous chromosomes of pair 8 in females, which characterized the presence of a chromosomal sex determination system ZZ/ZW. The Z and W chromosomes have a distal NOR in the long arm, adjacent to a terminal heterochromatic band, and the W chromosome differs from Z chromosome by a terminal segment in the short arm that comprises a NOR and a heterochromatic band. The NORs of P. ephippifer are shown co-located with DNA repetitive Pep194 in in situ hybridization experiments. Aiming to contribute to the investigation of the genetic and cytogenetic diversity of Amazonian populations belonging to P. cuvieri group, we analyzed the phylogenetic relationships and the karyotypes of individuals of P. ephippifer from Santa Isabel-PA and specimens collected from seven localities in the states of Pará (Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Curuá, Parauapebas and Prainha) and Roraima (Viruá), for which the taxonomic identification is uncertain. Chromosome preparations obtained from male individuals were subjected to conventional staining with Giemsa, C-banding, DAPI staining, silver impregnation and in situ hybridization with probes for the repetitive DNA Pep194 and ribosomal DNA 28S. In addition, we used a probe, named Zqter probe, produced from a segment microdissected from the terminal region of the long arm of the Z chromosome of P. ephippifer. Phylogenetic relationships were inferred based on mitochondrial DNA sequences of 12S, tRNA-val and 16S genes, using the criterion of maximum parsimony. The karyotypes of the individuals of Physalaemus sp. analyzed were similar, but three cytotypes were recognized with differential distribution of NORs in pair 8. Individuals from Monte Alegre, Óbidos, Alenquer, Prainha and Curuá (Cytotype I) showed a pericentromeric NOR in the short arm of pair 8 and a terminal NORin the long arm. In the male karyotypes of Viruá (Cytotype II), the NOR was located in the pericentromeric region of the short arm of pair 8. The individuals from Parauapebas (Cytotype III) showed two NORs in the long arm of chromosome pair 8. In the phylogenetic inferences, the specimens of Physalaemus sp. with Cytotypes I and II were nested in the same clade (Clade A). This clade showed a substructure that reflected the two karyotypic groups detected. The genetic distance between these two groups, however, inferred from partial sequences of the 16S gene, was low 0,1 %. It is likely, therefore, that the two cytotypes represent an intraspecific variation. The exemplar of Parauapebas included in the phylogenetic analysis (Clade B) was the sister group of a clade that included P. ephippifer (Clade C) and the clade corresponding to one of the lineages of P. cuvieri (Clade D, equivalent to Lineage 1 of P. cuvieri, which groups individuals of northern and northeastern Brazil). The high genetic distance between Clade A and clades B-D, inferred from 16S gene segment, suggests that Clade A may represent an undescribed species. In metaphases of individuals from Viruá, Alenquer and Curuá, the Zqter probe was detected in the pericentromeric region of the short arm of pair 8, adjacent to the NOR detected by the probe Pep194, suggesting that this region is homeologous with the terminal region of the long arm of the Z chromosome of P. ephippifer. The inferred homeologies suggest a possible event of chromosomal inversion along the differentiation of these karyotypes. The Pep194 probe detected, beyond the NORs of the Z and W chromosomes of P. ephippifer and the pericentromeric NOR of chromosomes 8 of the cytotypes of Physalaemus sp., the NORs of chromosomes 8 and 9 of individuals of P. cuvieri from Urbano Santos-MA and chromosomes 8 and 11 of individuals P. cuvieri from Palestina-SP. In contrast, this probe did not detect the pericentromeric NOR of chromosome 9 of P. centralis, which is distantly related phylogenetically to P. cuvieri and P. ephippifer / Doutorado / Biologia Celular / Doutora em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Antonio Fernando Ribeiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T10:15:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marsom_FernandoAugustodeLima_M.pdf: 12182231 bytes, checksum: e98655cb1347b5ba1ffbceac13daebb0 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Introdução: A fibrose cística (FC) se manifesta clinicamente com várias formas de gravidade, moduladas por diferentes genótipos e o meio ambiente. Enquanto as classes das mutações no gene CFTR ("Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator") estão bem definidas, como moduladores de gravidade da FC, os polimorfismos continuam controversos. Objetivo: Verificar se polimorfismos em genes modificadores estão associados com a gravidade da FC. Método: Estudo de corte transversal, entre 2009 a 2010. Todos pacientes foram submetidos à análise das principais mutações no gene CFTR, presença dos polimorfismos (por meio de diferentes técnicas moleculares - "nested" PCR, digestão enzimática, PCR "multiplex", genotipagem em sequenciador automático e PCR ARMS) e características clínicas de gravidade da FC. Resultado: As mutações identificadas no gene CFTR foram associadas com variáveis que descrevem o início da doença, atuando como fator de proteção a clínica de maior gravidade [idade (p?0,0001), 1ª manifestação clínica (1MC) (p?0,0001), diagnóstico (p?0,0001), início dos sintomas pulmonares (ISP) (p?0,0001) e digestivos (ISD) (p?0,0001), 1ª bactéria Pseudomonas aeruginosa isolada (1PA) (p?0,0001), insuficiência pancreática (IP) (p?0,0001), P. aeruginosa mucóide (PAM) (p?0,0001), P. aeruginosa não mucóide (PANM) (p?0,0001)]. O gene ACE foi associado a 1MC (p:0,038), ao escore de Bhalla (EB) (p:0,049) e a presença de Bulkolderia cepacia (BC) (p:0,038). O polimorfismo GCLC129C>T foi associado à PAM (p:0,037). O polimorfismo GCLC350 foi associado a 1PA (p:0,049), Achromobacter xylosoxidans (p:0,044) e Staphylococcus aureus (SA) (p:0,037). O gene GSTM1 foi associado ao diagnóstico (p:0,014), índice de massa corpórea (IMC) (0,045), escore de Kanga (EK) (p:0,046), capacidade vital forçada [CVF(%)] (p:0,004) e volume expiratório forçado no primeiro segundo [VEF1(%)] (p:0,004). O gene GSTT1 foi associado ao ISD (p:0.033), osteoporose (p:0.021), EB (p:0,026), escore de Shwachman Kulczycki (SC) (p:0,009), CVF(%) (p:0,015), VEF1(%) (p:0,005), razão entre o VEF1 e a CVF [TIF(%)] (p:0,033), fluxo expiratório forçado entre 25 e 75% da CVF [FEF25- 75%(%)] (p:0,005) e PAM (p:0,038). O agrupamento genotípico dos genes GSTM1 e GSTT1 foi associado com o diagnóstico (p:0,014), BC (p:0,042) e SA (p:0,032). O gene GSTP1 foi associado com o ISP (p:0,026), IP (p:0,011), EB (p:0,015), EK (p:0,028), SC (p:0,039), CVF(%) (p:0,021), VEF1(%) (p:0,021), FEF25-75% (p:0,02) e 1PA (p:0,022). O alelo 1 para o polimorfismo de repetição AAT no gene NOS-1 foi associado com a idade (p:0,009) e com o ISD (p:0,001). O alelo 2 com ISP (p:0,031), ISD (p:0,001) e EB (p:0,046). O alelo 1 para o polimorfismo GT-1 no gene NOS-1 não apresentou associação com as variáveis clínicas. O alelo 2 apresentou associação com a saturação de oxigênio transcutânea (p:0,012), EB (p:0,013), CVF(%) (p:0,038), VEF1(%) (p:0,007), TIF(%) (p:0,036) e FEF25-75(%) (p:0,007). O alelo 1 para o polimorfismo de repetição GT-2 no gene NOS1 apresentou associação com a CVF(%) (p:0,032). O alelo 2 apresentou associação com o TIF(%) (p:0,009). O polimorfismo Arg>Gly no gene ADRB2R apresentou associação com a IP (p:0,009), EB (p:0,039), VEF1(%) (p:0,003), FEF25-75(%) (p:0,008), 1PA (p:0,012), PAM (p:0,023) e PANM (p:0,024). O polimorfismo Gln>Glu no gene ADRB2R apresentou associação com o EB (p:0,019) e TIF(%) (p:0,047). A resposta ao broncodilatador inalatório na prova de espirometria apresentou associação com os marcadores de gravidade clínica VEF1(%) (p:0,011) e FEF25-75(%) (p:0,019) apenas para o polimorfismo Arg>Gly no gene ADRB2R. Conclusão: Houve associação entre os polimorfismos analisados e as mutações no gene CFTR com a gravidade clínica da FC / Abstract: Introduction: Cystic fibrosis (CF) is clinically manifested in various forms of gravity, modulated by different genotypes and environment. While the classes of mutations in the CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) gene are well defined as modulators of severity in CF, polymorphisms remain controversial. Objective: To determine whether polymorphisms in modifier genes are associated with the severity in the CF. Method: Cross-sectional study, between 2009 to 2010. All patients were subjected to analysis of major mutations in CFTR gene, presence of polymorphisms (using different molecular techniques - Nested PCR, enzyme digestion, multiplex PCR, genotyping in automatic sequencer and ARMS PCR) and clinical severity in CF. Results: Mutations were identified in CFTR gene associated with variables that describe the onset of the disease, acting as a protective factor for the clinical severity [age (p?0.0001), first clinical manifestation (1CM) (p?0.0001), diagnosis (p?0.0001) , onset of pulmonary symptoms (OPS) (p?0.0001) and digestive (ODS) (p?0.0001), 1st isolated bacterium Pseudomonas aeruginosa (1PA) (p?0.0001), pancreatic insufficiency (PI) ( p?0.0001), P. aeruginosa mucoid (PAM) (p?0.0001) and P. aeruginosa no mucoid (PANM) (p?0.0001)]. ACE gene was associated with 1CM (p:0.038), Bhalla score (BS) (p:0.049) and presence of Bulkolderia cepacia (BC) (p:0.038). Polymorphism GCLC129C>T was associated with PAM (p:0.037). Polymorphism GCLC350 was associated with 1PA (p:0.049), Achromobacter xylosoxidans (p:0.044) and Staphylococcus aureus (SA) (p:0.037). GSTM1 gene was associated with diagnosis (p:0.014), body mass index (BMI) (0.045), Kanga score (KS) (p:0.046), forced vital capacity [FVC(%)] (p:0.004) and forced expiratory volume in one second [FEV1(%)] (p:0.004). GSTT1 gene was associated with ODS (p:0033), osteoporosis (p:0.021), BS (p:0.026), Shwachman-Kulczycki score (SS) (p:0.009), FVC(%) (p:0.015) , FEV1(%) (p:0.005), ratio between FEV1 and FVC [TIF(%)] (p:0.033), forced expiratory flow between 25 and 75% of FVC [FEF25-75%(%)] (p:0.005) and PAM (p:0.038). The genotypic groupings of genes GSTM1 and GSTT1 was associated with diagnosis (p:0.014), BC (p:0.042) and SA (p:0.032). GSTP1 gene was associated with the OPS (p:0.026), PI (p:0.011), BS (p:0.015), KS (p:0.028), SS (p:0.039), FVC(%) (p:0.021 ), FEV1(%) (p:0.021), FEF25-75% (p:0.02) and 1PA (p:0.022). Allele 1 for AAT repeat polymorphism in NOS-1 gene was associated with age (p:0.009) and ODS (p:0.001). Allele 2 with OPS (p:0.031), ODS (p:0.001) and BS (p:0.046). Allele 1 for repeat polymorphism GT-1 in NOS-1 gene was not associated with clinical variables. Allele 2 was associated with transcutaneous oxygen saturation (p:0.012), BS (p:0.013), FVC(%) (p:0.038), FEV1(%) (p:0.007), TIF(%) (p:0.036) and FEF25-75(%) (p:0.007). The allele 1 for repeat polymorphism GT-2 in NOS1 gene was associated with FVC(%) (p:0.032). The allele 2 was associated with the TIF(%) (p:0.009). Polymorphism Arg>Gly in ADRB2R gene was associated with PI (p:0.009), BS (p:0.039), FEV1(%) (p:0.003), FEF25-75(%) (p:0.008), 1PA ( p:0.012), PAM (p:0.023) and PANM (p:0.024). Polymorphism Gln>Glu in ADRB2R gene was associated with BS (p:0.019) and TIF(%) (p:0.047). The response to inhaled bronchodilator in the spirometry test presented association for the markers of clinical severity FEV1(%) (p:0.011) and FEF25-75(%) (p:0.019) only for the polymorphism Arg>Gly in ADRB2R gene. Conclusion: There was association between the polymorphisms studied and CFTR mutations with the clinical severity in CF / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Saude da Criança e do Adolescente

Orientadores: Maria de Fatima Sonati, Munir Salomão Skaf / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T12:16:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jorge_SusanElisabethDominguesCosta_M.pdf: 12500595 bytes, checksum: 271d153e901aa04d248746dbcf6d90c6 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A hemoglobina (Hb), pigmento respiratório de todos os organismos vertebrados, encontra-se em elevadas concentrações nas hemácias e é responsável pelo transporte de O2 dos pulmões para os tecidos. A Hemoglobina humana constitui-se de dois pares de cadeias polipeptídicas (globinas), cada qual envolvendo um grupo prostético heme, que se liga reversivelmente ao O2. Mais de 1000 variantes estruturais da Hb humana já foram descritas, parte delas relacionada a manifestações clinicas importantes. Algumas variantes apresentam alteração funcional, que se traduz em afinidade modificada pelo O2. Quando elevada, há uma produção compensatoriamente maior de hemácias, levando a policitemia; quando diminuída, resulta em cianose. O Laboratório de Hemoglobinopatias do Departamento de Patologia Clinica da FCM/UNICAMP e um dos laboratórios de referencia no pais, tendo identificado, ate o momento, 12 hemoglobinas novas e 51 variantes raras. Destas, as variantes novas Hb Hb Boa Esperanca (?16 Lys?Thr), Hb Itapira (?30 Glu?Val), Hb Bom Jesus da Lapa (?30 Glu?Ala), Hb Olinda [ß22 (b4) -25 (b7)], Hb Caruaru (ß 122 Phe?Ser) e Hb S-Sao Paulo (ß6 Glu?Val ; ß65 Lys?Glu) foram aqui caracterizadas funcionalmente, assim como as variantes raras Hb Iwata (a87 His??Arg), Hb Sunshine Seth (?94 Asp?His), Hb Deer Lodge (ß2 His?Arg), Hb Deer Lodge (ß2 His??Arg) + Hb S (ß6 Glu??Val), Hb G-Siriraj (ß7 Glu??Lys), Hb G-Siriraj (ß7 Glu??Lys) e Hb C (ß6 Glu??Lys) em associacao, Hb M-Saskatoon (ß63 His??Tyr), Hb Redondo (ß92 His? Asn), Hb Koln (ß98 Val??Met), Hb Coimbra (ß99 Asp??Glu) e Hb Dhonburi (ß126 Val?Gli)+ Btal. O metodo analitico empregado foi descrito por Rossi-Fanelli & Antonini (1958), e analisa espectrofotometricamente o comportamento da Hb frente a conhecidas pressões parciais de oxigênio (pO2), possibilitando a medida de afinidade (p50), da constante de Hill (n), que verifica o fenômeno de cooperatividade entre as cadeias globinicas para ligação do O2, o efeito Bohr (que indica facilidade na ligação Hb-O2 conforme e elevado o pH do meio), bem como a interação com o Inositol Hexafosfato (IHP), um fosfato polianion que dificulta a ligação entre a Hb e o O2. A exceção das Hbs Itapira e Bom Jesus da Lapa, em concentrações reduzidas nos hemolisados, todas as demais apresentam afinidade alterada pelo oxigênio. Como complementação ao estudo funcional, as Hbs Caruaru e São Paulo também foram submetidas a analise por dinâmica molecular, através dos programas VMD (Visual Molecular Dynamics), com dados inseridos nos softwares CHARMM (Chemistry at Harvard Molecular Mechanics) e NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics). As demais variantes tiveram sua analise estrutural individualizada feita através da visualização de estruturas nativas depositadas no Protein Data Bank, para melhor compreensão da relação entre o aminoácido substituído e a função protéica alterada. Deste modo, foi possível estabelecer correlações entre a estrutura e a função e inferir sobre as manifestações clinicas resultantes da presença destas heme proteínas anômalas, ilustrando-se assim a importância desses estudos para a completa caracterização das variantes. / Abstract: The human hemoglobin (Hb) is the respiratory pigment of human organisms, found in high concentrations in the erythrocytes and is responsible for transporting O2 from the lungs to the peripheral tissues. This molecule is composed by two pairs of polypeptide chains (globin), each one involving a prosthetic group heme, which bind reversibly to the O2. More than 1000 structural variants had been described already; part of them related to important clinical manifestations. Some variants present functional alteration, with modified affinity for the O2. When it is increased, it has a higher compensatory production of the erythrocytes, causing policitemia; when decreased, it results on cyanosis. The Laboratory of Hemoglobinopaties of the Department of Clinical Pathology of the FCM/UNICAMP is one of the references laboratories in the country, and identified, until this moment, 12 new hemoglobins and 51 rare variants. The new variants Hb Hb Boa Esperanca (?16 Lys?Thr), Hb Itapira (?30 Glu?Val), Hb Bom Jesus da Lapa (?30 Glu?Ala), Hb Olinda [ß22 (b4) -25 (b7)], Hb Caruaru (ß 122 Phe?Ser) e Hb S-Sao Paulo (ß6 Glu?Val ; ß65 Lys?Glu) were, in the present study, functionally characterized, as well as the rare variants Hb Iwata (a87 His??Arg), Hb Sunshine Seth (?94 Asp?His), Hb Deer Lodge (ß2 His?Arg), Hb Deer Lodge (ß2 His??Arg) + Hb S (ß6 Glu??Val), Hb G-Siriraj (ß7 Glu??Lys), Hb G-Siriraj (ß7 Glu??Lys) e Hb C (ß6 Glu??Lys) em associacao, Hb M-Saskatoon (ß63 His??Tyr), Hb Redondo (ß92 His? Asn), Hb Koln (ß98 Val??Met), Hb Coimbra (ß99 Asp??Glu) e Hb Dhonburi (ß126 Val?Gli)+ Btal. The analytical method used was described for Rossi-Fanelli & Antonini (1958), which analyses, by spectrophotometer, the behavior of the Hb against known partial pressures of oxygen (pO2), making possible the measure of affinity (p50), the constant of Hill (n), that verifies the cooperativity, the Bohr effect (that it indicates the relation between Hb-O2 binding according to the pH), as well as the interaction with Inositol Hexaphosphoric acid (IHP), that difficult linkage between the Hb and the O2. Except from Hb Itapira and Hb Bom Jesus of the Lapa, in reduced concentrations at the total hemolysate, all the others presented modified affinity to the oxygen. As a complement of the functional study, the Hb Caruaru and Hb S-Sao Paulo were also submitted to previous molecular dynamics simulation. All the other variants were structurally analyzed by the study of the native structure deposited at the Protein Data Bank, to understand better the relation between the substituted residue and the modified one at the protein function. Therefore, it was possible to establish correlations between the structure and the function and to infer on the clinical manifestations because of the presence of these anomalous proteins, illustrating the importance of these studies for the complete characterization of the variants. / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Através da análise de microssatélites e SNPs, incluindo tanto marcadores neutros como sujeitos a seleção, neste trabalho se demonstrou que: 1) As populações brasileiras de P. vivax (Pv) são mais diversas que as populações simpátricas de P. falciparum (Pf), porém ambas apresentam desequilíbrio de ligação. 2) Os polimorfismos neutros apresentam alta variabilidade ao longo do tempo em ambas as espécies, em contraste com a estabilidade observada nos marcadores sob seleção. 3) As altas taxas de recorrências por Pv na Amazônia brasileira são causadas, em sua maioria, por parasitas geneticamente não relacionados. 4) A recombinação não meiótica contribui substancialmente à diversidade dos domínios repetitivos de PvCSP. 5) Os SNPs nos genes pvmdr1 e pvcrt-o de isolados de Pv resistentes à cloroquina não se associam ao seu fenótipo in vivo. Finalmente, através da genotipagem de 57 SNPs do cromossomo 8 de Pv em 234 isolados do Brasil e da Ásia observou-se que, em Pv, a diversidade e a recombinação mitótica não se associam aos níveis de endemicidade como acontece em Pf e que Pv apresenta estrutura populacional continental e subcontinental no Brasil. / Through the analysis of microsatellites and SNPs, including both neutral and under selection markers, this work showed that: 1) The Brazilian populations of P. vivax (Pv) are more diverse than sympatric P. falciparum (Pf) populations, but both exhibit linkage disequilibrium. 2) For both species, neutral polymorphisms showed high variability over time, contrasting with the stability of under markers under selection. 3) The high rate of Pv recurrences in the Brazilian Amazon region is mostly due to genetically unrelated parasites. 4) Non-meiotic recombination substantially contributes to PvCSP repetitive domain diversity. 5) SNPs at pvmdr1 and pvcrt-o genes of chloroquine resistant isolates of Pv are not associated with the in vivo phenotype. Finally, 57 SNP genotyping of chromosome 8 of Pv among 234 isolates from Brazil and Asia showed that, in Pv, diversity and mitotic recombination are not associated with levels of endemicity as in Pf and that Pv presents continental population structure and subcontinental structure in Brazil.

Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: As ações antrópicas no bioma Cerrado levaram a perturbações do seu ecossistema e a fragmentação das florestas, colocando em risco de extinção a espécie Myracrodruon urundeuva. O objetivo do estudo foi avaliar os caracteres silviculturais para estimar os parâmetros genéticos nos bancos de germoplasma provenientes de populações naturais em Bauru-SP e Selvíria-MS, a fim de adquirir informações que possibilitem a formação de pomares de sementes melhoradas visando a qualidade da madeira. Aos 31 anos de idade, analisou-se os caracteres altura total (ALT), diâmetro médio da copa (DMC), diâmetro na altura do peito (DAP), forma do fuste (FOR), densidade básica da madeira (DBM), relação cerne/alburno (RC/Ab) e sobrevivência (SOB). Utilizou-se o procedimento REML/BLUP via metodologia dos modelos lineares mistos para estimar os componentes de variância, os parâmetros genéticos e as estimativas de correlações genéticas entre os caracteres. Para as análises de divergência genética foi utilizado o programa Genes. Os testes de progênies de ambas as populações apresentaram variação genética. Os caracteres referentes a qualidade de madeira (DBM e RC/Ab) foram os que apresentaram maiores herdabilidades, com cerca de 0,80 e coeficiente de variação genética (16,57% a 70,10%). As correlações genéticas mostraram diferentes resultados em ambas as populações, com Selvíria sendo a população com maiores correlações positivas significativas, permitindo o uso de seleção direta e indireta tanto para os ca... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Anthropic actions in the Cerrado biome led to disturbances of its ecosystem and the fragmentation of forests, putting the species Myracrodruon urundeuva at risk of extinction. The objective of the study was to evaluate the silvicultural traits to estimate the genetic parameters in the germplasm banks from natural populations in Bauru-SP and Selvíria-MS, in order to acquire information that allows the formation of improved seed orchards aiming at the quality of the wood. At 31 years of age, the characters total height (ALT), average crown diameter (DMC), diameter at chest height (DAP), stem shape (FOR), basic wood density (DBM), ratio heartwood / sapwood (RC / Ab) and survival (SOB). The REML / BLUP procedure was used via mixed linear models methodology to estimate the components of variance, genetic parameters and estimates of genetic correlations between the characters. For the genetic divergence analyzes, the Genes program was used. The progeny tests of both populations showed genetic variation. The characters referring to wood quality (DBM and RC / Ab) were those with the highest heritability, with about 0,80 and coefficient of genetic variation (16,57% to 70,10%). The genetic correlations showed different results in both populations, with Selvíria being the population with the highest significant positive correlations, allowing the use of direct and indirect selection for both growth and wood quality characters. In the dissimilarity analyzes, the Selvíria population was t... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Orlando Necchi / Banca: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Mariana Cabral de Olievira / Banca: Daniela Milstein / Banca: Inessa Lacativa Bagatini / Resumo: A filogeografia de sete espécies de Batrachospermales (Batrachospermum viride-brasiliense, Kumanoa ambigua, Setacea puiggariana, Sirodotia delicatula e Sirodotia spp.) foi investigada em populações brasileiras com base em dois marcadores mitocondriais: a região espaçadora cox2-3 e a região de "barcode" cox1. As espécies apresentaram níveis de divergência genética semelhantes para ambos os marcadores utilizados. B. viride-brasiliense apresentou dez haplótipos de cox2-3 e nove haplótipos, de cox1, com variação entre os haplótipos de 0,3 - 2,4% e 0,6 - 1,8%, respectivamente. K. ambigua apresentou três haplótipos para cada um dos marcadores analisados, com variação de 0,6 - 2,4% para cox2-3 e 1,3 - 2,0% para cox1. S. puiggariana apresentou seis haplótipos de cox-2-3 e oito haplótipos de cox1, com variação entre os haplótipos de 0,3 - 2,4% e 0,2 - 2,4%, respectivamente. Sirodotia apresentou uma alta variação entre os haplótipos para ambos marcadores, mostrando uma espécie (S. delicatula), com baixa variação para cox2-3 e cox1 (0,3 - 2,2% e 0,2 - 0,4%; respectivamente) e um complexo (Sirodotia spp. formado por três espécies crípticas), com divergência de 0,3 - 7,0% para cox2-3 e 0,2 - 6,2% para cox1. Para a região espaçadora cox2-3, as sequências de K. ambigua apresentaram 335 pb, enquanto para as outras espécies, todas as sequências tiveram comprimento de 376 pb. Os haplótipos de cox2-3 diferiram em 13 posições para B. viride-brasiliense, nove para K. ambigua, 12 para S. puiggariana e oito para S. delicatula e 33 posições para Sirodotia spp. Para a região de "barcode" cox1, todas as espécies apresentaram sequencias de 664 pb de comprimento, com um número mais elevado de posições variáveis para os haplótipos: 28 para B. viride-brasiliense, 16 para K. ambigua, 25 para S. puiggariana, apenas quatro para S. delicatula e 48 para... / Abstract: The phylogeography of seven species of Batrachospermales (Batrachospermum viride-brasiliense, Kumanoa ambigua, Setacea puiggariana, Sirodotia delicatula e Sirodotia spp.) was investigated in Brazilian populations based on two mitochondrial markers: the spacer region cox2-3 and the cox1 barcode region. The species showed similar levels of genetic divergence for both markers used. B. viride-brasiliense had ten haplotypes of cox2-3 and nine haplotypes of cox1, with haplotypes ranging from 0.3 to 2.4% and 0.6 to 1.8%, respectively. Three haplotypes for each marker were observed for K. ambigua, ranging from 0.6 to 2.4% and 1.3 to 2.0% for cox2-3 and cox1, respectively. Setacea puiggariana had six haplotypes for cox2-3 and eight haplotypes for cox1, with haplotypes ranging from 0.3 to 2.4% for cox2-3 and 0.2 to 2.4, respectively. A high variation between haplotypes of Sirodotia were found for both markers, showing one group (S. delicatula), with low variation for cox2-3 and cox1 (from 0.3 to 2.2 and 0.2 to 0.4%, respectively), and Sirodotia spp, species complex with divergence from 0.2 to 7.0% for cox2-3 and 0.2 to 6.2 % for cox1, including three cryptic species. For the cox2-3 spacer region, K. ambigua sequences showed 335 bp, whereas for other species, all sequences have of 376 bp in length. The cox2-3 haplotypes differed in 13 positions for B. viride-brasiliense, nine for K. ambigua, 12 for S. puiggariana, eight for S. delicatula and 33 positions for Sirodotia spp. Sequences of the cox1 barcode region, for all species were 664 bp in length, with a higher number of variable positions among the haplotypes: 28 for B. viride-brasiliense, 16 for K. ambigua, 25 for S. puiggariana, only four for S. delicatula, and 48 for Sirodotia spp.. Analyses of the two markers used and the geographical distribution of populations showed that each species had different phylogeographic patterns, ... / Doutor