Influenza illness occures masively in human population for centuries. Influenza is an acute disorder of viral origin. Currently influenza can be found all over the world. The viruses of influenza are circulating continously in all continents not only in the human population, but in animals too. Every year the population is affected by the seasonal epidemic of different magnitude. Influenza illness pose an important medical, social and economical problem. Next to the seasonal outbreaks occuring every year the influenza pandemic can appear after several tens of years. The pandemic of influenza would mean spread all over the world and it is caused by the new variant of the influenza virus. In past the influenza pandemics caused mortality of millions of people all over the world, high economical losses and social collapse of the states in the history. That´s why the particular states prepare their national pandemic plans. The early preparedness for possible influenza pandemic elaborated in the national pandemic plans and the measures following from the plans constitute a tool for reduction of extent, impact and outcomes of pandemic. The quality of preparedness can influence the economical functions of states, medical impacts of illness and final number of the victims. The aim of the dissertation is to compare the proposed measures responding to the influenza pandemic arising from the national pandemic plans of the Czech and Slovak Republic, to ascertain the state of preparedness to the influenza pandemic following from the pandemic plan of the Czech Republic and the situation in awareness of the civil population about the influenza pandemic in the Czech Republic. The theoretical part of the dissertation is focused on the epidemiological characteristic of the influenza illness. In the sphere of interest the issue of influenza pandemics is explained in terms of their history and the next field of the dissertation is focused on the pandemic plans. The research part of the dissertation is focused on the solution to the given research questions. Two research questions were specified to accomplish the defined aim: What are the differences between the approaches and measures in the pandemic plans of the Czech and Slovak Republic? What is the knowledge and awareness of civil population about the influenza pandemic in the Czech Republic? Regarding the issue the methodology the first research question included analysis of the content of the pandemic plans of the Czech and Slovak Republic and performance of the Checklist method in order to obtain an overview on approach, procedures and standard of preparedness in the territory of both states and possibilities their reciprocal comparison. Under the second research question the awareness and knowledge of the civil population about the pandemic influenza in the Czech Republic was investigated. For acquiring the data of researching study there was used The method of quantitative research was used to acquire the data for the research survey. The form of twenty questions was created. The first part of the questionnaire was focused on the general knowledge about influenza and the second part on the influenza pandemic and related measures. The respondents chose from the answers defined in advance. There wasn´t used the random sampling of the respondents. Fifty respondents from the non-representative sample filled out the form for acquiring the basic knowledge and finding out theoretical information about the influenza pandemic. Subsequently the statistical analysis was made from the obtained data using the methods of descriptive and mathematic statistic. It follows from the analysing results that the knowledge about the influenza illness and influenza pandemic exists among the civil population which means the laic public, but they are the lower extent and do not correspond to the normal frequency distribution.

Influenza is a highly contagious viral disease with epidemic and pandemic spread of the character, which annually affects 10% of the world's population, in the course of a pandemic even 40-50%. The originator of the disease is a virus that is present as a type A, type B or type C. Source of infection is the man to transfer air or contaminated objects. Susceptibility is widespread. The disease predominantly affects the respiratory tract, has a sudden beginning and manifests itself primarily with fever, chills, muscle pain, joint pain and headache. The most common complication is inflammation of the lungs. In the diagnosis are rapid tests for the detection of the Antigen. Treatment is symptomatic, antivirals are available the type of neuraminidase inhibitors M2, which easily gives rise to a resistance of influenza virus. The basis for the prevention of influenza is annual vaccination, which dramatically reduces the risk of hospitalization and death, especially among the elderly and the chronically ill. Coverage in our population is low, and that despite the fact that the flu is the cause of the deaths of thousands of people around the world. A year in the Czech Republic will die according to qualified estimates the flu one to two thousand people. Due to the possible prevention of influenza, it is important to disseminate information on the possibilities of prevention by vaccination and educate the general public about the seriousness of this disease. Diploma thesis discusses influenza disease as such and on the issue of vaccination against influenza among the elderly in connection with the adoption of the NAP to increase vaccination coverage against the flu. The theoretical part summarises the commonly known knowledge on the causative agent of the disease, the way of transmission, symptoms, diagnosis, complications, treatment, and prevention by vaccination.

Le porc est un modèle d’étude présentant à la fois une grande importance agronomique et un fort potentiel comme modèle biomédical pour différentes pathologies respiratoires. Pourtant, son système immunitaire pulmonaire est peu connu, limitant l’approfondissement de ces études. Notamment, les cellules dendritiques (DCs) et macrophages (Mθs) tissulaires, qui sont à l’interface entre immunités innée et acquise, n’étaient pas caractérisés. L’objectif de cette thèse était de décrire ces cellules dans le poumon porcin à l’état basal et durant des infections par différentes souches de virus Influenza A (VIA), un pathogène capable d’infecter le porc et l’Homme. Nous avons caractérisé pour la première fois les DCs conventionnelles (cDCs) et dérivées de monocytes (moDCs), ainsi que des macrophages dérivés de monocytes (moMθs) et les macrophages alvéolaires (AMs) porcins. Les cDC1 et cDC2 se sont révélées proches de leurs équivalentes murines et humaines de par leur phénotype et leurs capacités de migration et de présentation de l’antigène in vitro. Les moDCs sont, comme chez la souris, pro-inflammatoires et recrutées lors d’une infection par le VIA in vivo. Nous avons également étudié des cellules tissulaires fortement représentées dans le poumon porcin et dont le phénotype est très similaire à celui des AMs : les cellules AM-like. Ces dernières sont pro-inflammatoires lors d’infections in vitro par un virus H3N2 porcin ou une souche Lena du PRRSV. Nous avons enfin étudié ces différents types cellulaires dans le cadre d’infections par deux souches porcines du VIA, l’une du sous-type H3N2 et l’autre du sous-type H1N2, la première étant plus pathologique en élevage et induisant plus d’inflammation. Il se pourrait que les cellules AM-like aient un rôle important dans cette différence de pathogénicité. En conclusion, nous avons mis en place des moyens pour étudier plus précisément le rôle des DCs et Mθs dans le poumon porcin, et ainsi, de mieux comprendre l’inflammation et la réponse immunitaire pulmonaire. Ce travail ouvre des voies, en santés vétérinaire et biomédicale, qui étaient jusqu’à présent réservées au modèle murin. / Pig is a research model with a major agronomic importance and a great potential as a biomedical model for different respiratory pathologies. Yet, its pulmonary immune system is little known, limiting the deepening of these studies. In particular, tissular Dendritic Cells (DCs) and Macrophages (Mθs), which are at the interface between innate and adaptive immune systems, were not characterized. The aim of this thesis was to describe DCs and Mθs in the porcine lung at steady-state and during infections with different strains of influenza virus A (IAV), a pathogen capable of infecting pigs and humans. We characterized for the first time conventional DCs (cDCs) and monocyte derived (moDCs), as well as monocyte-derived macrophages (moMθs) and alveolar macrophages (AMs) in pig. The cDC1 and cDC2 were phenotypically close to their murine and human equivalents. They also had the same in vitro capabilities of migration and antigen presentation. The moDCs are, like murine ones, pro-inflammatory and are recruited during an IAV infection in vivo. We also found a highly represented interstitial population whose phenotype is very similar to that of AMs: AM-like cells. They are pro-inflammatory upon in vitro infection by a swine H3N2 strain or a Lena strain of PRRSV. Finally, we studied these different cell types through infection by two strains of porcine IAV, an H3N2 and an H1N2 strains, the first one being more pathological and inducing more inflammation. The AM-like cells might play an important role in this pathogenicity difference. In conclusion, we found a strategy to study more precisely the roles of DCs and Mθs in the porcine lung, and thus to better understand lung inflammation and immune response. This work opens pathways, in veterinary and biomedical health, which were previously reserved for mouse model.

A ce jour, les données génétiques et moléculaires se rapportant aux virus influenza de type A (VIs) présents dans la population porcine au Québec sont relativement rares. Pourtant, ces informations sont essentielles pour la compréhension de de l'évolution des VIs à grande échelle de 2011 à 2015. Afin de remédier à ce manque de données, différents échantillons (pulmonaires, salivaires et nasaux) ont été prélevés à partir de 24 foyers dans lesquelles les animaux présentaient des signes cliniques. Ensuite, les souches virales ont été isolées en culture cellulaire (MDCK) ou sur oeufs embryonnés. Les 8 segments génomiques des VIs de 18 souches virales ont par la suite été séquencés et analysés intégralement. La résistance aux drogues antivirales telles que l’oseltamivir (GS4071) carboxylate, le zanamivir (GS167) et l’amantadine hydrochloride a également été évaluée par des tests d'inhibition de la neuraminidase (INAs) ainsi que par un test de réduction sur plaque. Deux sous-types viraux H3N2 et H1N1 ont été identifiés dans la population porcine au Québec. Douze souches des VIs de sous-type trH3N2 ont été génétiquement liées au Cluster IV, avec au moins 6 profils de réassortiment différents. D'autre part, 6 souches virales ont été trouvées génétiquement liées au virus pandémique A(H1N1)pdm09 avec au moins trois profils de réassortiment génétique différents. Le sous-type trH3N2 des VIs est le plus répandu dans la population porcine au Québec (66,7%). La cartographie d'épitope de la protéine HA de sous-type H3 a présenté la plus forte variabilité avec 21 substitutions d’acides aminés sur 5 sites antigéniques A (5), B (8), C (5), D (1), et E (2). Toutefois, la protéine HA du sous-type H1 avait seulement 5 substitutions d'aa sur les 3 sites antigéniques Sb (1), Ca1 (2) et Ca2 (2). Un isolat H1N1 (1/6 = 16,7%) et 1 autre trH3N2 (1/12 = 8,3%) ont été trouvés comme étant résistants à l'oseltamivir. En revanche, 2 isolats du H1N1 (2/6 = 33,3%) et 2 autres du trH3N2 (2/12 = 16,7%) ont révélé être résistants au zanamivir. Dans l'ensemble, le taux de résistance aux INAs et à l’amantadine était compris entre 33,3% et 100%. La présence des VIs résistants aux drogues antivirales chez les porcs ainsi que l'émergence possible de nouvelles souches virales constituent des préoccupations majeures en la santé publique et animale justifiant ainsi la surveillance continue des VIs dans la population porcine au Québec. / Data about genomic variability of swine influenza A viruses (SIV) in Quebec herds are scarce. Yet, this information is important for understanding virus evolution in Quebec from until 2015. Different clinical samples were obtained from 24 outbreaks of swine flu in which animals were experiencing respiratory disease. Samples including lung tissues, saliva and nasal swabs were collected and virus isolation was attempted in MDCK cells and embryonated eggs. All eight gene segments of the 18 isolated SIV strains were sequenced and analysed. Antiviral drugs resistance against oseltamivir carboxylate (GS4071), zanamivir (GS167) and amantadine hydrochloride was evaluated by neuraminidase inhibition assays (NAIs) and plaque reduction assay. Two subtypes of SIV, H3N2 and H1N1, were identified in Quebec pig herds. Twelve SIV strains were genetically related to trH3N2 Cluster IV and at least 6 different reassortment profiles were identified. On the other hand, 6 Quebec SIV strains were found to be genetically related to the pandemic virus A(H1N1)pdm09 and from which three reassortment profiles were identified. Overall, the trH3N2 was the most prevalent subtype (66.7%) found in Quebec swine herds. The epitope mapping of HA indicated that the H3 subtype was the most variable with a possibility of 21 amino acids (aa) substitutions within the 5 antigenic sites A(5), B(8), C(5), D(1) and E(2). However, the HA protein of the H1 subtype had only 5 aa substitutions within 3 antigenic sites Sb(1), Ca1(2) and Ca2(2). One H1N1 (1/6 = 16.7%) and one trH3N2 (1/12 = 8.3%) were identified as strains resistant against oseltamivir. In contrast, two H1N1 (2/6 = 33.3%) and two trH3N2 (2/12 = 16.7%) strains were found to be resistant against zanamivir. Overall, the SIV resistance against antiviral neuraminidase inhibitor drugs was (33.3%). All strains were resistant against the M2 inhibitor antiviral drug, amantadine. The presence of antiviral drug resistance in Quebec swine herds and the possible emergence of new SIVs strains are public health concerns supporting the surveillance of SIVs.

Dans le contexte de la menace pandémique liée au virus influenza A(H5N1), un projet «GRIPPE AVIAIRE ET GRIPPE PANDÉMIQUE » a émergé au sein de LyonBioPôle avec comme objectif le développement d’outils de caractérisation des virus influenza pour la production de vaccins. Pour étudier le réassortiment génétique entre virus influenza, nous avons développé 3 systèmes de génétique inverse : virus humain A(H3N2) et aviaires A(H5N2) et A(H5N1) et produit des virus réassortants de composition déterminée. Leurs capacités réplicatives ont été évaluées par cinétiques de croissance virale sur MDCK avec quantification de la production virale par qRT-PCR temps réel. L’émergence du virus influenza A(H1N1)2009 pose deux questions sur l’acquisition par réassortiment génétique, d’une résistance à l’oseltamivir d’une part ou de facteurs de virulence d’autre part. Nous avons donc développé un protocole de co-infection virale de cellules MDCK pour étudier les constellations de gènes des réassortants entre différents virus: A(H1N1)2009-A(H1N1) H275Y et A(H1N1)2009-A(H5N1). Nous montrons par deux approches différentes, génétique inverse et co-infections virales, que le réassortiment génétique entre souches aviaires et humaines et surtout aviaires et porcines est possible, en privilégiant certaines constellations. Nous rapportons que le virus pandémique peut acquérir la NA H275Y des virus A(H1N1) Brisbane-like résistants à l’oseltamivir sans que ses capacités de réplication ne soient altérées. De même nous montrons que son réassortiment avec un virus hautement pathogène A(H5N1) est possible. Ces observations renforcent la nécessité de promouvoir la vaccination afin de limiter les risques de co-infection virale chez un même individu. / In the context of A(H5N1) pandemics threat, an « avian flu and flu pandemics » project was proposed by LyonBioPole to develop influenza viruses characterization tools for vaccine production. To study genetic reassortment between influenza viruses, 3 reverse genetic systems of A(H3N2) human virus and A(H5N2) and A(H5N1) avian viruses were developed and reassortant viruses were produced. Their replicative capacities were evaluated using growth kinetics on MDCK cells with viral production quantification by real-time qRT-PCR. The A(H1N1)2009 emergence raises two questions about the acquisition by genetic reassortment of oseltamivir resistance and/or pathogenicity determinants. A co-infection protocol on MDCK cells was developed to study gene constellations of reassortant viruses like A(H1N1)2009-A(H1N1) H275Y and A(H1N1)2009-A(H5N1). We report here that genetic reassortment is possible between avian, human and swine strains using reverse genetic and viral co-infection and that some specific constellations emerged. We also report, that pandemic A(H1N1)2009 can acquire the H275Y mutated NA from seasonal oseltamivir resistant A(H1N1) viruses without any modifications on replicative capacities. This genetic reassortment is also possible with A(H5N1) viruses. These observations strenght the importance of vaccination against all these influenza strains to reduce the risk of one-individual viral co-infection.

La grippe est une infection respiratoire responsable de complications respiratoires ou neurologiques nécessitant une prise en charge rapide et adaptée. L’émergence des technologies de séquençage à haut débit (NGS) permet l’étude des communautés microbiennes résidentes ainsi qu’une étude approfondie du génome des pathogènes impliqués. Cette thèse a pour objectif de caractériser le microbiome respiratoire et la diversité génomique virale des patients infectés par les virus grippaux, en corrélant les données clinicobiologiques recueillies. Après recueil des prélèvements respiratoires d’enfants hospitalisés entre 2010 et 2014, le séquençage de leur microbiome respiratoire a mis en évidence une augmentation de la diversité microbienne ainsi qu’une signature microbienne différentielle entre formes cliniques. Une répartition différentielle de taxons (OTU) permet la prédiction de complications chez les enfants infectés. L’étude d’échantillons respiratoires de patients adultes permettra de compléter la signature prédictive. Après validation des processus analytiques et bioinformatiques par reconstitution artificielles de quasi espèces et recueil de 125 prélèvements cliniques respiratoires, le séquençage du génome entier par NGS des virus grippaux permet de différencier les diversités initiales en fonction de la nature du virus infectant et de la complication. En comparaison du prélèvement initial précoce les échantillons prélevés successivement mettent en évidence une diversification différentielle entre les différents segments des virus grippaux infectant les patients, que ce soit chez les patients immunocompétents ou chez un patient immunodéprimé à l’excrétion prolongé / Influenza is a respiratory infection responsible for respiratory or neurological complications and require rapid and adapted management. The emergence of next-generation sequencing (NGS) allows the study of resident microbial communities as well as an in-depth study of the genome of the pathogens. This thesis aimed to characterize the respiratory microbiome and the viral genomic diversity of influenza virus infected patients, correlating these data to the collected clinical data. After sampling of respiratory specimens from hospitalized children between 2010 and 2014, the sequencing of their respiratory microbiome revealed an increase in microbial diversity and a differential microbial signature between clinical forms. A differential taxon distribution (OTU) allows the prediction of complications in infected children. The study of adult respiratory samples will complete the predictive signature.After validation of the analytical and bioinformatic processes by artificial reconstitution of quasi-species and collection of 125 respiratory clinical specimens, the sequencing of the whole genome by NGS of the influenza viruses allow to differentiate the initial diversities according to the nature of the infecting virus and the complication. Compared to early samples, specimen sampled successively show a differential diversification between the different segments of influenza viruses, whether in immunocompetent patients or in an immunocompromised patient with prolonged excretion

Les virus influenzae sont des pathogènes importants ayant un impact à la fois écologique et en santé publique humaine. En effet chez l’Homme, ces virus sont responsables de la grippe, qu’elle soit saisonnière, pandémique ou zoonotique. Face à ces infections très peu d’options thérapeutiques sont disponibles : seuls les inhibiteurs de neuraminidases (INA) sont recommandés par l’OMS mais des résistances ont été décrites. Les substitutions H274Y, E119V et R292K sont les substitutions de résistance retrouvées le plus fréquemment dans les neuraminidases des virus influenzae humains. Dans notre travail, l’étude des résistances aux INA a été organisée autour de deux axes, d’une part via le suivi clinique et biologique de la résistance chez les patients et d’autre part via l’étude de l’impact des substitutions de résistance dans des neuraminidases aviaires. La surveillance de ces résistances au sein du CNR des virus des infections respiratoires a permis la caractérisation du génome de virus influenza A(H1N1)pdm09 dans un contexte d’excrétion chronique en présence d’un traitement par INA chez un patient atteint de déficit immunitaire combiné sévère mais aussi le développement et l’évaluation de la PCR digitale pour le diagnostic de la substitution H274Y des virus A(H1N1). Au niveau mécanistique, notre travail a permis l’analyse des substitutions (H274Y, R292K, E119V±I222L) sur l’ensemble des sous-types de neuraminidases des virus influenzae A. La substitution H274Y se retrouve préférentiellement dans les N1 mais est responsable d’une diminution de la sensibilité à l’oseltamivir pour toutes les neuraminidases du groupe 1 (N1, N4, N5 et N8). La substitution E119V entraine une diminution de la sensibilité à l’oseltamivir variable en fonction des neuraminidases avec un impact plus important pour les N2, N7, N9 et N5. De plus l’association des substitutions E119V+I222L entraine un effet synergique sur le phénotype de résistance à l’oseltamivir. Enfin la substitution R292K entraine une diminution de la sensibilité à tous les INA dans toutes les neuraminidases du groupe 2 (N2, N3, N6, N7 et N9). La production d’une N9 recombinante portant la substitution R292K a montré un impact majeur de la substitution sur l’activité enzymatique. Un développement technologique toujours en cours au laboratoire va nous permettre d’aller plus loin dans l’analyse des mécanismes qui sous-tendent l’apparition de ces résistances / Influenza viruses are important human pathogens that are responsible for flu, whether seasonal, pandemic or zoonotic. Very few therapeutic options are available against these pathogens and neuraminidase inhibitors (NAI) are the only antiviral agents recommended by the WHO for treatment and prophylaxis of influenza virus infections. NAI resistance has already been described and the H274Y, E119V and R292K neuraminidase substitutions are the most frequently encountered substitutions responsible for oseltamivir resistance. During this work, we focused the NAI resistance study around two main objectives: first, we monitored clinical and biological resistance in treated patients and then we studied the impact of substitutions responsible for NAI resistance using avian neuraminidases. For NAI resistance monitoring, viral genomic diversity of a child's influenza A(H1N1)pdm09 was characterized in the context of a severe combined immunodeficiency and a chronic viral excretion despite antiviral treatment. For a better detection of H274Y substitution in A(H1N1) influenza viruses, a digital droplet PCR was developed and evaluated. At a more fundamental level, resistance substitutions (H274Y, R292K, E119V ± I222L) were analysed using all neuraminidase subtypes of influenza A viruses. To summarize, H274Y substitution is preferentially isolated in N1 but also decreases oseltamivir susceptibility in all group 1 neuraminidases (N1, N4, N5 and N8). The E119V substitution impact on oseltamivir susceptibility depends on the neuraminidase and decreases oseltamivir susceptibility especially within N2, N7, N9 and N5. Moreover, the E119V+I222L substitutions has a synergistic effect on oseltamivir resistance profile. The R292K substitution decreases all NAI susceptibility for all group 2 neuraminidases (N2, N3, N6, N7 and N9). The production of a recombinant N9 bearing the R292K substitution allows to highlight the substitution impact on the sialidasic activity. Development of new technological tools are still in progress to allow a more accurate analysis of the mechanisms that underlie the NAI resistance

Dans le contexte de la menace pandémique liée au virus influenza A(H5N1), un projet "GRIPPE AVIAIRE ET GRIPPE PANDÉMIQUE " a émergé au sein de LyonBioPôle avec comme objectif le développement d'outils de caractérisation des virus influenza pour la production de vaccins. Pour étudier le réassortiment génétique entre virus influenza, nous avons développé 3 systèmes de génétique inverse : virus humain A(H3N2) et aviaires A(H5N2) et A(H5N1) et produit des virus réassortants de composition déterminée. Leurs capacités réplicatives ont été évaluées par cinétiques de croissance virale sur MDCK avec quantification de la production virale par qRT-PCR temps réel. L'émergence du virus influenza A(H1N1)2009 pose deux questions sur l'acquisition par réassortiment génétique, d'une résistance à l'oseltamivir d'une part ou de facteurs de virulence d'autre part. Nous avons donc développé un protocole de co-infection virale de cellules MDCK pour étudier les constellations de gènes des réassortants entre différents virus: A(H1N1)2009-A(H1N1) H275Y et A(H1N1)2009-A(H5N1). Nous montrons par deux approches différentes, génétique inverse et co-infections virales, que le réassortiment génétique entre souches aviaires et humaines et surtout aviaires et porcines est possible, en privilégiant certaines constellations. Nous rapportons que le virus pandémique peut acquérir la NA H275Y des virus A(H1N1) Brisbane-like résistants à l'oseltamivir sans que ses capacités de réplication ne soient altérées. De même nous montrons que son réassortiment avec un virus hautement pathogène A(H5N1) est possible. Ces observations renforcent la nécessité de promouvoir la vaccination afin de limiter les risques de co-infection virale chez un même individu.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2006. / Härtill 4 uppsatser.

La grippe, infection respiratoire virale fréquente, est due aux virus Influenza. Leur génome est constitué par huit molécules d’ARN de polarité négative retrouvés sous la forme de complexe ribonucléique (RNPv). Au cours du cycle viral, il a été démontré que les régions terminales des segments de gène étaient cruciales pour l’incorporation sélective des huit RNPv à l’intérieur des particules virales. Par des techniques d’interaction in vitro et de tomographie électronique, nous avons montré que les segments de gène du virus H3N2 interagissaient entre eux par des interactions ARN/ARN impliquant leurs régions de packaging. Nos résultats suggèrent que la mise en place de ce réseau permettrait la formation d’un complexe supra macromoléculaire multi-segmenté permettant l’incorporation d’un jeu complet des huit RNPv dans les particules virales néosynthetisées. En raison de la nature segmentée du génome viral, des phénomènes de réassortiment génétique peuvent avoir lieu lors d’une co-infection. Afin de définir les mécanismes responsables de la restriction observée lors de ce phénomène, nous avons évalué le taux de réassortiment génétique in vitro entre le virus humain H3N2 et le virus aviaire H5N2. Nos résultats suggèrent que le mécanisme gouvernant l’incorporation sélective des segments de gènes, régulerait le réassortiment génétique. Nous avons montré que la modulation de l’interaction ARN/ARN entre les segments de gènes HA et M permet d’augmenter le taux d’incorporation du segment de gène HA H5 dans le fond génétique du virus humain, prérequis pour l’émergence de virus pandémique / The Flu is a frequent viral infectious disease caused by the Influenza viruses. Their genomes are composed by eight negative single-stranded RNA organised as vRNPs. During the viral cycle, the terminal non-coding and coding regions of viral genome have been shown to be crucial for the selective incorporation of a complete set of the eight vRNPs into influenza viral particles. Band shift assay and electron tomography allowed us to show that all gene segments interact together by RNA/RNA interactions involving their packaging region. Our results suggest that the eight genomic vRNAs are selected and packaged as an organized supramolecular complex held together between identified packaging regions into neosynthesized virions. Due to genome segmented nature, genetic reassortment can occur during co-infection. In order to identify molecular mechanisms responsible for the observed restriction during the genetic reassortment, we have developed a new competitive reverse genetic strategy allowing us to evaluate the genetic reassortment between H3N2 and H5N2 viruses. Our results suggest that mechanism controlling the packaging should regulate genetic reassortment. We have shown that the modulation of RNA/RNA interaction between HA and M gene segment have allowed us to increase HA H5 gene segment incorporation rate into a viral human genetic background, prerequisite for pandemic virus emergency