De nombreuses études portant sur les dialectes ont ouvert de nouvelles perspectives sur l'origine, le maintien et la fonction des dialectes chez les oscines. Trois hypothèses ont été formulées : le modèle historique (les dialectes résulteraient d'effets secondaires de l'apprentissage vocal), le modèle de spécialisation raciale (les dialectes résulteraient de populations génétiquement distinctes) et le modèle d'adaptation sociale (les dialectes résulteraient d'apprentissages à fonction sociale). Les caciques cul-jaune (Cacicus cela) ont été un modèle pionnier pour la mise en évidence de dialectes sociaux. Paradoxalement, chez l'espèce voisine des caciques cul-rouge (Cacicus haemorrhous), les dialectes sont indiqués comme étant absents. Le but de cette étude est de vérifier l'existence de dialectes chez les C. cela, de rechercher leur présence chez les C. haemorrrhous, d'étudier leur distribution spatiale et leur stabilité temporelle, et de tester expérimentalement (chez C. cela) leur perception par les membres de la colonie. L'intégralité de l'étude a été réalisée en Guyane Française sur des colonies de nidification. Les paramètres acoustiques temporels et de fréquence des chants courts produits par les mâles de chaque espèce ont été mesurés au cours de plusieurs années. Des expériences ont été menées, où des chants de différents dialectes ont été diffusés dans les colonies. Nous avons trouvé un chant court similaire à celui de C. cela chez C. haemorrhous. Nous avons confirmé la présence de dialectes de colonies proches chez C. cela et démontré leur présence pour la première fois chez C. haemorrhous. Les dialectes des deux espèces présentent une variation temporelle rapide, avec des dialectes différents chaque année au même endroit (différence plus marquée chez les C. cela). Les C. cela discriminent les dialectes de leur propre colonie des dialectes d'origine lointaine. Ils répondent notamment à ces derniers en produisant la première note de leur chant court. Ces résultats favorisent l'hypothèse d'adaptation sociale pour les dialectes chez ces deux espèces de Cacicus.

In this study, some important aspects of the relationship between honey bees (Apis mellifera L.) and pesticides have been investigated. In the first part of the research, the effects of the exposure of honey bees to neonicotinoids and fipronil contaminated dusts were analyzed. In fact, considerable amounts of these pesticides, employed for maize seed dressing treatments, may be dispersed during the sowing operations, thus representing a way of intoxication for honey bees. In particular, a specific way of exposure to this pesticides formulation, the indirect contact, was taken into account. To this aim, we conducted different experimentations, in laboratory, in semi-field and in open field conditions in order to assess the effects on mortality, foraging behaviour, colony development and capacity of orientation. The real dispersal of contaminated dusts was previously assessed in specific filed trials. The results showed a significant effect on mortality of neonicotinoids and fipronil contaminated dusts, both in laboratory and in semi-field trials. However, no effects were evidenced in honey bees orientation capacity.In the second part, the impact of various pesticides (chemical and biological) on honey bee biochemical-physiological changes, was evaluated. Different ways and durations of exposure to the tested products were also employed. Three experimentations were performed, combining Bt spores and deltamethrin, Bt spores and fipronil, difenoconazole and deltamethrin. Several important enzymes (GST, ALP, SOD, CAT, G6PDH, GAPDH) were selected in order to test the pesticides induced variations in their activity. In particular, these enzymes are involved in different pathways of detoxification, oxidative stress defence and energetic metabolism. The analysis of different biochemical indicators highlighted some interesting physiological variations that can be linked to the pesticide exposure. We therefore stress the attention on the possibility of using such a methodology as a novel toxicity endpoint in environmental risk assessment.

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, capables d'interagir avec le microbiote et les cellules de l'organisme hôte. Par leurs présences ou leurs métabolismes, ils contribuent notamment à la régulation du système immunitaire. D'un point de vue technologique, le développement d'un complément alimentaire contenant des probiotiques nécessite la maitrise des étapes de sélection et de production d'une bactérie fonctionnelle sous forme sèche et revivifiable. Au cours de ce travail, nous avons développé des tests de criblage en cytométrie en flux, permettant de déterminer l'aptitude d'une bactérie à être séchée et l'origine de sa sensibilité. Pour mettre en place ces tests, nous nous sommes intéressés aux mécanismes mis en jeu lors du procédé de séchage. Ainsi, lors de la déshydratation, les micro-organismes vont subir simultanément un stress osmotique et un stress oxydant. Les résultats montrent un fort impact du séchage sur la viabilité et le potentiel immuno-modulateur avec une diminution de la composante pro-inflammatoire (IL-12). Pour protéger les bactéries, trois stratégies d'optimisation ont été développées : le séchage par formation de mousse, l'encapsulation dans une matrice alginate-protéines de pois, et le co-séchage d'une bactérie fragile avec une bactérie résistante. Les connaissances acquises au cours de cette étude ont permis d'optimiser la production industrielle de la souche finale du projet. Afin de répondre au nouveau cadre réglementaire européen, une étude clinique en double aveugle contre placébo est actuellement en cours (2011-2013)

Au Canada, il est estimé que 14 à 26 % des enfants de la population générale ont un parent atteint d’un trouble de santé mentale majeur, ce qui représente environ 12 000 enfants dans la région de Québec. Malgré les nombreuses recherches dans le domaine, les effets de vivre avec un parent atteint d’un tel trouble demeurent encore méconnus. En ce sens, la présente recherche a pour but d’explorer le vécu d’adultes ayant grandi avec un parent atteint d’un trouble de santé mentale majeur. Plus spécifiquement, les questions de recherche sont les suivantes : 1) Quels événements et points tournants ont influencé le parcours de vie de ces adultes? 2) Comment les relations familiales et sociales évoluent-elles pour eux? 3) Quelles distinctions dans leur vécu permettent de comprendre le fonctionnement global « allant bien » par rapport à celui « allant moins bien »? Pour ce faire, des entrevues semi-structurées auprès de douze participants, dont une moitié a été jugée comme « allant moins bien » et l’autre moitié comme « allant bien » par des informateurs clés, ont été réalisées. Par l’intermédiaire de la théorie du parcours de vie, une analyse par thématique a été effectuée. Cette dernière fait ressortir la prise de conscience du trouble mental du parent comme point tournant dans le parcours de vie des participants ainsi que les effets positifs et négatifs de leurs différentes relations familiales et sociales. Finalement, peu d’éléments différencient le groupe jugé comme « allant bien » de celui « allant moins bien ». / In Canada, it is estimated that 14 to 26 % of children within the general population have a parent with a mental illness, which represents approximately 12 000 children in Quebec region. Despite numerous studies on this subject, the effects of living with a parent with mental illness are not well known. The aim of this research is to explore the experience of adults who grew up with one mentally ill parent. More specifically, the research questions are: 1) What are the events and turning points that have influenced the life course of those adults? 2) How do the familial and social relationships evolved? 3) What are the distinctions between the group considered as “well-being” and the other considered as “not so well”? To do so, semi-structured interviews have been conducted among twelve participants, half of which being considered as “well-being” and the other half as “not so well”. According to the life course theory, thematic analysis was applied. This helped identifying the awareness of the parent’s illness as a turning point in the life course of the participants and the positive and negative effects of relationships with family members and other social relationships. Finally, results show that the elements studied do not differentiate the group considered “going well” from the one “not so well” in a life course perspective.

Les circuits de refroidissement des centrales nucléaires en bord de rivière sélectionnent par leur mode de fonctionnement des micro-organismes à caractère thermophile, parmi lesquels le micro-organisme pathogène, Legionella pneumophila. Pour lutter contre le développement de ce genre bactérien, un traitement de désinfection de l'eau des circuits de refroidissement à la monochloramine peut être employé. Pour participer à la maitrise des risques sanitaires et environnementaux liés à la modification physico-chimique et microbiologique de l'eau naturelle prélevée, EDF s'est engagé dans une démarche d'amélioration des connaissances sur l'écologie des légionelles dans les circuits de refroidissement et des liens que ce genre bactérien entretient avec son environnement (physico-chimique et microbiologique) favorisant ou non leur prolifération. Ainsi, la diversité et la dynamique des Legionella pneumophila cultivables ont été déterminées dans les quatre centrales nucléaires en bord de Loire pendant un an et leurs liens avec leur environnement physico-chimique et microbiologique ont été étudiés. Cette étude a mis en évidence une forte diversité des sous-populations de Legionella pneumophila et une apparente dynamique qui semble être liée à l'évolution d'un nombre restreint de sous-populations. Les sous-populations de légionelles semblent entretenir des relations souche-spécifiques avec les paramètres biotiques et présenter des sensibilités différentes aux variations physico-chimiques du milieu. La conception des circuits de refroidissement pourrait impacter la communauté de légionelles. L'utilisation de la monochloramine perturbe fortement l'écosystème mais ne sélectionne pas de populations tolérantes au biocide.

My thesis work consisted in the study of cilia and flagella, organelles highly conserved in many eukaryotes, which protrude at the cell surface as a microtubular backbone, the axoneme, bounded by an extension of the plasma membrane. A major interest in the study of cilia is that they are involved in the regulation of many cell events, such as re-entry in the cell cycle, and that their dysfunction in vertebrates provokes multi-symptomatic diseases called ciliopathies. Ciliary growth is under control of IFT (intraflagellar transport) mechanism, first discovered in Chlamydomonas. The IFT complex includes at least 17 members and is is composed of two subcomplexes, IFTB linked to kinesin for anterograde transport in ciliary building, and IFTA linked to dynein for retrograde transport in recycling. In my thesis on IFT in Paramecium, I focused on IFT57/Hippi, a member of IFTB, which seems to display two different functions in human cells: biogenesis of cilia as member of the IFTB particle and gene regulation in Huntington's diseases, as part of a complex with Hip1 that binds caspase promoters involved in apoptosis. Some recent work also showed that in the cytoplasm of non-ciliate cells, IFT57, associated with IFT20 and IFT88, regulates T-cell antigen receptor (TCR) recycling in immune synapse. In Paramecium, four genes issued from two successive genome duplications encode IFT57 (IFT57A - D). The isoforms A and B on the one hand and C and D on the other hand are sufficiently close in DNA sequence to get homology dependent RNAi silencing with only one gene of each pair. I first confirmed that IFT57 Paramecium genes have a conserved IFT function in cilia formation, but apparently not in maintenance, in contrast to other IFT proteins such as IFT46. The combination of RNAi and GFP fusion localization allowed us to suggest interactions between IFT46 and IFT57 in the cytoplasm, upstream from the usual site of interaction in the basal body. I also found that IFT57A-GFP, but not IFT57C-GFP, can enter the macronucleus and that the labelling shifts from the old to the new macronucleus during sexual events (autogamy and conjugation). This result must be analysed in light of the mechanism that governs genome rearrangements during nuclear reorganization, which are dependent on transport of RNA as well as of piwi and other RNA-binding molecules from old to new macronucleus. By extension of its ciliary role, one interesting possibility is that IFT57 is a partner involved in this transport. I tried to detect the putative roles of IFT57A in sexual process and worked out a new RNAi method by hairpin RNA expression. I expressed a specific IFT57A hairpin under the control of the NOWA1 promoter (only expressed in autogamy or conjugation) and found surprisingly that this hairpin stops the autogamy process. Since another hairpin contain NSF sequence displayed a similar phenotype, I could not draw any conclusion about the role of IFT57A during autogamy. Using chimeras by exchanging parts of IFT57A and IFT57C, then by comparing this sequence to other in the Paramecium genus, I could determine the shortest region of IFT57A necessary for nuclear localization is the peptide encompassing L129 to N219, with two critical positions to functionally distinguish these two proteins.

Les génomes de bactériophages ont une capacité remarquable d'évolution. L'objectif de ma thèse a été d'étudier le rôle des recombinases de bactériophages dans cette évolution. Notre hypothèse était que les recombinases phagiques diffèrent de la recombinase bactérienne RecA par une fidélité relâchée lors de la réaction de recherche d'homologie, qui pourrait expliquer en partie la très grande plasticité des génomes de bactériophages. Nous avons tout d'abord utilisé une approche bioinformatique basée sur la recherche d'homologies lointaines pour prédire un maximum de gènes de recombinases dans les génomes entièrement séquencés, puis nous avons confirmé l'activité de recombinaison de certaines d'entre elles, par un test d'appariement d'ADN simple brin entre séquences identiques in vivo. Ceci nous a permis de conclure qu'il existait trois superfamilles de recombinases chez les bactériophages, de type Rad52, Rad51/RecA et Gp2.5, présentes dans 42% des 465 génomes analysés. Dans un deuxième temps, nous avons comparé six de ces recombinases à RecA et avons montré que toutes étaient capables de faire de l'appariement simple brin in vivo, contrairement à RecA. Pour deux d'entre elles, Redβ de Lambda (type Rad52) et Sak4 de HK620 (type Rad51/RecA), nous avons observé que l'appariement simple brin continuait à se produire, avec une efficacité diminuée, jusqu'à 13% de divergence entre les séquences. L'appariement d'ADN simple brin est donc une propriété commune aux recombinases de bactériophages qui les distingue de RecA, et semble pouvoir se maintenir pour un niveau élevé de divergence, ce qui soutient l'hypothèse d'une recombinaison homologue différente et plus relâchée dans sa fidélité chez les bactériophages.

La prise répétée de cocaïne entraine la mise en place d'une addiction durable. Cette maladie neuropsychiatrique est un problème de santé public majeur en France et dans le monde. Les effets aigus de la cocaïne sont maintenant bien connus mais il est encore difficile d'établir un consensus des conséquences d'une administration répétée de ce psychostimulant au niveau central. En effet, les résultats rapportés dans la littérature actuelle présentent de nombreuses disparités. Nous pensons que cela pourrait être dû aux différences de protocole d'administration utilisés par chaque laboratoire. Nous émettons l'hypothèse que si à l'heure actuelle il n'existe pas de traitement efficace pour traiter les cocaïnomanes, c'est que les thérapies ne prennent pas en compte les différentes modifications neurobiologiques induites par les différents profils de consommation. Afin de tester cette hypothèse, nous avons comparé deux profils d'administration différents de cocaïne chez le rat. Nous nous sommes intéressés aux conséquences comportementales, neurochimiques et cellulaires après un sevrage court et un sevrage long. Nous avons mis en évidence que les adaptations comportementales (activité locomotrice et exploratoire), neurochimiques (dopamine extracellulaire) et cellulaires (récepteurs dopaminergiques) basales et en réponse à une dose de rappel, sont différentes selon le profil d'administration de cocaïne. Nous avons également mis en évidence une anticipation neurochimique dopaminergique et locomotrice, exactement à l'heure habituelle d'injection et qui varie selon le profil d'administration. Dans un deuxième temps, nous avons montré que le BDNF (Brain Derived Neurotrophic Factor), qui est une neurotrophine du système catécholaminergique, varie à la fois au niveau central et au niveau périphérique, de façon spécifique pour chaque profil d'administration de cocaïne. L'utilisation en clinique de ce biomarqueur périphérique (BDNF), permettrait d'évaluer les variations neurobiologiques centrales chez les patients cocaïnomanes et d'établir un traitement thérapeutique approprié à leur profil de consommation. L'ensemble des résultats obtenus au cours de cette thèse, ont permis de montrer que le profil d'administration a une grande importance sur les conséquences neurobiologiques de la cocaïne

Le virus de l'herpès simplex de type 1 (HSV1) établit une infection latente dans le système nerveux de l'homme, au cours de laquelle un type de transcrits, appelés LATs (pour latency associated transcripts), s'accumule dans les neurones infectés. Le rôle clef des LATs dans le contrôle de la latence virale est reconnu. Cependant, depuis leur découverte dans les années 80, leur mécanisme d'action reste non élucidé.Le gène des LATs est transcrit en un LAT primaire de 8,3kb, qui est épissé, conduisant à la formation de deux LATs stables : le LAT2kb et le LAT1.5kb. De façon remarquable, le LAT2kb et le LAT1.5kb sont des introns. Leur stabilité est la conséquence d'un branchement non canonique qui se traduit par le maintien de la structure en lariat. Par ailleurs, la région du génome codant les LATs contient également le gène RL2 qui code ICP0, la protéine la plus en amont dans la cascade de réactivation du virus. Des études précédentes ont montré qu'au moment de la latence, des transcrits RL2 non épissés, s'accumulent au site principal de la latence (le ganglion de Gasser).Nous avons caractérisé ces transcrits non épissés du gène RL2 dans les tissus infectés de façon latente. Ils contiennent de façon reproductible l'intron 1 et sont d'autant plus abondants dans les tissus infectés de façon latente que les LAT s'accumulent. On peut ainsi distinguer plusieurs types de tissus infectés de façon latente, dont les deux exemples les plus représentatifs sont d'une part le ganglion de Gasser (forte expression des LAT et accumulation de transcrits RL2 non-épissés) et d'autre part le ganglion cervical supérieur (pas d'accumulation de LAT par rapport aux quantités exprimées pendant la phase aiguë de l'infection, et très peu d'expression dans transcrits non-épissés). Dans tous les cas, la réalité du caractère latent de l'infection était confirmé par la présence de génome viral sans expression de transcrits matures de gène viral précoce (représenté par celui de la thymidine kinase) ni tardif (gène UL18). Ces résultats suggèrent une relation entre la présence des LAT et l'accumulation de transcrits RL2 non-épissés, ce qui pourrait être en relation avec le maintien de l'infection à l'état latent dans ces tissus.