L'élevage de petits ruminants est majoritairement représenté dans les pays tropicaux et subtropicaux. Le parasitisme par des nématodes gastro-intestinaux (NGI), transmis via le pâturage, est une des principales causes de pertes de production en ovins comme en caprins. Depuis le milieu du XXème siècle, la généralisation de l'emploi des anthelminthiques s'est accompagnée d'une augmentation marquée de la productivité. Cependant, la sélection et la diffusion progressive de souches parasitaires résistant aux anthelminthiques rendent cette méthode de contrôle de moins en moins efficace. Ainsi, une enquête récente en Guadeloupe montre que 100% des populations de NGI sont résistantes aux benzimidazoles et que la majorité l'est à plusieurs familles d'anthelminthiques. Nous développons, à partir des connaissances acquises sur l'épidémiologie des NGI et sur les relations entre hôtes et parasites, des systèmes de contrôle intégré des parasites. Le premier élément en est l'utilisation de méthodes de traitement ciblé, à l'échelle de l'élevage entier. Ainsi, la méthode Famacha nous a permis, en constituant un refuge estimé à 50 à 80% des NGI, de réduire le risque de sélection de NGI résistants sans pénaliser la production. Les autres éléments ont pour objectif de diminuer le niveau global d'infestation du troupeau, en combinant des méthodes visant à renforcer les capacités de défense des animaux (alimentation adaptée, amélioration génétique…) et à diminuer le risque de rencontre hôte – parasite (gestion du pâturage, association d'espèces d'herbivores, utilisation des métabolites secondaires des plantes…). Le choix des différents éléments de contrôle intégré des NGI devra se baser sur leur faisabilité, en termes d'investissements matériels et humains, sur leur compatibilité avec le système d'élevage, et sur leur efficacité. Les développements futurs devront permettre d'évaluer les interactions entre ces éléments afin de pouvoir optimiser les choix des éleveurs / Most of the sheep and goats are reared in tropical and subtropical countries. Gastrointestinal nematode parasites (GIN), which are transmitted through the pastures, are among the main causes of production losses for small ruminant farmers. Since the 1940's the pharmaceutical industry has provided very efficient anthelmintics which allowed easy to run and profitable worm control. Unfortunately the systematic use of anthelmintics has resulted, within few years, in an increasing number of anthelmintic resistant (AR) nematode strains. As example, a survey in Guadeloupe (F. W. I.) revealed that all goat farms have to face at least resistances to benzimidazoles, and most of them must deal with resistances to 2 or 3 drug families. We are building up integrated systems to manage GIN infection, by seeking to slow down the spreading of AR strains of GIN and to reduce anthelmintic dependency. Firstly we propose targeted selective treatment methods (or any method allowing the survival of untreated GIN in refugia) and secondly a panel of methods to reinforce host defences (mainly through nutrition and genetic improvement) and to decrease the probability of host-parasite encounter through grazing man-agement, association of herbivore species with different specific parasites, use of plant secondary metabolites with anthelmintic properties... The choice of methods to be combined must be based on their feasibility in terms of human and material resources, compatibility with the farming system and effi-ciency. Future developments would address the evaluation of interactions between components of GIN integrated systems of management, in order to optimize the farmer choices

Pontoscolex corethrurus est le ver de terre le plus répandu dans les zones tropicales et sub-tropicales ; il est par conséquent très étudié en science du sol. Il est présent dans toutes sortes d’habitats, des sols pauvres de prairie aux sols riches de forêt primaire, et ses caractéristiques écologiques sont bien connues. Ses caractéristiques biologiques ont été moins étudiées. Peu de données sur la variation génétique au sein de cette morphoespèce sont disponibles à l’exception de la découverte en 2014 de deux lignées génétiquement différentes dans l’île São Miguel des Açores. De plus, son degré de ploïdie n’est pas connu et sa stratégie de reproduction n’est pas bien décrite. L’un des objectifs de cette thèse était de comprendre les mécanismes et les caractéristiques qui font de P. corethrurus un envahisseur efficace. Notre deuxième objectif était de rechercher des lignées cryptiques dans le monde entier et de décrire leurs relations phylogénétiques. Un troisième objectif était d’identifier quelle lignée était invasive et de caractériser la structure génétique de ses populations dans les aires native et d’introduction. Le dernier objectif était de tester si les différentes espèces du complexe avaient différents degrés de ploïdie, ce qui pourrait expliquer l’isolement reproducteur entre ces espèces. Une synthèse bibliographique de 265 études couvrant tous les aspects des connaissances sur P. corethrurus a montré que la stratégie – r et la plasticité de ce ver sont les caractéristiques clefs qui lui permettent d’envahir avec succès différents habitats. Afin d’étudier la diversité cryptique au sein de P. corethrurus à une échelle mondiale, j’ai examiné 792 spécimens collectés dans 25 pays et îles différents. Ces spécimens ont été analysés à l’aide de deux marqueurs mitochondriaux (COI et ADNr 16S), deux marqueurs nucléaires (internal transcribed spacers 2 et ADNr 28S) et une matrice de données de séquence multilocus obtenue à l’aide de la méthode AHE (Anchored Hybrid Enrichment). De plus, un total de 11 caractères morphologiques, internes comme externes, ont été étudiés dans toutes les lignées caractérisées génétiquement. Quatre espèces cryptiques (L1, L2, L3 et L4) ont été observées au sein du complexe d’espèces P. corethrurus. Elles ont été trouvées en sympatrie dans plusieurs localités et des analyses basées sur des marqueurs AFLP n’ont pas montré d’hybridation entre L1 et L3. La possibilité d’isolement reproducteur lié à des degrés de ploïdie différents a été évaluée à l’aide d’expérimentations de cytogénétique pour lesquelles plusieurs obstacles ont été rencontrés, à différentes étapes. Des résultats n’ont été obtenus que pour L4 (2n = 70). L’une des espèces du complexe, L1, était géographiquement répandue. Cette espèce correspondait aux spécimens topotypiques (échantillons provenant du jardin de Fritz Müller où P. corethrurus a été décrit en premier en 1856). Nous avons ciblé cette espèce invasive dans une étude de génétique des populations et de phylogéographie. En utilisant le gène COI et des marqueurs AFLP, nous avons révélé une faible diversité génétique dans la zone tropicale, probablement due à des évènements de colonisation récents et à une reproduction asexuelle. Cependant, la diversité génétique relativement élevée dans certaines populations, associée à un déséquilibre de liaison relativement faible, suggère aussi des évènements de reproduction sexuelle. A ce jour, c’est le premier travail réalisé à l’échelle mondiale sur la diversité génétique cryptique, la génétique des populations et la phylogéographie d’une espèce de vers de terre pérégrine dans la zone tropicale. J’ai produit la première revue complète des caractéristiques de P. corethrurus. De plus, son statut taxinomique a été clarifié ainsi que sa stratégie de reproduction qui est mixte (parthénogénèse et amphimixie). Ces informations seront utiles pour les expérimentations et les recherches futures sur les espèces du complexe P. corethrurus / Pontoscolex corethrurus is the most widespread earthworm species in the tropical and sub-tropical zones, it is hence one of the most studied earthworm in soil science. Ecological aspects of P. corethrurus, which is known to be present in a wide range of habitats from poor soils of pasture to rich soils of primary forest, were intensively investigated but biological aspects are less addressed. In particular, information on the genetic variation within the morphospecies is scarce except for the finding of two genetically differentiated lineages in São Miguel Island of Azores archipelago in 2014. Moreover, the ploidy degree of the morphospecies is not yet known and its reproduction strategy is not well understood. One of the objectives of this thesis was to understand the mechanisms and characteristics which make P. corethrurus a successful invader. Our second objective was to look for cryptic lineages in the whole world and to describe the phylogenetic relationships between them. A third objective was to identify which lineage was invasive and to characterize its population genetic structure in the native and the introduced ranges. The last objective was to test if the different species of the complex have different ploidy degrees (polyploid complex). This could eventually explain the reproductive isolation among these species. A bibliographic synthesis of 265 studies covering all subjects of knowledge on P. corethrurus showed that the r strategy and plasticity of this earthworm are the key characteristics which make it a successful invader in different habitats. In order to investigate the cryptic diversity within P. corethrurus in a world-wide scale, I examined 792 specimens collected from 25 different countries and islands. These specimens were analyzed using two mitochondrial (COI and 16S rDNA) and two nuclear (internal transcribed spacers 2 and 28S rDNA) markers and a large-scale multilocus sequence data matrix obtained using the Anchored Hybrid Enrichment (AHE) method. In addition, a total of 11 morphological characters, both internal and external, were investigated in all genetically characterized lineages. Four cryptic species (L1, L2, L3 and L4) were found within the P. corethrurus species complex, and four potentially new species within the genus Pontoscolex. The cryptic species were observed in sympatry at several localities, and analyses based on AFLP markers showed no hybridization among L1 and L3. The possibility of reproductive isolation among species of the complex because of different ploidy degrees was investigated by cytogenetic experimentations. Due to different obstacles encountered at different steps of the experimentations, results were just obtained for L4 (2n=70). One of the species belonging to the complex, L1, was particularly widespread per comparison with the others. This species corresponded to topotype specimens (samples from Fritz Müller’s garden where P. corethrurus was first described in 1856). Thus, we focused on this invasive species in a population genetics and phylogeography study. Using COI gene and AFLP markers, we revealed low genetic diversity through the tropical zone, probably due to recent colonization events and asexual reproduction type. Meanwhile, due to weak linkage disequilibrium and relatively high genetic diversity in some populations, sexual reproduction was suggested for L1.To date, this is the first study investigating at a world-wide scale, cryptic species diversity, population genetics and phylogeography of a peregrine earthworm species throughout tropical zone. I produced the first comprehensive review of all ecological and biological aspects of P. corethrurus. Moreover, the taxonomic status of P. corethrurus was clarified as well as its reproduction strategy which is mixed (parthenogenetic and sexual). All these findings represent potentially useful information for future experimentations and researches on species of P. corethrurus complex

La participation des pêcheurs artisanaux a longtemps été écartée de la gestion institutionnelle des activités halieutiques marines côtières dans la zone intertropicale, notamment au sein des États centralisés d'Amérique Centrale. L'objectif majeur de cette thèse était de déterminer le potentiel de cogestion des activités halieutiques artisanales au sein du Golfo Dulce (Pacifique Sud du Costa Rica). La réflexion s'organise en deux parties. La première est consacrée à l'étude de la gestion des activités halieutiques artisanales exploitant les ressources marines côtières, ressources communes, dans les pays en développement tropicaux, et la seconde, à une étude de cas du Golfo Dulce. Dans un premier temps, le secteur halieutique artisanal costaricain a été caractérisé, notamment au travers de son évolution historique et de sa gestion déconcentrée et pluri-institutionnelle. Les différentes modalités de participation des pêcheurs artisanaux à la gestion de leurs activités halieutiques sont illustrées par plusieurs études de cas (Cahuita, Marino-Ballena, Palito, Tárcoles, Golfo Dulce). Dans un second temps, les pratiques de pêche et le profil socio-économique des pêcheurs artisanaux des trois communautés de Bahía Pavones (sud-est du Golfo Dulce) ont été caractérisés. L'activité de pêche artisanale y repose sur huit espèces, dont les deux principales, Lutjanus gutattus (vivaneau rose) et L. peru (vivaneau garance) seraient surexploitées. La participation des pêcheurs artisanaux aux organisations locales est importante malgré un déficit de confiance envers ces dernières. Enfin, la comparaison des différentes études de cas a mis en évidence l'existence de huit conditions nécessaires au développement d'un processus de cogestion d'activités halieutiques artisanales au Costa Rica. Au sein de l'Aire Marine de Pêche Responsable du Golfo Dulce, malgré la volonté des pêcheurs artisanaux de participer à une pêche durable, c'est la manipulation de ces derniers par divers acteurs qui entrave le processus de cogestion.

Le développement hydroélectrique de la région amazonienne a conduit la création de plusieurs retenues. La qualité de l'eau de ces retenues subit de modifications provoquées par divers facteurs parmi lesquels la dégradation de la végétation terrestre immergée semble prédominante. Nous avons cherché l'intégration de ces facteurs dans un modèle mathématique pour étudier l'évolution de cette qualité de l'eau. Ce modèle décrit, selon les dimensions verticale et longitudinale, le comportement de cinq variables d'état: l'oxygène dissous, la matière organique dans la colonne d'eau, la matière organique facilement dégradable, la matière organique difficilement dégradable, et l'ammonium. Ce comportement est décrit en conditions d'aérobiose et d'anaérobiose. Le compartiment physique du modèle utilise deux approches pour la description longitudinale de la retenue. La première utilise un modèle thermique unidimensionnel et une discrétisation longitudinale en boîtes. La seconde utilise un modèle thermique unidimensionnel et une description longitudinale de l'intrusion du fleuve. Le modèle est calé et validé sur la base de données de la retenue de Tucurui (Brésil). Les principaux résultats indiquent une simulation correcte des événements de stratification et déstratification, ainsi que des concentrations en oxygène dissous et en ammonium. Cette modélisation met en évidence la part importante prise par la dégradation des troncs et des branches dans l'évolution de la qualité de l'eau de la retenue. En effet, leur dégradation provoque une forte consommation d'oxygène; le dégagement d'ammonium, en revanche, est marginal.

La participation des pêcheurs artisanaux a longtemps été écartée de la gestion institutionnelle des activités halieutiques marines côtières dans la zone intertropicale, notamment au sein des États centralisés d’Amérique Centrale. L’objectif majeur de cette thèse était de déterminer le potentiel de cogestion des activités halieutiques artisanales au sein du Golfo Dulce (Pacifique Sud du Costa Rica). La réflexion s’organise en deux parties. La première est consacrée à l’étude de la gestion des activités halieutiques artisanales exploitant les ressources marines côtières, ressources communes, dans les pays en développement tropicaux, et la seconde, à une étude de cas du Golfo Dulce. Dans un premier temps, le secteur halieutique artisanal costaricain a été caractérisé, notamment au travers de son évolution historique et de sa gestion déconcentrée et pluri-institutionnelle. Les différentes modalités de participation des pêcheurs artisanaux à la gestion de leurs activités halieutiques sont illustrées par plusieurs études de cas (Cahuita, Marino-Ballena, Palito, Tárcoles, Golfo Dulce). Dans un second temps, les pratiques de pêche et le profil socio-économique des pêcheurs artisanaux des trois communautés de Bahía Pavones (sud-est du Golfo Dulce) ont été caractérisés. L’activité de pêche artisanale y repose sur huit espèces, dont les deux principales, Lutjanus gutattus (vivaneau rose) et L. peru (vivaneau garance) seraient surexploitées. La participation des pêcheurs artisanaux aux organisations locales est importante malgré un déficit de confiance envers ces dernières. Enfin, la comparaison des différentes études de cas a mis en évidence l’existence de huit conditions nécessaires au développement d’un processus de cogestion d’activités halieutiques artisanales au Costa Rica. Au sein de l’Aire Marine de Pêche Responsable du Golfo Dulce, malgré la volonté des pêcheurs artisanaux de participer à une pêche durable, c’est la manipulation de ces derniers par divers acteurs qui entrave le processus de cogestion. / The participation of small scale fishers in institutional management of tropical coastal marine fisheries activities has long been excluded, notably in the centralized states of Central America. The major objective of this study was to determine the potential of co-management of coastal marine small scale fisheries activities in Golfo Dulce (South Pacific of Costa Rica). The study consists of two main parts. The first analyses the management of small scale fishing activities exploiting coastal marine resources in tropical developing countries, and the second is devoted to the case study of Golfo Dulce. In a first step, the Costa Rican small scale fishery sector was characterized, especially its historical evolution and its decentralized and multi-agency management. The various modalities of the participation of small scale fishers in its management were illustrated by several case studies (Cahuita, Marino-Ballena, Palito, Tárcoles, Golfo Dulce). Second, fishing practices and socio-economic profile of small scale fishers of the three communities of Bahía Pavones (southeast of Golfo Dulce) were characterized. The small scale fishing activity is essentially based on eight species, of which the two main ones, Lutjanus gutattus (spotted rose snapper) and L. peru (Pacific red snapper) could be overexploited. The participation of small scale fishers to local organizations is significant despite a general lack of confidence towards these organizations. Finally, comparing the different case studies revealed the existence of eight key conditions for the development of a successful co-managed small scale fishery in Costa Rica. Within the Marine Responsible Fishing Area of the Golfo Dulce, it is the manipulation of small scale fishers by various user groups (in particular government and the tourism sector) that hinders the process of co-management.