Ce travail analyse l'internationalisation de la protection environnementale sur cinq zones humides majeures d'Albanie. De par leur géographie et leur situation sur des corridors biologiques, ces zones accueillent une importante biodiversité. Trois d'entre elles sont inscrites à la convention Ramsar. Les grandes plaines littorales d'Albanie étaient naguère très marécageuses, favorables au développement de la biodiversité, d'autant plus qu'elles étaient peu peuplées, car le peuple albanais vivait d'élevage dans les montagnes. L'arrivée des communistes au pouvoir a provoqué un bouleversement des valeurs, exaltant les vertus de ces plaines littorales délaissées. Leur assèchement et leur mise en culture provoqua la disparition des espaces-tampons et des bouleversements des équilibres physico-chimiques des eaux des zones humides, notamment de la salinité de l'eau. L'introduction d'espèces allochtones pour la pêche, les pollutions agricoles et industrielles, le colmatage de chenaux par l'afflux de sédiments liés à la mise à nu des sols, furent autant de conséquences des pratiques agraires durant le communisme. L'ouverture au monde en 1991 provoque la multiplication des acteurs sur les zones humides, et la formation de systèmes géographiques singuliers nés de ces jeux d'acteurs. Les pressions agricoles sont en recul, mais les acteurs locaux exploitent les ressources sauvages parfois sans contrôle. Les acteurs globaux jouent à la fois sur l'attrait de l'Albanie comme pays à faible taux de main-d'oeuvre et à la situation stratégique sur les chemins énergétiques. Les institutions internationales poussent à la création de zones protégées sur les wetlands afin de s'approprier les questions de biodiversité et réunir des segments cassés de corridors biologiques, que l'Etat encourage comme autant de manières d'avancer ses pions sur l'échiquier diplomatique. [etc.]

Avec la montée en puissance de la préoccupation environnementale dans l'espace public, les ONG d'environnement sont attendues sur leur capacité à remplir leur mission. S'étant donné pour rôle d'agir en faveur de la protection des écosystèmes et de la biodiversité, elles veulent augmenter les impacts positifs de leurs actions. La problématique théorique et pratique à laquelle cette thèse s'attache à répondre se décompose dans les questions suivantes : (i) comment agissent et peuvent agir les ONGE ? (ii) Quel raisonnement stratégique peut contribuer à renforcer leurs actions environnementales ? (iii) Comment appréhender et évaluer l'efficacité pour l'environnement de ces actions qui sont bien souvent indirectes (sensibilisation, influence des décisions, etc.) par rapport aux objets écologiques visés ?Cette recherche s'inscrit dans les sciences de gestion de l'environnement et des théories des organisations, en particulier dans le champ de la stratégie, et adopte l'Analyse Stratégique de la Gestion Environnementale comme cadre théorique. L'analyse est réalisée à partir d'une démarche de recherche-intervention menée pendant 3 ans ausein d'une ONGE, la Tour du Valat, centre de recherche pour la conservation des zones humides méditerranéennes.(i) A travers l'étude de trois cas d'actions développés par l'ONGE, nous montrons que les choix et la mise enœuvre de ces actions sont le fruit d'une articulation entre quatre registres stratégiques : la construction de l'objet écologique à conserver, le mode d'action environnementale pour intervenir dans l'espace public, ledéveloppement interne (gestion des ressources et compétences) et la position acquise et développée dans le secteur de la conservation. (ii) A partir de connaissances générées dans l'interaction avec les membres de l'ONGE, nous montrons que les actions environnementales peuvent être renforcées en respectant, au moment de leur construction (en interne de l'organisation), la démarche suivante : la clarification des objectifs écologiqueset l'explicitation de la stratégie au regard d'un diagnostic du système où il s'agit d'intervenir. (iii) Enfin nousconcluons de notre analyse des pratiques d'évaluation qu'il est possible de relier la stratégie mise en œuvre à ses résultats en termes d'efficacité environnementale et l'on propose un cadre d'évaluation permettant de retracer la chaîne de sens, depuis les objectifs écologiques jusqu'aux résultats de l'action déployée. Cette logique évaluative favorise la réflexion stratégique et l'amélioration de l'action environnementale dans ses procédures et ses résultats. / As a result of the ever growing environmental concerns and awareness among the general audience, environment NGOs now must come up to people's expectations. According to the role they appointed themselves in favor of the protection of ecosystems and biodiversity, they want to improve the positive impacts of their actions. The theoretical and practical issue to which the present PhD thesis attempts to respond can be split into the three following questions. (i) What are the actions of the NGO's and what can they really do ? (ii) What strategic reasoning can contribute to strength en their environmental actions ? (iii) What it the best way to apprehend and evaluate the ecological impacts of theses actions which are indirect most of the time (consciousness-raising campaign, lobbying, etc) ?This research lies within the scope of environmental management and theories of organizations, especially in thefield of strategy, and adopts the Strategic Analysis of Environmental management as a theoretical framework.The analysis is based on a 3-year work-research process carried out within la Tour du Valat, an ENGO and research centre for the conservation of mediterranean wetlands.(i) Through three case studies developed by this ENGO, we show that the choices and the implementation ofthese actions are the result of the articulation of four strategic registers : the construction of the ecological object to conserve, the internal development (resources and competences management) as well as the position acquired and developed in the preservation sector. (ii) Based on the data generated by an interaction with the workers ofthe ENGO, we show case how the original design and planning of the environmental actions could be improved by following a process of clarification of the ecological objectives and better explanation of the strategy regarding the diagnostic of the socio ecosystem concerned. (iii) As a conclusion of our evaluation process, we illustrate thatit is possible to link an implemented strategy to its ecological impacts within an evaluation framework whichenables to follow the thinking process, from the ecological objectives onto the results of the deployed action.This evaluative logical thinking nurtures strategic thinking as well as procedural improvements of environmentalactions.

La leptospirose est une zoonose bactérienne due à des Spirochètes du genre Leptospira. Elle est classée dans le groupe des maladies ré émergentes en raison du réchauffement climatique par l'OMS. Elle peut atteindre tous les mammifères et notamment l'Homme. On recense environ tous les ans 500 000 cas graves humains (c'est-à-dire ayant nécessité une hospitalisation) mais les difficultés du diagnostic laissent à penser que ce chiffre est sous évalué. La France métropolitaine est le pays d'Europe où le nombre de cas déclarés est le plus important (environ 300 / an). La contamination se produit après à un contact direct ou indirect d'une plaie ou de muqueuses saines avec les urines d'un animal infecté. Les hôtes peuvent être séparés en réservoirs, porteurs sains, et animaux malades ; les Rongeurs forment le réservoir le plus connu mais des représentants d'autres ordres de Mammifères, tels les Insectivores ou les Chiroptères, peuvent aussi jouer ce rôle. Le Ragondin (Myocastor coypus) est un grand Rongeur aquatique originaire d'Amérique du Sud qui a maintenant colonisé la quasi-totalité du territoire français. Cette espèce a été identifiée comme un porteur rénal potentiel de leptospires pathogènes en France au début des années 2000. Notre étude a été orientée suivant deux axes de travail. Tout d'abord un suivi de la contamination par les leptospires pathogènes de deux populations de Ragondin dans des zones humides de l'est de la France. Au cours de cette partie, nous nous sommes intéressés à la prévalence sérologique et à la prévalence du portage rénal dans chacune des populations. Cette étude a été complétée par une estimation de l'état général des animaux au cours d'autopsies détaillées et de l'évaluation histologique des reins afin de déterminer quel pouvait être l'impact, dans cette espèce, de l'infection par des leptospires pathogènes. Ces derniers résultats nous ont permis de clarifier, en partie, le rôle du Ragondin dans le cycle épidémiologique de la maladie. Dans un second axe, nous avons développé un outil permettant le suivi de la contamination des eaux environnementales par les leptospires pathogènes / Leptospirosis is one of the most prevalent bacterial zoonosis. It is caused by Spirochetes of the Leptospira genus and affects all mammals. The WHO considers it as a re emerging disease because of global warming. About 500 000 severe human cases are recognized worldwide but the incidence is probably under evaluated because of the diagnosis difficulties. Metropolitan France is the most affected European country with about 300 human cases declared per year. Infection results from exposure to infected urines of carrier animals, either directly or indirectly via contaminated environment. Animal hosts can be classified as reservoir hosts, healthy carriers or accidental hosts that suffer from the disease. Rodents are well known reservoir hosts but other mammals, as Insectivorous or Chiropters, can also be reservoirs for pathogenic leptospires. The nutria (Myocastor coypus) is a large aquatic rodent originating from South America. The species is now settled throughout France and it has been identified as a potential carrier of leptospirosis in 2001 in Western France. This work had two major goals. Firstly, we studied the contamination of two coypus’ populations by pathogenic leptospires. In this part we determined the serological prevalence and the prevalence of kidney carriage in both populations. Simultaneously, detailed necropsy and kidney histology were performed in order to characterize the impact of leptospirosis infection in this species and thus to clarify the role of the coypu in the epidemiological cycle of leptospirosis. Secondly, we developed a tool to detect and quantify pathogenic leptospires in environmental water that can be used in water quality surveillance program

Les zones humides (ZH) alluviales constituent des secteurs à forte valeur écologique etpatrimoniale. Pour comprendre et prédire l’évolution à long terme de ces zones, en particulierface aux changements globaux, il apparaît primordial de traduire les perturbationshydrologiques attendues en termes de perturbations biologiques, afin d'estimer lesconséquences potentielles de ces changements pour la biodiversité et le fonctionnement globalde ces écosystèmes. Cette thèse s’articule donc autour de deux objectifs: proposer un modèleconceptuel de fonctionnement écologique des ZH soumises à des assèchements saisonniers etestimer la vulnérabilité écologique de communautés faunistiques vivant dans ces ZH, enconsidérant conjointement les peuplements benthiques et interstitiels (principalementCrustacés).Nos résultats démontrent que la morphologie des ZH (eau relativement courante, eaustagnante, apports phréatique) et leurs modes d’assèchement (formation de mouilles isoléesou assec complet) sont essentiels dans la structuration des communautés microbiennes etd’invertébrés et dans la réponse saisonnière de la biodiversité et des processus écologiques.L’intensification probable des étiages et des assèchements augmentera l’hétérogénéité spatialeet temporelle des habitats et leur richesse spécifique mais réduira la biodiversité globale desplaines alluviales (disparition des espèces rares). Ces étiages plus sévères modifieront lesprocessus écologiques, diminuant le recyclage de la matière organique et la qualité des eauxsuperficielles. Les recherches futures devraient s’orientées vers des stratégies et des moyensefficaces pour garantir la durabilité écologique des ZH. / Alluvial wetlands offer many ecological goods and services. In order to evaluate thelong term impact of global changes, it appeared essential to translate the hydrological changesin term of biological perturbation, so as to estimate the consequences on biodiversity andecosystem functioning. This PhD thesis focuses on two points: to propose a conceptual modelof ecological functioning of the wetlands that are subjected to seasonal drying and to estimatethe ecological vulnerability of aquatic invertebrate communities of the wetlands facing theincreasing drought risk, by considering both the benthic and interstitial assemblages (with aparticular interest on Crustaceans).Our main results demonstrate that wetlands’ morphology (running water, groundwaterupwelling, stagnant water) and their drying modalities (formation of isolated pools orcomplete drying) influence both the microbial and invertebrate community structures andcontrol the seasonal responses of biodiversity and ecological processes. The potential increasein the low flow period and drying intensity may increase the spatial and temporalheterogeneity of habitats and their specific richness but may decrease the global biodiversityof floodplain (rarefaction of sensible species). Severe low flow periods may also disturb theirecological functioning, reducing the organic matter recycling and the surface waters quality.Future studies should develop efficient strategies to support the ecological durability ofwetlands.

La productivité, la décomposition et le recyclage des nutriments sont faibles dans les polygones de tourbe de l’île Bylot. La présence de la Grande oie des neiges pourrait y modifier ces paramètres, car ses fèces contiennent des nutriments facilement assimilables. Il faut cependant considérer l’abondance des mousses. Le rôle important des mousses dans la dynamique des milieux humides a été confirmé par cette étude. À court terme, elles séquestrent les nutriments ajoutés par les fèces. Les plantes broutées ont accès aux nutriments uniquement lorsque les mousses sont saturées et que les nutriments atteignent leurs racines. La décomposition et le recyclage des nutriments ne sont pas affectés. Il semble donc qu’à court terme, l’effet fertilisant de l’oie n’est visible que sur la croissance des mousses. En résultat secondaire, cette étude a démontré que la technique des marqueurs naturels est la plus appropriée pour estimer la production primaire des mousses dans les milieux humides arctiques. / Productivities, decomposition rates and nutrient turnovers are low in polygon fens of Bylot Island. The Greater snow geese population could modify these parameters since goose faeces contain nutrients that are easily uptaken. However, it is important to consider the moss carpet. This study showed that mosses play an important role on the polygon fen dynamic by sequestrating the nutrients added by goose faeces. Grazed plants were able to uptake nutrients only when the mosses are saturated and consequently, when nutrients reach their roots. The decomposition rates and the turnover of nutrients were not affected by nutrient additions. In addition, in the short-term, it seems that fertilizing effect of geese was visible only on moss growth. As a secondary result, this study showed that innate marker method is the most appropriate to estimate moss primary production in arctic wetlands.

Lors de l'irrigation des cultures de tomate produites en serre, une partie importante de l'eau enrichie en engrais est rejetée dans l'environnement afin de contrôler la conductivité électrique du milieu de culture et l'équilibre ionique de la solution du sol. Plusieurs contraintes limitent la réutilisation de cette eau, par exemple une surcharge de l'eau en ions sulfates (SO₄²⁻) et la présence d'agents pathogènes, comme Pythium ultimum ou Fusarium oxysporum. Les objectifs de cette recherche étaient de (1) réduire les SO₄²⁻ en présence d'ions nitrates (NO₃⁻), (2) éliminer les agents pathogènes P. ultimum et F. oxysporum présents dans l'effluent de serre, (3) évaluer l'effet suppresseur de ces eaux traitées envers la pourriture pythienne, (4) comparer la croissance de plants de tomate irrigués avec les eaux traitées par les marais, (5) comprendre l'effet de différents amendements de C dans les marais filtrants sur la diversité métabolique et phylogénétique des populations microbiennes, et finalement (6) évaluer la capacité de bioréacteurs passifs à réduire les SO₄²⁻en présence d'ions NO₃⁻ , et à éliminer les agents pathogènes P. ultimum et F. oxysporum. Nos résultats ont démontré l'importance de la quantité et de la qualité de la source exogène de carbone (C) pour réduire les ions NO₃⁻ et SO₄²⁻. Pour un enlèvement optimal de SO₄²⁻et de NO₃⁻ (99 %), l'apport de C exogène doit atteindre les seuils C :N = 3,4 et COD: SO₄²⁻= 0,36. D'autre part, les marais filtrants ont été performants (99,99 %) à réduire les agents pathogènes P. ultimum et F. oxysporum, notamment par l'adsorption de ceux-ci au biofilm formé et par la production d'enzymes extracellulaires par les microorganismes. Le traitement des effluents par les marais confère également à l'eau des propriétés suppressives envers la pourriture pythienne. La quantité et la qualité du contenu en carbone utilisé pour amender les AWs ont eu une forte incidence sur l'activité métabolique des microorganismes pour l'utilisation des sources de N, P et S. Finalement, l'utilisation de bioréacteurs passifs a montré, par une activité microbienne importante, une efficacité similaire aux marais filtrants pour réduire les ions sulfates en présence de nitrates. De plus, les bioréacteurs passifs ont été aussi performants que les marais pour éliminer les agents pathogènes étudiés. L'utilisation des marais filtrants et des bioréacteurs constitue une alternative durable pour le traitement des effluents de serre.

Ce projet vise à améliorer l’efficacité des marais à éliminer les éléments minéraux présents dans les effluents provenant de cultures de tomates hors sol. Selon nos résultats, les ssh végétalisés de Typha latifolia et combinés avec un apport en carbone ont rendu plus efficace le traitement des effluents de cultures en serre. De plus, parmi les trois types de marais à l’étude (ssh, ssv et sh), les ssh semblent être les mieux adaptés pour traiter des effluents très chargés en éléments minéraux. Toutefois, les émissions de GES ne sont pas à négliger dans les ssh. Afin d’accroître la performance de traitement en terme de charge polluante ionique, des marais en série devraient être utilisés. Selon l’un de nos essais, le traitement des effluents par trois ssv en série a éliminé efficacement les différents minéraux en dessous de la limite permise au Québec.

Bien que de nombreuses incertitudes demeurent sur la rapidité, l'amplitude et la répartition géographique du changement climatique, sa réalité fait aujourd'hui consensus au sein de la communauté scientifique, et l'occurrence des sécheresses et des dégradations du couvert végétal et des zones humides dans tous les continents soulignent l'importance de ce phénomène. Les pays de l'Afrique du nord, et la Tunisie en particulier, sont parmi les régions les plus vulnérables à cause de leurs situations géographiques particulières limitées par le Sahara au sud et la mer au nord. Dans ce contexte de changement global, le suivi spatio-temporel de l'état de surface en Tunisie permettra de comprendre l'étendue, l'amplitude et le déroulement de ce phénomène dans la région. Les images satellitaires hebdomadaires de MODIS-Terra épurées des effets atmosphériques, des nuages et de leur ombre et ayant de bonnes résolutions temporelle et radiométrique sont un bon outil pour le suivi temporel de l'état de surface. Ainsi, des méthodes de classification non supervisée (ISODATA) et supervisée (Maximum de vraisemblance et Fuzzy) sont utilisées pour les classifier. Elles aboutissent à des séries temporelles traduisant l'évolution des surfaces occupées par les sols secs, les sols humides, la végétation et les plans d'eau de 2000 à 2009 ainsi qu'à la détection de leur changement. L'analyse spectrale et le filtrage numérique ont servi pour montrer que l'évolution temporelle de ces quatre classes est à la base annuelle, et qu'elle est liée à la pluviométrie. Cependant, une variabilité à grande échelle, à l'ordre de 8-9 ans, peut être mise en question à cause de sa faible puissance dans les séries temporelles de 10 ans obtenues.

La conservation des mares temporaires implique la connaissance, à la fois de leur fonctionnement et de leurs dynamiques temporelles, à court et long terme. La thèse, réalisée sur une mare temporaire du plateau gréso-quartzitique de Benslimane, s'organise en trois volets. (1) Le premier concerne la relation entre le pollen de surface et la végétation hydrophytique locale, dans le but d'établir un référentiel actuel pour l'étude paléoécologique de la mare. Les résultats obtenus montrent que la zonation de la végétation de la mare est correctement reconstruite à partir des enregistrements polliniques. Trois taxons clés (Isoetes velata-type, Myriophyllum alterniflorum, Ranunculus-type) peuvent être utilisés pour reconstituer la structure végétale passée. (2) Le second volet concerne l'histoire de la mare, en associant les données de la littérature et les données paléoécologiques obtenues à partir d'un sondage. Les résultats permettent de dater l'origine de la mare entre 1 million et 700 000 ans avant aujourd'hui. Ils témoignent de la conservation de la topographie régionale, par bilan sédimentaire négatif, jusqu'à environ 5000 cal. BP. A cette époque, le changement du fonctionnement morphogénétique de la mare, probablement lié au développement des pratiques agro-pastorales, a entraîné le comblement progressif de la mare. L'intensification des activités humaines constitue à moyen terme la principale menace concernant les mares du plateau de Benslimane, et par voie de conséquence, sur la préservation du plateau lui-même, que les mares protègent de l'érosion. (3) Le dernier volet apporte enfin un éclairage sur les processus mis en jeu dans la régénération de la végétation après micro-perturbations. Les résultats montrent une restauration rapide des microsites perturbés par dispersion proximale et effet de bordure. Toutefois, la dynamique de recolonisation reste liée aux conditions hydrologiques locales / Conservation of temporary pools implies the knowledge, about both their functioning and their temporal dynamics, on the short and the long term. The thesis, dealing with a temporary pool of the limestone-quartzite Benslimane plateau, is organised in three sections. (1) The first one concerns the relationship between the surface pollen and the hydrophytic vegetation, in order to establish a modern reference for the paleoecological study of the pool. The results show that the vegetation zonation is correctly reconstructed from the pollen records. Three key taxa (Isoetes velata-type, Myriophyllum alterniflorum, Ranunculus-type) may be used for reconstructing the past vegetation structure. (2) The second section deals with the pool history, by combining data from literature and palaeoecological data obtained from a sediment profile. Results allow dating the origin of the pool between 1 million and 700,000 years before today. They attest the conserv ation of the regional topography, by negative sedimentary balance, until ca. 5000 cal. BP. Then, the change of morphogenetic functioning of the pool, probably related to the development of agro-pastoral practices, resulted in the progressive filling of the pool. In the medium term, the intensification of human activities constitutes the main threat concerning the Benslimane pools, and consequently, on the conservation of the whole plateau, protected from erosion by pools. (3) The last section finally highlights the processes implied in the regeneration of the vegetation after micro-disturbances. The results show a fast restoration of the disturbed microsites by proximal dispersal and border effect. However, the recolonisation dynamics remains dependent on local hydrological conditions.

En Afrique, la contamination des zones humides par les métaux et les pesticides va se poursuivre durablement. Pour autant, le statut toxicologique de ces milieux reste trop peu documente. Le but du présent travail est d’estimer la valeur du varan du Nil (Varanus niloticus) en tant qu’espèce sentinelle pour la contamination des zones humides continentales d’Afrique sub-Saharienne. Plomb, cadmium, et pesticides organochlorés et organophosphorés ont été quantifies, par spectrométrie d’absorption atomique et chromatographie gazeuse (respectivement), dans plusieurs tissus provenant de 71 spécimens issus de quatre sites (au Mali et au Niger) juges a priori inégalement contamines. Bien que des différences claires apparaissent, la contamination environnementale s’avère modérée sur les quatre sites, et ne semble pas constituer un risque notable pour les varans ni pour les humains qui s’en nourrissent occasionnellement. Toutefois la variabilité interindividuelle est importante. Les organotropismes des polluants détectés sont cohérents avec ceux préalablement décrits. Si l’on n’a pu mettre en évidence de différence liée au sexe en ce qui concerne les pesticides, les femelles présentaient des charges en métaux supérieures. La relation entre d’autres facteurs (taille, proportion de graisse) et les concentrations tissulaires a également été considérée. Les varans sont susceptibles de révéler des différences subtiles de contamination environnementale entre sites, et la résolution spatiale de l’outil semble très fine. La possibilité pratique d’utiliser cet indicateur se trouve donc validée. Un travail expérimental sur des varans captifs a par ailleurs été mené pour approfondir l’étude / In Africa, metal and pesticide contamination of wetlands is supposed to continue on a permanent basis. However, the ecotoxicological status of these ecosystems remains poorly documented. The aim of the present work is to assess the value of the Nile monitor (Varanus niloticus) as a sentinel species for the environmental contamination of continental wetlands in sub-Saharan Africa. Lead and cadmium on the one hand, and organochlorine and organophosphate pesticides on the other, have been quantified in several tissues by atomic absorption spectrophotometry and gas chromatography, respectively. Samples come from 71 specimens originating from four sites considered unequally contaminated (in Mali and Niger). Although clear differences appear between sites, the environmental contamination turns out to be moderate at the four sites, and does not seem to represent a significant risk neither for the monitors themselves, nor for occasional human consumers. However, the interindividual variability is important. The organotropisms relative to the detected pollutants are consistent with those described in previous studies. Concerning the pesticides, no gender effect has been found, whereas females were more contaminated by metals. The relation between other factors (size, proportion of fat) and tissue concentrations has been considered too. Nile monitors can reveal subtle differences in local pollution and the spatial resolution of this tool seems to be very sharp. Its practical relevance is thus validated. Additionally, an experimental work has been carried out on captive monitors to go into the subject in greater depth