Los organismos zooplanctónicos constituyen un eslabón importante en las redes tróficas de los cuerpos de agua, lo cual los convierte en indicadores útiles al evalúar el estado ecológico de un ambiente. En la presente tesis se estudió la estructura y dinámica del zooplancton de la laguna La Salada en relación a las variables físico-químicas, climáticas y al manejo antrópico. La Salada es una laguna salina somera, ubicada al SW de la provincia de Buenos Aires. Se caracteriza por presentar un importante manejo antrópico, recibiendo agua desde canales de riego derivados del Río Colorado. Se encuentra localizada en una región templada, semiárida y de fuertes vientos. Durante octubre 2012 y septiembre 2015, se realizaron mediciones cualitativas y cuantitativas del zooplancton y de las variables físico-químicas del agua a escala mensual en la laguna. A su vez se instaló una boya multiparamétrica a fin de medir variables limnológicas y meteorológicas en alta frecuencia. Se realizó una caracterización ambiental de la laguna y se estudió la variabilidad climática a partir del análisis de 50 años de registros meteorológicos diarios. La tendencia histórica muestra un aumento en 0,7 ºC de la temperatura del aire desde el año 1966 hasta el año 2015. A partir del análisis de las precipitaciones se clasificó al año 2012 como un período de lluvia normal, el año 2013 como un período muy seco, y los años 2014 y 2015 como años húmedos. Evidentemente la zona presenta una variabilidad climática importante. Del estudio de las variables limnológicas se determinó que se trata de una laguna mesosalina (30,4 g L-1) y alcalina (8,2), caracterizada por una transparencia elevada durante todo el período de estudio (166 cm). Su estado trófico se define como mesotrófico-eutrófico, con baja concentración de clorofila a en comparación con otras lagunas pampeanas (8,5 μg L-1), pero similares a otras lagunas salinas de la región y el mundo. La salinidad disminuyó y la concentración de nutrientes aumentó significativamente con el ingreso de agua aportada por los canales derivados del Río Colorado. La variación estacional de la temperatura desempeñó un rol importante, modulando las variaciones en la concentración de clorofila a. A partir de las mediciones de alta frecuencia se detectaron procesos importantes de interacción agua-atmósfera a escalas diurna, semidiurna y horaria. Dichas variaciones observadas en la temperatura del aire, humedad relativa, velocidad del viento, concentración de oxígeno disuelto y temperatura del agua, se asociaron con eventos de brisa local generados por las diferencias de temperatura y presión entre la laguna y el continente. Por otro lado, las mediciones de alta frecuencia de la concentración de oxígeno sugirieron que La Salada es un ecosistema con metabolismo autotrófico. Los valores de metabolismo fluctuaron dentro de los esperados para una laguna salina, siendo más productiva que otras lagunas templadas. La temperatura y las fluctuaciones en la conductividad juegan un importante rol en las características físico-químicas y biológicas del sistema. A su vez, la variación anual e interanual del nivel del agua es un factor crucial en el desarrollo de los procesos ecológicos en la laguna. El zooplancton de la laguna La Salada se caracterizó por presentar una diversidad baja, compuesto por especies halófilas y de pequeño porte, con una dominancia de rotíferos durante todo el período de estudio. El zooplancton estuvo dominado por B. plicatilis, seguido por otro rotífero de menor tamaño, S. kitina. El copépodo ciclopoideo Apocyclops sp. se halló principalmente en verano. La dominancia de los rotíferos y el hecho de que las abundancias de los copépodos (mayormente ciclopoideos) fueran bajas, es característico de ambientes eutróficos sujetos a una gran fuerza de predación por peces omnívoros (Odonthesthes sp). Los copépodos calanoideos estuvieron representados por B. poopoensis, una especie típica de lagunas salinas. Por otro lado, el hecho de que las especies predominantes son de pequeño porte y que los copépodos se encuentran representados por estadíos nauplii y juveniles en su mayoría, puede ser el resultado de la alta variabilidad ambiental, con un corto tiempo de retención e importantes fluctuaciones en las condiciones físico-químicas en respuesta a cambios en el nivel del agua debido al manejo antrópico. Las abundancias y biomasas del zooplancton mostraron respuestas interanuales distintas en relación a las principales variables físico-químicas. La dinámica de la abundancia zooplanctónica estuvo regulada por los cambios estacionales de temperatura. La biomasa zooplanctónica estuvo regulada por la el efecto de la entrada de agua y los aumentos consecutivos de las concentraciones de nutrientes y disminución de la conductividad/salinidad asociadas al manejo antrópico y por la temperatura. En conclusión, la presencia de peces zooplanctívoros en conjunto con los cambios en la concentración de nutrientes y salinidad, moldearon la comunidad zooplanctónica de la laguna La Salada hacia una de baja diversidad, conformada por especies halotolerantes y de pequeño porte. Esta presentó cambios característicos en la composición y biomasa en respuesta al manejo antrópico de la laguna. La variación anual e interanual del nivel del agua generada por la acción antrópica resultó ser un factor crucial en el desarrollo de los procesos ecológicos en La Salada. / Zooplankton organisms constitute an important link in the trophic networks of water bodies and are useful indicators of the overall ecological state of an environment. In the present thesis, the structure and dynamics of the zooplankton of La Salada lake were studied in relation to physicochemical and climatic variables subjected to anthropic management. La Salada is a saline shallow lake, located in the SW of the province of Buenos Aires. It is characterized by presenting an important anthropic management system, receiving water from irrigation channels derived from the Colorado River. It is located in a template, semiarid and windy region. From October 2012 to September 2015, the lake was surveyed with monthly frequency for qualitative and quantitative measurements of zooplankton and physicochemical variables. Also, a multi-parameter buoy was installed to collect high frequency limnological and meteorological data. The lake was characterized through limnological data and climate variability was assessed through daily meteorological records recorded during 50 years. The historical trend shows an increase in air temperature of 0.7 °C from 1966 to 2015. From the analysis of precipitation records, 2012 was classified as a normal precipitation period, 2013 as a very dry period, whereas the period 2014 and 2015 was considered wet. Clearly, the area is subject to an important climatic variability. Limnological variables measured in the lake indicated mesosaline (30.4 g L-1) and alkaline (8.2) conditions, with high transparency (166 cm) during the entire study period. The trophic state of the lake was defined as mesotrophic-eutrophic, with lower concentrations of chlorophyll a (8.5 μg L-1) compared to other Pampean lakes, but nevertheless similar to saline lakes of the same region and of the world. Salinity decreased and nutrients concentrations increased significantly due to the water inflow from channels derived from the Colorado River. Temperature seasonal variations played an important role modulating the chlorophyll a concentration. The analysis of high frequency measurements of several air and water parameters showed up the interaction water-atmosphere at short time scales, diurnal, semidiurnal and hourly. Variations in air temperature, relative humidity, wind speed, dissolved oxygen concentration and water temperature were associated with local breeze events generated by differences in temperature and pressure between the lake and the continent. On the other hand, the analysis of high frequency oxygen concentration measurements showed up a predominant autotrophic metabolism in La Salada. Metabolism values were within those expected for saline lakes, being more productive than other temperate lakes. Fluctuations in temperature and conductivity play an important role in the physicochemical and biological characteristics of the system. In turn, the annual and inter-annual variation of the water level is a crucial factor in the development of the ecological processes in the lake. The zooplankton of La Salada was characterized by a low diversity, represented by small size, halophiles species, with rotifers dominating the entire study period. The zooplankton was dominated by B. plicatilis, followed by another small rotifer, S. kitina. The cyclopoid copepod Apocyclops sp. occurred mainly in summer. The dominance of the rotifers and the fact that the abundances of the copepods were low, being represented mainly by cyclopoids, is characteristic of eutrophic systems under predation pressure by omnivorous fish (Odonthesthes sp.). Calanoids were represented by B. poopoensis, a typical species of saline lakes. On the other hand, the small size species and that the copepods were mainly represented by nauplii and juvenile stages may be the result of an adaptive process to high environmental fluctuation, such as the short retention time and the important fluctuations in physicochemical conditions in response to changes in the water level due to anthropic management. The abundances and biomasses of zooplankton showed different responses to the main physicochemical variables between years. The dynamics of zooplankton abundance was regulated by seasonal changes in temperature. Zooplankton biomass was regulated by the effect of water inflow and the subsequent increase of nutrient concentrations and decrease in conductivity/salinity associated with anthropogenic management and temperature fluctuations. In conclusion, the presence of zooplanctivorous fish together with the changes in the concentration of nutrients and salinity, shaped the zooplankton community of La Salada lake towards one of low diversity, constituted by small and halotolerant species. Changes in zooplankton composition and biomass in response to anthropic management of the lake were also recorded. The annual and inter-annual variation of the water level due to anthropic management proved to be a crucial factor in the development of the ecological processes in La Salada lake.

L’Océan Arctique est l’un des environnements où l’on retrouve les plus fortes variations saisonnières au monde. L’un des outils utilisés pour représenter et comprendre de tels environnements variables sont les modèles biogéochimiques. Néanmoins, ces modèles n’ont qu’une représentation sommaire des espèces métazoaires, telles que les copépodes, qui représentent pourtant jusqu’à 80% de la biomasse totale du zooplancton arctique. De plus, les espèces de copépodes composant la majorité de cette biomasse ont développé un mécanisme leur permettant de bénéficier au maximum de la production primaire concentrée l’été en Arctique, la diapause. Ce mécanisme a été documenté comme ayant un impact direct sur la phénologie des autres espèces de la communauté planctonique, ainsi que sur la biogéochimie de leur environnement. Ce projet de recherche vise à combler le manque de représentation de ce trait en l’incluant au sein d’un modèle biogéochimique dans le contexte particulier de l’Arctique représenté par des données environnementales prélevées dans le Gulf d’Amundsen. Nos résultats démontrent que sans le trait de la diapause, le modèle ne permettait pas la survie d’espèces de métazoaires. Grâce à l’utilisation de relations allométriques ainsi qu’au mécanisme de sélection naturel présent dans le modèle utilisé, nous observons qu’une seule espèce de métazoaire peut présenter une dynamique de diapause comparable à celles retrouvées dans la zone d’étude. Nous discutons ensuite de l’importance que ce trait peut avoir sur la phénologie des espèces planctoniques en raison de cascades impliquant des chaines trophiques courtes. Finalement, l’ajout d’une migration saisonnière dans le modèle actuel permettra à de futurs projets de recherches d’étudier les deux mécanismes biogoéchimiques liés à la diapause que sont la pompe à lipide ainsi que le « court-circuit lipidique » (lipid shunt).

Le système de la baie d'Hudson comprend la baie d'Hudson, la baie James et le détroit d'Hudson. La baie d'Hudson est une grande mer intérieure peu profonde avec un apport d'eau douce très élevé issu de vastes bassins de drainage s'étendant sur une grande surface du Canada. La couverture de glace de mer y est saisonnière, et cet écosystème subarctique représente la limite sud de la répartition de plusieurs espèces endémiques à l'Arctique. Une absence de glace pluriannuelle et des apports d'eau douce accrus devraient également être des conditions rencontrées dans le Haut Arctique dans un future proche, ce qui permet d'envisager le système de la baie d'Hudson comme une fenêtre ouverte sur ce qui pourrait être observé à des latitudes plus élevées dans un avenir proche. Cependant, les données sur le zooplancton et les poissons du système de la baie d'Hudson demeurent relativement rares. Avec les recherches présentées dans cette thèse, nous visons à établir des informations de référence sur le zooplancton et les larves de poissons du système de la baie d'Hudson. De plus, nous visons à mieux comprendre les mécanismes par lesquels les espèces adaptées à l'Arctique persistent dans cet environnement subarctique dynamique, afin de comprendre comment elles pourraient également y parvenir à des latitudes plus élevées. Les résultats du chapitre 1 montrent que les larves de morue arctique (Boreogadus saida) ont tendance à éclore plus tôt dans les zones affectées par les plumes d'eau douce provenant des rivières. Ces éclosions hâtives permettent à certaines jeunes morues arctiques d'atteindre de plus grandes tailles à la fin de l'été, les rendant plus susceptibles de survivre à leur premier hiver comparativement aux larves qui ont éclos plus tardivement. Puisque la croissance de ces larves hâtives doit être soutenue par la présence de proies adéquates, dans le chapitre 2, nous caractérisons la variabilité des assemblages de mésozooplancton du moment de la débâcle en juin jusqu'à la fin de l'été en octobre. Nous montrons que la variation de composition entre les communautés de mésozooplancton pourrait s'expliquer par l'impact important du retrait des glaces sur la production primaire et par la profondeur. Parmi les organismes zooplanctoniques, les copépodes du genre Calanus sont adaptés aux conditions arctiques et très riches en lipides, ce qui en fait des proies de choix pour le reste du réseau trophique. Ces copépodes sont plus nombreux au début de la saison alors qu'il y a encore de la glace dans la baie, et dans les zones profondes centrales du système de la baie d'Hudson. À la fin de l'été, l'abondance plus faible de Calanus coïncide avec l'abondance plus élevée des petits copépodes du genre Pseudocalanus pour entraîner une biomasse globale plus faible de mésozooplancton dans le système. Au niveau trophique supérieur, les assemblages d'ichtyoplancton variaient également beaucoup entre le début et la fin de l'été, comme le montre le chapitre 3. Les larves de capelan, un poisson boréal, étaient de loin les plus abondantes dans l'ensemble, même si elles étaient géographiquement limitées à la partie sud ouest de la baie et particulièrement abondantes seulement à la fin de l'été. En revanche, les assemblages dominés par les larves de morues arctiques étaient répandus plus équitablement à travers la baie d'Hudson et le détroit d'Hudson, si bien que les jeunes stades de morue arctique et de capelan se chevauchaient peu géographiquement et temporellement. Cependant, les larves de morue arctique se retrouvaient souvent en compagnie de celles des lançons et d'autres espèces des familles Cottidae, Liparidae et Stichaeidae. Dans ces cas là, les tailles des larves étaient de plus comparables et une compétition pour la nourriture est alors possible. Dans l'ensemble, les résultats de cette thèse soutiennent l'hypothèse selon laquelle la persistance des espèces de zooplancton et d'ichtyoplancton adaptées à l'Arctique dans un environnement subarctique nécessite des stratégies d'hivernage et de reproduction leur permettant de tirer pleinement parti de la courte période de production essentiellement limitée à la période de débâcle des glaces. Plus tard dans l'été, les conditions nettement plus chaudes donnent probablement un avantage concurrentiel aux espèces boréales. / The Hudson Bay system consists of the Hudson Bay, James Bay and Hudson Strait. The Hudson Bay is a large shallow inland sea with a very high freshwater input. It is seasonally ice-covered and is considered a sub-Arctic ecosystem representing the southern limit of the distribution of several Arctic-adapted species. Since a seasonal ice regime precluding multi-year ice and a significant increase in freshwater runoff are predicted to prevail soon in the High Arctic, current conditions in this system might represent an open window on what could be observed at higher latitudes in the near future. Data on the zooplankton and fish in the Hudson Bay system are still relatively scarce. With the research presented in this thesis, we aim to lay baseline information on the zooplankton and fish larvae of the Hudson Bay system. Furthermore, we aim to understand the mechanisms by which Arctic-adapted species are persisting in this sub-Arctic environment and thus understand how they might also do so at higher latitudes. The findings of Chapter 1 show that Arctic cod (Boreogadus saida) larvae tend to hatch earlier in areas affected by riverine freshwater under the ice. These early hatchers are larger by the end of summer and thus more likely to survive their first winter compared to later hatchers. In Chapter 2 we show that mesozooplankton assemblages are different from the time of ice breakup in June to autumn in October and that the variation between mesozooplankton communities could be explained by the ice retreat and by depth. The lipid-rich, Arctic-adapted Calanus spp. copepods are more numerous early in the season while there is still ice in the bay and in the central deeper areas of the Hudson Bay system. The lower abundance of Calanus spp. copepods at the end of summer and the higher abundance of the small copepod Pseudocalanus spp., result in an overall lower biomass of mesozooplankton in the Hudson Bay system in late summer. The ichthyoplankton assemblages were also quite different from early to late summer as shown in Chapter 3. Larvae of the boreal capelin were by far the most abundant overall, even though they were geographically restricted to the southwestern part of the bay and only highly abundant in late summer. In contrast, assemblages featuring Arctic cod were widespread over the Hudson Bay and Hudson Strait, and geographical overlap between capelin and Arctic cod was minimal. Arctic cod larvae, however, overlapped temporally and geographically with sand lance and with other fish larvae, such as species from the Cottidae, Liparidae and Stichaeidae families. In these cases, the sizes of the larvae were comparable, and competition for food may be possible. Overall, the results from this thesis support the hypothesis that for Arctic-adapted zooplankton and ichthyoplankton species to persist in a sub-Arctic environment, it is important to have overwintering and reproductive strategies that allow them to make full use of the short productive period during ice break-up. Later in the summer, the warmer conditions probably give boreal species a competitive advantage.

La Méditerranée Nord-Occidentale (MNO) est marquée par un processus de formation d’eau profonde en hiver qui induit une forte floraison phytoplanctonique au printemps. L'objectif de cette thèse a été de caractériser la dynamique de la communauté mesozooplanctonique à l'échelle régionale de la MNO, y compris dans la zone de convection profonde (ZCP), en évaluant ses stocks, sa composition taxonomique, sa structure en taille et ses liens trophiques avec le phytoplancton, en relation avec l'environnement hydro-biogéochimique. Trois campagnes océanographiques ont été menées en saisons contrastées: hiver, printemps et été, fournissant un jeu de données unique à cette échelle régionale. Le zooplancton est caractérisé par de faibles abondances et biomasses en hiver, surtout dans la ZCP, puis par une augmentation générale printanière, en abondance et en biomasse. Des différences spatiales s’observent, la ZCP présentant les plus forts changements de biomasse de l’hiver au printemps. Les valeurs d'été sont similaires aux valeurs hivernales et sont assez homogènes dans la zone d'étude. L'impact du broutage estimé n'est pas suffisant pour contrôler globalement la floraison printanière. Cependant, au printemps, toute la MNO, à l'exception de la ZCP, subit un contrôle top-down du zooplancton sur le phytoplancton, tandis que dans la ZCP, les valeurs de chlorophylle-a restent élevées malgré la forte demande en carbone du zooplancton, ce qui indique un contrôle bottom-up. Cette étude montre que la ZCP est probablement une zone d'intense transfert d'énergie vers les niveaux trophiques supérieurs ainsi que d'export de matière organique en MNO. / The North-Western Mediterranean Sea (NWMS) is characterized by a deep water convection process in winter, which induces a large phytoplankton bloom. The main objective of this thesis was to characterize the dynamics of the mesozooplankton community at the regional scale of NWMS including the deep convection zone (DCZ), by assessing its stocks, taxonomy and size structure, and by evaluating its phytoplankton-zooplankton trophic links in connection to the hydrological and biogeochemical environment. Three oceanographic cruises were conducted to map the NWMS in contrasting seasons: winter, spring, and summer. This represents a unique data set of zooplankton at this regional scale. The NWMS was characterized in winter by low zooplankton abundance and biomass. In spring, a general increase was found. Spatially DCZ was characterized by lowest stocks in winter and the highest in spring. In summer, biomass and abundance were similar to winter values and were quite homogenous over the study area. The estimated zooplankton grazing impact was not sufficient to globally control the spring phytoplankton bloom. However, in spring, all areas except the DCZ incurred top-down control by zooplankton on the phytoplankton stock. In the DCZ, the chlorophyll-a values remained high despite the high zooplankton biomass and carbon demand, indicating a sustained bottom-up control. This study indicates that the deep convection zone is likely an area of both enhanced energy transfer to higher trophic levels and organic matter export in NWMS.

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La réponse de la communauté de crustacés zooplanctoniques de l'estuaire de l'Escaut à l'amélioration de la qualité de l'eau a été étudiée (1996-2009). A partir de 2007, on observe un déplacement des calanoïdes de l'eau saumâtre vers l'eau douce, associée à une forte diminution des cyclopides en eau douce. Contrairement aux cyclopides et aux cladocères, la distribution spatio-temporelle des calanoïdes a répondu positivement à une amélioration de la qualité de l'eau. Nos résultats suggèrent un basculement du régime trophique d'Eurytemora affinis des organismes autotrophes vers des organismes hétérotrophes. Enfin, en vue de tester un modèle de sélectivité trophique en milieu estuarien dans un écosystème benthique, le comportement sélectif des rotifères du périphyton de la Garonne (France) a été analysé. Les résultats ont suggéré une sélection positive envers les cyanobactéries qui, en notre connaissance, a été mise en évidence pour la première fois dans ce milieu.

Les estuaires sont des systèmes hautement dynamiques où interagissent des processus biogéochimiques complexes qui influent sur le devenir de la matière organique et non organique. La confrontation des eaux fluviales et marines induit des changements rapides des principaux facteurs structurant la distribution des organismes vivants et gouvernant la spéciation de certains éléments traces entre phase particulaire et dissoute, ex : gradient de salinité, teneurs en matières en suspension (MES). Ce travail vise à étudier l'estuaire de la Charente, principal fleuve influançant le bassin de Marennes-Oléron (première zone ostreicole française) afin (i) de caractériser la structure de la communauté zooplanctonique en relation avec les paramètres environnementaux, (ii) le fonctionnement de la base du réseau trophique de l'estuaire (identification des sources de matière organique exploitée par les organismes zooplanctoniques et suprabenthiques) et (iii) d'établir un état de contamination par les métaux des compartiments biotiques. L'estuaire de la Charente se distingue par des concentrations en MES extrêmement élevées, présentant néanmoins une contribution importante de la matière organique (efflorescence phytoplanctonique printanière en zone mésohaline et production microphytobenthique). La zone de turbidité maximale semble correspondre à un écotone qui contrôle les flux de matière organique et la distribution des organismes. Le mélange physique des particules issues des systèmes dulcicoles et marins adjacents à l'estuaire avec cette forte charge de matériel resuspendu conduit à une homogénéisation des signatures isotopiques et métalliques particulaires en été et automne le long du gradient de salinité. Les quatre assemblages zooplanctoniques identifiés sont structurés spatialement par la salinité et la concentration en MES et temporellement par les variations de température et de débit fluvial. Malgré la dominance quantitative du matériel détritique au sein du pool de matière organique particulaire (MOP), il semble que les 5 taxons planctoniques ou suprabenthiques dominants étudiés (Eurytemora affinis, Acartia spp., Daphnia spp., Neomysis integer, Mesopodopsis slabberi) présentent une sélectivité importante vis-à-vis de sources primaires distinctes. Cette succession spatio-temporelle d'espèces sélectives conduit à une multiplication des flux trophiques et semble ainsi optimiser à l'échelle annuelle l'exploitation de la MOP disponible. Les concentrations en Cd, Cu, Hg, Pb, V et Zn ont par ailleurs été mesurées dans près de 40 taxons estuariens (zooplancton, benthos, poissons). Malgré des concentrations en métaux dissous et particulaires plus faibles que dans les grands estuaires européens subissant une pression anthropique importante (Seine, Gironde), les niveaux de contamination mesurés dans les différents compartiments biotiques semblent globalement équivalents. Les évènements brefs (crue hivernale, efflorescence phytoplanctonique printanière) altèrent toutefois fortement ce schéma général en modifiant les sources primaires de matière organique disponibles et les concentrations métalliques particulaires (Cd notamment).

Reproduction de : Habilitation à diriger des recherches : Sciences naturelles : Lille 1 : 2005. / Synthèse des travaux en français. Recueil de publications en anglais non reproduit dans la version électronique. N° d'ordre (Lille 1) : 460. Curriculum vitae. Titre provenant de la page de titre du document numérisé. Bibliogr. p. 92-95. Liste des publications et des communications.

La compréhension des facteurs susceptibles d'influencer la survie des larves dans la colonne d'eau est d'une importance capitale pour prévoir les fluctuations des abondances de poissons en un site donné. L'objectif de cette thèse est donc de décrire la composition et la diversité des assemblages de larves de poissons en fin de phase pélagique dans les baies et le lagon de Nouvelle-Calédonie, et de mettre en relation leur structure spatiale et temporelle avec divers facteurs abiotiques et biotiques de l'environnement. Les abondances et la diversité de larves sont apparues maximales pendant la saison chaude, entre septembre et février. La durée d'ensoleillement par jour suivie par les conditions de vent à l'échelle du site, et la température de surface de l'eau suivie par la concentration en chlorophylle à l'échelle de la station ont le mieux expliqué les variations d'abondance des larves de différentes familles. La hiérarchie de ces différents facteurs est apparue similaire dans des sites contrastés, suggérant que ces variables constituent de bons facteurs prédictifs pour de futurs modèles spatialisés de la structure des assemblages. Des similitudes de structure entre les assemblages d'adultes résidant dans les herbiers et les assemblages de larves collectés à proximité suggèrent que les communautés d'adultes peuvent également jouer un rôle. Comme l'alimentation constitue un processus essentiel de la survie des larves, le régime alimentaire de différents taxons a été analysé. Les densités et proportions relatives des catégories de proies zooplanctoniques préférées par les larves sont apparues plus élevées dans les baies que dans les zones lagonaires, mais aucune relation significative entre la distribution des larves et celle de leurs proies n'a pu être détectée au sein de ces baies. Pourtant, la structure des assemblages de larves et la densité de zooplancton ont varié de manière concomitante le long d'un gradient côte-large. Ce résultat suggère que la détection des relations liant la structure des assemblages de larves et celle de leurs proies dépend de l'échelle d'étude considérée. L'ensemble des résultats obtenus met en évidence l'importance des baies pour les abondances, la diversité et le succès de l'alimentation des larves de poissons en fin de phase pélagique dans le lagon de Nouvelle-Calédonie.

En dépit de la ré-oligotrophisation de nombreux lacs d'Europe du nord au cours des deux dernières décennies, les développements massifs de cyanobactéries toxiques, telle que Planktothrix rubescens, adaptée aux écosystèmes mésotrophes, sont encore largement observés. Parmi les cyanotoxines produites par cette espèce, les microcystines (MCs) sont les toxines les plus fréquemment rencontrées et sont reconnues comme des molécules perturbatrices de tous les compartiments trophiques des écosystèmes lacustres. Ces blooms toxiques affectent notamment les lacs péri-alpins pour lesquels des risques de contaminations des populations piscicoles exploitées ont été démontrés. Cependant, il existe encore un manque de connaissances important tant concernant les voies de transfert de ces toxines au sein des réseaux trophiques limniques, que leurs effets physiologiques sur les populations de poisson. Dans le cadre de ce travail de thèse, deux modèles de poissons, dont les répartitions spatiales verticales diffèrent (juvéniles de perche et corégones), ont été considérés. Les objectifs principaux ont été traités d'une part au travers d'une approche expérimentale (par gavage) visant à analyser les processus d'accumulation et de détoxification, ainsi que les effets génotoxiques des MCs sur ces deux espèces modèles. Les réponses physiologiques ainsi étudiées ont permis de mettre en évidence que les juvéniles de perche et les corégones sont capables de détoxifier une partie des MCs ingérées, mais cependant des effets génotoxiques sont observés suite à l'exposition des poissons aux MCs. D'autre part, des approches écosystémiques ont permis (1) d'explorer les effets potentiels de la présence du bloom sur la répartition spatiale des poissons (2) d'évaluer les niveaux de contaminations par les MCs pour les deux espèces de poisson en tenant compte de la variabilité saisonnière (3) d'identifier les principaux vecteurs zooplanctoniques de MCs jusqu'aux poissons. Les résultats acquis montrent que les filaments de P. rubescens constituent une ressource alimentaire en période de bloom pour les organismes zooplanctoniques brouteurs et qu'un transfert de MCs est possible jusqu'aux espèces zooplanctoniques prédatrices et in fine jusqu'aux poissons. Nos résultats mettent également en avant que les voies de contaminations ainsi que les intensités de contamination des poissons peuvent varier aussi bien à l'échelle saisonnière que journalière. Ces variations sont expliquées à la fois par les changements de régime alimentaire des poissons, les variations journalières de la production de MCs par P. rubescens, et les abondances et distributions verticales des différentes proies zooplanctoniques. A l'issue de ce travail, la part importante du transfert trophique des MCs jusqu'aux poissons a été vérifiée dans les cas des contaminations chroniques qui caractérisent les conditions de blooms des lacs péri-alpins (concentrations en cyanobactéries et en toxines modérées à fortes au cours de plusieurs mois).