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Seleção entre e dentro de famílias e baseada nos valores genéticos obtidos pelo índice combinado e BLUP em eucalipto / Selection among and inside families and based in the genetic values obtained by the combined level and BLUP in eucalyptus

Rosado, Antonio Marcos 10 July 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T13:41:43Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 204727 bytes, checksum: c6b40e17d697235f452c0e4343b905a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T13:41:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 204727 bytes, checksum: c6b40e17d697235f452c0e4343b905a9 (MD5) Previous issue date: 2003-07-10 / Com o propósito de comparar os ganhos preditos e indicar um procedimento para determinação dos mesmos, para as características: diâmetro à altura do peito (DAP), altura total (ALT) e volume total com casca (VOL), em famílias de meios-irmãos de Eucalyptus urophylla, o presente trabalho foi desenvolvido utilizando seleção convencional entre e dentro, direta e indireta, seleção combinada utilizando o índice de seleção proposto por PIRES (1996), e seleção baseada em modelos mistos (REML/BLUP). Os dados utilizados foram obtidos em um teste de progênie constituído de 100 famílias de meios-irmãos, com 55 meses de idade, instalado em área da CENIBRA, na região de Sabinópolis-MG, em espaçamento de 3x2m, em delineamento de blocos ao acaso, com parcelas de 8 plantas em fileiras e 5 repetições. Com base nas análises realizadas, observou-se que as características estudadas (DAP, ALT e VOL), exibiram variabilidade genética significativa, e todas apresentaram médias dentro dos padrões compatíveis com a espécie em questão e outras amplamente utilizadas em programas de melhoramento florestal no Brasil. Os valores de herdabilidade em nível de médias de família foram bem próximos para as características estudadas, apresentando valores entre famílias de 0,60 a 0,63, e dentro de famílias entre 0,15 e 0,20, e pelo REML/BLUP os valores entre famílias foram de 0,64 a 0,72, e dentro de famílias entre 0,18 e 0,26, ambas superiores aos valores encontrados para seleção entre e dentro. A seleção entre médias de famílias proporcionou ganhos diretos que variaram de 3,67 para ALT a 12,67 para VOL e indiretos que variaram de 3,91, quando a seleção foi em ALT e a resposta em DAP, a 5,29, quando a seleção foi sobre VOL e o ganho em DAP. E a seleção dentro de família, produziu ganhos diretos, que variaram de 2,23 para ALT a 9,17 para VOL, e indiretos que variaram de 2,39 para seleção em ALT e ganho em DAP, a 4,24 para seleção em VOL e ganho em DAP. Para ganhos totais obteve-se melhores resultados quando a seleção foi direta sobre VOL, confirmando ser a característica silvicultural mais apropriada para seleção, tanto para se obter ganhos diretos sobre ela quanto indiretos sobre as outras características estudadas. A seleção combinada utilizando o índice proposto por PIRES (1996) proporcionou ganhos que variaram de 7,88 para ALT a 29,91 para VOL, sendo ambos os ganhos muito superiores aos obtidos com a seleção entre e dentro; e para o procedimento BLUP/REML encontrou-se ganhos da ordem de 5,46 para DAP, 4,93 para ALT e 17,32 para VOL. Assim conclui-se que para ganhos totais obteve-se melhores resultados quando a seleção foi direta sobre VOL, confirmando ser a característica silvicultural mais apropriada para seleção tanto para se obter ganhos diretos sobre ela quanto indiretos sobre as outras características estudadas. A seleção entre e dentro oferece estimativas precisas, porém quando a seleção combinada ou o REML/BLUP são utilizados, considerando o desbalanceamento dos dados, os ganhos são significativamente maiores do que os obtidos pela seleção entre e dentro, mostrando alta eficiência na escolha de melhores indivíduos dentro da população e equivalência nos resultados. / Aiming to compare predict gains and indicate a procedure to its determination, to those characteristics: diameter at breast heigt (DAP), total height (ALT), bark total volume (VOL), in families of half–brothers of Eucalyptus urophylla, this report was developed using conventional selection among and inside, direct and indirect, combined selection using selection level presented by PIRES (1996) and selection based in mixed models (REML/BLUP).The data used were obtained in a progeny test of 100 families of half–brothers, with 55 months old, mounted in CENIBRA area in the region of SA – MG, with spacing of 3x2 meters, in layout of randomized blocks, with plots of 8 plants in line and 5 repetition. Based in the analysis, it is seen that the studied characteristics (DAP, ALT and VOL), showed up significative genetic variation, and all of them indicated average among compatible standards with the spoken specie and others used a lot in forestry improvement programs in Brazil. The heredability values in level of families average were closed to the researched characteristics, showing values among families from 0,60 to 0,63 and inside of families from 0,15 to 0,20, and for REML/BLUP the values among families varied from 0,64 to 0,72, and inside families from 0,18 to 0,26, both above the values found for selection among and inside. The selection among families’ average presented direct gains which varies from 3,67 for ALT to 12,67 for VOL and indirect which varies form 3,91, when selection was in ALT and the answer in DAP, to 5,29 when selection was about VOL and the gain in DAP. And the selection inside of the family produced direct gains , which varies from 2,23 for ALT to 9,17 for VOL, and indirect which varies form 2.39 for selection in ALT and gain in DAP. Better results for total gains were achieved when selection was direct about VOL confirming to be a silvicultural characteristic more suitable for selection, as to obtain direct gains about it as indirect about other studied characteristics. The combined selection using the level presented by PIRES (1996) provided gains which varies from 7,88 for ALT to 29,91 for VOL, being both gains a lot higher than those obtained with the selection among and inside and for the procedure BLUP/REML it was obtained gain values from 5,46 for DAP 4,93 for alt and 17,32 for VOL. It is able to conduct that for total gains better results were obtained when the selection was direct about VOL, confirming to be the silvicultural characteristic more suitable for selection as to obtain direct gains about it as indirect about other researched characteristics. The selection among and inside offered precise estimates, however when combined selection or the REML/BLUP are used, considering the unbalance of the data, the gains are significantly higher than those obtained by the selection among and inside, showing a higher efficiency in the choice of better individuals inside the population and equivalence in the results. / Tese importada do Alexandria
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Introgressão de genes de resistência à antracnose, ferrugem e mancha-angular no cultivar de feijão Diamante Negro / Introgression of anthracnose, rust, and angular leaf spot resistance in the black bean cultivar Diamante Negro

Costa, Márcia Regina 13 February 2004 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T14:47:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 535262 bytes, checksum: 00421f94daf70463c86c818e417df696 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T14:47:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 535262 bytes, checksum: 00421f94daf70463c86c818e417df696 (MD5) Previous issue date: 2004-02-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O cultivar de feijão preto Diamante Negro além da boa aceitação comercial, apresenta resistência ao crestamento-bacteriano-comum e ao mosaico comum. No Programa de Melhoramento do Feijoeiro do BIOAGRO/UFV, foi produzida uma isolinha de grãos tipo carioca (Rudá “R”) contendo simultaneamente genes de resistência à Colletotrichum lindemuthianum (genes Co-6 e Co-4), à Uromyces appendiculatus (genes Ur-?) e à Phaeoisariopsis griseola (gene Phg –1), com o auxílio de marcadores moleculares ligados a cada um desses genes. Os objetivos deste trabalho foram: caracterizar o cultivar Diamante Negro quanto à reação às principais raças de C. lindemuthianum (antracnose), U. appendiculatus (ferrugem) e P. griseola (mancha-angular) e também quanto ao seu fingerprint molecular por meio de marcadores do DNA, e transferir genes de resistência já piramidados na isolinha Rudá “R”, para esse cultivar. O Diamante Negro foi inoculado com 10 patótipos de C. lindemuthianum, 10 de U. appendiculatus e seis de P. griseola. No resultado da avaliação, o Diamante Negro mostrou-se suscetível a três patótipos de C. lindemuthianum (65, 81 e 89) e resistente, mas segregante, a quatro (55, 87, 95 e 342). Com relação a U. appendiculatus, comportou-se como suscetível a todos os patótipos. Com relação a P. griseola, foi suscetivel a quatro patótipos (31.17, 63.19, 63.23 e 63.55). Para sua caracterização molecular frente a outros cultivares do tipo preto e ao cultivar Rudá, pela técnica de RAPD, foram utilizados 78 primers, gerando 146 bandas polimórficas que permitiram o cálculo das distâncias genéticas e análise de agrupamento. A maior distância observada em relação ao Diamante Negro foi com o cultivar andino Preto 60 dias (26,79%), a menor com o Ouro Negro (6,42%) e o Rudá mostrou-se a uma distância de 28,11%. Três grupos foram formados: um contendo o Preto 60 dias (andino), um contendo o Rudá (mesoamericano-carioca) e um contendo os demais cultivares (mesoamericanos-pretos). Para a introgressão dos genes de resistência, cruzamentos entre Diamante Negro e o Rudá “R” foram realizados e as plantas F 1 foram retrocruzadas com o Diamante Negro gerando 394 plantas. Com inoculações seriadas com os três patógenos, foi possível selecionar 32 plantas resistentes às três doenças. O DNA destas 32 plantas foi amplificado com os marcadores SCAR Y20 830a (Co-4), SCAR H13 490a (Phg-1), SCAR AZ20 940a (Co-6) e SCAR F10 1050a e SCAR BA08 560a (Ur-?). Com o resultado desta amplificação foi possível selecionar 21 plantas que possuíam pelo menos quatro marcas, sendo que quatro destas plantas (75, 93, 141 e 270) apresentaram as cinco marcas. As distâncias genéticas relativas entre estas plantas RC 1 F 1 e o Diamante Negro variaram de 37 a 65%. Todas as 21 plantas RC 1 F 1 foram conduzidas para o segundo retrocruzamento, gerando 231 plantas RC 2 F 1 . A amplificação do DNA destas plantas RC 2 F 1 com os marcadores SCAR, permitiu selecionar 18 plantas com pelo menos quatro marcas. Seis destas (75.8, 93.8, 141.2, 141.4, 141.6 e 141.7) apresentaram as cinco marcas. As distâncias genéticas relativas entre as plantas selecionadas e o Diamante Negro foram de 32 a 48%. As 18 plantas selecionadas foram usadas para o terceiro retrocruzamento. O objetivo final deste trabalho é o de selecionar linhagens de grãos pretos com resistência à antracnose, ferrugem, mancha-angular, crestamento- bacteriano-comum e mosaico comum, com bom potencial produtivo. / Diamante Negro, a black-seeded common bean cultivar, is not only outstanding because of its excellent commercial acceptability, but also because it is resistant to common bean leaf blight and to common bean mosaic virus. Using molecular marker assisted selection, the common bean breeding program of the Universidade Federal de Viçosa (BIOAGRO) developed an isoline with carioca type grains (Rudá “R”) containing genes for resistance to Colletotrichum lindemuthianum (genes Co-6 and Co-4), to Uromyces appendiculatus (genes Ur-?), and to Phaeoisariopsis griseola (gene Phg –1). The objectives of this study were: a) to characterize the cultivar Diamante Negro in relation to its reaction to the main C. lindemuthianum (anthracnose), U. appendiculatus (rust), and P. griseola (angular leaf spot) races; b) to determine its molecular fingerprint using DNA markers; and c) to transfer the resistance genes present in Rudá “R” to this cultivar. Diamante Negro was inoculated with 10 pathotypes of C. lindemuthianum, 10 of U. appendiculatus, and six of P. griseola. Diamante Negro was susceptible to three pathotypes of C. lindemuthianum (65, 81, and 89) and resistant, though segregant, to four other (55, 87, 95, and 342). The cultivar was susceptible to all pathotypes of U. appendiculatus and to four pathotypes of P. griseola (31.17, 63.19, 63.23, and 63.55). The genetic distances between Diamante Negro and xother black-seeded cultivars and cultivar Rudá were determined. Seventy- eight RAPD primers produced 146 polymorphic bands. Andean cultivar Preto 60 dias presented the greatest distance in relation to Diamante Negro (26.79%), Ouro Negro, the shortest distance (6.42%), and Rudá a distance of 28.11%. Based on the genetic distances, three groups were formed: one containing Preto 60 dias (andean), the other containing Rudá (“carioca-type”, mesoamerican) and the last one including all the other cultivars (black-seeded, mesoamerican). For the introgression of the resistance genes, the F 1 plants of the cross Diamante Negro x Rudá “R” were backcrossed with Diamante Negro, producing 394 plants. By serial inoculations with the three pathogens, 32 plants resistant to the three diseases were selected. The DNA of these 32 plants was amplified with the markers 1), and SCAR SCAR Y20 830a (Co-4), F10 1050a and SCAR SCAR AZ20 940a (Co-6), SCAR H13 490a (Phg- BA08 560a (Ur-?). Twenty-one plants were selected harboring at least four markers of the markers. Four of these plants presented all five markers. The relative genetic distances between these RC 1 F 1 plants and Diamante Negro varied from 37 to 65%. All 21 RC 1 F 1 plants were included in the second backcrossing, giving rise to 231 RC 2 F 1 plants. The DNA amplification of these plants with the SCAR markers led to the selection of 18 plants with at least four markers. Six among them presented the five markers. Relative genetic distances between the selected plants and Diamante Negro ranged between 32 and 48%. The 18 selected plants were used for a third backcross. The ultimate goal of this work is to select black-seeded lines with resistance to anthracnose, rust, angular lea spot, common leaf blight and common mosaic with a promising yield potential.
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Seleção em maracujá-amarelo para resistência ao crestamento bacteriano / Selection in yellow passionfruit for resistance to bacterial blight

Suassuna, Taís de Moraes Falleiro 05 March 2004 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T17:23:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 395026 bytes, checksum: fb703d357eea90a3067d24db6f3119aa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T17:23:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 395026 bytes, checksum: fb703d357eea90a3067d24db6f3119aa (MD5) Previous issue date: 2004-03-05 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Com o objetivo de identificar fontes de resistência ao crestamento bacteriano do maracujá-amarelo (Passilfora edulis f. flavicarpa), foram avaliados 33 acessos de maracujá-amarelo obtidos de diferentes regiões do País. Procedeu-se a inoculação artificial das folhas de mudas dos acessos em condições controladas de luz e temperatura e a determinação da área lesionada (AL), em cm 2 , 15 dias após a inoculação, por meio de imagens digitalizadas das folhas inoculadas. Houve diferença significativa entre os tratamentos, indicando variabilidade quanto à resistência à doença. A média geral do experimento foi 15,51 cm 2 de AL e o coeficiente de variação experimental (CV) 33,44 %. As médias dos tratamentos variaram de 4,27 a 28,04 cm 2 . Na segunda etapa, foi formada uma população composta por oito acessos que apresentaram valores de AL inferiores a 10 cm 2 e três que exibiram valores de AL entre 10 e 15 cm 2 . Os acessos selecionados foram plantados no pomar da UFV, com o objetivo de obter famílias de meios-irmãos para realizar um ciclo de seleção com teste de progênies. Foram obtidas 48 famílias de meios-irmãos, que representavam de três a cinco plantas de cada acesso selecionado. A inoculação e avaliação da resistência seguiram os mesmos procedimentos descritos anteriormente. Não houve diferença significativa entre os tratamentos. A média geral desta avaliação foi 4,75 cm 2 de AL e o CV 45,80%. Mais de 50% das famílias apresentaram AL média inferior a 5 cm 2 . O baixo valor das médias de AL das famílias de meios-irmãos avaliadas possivelmente decorre da combinação de genes de maior e menor efeito para resistência ao crestamento, presente nos acessos originados de diferentes regiões do país, pois as plantas que originaram essas famílias foram mantidas em uma mesma área. Os dados das duas avaliações atenderam às pressuposições de aditividade dos efeitos do modelo e normalidade de distribuição dos erros, porém foi constatada heterogeneidade das variâncias residuais. Foi constatada a ocorrência de um grupo de tratamentos, tanto nas avaliações dos acessos quanto nas avaliações das famílias que apresentavam variâncias com magnitudes elevadas, caracterizando heterocedasticidade do tipo irregular. A variância acentuada de parte dos tratamentos foi o fator determinante do alto valor do coeficiente de variação, obtido tanto nas avaliações dos acessos quanto das famílias de meios-irmãos. Em conseqüência, o valor da estimativa do quadrado médio do resíduo é superestimado, resultando em CVs mais altos. / The aim of this work was to indentify sources of resistance to passion fruit bacterial blight, caused by Xanthomonas campestris pv. passiflorae. In the first trial, 33 yellow passionfruit accessions from several regions of Brazil were evaluated. In a growth chamber environment, leafs of seedlings were inoculated with a bacterial inoculum. The leaf lesion area (LA) was measured from digital images taken at the fifth day after inoculation. It was detected significant differences among the accessions. The general mean of the trial was 15,51 cm 2 and the variation coefficient (CV) 33,44 %. The accessions means varied from 4,27 to 28,04 cm 2 . Of the eleven accessions selected, eight had LA shorter than 10 cm 2 and three LA ranging from 10 to 15 cm 2 . Forty eight halfsib families were obtained from the selected genotypes – three to five families of each selected accession – in order to make another evaluation and selection based in these progeny tests. Inoculation and evaluation of the families were done according to the preceding description. There was no significative differences among the families. The general mean of the families was 4,75 cm 2 and CV value was 45,80%. More than 50% of the families exhibited AL mean lower than 5 cm 2 . The 48 halfsib families evaluated are the result of the crossing among the selected accessions, considering that the plants that originated the families were planted in the same orchard. Probably the low value of the mean AL of the families is the result of loci of major and minor effects combined. Data of both evaluations satisfied the assumptions of the analisys of variance to aditivity of the effects of the statisitical model and normal distribution of the residuals. However, heterocedasticity was detected for the data of the evaluation of the accessions and the halfsib families. It was showed that part of the treatments of both evaluations had higher variances, characteristic of the irregular type of heterocedasticity. The discrepancy of response of this group of treatments inflated the estimative of residual variance, resulting in higher experimental variance coefficients.
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Avaliação quantitativa e molecular de germoplasma para o melhoramento do cacaueiro com ênfase na produtividade, qualidade de frutos e resistência a doenças / Quantitative and molecular evaluation of germplasm for the improvement of cacao with emphasis in the productivity, quality of fruits and resistance to diseases

Pires, José Luis 09 June 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T18:56:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3307484 bytes, checksum: 4866807412176ce78c495b4aa9ee2ee1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T18:56:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3307484 bytes, checksum: 4866807412176ce78c495b4aa9ee2ee1 (MD5) Previous issue date: 2003-06-09 / Visando propiciar subsídios para o aperfeiçoamento dos processos voltados ao melhoramento do cacaueiro no Brasil, foram conduzidos estudos sobre a coleção de germoplasma do CEPEC – Centro de Pesquisa do Cacau, em Ilhéus, na Bahia, e ensaios de avaliação de progênies, que abordaram os caracteres de maior importância para a cultura: resistência à vassoura-de- bruxa e podridão parda, produtividade, características físicas de fruto e semente, teor e dureza da gordura e concentração de ácidos graxos e triglicerídeos. Nestes, foram definidas metodologias de maior adequação para a avaliação de germoplasma, e um antigo debate sobre a ocorrência ou não de relação entre a produção de clones e de suas progênies foi elucidado, alcançando-se esta associação pela correção dos valores computados por uma variável associada ao porte: área do caule; e a partir desta foram identificadas as séries e genótipos de melhor desempenho para o caráter. Por outro lado não foi identificada qualquer associação entre distância genética e capacidade específica de combinação. Também com correção para porte, e inclusão de correção para efeitos de posição na área da coleção, foram identificados os acessos e séries de acessos mais promissores em relação à resistência à vassoura-de-bruxa, constatando-se a ocorrência de um elevado número de genótipos com forte distinção, muitos dos quais de diferentes origens e com baixa similaridade genética entre si, conforme estudo com marcadores moleculares RAPD e Microssatélites; e genótipos introduzidos mais recentemente propiciaram uma expressiva ampliação da diversidade do conjunto de acessos resistentes da coleção. Há, então, fortes indicativos da existência da possibilidade de se alcançar a associação de diferentes genes de resistência e de se ampliar a diversidade em cultivo, aspecto premente, uma vez que foi identificada, na coleção, a redução do destaque de descendentes da fonte tradicional de resistência e base das variedades atualmente distribuídas, o Scavina 6, e foi captado um processo inicial de evolução do patógeno: isolados amostrados em materiais resistentes diferem genéticamente dos amostrados em genótipos susceptíveis, conforme marcadores RAPD. Foi observada a existência de correlação entre resistência à vassoura- de-bruxa, para almofadas, ramos e frutos, e à podridão parda, havendo destaque geral, em relação a estes caracteres, para séries Amazônicas, derivadas de populações selvagens, series estas que tendem, também, a apresentarem maiores teores de gordura. Este último caráter, por sua vez, é relacionado de forma negativa com produção, para a qual, assim como para o peso de uma semente e o peso de sementes por frutos, as séries de melhores desempenhos são derivadas de populações domesticadas. Para as características físicas de semente também se observou associação significativa entre desempenho ‘per se’ e capacidade geral de combinação, o que mostra a importância da avaliação de germoplasma quanto a estes caracteres, no que diz respeito a eficiência na escolha de genótipos a serem testados como progenitores. Isto também foi constatado para a dureza de manteiga, caráter predominantemente determinado pelas proporções dos ácidos graxos oleico (O), linoleico (L) e esteárico (S) e dos triglicerídeos SOS, SOO e PLO. Tais ácidos graxos e triglicerídeos são importantes como variáveis auxiliares para se alcançar uma melhor diferenciação entre séries, sendo o grau dureza destas, ora explicado pela proporção baixa ou elevada de um ou dois dos ácidos graxos insaturados citados, ora, principalmente, pela concentração de esteárico. Com diversos dos caracteres estudados foram observadas fortes associações entre fenótipo e marcas moleculares, marcas estas, de modo geral, distintas quando da consideração do tipo Amazônico e quando da de Trinitários-Criollos. Através de uma análise de fatores foi possível identificar um fator de peso de sementes e frutos, um de produção, havendo para estes destaque de séries da América Central e Caribe e séries derivadas de populações cultivadas, e um de resistência, para o qual se destacam séries selvagens Amazônicas; e, na busca de variedades com adequadas características gerais e portadoras de diferentes genes associados à resistência, a associação destes grupos e a atuação dentro de cada um deles, através de um processo de seleção recorrente recíproca, apresenta-se, claramente, como uma opção lógica para o melhoramento do cacaueiro. / Studies were carried out at CEPEC germplasm collection and progeny trials in Ilhéus-BA, considering the most important traits for cacao crop: resistance to witches’ broom and black pod diseases, productivity, physical characteristics of pod and seed, fat content and hardness, and concentration of fatty acids and triglycerides, aiming the development of the cacao breeding in Brazil. More adequate methods to evaluate cacao germplasm were defined, and an old discussion about the correlation between clone production and their progenies was settled correcting the assessed values by means of the stem area variable. Using this variable, series and genotypes with better performance for this character were identified. No association between genetic distance and specific combination capability was identified. Associating the correction of the stem area and the effect of plant position inside the collection area, the most promising assesses and series for witches’ broom resistance were identified and a high number of outstanding genotypes were noted, many from different origins and low genetic similarity as shown by RAPD and microsatellites markers. Genotypes recently introduced increased the genetic diversity of the available resistant clones. Therefore, there are strong indications of the possibility of the association of different resistance genes to amplify the crop diversity. This is very important since it was identified in the collection a decreasing in the superiority of the traditional source of resistance and ascendant of the nowadays varieties, the Scavina 6 clone, and a initial process of pathogen evolution was detected: RAPD markers showed genetic differences of isolates from susceptible and resistant materials. A correlation between resistance to witches’ broom and black pod diseases including floral cushions, branches and pods was observed and for these characters there is a general preeminence of Amazonian series from wild cacao population which showed, also, higher fat content in the seeds. Fat content is a character negatively related to production as happens to seed weight and seed weight per pod. Series from domesticated populations usually present better performances to these characters. The significant association between performance ‘per se’ and general combining ability for physical properties of seed showed the importance to evaluate these characters when choosing genotypes to be tested as parents. The same was observed in relation to butter hardness, character influenced primarily for the concentrations of the oleic (O), linoleic (L) and stearic fat acids and SOS, SOO and PLO triglycerides. The proportion of fatty acids and triglycerides responsible for butter hardness can be used also for better differentiation between series. Several characters studied presented strong associations between phenotype and molecular markers which are generally distinct between Amazon and Trinitary – Criollos. Through a factor analysis it was possible to identify a factor of seeds and pods weight, a factor of production and a factor of resistance. Series from Central America and Caribean Islands and series from cultivated populations show distinctive production and seeds and pods weigh factors and Amazonian wild series are noted for resistance factor. In the quest for better varieties showing resistance and good general characteristics, to associate these groups and actuate within each one through a process of reciprocal recurrent selection, is a logical and clear option for cacao breeding. / Tese importada do Alexandria
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Seleção, adaptabilidade e estabilidade genotípica na seleção de clones de cana- de-açúcar utilizando modelos mistos / Selection, adaptability and genotypic stability in sugar-cane clone selection using mixed models

Bastos, Irlane Toledo 21 March 2005 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T13:50:45Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 467599 bytes, checksum: 84549fcf32dfcf417481fabe434e4de3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T13:50:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 467599 bytes, checksum: 84549fcf32dfcf417481fabe434e4de3 (MD5) Previous issue date: 2005-03-21 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O delineamento em blocos aumentados é bastante utilizado no melhoramento genético da cana-de-açúcar. As principais razões que levaram os melhoristas a adotarem esse delineamento foram: possibilidade de se avaliar grande número de tratamentos sem repetição na fase inicial dos programas e praticidade em instalar os experimento no campo. No entanto, as análises estatísticas deste delineamento apresentam certas limitações que comprometem a precisão das estimativas dos parâmetros genéticos. Uma alternativa para avaliar os delineamentos aumentados e que tem mostrado eficiência é a teoria de modelos, já que estes são por definição incompletos e conseqüentemente desbalanceados e não ortogonais. Com base na teoria de modelos mistos e utilizando o melhor estimador linear não viciado (BLUP), foi possível predizer os valores genotípicos dos genótipos de cana-de-açúcar e, através destes, estimar os ganhos com a seleção direta e indireta e a correlação entre os parâmetros que avaliam a adaptabilidade e estabilidade genotípica de acordo com as metodologias de Wricke (1956), Eberhart e Russell (1966) e as adaptadas por Carneiro (1998). Um total de 72 genótipos de cana- de-açúcar foi conduzido no delineamento em blocos aumentados em sete ambientes, sendo em cada ambiente instalados dois experimentos, formando duas repetições. As características avaliadas foram: Brix, número de colmos por parcela (NC), peso médio do colmo (PMC), toneladas de Brix por hectare (TBH) e toneladas de cana por hectare (TCH). Os resultados mostraram que a teoria de modelos mistos, aplicada ao delineamento de blocos aumentados, possibilitou a seleção de vários clones superiores às testemunhas RB72454 e RB835486. Os ganhos diretos foram bastante superiores aos indiretos em todas as circunstâncias. As metodologias diferenças em relação à reta bissegmentada ponderadas pelo coeficiente de variação residual (DRRB-CV) e trapézio quadrático ponderado pelo coeficiente de variação residual (TQ-CV) mostraram-se altamente correlacionadas entre si e com os valores genotípicos, classificando como sendo de melhor desempenho os clones mais produtivos. Ao contrário da metodologia de Wricke (1956), que não apresentou correlação significativa com esses clones, mas mostrou-se fortemente correlacionada com o coeficiente de determinação da análise de regressão. O parâmetro â ˆ 1i , que avalia a adaptabilidade segundo Eberhart e Russell (1966), teve correlação significativa com os valores genotípicos apenas com relação às características TBH e TCH. Ao passo que em todas as características avaliadas esse parâmetro correlacionou significativamente com as metodologias DRRB-CV e TQ-CV, mas de forma mais moderada. / The augmented block design is commonly used in sugar-cane genetic improvement. The main reasons that made plant breeders adopt this design were the possibility of evaluating a large number of treatments without repetition in the initial stages of the programs and practicality of installing the trials in the field. However, the statistical analyses of this design have some limitations that compromise the accuracy of genetic parameter estimates. An alternative to evaluate more efficiently augmented block designs is the theory of models, since these are by definition incomplete and consequently unbalanced and non-orthogonal. Based on the theory of mixed models and using the Best Linear Unbiased Prediction- (BLUP), it was possible to predict the genotypic values of sugar-cane genotypes and from these to estimate the gains with the direct and indirect selection and the correlation among the parameters that evaluate the adaptability and genotypic stability according to Wricke (1956), Eberhart and Russell (1966) adapted by Carneiro (1998). A total of 72 sugar-cane genotypes were arranged in the augmented block design in seven environments, two experiments in each environment, with two repetitions. The traits appraised were: Brix, number of stalks per plot (NS), mean weight (kg) of stalks (MW), tons of Brix per hectare (TBH), and tons xof cane per hectare (TCH). The theory of mixed models applied to the augmented block design made it possible the selection of several clones superior to the controls RB72454 and RB835486. The direct gains were greater than the indirect ones in all the circumstances. The methodologies differences in relation to the bisegmented line pondered by the coefficient of residual variation (DRB-VC) and quadratic trapezium pondered by the coefficient of residual variation (QT-VC) were shown highly correlated to each other and with the genotypic values, classifying the most productive clones as giving the best performance. Unlike Wricke’s methodology (Wricke, 1956) that did not show significant correlation with the clones, but it was shown strongly correlated with the determination coefficient of the regression analysis. The parameter â ˆ 1i , which evaluates adaptability according to Eberhart and Russell (1966), had significant correlation with the genotypic values only in relation to the traits TBH and TCH. Whereas in all the appraised traits this parameter correlated significantly with DRRB- CV and TQ-CV methodologies, but in a more moderate way.
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Simulação do tamanho da população e da saturação do genoma para mapeamento genético de RILs / Simulation of the population size and genome saturation level for genetic mapping of RILs

Costa e Silva, Luciano da 03 February 2005 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T14:33:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 756581 bytes, checksum: 1fd2b04358832c05c8ee23d442db0c7c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T14:33:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 756581 bytes, checksum: 1fd2b04358832c05c8ee23d442db0c7c (MD5) Previous issue date: 2005-02-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Na construção de mapas genéticos são usados vários tamanhos de população e número de marcas. Contudo, não se sabe a priori qual é o número mínimo de indivíduos e marcas a ser utilizado para a obtenção de mapas confiáveis. Desta forma, este trabalho, por meio da simulação de dados em computador, teve como objetivos o estudo de população RIL (Recombinant Inbred Line), buscando determinar: 1) a influência do número de indivíduos na população segregante sobre o mapeamento; 2) o efeito da saturação do genoma por marcas sobre o mapeamento e; 3) o número adequado de indivíduos a ser utilizado no mapeamento. Foram gerados três genomas com níveis de saturação de 5, 10 e 20 cM, com 231, 121 e 66 marcas, respectivamente. Cada genoma foi composto por 11 grupos de ligação, 100 cM cada. Para cada saturação do genoma foram geradas populações com 50, 100, 154, 200, 300, 500 e 800 indivíduos, com 100 repetições cada. Portanto, foram geradas um total de 2.100 populações. Estas populações foram mapeadas utilizando um LOD mín de 3 e freqüência máxima de recombinação de 30%. Dos mapas obtidos foram extraídas as informações: número de grupos de ligação e de marcas por grupo, tamanho de grupo de ligação, distância entre marcas adjacentes, variância das distâncias entre marcas adjacentes, inversão de marcas (dada pela correlação de Spearman) e grau de concordância das distâncias nos mapas com o genoma original (dada pelo estresse). População com tamanho igual ou superior a 100, 154 e 500 indivíduos, saturação de 5, 10 e 20 cM, respectivamente, levaram a formação de 11 grupos de ligação, em todas as repetições. Inversão na ordem de marcas e presença de marcas não ligadas foi maior tanto quanto menores foram os tamanhos de populações estudadas. A precisão na estimativa de distância entre marcas adjacentes foi maior tanto quanto maiores foram os tamanhos de população, independente do nível de saturação do genoma. Valores de estresse e variância reduziram significativamente com o aumento do tamanho de população. Concluindo, obtenção de mapas confiáveis a partir de população RIL deve, necessariamente, levar em conta o tamanho da população e número de marcas, uma vez que mapas com sérias distorções foram obtidos com utilização de populações de tamanhos insuficientes, mesmo com grande quantidade de marcas. Também, mapas com sérias distorções foram obtidos com o uso de pequena quantidade de marcas, mesmo com populações com grande número de indivíduos. Tamanhos mínimos de 100, 154 e 500 indivíduos foram necessários para a obtenção de mapas com o mesmo número de marcas por grupo de ligação do genoma original, nos casos de saturação de 5, 10 e 20 cM, respectivamente. / During the construction of genetic maps different population sizes and number of markers have been used by different authors. However, the minimum numbers of individuals and markers to be used in order to obtain reliable maps are not known. This work used data simulation aiming to determine: 1) the influence of population size; 2) the effect of genome saturation degree by markers and; 3) the adequate number of individuals to be used in the mapping of recombinant inbred line populations. Three genomes were generated with saturation levels of 5, 10 and 20 cM, each with 231, 121 and 66 markers, respectively. The genomes consisted of 11 linkage groups, each with 100 cM in length. For each saturation level, populations containing 50, 100, 154, 200, 300, 500 and 800 individuals were generated and for each population size 100 replications were analyzed. Thus, a total of 2,100 populations were generated. These populations were mapped using a LOD minimum of 3 and a maximum recombination frequency of 30%. From these maps the following variables were determined: number of linkage groups and number of markers in each group, length of the linkage group, distance between adjacent markers, variance of the distance between adjacent markers, inversion of markers (given by the Spearman correlation) and level of agreement between map distances and original genome distances (given by the stress). Population sizes equal to or greater than 100, 154 and 500 individuals in the saturation levels of 5, 10 and 20 cM, respectively, led the formation of 11 linkage groups, in all replications. As the population size increased, the inversion of markers and the presence of non-linked markers decreased, and the precision of the distance estimates between markers increased, independently of the genome saturation level. Values of stress and variance decreased significantly with the increase on the population size. In conclusion, the construction of reliable maps from RIL populations necessarily needs to consider the population size and the number of markers used, as maps with serious distortions were obtained from small sized populations, even using a large number of markers. On the other hand, maps with xserious distortions were obtained with a small number of markers, even using populations with a large number of individuals. The minimum sizes of 100, 154 and 500 individuals were necessary for obtaining maps with the same number of markers per linkage group of the original genome, in the cases of saturation level of 5, 10 and 20 cM, respectively.
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Efeito do glyphosate sobre o crescimento de estirpes de Bradyrhizobium / Glyphosate effects on Bradyrhizobium strains growth

Santos, José Barbosa dos 25 February 2004 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-05T17:08:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 384107 bytes, checksum: f7efd9f5b0c82417e3f4a40af943b9d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:08:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 384107 bytes, checksum: f7efd9f5b0c82417e3f4a40af943b9d6 (MD5) Previous issue date: 2004-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O plantio, no Brasil, da soja geneticamente modificada, resistente ao glyphosate, permite a utilização desse herbicida também em pós-emergência nessa cultura. Em regiões dos Estados Unidos, aonde esta prática já vem sendo realizada, foi relatado o efeito tóxico do glyphosate a microrganismos, dentre eles o rizóbio, microssimbionte da soja. Decorrente disso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar o efeito in vitro do glyphosate sobre estirpes de Bradyrhizobium, recomendadas, nacionalmente, para inoculação em sementes de soja. Foram realizados quatro experimentos em laboratório com as estirpes de Bradyrhizobium elkanii: SEMIA 587 e SEMIA 5019, e Bradyrhizobium japonicum: SEMIA 5079 e SEMIA 5080. No primeiro experimento avaliou-se o efeito de concentrações crescentes do glyphosate, variando de 0,0 a 43,2 μg L-1. No segundo experimento, as estirpes foram submetidas ao glyphosate puro ou em mistura ao herbicida carfentrazone-ethyl e, também, aos herbicidas fomesafen e imazethapyr. As concentrações dos herbicidas foram: 12,9; 3,6; 1,4; e 1,8 μg L-1, respectivamente, de glyphosate-K, fomesafen, imazethapyr e carfentrazone-ethyl. No terceiro experimento, testaram-se as principais formulações comerciais de glyphosate e, por fim, avaliou-se o crescimento das estirpes sob ação do glyphosate em meio de cultura enriquecido de aminoácidos aromáticos. Com base nos resultados, verificou-se que o glyphosate reduziu o crescimento das estirpes de Bradyrhizobium em todas as concentrações testadas, sendo esta redução tanto maior, quanto maior a concentração do herbicida no meio de cultura. As estirpes de Bradyrhizobium apresentaram sensibilidade diferencial às menores concentrações do glyphosate, sendo SEMIA 587, a mais sensível. Contudo, na maior concentração do glyphosate todas as estirpes tiveram seu crescimento reduzido, em média, 60%. Na comparação entre os herbicidas, observou-se que carfentrazone-ethyl, além de ter proporcionado menor inibição no crescimento de todas as estirpes, reduziu a toxicidade do glyphosate quando em mistura. Os herbicidas que se mostraram mais tóxicos foram fomesafen e imazethapyr. Dentre as marcas comerciais testadas, foi verificado o efeito tóxico dos aditivos presentes nas mesmas, uma vez que o glyphosate puro apresentou toxidez menor, comparado aos produtos formulados. A formulação Zapp Qi® apresentou a menor toxidez e Roundup Transorb®, a maior, causando inibição total do crescimento das estirpes. A suplementação do meio de cultura com aminoácidos aromáticos diminuiu a ação tóxica do glyphosate puro e da formulação comercial Zapp Qi®, sobre o Bradyrhizobium, entretanto, foi indiferente para Roundup Transorb®, o qual inibiu quase que totalmente o crescimento de três das quatro estirpes testadas independente do enriquecimento do meio. / In Brazil, soybean genetically modified plantation, resistant to glyphosate, will also allow this herbicide use in post emergence in that culture. In the United States areas, where this practice has already being accomplished, it was told the glyphosate toxicant effect to microorganisms, among them the soybean rhizobium microsymbiont. Due to that, this work aimed to evaluate the in vitro glyphosate effect on Bradyrhizobium strains, nationally recommended, for soybean seeds inoculation. Four experiments were accomplished in laboratory with Bradyrhizobium elkanii strains SEMIA 587 and SEMIA 5019 and Bradyrhizobium japonicum SEMIA 5079 and SEMIA 5080. In the first experiment the glyphosate growing concentrations effect was evaluated, varying from 0.0 to 43.2 μg L-1. In the second one, the strains were submitted to the pure glyphosate and in mixture to the herbicide carfentrazone-ethyl and also to the herbicides fomesafen and imazethapyr. In the third experiment, it was tested the main commercial formulations of glyphosate and, finally, the strains growth was evaluated under glyphosate action in medium enriched by aromatic amino acids. Based in these results, it was verified that the Bradyrhizobium strains growth was reduced by the glyphosate in all the tested concentrations, being so much this reduction larger, as larger is the concentration of herbicide in the medium. The Bradyrhizobium strains presented differential sensibility to the glyphosate smallest concentrations, being SEMIA 587, the most sensitive. However, in the largest glyphosate concentration, all the strains had its growth reduced, on the average, 60%. Comparison the herbicides, it was observed that carfentrazone-ethyl, besides having provided smaller inhibition in all strains growth, reduced the glyphosate toxicity when in mixture. The treatments with fomesafen and imazethapyr were the ones that showed more toxins. Among the tested commercial marks, toxicant effect of its addictive was verified in them, once the pure glyphosate presented smaller toxicity, compared to the formulated products. The formulation Zapp Qi ® presented the smallest toxicity and Roundup Transorb ®, the largest, causing total inhibition of strains growth. The supplementation of the medium with aromatic amino acids decreased the toxicant action of the pure glyphosate and of the commercial formulation Zapp Qi®, on Bradyrhizobium, however, it was indifferent for Roundup Transorb ®, which totally inhibited the growth of three of the four tested strains, not depending of the enrichment medium.
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Ação gênica não-aditiva de dominância na avaliação genética / Non-additive gene action of dominance on the genetic evaluation

Cunha, Elizângela Emídio 15 July 2005 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:21:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 471931 bytes, checksum: da9a97192fe4f4b633fae99fe73cf063 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:21:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 471931 bytes, checksum: da9a97192fe4f4b633fae99fe73cf063 (MD5) Previous issue date: 2005-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho teve por objetivo estudar conseqüências da ação gênica não-aditiva de dominância sobre a avaliação genética animal, no curto e médio prazos. Os dados utilizados foram provenientes de simulações em nível de genes, usando-se o Programa GENESYS na estruturação de um genoma com 600 locos bialélicos. No primeiro estudo foram propostos cinco modelos de ação gênica, que incluíram porcentuais diferentes de locos com dominância completa (d/a= +1), isto é, modelos Ad, D25, D50, D75 e D100, os quais apresentavam 0, 25, 50, 75 e 100% dos locos com desvios da dominância, nessa ordem. Adicionalmente foi simulado um sexto modelo, designado SD, que incluiu sobredominância (d/a= +2) em 50% dos locos. Os modelos com ação gênica de dominância também tiveram efeitos aditivos dos genes em todos os seus locos. A partir de cada modelo genético foram estruturadas populações-controle e de seleção fenotípica que permitiram avaliar o comportamento de diferentes parâmetros genéticos para duas características de baixa (h2= 0,10) e alta (h2= 0,60) herdabilidades. Nessas populações foram praticados apenas acasalamentos ao acaso entre seus genitores, durante 10 gerações consecutivas e discretas. Para ambas as características, constataram-se maiores valores de herdabilidade no sentido restrito, variância genotípica e variância aditiva na ausência de seleção. Verificou-se covariância entre os efeitos aditivos e de dominância, nos modelos com inclusão de desvios da dominância, predominantemente positiva sendo nas a correlação entre populações-controle e esses efeitos negativa nas populações sob seleção. A variância de dominância aumentou com o incremento no número de locos exibindo dominância, e isso implicou aumento da variância aditiva. Houve considerável variação na importância dos efeitos da dominância na variância fenotípica total (d2) de cada característica e como proporção da variância aditiva (d2a) correspondente. Modelos com menor viiiporcentagem de locos com desvios da dominância proporcionaram maior endogamia e fixação de alelos favoráveis e também maiores ganhos genéticos, no período avaliado. No segundo estudo, foram avaliados os impactos de se desconsiderarem os efeitos não-aditivos da dominância sobre a estimação de parâmetros genéticos e a predição de valores genéticos obtidos pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal aditivo unicaracterístico, empregando-se o Programa MTDFREML. Foram propostos dois modelos de ação gênica: um com apenas efeitos aditivos dos genes e o outro com aditivos e dominância completa (d/a= +1) em 100% dos locos. Em cada modelo genético, foram obtidas populações de acasalamentos e seleção ao acaso, totalizando 18.000 registros, que possibilitaram o estudo das características com herdabilidades de 0,15 (baixa), 0,30 (média) e 0,60 (alta). As estimativas dos componentes de variância e herdabilidade obtidas no modelo genético aditivo foram semelhantes aos seus valores reais, em cada característica, ao passo que, sob ação gênica de dominância, foram observadas superestimativas de todos os componentes, sobretudo da variância genética aditiva. Nesse caso, a variância de dominância não-estimada, em função do modelo adotado, foi redistribuída entre os componentes aditivo e residual estimados. Houve perda na acurácia da avaliação genética, traduzida por correlações mais baixas entre os valores genéticos preditos e verdadeiros dos animais para o modelo genético com dominância. No último capítulo, foram avaliadas duas linhagens paternas e seus cruzamentos, selecionados com base no fenótipo para a característica de herdabilidade 0,30. Foi simulado um único modelo de ações gênicas, comum a todas as populações, que incluía efeitos aditivos dos genes e dominância completa em 100 e 50% dos locos, respectivamente. As linhagens, mantidas separadas, foram selecionadas por 20 gerações e submetidas a quatro estruturas de cruzamentos entre seus indivíduos. Na primeira e na terceira, foram acasalados ao acaso machos selecionados de uma linhagem e fêmeas da outra, nas gerações 10 e 15, respectivamente. A segunda e a quarta estrutura constituíram-se de cruzamentos recíprocos aos da primeira e terceira, respectivamente. As populações cruzadas foram selecionadas por 10 e 5 gerações, conforme o cruzamento, períodos em que foram contemporâneas das linhagens. O desempenho das linhas puras e cruzadas foi avaliado, sendo constatados valores fenotípicos superiores nas populações cruzadas em relação às linhagens e pequenas diferenças quanto aos outros parâmetros investigados. Ganhos genéticos mais elevados foram obtidos em pelo menos uma linha parental ao longo de todo o período. A variância aditiva foi restaurada sob cruzamentos interpopulacionais. Não houve diferenças entre os cruzamentos e nem efeito de linha. Esses estudos indicaram a necessidade de considerar os efeitos genéticos não-aditivos de dominância na avaliação genética de características de importância econômica no melhoramento animal, sendo influenciadas pela dominância. / The objective of this work was to study consequences of the non-additive gene action of dominance on the animal genetic evaluation, in the short and medial terms. The utilized data were originated from simulations in level of genes, using the Program GENESYS to structure a genome with 600 bi-allelic loci. In the first study five models of gene action were proposed, that included different percentages of loci with complete dominance (d/a= +1), namely, models Ad, D25, D50, D75 e D100, which presented 0, 25, 50, 75 e 100% of the loci with dominance deviations, in this order. In addition, a sixth model was simulated, named of SD, that included overdominance (d/a= +2) in 50% of the loci. The models with dominance gene action also had additive effects of the genes in all their loci. Starting from each genetic model were structured unselected populations and phenotypic selection ones which allowed to evaluate the behavior of different genetic parameters in two traits of low (h2= 0.10) and high (h2= 0.60) heritabilities. In these populations only random matings were practiced between their genitors, along 10 consecutive and discrete generations. For both traits, were obtained higher values of narrow sense heritability, genotypic variance and additive variance in the absence of selection. It was verified covariance between the additive and dominance effects, in the models that included dominance deviations, being the correlation between these effects predominantly positive in the unselected populations and negative in the populations under selection. The dominance variance augmented with the increase in the number of loci exhibiting dominance and this implicated increase of the additive variance. There was considerable variation in the importance of the dominance effects in the total phenotypic variance (d2) of each trait and how proportion of the correspondent additive variance (d2a). Models with smaller percentage of loci with dominance deviations promoted larger inbreeding and fixation of favorable alleles and also xilargest genetic gains, in the evaluated period. In the second study, were evaluated the impacts of to ignore the dominance non-additive effects on the estimation of genetic parameters and prediction of genetic values, using the restricted maximum likelihood method, under single trait additive animal model, by the Program MTDFREML. Two gene action models were proposed: one with only additive effects of the genes and the other with additives and complete dominance (d/a= +1) in 100% of the loci. In each genetic model, populations of matings and selection at random were generated, by six consecutive and discrete generations, resulting in 18,000 registers, which made possible to study the traits with heritabilities of 0.15 (low), 0.30 (mean) and 0.60 (high). The estimates of the variance components and heritability obtained in the additive genetic model were similar to the real values, in each trait, while, under dominance gene action, overestimates were observed for all components, mainly to the additive genetic variance. In this case, the non-estimated dominance variance, due to the adopted model, was redistributed between the additive and residual components estimated. There was loss in the accuracy of the genetic evaluation, translated by smallest correlations between the predicted genetic values and true ones of the animals for the genetic model with dominance. In the last chapter, were evaluated two parental lines and their crosses, selected by phenotype to the trait with heritability 0.30. Only one genes actions model was simulated, common to all populations, that included additive effects of genes and complete dominance in 100 e 50% of the loci, respectively. The lines, kept separated, were selected per 20 generations and submitted to four structures of crosses between their individuals. In the first and third ones, males selected of one line were mated at random with females selected of the other, in the generations 10 and 15, respectively. The second and fourth structures were composed of reciprocal crosses to those of the first and third schemes, respectively. The crossbred populations were selected per 10 and 5 generations, conform the cross, periods in that they were contemporaneous of the lines. The performance of the pure lines and their crossbreds was evaluated, being verified higher phenotypic values in the crossbred populations when compared to the lines and small differences for the others parameters. Larger genetic gains were obtained in at least one parental line along all period. The additive variance was restored under interpopulational crosses. There were xiinot differences between the crosses and nor line effect. These studies indicated the necessity of to consider the non-additive genetic effects of dominance into the genetic evaluation of traits of economic importance in the animal improvement, being influenced by dominance.
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Relação entre conteúdo de taninos e cor do tegumento em feijão (Phaseolus vulgaris L.) do tipo carioca / Relationship between tannin contents and the tegument color in the carioca bean (Phaseolus vulgaris L.).

Queiroz, Telma Fallieri Nascimento 22 July 2004 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-05T17:30:03Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 251151 bytes, checksum: 5070c9ef40cd34e16c03716b211770f5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:30:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 251151 bytes, checksum: 5070c9ef40cd34e16c03716b211770f5 (MD5) Previous issue date: 2004-07-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A dieta comum com vegetais que contem compostos fenólicos, não é considerada tóxica em quantidades e condições normais. Taninos condensados são uma exceção. Os efeitos danosos de taninos em dietas dizem respeito à sua interação com proteínas, afetando assim a qualidade nutricional do alimento. Os taninos também podem estar envolvidos em reações que levam ao escurecimento do tegumento de sementes de feijão após a colheita. O feijão-comum tem um conteúdo de taninos no tegumento da semente que varia de 0 a 20%, dependendo do tipo e da cor. Os taninos são encontrados em maior quantidade no tegumento das sementes e muito pouco nos cotilédones. Os objetivos deste trabalho foram iniciar um estudo genético da presença de taninos em feijão, o conhecimento de linhagens existentes com relação a esta característica e avaliar diferentes procedimentos de obtenção de amostra para determinação do conteúdo de taninos nas sementes. Para o estudo genético foi realizado o cruzamento de uma linhagem de feijão do tipo carioca, AB-74-1-18, do Programa de Melhoramento Genético do Feijoeiro do BIOAGRO/UFV e a linhagem de feijão branco NEP-2, com ausência ou não detectável presença de taninos, obtendo-se a geração F1. As gerações F2 e F3 foram obtidas por autofecundação. Sementes F3 colhidas de uma mesma planta originaram famílias F3:4, nas quais foi feita a determinação do conteúdo de taninos. Foram obtidas as estimativas de variância e determinada a herdabilidade no sentido amplo. A alta estimativa de herdabilidade no sentido amplo que foi encontrada (90,15%) indicou que na seleção de genótipos para conteúdo de taninos realizada na geração F4 a maior parte da variação observada para esta característica é de origem genética. O estudo de linhagens constou da determinação do conteúdo de taninos e da cor do tegumento da semente em 20 linhagens de feijão do tipo carioca, em três períodos de armazenamento: período 1 (logo após a colheita), período 2 (6 meses) e período 3 (12 meses) após a colheita. Essas mesmas linhagens foram plantadas em três locais diferentes, para estudo de possíveis modificações no conteúdo de taninos e na cor da semente, em função da mudança de ambiente. A determinação do conteúdo de taninos foi feita utilizando-se do Método da Vanilina/HCl, e a cor foi avaliada em colorímetro (Colorquest II do sistema Hunter), com leitura de reflectância. Os dados relativos aos três períodos foram submetidos à análise de variância e de regressão. Para os dados dos três locais de plantio foi feita análise de variância e teste de médias. Em todas as linhagens foram detectadas alterações no conteúdo de taninos e na cor do tegumento com o armazenamento. O escurecimento do tegumento foi mais intenso nas linhagens Vi 0669, OP-S-82, OP-S-193, NA- LAV-51, Talismã e Pérola. O conteúdo de taninos apresentou valores menores com o armazenamento, possivelmente pela formação de polímeros de difícil extração. Menores conteúdos foram encontrados nas linhagens VC2, VC3 e VC5, em todos os períodos, com seus tegumentos mantendo-se mais claros do que as demais. Concluiu-se que o conteúdo de taninos e a cor do tegumento são características que são relacionadas e sofrem influência do ambiente de plantio. As linhagens de feijão carioca com baixos conteúdos de taninos são mais claras e sofrem poucas alterações na cor com o armazenamento. Para os procedimentos de obtenção da amostra foram utilizadas sementes de feijão de três linhagens com cores do tegumento e conteúdos de taninos diferentes: linhagem vermelha, com maior conteúdo, linhagem tipo carioca com conteúdo médio e linhagem branca com ausência ou baixo conteúdo. Os procedimentos de obtenção das amostras foram três: parte do tegumento retirado e triturado (microanálise), todo o tegumento retirado, liofilizado e triturado e toda a semente triturada (procedimento normalmente mais utilizado). Utilizou-se o método da Vanilina- HCl, com três repetições. Pela análise de variância, constatou-se que a análise de todo o tegumento da amostra liofilizado e triturado é eficiente para determinação do conteúdo de taninos e para classificação das linhagens, apresentando valores mais precisos. A utilização da semente inteira triturada separa linhagens distintas quanto ao conteúdo de taninos, porém seus valores são subestimados, sendo necessário corrigi-los. A microanálise pode ser utilizada como um procedimento não destrutivo de constatação da presença ou ausência de taninos, sem considerar seus valores quantitativos. / The common diet with vegetables containing phenolic compounds is not considered as a toxic one under normal amounts and conditions. The condensed tannins are an exception. The harmful effects of the tannins in diets are related to their interaction with proteins, so affecting the nutritional quality of the food. In addition, tannins may also be involved into reactions that lead to the darkening of the tegument in bean seeds before or after harvesting. The common bean has a content of tannins in the seed tegument that varies from 0 to 20%, depending on the bean type and tegument color. The tannins are found at a higher amount in the seed tegument, but very few in cotyledons. The objectives of this work were to begin a genetic study of the tannin presence in bean, to know the existent lines in relation to this trait, and evaluate different procedures to obtaining the sample for the determination of tannin contents in the seeds. For the genetic study, the line AB-74-1-18 of the carioca bean from the Bean Plant Genetic Improvement of the BIOAGRO/UFV was crossed with the line of the white bean NEP-2, in which the tannins were absent or nondetectable, so obtaining the F1 generation. The generations F2 and F3 were obtained by self-fecundation. The F3 seeds harvested from a same plant gave rise to the families F3:4, in which the determination of the tannin contents were performed. The variance estimates were obtained and the heritability was determined in its wide sense. The high value of the heritability in its wide sense (90.15%) pointed out that in genotype selections for tannin contents, that was accomplished in the F4 generation, most of the variation observed for this characteristic is genetically originated. The study of the lines consisted of determining the tannin contents and the seed tegument color in 20 lines of the carioca bean, during three storage periods: period 1 (just after harvesting), period 2 (6 months) and period 3 (12 months) after the harvest. Those same lines were sown in three different places in order to study the possible modifications in either tannin contents and the seed color as a function of the environmental change. The determinations of the tannin contents were accomplished, by applying the Vanillin/HCl Method, while and the color was evaluated in a colorimeter (Colorquest II of the Hunter System) with reflectance reading. The data relative to those three periods were subjected to both variance and regression analyses. The data of the three planting places were submitted to the variance analysis and mean test. In all lines, some alterations were found in the tannin contents and the tegument color after storage. The darkening of the tegument was more intense in the lines Vi 0669, OP-S-82, OP- S-193, NA-LAV-51, Talismã and Pérola. The tannin contents decreased as the storage time were increased, probably due to the formation of the hardly extracted polymers. In the lines VC2, VC3 and VC5 lower values were found during all periods, and their teguments were kept clearer than those of the other ones. It was concluded that the tannin contents and the tegument color are related characteristics and are affected by the sowing environment. The carioca bean lines with low tannin contents are clearer ones, and their colors are just slightly changed when they are stored. For the procedures in obtaining the sample, some bean seeds of three lines with different tegument colors and tannin contents were used: red line with higher tannin content; carioca line with average tannin content; and white line with absence or lower tannin content. Three procedures were used for obtaining the samples: a tegument part was removed and triturated (microanalysis); the whole tegument was removed, lyophilized and triturated, and the whole seed was triturated (the usually more used procedure). The Vanillin-HCl method was applied, with three replicates. The variance analysis shows that the use of the whole lyophilized and triturated tegument of the samples is efficient for determination of the tannin content as well as the classification of the lines, as presenting more accurate values. Using the whole triturated seed will make possible a distinct separation of the different lines for the tannin contents; however, their values are underestimated and need some corrections. The microanalysis might be used as a nondestructive procedure for verification of the presence or absence of tannins, without considering their quantitative values.
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Análises biométricas em cafeeiros (Coffea arabica L.) derivados do híbrido de timor / Biometric analysis in coffee trees (Coffea arabica L.) derived from híbrido de timor

Tedesco, Nara Sthefania 15 August 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:40:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 218428 bytes, checksum: 96ce70fbf5b6066f909ea1d0ba1ae6ac (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:40:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 218428 bytes, checksum: 96ce70fbf5b6066f909ea1d0ba1ae6ac (MD5) Previous issue date: 2003-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Um experimento com progênies F 3 de cafeeiros derivados de cruzamentos de Catuaí Vermelho ou Catuaí Amarelo com Híbrido de Timor foi utilizado para: a) comparar vários métodos de correção da produção de café beneficiado de parcelas com plantas perdidas; b) estimar os coeficientes de repetibilidade para produção de grãos beneficiados; e c) estimar parâmetros populacionais. Com base nas estimativas do coeficiente de variação, dos valores de F e das produções médias de parcelas, o método de correção baseado na análise de covariância em função de estande ideal e o método proposto por Vencovsky e Cruz mostraram-se mais úteis para as correções das produções de café das parcelas. Entretanto, por apresentar a vantagem de estimar um coeficiente de compensação a partir dos dados experimentais, o método de Vencovsky e Cruz mostrou-se mais adequado para a correção. Pela análise dos seis primeiros anos de produção, verificou-se que as estimativas dos coeficientes de repetibilidade foram maiores (0,712 a 0,772) quando os dados foram agrupados em biênios do que quando se utilizaram dados anuais (0,232 a 0,608). Concluiu-se que os dois primeiros biênios podem ser utilizados na seleção de genótipos mais produtivos com confiabilidade de 82%, reduzindo o tempo e o custo desta etapa do melhoramento. As estimativas dos parâmetros populacionais coeficiente de variação ambiental e genética, herdabilidade e índice de variação reforçaram a idéia de que a avaliação da produção acumulada de café beneficiado contribui para a redução do efeito da bienalidade em café. Embora um número maior de colheitas tenha favorecido a precisão das análises, observou-se novamente que é possível praticar a seleção de cafeeiros com base nos dados dos quatro primeiros anos. / An experiment with coffee tree F 3 progenies derived from Catuaí Vermelho or Catuaí Amarelo x Híbrido de Timor crossings was used: a) to compare different methods for row coffee yield correction of experimental plots with lost plants; b) to estimate the repeatability coefficients for row coffee yield; and c) to estimate population parameters. According to the estimates of variation coefficient, F values, and plot mean yield, the method of correction based on the co-variance analysis for ideal stand and the method proposed by Vencovsky and Cruz were better for correction of yield. However, the Vencovsky and Cruz method was recommended because it presented a advantage of estimating a coefficient of compensation from the experimental data. It was observed in the first six years of yield that the coefficients of repeatability were higher (0,712 a 0,772) in biennial data then in annual data (0,232 a 0,608). It was concluded that the first two biennial data can be used for genotype selection with 82% of confidence, reducing time and cost of this step of breeding. The estimates of environmental and genetic variation coefficient, heritability, and variation index helped to establish the idea that the evaluation of cumulative data of row coffee yield contributes for reduction of the biennial effect. It was again observed that it is possible to perform coffee tree selection based on the data of the first four years, although the greater number of years increased the analysis precision. / Dissertação importada do Alexandria

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