The research work presented in this manuscript is of algorithmic kind: it is mainly composed of polynomial, fixed parameter and approximation algorithms, while hardness results are also mentioned.<br /> <br />This work is about building and comparing labelled trees. These objects find application in different areas, but notoriously in phylogenetics, where they represent evolutionary relationships of organisms or sequences.<br /><br />Most of this work can be considered as investigating solutions to so-called \emph{supertree} problems. Supertrees are large trees built by a dynamic programming approach from smaller trees. For instance, the latter are gene trees from which a comprehensive tree on many living species is to be built, such as the \emph{Tree of Life}. <br /><br />First definitions are introduced, then a part of the manuscript is dedicated to quartet tree building methods. The next part details tree comparison methods, mainly variants of the maximum agreement subtree method. Next follows a part on supertree problems in all generality. <br />The manuscript ends with a report of the research plan for the next few years. <br /><br />Several journal papers illustrating the material described in this manuscript are adjoined in appendix.

Les simulations moléculaires sont devenues un outil essentiel en biologie, chimie et physique. Malheureusement, elles restent très coûteuses. Dans cette thèse, nous proposons des algorithmes qui accélèrent les simulations moléculaires en regroupant des particules en plusieurs objets rigides. Nous étudions d'abord plusieurs algorithmes de recherche de voisins dans le cas des grands objets rigides, et démontrons que les algorithmes hiérarchiques permettent d'obtenir des accélérations importantes. En conséquence, nous proposons une technique pour construire une représentation hiérarchique d'un graphe moléculaire arbitraire. Nous démontrons l'usage de cette technique pour la mécanique adaptative en angles de torsion, une méthode de simulation qui décrit les molécules comme des objets rigides articulés. Enfin, nous introduisons ARPS - Adaptively Restrained Particle Simulations ("Simulations de particules restreintes de façon adaptative") - une méthode mathématiquement fondée capable d'activer et de désactiver les degrés de liberté en position. Nous proposons deux stratégies d'adaptation, et illustrons les avantages de ARPS sur plusieurs exemples. En particulier, nous démontrons comment ARPS permet de choisir finement le compromis entre précision et vitesse, ainsi que de calculer rapidement des proprietésstatiques d'équilibre sur les systèmes moléculaires.

Cette thèse s'articule autour des fonctions booléennes liées à la cryptographie et la cryptanalyse de certains schémas d'identification. Les fonctions booléennes possèdent des propriétés algébriques fréquemment utilisées en cryptographie pour constituer des S-Boxes (tables de substitution).Nous nous intéressons, en particulier, à la construction de deux types de fonctions : les fonctions courbes et les fonctions équilibrées de haut degré de non-linéarité.Concernant la cryptanalyse, nous nous focalisons sur les techniques d'identification basées sur les problèmes de perceptron et de perceptron permuté. Nous réalisons une nouvelle attaque sur le schéma afin de décider de sa faisabilité.Nous développons ici des nouvelles méthodes combinant l'approche déterministe DCA (Difference of Convex functions Algorithm) et heuristique (recuit simulé, entropie croisée, algorithmes génétiques...). Cette approche hybride, utilisée dans toute cette thèse, est motivée par les résultats intéressants de la programmation DC.

Mémoire (M.Inf.)-- Université du Québec à Chicoutimi, 2002. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Thèse (M.Eng) -- Université du Québec à Chicoutimi, 2004. / Bibliogr.: f. 125-138. Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Thèse (M.Eng.) -- Université du Québec à Chicoutimi, 2005. / Bibliogr.: f. 116-119. Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Th. doct.--Morphol. math.--Paris--Ecole nationale supérieure des mines, 1990. / Bibliogr. p. 279-287. Résumé en anglais.

Thesis (doctorat)--Universität Ulm, 2005. / Includes bibliographical references (p. 227-248).

Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2001. / Bibliogr.: f. [204]-226. Publié aussi en version électronique.

Th. doct.-ing.--Bordeaux 1, 1983. N°: 336.