Huit cent trente et un troupeaux de vaches laitières répartis dans 5 états américains ont été enrôlés dans une étude de cohorte prospective. Un modèle d’équations d'estimation généralisées a été utilisé pour étudier l'association entre les signes cliniques et la détection de salmonelles dans les fèces des animaux soupçonnés de salmonellose clinique. La sensibilité et la spécificité de la culture bactériologique ont été estimées à l’aide d’un modèle de classes latentes. Dix-huit pour cent des 874 échantillons provenant de veaux et 29% des 1479 échantillons de vaches adultes étaient positifs pour Salmonella spp. Il n’a pas été possible d’établir une association claire entre les différents signes cliniques observés et la détection de salmonelles. Les 2 sérotypes les plus fréquemment isolés étaient Typhimurium et Newport. La probabilité de détecter des salmonelles était plus élevée chez les veaux où un autre agent entéropathogène était également détecté. La proportion d’échantillons positifs était plus élevée parmi les vaches ayant reçu des antibiotiques dans les jours précédant l’échantillonnage. La sensibilité de la culture a été estimée à 0,48 (intervalle de crédibilité à 95% [ICr95%]: 0,22-0,95) pour les veaux et 0,78 (ICr95%: 0,55-0,99) pour les vaches. La spécificité de la culture était de 0,94 (ICr95%: 0,87-1,00) pour les veaux et de 0,96 (ICr95%: 0,90-1,00) pour les vaches. Malgré une sensibilité imparfaite, la culture bactériologique demeure utile pour obtenir une meilleure estimation de la probabilité post-test de salmonellose clinique chez un bovin laitier, par rapport à la probabilité estimée suite au seul examen clinique. / Eight hundred and thirty-one dairy herds in 5 states in the northeast USA were enrolled in a prospective cohort study. A generalized estimating equations model including herd as a random effect was built to study the association between clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces of animals suspected of clinical salmonellosis. The sensitivity and specificity of the bacteriological culture were estimated using a latent class model. Eighteen percent of the 874 samples from calves and 29% of the 1479 samples from adult cows were positive for Salmonella spp. It was not possible to establish a clear association between the various clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces. The two most frequently isolated serotypes were Typhimurium and Newport. The probability of detecting salmonellas was higher for calves when another enteric pathogen was also detected. The proportion of positive samples was higher among cows that received antibiotics in the days preceding the sampling. The sensitivity of the bacteriological culture was estimated at 0.48 (95% credibility interval [95%CrI]: 0.22 to 0.95) for calves and 0.78 (95%CrI 0.55 to 0.99) for cows. The specificity of the culture was 0.94 (95%CrI: 0.87 to 1.00) for calves and 0.96 (95%CrI: 0.90 to 1.00) for cows. Despite imperfect sensitivity, bacterial culture remains useful to obtain a better estimate of the post-test probability of clinical salmonellosis in dairy cattle, compared to the estimated probability following the clinical examination alone.

L’essor de la discipline bactériologique est l’un des phénomènes les plus célébrés de l’historiographie médicale. Les approches qu’ont empruntées les historiens pour aborder le sujet depuis le tournant du XXe siècle se sont progressivement modifiées pour passer, le plus souvent, d’une interprétation endogène des développements de la science, où les concepts, les théories, les méthodes de la médecine sont perçus comme se développant isolément du contexte social dans lequel ils s’insèrent, à l’approche inverse, sociologique, où chacune des facettes de l’entreprise médico-scientifique est influencée par son milieu dans une interaction où les instances publiques, gouvernementales et professionnelles impliquées par les projets de médicalisation, formant une dynamique impassible, modifient le cours de chaque aspect de l’histoire médicale. Mais, en dehors des éléments professionnels, le développement de la pensée médico-scientifique est-il invariablement subjugué par cette dynamique sociale ? L’idéal de scientificité prôné par les médecins, formant un archétype dans lequel la rigueur du professionnel doit être isolée de ces facteurs extrinsèques n’est-il pas en mesure d’avoir conféré aux démarches médico-scientifiques une stabilité authentique vis-à-vis les fluctuations de l’environnement sociopolitique et professionnel dans lequel elles s’inscrivent ? Cette étude répond à ce questionnement par l’analyse exhaustive du discours défini par les périodiques médicaux du Québec entre 1840 et 1880. Elle s’articule sur deux développements inédits : l’un qui présente les assises méthodologiques de la vérification, c’est-à-dire la définition de l’archétype médical, son rôle dans la légitimation professionnelle, les critères de scientificité qu’il détermine de même qu’une typologie du discours qu’il permet d’inférer ; l’autre, ses résultats. L’étude montre que l’archétype décrit par le corps médical québécois, loin de n’être qu’un outil discursif par lequel la profession a pu être socialement reconnue au XIXe siècle, exerça une influence déterminante sur la formation de l’attitude professionnelle à l’égard des nouveautés étiologiques présentées par les pionniers de la bactériologie. En plus de dévoiler la trame exacte du développement de la pensée étiologique au Québec, la thèse souligne la complémentarité des approches internes et externes de l’historiographie médicale. Elle contribue ainsi à une représentation plus juste des processus à l’oeuvre dans le développement scientifique. / The rise of bacteriology is one of the most celebrated phenomenon in medical historiography. Historian’s approaches taken to address the issue since the turn of the twentieth century were gradually modified to pass, most often, from an endogenous interpretation of scientific development, where medical concepts, theories, and methods are seen as developing in isolation from the social context in which they occur, to the opposite, sociological approach, where every element of the medical-scientific enterprise is rather seen as being influenced by its context in an interaction by which the public, governmental and professional instances involved in medicalization, forming an impassive dynamic, change the course of every aspect of medical history. But beyond the professional elements, is the development of medical and scientific thought invariably subjugated to this social dynamic? Could not the ideal of scientificity advocated by doctors, forging an archetype in which professional rigor is meant to be isolated from these extrinsic factors, confer to the medical and scientific endeavor a genuine stability towards fluctuations in the socio-political and professional environment in which they evolve? Our study addresses these questions by the exhaustive analysis of the discourse defined by the Quebec medical journals between 1840 and 1880. It is based on two new developments, one that presents the methodological foundations of the audit - that is to say, the definition of the medical archetype, its role in professional recognition, the scientific criteria that it determines, and a typology of discourse that can be inferred from it - and the other, the results. The study shows that the archetype described by the Quebec medical profession, far from being solely a discursive tool by which the profession has been socially recognized in the nineteenth century, exerted a decisive influence on the formation of the professional attitude towards etiological novelties presented by the pioneers of bacteriology. Thus, in addition to revealing the exact framework of the development of causal thinking in Quebec, the thesis shows the complementarity of internal and external approaches to medical historiography. It contributes to a fairer representation of the processes at work in scientific development.

Huit cent trente et un troupeaux de vaches laitières répartis dans 5 états américains ont été enrôlés dans une étude de cohorte prospective. Un modèle d’équations d'estimation généralisées a été utilisé pour étudier l'association entre les signes cliniques et la détection de salmonelles dans les fèces des animaux soupçonnés de salmonellose clinique. La sensibilité et la spécificité de la culture bactériologique ont été estimées à l’aide d’un modèle de classes latentes. Dix-huit pour cent des 874 échantillons provenant de veaux et 29% des 1479 échantillons de vaches adultes étaient positifs pour Salmonella spp. Il n’a pas été possible d’établir une association claire entre les différents signes cliniques observés et la détection de salmonelles. Les 2 sérotypes les plus fréquemment isolés étaient Typhimurium et Newport. La probabilité de détecter des salmonelles était plus élevée chez les veaux où un autre agent entéropathogène était également détecté. La proportion d’échantillons positifs était plus élevée parmi les vaches ayant reçu des antibiotiques dans les jours précédant l’échantillonnage. La sensibilité de la culture a été estimée à 0,48 (intervalle de crédibilité à 95% [ICr95%]: 0,22-0,95) pour les veaux et 0,78 (ICr95%: 0,55-0,99) pour les vaches. La spécificité de la culture était de 0,94 (ICr95%: 0,87-1,00) pour les veaux et de 0,96 (ICr95%: 0,90-1,00) pour les vaches. Malgré une sensibilité imparfaite, la culture bactériologique demeure utile pour obtenir une meilleure estimation de la probabilité post-test de salmonellose clinique chez un bovin laitier, par rapport à la probabilité estimée suite au seul examen clinique. / Eight hundred and thirty-one dairy herds in 5 states in the northeast USA were enrolled in a prospective cohort study. A generalized estimating equations model including herd as a random effect was built to study the association between clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces of animals suspected of clinical salmonellosis. The sensitivity and specificity of the bacteriological culture were estimated using a latent class model. Eighteen percent of the 874 samples from calves and 29% of the 1479 samples from adult cows were positive for Salmonella spp. It was not possible to establish a clear association between the various clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces. The two most frequently isolated serotypes were Typhimurium and Newport. The probability of detecting salmonellas was higher for calves when another enteric pathogen was also detected. The proportion of positive samples was higher among cows that received antibiotics in the days preceding the sampling. The sensitivity of the bacteriological culture was estimated at 0.48 (95% credibility interval [95%CrI]: 0.22 to 0.95) for calves and 0.78 (95%CrI 0.55 to 0.99) for cows. The specificity of the culture was 0.94 (95%CrI: 0.87 to 1.00) for calves and 0.96 (95%CrI: 0.90 to 1.00) for cows. Despite imperfect sensitivity, bacterial culture remains useful to obtain a better estimate of the post-test probability of clinical salmonellosis in dairy cattle, compared to the estimated probability following the clinical examination alone.

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) cause la maladie de Johne, une maladie chronique et incurable affectant les ruminants partout dans le monde. Plusieurs pays ont mis en place des programmes de contrôle afin de prévenir la transmission entre et au sein des troupeaux. Afin d’arriver à prévenir et contrôler cette maladie, une bonne compréhension des facteurs de risque impliqués dans la transmission est essentielle. Des tests diagnostiques performants et à coût abordable sont aussi nécessaires afin de détecter la présence du MAP et/ou les animaux infectés. L’objectif de la première étude était de réviser systématiquement la littérature scientifique concernant les facteurs de risque associés à la transmission du MAP aux génisses laitières. La présence d’une association significative entre les facteurs de risque concernant l’environnement néonatal, le colostrum, le lait, le logement des veaux et le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes et la transmission du MAP a été compilée de 23 articles. Le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes est le facteur de risque le plus important dans la transmission du MAP. L’objectif de la seconde étude était d’évaluer la relation entre le nombre d’échantillons de l’environnement positifs pour le MAP et la prévalence individuelle d’excrétion fécale dans les troupeaux laitiers entravés du Québec. Le nombre de cultures positives d’échantillons de l’environnement s’est avéré associé à la prévalence individuelle d’excrétion fécale du MAP. Une association significative a été trouvée entre la présence d’une forte charge bactérienne dans un échantillon de fumier individuel et la détection du MAP dans l’environnement. / Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) causes Johne’s disease, a chronic and incurable enteric disease of ruminants that has a worldwide distribution. Many countries have implemented control programs to prevent transmission between and within herds. For these to be efficient, knowledge of the risk factors involved in transmission is essential. Efficient and cost effective diagnostic tests are also necessary to detect presence of MAP. The objective of the first study was to systematically review the scientific literature concerning risk factors associated with MAP transmission to dairy calves. Presence of a significant association between risk factors concerning neonatal environment, colostrum, milk, housing of calves and contact of calves with adult cow feces and MAP transmission were recorded from 23 articles. The contact of calves with adult cow feces appeared to be the most important risk factor in MAP transmission. The 5 categories of risk factors are linked one to each other. The objective of the second study was to evaluate the relation between the number of positive samples for MAP in the environment and the prevalence of individual fecal shedding in Québec tie-stall dairy herds. The number of positive cultures of environmental samples was associated with the prevalence of individual fecal shedding of MAP. A significant association was found between presence of a heavy bacterial load in an individual fecal sample and environmental detection of MAP.

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L'objectif de ce travail est d'étudier la formation de l'hydrogène sulfuré (H2S) dans les aquifères utilisés pour le stockage de gaz naturel. L'étude des données de qualité gaz disponibles au global des stations nous a tout d'abord montré que la production d'H2S était marginale à l'échelle des volumes mis en jeu. Puis le développement de méthodologies analytiques et un programme d'analyse du gaz en tête de puits d'exploitation ont permis de souligner le rôle majeur tenu par la périphérie du stockage saturée en eau. Enfin une approche géochimique pluridisciplinaire - minéralogique, bactériologique, statistique, thermodynamique (calculs d'équilibres au moyen du logiciel CHIMERE) et isotopique - a identifié les acteurs de la formation d'H2S. Il s'agit de la combinaison entre, d'une part la désulfuration naturelle induite par le mélange du gaz injecté pauvre en H2S avec une eau plus ou moins chargée en H2S, et d'autre part une production d'H2S directement induite par la qualité du gaz injecté. Cette production a plusieurs origines. Il s'agit d'une acidification qui enrichit le système en H2S dissous et en H2S gazeux. Cette acidification est générée par la dissolution instantanée d'une partie du dioxyde de carbone du gaz naturel injecté (C02g), par l'oxydation possible du méthane injecté (CH4), et par la précipitation de sulfures de fer (FeS-FeS2) D'autres transformations chimiques, minimes à l'échelle du Stockage, sont aussi responsables de la production de sulfures dissous. Il s'agit de l'hydrolyse totale et rapide de l'oxysulfure de carbone (COS) injecté, de la réduction d'une part infime mais suffisante des sulfates (SO42-), par biocatalyse ou bien directement mais lentement par le méthane injecté. Il peut s'agir aussi de la lixiviation lente des sulfures de fer. On observe alors dans la bulle de gaz un gradient en sulfures dissous opposant une zone centrale pratiquement désulfurée à une périphérie sulfurée. Les soutirages de gaz ramènent une proportion croissante de gaz chargé en H2S. La production d'H2S est en partie contrôlée au niveau de la zone de soutirage par une précipitation de sulfures de fer selon la disponibilité du fer ferreux et ce contrôle est en partie responsable en début de soutirage des teneurs nulles en H2S du gaz soutiré. La consommation de sulfates est suffisamment faible pour être indécelable par l'analyse physico-chimique des eaux de stockage lorsqu'elles sont riches en sulfates. Ainsi, suite au stockage de gaz naturel acide, les eaux contenant une quantité non négligeable de sulfures (> 4 mg/l) ou de sulfates, produiront suffisamment d'H2S pour nécessiter la désulfuration du gaz destocké. Cette production peut être minimisée au moyen d'une gestion optimisée du stockage du gaz, tel que par un équilibrage du rapport volume de gaz injecté sur volume de gaz soutiré : ce rapport doit rester supérieur à 1 pour éviter le déstockage de gaz "ancien", périphérique, chargé en H2S. La production d'H2S peut dans ce cas se concrétiser à terme par une désulfuration des eaux de la zone centrale du stockage. La phase d'acidification par le C02g est suivie par un tamponnage par les carbonates solides, plus ou moins importante selon la minéralogie des stockages et qui, avec la dissolution du C02g et l'oxydation potentielle du méthane, est directement responsable d'une carbonatation générale et significative des eaux de stockage. Par ailleurs, une synthèse isotopique sur l'ensemble des stockages de gaz du Bassin de Paris a montré que les aquifères d'âges Trias supérieur et Lusitanien sont affiliés : on observe que les sulfates de l'ensemble des aquifères de stockage étudiés ont la marque isotopique d'un sulfate triasique ayant subi une bioréduction croissante. Cette bioréduction a pris place dans un système qui a permis des réhomogénéisations isotopiques à chaque étape de l'écoulement du fluide porteur du sulfate originel triasique. On a aussi mis en évidence des phénomènes de mélange entre des fluides de minéralisation plus ou moins importante dans chacun des stockages étudiés. Ce mélange est le résultat de mouvements de fluides verticaux et horizontaux induits par la respiration du stockage. Cette étude a permis de souligner l'intérêt que représente pour son exploitant le suivi de la qualité de l'eau du Stockage de gaz naturel en aquifère. Ce suivi peut être réalisé au moyen d'outils adaptés : prélèvements et analyses d'eau et de gaz, en fond ou en tête de puits; constitution et traitement de fichiers de données; utilisation des méthodes isotopiques ... . Il a aussi été réalisé, pour la première fois en France, un prélèvement bactérien dans une carotte nouvellement échantillonnée dans un niveau saturé en gaz stocké. Il s'agit de la seule technique véritablement significative pour l'étude bactérienne de tels milieux.