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Cultivo e caracterização de membros do domínio Archaea a partir de sedimentos límnicos do CerradoAmbrósio, Deborah Vasconcellos 27 April 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-01T16:02:21Z
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2016_DeborahVasconcellosAmbrósio.pdf: 3329953 bytes, checksum: e66459c673c7c9890002220c0a4f0bf5 (MD5) / A classificação dos organismos em três domínios, proposta por Woese e colaboradores em 1990, revelou a importância do domínio Archaea e desde então, vários trabalhos têm sido realizados a fim de melhor entender este grupo que se encontra amplamente distribuído no nosso planeta, sendo importante para vários processos ecológicos incluindo os ciclos do Carbono e Nitrogênio. A maior parte do conhecimento deste domínio, incluindo a sua diversidade no bioma Cerrado, está descrita principalmente por métodos independentes de cultivo devido à grande dificuldade de obtenção de culturas em laboratório. Este trabalho propõe a obtenção de culturas laboratoriais de archaeas mesófilas do Cerrado, a partir de sedimentos de um córrego da reserva ecológica do IBGE, localizada em Brasília-DF. Os micro-organismos foram cultivados em meios sólido e líquido, confeccionados a partir da mistura de água e sedimentos deste córrego. O meio de cultura foi adicionado de cloreto de amônio, para favorecer o crescimento de oxidantes de amônia, bem como diferentes agentes antimicrobianos. As amostras foram incubadas em estufa a 28ºC e analisadas semanalmente quanto ao crescimento, sendo realizados repiques quando necessário. As análises de microscopia revelaram colônias compostas por células diminutas, de diferentes formatos e tamanhos que variam de 0,5 a 3μm. Porém, não foi possível relacionar os aspectos morfológicos às archaeas presentes no cultivo. O DNA das colônias obtidas foi submetido a ensaios de PCR com iniciadores específicos para os genes que codificam o rRNA 16S de Archaea e Bacteria e o gene amoA de Archaea, seguido de análises de bioinformática. O resultado das análises revelou um co-cultivo entre diferentes archaeas dos filos Euryarchaeota, Thaumarchaeota e Bathyarchaeota (Miscelaneous Crenachaeotic Group-MCG) com bactérias de quatro gêneros distintos, pertencentes às famílias Brucellaceae e Burkholderiaceae, sendo a maioria das sequências de Archaea afiliadas ao grupo MCG. As sequências de DNA referentes ao gene amoA, obtidas a partir das culturas laboratoriais, se afiliaram a um grupo relacionado ao grupo I.1b do filo Thaumarchaeota, não se associando a qualquer representante previamente cultivado. O sequenciamento dos fragmentos de DNA relativos aos genes de rRNA 16S e amoA de Archaea obtidos a partir das amostras do sedimento revelaram a presença de organismos dos mesmos filos encontrados no cultivo. As análises de α-diversidade das sequências do gene rRNA 16S indicam que a comunidade do córrego Roncador pode ser considerada rica, com uma cobertura estimada de 58,33% para o nível de espécie. / The classification of living organisms in three domains, proposed by Woese and collaborators in 1990, revealed the importance of Archaea and since then, a number of studies were developed in order to better understand this widely distributed group, with important roles in many ecological processes including the nitrogen and carbon cycles. The knowledge of this domain, including its diversity in the Cerrado biome, is mostly described by culture independent methods due to the difficulty of obtaining cultures in artificial media. This work describes the cultivation and characterization of Cerrado’s mesophilic archaea, from a stream sediment of the IBGE ecological reserve located in Brasília-DF. The microorganisms were cultivated in solid and liquid media prepared with a mixture of stream’s sediment and water. In order to improve the growth of ammonia oxidizers, ammonium chloride was added to the media. Antimicrobial agents were also added to prevent bacterial and fungal growth. The samples were incubated at 28ºC and analyzed weekly for growth. Microscopy analyses showed small cells with different shapes and sizes, from 0,5 to 3μm, which were submitted to DNA extraction procedures and subjected to PCR assays with primers directed to the 16S rRNA gene of Archaea and Bacteria, as well as the archaeal amoA gene. The amplicons were submitted to automatic DNA sequencing procedures, and the results revealed that all colonies consisted in co-cultures of different types of archaea from the Euryarchaeota, Thaumarchaeota and Bathyarchaeota (Miscelaneous Crenachaeotic Group-MCG) phyla and Bacteria from four distinct genres of the Brucellaceae and Burkholderiaceae families. The majority of the archaeal 16S rRNA sequences were affiliated to the MGG group. The sequences of the archaeal amoA gene from the cultures were affiliated to a group associated to the I.1b Thaumarchaeal group, and showed no affiliation to any previously cultured members. Archaeal rRNA 16S and amoA gene sequences from the stream sediment were analyzed and the results showed the presence of organisms from the same phyla found in the cultures. α-diversity analysess of the rRNA 16S sequences showed that the archaeal community of the stream can be considered rich with an estimated coverage of 58,33% for the species level.
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Potencialidades e limitações para a expansão do cultivo de trigo sequeiro no bioma cerrado do Brasil Central / Potentialities and limitations for the expansion of nonirrigated Wheat crop in the cerrado biome of Central BrazilPasinato, Aldemir January 2017 (has links)
No Brasil, o cultivo de trigo estende-se desde a Região Sul (principal zona de produção) até a região Central (biomas Cerrado e Mata Atlântica), na qual há potencial para expansão do cultivo, principalmente no bioma Cerrado e em regime sequeiro. No entanto, há a necessidade de estudos que permitam a delimitação de áreas com potencial de expansão do cultivo desse cereal, visando ao desenvolvimento de práticas de manejo (épocas de semeadura) e escolha de cultivares mais adaptadas ao ambiente tropical. O objetivo deste estudo foi localizar e quantificar, por meio de geotecnologias, áreas atualmente usadas em agricultura anual no bioma Cerrado do Brasil Central, que possuem aptidão favorável para o cultivo de trigo no regime sequeiro. Para isso, foram realizados cruzamentos de planos de informação: i) mapa de uso e cobertura das terras do bioma Cerrado na Região Homogênea de Adaptação de Cultivares de Trigo 4 (RHACT 4) classificadas projeto Terraclass Cerrado; ii) o modelo digital de elevação Shuttle Radar Topography Mission (SRTM), estratificado por faixas de altitude e iii) mapas de Índice de Satisfação de Necessidades de Água (ISNA) gerados pelo Zoneamento Agrícola de Risco Climático (ZARC) para trigo sequeiro no Brasil - safra 2016/2017. Foram considerados níveis de impacto de estresse hídrico (baixo, moderado e elevado), níveis de risco de insucesso por deficiência hídrica (20%, 30% e 40%), tipos de solo (capacidade de armazenamento de água disponível - CAD 35 mm, 55 mm e 75 mm), grupo de cultivares (ciclos de 105 dias, 115 dias e 125 dias) e períodos de semeadura espaçados de 10 dias, entre fevereiro e março. Os resultados mostraram maior disponibilidade de área favorável para o cultivo de trigo sequeiro em semeaduras realizadas no primeiro decêndio de fevereiro. Quando comparados os grupos de cultivares, o Grupo I (105 dias) foi o que apresentou a maior área favorável. Em relação à altitude, 40% (4,5 milhões de ha) das áreas agrícolas do bioma Cerrado na RHACT 4 estão localizadas acima de 800 m, sendo que, na melhor combinação (semeadura em 5 de fevereiro, CAD 75 mm, ciclo de 105 dias, nível de risco de 20% e impacto por deficiência hídrica baixo e moderado), resultam 2,7 milhões de hectares classificadas como favoráveis. / the Central region (Cerrado and Mata Atlântica biomes), in which there is potential for crop expansion, mainly in the Cerrado and under non-irrigated land. However, more detailed studies are needed to allow the delimitation of environments with potential for cultivation of this cereal, aiming at the development of management practices (sowing dates) and choice of better adapted cultivars to biotic or abiotic regional stresses. In this context, the objectives of this study were to locate and to quantify, through geotechnologies, areas currently used in annual agriculture, in the Cerrado region of Brazil, which have favourable fitness for wheat cultivation in drylands. For this purpose, crossings of information shapes were made relating to: i) usage and coverage map of the Cerrado biome in the Homogeneous Region of Adaptation of Wheat Cultivars 4 (HRAWC 4) by project Terraclass Cerrado; II) digital elevation model for altitude of Shuttle Radar Topography Mission (SRTM), and iii) maps of water requirement satisfaction index (WRSI) generated by the Agricultural Zoning of Climatic Risk (AZRC) for nonirrigated wheat in Brazil - crop season 2016/2017. We considered three impact levels of water stress (low, moderate, and high), distinct risk levels of failure by water deficiency (20%, 30%, and 40%), three types of soil (35 mm, 55 mm, and 75 mm of available soil water capacity - ASWC), three maturity group of cultivars with cycles of 105 days, 115 days, and 125 days, and sowing dates spaced in 10 days between February and March. The results showed increased availability of favorable area for the cultivation of non-irrigated wheat with sowing dates during the first ten days of February. When comparing the cultivars groups, the Group I (105 days) had the highest favorable. In terms of altitude, 40% (4.5 million hectares) of annual agriculture areas of Cerrado biome in RHACT 4 are located above 800 m level. In that area, the best levels of crop conditions(sowing in February 5th, ASWC 75 mm, cultivars with cycles of 105 days, 20% risk level, and impact of water deficiency classified as low and moderate), 2.7 million hectares can be classified as favorable.
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Potencialidades e limitações para a expansão do cultivo de trigo sequeiro no bioma cerrado do Brasil Central / Potentialities and limitations for the expansion of nonirrigated Wheat crop in the cerrado biome of Central BrazilPasinato, Aldemir January 2017 (has links)
No Brasil, o cultivo de trigo estende-se desde a Região Sul (principal zona de produção) até a região Central (biomas Cerrado e Mata Atlântica), na qual há potencial para expansão do cultivo, principalmente no bioma Cerrado e em regime sequeiro. No entanto, há a necessidade de estudos que permitam a delimitação de áreas com potencial de expansão do cultivo desse cereal, visando ao desenvolvimento de práticas de manejo (épocas de semeadura) e escolha de cultivares mais adaptadas ao ambiente tropical. O objetivo deste estudo foi localizar e quantificar, por meio de geotecnologias, áreas atualmente usadas em agricultura anual no bioma Cerrado do Brasil Central, que possuem aptidão favorável para o cultivo de trigo no regime sequeiro. Para isso, foram realizados cruzamentos de planos de informação: i) mapa de uso e cobertura das terras do bioma Cerrado na Região Homogênea de Adaptação de Cultivares de Trigo 4 (RHACT 4) classificadas projeto Terraclass Cerrado; ii) o modelo digital de elevação Shuttle Radar Topography Mission (SRTM), estratificado por faixas de altitude e iii) mapas de Índice de Satisfação de Necessidades de Água (ISNA) gerados pelo Zoneamento Agrícola de Risco Climático (ZARC) para trigo sequeiro no Brasil - safra 2016/2017. Foram considerados níveis de impacto de estresse hídrico (baixo, moderado e elevado), níveis de risco de insucesso por deficiência hídrica (20%, 30% e 40%), tipos de solo (capacidade de armazenamento de água disponível - CAD 35 mm, 55 mm e 75 mm), grupo de cultivares (ciclos de 105 dias, 115 dias e 125 dias) e períodos de semeadura espaçados de 10 dias, entre fevereiro e março. Os resultados mostraram maior disponibilidade de área favorável para o cultivo de trigo sequeiro em semeaduras realizadas no primeiro decêndio de fevereiro. Quando comparados os grupos de cultivares, o Grupo I (105 dias) foi o que apresentou a maior área favorável. Em relação à altitude, 40% (4,5 milhões de ha) das áreas agrícolas do bioma Cerrado na RHACT 4 estão localizadas acima de 800 m, sendo que, na melhor combinação (semeadura em 5 de fevereiro, CAD 75 mm, ciclo de 105 dias, nível de risco de 20% e impacto por deficiência hídrica baixo e moderado), resultam 2,7 milhões de hectares classificadas como favoráveis. / the Central region (Cerrado and Mata Atlântica biomes), in which there is potential for crop expansion, mainly in the Cerrado and under non-irrigated land. However, more detailed studies are needed to allow the delimitation of environments with potential for cultivation of this cereal, aiming at the development of management practices (sowing dates) and choice of better adapted cultivars to biotic or abiotic regional stresses. In this context, the objectives of this study were to locate and to quantify, through geotechnologies, areas currently used in annual agriculture, in the Cerrado region of Brazil, which have favourable fitness for wheat cultivation in drylands. For this purpose, crossings of information shapes were made relating to: i) usage and coverage map of the Cerrado biome in the Homogeneous Region of Adaptation of Wheat Cultivars 4 (HRAWC 4) by project Terraclass Cerrado; II) digital elevation model for altitude of Shuttle Radar Topography Mission (SRTM), and iii) maps of water requirement satisfaction index (WRSI) generated by the Agricultural Zoning of Climatic Risk (AZRC) for nonirrigated wheat in Brazil - crop season 2016/2017. We considered three impact levels of water stress (low, moderate, and high), distinct risk levels of failure by water deficiency (20%, 30%, and 40%), three types of soil (35 mm, 55 mm, and 75 mm of available soil water capacity - ASWC), three maturity group of cultivars with cycles of 105 days, 115 days, and 125 days, and sowing dates spaced in 10 days between February and March. The results showed increased availability of favorable area for the cultivation of non-irrigated wheat with sowing dates during the first ten days of February. When comparing the cultivars groups, the Group I (105 days) had the highest favorable. In terms of altitude, 40% (4.5 million hectares) of annual agriculture areas of Cerrado biome in RHACT 4 are located above 800 m level. In that area, the best levels of crop conditions(sowing in February 5th, ASWC 75 mm, cultivars with cycles of 105 days, 20% risk level, and impact of water deficiency classified as low and moderate), 2.7 million hectares can be classified as favorable.
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Potencialidades e limitações para a expansão do cultivo de trigo sequeiro no bioma cerrado do Brasil Central / Potentialities and limitations for the expansion of nonirrigated Wheat crop in the cerrado biome of Central BrazilPasinato, Aldemir January 2017 (has links)
No Brasil, o cultivo de trigo estende-se desde a Região Sul (principal zona de produção) até a região Central (biomas Cerrado e Mata Atlântica), na qual há potencial para expansão do cultivo, principalmente no bioma Cerrado e em regime sequeiro. No entanto, há a necessidade de estudos que permitam a delimitação de áreas com potencial de expansão do cultivo desse cereal, visando ao desenvolvimento de práticas de manejo (épocas de semeadura) e escolha de cultivares mais adaptadas ao ambiente tropical. O objetivo deste estudo foi localizar e quantificar, por meio de geotecnologias, áreas atualmente usadas em agricultura anual no bioma Cerrado do Brasil Central, que possuem aptidão favorável para o cultivo de trigo no regime sequeiro. Para isso, foram realizados cruzamentos de planos de informação: i) mapa de uso e cobertura das terras do bioma Cerrado na Região Homogênea de Adaptação de Cultivares de Trigo 4 (RHACT 4) classificadas projeto Terraclass Cerrado; ii) o modelo digital de elevação Shuttle Radar Topography Mission (SRTM), estratificado por faixas de altitude e iii) mapas de Índice de Satisfação de Necessidades de Água (ISNA) gerados pelo Zoneamento Agrícola de Risco Climático (ZARC) para trigo sequeiro no Brasil - safra 2016/2017. Foram considerados níveis de impacto de estresse hídrico (baixo, moderado e elevado), níveis de risco de insucesso por deficiência hídrica (20%, 30% e 40%), tipos de solo (capacidade de armazenamento de água disponível - CAD 35 mm, 55 mm e 75 mm), grupo de cultivares (ciclos de 105 dias, 115 dias e 125 dias) e períodos de semeadura espaçados de 10 dias, entre fevereiro e março. Os resultados mostraram maior disponibilidade de área favorável para o cultivo de trigo sequeiro em semeaduras realizadas no primeiro decêndio de fevereiro. Quando comparados os grupos de cultivares, o Grupo I (105 dias) foi o que apresentou a maior área favorável. Em relação à altitude, 40% (4,5 milhões de ha) das áreas agrícolas do bioma Cerrado na RHACT 4 estão localizadas acima de 800 m, sendo que, na melhor combinação (semeadura em 5 de fevereiro, CAD 75 mm, ciclo de 105 dias, nível de risco de 20% e impacto por deficiência hídrica baixo e moderado), resultam 2,7 milhões de hectares classificadas como favoráveis. / the Central region (Cerrado and Mata Atlântica biomes), in which there is potential for crop expansion, mainly in the Cerrado and under non-irrigated land. However, more detailed studies are needed to allow the delimitation of environments with potential for cultivation of this cereal, aiming at the development of management practices (sowing dates) and choice of better adapted cultivars to biotic or abiotic regional stresses. In this context, the objectives of this study were to locate and to quantify, through geotechnologies, areas currently used in annual agriculture, in the Cerrado region of Brazil, which have favourable fitness for wheat cultivation in drylands. For this purpose, crossings of information shapes were made relating to: i) usage and coverage map of the Cerrado biome in the Homogeneous Region of Adaptation of Wheat Cultivars 4 (HRAWC 4) by project Terraclass Cerrado; II) digital elevation model for altitude of Shuttle Radar Topography Mission (SRTM), and iii) maps of water requirement satisfaction index (WRSI) generated by the Agricultural Zoning of Climatic Risk (AZRC) for nonirrigated wheat in Brazil - crop season 2016/2017. We considered three impact levels of water stress (low, moderate, and high), distinct risk levels of failure by water deficiency (20%, 30%, and 40%), three types of soil (35 mm, 55 mm, and 75 mm of available soil water capacity - ASWC), three maturity group of cultivars with cycles of 105 days, 115 days, and 125 days, and sowing dates spaced in 10 days between February and March. The results showed increased availability of favorable area for the cultivation of non-irrigated wheat with sowing dates during the first ten days of February. When comparing the cultivars groups, the Group I (105 days) had the highest favorable. In terms of altitude, 40% (4.5 million hectares) of annual agriculture areas of Cerrado biome in RHACT 4 are located above 800 m level. In that area, the best levels of crop conditions(sowing in February 5th, ASWC 75 mm, cultivars with cycles of 105 days, 20% risk level, and impact of water deficiency classified as low and moderate), 2.7 million hectares can be classified as favorable.
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Estudos fitogeográficos em Vernonia Schreb. sensu lato (Asteraceae) no bioma cerradoRivera, Vanessa Lopes 30 June 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Botânica, 2008. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-11-17T20:03:02Z
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Vanessa Lopes Rivera.pdf: 1691707 bytes, checksum: b586fea81860aa0a3a92cca347ca6009 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2010-02-04T17:23:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2006-06-30 / Este trabalho visa estudar a fitogeografia do gênero Vernonia Schreb. (Asteraceae) no bioma Cerrado, a fim de preservar este patrimônio genético, levando em consideração as distribuições regionais e endêmicas e além de fornecer dados importantes à cerca de locais prioritários para conservação dentro do bioma. Os dados foram obtidos em 13 viagens de coleta bem como de exsicatas identificadas, provenientes de 15 herbários, a partir das quais se obteve as coordenadas geográficas das 3810 coletas que foram ordenadas em planilha Excel. A partir desta foram confeccionados mapas de distribuição das espécies de Vernonia ocorrentes no bioma Cerrado contínuo, o qual foi dividido em um gride de 176 retângulos de 1ºlat x 1º30’long., a partir do gride de 1:250000 do IBGE. Foram também realizadas análises multivariadas – UPGMA (índice de Jaccard) e TWINSPAN. A partir do consenso das duas análises obtiveram-se 11 províncias fitogeográficas para o Cerrado segundo Vernonia. Se contarmos as unidades fitogeográficas, levando em conta as subprovíncias, seriam 14 unidades, destas, apenas 4 possuem mais de 1% da sua área protegida por unidades de conservação, evidenciando a situação de perigo em que o bioma se encontra. Das 158 espécies encontradas, 7.6% são endêmicas do bioma (de altas altitudes), 26% são restritas ao bioma e 74% ocorrem também fora do Cerrado, sendo que a maior parte está em zonas de transição com outros biomas brasileiros. Dentre as espécies de Vernonia, 26% encontram-se desprotegidas e 15% estão em perigo real. Também foi feita uma análise reversa, também com UPGMA e TWINSPAN, transpondo-se a matriz e agrupando as espécies pela ocorrência nas quadrículas e o resultado foi um total consensual de 20 grupos de espécies, sendo que a maioria pertence a subseção Scorpioides e são espécies de ampla distribuição no bioma, e em seguida tem-se a subseção Nudiflorae que abriga a maior parte das espécies endêmicas e restritas da análise. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This study aims to elucidate the phytogeographic patterns of Vernonia Schreb.
(Asteraceae) in the Cerrado biome, and be useful in conservation, providing high priority sites for the establishment of new reserves. Data were obtained from 13 collecting expeditions and from herbarium specimens of 15 herbaria. Specimens were identified and 3810 geographic
coordinates were registered in an Excel table. Maps were produced of the Vernonia species that occured in the continuous Cerrado biome which was divided by the 1:250000 IBGE grid into 176 rectangles of 1º latitude x 1º 30' longitude. Data was analyzed using TWINSPAN and UPGMA (Jaccard coefficient). The consensus of these two analyses produced 11
phytogeographic provinces in the Cerrado biome. If subprovinces were included 14
phytogeographic units were obtained and only in 4 of these more than 1% of their area was
protected by reserves, showing that the biome is in real danger. The study recorded 158 species of Vernonia, 7.6% were endemics (highlands), 26% are restricted to the biome and 74% occur also outside the Cerrado biome, most of these occuring in transitional areas. Twenty-six percent of the Vernonia species are unprotected and 15% are endangered. A reverse analysis was also performed transposing the matrixes and clustering species. The result was 20 groups of species the majority of which from section Vernonia, subsection Scorpioides which have a wide range in the Cerrado biome. The second most species-rich subsection was Nudiflorae that includes most of the endemics and restricted species of the analysis.
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Filogeografia e delimitação de espécies do gênero Clyomys (Rodentia : Echymyidae)Armond, Thaiz 15 July 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-10-07T18:49:24Z
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2016_ThaizArmond.pdf: 1429793 bytes, checksum: 39242723ddd458169ce07c04023b59e8 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-21T15:21:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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2016_ThaizArmond.pdf: 1429793 bytes, checksum: 39242723ddd458169ce07c04023b59e8 (MD5) / O Cerrado é um bioma brasileiro com alta riqueza de espécies e endemismo, sendo considerado um hotspot de biodiversidade. Apesar da sua importância ecológica, este bioma é continuamente transformado pelas ações humanas, colocando em risco a conservação de muitas espécies que compõem a sua fauna e flora. Nesta situação se enquadram os roedores do gênero Clyomys, que apresentam hábitos coloniais e semi-fossoriais, e cuja distribuição no Cerrado, apesar de ampla, é descontínua. Não existe consenso entre os pesquisadores em relação ao número de espécies dentro do gênero. Para alguns autores ao menos duas espécies são encontradas, C. bishopi no estado de São Paulo e C. laticeps nas demais localidades, enquanto que para outros o gênero possui apenas uma única espécie (C. laticeps). Os marcadores moleculares mitocondriais e nucleares são importantes ferramentas para a análise da variação e estrutura genética existente dentro das espécies e em suas populações, e podem ser utilizados para a resolução de questões relacionadas à definição de status taxonômico. Para esclarecer dúvidas com relação a filogeografia do gênero Clyomys avaliamos, por análises genéticas, 33 indivíduos provenientes de várias localidades distribuídas por quase toda a sua área de ocorrência. A análise de sequências mitocondriais (Citocromo b – CytB; Citocromo c Oxidase Subunidade I - COI) e nucleares (Fator de von Willebrand – vWF, Receptor do Hormônio de Crescimento – GHR e, Beta Fibrinogênio – BFIB) utilizando métodos filogenéticos baseados em máxima verossimilhança e inferência bayesiana mostraram uma possível separação do gênero Clyomys em três espécies, uma ocorrendo em São Paulo, uma na região central do Brasil e a outra na região do Pantanal. Esses resultados foram corroborados com altas probabilidades encontradas nas análises do BP&P. A datação da divergência dessas potenciais espécies sugere que isto tenha ocorrido no Pleistoceno, sendo que a divergência da linhagem próxima ao pantanal ocorreu primeiro. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Brazilian biome Cerrado is characterized by high species richness and endemism, and it’s considered a biodiversity hotspot. Despite its ecological importance, this biome is constantly changing due to human actions which strongly affects the conservation of many species. Clyomys, composed by colonial and semi-fossorial rodents, clearly fits in this situation. This genus has a large but discontinuous distributions over Cerrado area and there is no consensus among researchers regarding the number of species within the genus. Some authors consider two species, C. bishopi in São Paulo and C. laticeps in other locations, while for others Clyomys has only one species, C. laticeps. Molecular markers are important tools to access population genetic structure and it’s a powerful tool for species delimitation. Thus, we used mitochondrial an nuclear sequences from 33 individuals sampled in almost all known Clyomys range to evaluate the taxonomic status within the genus. The mitochondrial (Cytochrome b - CytB; Cytochrome c Oxidase Subunit I - COI) and nuclear (von Willebrand Factor - vWF, Growth Hormone Receptor - GHR and Beta Fibrinogen - BFIB) sequences were analyzed using phylogenetic methods based on maximum likelihood and Bayesian Inference. This analyses indicated a possible split into three species within Clyomys: one in São Paulo, one in central Brazil and another in the Pantanal. These results were corroborated by BAPS genetic clustering analysis and by a high probability for three distinct species in BP&P analyzes. Molecular dating based on *Beast species tree analysis indicated a recent speciation of these potential three species during Pleistocene in which the Pantanal lineage diverged first.
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Estudo químico de Erythroxylum suberosum, biomonitorado por inibição da hialuronidaseLopes, Ivelone Maria de Carvalho 05 August 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2016. / Texto liberado parcialmente pelo autor. Conteúdo restrito: Materiais e métodos, Resultados e Discussão e Conclusão. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-12-19T14:08:42Z
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2016_IveloneMariadeCarvalhoBarros_Parcial.pdf: 953689 bytes, checksum: f204c06d417a89fd6d9e8a53859ca3ce (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-26T19:19:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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2016_IveloneMariadeCarvalhoBarros_Parcial.pdf: 953689 bytes, checksum: f204c06d417a89fd6d9e8a53859ca3ce (MD5) / O Cerrado se constitui em importante centro de biodiversidade abrigando espécies úteis para a medicina popular., entre elas o Erythroxylum suberosum, arbusto da família Erythroxylacea amplamente distribuído no território nacional. Seus frutos servem de alimento para aves, seu tronco é suberoso, sua madeira é utilizada na carpintaria e suas cascas são utilizadas no curtimento de couro. É conhecido como fruta-de-pomba-do-campo, mercureiro, sombra de touro e cabelo de nego, utilizado na medicina popular contra má digestão, reumatismo e inflamação. O presente estudo teve como objetivo realizar estudo químico, de espécie do gênero Erythroxylum, biomonitorado por inibição da hialuronidase. No ensaio de inibição enzimática foi utilizado método turbidimétrico, com adaptações. Os compostos foram isolados por CC de Sílica gel ou Sephadex e identificados por CCD, CLAE-DAD, e RMN de 1H e 13C. O extrato etanólico de E. suberosum apresentou forte potencial de inibição com IC50 = 0,045 mg/mL, significantemente menor que o controle Cromoglicato dissódico (IC50 = 4,8 mg/mL). Do extrato etanólico foram identificados rutina, quercetina e derivados, catequina, epicatequina e derivados do ácido clorogênico e isolada mistura de hiperosídeo e isoquercitrina. Do extrato aquoso foi identificada mistura de frutose e trealose, catequina e epicatequina e isolada rutina. Do extrato hexânicos foram isolados ésteres alifáticos de cadeia longa. A atividade dos extratos e frações frente à enzima foi justificada, em parte, pela presença da quercetina (IC50 = 0,36 mg/mL). A atividade antioxidante observada para os extratos aquoso, etanólico e frações foi relacionada à composição micromolecular dos mesmos. Os extratos brutos de E. suberosum não foram citotóxicos frente às larvas de A. salina com DL50 > 1mg/mL. Esses resultados revelam o potencial de E. suberosum no elenco de espécies brasileiras farmacologicamente úteis. A descoberta de novos inibidores da hialuronidase representam um avanço na terapêutica já que o complexo hialuronano-hialuronidase está envolvido em vários processos fisiopatológicos. Esse foi o primeiro relato, pelo que se sabe, de inibição da hialuronidase pelos extratos e flavonoides isolados das folhas de E. suberosum. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cerrado consists in an important center of biodiversity hosting species uesful for folk medicine, among which is Erythroxylum suberosum, a bush from Erythroxylacea family, widely spread thoughout national territory. Its fruits serve as food to birds, its trunk is suberous, its wood is used in carpentry, and its barks are used in leather tanning. It is well known as fruta-de-pomba-do-campo, mercureiro, sombra de touro and cabelo de nego, used in folk medicine against indigestion, rheumatism and inflammation. The current study aimed to carry out chemical study of species of Erythroxulum genus bioguided by inhibition of hyaluronidase enzyme. In the enzyme inhibition assay was used turbidimetric method, with adaptations. The compounds were isolated by Sílica gel or Sephadex® CC and identified by TLC, HPLCDAD and NMR of 1H and 13C.The ethanolic extract of E. suberosum presented high potential for inhibition with IC50 = 0,045 mg/mL, significantly less than the dissodium cromoglycate control (IC50 = 4,8 mg/mL). Were identified rutin, quercetina and derivates, catechin, epicathechin and derivates of chlorogenic acid and isolated mixture of hyperoside and isoquercitrina from the ethanolic extract. From aqueous extract Rutin was isolated and a mixture of fructose and trehalose sugars, catechin and epicatechin was identified. Of the hexane extract were isolated aliphatic esters of long chain. The activity of the extracts and fractions front of the enzyme hyaluronidase was justified, in part, due to the presence of quercetina (IC50 = 0,36 mg/mL). The antioxidante activity observed for the aqueous and ethanolic extracts and fractions was associated to chemical composition of the same. The crude extracts from the E. suberosum were not citotoxic to brin shrimp (A. salina) with DL50 > 1mg/mL. These results show the potential of E. suberosum in the listo f pharmacologically useful brazilian species. The Discovery of new hyaluronidase inhibitors represent na advance in the Therapeutic due to the hyaluronan-hyaluronidasse complex is involved in seveeral pathophysiological processes. This was the first report, by what is know, inhibition of hyaluronidase enzyme by extracts and flavonoids isolated from the leaves of E. suberosum.
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Tolerância ao encharcamento, alterações morfológicas e anatômicas em algumas espécies lenhosas tropicaisOliveira, Adilson Serafim de 23 November 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2012. / Submitted by Ricardo Tavares (ricardosoares@bce.unb.br) on 2013-06-12T20:18:58Z
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2012_AdilsonSerafimdeOliveira.pdf: 4525942 bytes, checksum: 55f11c0de7ccd0f265518d82646f6fcb (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2013-06-14T16:55:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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2012_AdilsonSerafimdeOliveira.pdf: 4525942 bytes, checksum: 55f11c0de7ccd0f265518d82646f6fcb (MD5) / Os solos do Cerrado são geralmente bem drenados, mas áreas úmidas são comuns e a vegetação que ocorre nestas áreas está sujeita a condições sazonais de alagamento, expondo estas plantas a condições de estresse por excesso de água. O objetivo do estudo foi avaliar a tolerância ao encharcamento em seis espécies arbóreas representativas das principais fitofisionomias associadas às formações savânicas e florestais do bioma cerrado. Plântulas de Aspidosperma macrocarpon Mart. (Apocynaceae), Tabebuia rosea (Bertol.) A. DC. (Bignoniaceae), Handroanthus chrysotrichus (Mart. ex A. DC.) Mattos (Bignoniaceae), Myracrodruon urundeuva Allemão (Anacardiaceae), Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc. (Calophyllaceae), Copaifera langsdorffii Desf. (Leguminosae-Caesalpinioideae) foram submetidas ao encharcamento por 30 dias em casa de vegetação, onde o substrato permaneceu coberto por uma lâmina de água de pelo menos 1 cm de espessura acima da superfície do solo. Foram avaliados os efeitos do encharcamento no crescimento, no acúmulo de biomassa, na morfologia da parte aérea, anatomia de caule e raiz e na sobrevivência. K. coriacea e A. macrocarpon, espécies típicas de solos bem drenados, se mostraram mais sensíveis ao encharcamento apresentando forte redução na sobrevivência, necrose nas folhas e raízes e inibição do crescimento das raízes em A. macrocarpon e da parte aérea em K. coriacea. H. chrysotrichus e M. urundeuva, que são espécies comuns em terrenos secos podendo ocorrer em solos com lençol freático próximo à superfície do terreno, apresentaram menor sensibilidade ao encharcamento, mas não o suficiente para evitar necrose foliar, inibição do crescimento e redução na sobrevivência, impostas pelo encharcamento. A tolerância ao encharcamento foi maior nas espécies T. rosea e C. langsdorffii que são encontradas naturalmente em locais sujeitos ao alagamento sazonal, e cuja sobrevivência não foi afetada pelos 30 dias de encharcamento do sistema radicular. Contudo, apesar de não apresentar clorose ou necrose foliar, o desenvolvimento radicular de C. langsdorffii foi afetado e suas raízes se mostraram mais escurecidas e com início de deterioração nas plantas encharcadas. O alagamento não afetou o crescimento de T. rosea, e nem foram observados sintomas de injúrias nas folhas e raízes de plantas alagadas. Além disso, ocorreu formação de aerênquima do tipo esquizo-lisígeno nas raízes, emissão de raízes adventícias, além do desenvolvimento de caules hipertróficos com rachadura cortical e lenticelas hipertróficas em plantas alagadas desta espécie. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado soils are generally well drained but moist areas are common and vegetation that occurs in these areas is subject to seasonal flooding conditions, subjecting these plants to stressful conditions by excess of water. The aim of the study was to evaluate the tolerance to waterlogging in six tree species representative of the major vegetation types associated with savanna and forest formations of the cerrado biome. Seedlings of Aspidosperma macrocarpon Mart. (Apocynaceae), Tabebuia rosea (Bertol.) A. DC. (Bignoniaceae), Handroanthus chrysotrichus (Mart. ex A. DC.) Mattos (Bignoniaceae), Myracrodruon urundeuva Allemão (Anacardiaceae), Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc. (Calophyllaceae) and Copaifera langsdorffii Desf. (Leguminosae-Caesalpinioideae) were subjected to waterlogging for 30 days in a greenhouse, where the substrate remained covered with a water depth of at least 1 cm above the soil surface. The effects of flooding on growth, biomass accumulation, shoot morphology, root and stem anatomy and survival were analyzed. K. coriacea and A. macrocarpon, which are species typical of well-drained soils, were the most sensitive to waterlogging. They showed strong reduction in survival, necrosis in leaves and roots and inhibition of root growth in A. macrocarpon and inhibition of shoot growth in K. coriacea. H. chrysotrichus e M. urundeuva which are common species in dry lands and may also occur in soils with the groundwater near the surface, showed less sensitivity to waterlogging, but not enough to prevent foliar necrosis, growth inhibition and reduction in survival imposed by flooding. The flooding tolerance was higher in T. rosea and C. langsdorffii that are found naturally in areas subject to seasonal flooding, and whose survival was not affected by the 30 days of flooding of the root system. However, despite not presenting chlorosis or necrosis of leaves, root development of C. langsdorffii was affected. Waterlogged plants showed darkening and early symptoms of deterioration of the root system. Flooding did not affect the growth of T. rosea and no injury symptoms were observed in leaves and roots of flooded plants. In addition, there was formation of schizo-lysigenous aerenchyma in the roots, emission of adventitious roots, and the development of hypertrophic stems with cortical cracks and hypertrophic lenticels in flooded plants of this species.
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Zonação no gradiente vegetacional cerrado típico - campo sujo - vereda, na estação ecológica de águas emendadas, Brasília - DFCosta, Adnilton Fonseca da 03 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Ecologia, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2007. / Submitted by Raquel Viana (tempestade_b@hotmail.com) on 2009-11-18T17:40:09Z
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Previous issue date: 2007-03 / O estudo foi conduzido na porção inicial do córrego Vereda Grande, na Estação Ecológica de Águas Emendadas, Planaltina, DF e teve como objetivo avaliar a distribuição de espécies vegetais no gradiente de saturação hídrica do solo em três tipos fitofisionômicos contíguos: Cerrado Típico, Campo Sujo e Vereda. A seqüência analisada ocorre em ambos os lados da Vereda. A distribuição das espécies ao longo do gradiente foi analisada entre março e julho de 2006, em 10 transecções acompanhando a seqüência de ambientes. Os dez interceptos de linhas, distantes entre si 20 metros, permitiram amostrar 2382 unidades amostrais (parcelas) de 1 (um) metro cada. O Cerrado Típico foi amostrado com 243 parcelas; o Campo Sujo Úmido com 352 e a Vereda com 1787. Foi avaliado cada indivíduo interseptado pela linha em cada metro (método de intercepto da linha) para análise de presença/ausência e para o cálculo da freqüência relativa. As espécies apresentaram em geral, três zonas de distribuição: seca, úmida e inundada, que têm correspondência com a seqüência de fitofisionomias. As espécies mais características da zona seca foram: Miconia albicans (Sw.) Triana., Melinis minutiflora P. Beauv. (1), Echinolaena inflexa (Poir.) Chase, Croton goyazensis Müll.Arg., Calliandra virgata Benth., Kielmeyera coriacea (Spreng.) Mart. e Styrax ferrugineus Nees & Mart.; da zona úmida: Trembleya parviflora (D. Don.) cogn., Eriochrysis sp. Lycopodiella cernua (L.) Pichi-Sermolli, Sisyrinchium vaginatum Spreng. e da zona inundada: Panicum subtiramulosum Renvoize & Zuloaga, Lavoisiera bergii Cogn., Rhynchanthera rostrata DC., Miconia chamissois Naud., Mauritia flexuosa L.F., Ilex affinis Gardner. Embora tenha apresentado maiores valores de freqüência na área úmida, Trembleya parviflora (Don) Cogn. esteve presente também nos sítios alagados. Trembleya parviflora e Lavoisiera bergii, principais elementos lenhosos nestes ambientes alagados, estiveram frequentemente representados por indivíduos mortos, sugerindo limitações de ocorrência em locais permanentemente inundados. A zonação ocorre em um contínuo, com substituição gradual de espécies de acordo com a umidade do solo. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The study was performed in the Águas Emendadas Ecological Station, Planaltina, seeking to evaluate the distribution of vegetal species throughout the soil moisture gradient, in three contiguous phytophysiognomic types: Cerrado Típico (CT) Campo Sujo (CS) and Vereda (VE). Both CT and CS can be found in either sides of VE. The distribution of the species throughout the soil moisture gradient was evaluated in the period between March through July of 2006. Ten transects were allocated crossing this environment sequence. These lines, 20 meters apart, allowed the sampling of 2382 parcels of 1 (one) meter each. The CT physiognomy was sampled with 243 parcels; the CS amounted 352 and VE had 1787 parcels. For each individual, it was estimated its vertical projection in the line in each meter (line intercept method), for the calculation of absolute frequency (FA). In general, the species presented three zones of occurrence: dry, humid and flooded, according to the phytophysiognomic sequence. Miconia albicans (sw.) Triana., minutiflora Melinis P. Beauv. (1), Echinolaena inflexa (Poir.) Chase, Croton goyazensis Müll.Arg., Calliandra virgata Benth., Kielmeyera coriacea (Spreng.) Mart. and Styrax ferrugineus Nees & Mart. were the most typical species of dry zone; Parviflora Trembleya (D. Don.) cogn., Eriochrysis sp. Lycopodiella cernua (L.) Pichi-Sermolli, Sisyrinchium vaginatum Spreng at the humid zone, and: Panicum subtiramulosum Renvoize & Zuloaga, Lavoisiera bergii Cogn., Rhynchanthera rostrata DC., Miconia chamissois Naud., Mauritia flexuosa L.F., Ilex affinis Gardner at the flooded zone. While T. parviflora presented bigger frequency values in the humid area, it also occurred in flooded areas. Trembeya parviflora and Lavoisiera bergii were the most important shrubs in the flooded areas, however represented by several dead individuals, suggesting distribution limits on flooded areas. Species zonation occurs as a continuous and gradual pattern, according to soil moisture gradient.
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Filogeografia de cinco espécies de DYCKIA (BROMELIACEAE) endêmicas de uma região do centro-oeste brasileiro, que compreende os biomas cerrado, pantanal e chaco, em comparação com uma congênere, amplamente distribuídaMelo, Camila de Aguiar January 2016 (has links)
A Família Bromeliaceae abriga espécies de plantas epífitas, saxícolas ou terrestres, que se distribuem do sul dos Estados Unidos até a Patagônia, compreendendo 58 gêneros e em torno de 3140 espécies. É uma das famílias mais diversas ecológica e morfologicamente, tendo surgido no escudo das Guianas há aproximadamente 100 milhões de anos (Ma), e se espalhado por outras regiões das Américas tropical e subtropical em torno de 15 e 10 Ma. O gênero Dyckia apresenta aproximadamente 160 espécies, sendo muitas destas raras e endêmicas. Este gênero é caracterizado pela ausência de ―tanque‖ que acumula água, possibilitando a essas espécies habitar ambientes com condições de seca extrema, como a diagonal seca no centro da América do Sul. O estado do Mato Grosso do Sul, inserido na diagonal seca, tem na sua composição fitogeográfica quatro biomas (Cerrado, Pantanal, Chaco e Mata Atlântica), sendo uma área muito interessante para estudos filogeográficos. Esta dissertação é composta por um manuscrito que busca entender a diversidade genética e a história evolutiva de cinco espécies de Dyckia restritas e endêmicas de uma região que compreende diferentes biomas em comparação com uma congênere de ampla distribuição. No Capítulo II, através de uma abordagem filogeográfica, utilizando dois marcadores plastidiais (cpDNA) e um nuclear (nuDNA), foi estimada a diversidade genética dentro e entre cinco espécies de Dyckia de distribuição restrita (D. grandidentata, D. pottiorum, D. divaricata, D. excelsa e D. exserta), endêmicas do Cerrado e do Pantanal/Chaco, em comparação com a congênere de ampla distribuição (D. leptostachya). Os resultados do cpDNA revelaram que as espécies de distribuição restrita apresentaram uma baixa diversidade genética intra populacional em comparação com a congênere de ampla distribuição, entretanto a diversidade apresentada pelas populações da espécie amplamente distribuída não foi considerada alta, sendo que somente quatro populações apresentaram variação genética. Quando levado em consideração a diversidade total das espécies, os índices de diversidade nas espécies de distribuição restrita variaram de zero à 0,7355 (h) e 0,000988 (π), e quando comparadas com a espécie amplamente distribuída apresentaram menor diversidade, com exceção de Dyckia excelsa, sendo que a alta diversidade desta espécie pode estar relacionada a sua característica de auto incompatibilidade. Os resultados obtidos a partir do nuDNA mostraram uma rede de haplótipos levemente estruturada e uma alta diversidade genética em comparação ao cpDNA, devendo-se provavelmente a alta taxa de recombinação, à alta dispersão via pólen ou ainda à retenção de polimorfismo ancestral. Os resultados de cpDNA apresentaram um baixo compartilhamento de haplótipos e uma alta estruturação, sendo que os haplótipos compartilhados entre D. grandidentata, D. pottiorum e D. divaricata (H1, H3), e entre as populações de D. leptostachya (H5) são provavelmente consequência da retenção de polimorfismo ancestral. O relacionamento genético apresentado pela rede haplotípica do cpDNA evidencia três haplogrupos, um formado pela espécie amplamente distribuída, e os outros dois pelas espécies que ocorrem no Cerrado e no Pantanal/Chaco, indicando que a história biogeográfica destes biomas pode ter influenciado em processos de especiação deste grupo de espécies. A Serra de Maracaju e a diferença na elevação do solo do Cerrado em relação à planície do Pantanal, foram propostas como a principal barreira geográfica que gerou a alta estruturação entre os haplogrupos formados pelas espécies ocorrentes no Cerrado e Pantanal/Chaco. Assim, a preservação dos biomas é vital para a conservação tanto das espécies de Dyckia de distribuição restrita quanto das amplamente distribuídas, garantindo a manutenção da exclusiva diversidade destas populações. / Bromeliaceae family harbors species of epiphytic, saxicol or land plants, which are distributed from the southern of United States to Patagonia, comprising 58 genera with about 3140 species. It is one of the most diverse ecological and morphologically families that arose in the Guiana Shield about 100 milion years ago (Ma), and spread to other regions of the tropical and subtropical Americas around 15 to 10 Ma. Dyckia genus has about 160 species, many of these rare and endemic. This genus is characterized by the absence of a "tank" that accumulates water, enabling these species to inhabit environments with extreme drought conditions, such as ―the dry diagonal‖ in the center of South America. The state of Mato Grosso do Sul, located on dry diagonal, comprises four biomes (Cerrado, Pantanal, Chaco and Atlantic Forest), being one interesting area for phylogeographic studies. This dissertation is composed by one manuscript that seeks to understand the genetic diversity and evolutionary history of five restricted and endemic species from Dyckia genus in a region comprising different biomes, compared with a wide distributed congener. In Chapter II, through a phylogeographic approach, using two plastid markers (cpDNA) and one nuclear (nuDNA), we estimated the genetic diversity within and among Dyckia grandidentata, D. pottiorum, D. divaricata, D. excelsa and D. exserta (restricted species endemic to the Cerrado and the Pantanal / Chaco), comparing with a congener with wide distribution (D. leptostachya). The results from cpDNA showed that restricted distributed species had low intra-populational genetic diversity in comparison with the species widely distributed. However, the diversity presented by the widely distributed species was not considered high, since only four populations showed genetic variation. Considering the total diversity, the restricted distribution species ranged from zero to 0,7355 (h) and 0,000988 (π) , and when compared with widespread species showed minor diversity. The exception was Dyckia excelsa that showed high diversity, fact that could be related with its self incompatibility. The results obtained from nuDNA showed a slightly structured network and a high genetic diversity compared to cpDNA, which may be probably due to high recombination rates, the high dispersion via pollen or the retention of ancestor polymorphism. Also, the cpDNA results showed a low haplotype sharing and high structure, and shared haplotype between D. grandidentata, D. pottiorum and D. divaricata (H1, H3) and populations of D. leptostachya (H5) may be consequence of retention of ancestral polymorphism. The genetic relationship presented by cpDNA haplotype network reveals three haplogroups, one formed by widespread species, and the others by species that occur in Cerrado and in Pantanal / Chaco, indicating that biogeographic history of these biomes may have influenced speciation of this group of species. Serra de Maracaju and the differences in landscape elevation between Cerrado and Pantanal lowland was proposed as the main geographical barrier that generated the high structure between the haplogroups formed by species from Cerrado and Pantanal/Chaco. Thus, the preservation of biomes is imperative for the conservation of Dyckia species, ensuring the maintenance of that exclusive diversity encountered in these populations.
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