Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Rafael Medeiros de Oliveira Silva / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Angélica Simone Cravo Pereira / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O objetivo deste estudo foram realizar associação genômica ampla (GWAS) e predição genômica utilizando haplótipos como marcadores genéticos para o perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de 963 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip (High-Density Bovine BeadChip) da Illumina. O controle de qualidade foi feito considerando MAF < 0,05 e Call rate < 90%. Após o CQ, 469.981 SNPs permaneceram nas análises. A imputação dos "missing" e o "phasing" do genótipo foram realizados utilizando o software FImpute. A definição dos blocos de haplótipos foi realizada baseada no desequilíbrio de ligação utilizando o software HaploView. No capítulo 2 as análises estatísticas incorporando as informações dos haplótipos foram realizadas utilizando o software ASREML implementando o método REML. O modelo incluiu efeitos fixos do grupo contemporâneo (62 níveis), haplótipo (regressão linear no número de cópias) e idade ao abate como covariável linear. Os valores de p foram ajustados pelo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study were genome-wide association (GWAS) and genomic prediction using haplotypes approach for fatty acid profile of intramuscular fat of longissimus dorsi muscle in Nellore cattle. The investigated dataset contained records from 963 Nellore bulls, finished in feedlot (90 days) and slaughter with about two years old. Meat samples of Longissimus dorsi muscle, between the 12th and 13th ribs of the left half-carcasses, were taken to measure the fatty acids (FAs). FAs were quantified by gas chromatography (GC-2010 Plus - Shimadzu AOC 20i autoinjector) using SP-2560 capillary column (100 m x 0.25 mm diameter with 0.02 mm thickness, Supelco, Bellefonte, PA). The animals were genotyped using the high-density SNP panel (BovineHD BeadChip assay 777k, Illumina Inc., San Diego, CA). Those SNP markers with minor allele frequency less than 0.05, call rate less than 90%, monomorphic, located on sex chromosomes, and those with unknown position were removed from the analysis. After genomic quality control, 469,981 SNPs and 892 animals were available for the analyses. Missing genotypes were imputed and genotypes were phased to haplotypes using FImpute software. Haplotype blocks were defined based on linkage disequilibrium using HaploView software. In chapter 2, statistical analyzes incorporating the haplotype information were performed using ASREML software implementing the REML method. The model included fixed effects of the contemporary group (62 levels), haplotype (linear r... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Márcia Cristina de Sena Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Com o objetivo de investigar a variação genética para característica resistência a carrapato e encontrar o modelo mais adequado para avaliação genética desta característica, foram utilizados dados de contagem de carrapato (CC) por infestação natural em bovinos cruzados Hereford x Nelore. Primeiramente os dados de CC obtidos de rebanhos localizados nos estados de Rio Grande do Sul (RS), Paraná (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) foram transformados para log10(CC+1) e agrupados em duas regiões, definidas por análise de agrupamento. Cada grupo foi considerado como uma característica diferente e com a utilização de um modelo bi-característica foram estimados os componentes de (co)variância e ainda avaliada a ocorrência de interação genótipo x ambiente para a característica. As estimativas de herdabilidade observadas para resistência à infestação por carrapatos foram baixas sugerindo que exista a possibilidade de seleção para animais resistentes a carrapato, porém com um lento progresso genético. Foi observada alta correlação genética para a característica contagem de carrapatos entre os dois grupos e não foi observada interação genótipo x ambiente para esta característica na população de estudo. Posteriormente, foi realizado um estudo comparativo quanto à habilidade preditiva e o ajuste de diferentes modelos para avaliação da característica contagem de carrapatos. Para isso foram utilizados três diferentes modelos de avaliação: linear com a utilização da transformação logarítmica das observações (MLOG); linear sem a transformação das observações (MLIN) e o linear generalizado Poisson com adição de um termo residual (MPOI). Foi utilizada validação cruzada para comparar a habilidade preditiva dos modelos. Uma discreta superioridade quanto à qualidade de ajuste... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Aiming to investigate the genetic variation of tick resistance and to find the Best fitting model for this trait, data of tick counting (TC) by natural infestation in Hereford Nellore cattle were used. Firstly, the data of TC obtained from herds located in the states of Rio Grande do Sul (RS), Parana (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) were transformed into log10(CC+1) and grouped into two regions, defined by cluster analysis. Each group was considered as a different trait, and by using a two-trait model, the covariance components were estimated, and also, the occurrence of genotype x environment interaction was evaluated for the trait. Estimates of heritability observed for TC were low, suggesting that there is a possibility of selecting animal that are resistant to tick infestation, however, with a low genetic progress. High genetic correlation for TC between both groups was estimated, and no genotype x environment interaction was observed for this trait in this population. After, a comparative study was performed regarding the predictive ability and the fitting of different models for the evaluation of TC. For that, three different evaluation models were used: linear with the use of logarithmic transformation of the data (MLOG); linear without the use of logarithmic transformation of the data (MLIN), and linear generalized Poisson with the addition of a residual term (MPOI). Cross validation was performed to compare the predictive ability of the models. A discreet superiority regarding the adjustment quality and the predictive ability were showed by the model MPOI. Correlations between observed and predicted TC were almost equal in all models and the highest rank correlation between EBVs was observed between... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Raysildo Barbosa Lôbo / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Ruy Alberto Caetano Correa Filho / Resumo: O monitoramento dos resultados de um programa de seleção de bovinos de corte serve para avaliar o progresso genético alcançado e para que os resultados obtidos sirvam de elementos orientadores de ações futuras. Neste trabalho, os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e tendências genéticas para características de importância econômica em bovinos da raça Guzerá, estimar parâmetros populacionais e os coeficientes de endogamia e relaciona-los com valores genéticos e com o índice de seleção recomendado para a raça (MGT). Para isto, dados de 18.491 animais, oriundos de 43 fazendas foram cedidos pelo Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). As características estudadas foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura entre a 12ª e a 13ª costela (EG), espessura de gordura na garupa (EGP8), idade ao primeiro parto (IPP), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), peso adulto da vaca (PAV), peso corporal ao nascimento (PN), aos 120 (P120), aos 210 (P210), aos 365 (P365), aos 450 (P450) dias de idade e produtividade acumulada em fêmeas (PAC). Os parâmetros populacionais estimados foram taxa de endogamia por geração, tamanho efetivo da população, intervalo de gerações e o número efetivo de fundadores e de ancestrais. Os parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni e bi-características. Tendências genéticas foram obtidas por regressão linear das médias dos valores genéticos anuais, em função do ano de nascimento. A estatística t foi usada e a hipótese nula considerava o coeficiente da regressão como sendo zero. As características apresentaram suficiente variação genética aditiva, sendo passíveis de seleção e estas se mostraram favoravelmente correlacionadas geneticamente, exceto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Monitoring the results of a breeding program for beef cattle is used to evaluate the genetic progress achieved and the results serve as guiding elements for future actions. In this work, the objectives were to estimate genetic parameters and genetic trends for traits of economic importance in Guzerat beef cattle, estimate population parameters and coefficients of inbreeding and its relationship with breeding values and the selection index recommended for the breed (MGT).For this, data from 18,491 animals from 43 farms were granted by the Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). The traits studied were rib eye area (REA), fat thickness between the 12th and 13th rib (FT), rump fat thickness (RF), age at first calving (AFC), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (GL), mature weight of the cow (MWC), body weight at birth (BWB), 120 (BW120), 210 (BW210), 365 (BW365) and 450 days of age (BW450) and cumulative productivity in females (AP). The population parameters estimated were rate of inbreeding per generation, effective population size, generation interval and the effective number of founders and ancestors. The genetic parameters, breeding values were estimated by restricted maximum likelihood, by one and two-trait analysis. Genetic trends were calculated from a linear regression of mean predicted breeding values (PBV) based on birth year. At-statistic was used to test the hypothesis that the regression coefficient for each equation is equal to zero. The traits showed sufficient additive genetic variation, being capable to respond to selection and proved to be genetically correlated among them, except AP, FT and RF, which showed low genetic correlations with other traits. The genetic trend indicated that the animal's mean breeding value has changed over time for the traits studied... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Coorientador: Herman Arend Mulder / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Gerson Antonio de Oliveira Júnior / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: A existência de um controle genético sobre a variância residual torna possível a seleção para uniformidade de produção. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) investigar a presença deste componente genético na variância residual do peso ao sobreano (PS) em bovinos da raça Nelore (N = 194.628, touros = 625), usando duas abordagens: dois passos (two-step) e modelo linear generalizado hierárquico duplo (double hierarchical generalized linear model, DHGLM); e ii) identificar, através de estudo de associação genômica ampla (genome-wide association study, GWAS), regiões genômicas associadas com uniformidade do PS usando differentes variáveis respostas: EBV desregredido (dEBVv) obtido a partir de soluções de um DHGLM assumindo correlação genética não-nula entre média e variância residual (rmv ≠ 0); e dEBVv_r0 e variância dos resíduos log-transformada (ln_σ2ê) obtidos a partir de soluções de um DHGLM assumindo rmv = 0. Os resultados confirmam a presença de heterogeneidade genética de variância residual bem como oportunidade de seleção (coeficiente de variação genética da variância residual (GCVE) variando de 0,10 a 0,17). Porém, a seleção pode ser limitada devido à magnitude da variância genética da variância residual e à forte e positiva correlação genética entre a média e a variância (0,20 e 0,76 para a abordagem em dois passos e DHGLM, respectivamente). Além disso, foi possível observar que um grande número de progênies por touro é necessário para obter EBV com mai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of genetic control on residual variance makes possible the selection for uniformity. Thus, the objectives of the present study were: i) to investigate the presence of this genetic component on the residual variance of yearling weight (YW) in Nellore cattle (N = 194,628, sires = 625) using two approaches: two step approach and double hierarchical generalized linear model (DHGLM); and ii) to identify, through a genome-wide association study (GWAS), genomic regions associated with uniformity of YW using different response variables: deregressed EBV (dEBVv) obtained from solutions of a DHGLM assuming non-null genetic correlation between mean and residual variance (rmv ≠ 0); and dEBVv_r0 and log-transformed variance of estimated residuals (ln_σê 2) obtained from solutions of a DHGLM assuming rmv = 0. The results confirm the presence of genetic heterogeneity of residual variance as well as opportunity of selection (coefficient of genetic variance of residual variance (GCVE) ranging from 0.10 to 0.17). However, selection may be limited by the magnitude of the genetic variance of the residual variance and the strong and positive genetic correlation between mean and variance (0.20 and 0.76 for two-step approach and DHGLM, respectively). In addition, it was observed that large sire families are required to obtain higher EBVv accuracies (heritability of residual variance, hv 2 < 0.007). The mean-variance relationship was reduced by using Box-Cox transformation, which reduc... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-07Bitstream added on 2014-06-13T19:40:32Z : No. of bitstreams: 1 silva_ncc_dr_botib.pdf: 675325 bytes, checksum: 770804101b6bf91187e2941b56d767bb (MD5) / Staphylococcus sp é agente comum da mastite bovina, causando grandes perdas econômicas na pecuária brasileira. Esse micro-organismo possui fatores de virulência bastante conhecidos como a produção de hemolisinas, leucotoxinas e superantígenos como a toxina do síndrome do choque tóxico e enterotoxinas. Além disso, várias espécies de Staphylococcus podem adquirir genes de resistência aos antibióticos β lactâmicos. O objetivo do estudo foi caracterizar molecularmente isolados de Staphylococcus sp provenientes de leite de vacas com mastite clinica e subclínica de várias regiões do estado de São Paulo. Foram realizadas coletas de leite de vacas com mastite clinica e subclínica de diferentes fazendas no estado de São Paulo e realizados testes fenótipicos de resistência a antimicrobianos e de virulência (Toxina de Panton Valentine, sindrome do choque tóxico e toxinas esfoliativas), além de testes moleculares como Pulse Field Gel Eletrophoresis (PFGE), Multiloccus Sequence Typing (MLST) e Spa typing para comparação entre as cepas epidemiologicamente importantes e da tipagem do cromossomo cassette estafilocócico em cepas meticilina reistentes. As cepas resistentes a meticilina apresentaram amplo perfil de resistência e genes de resistência importantes e pouco relatados, sendo observados genes como fexA, lsaE, lnuB. Foram detectados dois novos spatyping (t10852 e t10856), bem como um novo alelo yqiL e um novo ST (2493). Os ECNs apresentaram resistências à maioria dos antibióticos estudados e foi observado a uma deleção no gene ermC, que codifica a resistência à eritromicina. / Staphylococcus sp. is the common agent of bovine mastitis, causing big economic losses in Brazilian cattle. This micro-organism have virulence factors have been well known as the production of hemolysin, and leucotoxinas toxin superantigens such as toxic shock syndrome and enterotoxins. In addition, several Staphylococcus species can acquire antibiotic resistance genes β lactamics. The objective of the study is to characterize molecularly Staphylococcus sp. from milk of cows with subclinical mastitis in various regions of the state of São Paulo. Samples were coleted from milk of cows with subclinical and clinical mastitis from different farms in the state of São Paulo. Tests were performed phenotypic antimicrobial resistance and virulence (toxin Panton Valentine, toxic shock syndrome and exfoliative toxins), molecular tests as Eletrophoresis Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multiloccus Sequence Typing (MLST) and spa typing for comparison between epidemiologically important strains, as well as the typing of strains in staphylococcal cassette chromosome methicillin reistentes. Methicillin-resistant strains showed broad resistance profile and resistance genes important and underreported were detected as fexA, lsaE, lnuB. Two new spatyping (t10852 and t10856) were detected as well as a new allele yqiL and a new ST (2493). The ECN showed resistance to most antibiotics and was observed the deletion in ermC gene encoding resistance to erythromycin.

Orientador: Joaquim Mansano Garcia / Coorientador: Naiara Zoccal Saraiva / Banca: César Roberto Esper / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: Este estudo objetivou avaliar a influência do fluido folicular (FF) e da proteína recombinante humana GDF9 adicionados ao meio de maturação sobre a qualidade de embriões bovinos produzidos in vitro. Foram realizados três experimentos utilizando o meio TCM199 como meio básico de maturação. No primeiro experimento, os oócitos foram maturados em cinco diferentes meios (0%, 25%, 50%, 75% ou 100% de FF) em quatro tempos de maturação (22, 24, 26 ou 28 h). No segundo experimento, os oócitos foram maturados nos mesmos meios utilizados no primeiro experimento e fecundados em três diferentes tempos (24, 26 ou 28 h). No terceiro experimento, foram utilizados dois meios: controle (sem FF) ou com 25% de FF e quatro níveis de suplementação (0, 25, 100 ou 200 ng/mL) com GDF9. O FF promoveu retardo da progressão meiótica, afetando a maturação nuclear e a migração de grânulos corticais para a periferia dos oócitos. O FF em altas concentrações influenciou negativamente as taxas de clivagem e de blastocisto. O GDF9, com (25%) ou sem FF, não influenciou as taxas de clivagem e de blastocisto, no entanto, interferiu positivamente sobre o percentual de embriões considerados superiores. O percentual mais elevado (82,22%) de embriões classificados como superiores foi obtido com o uso de 200 ng de GDF9 em meio de maturação acrescido de 25% de FF. Em conclusão, a adição do fluido folicular (75% e 100%) ao meio de maturação in vitro retarda a progressão meiótica, sincronizando a maturação nuclear com a citoplasmática e a suplementação do meio de maturação com proteína recombinante humana GDF9 melhora a qualidade de embriões bovinos produzidos in vitro, baseando-se na avaliação da proporção do número de células da massa celular interna (MCI) em relação ao número total de células / Abstract: This study aimed to evaluate the effects of follicular fluid (FF) and recombinant human GDF9 added to the maturation media on the quality of in vitro produced bovine embryos. Three experiments using TCM199 medium as basic maturation media were performed. In the first experiment oocytes were matured in five different media (0%, 25%, 50%, 75% or 100% of FF) during four maturation times (22, 24, 26 or 28 h). In the second experiment, the oocytes were matured in the same five media used in the first experiment and fertilized at three different times (24, 26 or 28 h). In the third experiment were used two media: control (without FF) or with 25% FF combined with four levels of supplementation (0, 25, 100 or 200ng/mL) with GDF9. The FF promoted delay of the meiotic progression, affecting nuclear maturation and cortical granules migration to the oocyte periphery. In addition FF influenced the cleavage and blastocyst rates. GDF9, without or added to FF did not affect the cleavage and blastocyst rates, however, a positive influence on the percentage of embryos considered superior was observed. The highest percentage (82.22%) of embryos considered superior was obtained with maturation media added with 25% of FF and supplemented with 200 ng of GDF9. In conclusion, addition follicular fluid (75% and 100%) to the in vitro maturation media delays meiotic progression, synchronizing nuclear to cytoplasmic maturation, and supplementation of maturation media with recombinant human GDF9 improves the quality of bovine embryos in vitro produced, based on inner cell mass cells (ICM) proportion, relative to the total cell number / Mestre

Membros da família Herpesviridae, subfamília Alphaherpesvirinae, herpesvírus bovino tipos 1 (BoHV-1) e 5 (BoHV-5) tem sido associados a diferentes condições clínicas em bovinos. Assim, diferenciação entre BoHV-1 e BoHV-5 é uma valiosa informação objetivando um melhor entendimento da patogenia e epidemiologia destes vírus no rebanho bovino. Contudo, métodos para diferenciação são escassos devido às reações cruzadas originadas da alta homologia genômica e antigênica entre estes vírus. O presente estudo concentrou-se na análise da região carboxi-terminal da glicoproteína C (nucleotídeos 16763 - 17337 em BoVH-1 e 17671 - 18242 em BoHV-5), uma vez que tal região apresentou características potenciais que permitissem a diferenciação entre estes vírus. Assim, no primeiro capítulo do presente trabalho a região carboxi-terminal da gC foi utilizada como alvo para o desenvolvimento de uma Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) seguida da Análise da Restrição Enzimática (REA) do fragmento amplificado, capaz de diferenciar entre isolados de BoHV-1 ou BoHV-5, gerando fragmentos com tamanhos de 575 pares de base (pb) frente a BoHV-1 e 572 pb frente a BoHV-5. A diferenciação entre BoHV-1 e BoHV-5 foi obtida após a digestão dos amplicons com a enzima de restrição Bgl I. No segundo capítulo, a região carboxi-terminal de 23 amostras Sul-Americanas de BoHV-1 ou BoHV-5 foram amplificadas e sequenciadas. A análise filogenética realizada com as sequências de nucleotídeos revelou identidade variando entre 98,7 a 99,8% (BoHV-1/ BoHV-1), 88,3 a 92% (BoHV-1/ BoHV-5) e 96 to 99,7% (BoHV-5/ BoHV-5). Alinhamentos realizados com sequências de aminoácidos revelaram identidade variando entre 97,5 a 99,5% (BoHV-1/ BoHV-1), 77,5 a 84,4% (BoHV-1/ BoHV-5) e 92,1 a 99,5% (BoHV-5/ BoHV-5). Análises filogenéticas revelaram, ainda, que: i) alguns isolados de BoHV-5 apresentaram um padrão diferente daqueles até o presente reconhecidos; ii) uma amostra isolada no Uruguai (BoHV-1.2) apresentou um padrão de agrupamento distinto quando comparado com as outra amostras de BoHV-1.2. O terceiro capítulo apresenta o primeiro relato de detecção de BoHV-5 de sêmen bovino através da análise antigênica, amplificação diferencial da região amino-terminal do gene da gC de BoHV-1 e 5, seguida da caracterização por REA do isolado em estudo. Em síntese, através da utilização da gC foi possível avaliar a homologia entre as amostras Sul- Americanas estudadas; desenvolver uma PCR/REA diferencial entre estes vírus e relatar a detecção de uma amostra de BoHV-5 isolada à partir de sêmen contaminado. / Members of the Herpesviridae family, Alphaherpesvirinae subfamily bovine herpesvirus types 1 (BoHV-1) and 5 (BoHV-5) have been associated to different clinical conditions of cattle. Thus, differentiation has become an important tool for a better understanding of the pathogenesis and epidemiology of BoHV infections in cattle. However, currently available methods for such differentiation are hampered by cross-reactions from high genomic and antigenic homology between these viruses. The present work focused on the analysis of the carboxy-terminal portion of glycoprotein C (gC), corresponding to nucleotides 16763 - 17337 on BoHV-1 and 17671 - 18242 on BoHV-5 once such region showed characteristics that would allow a clear distinction between BoHV-1 and 5. In view of that, in the first chapter, the carboxy-terminal region of gC was the target for the development of a Polymerase Chain Reaction followed by a Restriction Enzyme Analysis (PCR/REA) for differentiation between BoHV-1 and 5. The PCR/REA was designed to amplify a segment on the carboxy-terminal portion of the glycoprotein C (gC) gene, giving rise to amplicons of 575 base pairs (bp) for BoHV- 1, and 572 bp for BoHV-5. The amplicons were digested with the Bgl I for differentiation between BoHV-1 and 5. In the second chapter the region previously described of 23 South American isolates of BoHV-1 and BoHV-5 were amplified and sequenced. Nucleotide sequence alignments revealed identity ranged from 98,7 to 99,8% (BoHV-1/ BoHV-1), 88,3 to 92% (BoHV-1/ BoHV-5) and 96 to 99,7% (BoHV-5/ BoHV-5). The identity deduced from amino acid sequences ranged from 97,5 to 99,5% (BoHV-1/ BoHV-1), 77,5 to 84,4% (BoHV-1/ BoHV-5) and 92,1 to 99,5% (BoHV-5/ BoHV- 5) . Phylogenetic analyses and deduced amino acid sequences revealed that: i) some BoHV-5 isolates seem to be “non a non b” subtype and ii) there is a Uruguayan BoHV-1.2 strain that has a distinct nucleotide and amino acid sequence when compared to others BoHV-1.2 strains. The third chapter of the present work contains the first report of a BoHV-5 strain isolated from the bovine semen by antigenic characterization, differential amplification of the N-terminal region of gC gene from BoHV-1 and 5 followed by genomic characterization by REA and antigenic characterization of the isolate analyzed.

Orientador: Lindsay Unno Gimenes / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Humberto Tonhati / Resumo: O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho na produção embrionária in vivo e in vitro de doadoras da raça Holandesa não lactantes, verificar a ocorrência de polimorfismos no gene JY-1 e sua associação com a produção in vivo e in vitro de embriões. Primeiramente, foi verificada a similaridade na produção de embrião da mesma doadora entre as biotécnicas (produção in vivo e in vitro), sendo utilizadas 44 vacas e comparados os desempenhos nas produções de embrião. Na produção in vivo de embriões não foram observados efeitos de ano (P=0,13), estação dentro de ano (P=0,46) e touro dentro de estação e ano (P=0,20). Na produção in vitro, também não foram observados efeitos de ano (P=0,64) e estação dentro de ano (P=0,72), entretanto, o efeito do touro dentro da estação e ano foi significativo (P<0,01). Não há correlação entre as produções in vivo e in vitro dentro de doadora (r=- 0,04; P=0,56). Nenhuma probabilidade de semelhança entre as biotécnicas de produção de embriões, ou seja, se a mesma doadora tem o mesmo desempenho nas duas técnicas (acima ou abaixo da média), foi encontrada (P=0,12). Para verificar a ocorrência de polimorfismos no gene JY-1 e sua associação com a produção embrionária, dados retrospectivos de produções in vivo e in vitro de embriões foram obtidos de 144 vacas não lactantes da raça Holandesa. Para a identificação dos polimorfismos do gene JY-1, as regiões do éxon 2 e íntron 2 foram amplificadas e sequenciadas pelo método de PCR-sequenciamento. Fo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the performance in in vivo and in vitro embryo production in non-lactating Holstein donors, verify the occurrence of JY-1 gene polymorphisms and their association with the in vivo and in vitro embryo production. First, the similarity in embryo production from the same donor between biotechnologies (in vivo and in vitro production) was verified, being used 44 cows and the embryo production performance was compared. In in vivo embryo production no effects of year (P=0.13), season within year (P=0.46) and sire within the season and year (P=0.20) were found. Regarding in vitro embryo production, no effects of year (P=0.64) and season within year (P=0.72) were found, however, the effect of sire within season and year was significant (P<0.01). There was no correlation concerning embryo production between techniques within donors (r=- 0.04, P=0.56). No probability of similarity between the embryo production techniques, i.e., if the same donor has the same performance in two techniques (above or below of the average), was found (P=0.12). To check the occurrence of JY-1 gene polymorphisms and their association with embryo production, retrospective data from in vivo and in vitro embryo production were obtained from 144 non-lactating Holstein cows. For the identification off JY-1 gene polymorphisms, the region of exon 2 and intron 2 was amplified and sequenced by PCR-sequencing method. Four SNPs were found [two in exon 2 (rs381676360; rs384600927) and two in intron 2 (rs378994837; rs211595914)]. SNP rs381676360 caused a non-synonymous amino acid substitution (leucine/isoleucine) and rs384600927 a synonymous substitution of the valine amino acid. Regarding the Hardy-Weinberg equilibrium, one of the four genotypic frequencies was not in equilibrium (rs211595914; P<0.01). For linkage disequilibrium test... (Complete abstract electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-15Bitstream added on 2014-06-13T18:44:25Z : No. of bitstreams: 1 magajevski_fs_dr_jabo.pdf: 1942398 bytes, checksum: b212ff62ed36cb609ef85e31f2538b3b (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A leptospirose e a brucelose são duas das mais importantes enfermidades da esfera reprodutiva em bovinos, podendo ser transmitidas durante a utilização de técnicas de reprodução assistida. Este trabalho visa pesquisar a presença e a ação da Leptospira spp. e da Brucella spp. em fetos e oócitos bovinos. Foram colhidas amostras do sangue de 512 vacas encaminhadas para o abate em um frigorífico do Estado de São Paulo; dessas, 212 foram utilizadas para a pesquisa de Leptospira spp. e Brucella spp. nos fetos, e 300 foram utilizadas para pesquisa desses agentes no líquido folicular e nos oócitos. Amostras de órgãos fetais (rim, fígado, baço e pulmão), conteúdo estomacal fetal, placenta materna e líquido folicular (LF) foram submetidas às técnicas de cultivo em meio próprio para crescimento de Leptospira spp (Fletcher) e Brucella spp. (Brucella-ágar) e à técnica de reação em cadeia da polimerase multiplex (PCRm) para ambos os agentes. Os oócitos provenientes de vacas sorologicamente negativas para leptospirose e brucelose foram maturados em meio contaminado com Leptospira interrogans sorovar Pomona, sendo uma parte em meio sem antibiótico e outra com antibiótico. Os oOOtos provenientes de fêmeas sorologicamente positivas para leptospirose foram maturados em meio de maturação esterilizado, sendo uma parte sem antibiótico e outra com antibiótico, e oOOtos provenientes de vacas sororreagentes para brucelose foram maturados em meio estéril sem antibiótico. Após a maturação, parte dos oócitos foi encaminhada para PCRm, e outra parte fixada em lâmina e corada pelas técnicas de Levaditi e- imunoistoquímica para a pesquisa de Leptospira spp.. Entre as 512 vacas avaliadas, 234 (45,70%) foram reagentes na soroaglutinação microscópica (SAM) e 50 (9,76%) sororreagentes na prova do antígeno acidificado tamponado (AA T), sendo 34 (6,64%)... / Leptospirosis and brucellosis are two of the most important diseases of the reproductive sphere in bovines, being able to be transmitted during the use of assisted reproduction techniques. This work aims to research the presence and the action of Leptospira spp. and Brucella spp. in bovine fetus and oocytes. Blood samples of 512 slaughtered cows, were collected in a slaughterhouse in the State of São Paulo. Of these, 212 were used for the research of Leptospira spp. and Brucella spp. in the fetus, and 300 were used for research of these agents in the follicular liquid and the oocytes. Samples of fetal organs (kidney, liver, spleen and lung), fetal stomach content, maternal placenta and follicular liquid (FL) were submitted to the techniques of cultivation for the growth of Leptospira spp. (Fletcher) and Brucella spp. (Brucella-agar) and the technique of PCRmultiplex for both agents. The oocytes from serological negative cows for leptospirosis and brucellosis were matured in a contaminated media with Leptospira interrogans serovar Pomona, being a part without antibiotic and another one with antibiotic. The oocytes from serologically positive females for leptospirosis were matured in a sterilized environment, being a part without antibiotic and another with antibiotic and oocytes from cows seroreacting, from brucellosis were matured in sterile environmenta without antibiotic. Afier the maturation, part of the oocytes were directed to PCRm and another part settled in the blade and dyed by the Levaditi technique and immunohistochemical for the research of Leptospira spp.. Among the 512 evaluated cows, 234 (45,70%) reacted to the microscopic seroagglutination (MAT) and 50 (9,76%) reacted to the Rose Bengal Plate Test (RBPT), being 34 (6,64%)...(Complete abstract, access undermentioned eletronic address)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-02Bitstream added on 2014-06-13T19:43:41Z : No. of bitstreams: 1 ayres_dr_dr_jabo.pdf: 831838 bytes, checksum: e4cae8bab8f98b5467c6670c4f6be10b (MD5) / Com o objetivo de investigar a variação genética para característica resistência a carrapato e encontrar o modelo mais adequado para avaliação genética desta característica, foram utilizados dados de contagem de carrapato (CC) por infestação natural em bovinos cruzados Hereford x Nelore. Primeiramente os dados de CC obtidos de rebanhos localizados nos estados de Rio Grande do Sul (RS), Paraná (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) foram transformados para log10(CC+1) e agrupados em duas regiões, definidas por análise de agrupamento. Cada grupo foi considerado como uma característica diferente e com a utilização de um modelo bi-característica foram estimados os componentes de (co)variância e ainda avaliada a ocorrência de interação genótipo x ambiente para a característica. As estimativas de herdabilidade observadas para resistência à infestação por carrapatos foram baixas sugerindo que exista a possibilidade de seleção para animais resistentes a carrapato, porém com um lento progresso genético. Foi observada alta correlação genética para a característica contagem de carrapatos entre os dois grupos e não foi observada interação genótipo x ambiente para esta característica na população de estudo. Posteriormente, foi realizado um estudo comparativo quanto à habilidade preditiva e o ajuste de diferentes modelos para avaliação da característica contagem de carrapatos. Para isso foram utilizados três diferentes modelos de avaliação: linear com a utilização da transformação logarítmica das observações (MLOG); linear sem a transformação das observações (MLIN) e o linear generalizado Poisson com adição de um termo residual (MPOI). Foi utilizada validação cruzada para comparar a habilidade preditiva dos modelos. Uma discreta superioridade quanto à qualidade de ajuste... / Aiming to investigate the genetic variation of tick resistance and to find the Best fitting model for this trait, data of tick counting (TC) by natural infestation in Hereford Nellore cattle were used. Firstly, the data of TC obtained from herds located in the states of Rio Grande do Sul (RS), Parana (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) were transformed into log10(CC+1) and grouped into two regions, defined by cluster analysis. Each group was considered as a different trait, and by using a two-trait model, the covariance components were estimated, and also, the occurrence of genotype x environment interaction was evaluated for the trait. Estimates of heritability observed for TC were low, suggesting that there is a possibility of selecting animal that are resistant to tick infestation, however, with a low genetic progress. High genetic correlation for TC between both groups was estimated, and no genotype x environment interaction was observed for this trait in this population. After, a comparative study was performed regarding the predictive ability and the fitting of different models for the evaluation of TC. For that, three different evaluation models were used: linear with the use of logarithmic transformation of the data (MLOG); linear without the use of logarithmic transformation of the data (MLIN), and linear generalized Poisson with the addition of a residual term (MPOI). Cross validation was performed to compare the predictive ability of the models. A discreet superiority regarding the adjustment quality and the predictive ability were showed by the model MPOI. Correlations between observed and predicted TC were almost equal in all models and the highest rank correlation between EBVs was observed between... (Complete abstract click electronic access below)