Ureases (uréia amino-hidrolases; EC 3.5.1.5) são metaloenzimas níquel-dependentes, que catalisam a hidrólise da uréia à amônia e dióxido de carbono. Elas são produzidas por fungos, bactérias e plantas, mas não por animais. A soja produz duas isoenzimas, a urease ubíqua, que é codificada pelo gene Eu4, presente em pequenas quantidades em todos os tecidos da planta, e a urease embrião-específica, codificada pelo gene Eu1, que é sintetizada apenas no embrião em desenvolvimento. A urease ubíqua é responsável pela biodisponibilização de nitrogênio para planta, enquanto o papel da embrião-específica permanece desconhecido. Estudos prévios, sugerem que esta urease possa estar envolvida na defesa da planta.Como a urease ubíqua é encontrada em pequenas quantidades em todos tecidos da planta, tornando difícil sua obtenção, pouco é conhecido sobre esta enzima. No presente trabalho, estabeleceu-se um sistema de expressão e purificação parcial da urease ubíqua recombinante, expressa como uma proteína fusionada a uma cauda de glutationa-S-transferase (GST). O gene da urease foi amplificado por PCR e ligado em plasmídeo pGEX-4T-2 e expresso em Escherichia coli BL21 (DE3). A urease recombinante foi parcialmente purificada em resina de afinidade Glutationa Sepharose 4B, obtendo-se um rendimento de aproximadamente 2 mg/L de cultura. A proteína recombinante foi analisada para atividade enzimática e imunorreatividade para anticorpos contra urease de Canavalia ensiformis.O sucessodeste método de expressão da urease ubíqua da soja, permitirá a produção de quantidades suficientes desta proteína para estudos posteriores de caracterização. / Urease (EC 3.5.1.5, urea amidohydrolase) is a nickel-dependent metalloenzyme, that catalyzes the hydrolysis of urea to form ammonia and carbon dioxide. Ureases are produced by many organisms, including plants, fungi and bacteria. Soybean produces two isoenzymes, the ubiquitous urease, which is encoded by Eu4 gene and is present in small amounts in all plant tissues, and the embryo-specific urease, which is encoded by the Eu1 gene, and is synthesized only in the developing embryo. The ubiquitous urease is responsible for recycling metabolically derived urea while the role of the embryo-specific urease remains unkown. Previous studies had suggested that the embryo-specific urease could be involved in plant defense. Since the ubiquitous urease is found in low amounts in plant tissues making difficult to purify the enzyme, little is known about this protein.In the present work, a system for the expression and partial purification of soluble soybean ubiquitous urease was established expressing a protein fusioned with glutathione S- transferase (GST). The urease gene amplified by PCR was inserted into a pGEX-4T-2 GST fusion vector and then expressed in Escherichia coli BL21 (DE3). The recombinant urease was partially purified by a Glutathione Sepharose 4B affinity chromatography, yielding about 2 mg protein/L of culture broth. The recombinant protein was tested for enzymatic activity and imunoreactivity against anti Canavalia ensiformis antibodies. Successful expression of ubiquitous urease in E. coli provides a way to produce this protein in amounts enough for posterior studies and characterization.

Infecções por Chlamydia trachomatis estão entre as mais freqüentes doenças sexualmente transmissíveis (DST) em todo o mundo, apresentando grande importância epidemiológica. A identificação deste patógeno pode ser difícil e um método de detecção baseado na amplificação de ácidos nucleicos é altamente desejável, por sua acurácia e rapidez. O presente estudo avaliou a acurácia, sensibilidade e especificidade de uma reação em cadeia da polimerase (PCR) in “house” em amostras de urina de homens com e sem sintomas de DST comparados a um teste comercial, o COBAS Amplicor CT/NG (Roche, Suiça). Foram utilizados primers específicos para amplificar um segmento do plasmídio críptico de C. trachomatis gerando um fragmento de 201 pb, cuja seqüência foi confirmada por clivagem enzimática e seqüenciamento automático. A especificidade analítica dos primers foi confirmada frente ao DNA de diferentes microrganismos patogênicos e não patogênicos da microbiota urogenital masculina. A detecção limite do DNA clamidial pela PCR in house após hibridização (Southern blot), foi de 1 pg. O COBAS Amplicor CT/NG foi considerado o teste de referência por ser automatizado e conter um programa de controle interno da reação para identificar inibição da DNA polimerase. Entre as 37 amostras testadas positivas para C. trachomatis pelo COBAS Amplicor, 33 foram confirmadas positivas pela PCR in house. Foram detectados inibidores da reação nas 4 amostras que apresentaram resultados falso-negativos, utilizando-se a técnica de contaminação da reação com o DNA clamidial (spiked) e um controle interno da reação com primers que amplificam a β-globina do DNA humano. Após congelamento e descongelamento para eliminar prováveis substâncias inibidoras lábeis, as 4 amostras foram re-testadas, resultando na positividade de mais 2 amostras, completando 35 amostras positivas pela PCR in house. Entre as 74 amostras testadas negativas para C. trachomatis pelo COBAS Amplicor, 72 foram confirmadas negativas pela PCR in house. Das 2 amostras prováveis falso-positivas, apenas 1 permaneceu positiva, após re-teste. Dos 111 pacientes analisados, 108 apresentaram resultados idênticos nos dois testes, o equivalente a uma acurácia = 97,3%, sensibilidade = 94,6% e especificidade = 98,6%. A alta sensibilidade e especificidade apresentada pela PCR in house, demonstra a possibilidade de triar e diagnosticar C. trachomatis em urina de homens, importante reservatório da infecção clamidial para as mulheres. / Chlamydia trachomatis infections are among the most commum sexually transmitted diseases and of great epidemiological importance world-wide. Identification of this pathogen can be difficult, and it is highly desirable to have a rapid and accurate nucleic acid amplification based detection method. The present study was designe to evaluate the accuracy, sensitivity and specificity of a in house plasmid-based polymerase chain reaction (PCR) and hybridization on first void urine specimens from symptomatic and asymptomatic men, compared with a commercial test the PCR COBAS Amplicor CT/NG (Roche, Switzerland), for detection of C. trachomatis (CT). Specific primers for the cryptic plasmid of C. trachomatis were designed to amplify a 201 bp fragment confirmed by enzymatic cleavage and automatic sequencing. The analytic specificity was determined by submitting to the intended protocol, the DNA of normal and pathogenic urogenital microbiota, the specific primers anneling was confirmed. The detection limit of the PCR and the Southern blot hibridization, was mesured in 1 pg of chlamydial DNA. The COBAS Amplicor CT/NG was considered the reference test, it contains a internal control (IC) programme to identify DNA polymerase inhibition. Among 37 positive specimens tested by COBAS Amplicor, 33 were confirmed positive by in house PCR and inhibitors of PCR were demonstrated in the 4 possibly false-negative samples performing DNA chlamydial spiking experiments and using a positive internal control of human β-globin DNA. The specimens were freezedthowed and re-tested to remove labile inhibitors, but 2 samples remained negative. Among 74 negative specimens by COBAS Amplicor, 72 were confirmed negative by in house PCR. The 2 problaby false-positive samples were re-tested and just one remained positive. The final results of the two tests were identical for 108 of the 111 pacients, accuracy = 97,3% ; sensitivity = 94,6% and specificity = 98,6%. This study shows that the in house plasmid-based PCR is fasible for detection of Chlamydia trachomatis in male urine specimens. This test presented high accuracy, sensitivity and specificity, offering great potencial for the screening of men, an important reservoir of infection chlamydial for women.

O objetivo dessa pesquisa foi delinear o perfil do comércio internacional de carne bovina identificando quais são os principais fatores que influenciam um país a optar por determinados fornecedores, gerando assim subsídios para discutir a posição da cadeia produtiva de carne bovina do Brasil frente a esses mercados. O período de análise foi de 1994 a 2006, os dados utilizados foram obtidos junto a base estatística para o Comércio de Commodities das Nações Unidas (COMTRADE), os quais, consistiram nos volumes e preços praticados para a carne bovina resfriada e desossada (CBRD) e a carne bovina congelada desossada (CBCD) entre os dez maiores exportadores dessa commodity e seus clientes. A metodologia empregada foi a de análise de cluster e os resultados obtidos foram avaliados de maneira empírica, suportado por uma prévia revisão da literatura científica, relatórios e documentos das principais instituições regulatórias. Concluiu-se que comércio internacional de CBRD é composto por quatro mercados que se justificam em função da pauta de exigências dos clientes, e estas envolvem principalmente sanidade e rastreabilidade, emergindo também aspectos relacionados a fatores extrínsecos ao produto, tais como, um sistema produtivo que busque a minimização de impactos ambientais, bem estar animal e respeito às demandas sociais. Foi possível concluir também, que a Austrália é o exportador mais importante em termos de qualidade sanitária e preço elevado, enquanto para os mesmos critérios os importadores mais relevantes são os EUA e a UE-15. Para o comércio internacional de CBCD se conclui que este é formado por dois mercados. Em um deles prevalece o preço como principal vetor da aproximação entre país importador e exportador, enquanto no outro, o critério de maior importância são os que envolvem as condições sanitárias do rebanho bovino do exportador. Concluiu-se também, que em termos de preço elevado e volume os EUA é o mais importante cliente de CBCD, e o Brasil, em face a grande progressão que apresentou nos últimos anos e pelo seu potencial produtivo, pode ser considerado o mais importante fornecedor, principalmente para aqueles países em que o preço é a condição norteadora das importações. A análise dos resultados permitiu identificar que no comércio internacional de carne bovina, os preços pagos pelo produto são substancialmente mais elevados para CBCD, porém, independente do produto, pode-se concluir que uma elevada condição sanitária e um sistema de rastreabilidade bovino eficiente são essenciais para se conquistar a preferência dos mercados mais remunerativos. Condições que até o momento a cadeia produtiva de carne do Brasil ainda não apresenta. / The aim of the research is to analyze the profile of the international beef trade, identifying which are the principal factors that influence a country to choose for certain suppliers. Using the subsidies to discuss the position of the productive chain of bovine meat of the Brazil front the those markets. The period analyzed is from 1994 to 2006 and the source of data was the United Nations Commodity Trade Statistics Database, and they consisted of the volumes and prices practiced for the chilled boneless beef (CBB) and frozen boneless beef (FBB) between the ten major exporters of that commodity and your customers. The methodology employed was the cluster analysis and the obtained results were analyzed in an empiric way, supported by a previous revision of the scientific literature, reports and documents of the main institutions that influence of international beef trade. Was concluded that the international trade of CBB is composed by four markets that are justified in function of the customers' demands, and these locate mainly in the sanitary and traceability ambit, also emerging aspects related of extrinsic product factors, such as, a productive system that it looks for minimizing environmental impacts, animal welfare and respect to the social demands. It was possible to also conclude, that Australia is the most important exporter in terms of sanitary quality and high price, while for the same criteria the most important importers are the USA and EU-15. For the international trade of FBB it was concluded that this is formed by two markets, of the which, in one the price prevails as principal vector of the approach between country importer and exporter, while in the other, the criterion of larger importance is the ones that they involve the sanitary conditions of the exporter's cattle. It was also concluded, that the USA are the largest important importer of FBB in terms of price and volume, and Brazil, in face the great progression that presented in the last years and for your productive potential, can be considered the expressive exporter, mainly to those countries in that the price is the condition of the imports. The analysis of the results allowed identifying that in the international beef trade paid prices for the product are substantially higher for CBB, however, independent of the product, it can be concluded that a high sanitary condition and a efficient bovine traceability system are essential to conquer the preference of the most remunerative markets. Conditions that until the moment the productive chain of meat of Brazil doesn't still possess.

Introdução: A psoríase é uma doença inflamatória sistêmica crônica que afeta predominantemente a pele e as articulações. Sua etiologia é multifatorial e ainda não completamente entendida. A suscetibilidade genética à psoríase é um fator causal importante, e vários genes e polimorfismos têm sido associados à sua ocorrência. Poucos estudos avaliaram a influência dos polimorfismos C677T e A1298C do gene metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR) na suscetibilidade à psoríase em diferentes populações (asiáticos e caucasides), e os resultados foram contraditórios. Material e métodos: Foram estudados 339 indivíduos caucasoides; desses, 142 eram pacientes com diagnóstico clínico de psoríase e 197 controles. Os grupos foram comparados quanto à freqüência dos polimorfismos C677T e A1298C do gene MTHFR através de reação em cadeia da polimerase. Resultados: Para o polimorfismo C677T do gene MTHFR, a prevalência do genótipo mutante foi de 16,0% nos casos e 9,1% nos controles (p=0,103). Quando comparados os genótipos CC versus CT+TT, não houve diferença entre os grupos (p=0,605). A prevalência do genótipo CC para o polimorfismo A1298C foi de 2,8% nos casos e 4,1% nos controles (p=0,824). Quando comparados os genótipos AA versus AC + CC também não houve diferença significativa (p=0,943). A análise combinada dos genótipos foi similar entre os grupos. Conclusão: Nossos resultados não indicam qualquer associação entre os polimorfismos C677T e A1298C do gene MTHFR e suscetibilidade à psoríase nem demonstraram ação sinérgica da presença de ambos na redução de atividade da enzima MTHFR.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T09:11:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 267335.pdf: 4529243 bytes, checksum: e617aa84f1fb52f3c1ccfb1088bdee42 (MD5) / A bracatinga (Mimosa scabrella Benth.) é uma espécie florestal de múltiplo uso, manejada por agricultores familiares dos assentamentos de reforma agrária do noroeste do Planalto Catarinense, em formações denominadas bracatingais. O manejo destes bracatingais é atualmente considerado pela legislação ambiental brasileira como ilegal. Neste trabalho, buscou-se avaliar os processos históricos, culturais, ecológicos e econômicos envolvidos no manejo de bracatingais desta região, de forma conjunta com agricultores dos assentamentos Putinga, Jangada, Treze de Outubro e São Roque, nos municípios de Calmon e Matos Costa/SC. Inicialmente, foi procedida a caracterização histórica da região estudada, inferindo sobre os níveis e intensidades da intervenção humana sobre a paisagem ao longo do tempo e contextualizando o manejo de bracatingais neste processo. Utilizando metodologias de diagnóstico participativo, foram identificados os parâmetros de manejo considerados importantes pelos agricultores para a formação e manutenção dos bracatingais. A partir desta identificação, foram selecionados 45 bracatingais conduzidos sob distintas combinações de parâmetros de manejo, em diferentes idades, visando avaliar a influência da aplicação destes parâmetros na estrutura demográfica e florística dos bracatingais. Finalmente, foram avaliados aspectos da cadeia produtiva estabelecida a partir do manejo destas formações, envolvendo também metodologias de diagnóstico participativo. Os resultados indicam que os bracatingais, na forma em que são conduzidos, constituem-se em paisagens manejadas, nas quais a bracatinga vem sendo gradativamente domesticada. Estas formações apresentam estrutura muito mais próxima à condição de um plantio florestal do que à condição de florestas propriamente nativas, apresentando sempre mais de 80 % de abundância da bracatinga e importantes variações na estrutura florística, se comparado a florestas nativas. As características estruturais dos bracatingais são conseqüência de um processo claro e intencional envolvido no seu manejo, representado pela aplicação de parâmetros desenvolvidos a partir e de forma consonante com a ecologia da espécie. Ainda que ilegal, o manejo de bracatingais é responsável por praticamente metade da renda financeira dos agricultores assentados, e contribui para que a maior parte da área dos assentamentos apresente cobertura florestal, tanto de bracatingais como de florestas secundárias. A restrição da legislação ambiental a este sistema de manejo favorece a centralização e a elevada agregação de valor pelos intermediários da cadeia produtiva, além de inviabilizar o uso múltiplo da espécie. São propostos mecanismos para a regulamentação do manejo dos bracatingais, envolvendo aspectos técnicos, metodológicos e organizacionais, para que os agricultores assentados possam trabalhar de forma legalmente adequada e com maior inserção na cadeia produtiva.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2013-11-18T11:36:43Z No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Approved for entry into archive by Gentil Jeorgina(jeorgina@icict.fiocruz.br) on 2013-11-26T11:00:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2014-09-25T13:20:16Z No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Approved for entry into archive by Gentil Jeorgina (jeorgina@icict.fiocruz.br) on 2014-10-01T16:29:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-01T19:12:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Nas décadas de 80 e início de 90 os rotavírus A (RV-A) de genótipo G5, comum em suínos, equinos e bovinos eram detectados com frequência em amostras fecais de crianças brasileiras. Após 1996, deixou de circular em caráter endêmico, tornando-se apenas esporadicamente detectado, enquanto o genótipo G9 começou a ser detectado com frequência. Esta situação leva a crer que houve a substituição do genótipo G5 pelo G9. Tendo em vista a escassez de dados moleculares a respeito de amostras de genótipo G5 de RV-A, no presente estudo foi realizada a análise filogenética para os genes que codificam para as proteínas VP1, VP2, VP3, VP4, e VP7 de vinte e oito amostras de RV-A humano de genótipo G5P[8], coletadas em diferentes estados brasileiros entre 1986 e 2005. A análise filogenética do gene que codifica para a proteína VP7 demonstrou que as mesmas agrupam juntamente com amostras humanas brasileiras de genótipo G5 (IAL28, Br 1054 e Br H8), no entanto a análise do gene que codifica para a proteína VP4 demonstrou que circularam três linhagens do genótipo P[8] (P[8]-1, P[8]-2, e P[8]-3) no Brasil entre 1986 e 2005 em associação com G5. As análises filogenéticas para os genes que codificam para VP1, VP2, e VP3 demonstraram que os mesmos pertencem ao genogrupo Wa-Like, comum a humanos, o que sugere que estas amostras possam ter se originado de uma amostra de RV-A humano. As análises filogenéticas dos genes de VP1, VP2 e Vp3 revelaram que todas as amostras foram classificadas dentro dos genótipos R1, M1 e C1, respectivamente Os resultados do presente estudo enfatizam a importância do monitoramento contínuo e a caracterização molecular das amostras de RV-A circulantes, principalmente para prever a possível emergência e/ou re-emergência de genótipos após a introdução de uma vacina contra RV-A nos diferentes continentes do mundo e para se melhor entender a dinâmica e o padrão de evolução dos RV-A de genótipo G5. / The group A rotavirus (RV-A) genotype G5, which is common in pigs but also detected in horses and cattle was frequently detected in stool samples collected in the 1980s and the early 1990s in Brazil. After 1996, the G5 has disappeared as an endemic/epidemic strain, becoming only sporadically detected. On the other hand the RV-A G9 has showed a broad geographic distribution. Recently, the G5 was reported in children with severe diarrhea in Argentina, Brazil, Cameroon, Paraguay, People’s Republic of China, and Vietnam. It suggests that the G5, although uncommon overall in humans, is found worldwide. Twenty-eight G5P[8] human RV-A strains isolated from a 19-year long sample collection (from 1986 to 2005), representing four different Brazilian states, was analyzed, and the genetic variability for VP1, VP2, VP3, VP4 and VP7 genes was determined. The nucleotide sequencing and phylogenetic analyses were performed. Based on VP7 gene phylogenetic analysis, all the analyzed sequences were clustered with other Brazilian G5 strains. The VP4 genes analyzes showed that three P[8] genetic lineages (P[8]-1, P[8]-2 and P[8]-3) circulated in Brazil between 1986 and 2005 in association with genotype G5. The analyzed partial sequences of VP1, VP2 and VP3 showed high identity with RV-A Wa-like strains, which suggests that they might have originated from a human RV-A strain. The phylogenetic analysis revealed that all Brazilian strains were classified as genotype R1, M1 and C1 for VP1, VP2 and VP3 genes, respectively. Our results show that the inner RV-A genotype G5 proteins have been adapted in humans for at least 20 years, emphasizing the importance of continuous virological surveillance of circulating RV-A to detect new variants and possible antigenic changes with potential effect on vaccine effectiveness and contribute to a better understanding of the dynamics and pattern of RV-A G5 evolution.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2013-07-16T01:38:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 213690.pdf: 2374034 bytes, checksum: 27fc864377794570554f05971b87a912 (MD5) / Com o grande crescimento da malacocultura em Santa Catarina, tornou-se necessário verificar e assegurar a qualidade sanitária destes moluscos, como também da água onde os mesmos são cultivados. Devido à característica de alimentação filtrante, moluscos bivalves podem bioacumular vírus e outros patógenos presentes em águas contaminadas por efluentes. O vírus da Hepatite A (HAV) tem sido detectado em surtos relacionados ao consumo de água ou alimentos contaminados, em especial de moluscos bivalves. Os métodos moleculares como a reação em cadeia da polimerase, a hibridização molecular e o sequenciamento são hoje os métodos mais recomendados para avaliação da presença de vírus entéricos com genoma RNA em amostras ambientais. O objetivo deste trabalho foi padronizar métodos para a detecção do vírus da Hepatite A a partir de tecidos de ostras. Para isso foram avaliados três protocolos de recuperação das partículas virais a partir de tecido digestivo dissecado das ostras e dois métodos de extração e purificação do RNA viral. Os protocolos selecionados combinam a dissecação do trato gastrointestinal das ostras, a extração orgânica antes da precipitação das partículas virais com PEG, a extração de RNA com Trizol LS® com a RT-PCR seguida pela hibridização molecular utilizando uma sonda marcada com digoxigenina. A sensibilidade do método foi determinada pela inoculação do trato gastrointestinal de ostras com diluições crescentes de HAV (0,001 a 105FFU/mL), seja por inoculação direta ou por semeadura viral em aquários. A RT-PCR foi capaz de detectar 0,1FFU/ml, e a hibridização, até 0,001FFU/ml. O protocolo estabelecido foi utilizado para analisar a possível contaminação por HAV de amostras de ostras, coletadas em três fazendas de cultivo de Florianópolis. Por RT-PCR, os índices de contaminação foram 10,5%, 21,1% e 0% para os sítios 1, 2 e 3, respectivamente. Quando a hibridização molecular foi utilizada, a sensibilidade de detecção viral foi aprimorada, e passou para: 47,4%, 79,0% e 31,8%, respectivamente. Conforme demonstrado, a hibridização molecular mostrou-se 100 vezes mais sensível que a RT-PCR na detecção do HAV no trato gastrointestinal de ostras. Os dados aqui apresentados poderão ser úteis no estabelecimento de um programa de segurança alimentar, visando a comercialização de ostras com qualidade sanitária assegurada para o consumo.

CABRAL, Paula Brito e. Perfil de marcadores sorológicos, salivares e moleculares de Mycobacterium leprae entre contatos intradomiciliares de pacientes com hanseníase. 2012. 82 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2012. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-11-01T15:14:21Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_pbcabral.pdf: 940316 bytes, checksum: 4e4b84a12cb3c19056d54bd626f283f9 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2012-11-06T13:53:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_pbcabral.pdf: 940316 bytes, checksum: 4e4b84a12cb3c19056d54bd626f283f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-06T13:53:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_pbcabral.pdf: 940316 bytes, checksum: 4e4b84a12cb3c19056d54bd626f283f9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Leprosy household contacts are group at high risk of developing the disease. We investigated the presence M. leprae DNA in nasal mucosa and anti-PGL1 serum IgG/IgM and salivary IgA/IgM antibodies from leprosy household contacts (n=135) in two endemic regions, Ceara, Brazil. Good correlation between serum IgM and IgG isotypes was observed both in MB and in PB leprosy household contacts (r = 0.39, p <0.0001). However, their levels were much different (p <0.0001). Among the contacts positive for serum IgM, 74 (87%) were found to be negative for serum IgG. In respect to the salivary antibodies, PB leprosy household contacts showed correlation between IgA and IgM (r = 0.60, p <0.0001); the same was observed in MB leprosy contacts (r = 0.77, p <0.0001). It was observed that in 75.3% of the leprosy household contacts who were positive to serum anti-PGL1, their salivary antibodies were negative. On the other hand, 50% of the leprosy household contact who were negative to serum anti-PGL1 antibodies, their salivary antibodies were positive. M. leprae DNA was found in nasal swab in 9 MB household leprosy contacts (10.6%) and in 3 PB leprosy contacts (6.0%). We concluded that quantitative analysis of serum and salivary anti-PGL1 in leprosy contacts is necessary for mounting strategies to survey subclinical leprosy infections in order to prevent development of the disease. / Os contatos de pacientes com hanseníase é um grupo de alto risco de desenvolver a doença, logo a precocidade no diagnóstico é uma importante ferramenta para o controle da enfermidade. Nós investigamos a presença de DNA de Mycobacterium leprae, através da Reação em Cadeia Polimerase (PCR), na mucosa nasal e anticorpos anti-PGL1 séricos, IgG/IgM, e salivares, IgA/IgM, por meio do ensaio imunoenzimático ligado à fase sólida (ELISA), em contatos intradomiciliares de pacientes com hanseníase (n=135) e seus casos índices. O estudo foi realizado em duas cidades endêmicas para a doença no Ceará, Crato e Maracanaú. Uma boa correlação entre os isotipos IgA e IgM salivares e IgG sérico foi observada quando comparou-se os contatos intradomiciliares e seus casos índices (p<0,01, p<0,005 e p<0.0001, respectivamente). Entretanto, essa relação não foi observada para IgM sérico anti-PGL1 (p>0,05). Observou-se alta frequência de IgM sérico anti-PGL1 no grupo de contatos negativos para IgG sérico anti-PGL1 (71/121, 58,6%). Dentre os contatos positivos para IgG sérico anti-PGL1, o nível de anticorpos séricos IgM anti-PGL1 positivos também foi alto (10/14, 71,4%). Em relação aos anticorpos salivares, contatos de pacientes com a forma clínica PB mostraram boa correlação entre IgA e IgM (r = 0.54, p <0.0001); o mesmo foi verificado em contatos de pacientes com a forma clínica MB (r = 0.61, p <0.0001). Foi observado que dos contatos positivos para os anticorpos salivares anti-PGL1, 53,3% obtiveram níveis de anticorpos séricos negativos. Por outro lado, dos contatos que foram negativos para os anticorpos salivares, 71,1% obtiveram níveis de anticorpos séricos positivos. O DNA de Mycobacterium leprae foi encontrado em swabs nasais de 9 contatos de pacientes portadores da forma clínica MB da hanseníase (10,6%) e em 3 contatos de pacientes portadores da forma clínica PB (6.0%). Nós concluímos que análises quantitativas de anticorpos séricos e salivares anti-PGL1 em contatos de pacientes com hanseníase são necessárias para montar estratégias de levantamento de infecções subclínicas da hanseníase, a fim de prevenir o desenvolvimento da doença.

MARQUES, Lívia Érika Carlos. Quantificação por PCR em tempo real de Mycobacterium leprae em amostras de secreção nasal e biópsias de pele em hansenianos. 2013. 72 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2013. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-05-10T13:45:20Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_lecmarques.pdf: 1846913 bytes, checksum: d8b054eabf9baa0a616cbcbc29750b1d (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-05-16T13:39:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_lecmarques.pdf: 1846913 bytes, checksum: d8b054eabf9baa0a616cbcbc29750b1d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-16T13:39:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_lecmarques.pdf: 1846913 bytes, checksum: d8b054eabf9baa0a616cbcbc29750b1d (MD5) Previous issue date: 2013 / Mycobacterium leprae, the etiologic agent of leprosy, is not cultivable in axenic medium. The quantification of bacilli performed by skin bacilloscopy and histopathology is useful for the clinical classification of leprosy and treatment monitoring. However, this methodology yields low results regards to sensitivity and specificity. On the other way, the real-time quantitative PCR (qPCR) is a sensitive and specific assay that allows quantification of a varied of samples and also can be used for differential diagnosis of many pathogens. To this date, no studies have evaluated the sensitivity and specificity of qPCR for the diagnosis of leprosy from nasal secretion samples. Therefore, this study aimed at detecting and quantifying DNA from M. leprae by qPCR from nasal secretion and biopsy samples from leprosy cases, correlating with clinical and bacteriological index. We analyzed 61 samples of nasal secretion and 19 biopsy specimens of skin lesion (paired) from confirmed leprosy cases seen at the National Reference Center for Sanitary Dermatology Dona Libânia. All samples were subjected to DNA extraction followed by amplification by nested PCR of a region of 238 bp which targets a RLEP2 repetitive sequence. The samples were subjected to quantification of 16S rRNA region of the genome of M. leprae by qPCR, which specificity was verified by amplicon melting temperature (Tm = 79.5 ° C). The method was able to detect amounts over to 20 fg of M. leprae DNA, equivalent to four bacilli units. Nasal secretion assay was able to confirm the diagnosis in 89.7% of the multibacillary cases (MB) and 73.3% of the paucibacillary cases (PB). In addition, MB patient biopsies sensitivity was 100%. The number of bacilli detected in nasal secretion samples from leprosy patients ranged from 1.39 x 10³ to 8.02 x 105 bacilli, while detection in MB patient biopsy ranged from 1,87 x 103 to 1,50 x 106. The real-time PCR is more sensitive than conventional PCR and can be used as a complementary tool for the clinical and histopathological diagnosis of leprosy. / O Mycobacterium leprae, agente etiológico da hanseníase, não é cultivável em meio axênico. A quantificação do bacilo realizada pelo exame baciloscópico e histopatológico é útil para a classificação da hanseníase na escolha e monitoramento do tratamento. No entanto, esta metodologia produz resultados de especificidade e sensibilidade limitada. A PCR em tempo real (qPCR) é um ensaio sensível e específico que permite a quantificação a partir de diversas amostras e pode ser utilizada no diagnóstico diferencial de muitos patógenos. Até o momento, nenhum estudo avaliou a sensibilidade e especificidade da qPCR para o diagnóstico da hanseníase utilizando amostras de secreção nasal. Portanto, este estudo teve como objetivo detectar e quantificar o DNA de M. leprae por qPCR em amostras de secreção nasal e biópsias de pacientes com hanseníase, correlacionando com a avaliação clínica e o índice baciloscópico. Foram analisadas 61 amostras de muco nasal e 19 amostras de biópsia de lesão de pele (pareadas) de casos confirmados de hanseníase atendidos no Centro de Referência Nacional em Dermatologia Sanitária Dona Libânia. Todas as amostras foram submetidas à extração e amplificação de DNA por nested PCR da região de 238 pb da sequência RLEP2. Posteriormente as amostras foram submetidas à quantificação da região 16S rRNA do genoma de M. leprae pela qPCR, cuja especificidade foi verificada através da curva de dissociação (Tm=79,5ºC). O método foi suficientemente sensível para detectar 20 fg de DNA de M. leprae, o equivalente a quatro bacilos. Na análise da secreção nasal, o ensaio foi capaz de confirmar o diagnóstico em 89,7% dos casos multibacilares (MB), e 73,3% dos casos paucibacilares (PB). A sensibilidade foi de 100% na analise de biópsias de pacientes MB. O número de bacilos detectados nas amostras de secreção nasal de pacientes com hanseníase se manteve no intervalo de 1,39 x 103 a 8,02 x 105 bacilos, enquanto a detecção em biópsia de pacientes MB variou de 1,87 x103 a 1,50 x 106. A PCR em tempo real é mais sensível do que a PCR convencional e pode ser utilizada como uma ferramenta complementar para o diagnóstico clínico e histopatológico da hanseníase.

SILVA, Vera Lucia da. Diagnóstico da cadeia produtiva da mamona no âmbito do produtor: caso do Ceará.2009, 137f. Dissertação(Mestradon em logística e pesquisa operacional) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Nirlange Queiroz (nirlange@gmail.com) on 2011-10-25T13:40:55Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_vlsilva.pdf: 8402750 bytes, checksum: e59da70db7e5c17436fe86f8e94662d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Nirlange Queiroz(nirlange@gmail.com) on 2011-10-25T13:41:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_vlsilva.pdf: 8402750 bytes, checksum: e59da70db7e5c17436fe86f8e94662d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-25T13:41:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_vlsilva.pdf: 8402750 bytes, checksum: e59da70db7e5c17436fe86f8e94662d0 (MD5) / The production of biofuels has become an effective way to diversify the world energy matrix, especially with the production of biodiesel, thus contributing to environmental conservation and introducing the possibility of generating income and employment in the field. These facts are of great social and economic impact for the states of the Northeast, in particular, Ceará. The planting of the castor oil plant is a significant alternative to supplement the income of small farmers in Ceará, but the dissemination of this culture needs guidance for the proper management of its prodution chain, highlighting the use of logistics in the various processes of development. As a result of several important aspects, this research focused on the productive chain of the castor oil plant for obtaining biodiesel in the state of Ceará, in the context of the producer. One is the existence of government support, through the Ceará Castor Oil Project, whose objective is to strengthen agribusiness related to the product in the state and to contribute to generating jobs and income in the field. Another is the fact that this is an oilseed crop adapted to the climatic conditions of Ceará from which its byproducts can provide benefits. The objective of this research was to prepare a diagnosis of the productive chain of the castor oil plant of the State of Ceará in the context of the producer. A quantitative study was made using as an instrument a structured questionnaire with 45 questions. The main results of the study, with regard to the socioeconomic aspect of the producers, revealed that the majority (87.0%) are male; 81.9% married; 64,3% with incomes below the minimum wage. As to the parameters of production,the study revealed an average of three years dedication to the planting of the castor oil plant, with average productivity of 202 kg/ha. After the diagnosis, the difficulties encountered by producers in the production chain of the castor oil plant were clearly evident. Revealed is the necessity of implementing a viable logistic structure related to the problem of access to rural credit, processing, storage, marketing and transportation of the product. / A produção de biocombustíveis tornou-se uma forma eficaz para diversificar a matriz energética no mundo, em especial com a produção do biodiesel, contribuindo assim para a conservação do meio ambiente e trazendo a possibilidade de geração de emprego e renda no campo. Esses fatos são de grande impacto econômico e social para os estados da região Nordeste, de forma particular o Ceará. O plantio de mamona é a grande alternativa para a complementação da renda do pequeno agricultor no Ceará, porém a disseminação dessa cultura precisa de orientação para o manejo correto da sua cadeia produtiva, destacando o uso da logística nos diversos processos da sucessão. Esta pesquisa focalizou o encadeamento produtivo da mamona, no âmbito do produtor, para obtenção do biodiesel no Estado do Ceará, em razão de vários aspectos importantes detectados, como a existência de apoio governamental, por meio do Projeto Mamona do Ceará, que tem por objetivo fortalecer o agronegócio do produto no Estado e contribuir para geração de emprego e renda no campo; bem como o fato desta cultura ser uma oleaginosa adaptada às condições climáticas do Estado e podem ser aproveitados seus subprodutos. Assim, o objetivo desta pesquisa foi elaborar um diagnóstico da cadeia produtiva da mamona do Estado do Ceará no âmbito do produtor. Realizou-se um estudo quantitativo, utilizando-se como instrumento um questionário com 45 quesitos estruturados. Dentre os principais resultados do estudo, pode-se destacar, quanto ao aspecto socioeconômico dos produtores, que a maioria (87,0%) é do sexo masculino; 81,9% dos produtores são casados; 64,3% com renda inferior ao salário mínimo. Quanto aos parâmetros de produção, apresentam em média três anos de dedicação ao plantio da mamona, com produtividade média de 202 kg/ha. Após o diagnóstico, ficou evidente as dificuldades encontradas pelos produtores na cadeia produtiva da mamona. Sugerem a necessidade de implementação de uma estrutura logística viável na problemática do acesso ao crédito rural, beneficiamento, armazenagem, comercialização e transporte da produção.