Made available in DSpace on 2014-07-28T18:09:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 109.pdf: 1338749 bytes, checksum: dced83f0e7a2d55b58777971825adce2 (MD5) Previous issue date: 2008 / Made available in DSpace on 2014-12-22T16:56:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 109.pdf: 1338749 bytes, checksum: dced83f0e7a2d55b58777971825adce2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Durante o período de 1996 a 2006, a proporção da área global de lavouras biotecnológicas plantadas por países em desenvolvimento aumentou consistentemente a cada ano. Nos últimos dez anos, mais de 40 países adotaram políticas de rotulagem para alimentos geneticamente modificados, mas as características das regulamentações e seu grau de execução variam enormemente. Os efeitos observados dessas políticas sobre a escolha dos consumidores, a informação para os consumidores, comércio dos alimentos, comércio internacional também variam significativamente. No Brasil, o Decreto n. 4.680/03 regulamenta o direito à informação, assegurado pela Lei n. 8.078/90, quanto aos alimentos e ingredientes alimentares destinados ao consumo humano ou animal que contenham ou sejam produzidos a partir de organismos geneticamente modificados (OGMs). O cumprimento da legislação que regulamenta a comercialização de alimentos e ingredientes contendo OGMs é totalmente dependente da sensibilidade e confiabilidade dos métodos de detecção e quantificação de OGMs. . Entre os métodos existentes, a reação em cadeia da polimerase (PCR) é o mais aceito, por ser sensível e confiável para detecção de material geneticamente modificado em análises de rotina. A padronização da técnica de PCR multiplex para a detecção de vários transgênicos em produtos alimentícios facilita o monitoramento destes, pois além de diminuir o tempo de diagnóstico, utiliza uma menor quantidade de reagentes, barateando o processo de detecção. No presente estudo, foi utilizada uma duplex PCR para a detecção de soja geneticamente modificada tolerante ao herbicida glifosato (Roundup Ready) e uma PCR multiplex para a detecção simultânea de três linhagens de milho transgênico (MON810, Bt11 e Bt176) em amostras de alimentos humano e animal. Foram utilizadas duas metodologias para extração do DNA das amostras: o método CTAB (já utilizado pelo INCQS) e o kit DNeasy Mini. [...] / From 1996 to 2006, the proportion of the global area of biotech crops growing in developing countries has increased consistently. In the last ten years, over 40 countries have adopted policies for the labeling of genetically modified food, but the regulations characteristics and their degree of implementation varies greatly. The effects of these policies on consumer choice and information, on food trade and international trade also vary significantly. In Brazil, the Decree No. 4.680/03 regulates the right to consumers information, provided by Law No. 8078/90, on food and food ingredients intended for human or animal consumption containing or produced from genetically modified organisms (GMOs). Compliance with regulation on the marketing of foods and ingredients containing GMOs is totally dependent on the sensitivity and reliability of methods of detection and quantification of GMOs. Among the existing methods, the polymerase chain reaction (PCR) is the most accepted, sensitive and reliable for the detection of genetically modified material in routine. The multiplex PCR is used on the screening of GMO in food because its able to detect simultaneously several transgenic, being a less time and reagents consuming method, making the process of detection cheaper. In the present study, duplex PCR was tested for the detection of genetically modified soybeans tolerant to the herbicide glyphosate (Roundup Ready) and a multiplex PCR was tested for the simultaneous detection of three lineages of transgenic maize (MON810, Bt11 and Bt176) in samples of human food and feed. Two methodologies were used for extraction of DNA from samples: the CTAB method (already used by INCQS) and DNeasy® Mini kit. The results were compared to the standard method used by INCQS. Out of the fourty samples, thirty samples were positive for the presence of Roundup Ready soybeans, fourteen were positive for at least one of the GM corn studied. Nine were positive for MON 810 maize, three were positive for Bt 11 maize, and five were positive for Bt 176 maize. The method proved to be robust and can be used on a routine for the detection of GMOs in food.

Made available in DSpace on 2014-07-28T18:09:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 123.pdf: 1294684 bytes, checksum: 49987dde78a9f73cea93a1d2691f5c4f (MD5) Previous issue date: 2006 / Made available in DSpace on 2014-12-22T16:56:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 123.pdf: 1294684 bytes, checksum: 49987dde78a9f73cea93a1d2691f5c4f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / O presente estudo teve como proposta o monitoramento da resistência a drogas antimicrobianas entre 390 isolados de Salmonella Typhimurium de diversas fontes (animal, ambiental, alimentar, humana e de matéria-prima/rações) de contaminação da cadeia alimentar no Brasil, no período de 1999 a 2003. Todas as regiões geográficas brasileiras foram contempladas. Para o desenvolvimento deste trabalho, além da avaliação do perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, foram utilizadas ferramentas epidemiológicas mais comumente usadas para este sorovar (lisotipia, perfil plasmidial e PFGE). Das 390 cepas avaliadas neste estudo, 346 apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano, sendo Tetraciclina (85,84 por cento), Nitrofurantoína (67,63 por cento), Cloranfenicol (30,93 por cento) e Ácido Nalidíxico (26,01 por cento) os mais prevalentes. Três cepas apresentaram resistência à ceftriaxona e uma ao imipenem e todas as cepas foram susceptíveis à ciprofloxacina. Foram obtidos 72 perfis de susceptibilidade. O fagotipo prevalente em todos os anos, fontes e regiões geográficas foi o DT193. A multirresistência esteve associada em 44,13 por cento dos isolados deste fagotipo. Também foi caracterizado o fagotipo DT104 multirresistente. Este foi o primeiro relato deste fagotipo no Brasil. Foram caracterizados, no total, 14 fagotipos. Noventa e nove isolados foram submetidos à análise do perfil plasmidial, obtendo-se 28 perfis distintos. Treze isolados humanos foram submetidos à técnica de PFGE com a enzima XbaI. Foram identificados sete perfis de macrorrestrição, sendo encontrada clonalidade entre os isolados testados. / The present study aimed at monitoring the resistance to antimicrobian drugs in 390 isolates of Salmonella Typhimurium from different sources (animal, environmental, alimentary, human and from raw material/feed animal of contamination of the food chain in Brazil, from 1999 to 2003, including all geographic regions of this country. For such, as well as an evaluation of the profile of susceptibility to antimicrobian drugs, the epidemiological tools most commonly employed for this serovar (phage typing, plasmid profile and PFGE) were used. From the 390 isolates evaluated in the present study, 346 showed resistance to at least one antimicrobian drug, the most prevalent of which being Tetracycline (85,84%), nitrofurantoin (67,63%), chloramphenicol (30,93%) and naladixic acid (26,01%). Three isolates showed resistance to ceftriaxone and one to imipenem. All strains were susceptible to ciprofloxacin. A total of 72 profiles of susceptibility were obtained. The prevalent phage type in every year, source and geographic regions was the DT193. A multiresistance was found in 44,13% of the isolates of this phage type. The multiresistant phage type DT104 was also characterized. This was the first report of this phage type in Brazil. A total of 14 phage types were characterized. Ninety-nine isolates were subjected to the analysis of the plasmidial profile, from which 28 distinct profiles were obtained. Thirteen human isolates were subjected to the PFGE technique with the enzyme XbaI. Seven macrorestriction profiles were identified, with clonality having been found among the tested isolates.

Made available in DSpace on 2015-05-15T13:29:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 215.pdf: 2592111 bytes, checksum: 804f8cb6e33b01bf63dd4d4e6914d708 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Dentre os diversos problemas associados à leishmaniose tegumentar americana (LTA), a dificuldade para a obtenção do diagnóstico exerce destaque pelos vários métodos associados para que se obtenha sua definição. A coleta do material biológico tem papel fundamental neste processo, tendo em vista a severidade das lesões aliada às comuns infecções secundárias observadas. O método de coleta empregado no serviço de saúde baseia-se no raspado da lesão e na obtenção de biópsia do local lesionado, caracterizado por promover riscos aos pacientes O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia do método de coleta de amostra biológica através do swab para ao diagnóstico molecular da LTA. Entre os meses de março de 2011 a junho de 2012 foram selecionados 88 pacientes, dos quais foram coletadas amostras de biópsia, exsudatos cutâneos através do swab e raspado cutâneo. As amostras de biópsia e exsudatos foram avaliadas através da reação em cadeia da polimerase tendo como alvo o minicírculo do DNA do cinetoplasto (kDNA) de Leishmania. As amostras de raspado cutâneo foram avaliadas através da pesquisa direta microscópica do parasito. O perfil epidemiológico dos pacientes revelou a predominância da doença em indivíduos do sexo masculino (57,8 por cento) e as faixas etárias acometidas com predominância foram a jovem e adulto, sendo 40,36 anos a média das idades. A maioria dos pacientes foi procedente do município de Moreno, região metropolitana do Recife (70/ 79,54 por cento). Foram observadas majoritariamente lesões ulceradas com presença de exsudato (90,9 por cento) e estas se concentraram nos membros inferiores (71,6 por cento). Ao comparar o resultado do diagnóstico molecular entre as amostras analisadas, obteve-se a convergência de 86,36 por cento, sendo este valor estatisticamente significativo (p-value 0,001). Os resultados obtidos sugerem que o método de coleta de amostra biológica através do swab para o diagnóstico molecular da LTA apresenta excelente eficácia quando comparado com o método de biópsia e pode ser implantado em caráter auxiliar no serviço de saúde haja vista sua simplicidade e facilidade de execução, não oferecendo riscos secundários ao paciente

Made available in DSpace on 2015-06-01T19:28:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 539.pdf: 8577507 bytes, checksum: 8b2c270d079647e954ed0cf6eed5e17f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Estudos que buscam entender o porque de pacientes com dengue apresentarem diferentes prognósticos são de grande importância para a Saúde Pública. Baseado na teoria de que a resposta do sistema imune do hospedeiro frente a infecções pelo DENV tem influência no prognóstico da infecção, foram analisados e quantificados a expressão de genes em pacientes com diferentes formas clínicas da dengue. Essa tese apresenta seus resultados nos três artigos publicados. Nesse estudo, dentre os seis genes - relacionados com a resposta immune inata-, analisados, três deles (MYD88, PDCD4, FCGR3B) apresentaram potencial para serem utilizados como classificadores dos pacientes com dengue. No segundo artigo, 28 pacientes (15 DF e 13 DHF) tiveram a expressão de 12 genes - relacionados com a via de indução da resposta imune inata antiviral, principalmente interferon - individualmente quantificados. Foi utilizado o método de inteligencia computacional de predição Vetor de Suporte de Máquina para a classificação dos pacientes em DF e DHF. Os resultados destacaram MYD88 e TLR7 como os mais importantes (acurácia de 89 por cento) para a classificação entre DF e DHF; TLR9, RIG-I, IRF7, IFN- , IFN- mostraram efeito negativo na classificação, já TLR3, MDA5, IRF3, CLEC5A, IFN- separadamente não influenciaram na classificação, no entanto, quando analisados juntamente com MYD88 e TLR7 aumentaram a acurácia de classificação para 96 por cento. Destacando assim que os genes exercem influencia entre si e dessa forma se tornam os melhores elementos para classificação dos pacientes. Finalizando a tese, o terceiro artigo apresenta a análise baseada nos dados do segundo artigo, de como cada genes poderia estar sendo influenciado pela infecção do vírus nos pacientes. Observamos que o DENV influencia mais de uma via intracelular na indução do IFN; não apenas através do TLRs, mas também genes citoplasmáticos como MDA5 e RIG-I. O presente trabalho buscou identificar genes com potencial de relevancia no prognóstico da infecção por DENV e através de suas relações contribuir para o esclarecimento a cerca do prognóstico da dengue

Made available in DSpace on 2015-06-08T13:58:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 539.pdf: 8577507 bytes, checksum: 8b2c270d079647e954ed0cf6eed5e17f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Estudos que buscam entender o porque de pacientes com dengue apresentarem diferentes prognósticos são de grande importância para a Saúde Pública. Baseado na teoria de que a resposta do sistema imune do hospedeiro frente a infecções pelo DENV tem influência no prognóstico da infecção, foram analisados e quantificados a expressão de genes em pacientes com diferentes formas clínicas da dengue. Essa tese apresenta seus resultados nos três artigos publicados. Nesse estudo, dentre os seis genes - relacionados com a resposta immune inata-, analisados, três deles (MYD88, PDCD4, FCGR3B) apresentaram potencial para serem utilizados como classificadores dos pacientes com dengue. No segundo artigo, 28 pacientes (15 DF e 13 DHF) tiveram a expressão de 12 genes - relacionados com a via de indução da resposta imune inata antiviral, principalmente interferon - individualmente quantificados. Foi utilizado o método de inteligencia computacional de predição Vetor de Suporte de Máquina para a classificação dos pacientes em DF e DHF. Os resultados destacaram MYD88 e TLR7 como os mais importantes (acurácia de 89 por cento) para a classificação entre DF e DHF; TLR9, RIG-I, IRF7, IFN- , IFN- mostraram efeito negativo na classificação, já TLR3, MDA5, IRF3, CLEC5A, IFN- separadamente não influenciaram na classificação, no entanto, quando analisados juntamente com MYD88 e TLR7 aumentaram a acurácia de classificação para 96 por cento. Destacando assim que os genes exercem influencia entre si e dessa forma se tornam os melhores elementos para classificação dos pacientes. Finalizando a tese, o terceiro artigo apresenta a análise baseada nos dados do segundo artigo, de como cada genes poderia estar sendo influenciado pela infecção do vírus nos pacientes. Observamos que o DENV influencia mais de uma via intracelular na indução do IFN; não apenas através do TLRs, mas também genes citoplasmáticos como MDA5 e RIG-I. O presente trabalho buscou identificar genes com potencial de relevancia no prognóstico da infecção por DENV e através de suas relações contribuir para o esclarecimento a cerca do prognóstico da dengue

Made available in DSpace on 2015-07-08T12:28:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 38.pdf: 779592 bytes, checksum: bb7860a5216579fd5bbccc4e3c3d8a6d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / As hortaliças como a alface (Lactuca sativa) têm sido associadas a diversos surtos de doenças de origem alimentar. Dentre os patógenos envolvidos, os norovírus (NoV) são reconhecidos como os principais agentes etiológicos de gastrenterite, sendo as estirpes do genogrupo II (GII) mais prevalentes. Dessa forma, muito esforço tem sido realizado no desenvolvimento de métodos para detecção desses vírus em hortaliças. Os estudos têm focado na padronização dos métodos e otimização das etapas de extração, concentração e detecção do ácido nucléico viral. O uso de outros vírus como controle interno também tem sido estudado, para identificação de falhas durante a análise e evitar resultados falso-negativos. O presente estudo teve como objetivo investigar a contaminação de NoV GII pelo método de concentração por filtração em membrana negativa seguida de semi-nested PCR e PCR em tempo real e avaliar a qualidade microbiológica (pesquisa de Salmonella e enumeração de coliformes) de 90 amostras de alface (30 in natura, 30 minimamente processadas e 30 de serviços de alimentação) no Estado do Rio de Janeiro.O bacteriófago PP7 foi utilizado como controle interno e uma otimização do método comparando a solução salina fosfatada tamponada (PBS) e o tampão glicina (TG) foi realizada. Nenhuma amostra apresentou contaminação por NoV GII e Salmonella. As amostras in natura apresentaram qualidade microbiológica satisfatória de acordo com a legislação. Uma amostra minimamente processada (3,3%) e seis de serviços de alimentação (20%) apresentaram condições higiênico-sanitárias insatisfatórias devido ao número de coliformes termotolerantes acima do permitido, indicando que os procedimentos de higienização realizados nos serviços de alimentação não foram eficazes para eliminação dos micro-organismos ou que a contaminação pode ocorrer, por parte dos manipuladores. / Green leafy vegetables, as lettuce (Lactuca sativa) have been linked to diverse foodborne outbreaks worldwide. Among several pathogens involved, norovirus (NoV) are recognized as one of the most important etiological agent associated with gastroenteritis, being genotype II (GII) the most prevalent. In this manner, efforts have been made to develop methods to detect these viruses in green leafy vegetables. Researches have focused on standardizing methods and optimize stages of extraction, concentration and detection of viral nucleic acid. The use of others viruses as internal control has also been studied, to identifying possible errors during analysis and avoid false-negatives results. This study aimed to verify the contamination by NoV GII through concentration methodology by negative-membrane filtration followed by detection by semi-nested PCR and quantification by Real Time PCR and microbiological quality evaluation (Salmonella research and enumeration of total and thermo tolerant coliform) of 90 samples of lettuce (30 in natura, 30 minimally processed and 30 from food services) in the state of Rio de Janeiro. Bacteriophage PP7 was utilized as internal control and a method optimization comparing phosphate buffered saline (PBS) and Glycine buffer (GB) was carried out. No sample showed contamination by NoV GII and Salmonella. Samples of in natura lettuce exhibited satisfactory microbiology quality according Brazilian resolution. One minimally processed sample (3.3%) and six (20%) from food service showed unsatisfactory hygienic-sanitary conditions because of the number of thermotolerant coliforms above of allowed, indicating that hygienic proceedings in restaurants were not effective for eliminating those microorganisms or that the contamination may occur by employers. PP7 bacteriophage was detected in 40, 86.7 and 76.7% of in natura, minimally processed and food service, respectively. Using GB increased PP7 bacteriophage recovery (p = 0.029), but did not demonstrate significant difference in NoV GII recovery (p = 0.57), and increased sensitivity of semi nested PCR technique for detecting NoV GII in samples artificially contaminated. This last one exhibited lower sensitivity than Real Time PCR for NoV GII detection. Results point out that GB is an elution buffer more efficient and that PP7 bacteriophage is applicable as an internal control of this method.

Made available in DSpace on 2015-07-08T12:28:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 14.pdf: 2053160 bytes, checksum: 6a9f2af0a7daaa1f0f06673bc00622fc (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / A doença meningocócica (DM) é uma enfermidade aguda, grave, de evolução rápida com taxas de mortalidade de 15 a 20% e que atinge principalmente as faixas etárias mais jovens, considerada um grave problema de saúde pública mesmo em países desenvolvidos. A DM está associada à colonização da nasofaringe de humanos, único hospedeiro, por uma bactéria Gram negativa, Neisseria meningitidis. O método considerado padrão ouro para a tipificação molecular da Neisseria meningitidis é o MLST, que consiste no sequenciamento de 7 genes Housekeeping , o MLST é uma técnica complexa que exige uma demanda de custo e tempo, tornando-se inviável sua implementação em laboratórios públicos que recebem amostras de Nm, uma estratégia que poderá contornar este obstáculo seria a PCR em tempo real que com poucas reações e em poucos dias fornecerá o perfil de MLST de isolados com alta porcentagem de confiabilidade. O objetivo do estudo é detectar os complexos clonais do MLST causadores dos grandes surtos de DM através de sondas específicas pela PCR em Tempo Real Qualitativa. A análise pelo MLST de 98 isolados estudados caracterizou todos os 15 isolados do sorogrupo B como integrantes do complexo clonal ST-32/ET-5 além de outras 11 cepas do sorogrupo C. O ST-103 foi o complexo clonal predominante entre as cepas do sorogrupo C com 43 isolados, outros STs foram encontrados para o sorogrupo C,ST-11 (n=11), ST-41/44 (n=2), ST-8/4A (n=9), ST-35 (n=1), ST-269 (n=1) e outros 5 isolados não foram associados a nenhum complexo clonal. A análise pela PCR em Tempo Real forneceu dados importantes como a caracterização de grande número dos isolados com 100% de certeza e de outros isolados com probabilidade acima de 75%. A PCR em Tempo Real qualitativa mostrou ser uma ferramenta rápida e sensível no auxílio a estudos epidemiológicos para controle de surtos regionais quando há a necessidade de ações rápidas por parte das autoridades de saúde pública. / Meningococcal disease (MD) is an acute illness, severe, rapidly evolving with mortality rates of 15 to 20% and that primarily affects younger age groups, considered a serious public health problem in developed countries. DM is associated with colonization of the nasopharynx of human host by Gram negative bacteria, Neisseria meningitidis (Nm). The method considered the "gold standard" for molecular typing of Neisseria meningitidis is the MLST, which consists in sequencing of 7 genes "Housekeeping", the MLST is a complex technique that requires a time and cost consuming, making it impractical implementation in public laboratories that receive Nm samples, a strategy that could circumvent this obstacle would be the real-time PCR with few reactions in a few days coud provide the MLST profile of isolates with a high percentage of reliability. The objective in this study is to detect the MLST clonal complexes causing major outbreaks of DM through specific probes for Real Time PCR Qualitative method. The analysis by MLST of 98 isolates studied featured all 15 isolates of serogroup B as clonal complex ST-32/ET-5 plus 11 other strains of serogroup C. The ST-103 was the predominant clonal complex among strains of serogroup C isolates with 43. Others STs were found for serogroup C, ST-11 (n=11), ST-41/44 (n=2), ST-8/4A (n=9), ST-35 (n=1), ST-269 (n=1) and other five isolates were not associated with any clonal complex. The analysis by Real Time PCR provided important data such as the characterization of large numbers of isolates with 100% certainty and other isolates with probability above 75%. The Real-Time PCR using the qualitative method proved to be a highly useful tool to aid in rapid and epidemiological studies for outbreak control is necessary when regional rapid actions of public health authorities.

Made available in DSpace on 2015-11-18T13:13:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 153.pdf: 1182479 bytes, checksum: 572ca8cb379e9adc3ceb185ab244a3eb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A dengue é uma arbovirose causada pelo vírus Dengue (DENV), cujos principais vetores são os mosquitos Aedes aegypti e Aedes albopictus. A. aegypti é o único vetor de DENV em Cabo Verde, país que teve a sua primeira epidemia da dengue registrada em 2009. Contudo, pouco se sabe acerca da variação no nível de competência vetorial das populações do vetor aos diferentes sorotipos de DENV. O estudo teve como objetivo avaliar a competência vetorial de A. aegypti da ilha de Santiago, Cabo Verde, a quatro sorotipos de DENV. Para isso, os mosquitos foram alimentados artificialmente com sangue contendo diferentes sorotipos de DENV, e em seguida dissecados ao 7º, 14º e 21º dia após infecção (dpi) para verificar a presença do vírus no intestino, cabeça e glândulas salivares usando a técnica de RT-PCR. Adicionalmente, o número de cópias de RNA viral presente nas glândulas salivares foi determinado por qRT-PCR. Foram observadas altas taxas de infecção das glândulas salivares para DENV-2 e DENV-3 (65 e 75 por cento respectivamente), enquanto que para DENV-1, o RNA viral só foi detectado no intestino e cabeça, não chegando a infectar as glândulas salivares. DENV-4 não disseminou para cabeça e glândulas salivares, mantendo a infecção apenas no intestino (9 por cento). O número de cópias de RNA viral nas glândulas salivares não variou significativamente entre DENV-2 e DENV-3 e nem entre os diferentes períodos de incubação do vírus e títulos de DENV testados. Conclui-se, que a população de Aedes aegypti da ilha de Santiago, Cabo Verde, possui alta competência vetorial para as cepas de DENV-2 e DENV-3 e são pouco susceptíveis para as de DENV-1 e DENV-4. As cópias de RNA viral nas glândulas salivares mantêm-se relativamente constante por 21 dias após a infecção, o que pode potencializar a capacidade vetorial de mosquito A. aegypti e sugere alguma forma de modulação da replicação do vírus nesse órgão

Made available in DSpace on 2015-11-18T13:19:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 rafael_piergiorge_ioc_mest_2013.pdf: 1065627 bytes, checksum: 76cbdb2a4d850d707ebf2b5a419be9ee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862) é uma das espécies brasileiras mais importantes comercialmente, sendo explotada em toda a costa, principalmente nas regiões Sul e Sudeste. A partir da década de 60 sua explotação apresentou um grande crescimento, com oscilações até a década de 80. No entanto, após a década de 80 ocorreu um grande declínio na captura e, no período de 1990-1994, estão registrados os mais baixos valores das últimas décadas. Desde então o recurso encontra-se no limite de sustentabilidade. Em 2006, foram identificadas duas espécies crípticas em Xiphopenaeus no Atlântico. Entretanto, os órgãos responsáveis desconsideram essa informação, o que provavelmente acarretará consequências graves para uma ou ambas as espécies. O presente trabalho teve como objetivo: (1) ajustar as condições de amplificação de loci EPIC e caracterizar populações das duas espécies; (2) realizar análise populacional e demográfica histórica de Xiphopenaeus sp. I, em dez pontos ao longo da costa, através de polimorfismos do gene COI; e (3) ajustar as condições de amplificação de loci microssatélites e analisar quatro populações do Brasil. Apesar de resultarem em amplificações, os marcadores EPIC foram monofórmicos nas duas espécies. Em relação ao marcador COI, oito novos haplótipos foram observados para Xiphopenaeus sp. I e cinco para Xiphopenaeus sp. II, totalizando quinze e oito haplótipos descritos, respectivamente. Apesar da identificação de novos haplótipos, o sistema de identificação molecular descrito para a identificação das espécies, continua válido As análises de \0444 apontaram que a população de Caracas (Venezuela) é geneticamente diferenciada das localidades brasileiras, enquanto que, no Brasil, Poças é diferente de Ubatuba, Santos e Cananéia. Por meio de análises de variância, confirmou-se a existência de uma separação pela ressurgência próxima de Cabo Frio. Foi verificado também que Xiphopenaeus sp. I sofreu expansão há 99,57 mil anos, provavelmente na última glaciação. Com microssatélites, apenas as análises de variância resultaram em valores significativos. Ao fim do estudo, os dados obtidos foram agrupados com informações prévias e foi construída uma distribuição consensual para a espécie. Todos esses resultados trazem importantes contribuições para o manejo de Xiphopenaeus spp, pois, além da existência de duas espécies, Xiphopenaeus sp. I é constituída por pelo menos oito estoques geneticamente diferenciados. Este é o primeiro trabalho a realizar uma amostragem tão ampla em um estudo populacional da espécie. Além disso, os dados produzidos servirão como parâmetro de comparação para outros estudos de organismos marinhos da região / Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862), is one of Brazil's most important c ommercial species being exploited across the coast mostly in the South and Southeast. From the 60's its exploitation showed large growth, with fluctuations up to the 80, but after the 80's there was a huge decline in the catch and in the period 1990-1994, are recorded the lowest values of decades. Since then t he resource is within the limits of sustainability. In 2006 were identified two cryptic species in Xiphopenaeus in the Atlantic. However, the agencies responsible disrega rd this information, which probably will result in consequences for one or bot h species. This study focus to: (1) optimize the amplification conditions of EPIC loci and characterize populations of the two species, (2) perform analysis of historical dem ographic and population Xiphopenaeus sp. I, in ten points along the coast, through COI gene polymorphisms, and (3) standardize the amplification conditions of microsatellite loci and analyze four populations of Brazil. Despite the amplifications, EPIC markers were monomorphic in both species. In COI marker, eight new haplotypes w ere observed for Xiphopenaeus sp. I and five Xiphopenaeus sp. II, totaling three eight haplotypes. Even with the identification of new haplotypes, the identificatio n system described for molecular identification of species remains valid. The Φ analysis showed that Venezuela is differentiated from Brazilian localities, while in Brazil Poças is different from Ubatuba, Santos and Cananéia. Through variance analysis was confirmed the existence of a separation next of the upwelling in Cabo Frio. We a lso noticed that Xiphopenaeus sp. I expanded on 99,570 years ago, probably in the las t glaciation. Using microsatellites markers, the variance analysis was the only with si gnificants values. At the end of this study, the data were clustered with previous i nformations and the consensus distribution was constructed for the species. All t hese results supply contributions to management of Xiphopenaeus spp., because beyond the existence of two species, Xiphopenaeus sp. I consists of at least eight genetically diffe rent stocks. This is the first work to perform as wide a sampling in a study population of the species. In addition, the data produced will serve as a point o f reference for other studies of marine organisms in the region.

Made available in DSpace on 2015-12-29T16:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 raquel_barbieri_ini_mest_2013.pdf: 1834473 bytes, checksum: 1e591eb91c0a6e3d12d71fd1c53d6769 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-10-29 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Introdução: Apesar do recente declínio dos coeficientes de detecção de casos novos, a hanseníase permanece endêmica no Brasil e em outros países do mundo. O diagnóstico da doença se baseia nos aspectos clínicos, embora o índice baciloscópico e a histopatologia sejam usados como suporte para o diagnóstico. Nas formas paucibacilares, bacilos são raramente detectados e o exame histopatológico pode ser inconclusivo. Neste estudo, analisamos os aspectos clínicos e histopatológicos de pacientes com suspeita de hanseníase paucibacilar e estabelecemos a contribuição do PCR no manejo clínico destes casos. Pacientes e Métodos: Foram estudados 66 pacientes com lesão cutânea única em placa, atendidos no Ambulatório Souza Araújo (ASA) da Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brasil, no período de janeiro de 2008 a dezembro de 2011. Dois patologistas independentes, que não tinham informações sobre a história clínica dos pacientes, realizaram a reanálise histopatológica. Os pacientes foram classificados como Alta (A), Média (M) e Baixa (B) probabilidade do diagnóstico de hanseníase ou outras dermatoses (O). O DNA foi extraído de fragmentos de biópsias de pele e os níveis de M. leprae Ag85B e 16S rDNA foram estimados usando a amplificação por PCR quantitativo (qPCR) Resultados: O qPCR foi positivo em 46/66 (69.7%) das amostras de pele. Dos 66 pacientes, 57 (86.3%) tinham recebido tratamento com poliquimioterapia (PQT) baseado nos aspectos clínicos e histopatológicos. A associação entre o resultado do PCR e a variável tratamento mostrou que entre os 19 pacientes classificados como L+O, 2 pacientes com PCR positivo não tinham recebido tratamento e 6 pacientes com PCR negativo tinham sido tratados com PQT por 6 meses. Conclusão: Concluímos que o qPCR é uma ferramenta útil para o diagnóstico e o manejo clínico dos pacientes com suspeita de hanseníase paucibacilar, nos casos em que a histopatologia não é conclusiva / Background: Despite recent decline in detection rates, leprosy remains endemic in Brazil and in others countries around the world. Frequently, the disease diagnosis is based only on clinical aspects, although the bacteriological index in skin smears and histopathological examination are used to support conclusions. In paucibacillary forms, ba cilli are rarely detected, and histopathological examination may not be conclusive. In this study, we analised the clinics and histopathological aspects of patients suspected of paucibacillary leprosy and try to establish the contribution of PCR to the clinical management of these cases. Methods: We evaluated 66 patients with single - plaque skin lesions who attended the Leprosy Outpatient Unit of Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro, Brazil, between 2008 and 2011. Two independent pathologists who were blinded to the patients’ clinical details performed pathological reanalysis of slides. Patients were classified as High (H), Medium (M), and Low probability (L) for the diagnosis of leprosy or another dermatosis (O). DNA was extracted from the fragmen ts of skin biopsies, and the levels of M. leprae Ag85B and 16S rDNA were estimated using qPCR amplification . Findings: The qPCR was positive in 46/66 (69.7%) of skin samples. Out of 66 patients, 57 (86.3%) received multidrug therapy (MDT) based on clinical and histopathological examination. The association between previous treatment and qPCR results showed that among 19 patients classified as L+O, 2 qPCR - positive patients were not treated, whereas 6 patients with negative qPCR results were treated with MDT for 6 months. Conclusion: In conclusion, qPCR is a useful tool to diagnosis and clinical management in suspected cases of paucibacilary leprosy in cases with inconclusive histopathology.