Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Marcelo Correa da Silva.pdf: 2475185 bytes, checksum: 5145b979ea0db333c12b56b2ecd50859 (MD5) Previous issue date: 2011-02-23 / Intense selection pressure is associated with global economy and market conjectures, which has great influence and threatens the sustainability of genetic varieties used in traditional crop and livestock production. Abrupt change of such breeds for exotic ones is decreasing genetic diversity and has extinguished many domestic varieties worldwide. The Crioula Lanada sheep breed is a Brazilian cultural, ecological and genetic patrimony which was almost extinct in the mid twentieth century. Conservation activities were established in Southern Brazil with collaboration of a farmer´s association and the foundation of an institutional flock. Currently, breed population is still small and little information about these animals is available. It is necessary that characterization studies subsidize the conservation of this important genetic resource so that farmers can make the best of its use in different production systems. A phenotypical study was undertaken to help handling activities and in situ conservation. 15 morphometric variables (cm) and body weight (kg) were evaluated in 67 male and 812 female sheep, distributed in five age categories and raised in four municipalities of Rio Grande do Sul and two of Santa Catarina, Southern Brazil. The influence of age, sex, wool type and geographic location (fixed effects) on morphometric measures was tested, in addition to correlation, factor analysis and the discrimination of the Crioula Lanada sample in Serrana or Fronteira ecotype. Variance, means test, descriptive, correlation analysis and multivariate statistics were carried out using the Statistical Analysis System Program (SAS, 2002). Age, sex and geographic location revealed significant effect (p<0,001) on morphometric measures. Different averages between age categories depend on which variable is being analyzed, being all means equivalent when considering animals older than 3 years. Most correlations where significant (p<0,05), being thoracic perimeter with body weight the strongest (0,72). Correlation between head and body measures were medium or weak, being strong between body weight. Head and body variables are more related among themselves. Leg, arm and tail measurements revealed weak correlations with body weight, besides not being different (p>0,05) among age categories. Using multivariate statistics, it was possible to explain 81% of variance with only two factors, whereat three groups of variables were identified: one with body measures, the second with head measures and the third with thoracic measures and body weight. 95% of Fronteira sheep were correctly classified in its geographic location being possible to correctly classify animals of each herd of the Serrana ecotype and the ecotypes themselves. The results found in this study can be used as a dialectic instrument to study farmers perceptions and develop an in situ conservation program for the Crioula Lanada breed / A intensa pressão de seleção genética exercida nas espécies domésticas é resultado de conjunturas de mercado e economia global e tem representado ameaças às variedades tradicionalmente utilizadas na agricultura e pecuária. A substituição abrupta de grupos genéticos crioulos por raças exóticas tem diminuído a diversidade genética mundial e levado inúmeras raças à extinção. A ovelha Crioula Lanada é um patrimônio genético, cultural e ecológico brasileiro que quase foi extinto em meados do século XX. Ações para a conservação da raça foram estabelecidas no sul do Brasil, com ajuda de uma associação de produtores e a criação de um rebanho institucional. Atualmente a população efetiva ainda é pequena e com o pouco conhecimento acerca destes ovinos tornase fundamental que estudos de caracterização subsidiem a conservação deste importante recurso genético e que, assim, seja possível fazer um melhor uso nos diferentes sistemas de criação. O objetivo foi realizar um estudo fenotípico da raça para subsidiar as práticas de manejo e conservação in situ. Utilizaram-se 15 variáveis morfométricas (cm) e o peso corporal (kg) de 67 machos e 812 fêmeas, distribuídos em cinco categorias de idade e criados em quatro municípios do Rio Grande do Sul e dois de Santa Catarina. Foi testada a influência dos efeitos fixos (idade, sexo, tipo de lã e procedência geográfica) sobre as medidas morfométricas, analisada a estrutura de correlação e a possibilidade de discriminar os animais da raça Crioula Lanada em ecótipos Serrana ou Fronteira. Para isso, foram realizadas análises de variância, teste de médias, estatística descritiva, análise de correlação e estatística multivariada. A idade, o sexo e a procedência geográfica dos rebanhos apresentaram efeito significativo (p<0,001) sobre as medidas estudadas. Dependendo da variável morfométrica analisada pode, ou não, haver diferença (p<0,05) entre as cinco categorias de idade, sendo que nenhum valor médio difere entre as categorias com mais de três anos. A maioria das correlações foi significativa (p<0,05), sendo mais forte entre o perímetro torácico e o peso corporal (0,72). As correlações entre as medidas da cabeça e as do corpo foram médias ou fracas, sendo maiores entre si e com o peso corporal. Medidas de perna, braço e cauda tem correlação fraca com o peso corporal, além de não serem diferentes (p>0,05) entre as categorias de idade. Na análise multivariada dos dados, foi possível explicar 81% da variância com dois fatores, no qual três grupos de variáveis foram identificados: um com medidas do corpo, um com medidas da cabeça e o terceiro com medidas do tórax e o peso corporal. As ovelhas criadas na região atribuída ao ecótipo Fronteira foram corretamente classificadas (95%), sendo possível classificar cada rebanho do ecótipo Serrana e os ecótipos entre si. Os resultados encontrados poderão servir como um instrumento de diálogo junto aos criadores para desenvolver um programa de conservação in situ para a raça Crioula Lanada.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-31T15:27:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertação- Mary Joyce Targino Lopes Magalhães.pdf: 1466870 bytes, checksum: 3202ba13f65ece33fb3c071651d2a444 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-04T15:21:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação- Mary Joyce Targino Lopes Magalhães.pdf: 1466870 bytes, checksum: 3202ba13f65ece33fb3c071651d2a444 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-04T15:28:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação- Mary Joyce Targino Lopes Magalhães.pdf: 1466870 bytes, checksum: 3202ba13f65ece33fb3c071651d2a444 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-04T15:28:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação- Mary Joyce Targino Lopes Magalhães.pdf: 1466870 bytes, checksum: 3202ba13f65ece33fb3c071651d2a444 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Pseudomonas aeruginosa is a leading bacterial cause of nosocomial infections. Possessing aquatic habitats, it presents a good indicator of water contamination. To verify that this bacterial species represents a potential source of contamination to the Mindu stream, we must carry out and analyze the following objectives: first, identify isolates of P. aeruginosa in samples of hospital effluent surface water obtained from the Mindu stream and second, to check whether the strains posses virulence factors as related mobility scourge, "twitching motility", biofilm formation and antimicrobial resistance, and finnaly, to assess the genetic similarity between isolates. Method: To identify the microbiological and biochemical composition, the 16S rRNA gene sequencing was used. For phenotype characterization we performed the following tests: first, we tested for mobility, using the scourge test "twithing motility", second we tested the biofilm formation and profile of antimicrobial resistance using the disk diffusion technique, the genetic similarity among isolates found was determined by PFGE. Results: We identified 17 isolates of P. aeruginosa in effluent water from the hospital. 8 isolates of the same species were in the surface water of the Mindu stream. The strains tested with mobility scourge; 100 % of the strains were found in water Mindu and 88 % of the strains were found in the hospital´s effluent samples were positive for " twitching motility ". All of the 25 isolates studied showed biofilm formation and more than 70 % of the strains found in hospital´s effluent water (raw and treated) had the phenotype of multidrug resistance.100 % of P. aeruginosa isolates found showed resistance to Ampicillin and 50 % of the strains were intermediately resistant to ceftriaxone. Among all the samples, there was genetic similarity; in the hospital´s effluent water and the hospital´s treated sewage, samples found in different seasonal periods, and among isolates found in hospital effluent and surface water of Mindu. Conclusion: The presence of P. aeruginosa containing virulence factors in surface water samples is indicative of the spread of nosocomial origin of microorganisms in the aquatic environment studied. There is strong evidence that the system of sewage treatment in the study is not efficient. Contaminants from P. aeruginosa containing multidrug resistance were in the samples of treated effluent water, and showed high genetic similarity among isolates of P. aeruginosa derived from raw wastewater. Therefore, it is necessary for action and more oversight on the part of health surveillance agencies with health services so that they meet the requirements of the laws in force in order to preserve the environment and people's health. / Pseudomonas aeruginosa é uma das principais bactérias causadora de infecções hospitalares, e por possuir habitat comumente aquático apresenta-se como boa indicadora de contaminação de águas, para verificar se essa espécie bacteriana representa uma fonte de contaminação em potencial para o igarapé do Mindu, o estudo se propôs a analisar os seguintes objetivos: identificar isolados de P. aeruginosa em amostras de efluentes hospitalares e água superficial do igarapé do Mindu; verificar se as cepas encontradas apresentavam fatores de virulência como, mobilidade ligada ao flagelo, “twitching motility”, formação de biofilme e resistência aos antimicrobianos, e avaliar a similaridade genética entre os isolados. Metodologia: Para a identificação microbiológica foram realizados testes bioquímicos e o sequenciamento do gene 16S rRNA dos isolados encontrados; Para a caracterização fenotípica foram realizados os seguintes testes: teste de mobilidade ligada ao flagelo, teste “twithing motility”, teste de formação de biofilme e perfil de resistência aos antimicrobianos pela técnica de disco-difusão; A similaridade genética entre os isolados de encontrados no estudo foi determinada por PFGE. Resultados: Foram identificados 17 isolados de P. aeruginosa em efluentes hospitalares e 8 isolados da mesma espécie na água superficial do igarapé do Mindu; Todas as cepas estudadas apresentaram mobilidade ligada ao flagelo; 100% das cepas encontradas na água do Mindu e 88% das cepas encontradas em amostras de efluentes hospitalares apresentaram “twitching motility” positivo; todos os 25 isolados estudados apresentaram formação de biofilme; mais de 70% das cepas encontradas nos efluentes hospitalares (brutos e tratados) apresentaram o fenótipo da multirresistência e 100% dos isolados de P aeruginosa encontrados na água do Mindu apresentaram resistência à Ampicilina e 50% dessas cepas apresentaram resistência intermediária a Ceftriaxona; houve similaridade genética entre isolados encontrados em efluente hospitalar bruto e efluente hospitalar tratado, entre isolados encontrados em diferentes períodos sazonais e entre isolados encontrados em efluentes hospitalares e água superficial do Mindu. Conclusão: A presença de P. aeruginosa contendo fatores de virulência, em amostras de água superficial, é indicativo de disseminação de microrganismos de origem nosocomial no ambiente aquático estudado. Há fortes indícios de que o sistema de tratamento de efluentes do estudo não está sendo eficiente, já que foram encontradas cepas de P. aeruginosa contendo fatores de virulência, inclusive a multirresistência em amostras do efluente tratado; e foi observada alta similaridade genética entre isolados de P. aeruginosa oriundos de efluente bruto e efluente tratado. Por isso, se faz necessário maior fiscalização por parte dos órgãos de vigilância sanitária junto aos serviços de saúde para que sejam cumpridas as exigências das legislações vigentes a fim de preservar o meio ambiente e a saúde da população.

Em nosso estudo foi avaliada a presença das bactérias do grupo Bacteroides fragilis em 108 amostras fecais de bezerros com e sem diarréia, além de fatores de virulência e a similaridade genética entre as cepas de B. fragilis. Hemolisinas foram observadas em 36,3% e em 83,7% dos bezerros com e sem diarréia, respectivamente. Apenas 7,4% dos isolados foram hemaglutinantes. De todos os isolados, grande parte resistiu à ação do soro e 100% foram sensíveis ao imipenem e metronidazol. Houve resistência aos metais pesados utilizados. Plasmídios foram detectados em 7,4% dos isolados. Dentre 58,8% produtores de ß-lactamase, em 19,7% e em 26,0% de bezerros com e sem diarréia, respectivamente detectou-se o gene cepA, que foi observado também em plasmídios de 5,5 kb. O gene cfiA foi observado em 16,5% dos isolados diarréicos e em 12,6% de não diarréicos, mas não em plasmídios. O gene nanH foi detectado em 21,8% dos isolados e o gene bft somente em dois isolados diarréicos. A similaridadade genética entre os B. fragilis mostrou a heterogeneidade das bactérias. / In this study the bacteria of Bacteroides fragilis group was evaluated in 108 fecal samples of calves with and without diarrhea, besides virulence factors and the genetic similarity among the B. fragilis strains. Hemolysin was observed in 36.3% and in 83.7% of calves with and without diarrhea, respectively. Only 7.4% of the isolates showed hemagglutinability. Of all the isolates, the major part resisted to the action of the serum and 100% were sensitive to the imipenem and metronidazole. There was resistance to the used heavy metals. Plasmids were detected in 7.4% isolates. Among 58.8% ß- lactamase producing, 19.7% and 26.0% strains of calves with and without diarrhea, respectively the cepA gene was detected, that was also observed in 5.5 kb plasmids. The cfiA gene was observed in 16.5% of the diarrheic isolates and 12.6% of non-diarrheic, but not in plasmids. The nanH gene was detected in 21.8% of the isolates and the bft gene only in two diarrheic isolates. The genetic similarity among the B. fragilis showed the heterogeneity of the bacteria.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Liana Jayme borges.pdf: 1844496 bytes, checksum: 818c982e89c90b277c44959cde90066a (MD5) Previous issue date: 2010-03-19 / Enteral feeding means the nutrition for special purposes, with controlled intake of nutrients. The advantages of its use often become secondary to complications arising from its contamination, which may be associated with infectious complications. The microbial contamination of enteral feeding may occur during all steps being the handling, particularly critical. Considering the importance of enteral feeding as a therapeutic tool in hospitals and the need to guarantee the microbiological quality of the products offered to critical patients, the present work aimed to evaluate the hygienic and sanitary quality of diets and their ingredients and to identify and characterize phenotypic and genotypically, using the antibiogram and pulsed-field gel electrophoresis, strains of Escherichia coli and Staphylococcus aureus obtained from handlers hands and noses, water, module and enteral nutrition from two public hospital in Goiânia, Brazil in order to investigate the probable source of microbological contamination. A total of 80 samples were collected from enteral nutrition and 140 from hands and noses of handlers involved in the diets manufacturing in hospital 1 (H1), between october/2007 and november/2008 and 80 samples from enteral nutrition and 80 from hands and noses of handlers in hospital 2 (H2), between october/2008 and november/2008. From both hospitals were collected 40 samples from water and module. The samples were submitted to microbiological analysis to verify the presence and numbers of pathogenic and indicator microorganisms. E. coli and S. aureus strains were submitted to antibiogram and PFGE. According to antibiogram, all S.aureus isolates (15) from H1 were susceptible to oxacillin, vancomycin, ciprofloxacin and gentamicin. Resistence profile was observed in 10 (66.7%) isolates for penicillin, four (26.7%) isolates for tetracycline and nine (60.0%) isolates for erythromycin, allowing to classify the strains in six different phenotypes (A-F), but it was not efficient for the determination of the bacterial source for the diets. In the H1, all (08) E. coli strains were susceptible to trimethoprim, ciprofloxacin, cephalothin, gentamicin, ceftazidime and tetracycline. Resistence was observed in six (75.0%) isolates for ampicilin. In H2, all strains isolated (12) were susceptible to trimethoprim, ciprofloxacin, gentamicin and ceftazidime and resistence was observed in 11 isolates (91.7%) for cephalothin and 12 (100.0%) for tetracycline and ampicillin, grouping them into five different phenotypes (A-D). Microorganisms showed the same phenotypic profile from handlers and diet samples (phenotypes A and C), suggesting that in these cases, the source of microorganisms for the final product was the food handler. The genotypic typing of S. aureus strains by PFGE generated seven different DNA banding profiles and the E. coli genotyping generated five profiles. Based on the results, two E. coli strains isolated from diets were identical to one strain isolated from food handler from H2 and two of S. aureus isolated from diets were identical to one strain isolated from food handler from H1. This study shows that the enteral feedings showed unsatisfactory sanitary-hygienic conditions in both hospitals and the hand contact is probably one of the sources of greatest significance for enteral diets contamination in the hospital environment. / Entende-se por nutrição enteral a alimentação para fins especiais, com ingestão controlada de nutrientes. As vantagens oferecidas pelo seu emprego muitas vezes tornam-se secundárias às complicações derivadas de sua utilização como a contaminação, que pode estar associada a complicações infecciosas. A contaminação microbiana das fórmulas enterais pode ocorrer em diversas etapas, sendo a manipulação uma etapa especialmente crítica. Tendo em vista a importância da dieta enteral como medida terapêutica em hospitais e a necessidade de se ofertar produtos com qualidade assegurada, devido aos prejuízos que a mesma pode causar aos pacientes, caso esteja contaminada, o objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade higiênico-sanitária das dietas e seus ingredientes e caracterizar fenotipicamente, utilizando o antibiograma e, genotipicamente, através da eletroforese em gel em campo pulsado (pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), isolados de Escherichia coli e Staphylococcus aureus a partir de manipuladores, água, módulo em pó e dieta enteral de dois hospitais públicos de Goiânia-GO visando estabelecer a possível fonte de microrganismos para o produto final. Um total de 80 amostras de dieta enteral e 140 swabs de mãos e fossas nasais de manipuladores foram coletadas no hospital 1 (H1) entre outubro/2007 e novembro/2008 e 80 amostras de dieta enteral e 80 swabs de mãos e fossas nasais no hospital 2 (H2) entre novembro/2008 e dezembro/2008. Nos dois hospitais foram coletadas também 40 amostras de água e módulo. Foram realizadas análises microbiológicas para contagem de microrganismos indicadores e potencialmente patogênicos. Os isolados de E. coli e S.aureus foram submetidos ao antibiograma e PFGE. De acordo com o antibiograma, todas as cepas de S. aureus isoladas (15) no H1 foram sensíveis à oxacilina, vancomicina, ciprofloxacina e gentamicina. O padrão de resistência foi observado em 10 (66,7%) isolados para penicilina, quatro (26,7%) para tetraciclina e nove (60,0%) para eritromicina, agrupando-os em seis diferentes perfis fenotípicos (A F). Porém, a técnica não foi eficiente em determinar a origem da contaminação das dietas. Para as 20 cepas isoladas de E. coli do H1 e H2, todas (8) do H1 foram sensíveis ao trimetoprim, ciprofloxacina, cefalotina, gentamicina, ceftazidima e tetraciclina. Resistência foi observada em seis (75,0%) isolados para a ampicilina. No H2 todas as cepas isoladas (12) foram sensíveis ao trimetoprim, ciprofloxacina, gentamicina e ceftazidima e resistência foi observado em 11 isolados (91,7%) para a cefalotina e 12 (100,0%) para a tetraciclina e ampicilina, sendo agrupadas em quatro diferentes perfis fenotípicos (A D). Os fenótipos A e C apresentaram microrganismos com o mesmo perfil fenotípico provenientes de manipuladores e dieta, sugerindo que nestes casos, a fonte de microrganismos para o produto final seria os manipuladores. A tipificação genotípica por PFGE originou sete perfis eletroforéticos diferentes para as cepas de S.aureus e cinco para as cepas de E. coli. De acordo com os resultados, duas cepas de E. coli isoladas da dieta foram idênticas a uma cepa isolada do manipulador do H2 e duas cepas de S.aureus isoladas da dieta foram iguais a uma cepa do manipulador do H1. Os dados obtidos neste estudo permitem concluir que as dietas enterais apresentaram condições higiênico-sanitárias insatisfatórias em ambos os hospitais e que o manipulador é provavelmente, uma das fontes de maior significância para a contaminação da dieta enteral em ambiente hospitalar.