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Analysis of the adaptation mechanism in the type II-A CRISPR-Cas system

Wong, Shi Pey 21 March 2019 (has links)
Das RNA-guided adaptive Immunsystem CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) immunisiert prokaryotische Zellen gegenüber mobilen genetischen Elementen (MGEs). Bei der Adaption wird eine kurze Nukleinsäurensequenz (prespacer) von den MGEs gewonnen, verarbeitet und schließlich als spacer in das CRISPR-Array integriert. Cas1 und Cas2, die Hauptbestandteile der Adaption, bilden einen Integrase-Komplex, welcher neue spacer in das CRISPR-Array integriert. Der molekulare Mechanismus für die Adaptiondes Typ II-A Systems, welches cas9, cas1, cas2, csn2 und tracrRNA codiert, ist bis heute nicht vollständig verstanden. Daher untersuchten wir die Anforderungen der verschiedenen Cas-Proteine für den Adaptionsprozess. Wir verifizierten die Adaptions-Aktivität von Typ II-A Systemen des Streptococcus thermophilus LMD-9 anhand von Adaptionsstudien nach Phagen-Infektion. Dabei beobachteten wir höhere Akquisitionsraten im CRISPR3-Lokus im Vergleich zum CRISPR1-Lokus. Unsere Plasmid-basierte Adaptionsstudie bestätigte die Notwendigkeit von Cas9, zusätzlich zu Cas1, Cas2 und Csn2 bei der Adaption. Der yeast two-hybrid und der pull-down Ansatz zeigten sowohl spezifische Interaktionen zwischen den Cas-Proteinen, als auch Interaktionen zwischen Cas-Proteinen sowie DNA-Reparatur Proteinen. Die Regionen der Cas1 und Cas9 Interaktion wurden durch SPOT peptide assay identifiziert. Zusammenfassend weist unsere Studie darauf hin, dass Cas-Proteine sowohl mit Proteinen innerhalb, als auch außerhalb des CRISPR-Cas Systems interagieren, und bietet somit eine Basis für die Erforschung der möglichen Funktionen von DNA-Reparatur Proteinen in CRISPR-Cas Systemen und vice versa. / The RNA guided adaptive immune system CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) Cas (CRISPR-associated) immunizes prokaryotic cells against mobile genetic elements (MGEs). During spacer acquisition stage, a short nucleic acid sequence (prespacer) is acquired from the MGEs, processed and finally integrated into the CRISPR array as a spacer, which serves as genetic memory to defend against the invasion of the cognate MGEs. The molecular mechanism for the spacer acquisition of the type II A systems, which encode cas9, cas1, cas2, csn2 and tracrRNA, is still not fully understood. Therefore, we investigated the requirement of the different Cas proteins for spacer acquisition. We verified the acquisition activity of the type II A systems of Streptococcus thermophilus LMD 9 via spacer acquisition studies by phage challenge. We observed higher acquisition rates in the CRISPR3 locus compared to the CRISPR1 locus. Our plasmid-based spacer acquisition study confirmed in addition to Cas1, Cas2 and Csn2 the requirement of Cas9 for spacer acquisition. Yeast two hybrid and pull down approaches revealed specific interactions among the Cas proteins, as well as interactions between Cas and DNA repair proteins. The interaction regions of Cas1 with Cas9 were identified by SPOT peptide assay. Altogether, our study suggests that Cas proteins interact with proteins within and beyond the CRISPR Cas systems, and it provides a basis for the investigation of the potential roles of DNA repair proteins in the CRISPR Cas systems and/or vice versa.
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CAS and calculation competence of students

Heinrich, Rainer 16 April 2012 (has links)
The use of new tools for mathematics at school wins increasingly Importance. It follows from this that they are consquences as well as on aims and contents of mathematics at school us like on methods in the lessons. It is not unusual, that students and parents and also university professors are to be feared, that the calculation competence is decreasing with the use of CAS. In the lesson should be showed a possible way to developing such competences in the beginning phase of the learning process in Algebra. The examples refer to a level of school mathematics for students in the middle school age. The methods tell apart phases with and without CAS and shows a didactic principles of mathematics lessons in the case of use of CAS handheld technology.
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Étude et modélisation des connaissances et raisonnement de l'apprenant dans un STI

Shiri-Ahmadabadi, Mohammad-Ebrahim January 1999 (has links)
Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Les variables cognitives associées au trouble obsessionnel-compulsif

Rhéaume, Josée 30 August 2021 (has links)
Malgré le fait que les traitements basés sur l'exposition et la prévention de réponse ont clairement démontré leur efficacité avec le Trouble Obsessionnel- Compulsif (TOC), les résultats cliniques avec cette combinaison sont loin d'être optimaux. La thérapie cognitive pour le TOC est prometteuse. Les quatre études présentées ici ont pour but d'approfondir la compréhension des variables cognitives associées au TOC. La première étude appuie empiriquement le lien entre la surestimation du danger, la responsabilité et le perfectionnisme et les symptômes obsessionels-compulsifs (OC). La deuxième étude démontre que la correction des croyances idéographiques sans aucune forme d’exposition ou de prévention de réponse représente un traitement efficace avec les vérificateurs compulsifs. La troisième étude suggère qu'au moins un des mécanismes impliqués dans le traitement cognitif et le traitement comportemental impliquerait la précédence d'un changement cognitif sur la diminution de symptômes. Utilisant la même méthodologie, la quatrième étude démontre les liens bidirectionnels entre les états émotionnels indépendants, les cognitions et les symptômes. De plus, cette étude suggère que le processus de changement entre ces trois variables pourrait être différent chez les patients qui répondent bien ou non au traitement. Ces quatre études fournissent un appui empirique aux modèles théoriques formulés pour expliquer le TOC. Elles comportent également des implications cliniques considérables.
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(Re)construction identitaire lors des études universitaires : le cas de jeunes originaires de régions majoritairement francophones du Nouveau-Brunswick lors d'une expérience de mobilité / Reconstruction identitaire lors des études universitaires / Construction identitaire lors des études universitaires

Savoie, Caroline 18 April 2018 (has links)
S’inscrivant dans le domaine des sciences de l’orientation, ce mémoire contribue de façon originale au développement des connaissances sur la construction identitaire. Il s’intéresse au problème de développement et de vitalité des communautés francophones en situation minoritaire au Canada, et ses répercussions sur la construction identitaire des jeunes. Une recherche qualitative sous forme d’enquête par récits biographiques a permis d’analyser plus spécifiquement les parcours individuels et le rapport à l’identité acadienne de vingt-deux jeunes francophones originaires du nord du Nouveau-Brunswick lors d’une expérience de mobilité géographique dans la poursuite d’études universitaires. Les résultats démontrent que les tensions existentielles sont toujours présentes, qu’elles varient d’une personne à l’autre et qu’elles sont plus marquantes lors des périodes critiques de la vie. La synergie des tensions crée une (re)construction identitaire perpétuelle qui diffère pour chaque individu selon sa représentation du milieu, son sentiment d’appartenance et son besoin d’autonomie. / Stemming from the field of Guidance and Counselling, this research brings a new understanding and furthers our knowledge on the topic of identity construction. It studies the problem of development and vitality encountered by the francophone communities living in a minority situation in Canada, and how it affects the identity construction of youths. A qualitative research performed through studies of life stories gave access to a more specific analysis of individual journeys and their relationship to acadian identity for twenty-two young francophones of northern New Brunswick during their geographical mobility for the pursuit of university studies. Results show that existential tensions are still present, that they vary between individuals and that they are more significant during the various critical life stages. This synergy of tensions creates a perpetual identity (re)construction that differs between individuals according to their own understanding of their milieu, their sense of belonging and their need for autonomy.
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Pression des pairs, incitatifs, et qualité : une analyse expérimentale en situation de travail

Lepage, Patrick 12 April 2018 (has links)
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2007-2008. / Ce mémoire a comme objectifs principaux de déterminer l'effet sur la production de l'incitatif pression des pairs sous deux modes de paiement différents, le paiement fixe et le paiement à la pièce, ainsi que d'évaluer l'impact des modes de paiement sur la qualité. Pour évaluer ces effets, nous avons réalisé une expérience en laboratoire dont la tâche consistait à de la saisie de données sur ordinateur. Pour mesurer l'effet des variables sur la production, une régression MCO et une régression quantile au niveau de la médiane sont utilisées. Les résultats démontrent que l'effet de l'incitatif pression des pairs subit un effet d'éviction ''crowding out effect'' lors de l'ajout de l'incitation extrinsèque paiement à la pièce. De plus, on observe que la compétition induite par la pression des pairs a un effet uniquement chez les hommes et que la relation entre le niveau de pression et la productivité est non linéaire. Cette relation signifie qu'au-dessus d'un certain niveau de pression la productivité diminue. Pour l'analyse de la qualité, l'estimation est réalisée avec le modèle binomial négatif. Nos résultats confirment qu'une réponse à l'incitatif paiement à la pièce occasionne un échange "trade off" entre qualité et productivité. Nos résultats démontrent de plus que l'absence d'un contrôle de qualité engendre un biais lors de l'inférence.
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Effets écologiques, sociaux et économiques de l'implication des communautés locales dans la planification et la gestion participative des aires protégées

Vaillancourt, Linda 24 April 2018 (has links)
Par le biais d’une recherche-action participative portant sur trois études de cas, le présent document identifie des effets écologiques, sociaux et économiques, de même que des facteurs pouvant faciliter ou entraver l’implication des communautés locales et autochtones dans la planification et la gestion des aires protégées. La thèse visait à comprendre les réticences à la mise en pratique des recommandations internationales des vingt-cinq dernières années concernant cette implication. À cette fin, la recherche porte sur l’élaboration du premier plan de gestion de trois aires protégées situées au Costa Rica, présentant des caractéristiques écologiques, sociales et économiques assez singulières : un volcan devenu actif entouré d’une communauté majoritairement agricole, un territoire ancestral autochtone et une chaîne de montagnes dans la zone métropolitaine de la capitale du pays. Nous constatons que l’implication des communautés locales multiplie les effets positifs pour chacune des dimensions (écologique, sociale et économique), peu importe les particularités et le type de propriété des terres (publique, privée ou mixte) des aires protégées au moment de l’élaboration des plans de gestion. L’approche associant la recherche à l’action fait émerger des processus collaboratifs dans une dynamique d’apprentissage collectif, à partir de besoins communs identifiés par les communautés locales et les administrateurs des aires protégées. Par le travail conjoint, la recherche-action participative soutient tous les acteurs dans l’acquisition ou l’amélioration de capacités, puisqu’elle : facilite l’accès aux services des différents secteurs gouvernementaux ou paragouvernementaux; suscite l'intérêt et bâtit la confiance entre les acteurs; légitime la variété des savoirs en combinant les connaissances locales et scientifiques; assure la restitution au niveau local des résultats des travaux de recherche; et ; valorise la relation des communautés locales avec le territoire habité. Cette implication est un moyen efficace pour les communautés de bâtir sur leurs connaissances et leur savoir-faire de même que sur ce qu'elles ont déjà entrepris pour préserver leur identité, leur culture, leurs modes de vie et la diversité des ressources naturelles dont elles dépendent. Les effets se traduisent pour tous par : une meilleure connaissance du territoire lors de la planification; une communauté locale mieux organisée pour les actions planifiées, et ; la mise en place de pratiques économiques plus diversifiées et respectueuses de l’environnement pouvant s’inscrire dans la durée. En conséquence, ces processus participatifs suscitent l’appropriation des actions de conservation et de mise en valeur du territoire écologique chez les communautés locales et attirent une plus grande diversité des moyens de subsistance de même que des sources de financement. L’amélioration de la qualité de vie humaine liée à la conservation de la biodiversité requiert la contribution de divers secteurs et de différents niveaux politiques, impliquant les communautés locales dans une dynamique horizontale pour œuvrer au bien commun. L’approche de type recherche-action participative constitue une méthodologie efficace pour initier et construire une concertation structurante de la planification et de la gestion des territoires. L’existence ou, à défaut, la mise en place de plateformes multisectorielles, - alliant les secteurs gouvernementaux, organisations non gouvernementales, institutions de recherche ou d’enseignement, communautés locales, etc. -, consolide la planification et la gestion participative du territoire. Ce « travail ensemble » produit des résultats collectivement plus significatifs que les efforts conduits individuellement par les chercheurs, gouvernements ou politiques internationales, mais requiert le soutien de ces derniers pour se propager. À l’intérieur d’un schéma de gestion intégrée du territoire, une aire protégée peut devenir le noyau autour duquel s’installe un mouvement collaboratif entre divers acteurs au niveau local, national et international, qui se partagent les responsabilités selon leurs mandats respectifs, créent des outils et mobilisent les ressources vers la conservation de manière juste et équitable avec une incidence légale et politique. / Through a participatory research-action on three case studies, this analysis identifies ecological, social and economic effects, as well as factors that could facilitate or hinder the involvement of local and indigenous communities in the planning and management of protected areas. The thesis sought to understand the reluctance, in the last 25 years, to implement international recommendations. In order to do so, the research focuses on the development of the initial management plan of three protected areas located in Costa Rica, with specific ecological, social, and economic characteristics: an active volcano surrounded by a predominantly farming community, a traditional Aboriginal territory, and a mountain range in the metropolitan area of the country's capital. We conclude that local communities involvement during the preparation and implementation of management plans results in a multiplication of positive effects for each dimension (ecological, social and economic), regardless of the particularities and type of land ownership (public, private or mixed) of protected areas. When linking research to action, collaborative processes emerge in a collective learning dynamic pertaining to the needs identified by local communities and protected areas managers. Participatory action-research, through a joint effort, supports all participants in the acquisition or improvement of capacity, by: facilitating the access to various sectors of governmental or paragovernmental services; developing the interest and building of trust between the parties involved; recognizing the diversity of information by combining local and scientific knowledge; ensuring the restitution of the research results at the local level; and; respecting the relationship of local communities with the inhabited territory. Adding to what they have already undertaken to preserve their identity, their culture, their way of life and the diversity of the natural resources on which they depend, this involvement is an effective way for communities to build on their knowledge and skills. For all involved, this results in: a better knowledge of the territory during the planning; a local community better organised for the planned actions; and ; the implementation of more diverse and environmentally respectful economical practices envisioning the long term. Consequently, these participatory processes give rise in local communities ownership of conservation and value of the ecological territory while sustaining a greater diversity of livelihoods as well as attracting sources of funding. The improvement of the quality of life related to the conservation of biodiversity requires the contribution from various sectors and different levels, involving local communities in a horizontal dynamic to work towards the common good. The approach of the participatory research-action is an effective methodology to initiate and build a structuring interaction for the planning and management of territories. The existence, or the establishment of multisectorial support platforms, combining governmental sectors, non-governmental organizations, research and educational institutions, local communities, etc., consolidates participatory land planning and management. This 'work together' approach collectively produces more significant results than the efforts individually conducted by researchers, governments or international policies : however, the support and influence of all are equally required to attain common objectives. Inside an integrated management of the territory blueprint, a protected area may become the nucleus around which settles a collaborative movement between various actors at the local, national and international levels which share responsibilities according to their respective mandates, creating the tools and the mobilization of resources towards a fair and equitable conservation with a legal and political impact.
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L'utilisation de représentations motrices pour diminuer la douleur du membre fantôme

Beaumont, Geneviève 17 April 2018 (has links)
La douleur du membre fantôme résiste souvent aux traitements. Des techniques basées sur une rétroaction visuelle et kinesthésique pourraient aider à diminuer cette douleur du membre fantôme. L'objectif de ce mémoire doctoral est d'évaluer si une nouvelle intervention combinant l'observation et l'imagination de mouvements peut réduire la douleur du membre fantôme. Cette étude de cas à niveaux de base multiples a été réalisée auprès de sept personnes ayant une douleur fantôme à un membre supérieur ou inférieur. Des caractéristiques concernant la douleur des participants et leurs habilités d'imagerie ont été évaluées par des questionnaires. Après un niveau de base de 3 à 5 semaines, les participants ont reçu une intervention en deux étapes d'environ un mois chacune. L'intervention-1 a été conduite en laboratoire (2 sessions/semaine) et à la maison (3 sessions/semaine) et l'intervention-2 à la maison seulement (5 fois/semaine). Les interventions combinaient l'observation et l'imagination de mouvements correspondant à leur membre manquant. Les participants évaluaient leur niveau de douleur quotidiennement et leur facilité à imaginer. Un participant a été exclu des analyses, ayant eu des changements importants dans sa prothèse, sa médication analgésique régulière et ses activités durant le niveau de base et les phases d'intervention de l'étude. Des analyses de séries temporelles ont confirmé que trois participants évaluaient que leur douleur diminuait graduellement et significativement pendant l'intervention-I. Lors de l'intervention-2, les changements additionnels dans les pentes de douleur n'étaient pas significatifs. Quatre participants ont rapporté une réduction de douleur supérieure à 30% du niveau de base à la fin de l'intervention-2 et seulement un d'entre eux a maintenu ses gains après 6 mois. Le support social, le degré de fonctionnement et la perception de contrôle sur leur vie avant l'intervention corrélaient significativement avec la diminution de douleur. Des données additionnelles de douleur intra-session, des caractéristiques des participants en post-intervention et de chronométrie sont également présentées. En conclusion, les personnes ayant une douleur du membre fantôme peuvent bénéficier de cette nouvelle intervention combinant l'observation et l'imagerie motrice. Des études additionnelles sont nécessaires afin d'éclaircir les mécanismes et identifier les participants qui y répondent le mieux.
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Pratiques et modes de résolution des conflits chez les immigrants subsahariens établis à Québec

Diabone, Clédor 24 April 2018 (has links)
Cette recherche a pour objectif l'étude des méthodes interpersonnelles de prise en charge des conflits familiaux chez les immigrants subsahariens établis à Québec. La question à laquelle l’étude tente de répondre est celle de savoir de quelles façons les immigrants africains d’origine subsaharienne établis à Québec prennent en charge leurs conflits familiaux, et quelles sont les justifications des choix opérés. L’objectif de l'étude est d’acquérir des connaissances sur les pratiques et méthodes de gestion des conflits mis en œuvre par les immigrants subsahariens dans la région de Québec. Pour y arriver, des entretiens qualitatifs semi-directifs ont été réalisés avec un échantillon de dix participants (n=10) composé de trois femmes adultes, une jeune femme, quatre hommes adultes et deux jeunes hommes. Les résultats indiquent que les subsahariens ont tendance à privilégier, pour gérer leurs conflits familiaux, les manières de faire de leurs pays d'origine. En matière de régulation des différends familiaux, ils font en effet référence à quatre échelles de niveau de résolution : la famille restreinte, la famille élargie, l'appel aux leaders communautaires puis, en ultime recours seulement, les services étatiques. Par le choix de ces formes de gestion, les subsahariens semblent appliquer dans un contexte culturel occidental les méthodes traditionnelles de prise en charge des conflits pratiquées dans leurs pays d’origine. Il se pourrait dès lors que la dynamique des familles en souffre, puisqu'au conflit familial risque de s'ajouter le conflit culturel. Mots clés : immigration – subsahariens – conflits familiaux – écologie sociale. / The focus of this research study are the interpersonal methods of family conflict management in sub-Saharan immigrant families living in Quebec. It looks at how sub-Saharan African immigrants deal with family conflicts and examines the justifications for the choices that they make in the process. The goal is to gain knowledge of the conflict management practices and methods used by sub-Saharan immigrants living in the Quebec region. For this purpose, semi-structured qualitative interviews were conducted with a sample of ten participants (n=10) including three women, one young woman, four men, and two young men. The results obtained indicate that sub-Saharans tend to prioritize ways of dealing with family conflicts that are used in their countries of origin. In matters of family conflict, they refer to four levels of resolution involving the immediate family, the extended family, community leaders, and, only as a last resort, government services. The choice of these management methods seems to show that sub-Saharans apply within a Western cultural context the traditional methods of conflict resolution that are practiced in their countries of origin. This can be damaging to family dynamics because it may generate cultural conflict in addition to the existing family dissensions. Keywords: immigration – sub – saharians – familiy conflicts – social ecology.
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Étude multi-cas du processus de démarrage des modèles novateurs d'entreprise agricole et de la relève hors cadre familial

Cyr, Pascal 18 April 2018 (has links)
Dans le cadre de cette recherche exploratoire, une vingtaine d’études de cas ont été réalisées auprès de la relève hors cadre familial (HCF) ayant démarré un modèle novateur d’entreprise agricole. Dans un premier temps, une analyse descriptive a été effectuée afin d’améliorer nos connaissances sur le profil de cette relève (antécédent, formation, expérience, compétences, besoins en formation et service-conseil), ces modèles d’entreprise agricole (production, taille, activités, viabilité, etc.) et les stratégies de prédémarrage et de développement utilisées. Cette première analyse révèle entre autres que la majorité de la relève échantillonnée est d’origine urbaine, que la relève fait face au scepticisme du monde agricole québécois et que ces modèles novateurs d’entreprise agricole sont viables. D’autre part, il semble qu’il ait deux types d’entrepreneurs : l’entrepreneur-gestionnaire qui a pour premier objectif la viabilité de son entreprise agricole et "l’entrepreneur-philosophe" qui a choisi l’agriculture d’abord et avant tout pour le mode de vie. Dans un deuxième temps, une analyse comparative basée sur la viabilité des entreprises agricoles participantes a fait ressortir les divergences entre le groupe à forte viabilité et celui à faible viabilité. Parmi les multiples constats, cette deuxième analyse révèle l’importance de la détermination et de la capacité de réseautage des promoteurs au prédémarrage, d’acquérir une terre en lien avec les besoins de l’entreprise, d’avoir de bonnes compétences en gestion et en commercialisation et l’objectif d’une rentabilité hâtive (2 premières années). L’amélioration des connaissances au sujet de la relève HCF et de ces modèles novateurs d’entreprise agricole a pour but d’aider les dirigeants et les intervenants à leur offrir un accompagnement et des politiques adaptés à leur contexte. Ce qui aurait pour résultats de saisir le plein potentiel de cette source de futurs exploitants et d’innovations agricoles.

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