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Analysis of the adaptation mechanism in the type II-A CRISPR-Cas systemWong, Shi Pey 21 March 2019 (has links)
Das RNA-guided adaptive Immunsystem CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) immunisiert prokaryotische Zellen gegenüber mobilen genetischen Elementen (MGEs). Bei der Adaption wird eine kurze Nukleinsäurensequenz (prespacer) von den MGEs gewonnen, verarbeitet und schließlich als spacer in das CRISPR-Array integriert. Cas1 und Cas2, die Hauptbestandteile der Adaption, bilden einen Integrase-Komplex, welcher neue spacer in das CRISPR-Array integriert. Der molekulare Mechanismus für die Adaptiondes Typ II-A Systems, welches cas9, cas1, cas2, csn2 und tracrRNA codiert, ist bis heute nicht vollständig verstanden. Daher untersuchten wir die Anforderungen der verschiedenen Cas-Proteine für den Adaptionsprozess.
Wir verifizierten die Adaptions-Aktivität von Typ II-A Systemen des Streptococcus thermophilus LMD-9 anhand von Adaptionsstudien nach Phagen-Infektion. Dabei beobachteten wir höhere Akquisitionsraten im CRISPR3-Lokus im Vergleich zum CRISPR1-Lokus. Unsere Plasmid-basierte Adaptionsstudie bestätigte die Notwendigkeit von Cas9, zusätzlich zu Cas1, Cas2 und Csn2 bei der Adaption. Der yeast two-hybrid und der pull-down Ansatz zeigten sowohl spezifische Interaktionen zwischen den Cas-Proteinen, als auch Interaktionen zwischen Cas-Proteinen sowie DNA-Reparatur Proteinen. Die Regionen der Cas1 und Cas9 Interaktion wurden durch SPOT peptide assay identifiziert. Zusammenfassend weist unsere Studie darauf hin, dass Cas-Proteine sowohl mit Proteinen innerhalb, als auch außerhalb des CRISPR-Cas Systems interagieren, und bietet somit eine Basis für die Erforschung der möglichen Funktionen von DNA-Reparatur Proteinen in CRISPR-Cas Systemen und vice versa. / The RNA guided adaptive immune system CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) Cas (CRISPR-associated) immunizes prokaryotic cells against mobile genetic elements (MGEs). During spacer acquisition stage, a short nucleic acid sequence (prespacer) is acquired from the MGEs, processed and finally integrated into the CRISPR array as a spacer, which serves as genetic memory to defend against the invasion of the cognate MGEs. The molecular mechanism for the spacer acquisition of the type II A systems, which encode cas9, cas1, cas2, csn2 and tracrRNA, is still not fully understood. Therefore, we investigated the requirement of the different Cas proteins for spacer acquisition.
We verified the acquisition activity of the type II A systems of Streptococcus thermophilus LMD 9 via spacer acquisition studies by phage challenge. We observed higher acquisition rates in the CRISPR3 locus compared to the CRISPR1 locus. Our plasmid-based spacer acquisition study confirmed in addition to Cas1, Cas2 and Csn2 the requirement of Cas9 for spacer acquisition. Yeast two hybrid and pull down approaches revealed specific interactions among the Cas proteins, as well as interactions between Cas and DNA repair proteins. The interaction regions of Cas1 with Cas9 were identified by SPOT peptide assay. Altogether, our study suggests that Cas proteins interact with proteins within and beyond the CRISPR Cas systems, and it provides a basis for the investigation of the potential roles of DNA repair proteins in the CRISPR Cas systems and/or vice versa.
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Diversité génétique et petites populations : 20 ans d'ensemencements d'Omble chevalier (Salvelinus alpinus) dans la rivière Nepihjee (Nunavik) sous la loupe du séquençage de génome entier à faible couvertureCollin, Louis-Philippe 10 January 2025 (has links)
L'accès aux ressources biologiques locales et leur exploitation durable font partie des nombreux défis auxquels font face les communautés nordiques. Des espèces animales comme le caribou et l'omble chevalier, par exemple, sont essentielles pour assurer la sécurité alimentaire des communautés Inuit de l'Arctique. Dans les années 1990, les habitants de la communauté Inuit de Kuujjuaq, au Nunavik, ont entrepris d'augmenter l'accessibilité locale de l'omble chevalier en introduisant l'espèce dans le bassin versant de la rivière Nepihjee, et en ensemençant la population via un programme d'écloserie. En 2019, nous avons observé dans la population des niveaux de diversité génétique de loin inférieur à ceux des autres populations de la Baie d'Ungava. La diversité génétique étant indicatrice de la capacité d'une espèce à faire face à des changements de son environnement, cette observation a soulevé des questions quant à la viabilité de la population. Nous avons donc utilisé une approche de séquençage de génome entier à faible couverture afin de générer une banque génomique couvrant l'ensemble du génome (Liste complète = 105 905 902 SNP, liste filtrée = 4 299 926 SNPs) de la population de la Nepihjee, ainsi que de quatre autres populations de la région afin de les comparer. Ces données ont permis de déterminer que les faibles niveaux de diversité génétique observés dans la population de la Nepihjee ont probablement été causés par une influence marquée de processus démographiques résultant des pratiques d'ensemencement. Elles ont également permis de quantifier le fardeau génétique des populations, et de déterminer que la population d'omble chevalier de la rivière Nepihjee est particulièrement susceptible de souffrir d'une dépression de consanguinité. Ces résultats nous permettent de répondre aux inquiétudes de la communauté et de formuler des recommandations pour guider l'optimisation des pratiques de gestion afin de favoriser la viabilité de la population dans un contexte de changements globaux. / Access to local biological resources and their sustainable use are among the many challenges that northern communities are facing particularly in the era of changing climates. Animal species such as caribou and Arctic char, for example, are essential to ensuring food security for Inuit communities in the Arctic. In the 1990s, the inhabitants of the Inuit community of Kuujjuaq, in Nunavik, undertook to increase the local accessibility of Arctic char by introducing the species into the Nepihjee River watershed, and by stocking the population through a hatchery program. In 2019, we observed in the population levels of genetic diversity far lower than those of other populations in Ungava Bay. Since genetic diversity is an indicator of a species' ability to cope with changes in its environment, this observation has raised questions about population viability. We therefore used a low-coverage whole genome sequencing approach to generate a molecular library covering the entire genome (Complete list = 105 905 902 SNP, pruned list = 4 299 926 SNPs) of the Nepihjee population, as well as four other populations in the region for comparative purposes. These data determined that the low levels of genetic diversity observed in the Nepihjee population were likely caused by a strong influence of demographic processes resulting from stocking practices. They also allowed us to quantify the genetic load of the populations, and to determine that the Arctic char population of the Nepihjee River seems particularly susceptible to inbreeding depression. These results allowed us to address community concerns about the Nepihjee population and make recommendations to guide the optimization of management practices to promote population viability in the context of global change.
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Les méthodes d'adaptation du Centre des droits de l'homme "Memorial" aux mesures étatiques russes : les principes d'action d'une ONG de défense des droits de l'homme russeChampagne, Maude 28 January 2025 (has links)
En raison du virage semi-autoritaire de l’État russe au début des années 2000, l’adaptation aux mesures contraignantes de l’État, qu’elle soit consciente ou inconsciente, constitue un aspect fondamental du quotidien des ONG de défense des droits de l’homme russes. Cependant, il s’agit d’une question jusqu’ici négligée dans la littérature scientifique. Ainsi, ce mémoire a pour objet d’examiner la démarche d’adaptation d’une ONG particulièrement active sur la scène russe, le Centre des droits de l’homme Memorial, entre 1999 et 2014. La recherche révèle que cette ONG emploie deux méthodes afin de s’adapter aux mesures étatiques et que celles-ci sont, en fait, des principes d’action adoptés par l’organisation au moment de sa création. Le premier principe d’action s’appuie sur la coopération et la solidarité développées par le Centre des droits de l’homme Memorial avec d’autres ONG russes, des ONG internationales et des organisations internationales. En partenariat avec ces organisations, le Centre des droits de l’homme Memorial élabore des activités de recherche et de plaidoyer et mène des missions de surveillance des droits de l’homme. Ce principe d’action renforce considérablement la capacité d’adaptation de l’ONG et favorise l’exercice de son rôle de contrepouvoir. Le second principe d’action se fonde sur la recherche de collaboration constructive avec l’État. Lors d’interactions ponctuelles avec les autorités, l’organisation exerce un rôle d’expert en matière de droits de l’homme et tente de réduire les entraves posées à la société civile. Outre sa propriété adaptative, cette méthode d’adaptation combine deux fonctions inhérentes à la société civile, soit la représentation des intérêts des citoyens auprès des instances étatiques et l’établissement d’un partenariat avec l’État dans le but d’amener ce dernier à adopter des pratiques démocratiques. Ce mémoire montre la capacité du Centre des droits de l’homme Memorial à se mouvoir d’une méthode d’adaptation à l’autre afin de maximiser son action. / The Russian human rights nongovernmental organisations (NGOs) are forced to develop adaptation strategies to cope with the restrictive measures set by the Russian government since Russia turned into a semi-authoritarian state in the early 2000’s. However, the academic literature has not paid attention to this phenomenon. Therefore, this master’s thesis studies the adaptation process of a major Russian NGO, the Human Rights Center Memorial, from 1999 to 2014. This thesis explains that the two approaches used by the NGO are actually the cardinal principles of action adopted at the time of its foundation, in the 1980’s. The first principle of action is based on cooperation and solidarity with other Russian human rights NGOs, international NGOs and international organisations. The Human Rights Center Memorial monitors human rights violations and carries on research and advocacy activities in collaboration with these organisations. By doing so, the Human Rights Center Memorial reinforces its adaptive capacity and acts as a counter-power to the state. The second principle of action is based on the search for constructive collaboration with the state. Thus, the organisation acts as a human rights adviser to administrative bodies and tries to convince the authorities to mitigate the constraints imposed on civil society. Through this approach, the organisation plays two key roles of civil society: it represents citizens’ interests in state institutions and it establishes a partnership with state agencies to turn their antidemocratic practices into democratic and liberal ones. This thesis demonstrates the capacity of the Human Rights Center Memorial to find an equilibrium between its action and the restrictive conditions imposed by the state, by choosing the approach that better serves its interests in a given context.
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Les pratiques de GRH favorisant l'engagement organisationnel et l'extension de la vie professionnelle des travailleurs vieillissants : cas du Ministère des Ressources naturelles et de la faune (MRNF)Villeneuve, Maude 18 April 2018 (has links)
La population canadienne vieillit. D'ici quelques années, une proportion importante de la population active, la génération du «baby-boom», se dirigera vers la retraite. Selon plusieurs études, ce phénomène social, s'il n'est pas géré adéquatement, aura des répercussions majeures sur la société au cours de la prochaine décennie. La littérature suggère qu'une extension de la vie professionnelle des travailleurs vieillissants, de quelques années, pourrait diminuer les impacts de cette situation problématique (Industrie Canada, 2008). Cette étude vise à valider la pertinence de deux modèles théoriques, celui de Lawler (1986) et de March & Simon (1991), ainsi qu'à cerner quelles pratiques de gestion des ressources humaines sont susceptibles de favoriser l'engagement affectif au travail ainsi que le maintien en emploi des travailleurs vieillissants. Ce projet de maitrise vise une population spécifique, soit les travailleurs âgés de plus de 45 ans du MRNF. Les données ont été recueillies en novembre et décembre 2009 au MRNF. Un questionnaire autoadministré a été envoyé par voie électronique à 750 travailleurs vieillissants, répartis selon la catégorie d'emploi, le sexe, le secteur d'appartenance et la région administrative. Sur ce nombre, 471 participants ont répondu et retourné le questionnaire, donnant ainsi un taux de réponse d'environ 63%. Les résultats de l'étude valident partiellement la pertinence théorique des modèles sélectionnés, et mettent en évidence l'effet de certaines pratiques de GRH sur l'engagement affectif et l'extension de la vie professionnelle des travailleurs vieillissants du MRNF. Cette étude ouvre de nombreuses perspectives pour des recherches futures. Le sujet du vieillissement est une problématique qui ne sera que plus pertinente au cours des prochaines décennies. De nombreuses recherches seront nécessaires afin de valider les stratégies de ressources humaines les plus efficaces afin de minimiser l'impact des changements démographiques, et ce, tant dans le secteur privé que public.
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Identité professionnelle des cadres intermédiaires dans les organisations de santé et de services sociaux en transformationDebien, Dimitri 13 December 2023 (has links)
Ce mémoire porte sur les cadres intermédiaires qui sont considérés comme des acteurs centraux dans la transformation des organisations de santé et de service sociaux. Les organisations de santé québécoises ont subi de nombreuses transformations, dont une récente réforme en 2015 qui a été d'une ampleur sans précédent et qui a affecté tout particulièrement les cadres intermédiaires. L'objectif de ce mémoire est de mieux comprendre l'influence des transformations organisationnelles sur la construction identitaire des cadres intermédiaires hybrides œuvrant dans ces organisations. Les cadres hybrides sont des cadres ayant une formation initiale en santé ou en services sociaux, ayant préalablement occupé un poste de professionnel de santé, et qui occupent actuellement un poste de cadre intermédiaire. Pour répondre à notre objectif, nous avons d'abord tenté de saisir la manière dont les cadres intermédiaires hybrides ont vécu le passage d'une identité de métier à une identité de gestionnaire. Nous avons ensuite montré les défis posés par la réforme dans la construction identitaire des cadres intermédiaires. Une méthode qualitative a été privilégiée avec l'analyse d'entretiens individuels de 13 cadres hybrides exerçant depuis plus de cinq ans dans l'un des centres intégrés universitaires de santé et de services sociaux (CIUSSS) de la province de Québec. Nos résultats montrent que les transformations organisationnelles tendent à accentuer les tensions que vivent les cadres intermédiaires dans l'accomplissement de leur rôle et dans l'affirmation de leur identité. Ils montrent que les gestionnaires ont de la difficulté à faire correspondre l'identité qu'ils revendiquent avec celle qui leur est attribuée et que la construction de leur identité est fortement contrainte par les changements organisationnels. Ainsi, les tensions qu'ils rencontrent contribuent à redéfinir les modes d'engagement au travail. / This master's thesis focuses on middle managers who are considered central players in the transformation of health and social service organizations. Healthcare organizations have undergone numerous transformations, including a recent reform in 2015 that was unprecedented in its scope and particularly affected middle managers. The purpose of this research is to better understand the influence of organizational transformations on the identity construction of hybrid middle managers working in these organizations. Hybrid managers are managers with initial training in health or social services, who have previously held a position as a health professional, and who currently hold a middle management position. In order to meet our goal, we first tried to understand how hybrid middle managers experienced the transition from a professional identity to a managerial identity. We then showed the challenges brought about by the reform in the identity construction of middle managers. A qualitative method was used, involving the analysis of individual interviews with 13 hybrid managers who had been working for more than five years in one of the integrated university health and social services centers (CIUSSS) in Quebec. Our results show that organizational transformations tend to accentuate the tensions experienced by middle managers in fulfilling their role and asserting their identity. It shows that managers have difficulty matching the identity they claim with the one assigned to them and that the construction of their identity is prevented by organizational changes. The tensions they encounter contribute to redefining their modes of engagement at work.
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État de stress chez les nouvelles mères en fonction du soutien du conjointWebster, Marie-Claude 23 February 2022 (has links)
Cette étude a pour but de préciser le rôle de divers facteurs de soutien social sur l'état de stress de deux groupes de mères. Trente-six mères dont le bébé est né prématurément et trente-six mères dont le bébé est né à terme ont été rencontrées à deux reprises: un mois et huit mois après la naissance de l'enfant. L'ajustement des mères est évalué à l'aide de la Mesure de Stress Psychologique. L'évaluation subjective de l'aide reçue du conjoint est obtenue grâce à la mesure de soutien émotionnel du conjoint et de la Mesure d'auto-enregistrement du partage des tâches. Nos résultats démontrent que les mères d'un bébé prématuré ne sont pas significativement plus stressées que les mères d'un bébé à terme. Le soutien émotionnel du conjoint contribue à diminuer l'état de stress des mères, un mois après la naissance de l'enfant. Les indices de soutien émotionnel et instrumental combinés permettent d'atténuer l'état de stress des mères à huit mois. On observe, chez les deux groupes, une diminution significative de l'état de stress des mères, entre les deux temps de mesure.
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Le prototypage basé sur des méta données phase 1 du cycle de développementGomez, Dario 19 April 2018 (has links)
Le processus de conception des systèmes d'information (SI) est un processus long et complexe qui résulte en de nombreux échecs. Le prototypage informatique et la conception guidée par modèles ont été proposés comme une solution en améliorant la qualité des spécifications au début du cycle de vie d'un SI. L'objectif de notre recherche est de mieux orienter l'action de spécification des exigences dans la phase initiale de conception "Communication Client - Concepteur" et dans le début de la phase de développement "Communication Concepteur - Développeur" en utilisant des artefacts de prototypage. Notre travail ouvre concrètement une voie dans laquelle il devient possible d'envisager que toute modification au cours de la vie d'un SI puisse être effectuée à partir du modèle du domaine qui est l'intrant du "prototypeur", qui devient alors le SI lui-même. Mots clés: système d'information; méthodologie de conception; modèle conceptuel de données; spécification déclarative; spécification exécutable; prototype; méta-donnée; architecture applicative / Designing information systems is a lengthy and complex process that leads to numerous failures. Prototyping has been proposed as a solution to improve the specifications' quality in the beginning of an information system's life cycle. Every information system (IS) is based upon the information architecture ; it is, before all, a content about the perceived reality. A "domain" is a formalization of the perceived reality in which the IS users identify the representations of facts (the data) by means of semantic keys. IS designers have to transform this model using their knowledge about the abstract functioning of computers. The objective of our research is to guide the action of requirements specification in the initial design phase of "Communication Customer - Designer" and in the beginning of the development phase "Communication Designer - Developer" using prototyping artifacts. Our work actually opens the way where it becomes possible to envisage that every modification during the information system's life cycle could be done from within the domain model, which is an input for the "prototyper" and becomes then itself an information system. Keywords : information system ; design method ; conceptual data model ; déclarative specification; executables pecification; prototype ; méta-data ; application architecture
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Les mauvais traitements psychologiques caractérisés par des conflits entre les parents en contexte de Centre JeunesseFauteux, Marie-Hélène 19 April 2018 (has links)
Au Québec, depuis 2007, il est possible de retenir un signalement à la protection de la jeunesse pour motif de mauvais traitements psychologiques. Actuellement, la façon dont on a opérationnalisé et balisé les manifestations de mauvais traitements psychologiques permet aux intervenants de la protection de la jeunesse de considérer que certaines formes de conflits parentaux constituent en soi des mauvais traitements psychologiques envers les enfants. La présente étude a pour objectif de décrire 23 situations familiales qui ont été évaluées en contexte de protection de la jeunesse et pour lesquelles l’évaluation psychosociale fait ressortir la présence de conflits de couple ou de séparation qui sont qualifiés de mauvais traitements psychologiques envers le ou les enfant(s). Plus spécifiquement, les dynamiques familiales sont décrites en fonction des variables suivantes: 1) les difficultés sociales ou personnelles des parents; 2) l’exercice de la coparentalité; 3) la présence de violence pendant la vie conjugale, que ce soit sous forme de violence commune ou de dynamiques de contrôle et de pouvoir, et l’impact du type de violence sur le conflit après la rupture; 4) la présence de triangulation et de conflit de loyauté chez les enfants et 5) l’impact de la situation conflictuelle sur les enfants, en termes de préjudice à leur développement psychologique, social et affectif et du maintien de leur relation avec leurs parents. Les liens entre les variables découlant de la description des situations familiales sont explorés et décrits. Parmi ces variables, le manque d’objectivité de la perception parentale se présente systématiquement en présence d’autres variables de l’analyse : difficultés de fonctionnement relationnel de certains parents; coparentalité hostile ou désengagée; présence de triangulation et de conflit de loyauté. Le manque d’objectivité semble aussi associé à la chronicité et à la sévérité du conflit entre les parents ainsi qu’à l’impact du conflit sur les enfants. La présence élevée, dans l’échantillon à l’étude, d’indices découlant du conflit parental et associés, dans la littérature, à un risque élevé pour les enfants sur le plan adaptatif, incite à adopter la perspective de la protection de la jeunesse et de considérer que certains conflits intenses et chroniques constituent en soi une forme de mauvais traitements psychologiques.
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Violence à l'encontre des jeunes enseignants : comparaison de l'expérience de victimisation des jeunes enseignants d'éducation physique avec celle des autres jeunes enseignantsBenalia, Abdelhamid 16 April 2018 (has links)
Cette recherche vise à comparer et étudier la violence subie par deux groupes de jeunes enseignants provenant de toutes les régions du Québec (n=514). L'un des groupes se compose exclusivement d'enseignants d'éducation physique et l'autre groupe est composé de tous les autres enseignants. Cette recherche quantitative se base sur les données et l'étude de Denis Jeffrey et Fu Sun Enseignants dans la violence, parue aux éditions Presses de l'université Laval. Cette enquête a permis de voir qu'il ne semble pas y avoir de réel effet matière dans la violence subie par ces jeunes enseignants. Néanmoins, 80% des jeunes enseignants se disent être victimes de violences verbales. Plusieurs recommandations ont été formulées afin de lutter contre la violence ainsi que pour améliorer l'insertion professionnelle des jeunes enseignants
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Caractéristiques et traitements de l'obsession sans compulsion manifesteFreeston, Mark H. 03 December 2021 (has links)
Malgré les progrès substantiels de l'approche cognitive béhaviorale dans le traitement du Trouble obsessionnel-compulsif(TOC), les obsessions sans compulsion manifeste demeurent un défi pour le clinicien. Les trois présentes études constituent une première description détaillée d'un échantillon important composé de 29patients souffrant du trouble obsessionnel sans compulsion manifeste. La première étude confirme que les patients utilisent un vaste répertoire de stratégies pour chasser la pensée et pour diminuer le malaise. La deuxième démontre que l'évaluation des pensées varie en fonction des fluctuations de l'état émotionnel. La troisième étude montre qu'un traitement basé sur l'exposition, la prévention de la réponse et la restructuration cognitive produit des gains thérapeutiques cliniquement et statistiquement significatifs. Elle démontre clairement que la thérapie cognitive-comportementale est efficace pour des patients souffrant de pensées obsessionnelles alors que ceux-ci furent longtemps considérés comme réfractaires au traitement. Ces études fournissent un appui empirique aux modèles théoriques formulés pour expliquer le Trouble obsessionnel-compulsif. Les implications théoriques et cliniques sont discutées.
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