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21	Cartographie des interfaces protéine-protéine et recherche de cavités droguables / Cartography of protein-protein interfaces and research of drugable cavities Da Silva, Franck 23 September 2016 (has links) Les interfaces protéine-protéine sont au cœur de nombreux mécanismes physiologiques du vivant. Les caractériser au niveau moléculaire est un donc enjeu crucial pour la recherche de nouveaux candidat-médicaments. Nous proposons ici de nouvelles méthodes d’analyse des interfaces protéine-protéine à visée pharmaceutique. Notre protocole automatisé détecte les interfaces au sein des structures de la Protein Data Bank afin de définir les zones d’interactions à potentiel pharmacologique, les cavités droguables, les ligands présents à l’interface ainsi que les pharmacophores directement déduits à partir des cavités. Notre méthode permet de réaliser un état de l’art des informations disponibles autour des interfaces protéine-protéine ainsi que de prédire de nouvelles cibles potentielles pour des molécules candidats médicaments. / Protein-protein interfaces are involved in many physiological mechanisms of living cells. Their characterization at the molecular level is therefore crucial in drug discovery.We propose here new methods for the analysis protein-protein interfaces of pharmaceutical interest. Our automated protocol detects the biologicaly relevant interfaces within the Protein Data Bank structures, droguables cavities, ligands present at the interface and pharmacophores derived directly from the cavities. Our method enables a state-of- the-art of all available structural information about protein-protein interfaces and predicts potential new targets for drug candidates. Base de données Bioinformatique Cavité Chémoinformatique Classifieurs Interface protéine-protéine Pharmacophore Protéine Site de liaison Database Computational biology Cavities Computational chemistry Classifiers Protein-protein interface Pharmacophore Protein Binding site 541.2 572.8
22	Importance des données inactives dans les modèles : application aux méthodes de criblage virtuel en santé humaine et environnementale / Importance of inactive data in models : application to virtual screening in human and environmental health Réau, Manon 29 October 2019 (has links) Le criblage virtuel est utilisé dans la recherche de médicaments et la construction de modèle de prédiction de toxicité. L’application d’un protocole de criblage est précédée par une étape d’évaluation sur une banque de données de référence. La composition des banques d’évaluation est un point critique ; celles-ci opposent généralement des molécules actives à des molécules supposées inactives, faute de publication des données d’inactivité. Les molécules inactives sont néanmoins porteuses d’information. Nous avons donc créé la banque NR-DBIND composée uniquement de molécules actives et inactives expérimentalement validées et dédiées aux récepteurs nucléaires. L’exploitation de la NR-DBIND nous a permis d’étudier l’importance des molécules inactives dans l’évaluation de modèles de docking et dans la construction de modèles de pharmacophores. L’application de protocoles de criblage a permis d’élucider des modes de liaison potentiels de petites molécules sur FXR, NRP-1 et TNF⍺. / Virtual screening is widely used in early stages of drug discovery and to build toxicity prediction models. Commonly used protocols include an evaluation of the performances of different tools on benchmarking databases before applying them for prospective studies. The content of benchmarking tools is a critical point; most benchmarking databases oppose active data to putative inactive due to the scarcity of published inactive data in the literature. Nonetheless, experimentally validated inactive data also bring information. Therefore, we constructed the NR-DBIND, a database dedicated to nuclear receptors that contains solely experimentally validated active and inactive data. The importance of the integration of inactive data in docking and pharmacophore models construction was evaluated using the NR-DBIND data. Virtual screening protocols were used to resolve the potential binding mode of small molecules on FXR, NRP-1 et TNF⍺. Criblage virtuel Données inactives Amarrage moléculaire Pharmacophores Récepteurs nucléaires Chémoinformatique Molécules inactives Modèles Banque de données Benchmark FXR NRP-1 Virtual screening Inactive data Docking Pharmacophores Nuclear receptors Cheminformatics Inactive molecules Models Database Benchmarking FXR NRP-1 572.6 615.19

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Cartographie des interfaces protéine-protéine et recherche de cavités droguables / Cartography of protein-protein interfaces and research of drugable cavities

Importance des données inactives dans les modèles : application aux méthodes de criblage virtuel en santé humaine et environnementale / Importance of inactive data in models : application to virtual screening in human and environmental health