Orientadores: Louis Bernard Klaczko, Ana Maria L. Azeredo-Espin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T12:39:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hatadani_LucianeMendes_D.pdf: 5098763 bytes, checksum: ffd29b437b2e422e6d8f1797873032be (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O grupo tripunctata e o segundo maior grupo neotropical de Drosophila em numero de espécies e foi incluído na radiação tripunctata ¿ que inclui outros grupos próximos. O segundo cromossomo de Drosophila medipunctata (espécie que pertence ao grupo tripunctata) e altamente polimorfico para inversões. Trabalhos anteriores sugeriram a presença de interação genotipo-ambiente para tamanho da asa, mas não para forma. Experimentos de laboratório foram realizados para testar os efeitos combinados de temperatura e inversão cromossômica no tamanho e forma da asa de D. mediopuncta. A morfologia da asa foi analisada por métodos de morfometria geométrica. Os resultados mostraram que tamanho e forma da asa são influenciados por temperatura, sexo e cariótipo. Também foram encontradas evidencias que sugeriram a existência entre os efeitos de cariótipo e temperatura para forma da asa, mas nao para tamanho, indicando a presença de interação genotipo-ambiente para forma da asa em D. mediopunctata. Sugerimos que outros fatores ecológicos ¿ tais como densidade de larvas ¿ ou variação sazonal de conteúdo genético das inversões poderia explicar os resultados anteriores. Alem disso, uma nova hipótese filogenética para a radiação tripunctata e sugerida com base em dados de seqüências dos genes mitocôndrias das subunidades I e II da citocromo oxidase, e a variação de tamanho e forma da asa e descrita com bases na nova hipótese filogenética. As arvores filogenéticas foram reconstruídas por métodos de parcimônia, máxima verossimilhança e inferência Bayesiana. Os resultados rejeitaram a hipótese de monofila para o grupo tripunctata, enquanto esta hipótese não foi rejeitada para a radiação tripunctata e outros grupos específicos dentro da radiação. Ambos tamanho e forma da asa apresentaram sinal filogenético e diferentes padrões de tamanho e forma puderam ser identificados para cada um dos agrupamentos mais importantes detectados pela analise filogenética / Abstract: The tripunctata group is the second largest Neotropical group of Drosophila in number of species and was included in the tripunctata radiation ¿ which comprises other closely related groups. The second chromosome of Drosophila mediopunctata (a species that belongs to the tripunctata group) is highly polymorphic for inversions. Previous work suggested the presence of genotype-environment interaction for wing size but not for shape. We performed experiments in the laboratory to test for the joint effects of temperature and chromosome inversions on size and shape of the wing in D. mediopunctata. Wing morphology was analyzed by methods of geometric morphometrics. Our findings show that wing size and shape are influenced by temperature, sex, and karyotype. We also found evidence suggestive of an interaction between the effects of karyotype and temperature on wing shape (but not for size), indicating the existence of genotype-environment interaction for wing shape in D. mediopunctata. We suggest that other ecological factors ¿ such as larval crowding ¿ or seasonal variation of genetic content within inversions may explain the previous results. Moreover, we suggest a new phylogenetic hypothesis for the tripunctata radiation based on sequences of mitochondrial genes of cytochrome oxidase subunits I and II, and describe wing size and shape variation in different species based on this new phylogenetic hypothesis. Phylogenetic trees were reconstructed by parsimony, maximum likelihood and bayesian inference. Results reject the monophyly hypothesis for the tripunctata group whereas monophyly is not rejected for the tripunctata radiation and other specific groups within the radiation. Both wing size and shape displayed phylogenetic signal and different patterns of size and shape could be identified for each of the most important clusters detected by phylogenetic analysis / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin

Entre as diversas espécies de plantas forrageiras, destaca-se Paspalum notatum Flugge, uma das mais importantes nas pastagens nativas do sul do Brasil. Os ecótipos nativos são autotetraplóides, reproduzindo-se através apomixia. Porém, a variedade Paspalum notatum (cultivar Pensacola) é diplóide de reprodução sexual e pode ser usada em cruzamentos com plantas apomíticas após duplicação cromossômica. O objetivo deste trabalho foi avaliar genótipos poliploidizados quanto ao modo de reprodução, comportamento meiótico e estimar a fertilidade masculina e feminina. Três plantas diploides de reprodução sexual da cv. Pensacola tiveram seu número cromossômico duplicado artificialmente. A planta WKS 3 apresentou modificação em seu modo de reprodução após a duplicação, que passou a ser apomítico. Já as plantas WKS 63 e WKS 92 confirmaram o modo de reprodução sexual idêntico ao genótipo de origem. As plantas analisadas WKS 3, WKS 63 e WKS 92 apresentaram anormalidades meióticas relacionadas à poliploidia, entretanto essas anormalidades não comprometeram os produtos meióticos, que foram predominantemente tétrades regulares e satisfatória fertilidade polínica, variando de 88,7 a 95,7%. O pareamento cromossômico na fase da diacinese foi variável entre as plantas: WKS 3 apresentou associações predominantemente bivalentes com esporádicas associações quadrivalentes, WKS 92 mostrou associações bivalentes, trivalentes e tetravalentes e associações quadrivalentes, enquanto que na planta WKS 63, houve predomínio de associações quadrivalentes. As plantas WKS 63 e WKS 92 apresentaram baixa fertilidade feminina, indicando que a duplicação cromossômica pode afetar esta característica. Estas plantas duplicadas, juntamente com outros genótipos da espécie, previamente selecionados e os ecótipos apomíticos elite do Rio Grande do Sul, foram utilizadas em esquemas de cruzamentos intraespecíficos. A obtenção de híbridos segregantes abriu um grande leque de possibilidades para o melhoramento de plantas forrageiras, melhorando a composição do campo nativo, podendo corroborar com a conservação dos campos sulinos, evitando sua degradação, bem como sendo uma nova opção para a pecuária do sul do país, através da utilização de materiais bem adaptados, diversificando a produção forrageira. Além disso, podendo gerar materiais que possam ser utilizados na recuperação de áreas degradadas. Novos genótipos apomíticos, gerados através de hibridações e que tenham potencial agronômico poderão ser registrados e protegidos no Serviço Nacional de Proteção de Variedades do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA). / Among the various species of forage plants, Paspalum notatum Flugge is one of the most important native grassland species of southern Brazil. The native ecotypes are tetraploid and have apomictic reproduction. However, the variety Paspalum notatum (cultivar Pensacola) is diploid and sexual and they can be used in crosses with apomictic plants after chromosome duplication. The objective of this study was to evaluate polyploidized genotypes as the mode of reproduction, meiotic behavior, pollen viability and to evaluate male and female fertility. Three diploid and sexual plants of cultivar Pensacola had chromosome number artificially duplicate. The WKS 3 plant showed change in mode of reproduction after duplication, which became apomictic. And the plants WKS 63 and WKS 92 confirmed sexual reproduction mode like the original genotype. The analyzed plants WKS 3, WKS 63 and WKS 92 presented abnormalities related to polyploidy, however, the abnormalities observed did not compromise the meiotic products which were characterized by regular tetrads and satisfactory pollen fertility varying from 88.7 to 95.7%.Chromosome paired at diakinesis were variable among plants: WKS 3 presented predominantly quadrivalents associations, WKS 92 presented bivalents, trivalents and tetravalents associations and the plant WKS 63, predominantly presented quadrivalents associations. The plants WKS 63 and WKS 92 had low female fertility, showing that chromosome duplication can affect this trait. These duplicate plants along with other genotypes of species previously selected and the elite apomictic ecotypes of Rio Grande do Sul were used in intraspecific crosses. Obtaining hybrids segregating opened a wide range of possibilities for the improvement of forage plants, improving natural pasture composition, can be corroborate with the conservation of the southern fields, preventing its degradation, as well as being a lever for livestock in the South of the country, with the use of materials well suited, diversifying the forage production. Also, can generate materials that can be used in the recovery of degraded areas. New apomictic genotypes produced, generated across the hybridization, with agronomic potential, will can be registered and licensed by the Ministry of Agriculture, Livestock and Supply of Brazil (MAPA).

Dois sistemas para amplificação simultânea de short tandem repeats (STRs) do cromossomo X foram desenvolvidos neste trabalho. O Multiplex 1 foi composto por HPRTB, DXS101, DXS7424, DXS6807, DXS6800 e GATA172D05 e o Multiplex 2 foi composto por DXS8378, DXS7133, DXS9898, DXS7423, DXS6809, DXS6789, DXS8377 e DXS6801. Além do desenvolvimento de dois sistemas multiplex, nós apresentamos, neste estudo, a freqüência alélica para esses locos na população do Rio Grande do Sul, Brasil. A amostra foi composta por um total de 266 indivíduos, sendo 125 mulheres e 141 homens. O equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) foi testado na amostra feminina e não foram encontrados desvios significativos após a correção de Bonferroni. Os testes de desequilíbrio de ligação (LD) foram realizados para todos os pares de locos e três resultados significativos, após a correção de Bonferroni, de 91 comparações, foram obtidos entre DXS101 e DXS8377 (P<0,001), DXS7133 e DXS6809 (P<0,001) e DXS7423 e DXS6809 (P<0,001). O poder de discriminação em mulheres (PDF) variou entre 0,832 para DXS6801 e 0,987 para DXS8377. DXS6801 foi o marcador menos informativo (PIC=0,605), enquanto o DXS8377 foi o loco mais polimórfico (PIC=0,911), seguido pelo DXS101 (PIC=0,872). / We developed two multiplex systems for the coamplification of X-chromosomal short tandem repeats (STRs). X-Multiplex 1 consisted of HPRTB, DXS101, DXS7424, DXS6807, DXS6800 and GATA172D05 and X-Multiplex 2 consisted of DXS8378, DXS7133, DXS9898, DXS7423, DXS6809, DXS6789, DXS8377 and DXS6801. In addition, we present allele frequencies for this loci in a south Brazilian population comprising 125 females and 141 males. Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) was tested in the female sample and no significant deviations were found, after applying Bonferroni’s correction. Linkage disequilibrium (LD) tests were performed for all pairs of loci and three significant results, even after applying Bonferroni’s correction, out of 91 pairwise comparisons, were obtained between DXS101 and DXS8377 (P<0.001), DXS7133 and DXS6809 (P<0.001) and DXS7423 and DXS6809 (P<0.001). The power of discrimination in females (PDF) varied between 0,832 for DXS6801 and 0,987 for DXS8377. DXS6801 was the least informative marker (PIC=0,605), while DXS8377 was the most polymorphic (PIC=0,911), followed by DXS101 (PIC=0,872).

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-03-30T13:52:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_Adriana_Bispo_final_ficha catalografica.pdf: 4400523 bytes, checksum: b3e9eb79c58483144a4659be5ab2d45c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-30T13:52:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_Adriana_Bispo_final_ficha catalografica.pdf: 4400523 bytes, checksum: b3e9eb79c58483144a4659be5ab2d45c (MD5) Previous issue date: 2015-09-15 / A síndrome de Turner (ST) é caracterizada primariamente pelo cariótipo 45,X, mas podem ocorrer linhagens celulares incluindo o cromossomo Y. A precisa identificação do cromossomo Y nessas pacientes é de grande importância clínica devido a um aumento no risco de tumores gonadais. A alta frequência de mosaicismo na ST faz dessa síndrome um importante modelo para investigação do efeito dos polimorfismos dos genes da rota do folato como fatores de risco à não disjunção cromossômica somática. Alterações no metabolismo do folato podem promover aneuploidias por um efeito indireto sobre os padrões de metilação do DNA. Neste trabalho reportamos a frequência de mosaicismo críptico do cromossomo Y e sua associação clínica, como também a descrição de uma alteração cromossômica rara. Adicionalmente, foi investigada uma possível associação entre os polimorfismos de genes da rota do folato e o risco de não disjunção cromossômica somática na ST. A presença de mosaicismo oculto do cromossomo Y foi detectada em 2,7% dos casos, os quais mostraram genitália feminina normal sem sinais de virilização ou desenvolvimento tumoral. Assim, a busca de sequências do Y deve ser realizada na ST independente do cariótipo e/ou sinais clínicos. Não foi possível estabelecer uma associação entre os polimorfismos dos genes MTHFR, MTR, RFC1 e TYMS, independentes ou combinados, modulando o risco de não disjunção somática na ST, demostrando que polimorfismos nesses genes, envolvidos na rota do folato, podem não representar uma importante contribuição para os mecanismos de geração das aneuploidias. / Turner syndrome (TS) is primarily characterized by the 45,X karyotype, but can occur cell lines including the Y-chromosome. The precise identification of Y-chromosome in TS patients is of great clinical importance due to an increased risk of gonadal tumors. The high frequency of mosaicism in TS makes this syndrome an important model to investigate the effect of genetic polymorphisms in folate pathway as risk factors to somatic non-disjunction. Changes in folate metabolism can promote aneuploidies by an indirect effect on the DNA methylation patterns. In this work was reported the frequency of Y-chromosome hidden mosaicism and its clinical association, and also described a rare chromosomal alteration. Additionally, a possible association between gene polymorphisms in folate pathway and the risk of somatic chromosome non-disjunction in TS was investigated. The presence of hidden Y chromosome mosaicism was detected in 2.7% of cases, which showed normal female genitalia without signs virilization or tumor development. Thus, the search for Y sequences should be held at TS regardless of the karyotypes and/or clinical signs. We could not establish an association between polymorphisms of MTHFR, MTR, RFC1 and TYMS genes, independent or combined, modulating the risk of somatic non-disjunction in TS, showing that polymorphisms in these genes, involved in folate metabolism, may not represent an important contribution to the generation mechanisms of aneuploidies.

Orientador: Shirlei Maria Recco-Pimentel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T12:50:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Busin_CarmenSilvia_D.pdf: 6669737 bytes, checksum: 7a1f9be2cc98550bffd4b6b919b57406 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A posição taxonômica, as relações filogenéticas, a sinonimização de espécies consideradas distintas, a existência de subespécies e as propostas de agrupamentos intragenéricos dos gêneros Pseudis e Lysapsus sempre foram bastante discutidas entre os herpetólogos. Os gêneros Pseudis e Lysapsus já foram considerados membros da família Pseudidae e também da subfamília de Hylidae. Recentemente, foram alocados na subfamília Hylinae como gêneros distintos. Pseudis paradoxa, P. minuta e Lysapsus limellus, já analisados citogeneticamente por outros autores, apresentam 2n=24 cromossomos e Pseudis sp. (aff. minuta), hoje confirmada citogeneticamente como a recentemente descrita P. cardosoi, apresenta 2n=28 cromossomos, com quatro pares adicionais de cromossomos telocêntricos. No presente trabalho foram analisadas, através de coloração convencional dos cromossomos, padrão de distribuição de heterocromatina, número e localização das regiões organizadoras de nucléolo (NOR), espécies do gênero Pseudis e do gênero Lysapsus, exceto L. laevis, com o objetivo de contribuir com caracteres citogenéticos para a sistemática e para os estudos de filogenia dos dois gêneros, além de buscar evidências para a compreensão dos processos envolvidos na evolução cromossômica nesses grupos. As análises citogenéticas revelaram que o complemento 2n=24 cromossomos é a condição plesiomórfica tanto no gênero Pseudis quanto no gênero Lysapsus e corroboraram a hipótese de que o cariótipo 2n=28 cromossomos tenha uma origem comum ao cariótipo 2n=24 de P. minuta, pois as bandas heterocromáticas marcadoras dos dois cariótipos não foram detectadas em nenhuma das espécies analisadas no presente trabalho. As análises da morfologia cromossômica e do padrão de distribuição de heterocromatina permitiram a separação inter- e intragenérica nos dois gêneros, exceção feita entre as subespécies Pseudis paradoxa paradoxa e P. p. platensis que apresentaram os dados citogenéticos comuns. As diferenças detectadas no padrão de distribuição de heterocromatina além de permitir a separação das espécies de Lysapsus e de Pseudis permitiu, também, sugerir uma reavaliação do status taxonômico das subespécies L. limellus limellus e L. ,. bolivianus, especialmente da população de L. I. bolivianus de Guajará-Mirim, que apresentaram diferenças na morfologia e padrão de bandamento dos cromossomos 7 e 8, também em relação às outras populações da mesma subespécie. A presença da região organizadora de nucléolo (NOR) nos braços longos dos cromossomos do par 7 é o caráter plesiomórfico tanto no gênero Pseudis como no gênero Lysapsus e a posição que a mesma ocupa ao longo do braço é um dado citogenético importante na separação das espécies de Pseudis. A morfometria cromossômica, padrão de bandamento e posição da NOR nos cromossomos 7 permitiram também verificar a presença de cromossomos sexuais heteromórficos no sistema ZZIZW em P. tocantins, com evidências de que mecanismos de inversão e de ganho de heterocromatina tenham ocasionado a diferenciação dos cromossomos Z e W / Abstract: The taxonomic position, phylogenetic relationships, synonymization of species considered to be distinct, existence of subspecies, and the proposals of intrageneric groups of the genera Pseudis and Lysapsus have always been a matter of discussion among herpetologists. The genera Pseudis and Lysapsus have already been included in the family Pseudidae and also in the subfamily Hylidae. Recently, these two genera have been allocated to the subfamily Hylinae as distinct genera. Pseudis paradoxa, P. minuta and Lysapsus limellus, cytogenetically analyzed by other investigators, show a chromosome number of 2n=24, and Pseudis sp. (aff. minuta), now cytogenetically confirmed as the recently described P. cardosoi, has 2n=28 chromosomes, including four additional pairs of telocentric chromosomes. In the present study, we analyzed the pattem of heterochromatin distribution and the number and location of the nucleolar organizer region (NOR) by conventional chromosome staining in species of the genera Pseudis and Lysapsus, except for L. laevis, in order to add cytogenetic traits to the systematics and to the study of the phylogeny of the two genera, in addition to providing evidence for the understanding of the processes involved in the chromosome evolution of these groups. Cytogenetic analysis revealed that the complement of 2n=24 chromosomes is a plesiomorphic condition both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and confirmed the hypothesis that the origin of the 2n=28 karyotype is the same as that of the 2n=24 karyotype of P. minuta since the heterochromatic marker bands in the two karyotypes were not detected in any of the species analyzed in the present study. Analysis of the chromosome morphology and the pattem of heterochromatin distribution permitted the inter- and intrageneric separation of the two genera, except for the subspecies Pseudis paradoxa paradoxa and P. p. platensis which presented common cytogenetic data. In addition to permitting the separation of Lysapsus and Pseudis species, the differences detected in the pattem of heterochromatin distribution also suggested the reassessment of the taxonomic status of the subspecies L. limellus limellus and L. I. bolivianus, especially of the L. I. bolivianus population from Guajará-Mirim, which differed in the morphology and banding pattem of chromosomes 7 and 8 in relation to the other populations of the same subspecies. The presence of the NOR on the long arms of the chromosomes of pair 7 was a plesiomorphic trait both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and the position the NOR occupies on the long arm is an important cytogenetic characteristic for the separation of Pseudis species. Chromosome morphometry, banding pattern and NOR position on chromosomes 7 also permitted the detection of heteromorphic sex chromosomes in the ZZlZW system of P. tocantins, with evidence that mechanisms of inversion and heterochromatinization caused the differentiation of the Z and W chromosomes / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Heloisa Amelia de Lima Castro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-07-27T21:01:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_RogerioNogueirade_D.pdf: 3569902 bytes, checksum: 17185a17d4b8451b3874e92c0c333634 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A identificação humana pode ser realizada por meio dos mais variados procedimentos técnicos, principalmente pela análise comparativa dos documentos do prontuário odontológico. Atualmente, as técnicas de biologia molecular têm se apresentado como o recurso comparativo mais eficaz, contudo parcela significativa desses métodos requer, além do estabelecimento prévio de parâmetros de coleta de material biológico, a verificação da freqüência alélica da população na qual será aplicada. Assim, o presente estudo procurou evidenciar a freqüência dos alelos em 3 lócus de STR do cromossomo Y (DYS390, DYS391 e DYS393) numa população de indivíduos brasileiros leucodérmicos. Para tanto, foram padronizados protocolos de coleta e armazenamento de diferentes materiais biológicos, e estabelecidas rotinas de extração e amplificação do DNA. Os resultados apresentaram o lócus DYS390 com freqüência nos alei os 21, 22, 23, 24, 25 e 26, sendo o alelo 24 o que apresentou maior freqüência desse lócus, com 46%; o STR DYS391 com presença nos alelos 8,9, 10, 11 12 e 13, tendo o alelo 11 incidência de 37% desse STR; e o STR DYS393 nos alelos 11, 12, 13 14 e 15, tendo o alelo 13 apresentado freqüência de 45% desse lócus. Esses dados, comparados àqueles de outras populações, demonstraram haver individualidade no perfil alélico da população estudada, comprovando que, mais do que aplicar as metodologias disponíveis, é prudente que se verifiquem os padrões dos alelos na população alvo, pois a utilização de padrões alélicos de populações diversas da nossa pode levar a imprecisões nos diagnósticos de identificação humana / Abstract: Human identification can be accomplished by several technical procedures, especially by the comparative analysis of dental documents. Nowadays, molecular biology introduced more effective resources for the human identification. However, these methods demand the previous definition of parameters to the collection of biological material, and the verification of the allele frequency of the population in which they will be applied. Aiming to subsidize these methods, we observed the frequency of the alleles in three loci of STRs of the Y chromosome (DYS390, DYS391 and DYS393) in a group of Brazilian white subjects. We also standardized protocols for the collection and storage of different biological materiais, besides defining routines for the extraction and amplification of the DNA. Results presented alleles 21, 22, 23, 24, 25 and 26 in the locus DYS390, being the allele 24 the most frequent with 46%. STR DYS391 presented alleles 8, 9, 10, 11 12 and 13, and the allele 11, with 37%, was the most frequent. STR DYS393 presented alleles 11, 12, 1314 and 15, and the allele 13, with 45%, was the mostfrequent. The comparative analysis of these data, with information related to other populations, stresses the singularity of the allele profile of the studied population. Therefore, prior to the introduction of recent methods of molecular biology to the human identification, we should carefully verify allele patterns of the population, because the use of allele standards of other populations could produce imprecision in human identification processes / Doutorado / Doutor em Odontologia Legal e Deontologia

Orientador: Louis Bernard Klaczko / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T02:56:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_LauraHelenaHafnerda_M.pdf: 2141945 bytes, checksum: 17c00d0d744de62b04cc274305caedb5 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O presente trabalho tem como objetivo caracterizar a variação do tamanho e forma das asas de populações de Drosophila melanogaster em três pontos ao longo de uma grande amplitude latitudinal na costa brasileira. O trabalho foi feito a partir de coletas realizadas no Recife, Rio de Janeiro e Porto Alegre, e os seguintes aspectos foram abordados: 1) variação geográfica; 2) variação temporal; 3) herdabilidade; e 4) a influência de inversões cromossômicas. Para este fim, o método da elipse foi aplicado a imagens digitalizadas das asas, e foram analisados: o tamanho das asas, sua forma e as posições dos pontos de junção e das extremidades das veias (caracterizadas por suas coordenadas angulares é radiais, essas padronizadas pelo tamanho da asa). Os resultados obtidos mostraram que a variação de tamanho em D. melanogaster no Brasil segue a tendência mundial de formação de clines latitudinais, com indiv.íduos maiores sendo encontrados a latitudes também maiores. No entanto, a herdabilidade e a variação temporal entre múltiplas coletas realizadas no Recife e no Rio de Janeiro não apresentou um padrão regular nítido. O único efeito consistente e significativo de inversões cromossômicas que pudemos observar foi o de In(3R)Payne sobre o tamanho corporal, sendo também consistente com achados prévios descritos na literatura. Entretanto, não detectamos efeito significativo de interação genótipo-ambiente, quer entre coletas, quer entre localidades / Abstract: The present work aims to characterize the variation of wing size and shape in Drosophila melanogaster populations from three localities distributed along a wide latitudinal range of the Brazilian coast. The work was performed based on collections made in the cities of Recife, Rio de Janeiro and Porto Alegre. The aspects studied were: 1) geographic variation; 2) temporal variation; 3) heritability; and 4) the influence of chromosomal inversions. To this end, the ellipse method was applied to digitized images of the wings. We analyzed wing size, wing shape and the position of vein junctions and extremities (characterized by their angular and radial coordinates, the latter being standardized by wing size). The results obtained showed that size variatiorn in Brazilian D. melanogaster follows the worldwide tendency toward the formation of latitudinal clines, with larger individuaJs being found at higher latitudes. However, the heritability and temporal variation among multiple collections performed in Recife and Rio de Janeiro did not show a clear regular pattern. The only consistent and significant effect of chromosomal inversions that we could observe was that of In(3R)Payne on body size, which is also consistent with previous findings reported in the literature. However, we did not detect a significant effect of genotype-environment interactions, neither among collections, nor among localities / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Louis Bernard Klaczko, Galina Ananina / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T15:35:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Batista_MarcosRobertoDias_D.pdf: 1499232 bytes, checksum: f14f9f280608caee726a8954c332d6b9 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Nesta tese, estudamos uma questão básica e uma aplicada: os determinantes da variação geográfica e temporal do polimorfismo de inversões do segundo cromossomo em populações naturais de Drosophila mediopunctata; ainda, adaptamos a técnica para análise de politênicos de Drosophila para estudos em Cochliomyia hominivorax e assim elaboramos um mapa dos cromossomos politênicos desta praga da pecuária. Duas décadas depois de estudos anteriores, realizamos cinco novas coletas no Itatiaia e observamos inesperadas mudanças nas frequências dos arranjos mais comuns e em sua variação microgeográfica em relação àquelas antes descritas. No segundo cromossomo, o arranjo DA continua sendo o mais frequente, porém não detectamos mais uma correlação significativa com a altitude. Para os arranjos DS e DP, além de não haver mais correlações significativas com a altitude, suas frequências se mostram ainda mais baixas, principalmente no inverno. Entretanto, o ciclo sazonal observado para estas inversões se mantém. O arranjo DI aumentou sua frequência significativamente e agora mostra uma correlação positiva e significativa com a altitude. Estes resultados sugerem que, depois de duas décadas, houve mudanças ambientais incluindo alterações climáticas e provavelmente fatores bióticos que devem ter afetado a arquitetura genética das populações. Observamos uma diferenciação entre o padrão das frequências de inversões do cromossomo II de populações vizinhas de D. mediopunctata. As matas estudadas estão situadas em duas diferentes unidades geomorfológicas, que apresentam diferenças marcantes em relação ao solo, relevo, paisagem, vegetação e fauna. Nossos resultados sugerem que a diferenciação geográfica observada nas frequências de inversões pode ser resultado de uma adaptação local às diferenças florísticas e climáticas. Entretanto, outros marcadores genéticos devem ser pesquisados para analisar os efeitos da fragmentação florestal sobre as populações. Cochliomyia hominivorax, conhecida no Brasil como a mosca-da-bicheira, é considerada uma das principais moscas causadoras de miíases primária na região Neotropical. Apesar de um fotomapa preliminar de seus cromossomos politênicos ter sido publicado anteriormente, com resultados encorajadores, não havia um mapa dos cromossomos politênicos com boa resolução para a espécie. Desta forma, elaboramos um novo fotomapa dos cinco autossomos com uma resolução total de 1450 bandas / Abstract: In this thesis, we studied a basic and an applied issue: the determinants of geographical and temporal variation of the second chromosome inversion polymorphism in natural populations of Drosophila mediopunctata; and, adapting the squashing technique used for Drosophila to Cochliomyia hominivorax, we made a map of the polytene autosomes of this livestock pest. Two decades after previous studies, we carried out five collections in Itatiaia, RJ. We observed unexpected changes in the frequencies of the most common inversions of the second chromosome. The DA gene arrangement is still the most common, but we no longer detect a significant correlation between its frequency and altitude. Furthermore, the frequencies of DS and DP inversions became even lower, especially in winter; and didn't show a significant correlation with altitude. However, the previously observed seasonal cycle for these inversions is still present. DI frequency increased significantly, and it is now significantly positively correlated with altitude. These results suggest that, after two decades, there were modifications in the climate, but other variables - such as biotic factors -have also probably changed and may be correlated with the changes in the genetic architecture of the Itatiaia population. Furthermore, we report a differentiation between frequencies of inversions of the second chromosome in neighboring populations of D. mediopunctata. The forests studied are located over two geomorphologic units that have marked differences regarding landscape, topography, soil, vegetation, and fauna. Our results suggest that the observed geographical variation in the inversion frequencies may be a result of local adaptation to climate and floral and faunal changes. However, further analysis with other genetic markers must be performed to assess the possible effects of forest fragmentation on different populations. Cochliomyia hominivorax, the New World screwworm fly is one of the main flies causing primary myiasis in the Neotropical region. Although a preliminary photomap of the polytene chromosomes of C. hominivorax was previously published, a good resolution map of the polytene chromosomes was not available for this species. Here, we present a new photomap of the five autosomes of this species with a total resolution of 1450 bands / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Este trabalho tem como objetivo a determinação da freqüência alélica de 12 microssatélites do cromossomo Y na população de Araraquara e da Grande São Paulo, tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados referentes a estes marcadores devido a sua crescente aplicação em diferentes áreas, entre elas a forense na qual a utilização destes microssatélites torna-se muitas vezes a única ferramenta disponível para resolução de casos. Para isto foram tipados 200 indivíduos, que não apresentavam relação de parentesco, divididos em quatro grupos de acordo com autoclassificação de cor (branco, preto, pardo ou oriental). Foram coletadas destes indivíduos amostras de sangue ou saliva a partir das quais foi feita extração do DNA utilizando diferentes protocolos de acordo com o tipo de amostra, seguida da amplificação dos 12 locos do cromossomo Y através do PowerPlex® Y System (Promega) de acordo com instruções do fabricante. Os produtos da amplificação foram submetidos a eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 6%, no seqüenciador ABI377 (Applied Biosystems) para obtenção dos perfis de cada loco. Os quais foram analisados com a utilização do software GeneScan ver. 2.1 (Applied Biosystems). Foi realizado o cálculo das freqüências alélicas e diversidade gênica de cada loco, assim como da diversidade haplotípica e capacidade de discriminação para cada grupo e para a amostra total. A comparação entre os resultados obtidos demonstrou que a variação dentro de cada grupo é maior que a variação entre os grupos. Os resultados obtidos foram enviados ao banco de dados mundial do cromossomo Y (Y-STR Haplotype Reference Database). / The aim of this study is to determine the allelic frequency of 12 microsatellites of the Y chromosome in Grande São Paulo and Araraquara population, in face of the amplification necessity of these markers data due to the increasing application of these markers on different fields, including the forensic on which the use of them is sometimes the only way to solve crime cases. For this purpose it was typed 200 unrelated individuals divided according to self report in four groups based on color skin (white, black, mulatto or yellow). Blood or buccal swab samples were collected and submitted to DNA extraction with different protocols according to the kind of sample. Subsequent amplification of 12 Y-STR was proceeded using the PowerPlex® Y System (Promega) following the manufacture’s protocol. The amplification products were submitted to electrophoresis in 6% polyacrilamid gel on ABI377 sequencer (Applied Biosystems) to obtain the profile of each locus. The results were analyzed with GeneScan ver. 2.1 software (Applied Biosystems). The allelic frequency and gene diversity of each locus as well as the haplotypic diversity and discrimination capacity was calculated for each group and for total sample. The comparison among the results showed that the variation inside the groups is higher than between groups. The haplotypes observed on this sample were sent to Y-STR Haplotype Reference Database.