Os pacientes com melanomas, em geral, apresentam extrema quimiorresistência e prognóstico ruim, com taxa de sobrevida de aproximadamente seis meses; portanto, novas estratégias terapêuticas são necessárias. As células deste tipo de tumor acumulam alterações na expressão gênica que contribuem para a proliferação descontrolada, evasão de senescência e inibição de morte celular em múltiplas rotas intracelulares. No Capítulo 1, foi explorado o controle epigenético do supressor tumoral RECK. Esse gene é largamente expresso em tecidos normais, com correlação de sua expressão com melhor prognóstico. Em tumores, RECK é inibido, incluindo em melanoma. Neste estudo, sua inibição por hipermetilação do promotor e remodelamento da cromatina por HDACs não foi o único fator inibitório nas linhagens de melanoma analisadas. Mesmo após a utilização a remoção de marcas epigenéticas associadas ao silenciamento gênico, a expressão proteica não pôde ser recuperada nas linhagens utilizadas neste trabalho. No Capítulo 2, isolou-se subpopulações clonais ao acaso a fim de modelar a heterogeneidade tumoral intrínseca. Neste modelo experimental, caracterizamos a presença de dois perfis tumorais subclonais: uma mais proliferativa, invasiva e sensível a vemurafenibe; e outra menos proliferativa, mais resistente e com maior expressão de RECK e fatores ligados a EMT. Nossos resultados, em conjunto, mostraram que as linhagens celulares parentais utilizadas apresentam diferenças entre si quanto à viabilidade celular, indução de apoptose e fosforilação de ERK após o tratamento com vemurafenibe. Segundo o nosso modelo, a resistência intrínseca ao vemurafenibe está presente e reflete a heterogeneidade do tumor inicial. Com estes resultados, pretendemos contribuir para o conhecimento sobre a composição clonal presente na heterogeneidade tumoral, além de contribuir para a função de RECK na biologia do melanoma. / Patients with melanoma often present extreme chemoresistance and poor prognosis, with survival rates of approximately six months; therefore, new therapeutic strategies are necessary. Melanoma cells accumulate genotypic changes that contribute to uncontrolled proliferation, evasion of senescence and cell death inhibition in multiple cellular pathways. In Chapter 1, we have explored the epigenetic control of the tumor suppressor RECK. This gene is widely expressed in normal tissues, with correlation of its expression with better prognosis. In tumors, RECK is inhibited, including melanoma. Here, RECK inhibition by promoter hypermethylation and chromatin remodeling by HDACs was not the only inhibiting factor in the melanoma cell lines analyzed. Even after removing the epigenetic marks associated to gene expression silencing, the protein expression could not be recovered in the cell lines used in this study. In Chapter 2, it has been isolated several tumor clonal subpopulations in order to modulate the intrinsic tumor heterogeneity. In this experimental model, we have characterized the presence of two tumor subclonal profiles: a more proliferative, invasive and sensitive to Vemurafenib; and other less proliferative, less sensitive to Vemurafenib and presenting more expression of RECK and factors associated to EMT. Our results together have showed the parental cell lines used here differed from each other in terms of cell viability, induction of apoptosis, and ERK phosphorylation after treatment with Vemurafenib. According to our model, the intrinsic resistance to Vemurafenib is present and reflects the heterogeneity of the initial tumor. With these results, we intend to contribute to the knowledge of the tumor clonal subpopulations composition in tumor heterogeneity, and contributes to the RECK function in melanoma biology.

O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

Este trabalho teve como objetivo selecionar material genético de Eucalyptus spp. para produção de painéis compensados e avaliar a qualidade da madeira dos painéis confeccionados a partir de lâminas de Eucalyptus, combinadas com Pinus e virola, tendo em vista a obtenção de informações sobre o potencial do material avaliado. Para a pesquisa, um teste clonal foi instalado no delineamento estatístico blocos casualizados, composto por 29 clones e seis repetições, totalizando 174 parcelas com seis plantas cada, em espaçamento 3 m x 3 m. A bordadura foi realizada em dupla fileira com material de Eucalyptus dunnii. Os caracteres silviculturais diâmetro à altura do peito (DAP), altura total de plantas (ALT) e volume de madeira (VOL) foram avaliados aos 48 meses após o plantio. A estimativa dos parâmetros genéticos foi realizada com base no procedimento estatístico REML/BLUP. Após a confecção dos painéis compensados, foram realizados os testes da qualidade da madeira, avaliando as propriedades físicas (teor de umidade e densidade básica) e mecânicas (cisalhamento, flexão paralela e flexão perpendicular) dos painéis. Variações genéticas significativas foram observadas entre os clones, para os caracteres silviculturais avaliados nas condições ambientais do experimento, havendo possibilidade de obtenção de ganhos pela seleção. Cinco dos clones avaliados apresentaram potencial para serem aproveitados no programa de melhoramento genético da empresa e em plantios comerciais da região onde se encontra o município de Palma Sola – SC. O clone com melhor desempenho foi o USP/IPEF 68 (E. dunnii), com valores superiores em quase todos os critérios. Os painéis produzidos com miolo de Pinus e virola, onde, nestes casos, apenas a capa e a contracapa eram de lâminas de Eucalyptus, apresentaram bom desempenho, quando comparados com os painéis constituídos, exclusivamente, de lâminas de Eucalyptus. Destaque para os painéis com miolo de virola, no teste de flexão perpendicular, e para os com miolo de Pinus, no teste de flexão paralela. Os painéis constituídos 100% de Eucalyptus não contribuíram para o aumento significativo nos valores de MOE e MOR paralelo e perpendicular. Entretanto, os valores foram superiores em clones mais promissores, como o USP/IPEF 68 e USP/IPEF 64. Os resultados da resistência da linha de cola e flexão estática paralela e perpendicular obtidos neste estudo, estão adequados às normas utilizadas. Conclui-se, portanto, que o material USP/IPEF 68 (E. dunnii) é recomendado para confecção de painéis compensados devido suas qualidades inerentes à madeira. / Selection of Eucalyptus genotypes for the production of compensated panels. This work aimed to select genetic material of Eucalyptus spp. for the production of compensated panels and to evaluate the quality of the wood of panels made from Eucalyptus slides, combined with Pinus and virola, in order to obtain information on the potential of the evaluated material. For the research, a clonal test was installed in the randomized complete block design, consisting of 29 clones and six replications, totaling 174 plots with six plants each, spaced 3 m x 3 m. The border was made in double row with Eucalyptus dunnii material. The silvicultural characteristics diameter at breast height (DBH), total plant height (ALT) and volume of wood (VOL) were evaluated at 48 months after planting. The genetic parameters were estimated based on the statistical procedure REML/BLUP. After the panels were made, the wood quality tests were performed, evaluating the physical properties (moisture content and basic density) and mechanical properties (shearing, parallel bending and perpendicular bending) of the panels. Significant genetic variations were observed among the clones, for the silvicultural characters evaluated in the environmental conditions of the experiment, being possible to obtain gains by selection. Five of the clones evaluated had potential to be used in the breeding program of the company and in commercial plantations of the region where the municipality of Palma Sola - SC is located. The best performing clone was USP/IPEF 68 (E. dunnii), with values above almost all criteria. The panels produced with Pinus core and virola, where, in these cases, only the cover and the back cover were Eucalyptus slides, presented good performance when compared to panels consisting exclusively of Eucalyptus slides. The panels with the virola core, the perpendicular flexion test, and those with the Pinus core were tested in the parallel flexure test. The panels constituted 100% of Eucalyptus did not contribute to the significant increase in the MOE and MOR values parallel and perpendicular. However, the values were higher in more promising clones, such as USP/IPEF 68 and USP/IPEF 64. The results of the glue line resistance and parallel and perpendicular static flexion obtained in this study are adequate to the standards used. It is concluded, therefore, that USP/IPEF 68 (E. dunnii) material is recommended for the manufacture of plywood panels due to their inherent qualities in wood.

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2017-12-08T11:11:14Z No. of bitstreams: 1 PGEF16MA057.pdf: 1146330 bytes, checksum: 87ce579ee0bdc4ea559098e0a886c2f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-08T11:11:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGEF16MA057.pdf: 1146330 bytes, checksum: 87ce579ee0bdc4ea559098e0a886c2f6 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / PROMOP / The objective was to rescue, preserve and multiply the genetic material of the best species/origins selected Eucalyptus spp., to southern Brazil and select the best clones for propagation in Commercial level. The forest Eucalyptus spp. the study is located in the city of Rio Negrinho, SC. The forest was planted in December 1999. The species of the gender Eucalyptus sp. present in the experimental area are grown from seeds, from different locations. For selection of the best sources, subjects were evaluated for survival, height, diameter at breast height, volume, and features like the trunk tortuosity and fork. For vegetative material rescue experiment was applied the techniques of annealing and semi-annealing nine potential species, where individuals were evaluated number of shoots, number of cutting, survival and rooting. The same was evaluated according to the youthfulness through different heights from the ground for E. benthamii. The potential species for quantitative and qualitative variables, as well as the ranking used to select the best species, three species that stood out were E. dunni, E. benthamii and E. dorrigoensis. Regarding the origins for E. smithii the origin Wilson Promontorj to E.benthamii Australia, as well as E. viminalis and E. deanei the origin Manville SC and E. macarthurii Pieter Maritz. Among the vegetative recovery methods tested, the girdling showed better results due to the issuance of shoots. For the survival and 12 13 rooting of seedlings it is necessary to further study since only E. deanei embedded material obtained using IBA at 3000 mg L-¹. As for the issue of shoots depending on the degree of youthfulness to E. benthamii is recommended to perform the incision in the trees at the height of 20 and 50 cm above the ground, and new studies because not yielded results as the survival and rooting of cuttings / O objetivo do estudo foi resgatar, conservar e multiplicar o material genético das melhores espécies/procedências selecionadas de Eucalyptus spp., para a região norte de Santa Catarina e selecionar os melhores clones para a propagação em nível comercial. O povoamento de Eucalyptus spp. do estudo está localizada no município de Rio Negrinho, SC. O talhão foi plantado em dezembro de 1999. As espécies do gênero Eucalyptussp. presentes na área experimental são oriundas de sementes, provenientes de diversos locais. Para seleção das melhores procedências, os indivíduos foram avaliados quanto à sobrevivência, altura, diâmetro à altura do peito, volume, e características qualitativas como tortuosidade do tronco e bifurcação. Para o experimento de resgate de material vegetativo foramaplicadas as técnicas de anelamento e semianelamento em nove espécies potenciais, onde os indivíduos foram avaliados em termos de número de brotações, número de estacas, sobrevivência e enraizamento. O mesmo foi avaliado em função da juvenilidade através das diferentes alturas em relação ao solo para a E. benthamii. As espécies potencias em relação às variáveis quantitativas e qualitativas, assim como o ranking utilizado para selecionar as melhores espécies, as três espécies que se destacaram foram E. dunni. E. benthamiie E. dorrigoensis. Em relação as procedências para E. smithii a procedência de Wilson Promontorj, para E.benthamii a Austrália, assim como para E. deanei e E. viminalis a procedência Manville SC, e para E. macarthuriiPieter Maritz. Dentre os métodos de resgate vegetativo testados, o anelamento apresentou melhores resultados em função da emissão de brotações. Para a sobrevivência e o enraizamento dos propágulos torna-se necessário novos estudos uma vez que apenas E. deanei obteve 8 9 material enraizado com a utilização de AIB na concentração de 3.000 mg L-¹. Quanto a emissão de brotos em função do grau de juvenilidade para E. benthamii, recomenda-se realizar a incisão nas árvores na altura de 20 e 50 cm acima do solo, e a realização de novos estudos pois não obteve-se resultado quanto a sobrevivência e enraizamento das estacas

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-02-17T18:26:18Z No. of bitstreams: 1 Maria Goreth Matos de Andrade Barberino... Distribuição clonal 2013.pdf: 2055064 bytes, checksum: da2e73dad9d911837f5434c00617e1b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-17T18:26:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Goreth Matos de Andrade Barberino... Distribuição clonal 2013.pdf: 2055064 bytes, checksum: da2e73dad9d911837f5434c00617e1b0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A infecção do trato urinário (ITU) é considerada a segunda infecção mais comum em humanos, estima-se que ocorram cerca de 150 milhões de casos de ITUs por ano no mundo. O aumento das taxas de resistência aos antimicrobianos entre os uropatógenos tem tornado mais difícil o tratamento das ITUs. Objetivo: Determinar a distribuição clonal das cepas de E. coli isoladas em pacientes com ITU adquirida na comunidade de acordo com o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos e avaliar o papel dos grupos clonais na disseminação e persistência da resistência nestas infecções. Métodos: Foram isoladas 874 cepas de E. coli em pacientes com ITU, procedentes de unidades ambulatoriais em três hospitais na cidade de Salvador–Ba, no período de 2001 a 2009. O perfil de susceptibilidade foi determinado por microdiluição em placa (Microscan-Siemens®). Nas amostras selecionadas para genotipagem (n=275), a identificação dos grupos clonais foi realizada pela comparação dos padrões de PFGE, utilizando os critérios de Tenover (1995). Em todas as etapas do estudo foi utilizada como controle de qualidade a cepa ATCC E. coli 25922. Resultado: Entre os antibióticos testados, a maior prevalência de resistência foi encontrada para ampicilina (AMP) (49%), cefalotina (12-33%) e sulfametoxazol-trimetropin (SXT) (36-42%). A taxa de resistência à ciprofloxacina (CIP) variou de 9 a 14%. Na análise da distribuição clonal, segundo os fenótipos de resistência aos antimicrobianos, encontramos maior predomínio de um grupo clonal CgA (63%) entre as cepas consideradas multidroga resistentes. Diferentemente das amostras com algum grau de resistência ou multi-sensíveis, nas quais observamos diversidade clonal. Conclusão: A alta prevalência de resistência a SXT, AMP e cefalotina contraindica o uso destes antimicrobianos no tratamento empírico das ITU adquiridas na comunidade. A taxa de resistência à CIP relativamente alta, alerta para o aumento e disseminação de resistência a este antimicrobiano na comunidade. Isto irá dificultar e onerar o tratamento destas infecções. Observamos a surgimento de um grupo clonal (CgA) no período final do estudo (2008 a 2009) associado às cepas multidroga resistentes. Este achado sugere que a expansão de determinados clones pode ter um papel importante na disseminação de resistência bacteriana em ITUs adquiridas na comunidade. / Urinary tract infection (UTI) is considered the second most common infection in humans. It is estimated that there are about 150 million cases of UTIs per year worldwide. Increasing rates of antimicrobial resistance among uropathogens challenges UTI treatments. Objective: To determine the distribution of clonal strains of E. coli isolated from patients with community-acquired UTI according to the profile of antimicrobial susceptibility; and to evaluate the role of clonal groups in the spread and persistence of resistance in these infections. Methods: Eight hundred seventy four strains of E. coli were isolated from patients with UTI, coming from outpatient clinics in three hospitals in the city of Salvador - Bahia, from 2001 to 2009. The susceptibility profile was determined by broth microdilution method (Siemens - Microscan ®). The samples selected for genotyping (n = 275) were identified for clonal groups by comparing the patterns of PFGE, using the criteria of Tenover (1995). All study stages were quality control by strain E. coli ATCC 25922. Results: Among the antibiotics tested, the highest prevalence of resistance was for ampicillin (AMP) (49%) followed by trimethoprim - sulfamethoxazole (SXT) (36-42%) and for cephalothin (12-33%). The rate of resistance to ciprofloxacin (CIP) ranged between 9-14 %. In the Clonal Analysis distribution, performed according to antimicrobial resistance phenotypes, we found a higher prevalence of a clonal group CgA (63%) among multidrug resistant strains. This result differs from samples with some degree of resistance or multi-sensitive in which we observed clonal diversity. Conclusion: The high prevalence of resistance to SXT, AMP, and cephalothin contraindicate the use of these antibiotics in the empirical treatment of community-acquired UTI. The relatively high rate of resistance to CIP, raises attention to the increase and spread of antimicrobial resistance in this community and potentially complicate and encumber the treatment of these infections. We observe the emergence of a clonal group (CgA) in the final period of the study (2008-2009) associated with multidrug resistant strains. This finding suggests that the expansion of particular clones may have an important role in the spread of bacterial resistance in community-acquired UTI.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-07-05T12:45:54Z No. of bitstreams: 1 Edilson de Araujo Goncalves.pdf: 586732 bytes, checksum: a681dd9d8537af4fa4a8e2cd099b6bb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T12:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Edilson de Araujo Goncalves.pdf: 586732 bytes, checksum: a681dd9d8537af4fa4a8e2cd099b6bb3 (MD5) Previous issue date: 2007-06-13 / Adaptation of populations takes place with the occurrence and subsequent fixation of mutations that confer some selective advantage to the individuals that acquire it. For that reason, the study of the process of advantageous mutations fixation has a long history in the population genetics literature. Particularly, the previous investigations aimed to find out the main evolutionary forces affecting the strength of natural selection in the populations. In the current work, we investigate the dynamics of fixation of bene cial mutations in a subdivided population. The subpopulations (demes) can exchange migrants among their neighbors. The migration network is assumed to have either a random graph or a scale-free topology. We have seen that the migration rate drastically affect the dynamics of mutation fixation, despite of the fact that the probability of fixation is invariant on the migration rate, accordingly to Maruyama's conjecture.In addition, we have observed that a topological dependence of the adaptive evolution of the population exists when clonal interference becomes effective. / A adaptação de populações decorre do surgimento e posterior fixação de mutações benéficas que conferem alguma vantagem seletiva aos indivíduos que as adquirem. Por esta razão, o estudo do processo de fixação de mutações benéficas tem uma longa história na literatura de genética de populações. Particularmente, tais investigações objetivaram encontrar as principais forças evolucionárias que afetam a atuação da seleção natural nas populações. No presente trabalho, nós investigamos a dinâmica de fixação de mutações benéficas em uma população subdividida. As subpopulações, denominadas de demes, podem permutar migrantes entre seus vizinhos. Consideramos duas topologias para a rede de migração, uma tipo grafo aleatório e uma outra para rede livre de escala. Nós verificamos que a taxa de migração afeta drasticamente a dinâmica de fixação de mutações, apesar do fato da probabilidade de fixação ser independente da taxa de migração de acordo com a conjectura de Maruyama. Além disso, observamos uma influência da topologia da rede migratória na evolução adaptativa quando a interferência clonalse torna relevante.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-09T13:23:57Z No. of bitstreams: 1 Oscar Felipe Falcao Raposo.pdf: 947805 bytes, checksum: 8fe5720f628d5178eea9572acc985b50 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T13:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oscar Felipe Falcao Raposo.pdf: 947805 bytes, checksum: 8fe5720f628d5178eea9572acc985b50 (MD5) Previous issue date: 2006-10-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / We investigate the evolution of asexual populations subject to a large supply of deleterious mutations such that Muller’s ratchet operates. In this regime, the accumulation of deleterious mutations takes place continuously with the resulting loss of the least-loaded class of individuals. In the current work, we study the effect of the supply of beneficial mutations on the ratchet’s speed. We also examine how the rate of substitution of favorable mutations as well as the mean selective effect of favorable mutations that reach fixation is compared to those assuming a population at equilibrium. We observe that under Muller’s ratchet, the rate of fixation of advantageous mutations is higher than that predicted for an equilibrium population. The difference between the rate supposing an equilibrium regime and that for the non-equilibrium case becomes larger as we increase the rate of deleterious mutations. On the other hand, the mean selective effect of beneficial mutations that reach fixation is smaller than the expected value for the equilibrium situation. / Nós investigamos a evolução das populações assexuadas sujeita à ocorrência de um fluxo contínuo de mutações deletérias, onde a Catraca de Muller opera. Neste regime, a acumulação de mutações deletérias ocorre continuamente com a conseqüente perda da classe de indivíduos mais adaptados. Na nossa dissertação nós estudamos o efeito das mutações benéficas na velocidade da catraca. Nós examinamos como a taxa de substituição das mutações benéficas como também o efeito seletivo médio das mutações favoráveis que alcançam a fixação é comparada àquelas que supõem uma população em equilíbrio. Nós observamos que sob o regime de não-equilíbrio, a taxa de fixação das mutações vantajosas é mais elevada do que aquela estimada para uma população em equilíbrio. A diferença entre a taxa que supõe um regime de equilíbrio e aquela para um regime de não-equilíbrio torna-se maior quando aumentamos a taxa de mutações deletérias. Por outro lado, o efeito seletivo médio das mutações benéficas que alcançam a fixação é menor do que o valor previsto para a situação de equilíbrio.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-03-17T20:10:43Z No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Neves Guimarães - 2017.pdf: 2522150 bytes, checksum: 0037f07faf0bc8b7b76b5d36d87f7823 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-20T13:50:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Neves Guimarães - 2017.pdf: 2522150 bytes, checksum: 0037f07faf0bc8b7b76b5d36d87f7823 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T13:50:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Neves Guimarães - 2017.pdf: 2522150 bytes, checksum: 0037f07faf0bc8b7b76b5d36d87f7823 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-01-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Cerrado fruit arouse the growing economic interest in different market niches. Among these the Caryocar brasiliense Camb. It stands out due to its economic and social importance. The growing demand pequi fruit for the gastronomic and agroindustrial use indicates the need for studies to produce seedlings for reforestation of degraded areas, reforestation and possible cash crops, meeting the growing demand for seafood pequizeiro. The objective of this study was the development of an initial protocol for the vegetative propagation of pequizeiro through cuttings. For this four experiments were conducted to evaluate different factors which influence the rooting of pequizeiro as leafiness levels, age of the plant, pruning, cutting types and substrates. Through the studies it was found that young plant cuttings have greater potential for cutting with respect to adult trees. The leaves are key to cutting pequi because stakes with six leaflets showed 22.5% while rooting cuttings without leaves not taken root. Regarding the type of stake herbaceous cuttings showed higher callus induction and formation of root primordia in relation to softwood cuttings. But several factors influence the rooting of pequizeiro, further studies should be performed to define a protocol for cutting the pequizeiro. Por Through this study it was found that the pequizeiro introduced himself as a native species of the Cerrado with potential for cutting. / As frutíferas do Cerrado despertam interesse econômico crescente em diferentes nichos de mercado. Entre essas o pequizeiro (Caryocar brasiliense Camb.) se destaca em decorrência de sua importância econômica e social. A demanda crescente dos frutos de pequi para o uso gastronômico e agroindustrial aponta a necessidade de estudos para produção de mudas para revegetação de áreas degradadas, reflorestamentos e possíveis cultivos comerciais, atendendo a crescente demanda pelos frutos do pequizeiro. Objetivou-se com este estudo o desenvolvimento de um protocolo inicial para propagação vegetativa do pequizeiro via estaquia. Para isto foram realizados quatro ensaios avaliando diferentes fatores que influenciam no enraizamento do pequizeiro, como níveis de enfolhamento, idade da planta, podas, tipos de estacas e substratos. Por meio dos estudos verificou-se que estacas de plantas jovens possuem maior potencial para estaquia em relação às árvores adulta. As folhas são fundamentais para estaquia do pequi, pois estacas com seis folíolos apresentaram 22,5% de enraizamento enquanto estacas sem folhas não enraizaram. Quanto ao tipo das estacas herbáceas proporcionaram maior calogênese e formação de primórdios radiculares em relação a estacas semilenhosas. Porém vários fatores influenciam no enraizamento do pequizeiro, novos estudos devem ser realizados para definição de um protocolo para estaquia do pequizeiro. Por meio deste estudo verificou-se que o pequizeiro apresentou-se como uma espécie nativa do Cerrado com potencial para estaquia.

Os pacientes com melanomas, em geral, apresentam extrema quimiorresistência e prognóstico ruim, com taxa de sobrevida de aproximadamente seis meses; portanto, novas estratégias terapêuticas são necessárias. As células deste tipo de tumor acumulam alterações na expressão gênica que contribuem para a proliferação descontrolada, evasão de senescência e inibição de morte celular em múltiplas rotas intracelulares. No Capítulo 1, foi explorado o controle epigenético do supressor tumoral RECK. Esse gene é largamente expresso em tecidos normais, com correlação de sua expressão com melhor prognóstico. Em tumores, RECK é inibido, incluindo em melanoma. Neste estudo, sua inibição por hipermetilação do promotor e remodelamento da cromatina por HDACs não foi o único fator inibitório nas linhagens de melanoma analisadas. Mesmo após a utilização a remoção de marcas epigenéticas associadas ao silenciamento gênico, a expressão proteica não pôde ser recuperada nas linhagens utilizadas neste trabalho. No Capítulo 2, isolou-se subpopulações clonais ao acaso a fim de modelar a heterogeneidade tumoral intrínseca. Neste modelo experimental, caracterizamos a presença de dois perfis tumorais subclonais: uma mais proliferativa, invasiva e sensível a vemurafenibe; e outra menos proliferativa, mais resistente e com maior expressão de RECK e fatores ligados a EMT. Nossos resultados, em conjunto, mostraram que as linhagens celulares parentais utilizadas apresentam diferenças entre si quanto à viabilidade celular, indução de apoptose e fosforilação de ERK após o tratamento com vemurafenibe. Segundo o nosso modelo, a resistência intrínseca ao vemurafenibe está presente e reflete a heterogeneidade do tumor inicial. Com estes resultados, pretendemos contribuir para o conhecimento sobre a composição clonal presente na heterogeneidade tumoral, além de contribuir para a função de RECK na biologia do melanoma. / Patients with melanoma often present extreme chemoresistance and poor prognosis, with survival rates of approximately six months; therefore, new therapeutic strategies are necessary. Melanoma cells accumulate genotypic changes that contribute to uncontrolled proliferation, evasion of senescence and cell death inhibition in multiple cellular pathways. In Chapter 1, we have explored the epigenetic control of the tumor suppressor RECK. This gene is widely expressed in normal tissues, with correlation of its expression with better prognosis. In tumors, RECK is inhibited, including melanoma. Here, RECK inhibition by promoter hypermethylation and chromatin remodeling by HDACs was not the only inhibiting factor in the melanoma cell lines analyzed. Even after removing the epigenetic marks associated to gene expression silencing, the protein expression could not be recovered in the cell lines used in this study. In Chapter 2, it has been isolated several tumor clonal subpopulations in order to modulate the intrinsic tumor heterogeneity. In this experimental model, we have characterized the presence of two tumor subclonal profiles: a more proliferative, invasive and sensitive to Vemurafenib; and other less proliferative, less sensitive to Vemurafenib and presenting more expression of RECK and factors associated to EMT. Our results together have showed the parental cell lines used here differed from each other in terms of cell viability, induction of apoptosis, and ERK phosphorylation after treatment with Vemurafenib. According to our model, the intrinsic resistance to Vemurafenib is present and reflects the heterogeneity of the initial tumor. With these results, we intend to contribute to the knowledge of the tumor clonal subpopulations composition in tumor heterogeneity, and contributes to the RECK function in melanoma biology.

O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.