Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:36:50Z No. of bitstreams: 2 Tese Mariana de Azevedo Andrade.pdf: 4476961 bytes, checksum: 815547ccecfa60c6a30e58e3d9e5ae74 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:36:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Mariana de Azevedo Andrade.pdf: 4476961 bytes, checksum: 815547ccecfa60c6a30e58e3d9e5ae74 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-05-29 / CPqAM/Fiocruz; Universidade de Pittsburgh- PA/EUA; FACEPE; CAPES; CNPq; Fogarty International Center Global Infectious Diseases Research Training Program Grant, National Institutes of Health (NIH)/EUA / Staphylococcus aureus meticilina-resistente (MRSA) e meticilina-sensível (MSSA) são importantes patógenos nas infecções adquiridas na comunidade e nos hospitais no Brasil e em todo o mundo, podendo causar diversas doenças pela produção de exotoxinas. No presente estudo, foi realizada uma caracterização molecular em 89 isolados clínicos de S. aureus oriundos de hospitais públicos da cidade do Recife/PE, para melhor compreender os fatores de patogenicidade, a dispersão e a diversidade desses isolados, assim como a sua relação com as infecções nosocomiais. Foi realizada a pesquisa de quatorze genes de enterotoxinas (SE’s), genes das toxinas ETA-B (Síndrome da Pele Escaldada) e TSST-1 (Síndrome do Choque Tóxico) em 31 isolados MRSA e 58 MSSA, assim como análise do Cassete Cromossômico Estafilocócico mec (SCCmec). A tipagem molecular foi realizada utilizando as seguintes técnicas: polimorfismo do gene coa, spa, ribotipagem-PCR, MLST e PFGE. Nas reações de PCR, o gene mais frequentemente observado foi seg, presente em 88/89 (99%) isolados, seguido por sem 81/89 (91%), seo 80/89 (90%), sen 78/89 (88%) e sei 74/89 (83%), todos integrantes do cluster gênico de enterotoxinas (egc). Foram observados 25 genótipos distintos quando comparamos a presença do cluster egc completo em 63 (71%) isolados com todas as exotoxinas analisadas. O gene tst foi encontrado em seis isolados (cinco MSSA e um MRSA) e e o gene eta em apenas um isolado MSSA. Foram observados isolados relacionados a clones epidêmicos internacionais MRSA como o Clone Epidêmico Brasileiro (BEC) (61% dos isolados MRSA), Pediátrico (36%), Nova Iorque/Japão (3%), USA400 (10% dos isolados MSSA), clone Berlim (2%), Pediátrico (14%), Nova Iorque/Japão (2%) e Oceania Sudoeste do Pacífico (17%). A análise do MLST e do gene spa revelou novos tipos de sequências multilocus e novos tipos de gene spa. Entre os 58 isolados MSSA, 30 foram considerados oxacilina-susceptíveis, mecA positivos (OS-MRSA). No estudo, foi possível documentar uma dispersão dos isolados MRSA e MSSA (incluindo os OS-MRSA) nos ambientes hospitalares, revelando um sério problema de Saúde Pública para a região.

Made available in DSpace on 2014-06-12T16:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7071_1.pdf: 1074316 bytes, checksum: ae42371c0825a3d3028fce648dba00e3 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Integrar harmoniosamente a forma e a aparência de objetos sintetizados ainda é um dos maiores desafios da Computação Gráfica. Para alguns objetos específicos, como animais com padrões na pelagem, informações de forma e aparência estão intimamente ligadas por uma relação de dependência, logo, o tratamento separado destes dois aspectos dificulta o processo como um todo e limita os resultados visuais. Uma abordagem para resolver esse problema efetua o processamento de ambas as etapas - criação da forma e aparência - em conjunto, gerando assim texturas denominadas inteligentes, visto que estas devem se adaptar à superfície do objeto de acordo com os critérios geométricos do mesmo. O Modelo Mosaico de Clones - MClone - apresentou uma abordagem para a síntese inteligente de texturas que representam padrões de pelagem em alguns mamíferos tais como os grandes felinos e a girafa. Esta dissertação estende o modelo MClone para a simulação biologicamente plausível de padrões de pelagem contrastantes, em sua maioria que se manifestam nas cores branco e preto, sendo este padrão distribuído de forma aleatória - como se vê facilmente em algumas espécies de cavalos, vacas, gatos, dentre outros - ou estruturada, como o padrão listrado de zebras. As principais contribuições são a adição de um modelo de crista neural e de campos vetoriais definidos na superfície do objeto para controle das simulações. Os resultados visuais obtidos para vários mamíferos com padrões contrastantes como vacas, cavalos, e zebras, confirmam as vantagens de uma abordagem integradora como a do modelo MClone para geração procedural de texturas de uma ampla coleção de objetos do Reino Animal

Malware is the source or a catalyst for many of the attacks on our cyberspace. Malware analysts and other cybersecurity professionals are responsible for responding to and understanding attacks to mount a defense against the attacks in our cyberspace. The sheer amount of malware alone makes this a difficult task, but malware is also increasing in complexity. This research provides empirical evidence that a hybrid approach using token-based and semantic-based code clones can identify similarities between malware. In addition, the use of different normalization techniques and the use of undirected matrices versus directed matrices were studied. Lastly, the impact of the use of inexact code clones was evaluated. Our results showed that our approach to determining the similarity between malware outperforms two methods currently used in malware analyses. In addition, we showed that overly generalized normalization of code sections would hinder the performance of the proposed method. At the same time, there is no significant difference between the use of directed and undirected matrices. This research also confirmed the positive impact of using inexact code clones when determining similarity.

Las plantas son útiles para la producción de proteínas heterólogas y otros productos de aplicación en medicina o industria, así como los virus de vegetales. El virus del grabado del tabaco (TEV), es un virus de RNA de cadena positiva ampliamente empleado en estudios sobre biología molecular de virus de plantas. Con base en un clon infeccioso de este virus, se ha desarrollado un vector viral desarmado que permite la expresión simultánea de múltiples proteínas heterólogas en plantas. Como primera etapa se construyeron 3 nuevos plásmidos con el mismo clon infeccioso del TEV que permitieran infectar plantas con RNA transcrito in vitro (pMTEV), con DNA (p35TEV) o por agroinoculación (pGTEV). El vector de expresión se construyó sobre el plásmido pGTEV, reemplazando el cistrón que codifica la proteína NIb por un casete que contenía los cDNAs de las proteínas heterólogas flanqueados por sitios de corte naturales y artificiales de la proteasa viral NIaPro. Se construyeron dos versiones del vector, uno que expresa tres proteínas fluorescentes, roja, amarilla y azul, y otro que expresa dos factores de transcripción de A. majus (Delila y Rosea1) de la ruta de biosíntesis de las antocianinas. Al inocular plantas de tabaco transgénicas, que suplementan la función NIb, se detectó la expresión colocalizada de las 3 proteínas fluorescentes tanto a nivel de tejido como subcelular, se comprobó el eficiente procesamiento de cada proteína heteróloga y se probó que el vector es incapaz de infectar plantas en las que la función NIb no se suplementa. En la expresión de Delila y Rosea1, la inoculación de plantas provocó una alta acumulación de antocianinas en los tejidos infectados por el virus adquiriendo una coloración rojiza. A continuación, se analizó el efecto de insertar un segundo supresor viral del silenciamiento, y los resultados sobre un vector que expresa la proteína fluorescente roja mostraron que la coexpresión de la proteína P19 del virus del enanismo arbustivo del tomate (TBSV) aumenta la expresión en aproximadamente un 50%, y la proteína 2b del virus del mosaico del pepino (CMV) la aumenta un 20%. En contraste, la proteína 16K del virus del cascabeleo del tabaco (TRV) no tiene ningún efecto, mientras que la proteína HC-Pro de otro potyvirus, el virus de la sharka de los frutales de hueso, tiene un efecto negativo. / Bedoya Rojas, LC. (2011). DESARROLLO DE UN VECTOR PARA LA EXPRESIÓN SIMULTÁNEA DE MÚLTIPLES PROTEÍNAS EN PLANTAS BASADO EN EL POTYVIRUS DEL GRABADO DEL TABACO [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/13833

The initial physiological processes leading to enhanced growth of loblolly pine subsequent to fertilization are not clearly understood. Much of the debate revolves around the temporal response of photosynthesis (Pn) to fertilization or even if Pn increases at all due to enhanced nutrition. This study tracked loblolly pine light-saturated photosynthesis (Asat), dark respiration (Rd), volume, height, basal diameter, and leaf area responses in eight clones to fertilization (112 kg/ha N) over the course of a growing season in the field. Measurements were conducted intensively before and after fertilization in order to track the initial physiological changes prior to any changes in growth in the fertilized seedlings. The results showed that fertilization does increase Pn rates although there was no significant effect on Rd rates during the study. The fertilized seedlings mean Asat rates were significantly higher on three sampling dates and remained higher throughout most of the sampling period. At the end of the growing season, the fertilized seedlings had a 30.5% higher projected crown area than the controls and 48% greater mean volumes. Physiological and growth responses were significantly different among clones with some showing large and others showing little or no response to fertilization. These results support the hypothesis from Gough et al. (2004b) that post-fertilization increases in Pn create extra photoassimilate used in building larger leaf areas. These larger leaf areas contribute to higher canopy photosynthesis levels, which leads to an increase in dry matter production. / Master of Science

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Através de bioensaios estáticos fo-ram comparadas as taxas máximas de crescimento, razão de fotossintese em termos de clorofila-a e de célula, bem como o rendimento final de tres clones de Phaeodacty-tum tricornutum visando verificar uma possível existência de diferenças intraespe-cificas entre eles. Dois desses clones foram isolados a partir de amostras de Uba-tuba (U3, isolado em 1972 e U5 isolado em 1979) e um de Cananéia (Cl, isolado em 1980). Todos os resultados foram submeti-dos a uma análise de variância trifatorial e a uma anállse de agrupamento com a finlidade de discriminar as condições experimentais nas quais os tres clones diferi-ram significativamente em suas respostas fisiológicas. Durante a fase exponencial de crescimento os tres clones se apresen-taram com morfótipos fusiformes raramente se encontrando morfótipos ovóides e trir-radiados. O padrão das curvas de cresci -mento dos tres clones em diferentes temperaturas (16, 20, 240 C) e meios de cultu-ra (ASP 2, Erd-Schreiber, Guillard fl) não diferiu. Os resultados obtidos indicaram a existência de diferenças significativas nas taxas de crescimento e produti-vidade primária. Morfótipo ovóides for-mando grumos foram observados nos tres clones após a fase exponencial e de modo conspícuo no clone U5. Nas mesmas condi-ções, o clone Cl apresentou uma grande quantidade de grumos, com a forma de uma estrela, constituidos por morfótipos fusiformes unidos convergentemente por uma das extremidades de cada célula. Por outro lado, morfótipos trirradiados e cru-ciformes bem como formação de cadeias, só foram observados no clone U3. / A comparison of the maximum growth rates, primary productivity on chlorophyll -a and cell basis, and maximum yield achieved in batch culture of three clones of Phaeodactylum tricornutum has been carried out in order to cheek intraespecifie differences among them. Two of the clones were isolated from samples of Uba-tuba (U3, isolated in 1972 and U5, in 1979 ), while the third one was isolated from samples of Cananéia (C1, isolated in 1980). Three-way analysis of variance was accom-plished and cluster analysis was carried out to distinguish the experimental conditions in which the clones would show distinct physiological responses. During the log phase of growth the three clones usually presented fusiform type of cells. Never theless, rare oval and triradiate cells have been observed. The pattern of the growth curves submitted todifferent temperatures (16,20,24º C) and media (Guillard f1. Erd-Schreiber, ASP2) was the same for the three clones. The results indieated significant differenees in growth rates and primary productivity. Oval morphotypes in clusters have been observed in all clones after the log phase under exausted media. The clone U5 has exhibited this be haviour in a prominent way. Many star-shape clusters, constituted of fusiform morphotypes linked by one of the extremities of each cell were observed in clone Cl. Un the other hand, triradiate and cruciform cells, and the formation of chains, were observed only in clone U3.

Através de bioensaios estáticos fo-ram comparadas as taxas máximas de crescimento, razão de fotossintese em termos de clorofila-a e de célula, bem como o rendimento final de tres clones de Phaeodacty-tum tricornutum visando verificar uma possível existência de diferenças intraespe-cificas entre eles. Dois desses clones foram isolados a partir de amostras de Uba-tuba (U3, isolado em 1972 e U5 isolado em 1979) e um de Cananéia (Cl, isolado em 1980). Todos os resultados foram submeti-dos a uma análise de variância trifatorial e a uma anállse de agrupamento com a finlidade de discriminar as condições experimentais nas quais os tres clones diferi-ram significativamente em suas respostas fisiológicas. Durante a fase exponencial de crescimento os tres clones se apresen-taram com morfótipos fusiformes raramente se encontrando morfótipos ovóides e trir-radiados. O padrão das curvas de cresci -mento dos tres clones em diferentes temperaturas (16, 20, 240 C) e meios de cultu-ra (ASP 2, Erd-Schreiber, Guillard fl) não diferiu. Os resultados obtidos indicaram a existência de diferenças significativas nas taxas de crescimento e produti-vidade primária. Morfótipo ovóides for-mando grumos foram observados nos tres clones após a fase exponencial e de modo conspícuo no clone U5. Nas mesmas condi-ções, o clone Cl apresentou uma grande quantidade de grumos, com a forma de uma estrela, constituidos por morfótipos fusiformes unidos convergentemente por uma das extremidades de cada célula. Por outro lado, morfótipos trirradiados e cru-ciformes bem como formação de cadeias, só foram observados no clone U3. / A comparison of the maximum growth rates, primary productivity on chlorophyll -a and cell basis, and maximum yield achieved in batch culture of three clones of Phaeodactylum tricornutum has been carried out in order to cheek intraespecifie differences among them. Two of the clones were isolated from samples of Uba-tuba (U3, isolated in 1972 and U5, in 1979 ), while the third one was isolated from samples of Cananéia (C1, isolated in 1980). Three-way analysis of variance was accom-plished and cluster analysis was carried out to distinguish the experimental conditions in which the clones would show distinct physiological responses. During the log phase of growth the three clones usually presented fusiform type of cells. Never theless, rare oval and triradiate cells have been observed. The pattern of the growth curves submitted todifferent temperatures (16,20,24º C) and media (Guillard f1. Erd-Schreiber, ASP2) was the same for the three clones. The results indieated significant differenees in growth rates and primary productivity. Oval morphotypes in clusters have been observed in all clones after the log phase under exausted media. The clone U5 has exhibited this be haviour in a prominent way. Many star-shape clusters, constituted of fusiform morphotypes linked by one of the extremities of each cell were observed in clone Cl. Un the other hand, triradiate and cruciform cells, and the formation of chains, were observed only in clone U3.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-02-07T19:30:13Z No. of bitstreams: 1 Isa Rita Brito de Moais Caracterização biológicae molecular das populações....pdf: 11985128 bytes, checksum: 42aef4c724b268ca4c6b0b0bec43eba9 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-07T19:30:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Isa Rita Brito de Moais Caracterização biológicae molecular das populações....pdf: 11985128 bytes, checksum: 42aef4c724b268ca4c6b0b0bec43eba9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / As cepas e clones do Trypanosoma cruzi apresentam diferentes aspectos de resistência e susceptibilidade aos quimioterápicos. Vários estudos vem sendo desenvolvidos para avaliar a resposta de diversas drogas em diferentes cepas protótipos dos Biodemas tipos I, II e III, de acordo com a caracterização biológica. Resultados vêm demonstrando que cepas protótipos do Biodema Tipo I (cepas Y e Perunana) apresentam uma alta susceptibilidade ao tratamento com Benzonidazol e Nifurtimox; cepas do Biodema Tipo II (protótipo: cepa 21SF) demonstram média susceptibilidade; as cepas do Biodema Tipo III (cepa Colombiana) são altamente resistentes. Considerando que as cepas do T.cruzi são populações multiclonais complexas, que diferem nas suas características genéticas e biológicas, clones de duas cepas do T.cruzi foram avaliadas com o objetivo de investigar se o uso da quimioterapia anti–T.cruzi poderia estar levando à seleção de clones resistentes que poderão ou não diferir nos seus caracteres biológicos e moleculares. No presente trabalho investigamos os caracteres biológicas e moleculares de clones da cepa Colombiana (Biodema Tipo III) e 21SF (Biodema Tipo II) do T. cruzi, isolados de animais tratados e não curados em comparação com clones isolados de animais não tratados, com o intuito de investigar se estes clones resistentes à quimioterapia apresentavam diferenças em suas características que pudessem estar justificando tal resistência. Para isto, 18 clones foram isolados de camundongos infectados da cepa Colombiana e 8 clones foram isolados de camundongos infectados com a cepa 21SF. Os resultados mostraram que as características biológicas dos clones isolados da cepa Colombiana foram mantidas; clones da cepa 21SF mostraram diferentes níveis de parasitemia quando comparados com a cepa parental. As características moleculares foram avaliadas a partir dos fragmentos do k-DNA de cada clone isolado, que foram submetidos à técnica de RFLP, utilizando as enzimas de restrição RSA I, HINF I e ECO RI. A análise dos fragmentos de restrição das cepas parentais e dos respectivos clones demonstrou grande similaridade entres os mesmos. A possibilidade de investigar a estrutura molecular utilizando outras técnicas moleculares, poderá contribuir para demonstrar diferenças na resistência dos clones isolados de animais tratados e não não curados, como visto na discussão. / Different strains and clones of Trypanosoma cruzi present differents degrees of susceptibility to treatment with chemotherapic drugs. Several studies have been developed to evaluate the response to different drugs concerning the strains prototypes of the Biodemes Types I, II and III according to the biological characterization. Results have shown that the strains prototypes of the Biodeme Type I (Y and Peruvian strains) disclosed a high susceptibility to treatment with Benznidazole and Nifurtimox; strains of the Biodeme Type II (prototype: the 21SF strain) showed a medium susceptibility; the strains of the Biodeme Type III (Colombian strain) were highly resistant. However a variability was detected according to the phase of infection in which the clones were isolated, and varied from 0% to 23,5% for the clones isolated in an early phase and 0% to 16.0% for those isolated in a late phase of infection. This indicates that the clonal populations could differently respond in different phases of treatment. In the present study we investigated the biological and molecular characters of clones of the 21SF strain (Biodeme Type II ) and of the Colombian strain (Biodeme Type III) isolated from mice treated with Benznidazole, but not cured , in comparison with clones isolated from untreated mice, with the objective of to investigate possible differences in the biological and molecular characteristics of these resistant clones. For that 18 clones were isolated from mice infected with the Colombian strain and 08 clones isolated from those infected with the 21SF strain. Results have shown that the biological characteristics were maintained in the Colombian strain; clones of the 21SF strain showed different levels of parasitemia as compared with the parental strain. This behavior is peculiar to clones isolated from the 21SF as shown in previous studies with clones isolated from untreated mice. The molecular characteristics were evaluated through the restriction fragment length polymorphism (RFLP) of the k DNA for each isolate clone, using restriction enzymes RSA I, HINF I and ECO RI. Analysis of restriction fragments from the clones an from the parental strains demonstrated a high similarity between them. The possibility of to investigate the molecular structure through other molecular techniques could contribute to disclose differences in the resistant clones isolated from treated uncured mice as seen in the discussion.