>Magister Scientiae - MSc / Recent advances in the field of plant genetics and application of molecular technologies has lead to greater understanding of various crop genomes and their organization.The applications of these techniques include molecular markers which have been used to examine DNA variation within crop species. This allows for the creation of further genetic variation for new and favourable traits.Molecular markers or DNA markers are short fragments of DNA that can be used to locate desirable genetic traits in the genome or show specific genetic differences. The Maloideae subfamily includes fruit species such as pear. Pears (Pyrus communis L.) are large edible fruit that are grown in cool climates, native to coastal regions in Africa, Asia and Europe. The external appearance of this fruit plays a vital role on its rate of sale potential. Thus it is important for the appearances of the pear to meet the expectations of the consumer.External factors affecting the appearance of fruit, such as shape and colour, can have a large influence on the consumer’s first impression and opinion of what the fruit may taste like(Jaeger and MacFie, et al., 2001). The South African pear industry is the fourth largest in the fruit industry after apple, citrus and grape, exporting 3.8% to Europe (Ferrandi, et al., 2005).Increase in production and export of the pear is dependant on the variety of cultivars with desired traits. New cultivars, especially ranges of new cultivars, with harvest dates from early to late in the season, can fill gaps in the marketing strategy of exporters and in the local markets (Human, et al., 2005) Therefore, development of molecular markers allows for their possible use in maker-assisted selection and for the construction of a genetic linkage map thus leading to the location of favourable traits and ultimately the improvement of the quality of the pear.In this study high throughput genomic DNA extractions were performed. The Cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) method was employed as the results proved to be most promising. Furthermore the screenings of molecular markers were conducted in order to obtain DNA variation. Molecular markers were used to locate specific genetic differences.Multiplexing PCR was conducted using fluorescent primers for further screening and results proved to be useful as many variations could be observed.

>Magister Scientiae - MSc / The Rosaceae family contains major temperate crops such as the domesticated apple(Malus x domestica Borkh.), peach (Prunus persica L. Batsch) and European pear (Pyrus communis L.). However, despite its evident economic importance, it is generally poorly studied in genomic terms, relative to the other major crop groups. Microsatellite and Diversity Array Technology (DArT) genetic markers have been exploited in this work and are essential tools in genetic map construction and marker-assisted selection (MAS) of high quality apples and other rosaceous crops. Microsatellites are advantageous in that they are co-dominant, highly polymorphic, abundant, transferable and reliably reproducible; hence their use in this study. In order for budbreak to take place in a timely and homogenous fashion, apple trees need a period of exposure to low temperatures.Within orchards the application of chemicals that induce budbreak in unsuitable environments is required to produce apples from cultivars that require high chilling levels. However, this and other practices using chemicals in orchards tend to pollute the environment. One of the solutions to this problem is to breed low chill apples such as ‘Anna’ cultivar, which was used as one of the parents in this study.This work was aimed at understanding the underlying genetic factors that determine chilling requirements for the time of initial vegetative budbreak trait in the apple cross ‘Anna’ x ‘Austin’. This was achieved through linkage map construction using SSR and DArT molecular markers followed by QTL analysis. This thesis has therefore exploited the large number of Expressed Sequence Tags (ESTs) and genome sequence data for the apple, using Tandem Repeats Finder, to design a total of 98 new SSR primers pairs. The other 369 SSR markers used in this work were from published work. JoinMap! 4.1 software was used to create an integrated genetic map with 17 linkage groups, for the domesticated apple cultivar, ‘Austin’ x ‘Anna’ mapping population with 80 individuals.The result of this process was a genetic map 1 212cM in length, and a total of 429 markers (314 DArT and 115 SSR), at an average density of a marker every 4 cM. This map was used identify the Quantitative Trait Loci (QTLs) determining chilling requirements for time of vegetative budbreak (IVB). In this process, putative IVB QTLs were identified in the ‘Anna’ x ‘Austin’ mapping population using the rMQM analysis function of MapQTL! 6.0, for both adult and seedling data collected over 3 growing seasons from 1996 to 1998. These QTLs were detected on linkage groups 2, 9 and 14,and explained 0.3 to 12.8 % of the observed phenotypic variation for the adult population,and 5.3 - 21 % for the seedling population. Seedling (LG 14) and adult (LGs 5, 7, 10) specific QTLs were also detected for the ‘Anna’ x ‘Austin’ cross. These QTLs will provide the basis for marker validation on related mapping populations in the apple breeding programme, and for the future identification of candidate genes controlling the process of budbreak.

Ultraljud av halsartärer är en duplexultraljud undersökning som har en förmåga attavbilda samt mäta flödeshastigheten i halskärlen. Med undersökningen kaneventuella förändringar i form av plack, stenoser samt ocklusioner utredas ihalsens artärer. Arteria carotis interna (ICA) anses vara ett väsentligt kärl belägenanatomiskt posteriort om halsen med huvuduppgift att försörja hjärnan med blod.Stenoser i ICA kan leda till ett flertal allvarliga symptom såsom transistoriskischemisk attack, övergående blindhet samt stroke. Den dominerande orsaken tilldessa allvarliga symptom samt förändringar i kärlen är arterioskleros. För korrektbehandling för den drabbade patienten betraktas bedömningen av stenosgradenvara väldigt viktigt. Syftet med denna studie är att undersöka sambandet mellanstenosgraden bedömd utifrån systolisk flödeshastighet i ICA och stenosgradberäknad med hastighetskvot mellan maximal systolisk flödeshastighet i ICA ochmaximal systolisk flödeshastighet i arteria carotis communis (CCA) samtslutdiastolisk flödeshastighet i ICA. Till studien inkluderades totalt 200 kärl(höger och vänster), av de användes 130 kärl. Parametrar som behövdes tillstudien var slutdiastoliska flödeshastighet i ICA samt maximal systoliskaflödeshastighet i ICA och CCA. Patienterna hade olika stenosgrader <40%->95%,i höger och vänster ICA. Hastighetskvoten ICA/CCA beräknades och användesför undersökning av sambandet med hjälp av statistiska analysmetoder. Resultatenav studien uppvisade att det föreligger ett signifikant samband mellanstenosgraden bedömd med maximal systolisk flödeshastighet i ICA ochstenosgraden bedömd med hastighetskvoten och slutdiastolisk flödeshastighet.Däremot så har hastighetskvoten ICA/CCA starkare överensstämmelse medstenosgraden bedömd med maximal systolisk flödeshastighet, jämfört med det förslutdiastolisk flödeshastighet. Slutsatsen är att hastighetskvoten kan användas fören säker bedömning av stenosgraden och bör med stor säkerhet återspeglastenosgraden i ICA. / Ultrasound of carotid arteries is a duplex ultrasonography that has the ability toimage as well as measure the flow rate in the vessels. With this analysis it ispossible to detect any changes in the shape of plaque, stenosis and occlusions incarotid arteries. Internal carotid artery (ICA) is considered to be an essentialvessel, supplies the anterior part of the brain with blood. Internal carotid stenosisleads to several severe symptoms such as transient ischemic attack, transientblindness and stroke. The main reason of these symptoms and changes in thevessels is atherosclerosis. Degree of stenosis is considered very important to givepatients the proper treatment. The aim of this study is to investigate therelationship between the degree of stenosis evaluated with maximum systolic flowrate in ICA and degree of stenosis evaluated with calculated flow rate ratio ICAand common carotid artery (CCA) and end diastolic flow rate in ICA. The studyincluded a total of 200 vessels (right and left), of which 130 vessels were used.Parameters needed for the study were vessels with stenosis degree of internalcarotid artery, end diastolic flow rate in ICA and maximum systolic flow rate inICA and CCA. The patients had different degrees of stenosis between <40% ->95% in the right and left ICA. The rate ratio ICA/CCA was calculated and used toinvestigate the relationship using statistical analysis methods. The results of thestudy showed that there is a strong and significant correlation between the degreeof stenosis assessed with maximum systolic flow rate in ICA and the degree ofstenosis assessed with the rate ratio and end diastolic flow rate. In contrast, therate ratio ICA/CCA has stronger compliance with the degree of stenosis assessedat maximum systolic flow rate, compared with that for end diastolic flow rate.This leads to the conclusion that the rate ratio can be used for a safe assessment ofthe degree of stenosis in ICA and should with great certainty reflect the degree ofstenosis in ICA.

Ultraljudsundersökningar av arteria carotis communis (CCA) utförs med ultraljud vid bedömning av kärlförändringar och flödeshastigheter (FH) samt utredning av sjukdomar i CCA. Lumendiameter (LD) i CCA är en markör för riskfaktorer som leder till stroke, hjärtinfarkt och ateroskleros. Syftet med den aktuella studien är att studera om det sker någon vasoaktiv förändring i CCA vid konsumtion av koffein hos unga vuxna. Det var 33 försökspersoner som delades upp i grupper beroende på deras koffeinkonsumtionsvanor och undersöktes med ultraljud. Försökspersonerna hade innan undersökning inte konsumerat koffein på 12 timmar. Undersökningen utfördes innan konsumtion av koffeindryck och 45 minuter efter koffeinkonsumtion. En signifikant skillnad efter konsumtion av koffein påvisades i lågkonsument gruppen (grupp 1) (p.0,06) och högkonsument gruppen (grupp 3) (p=0,05). En positiv korrelation mellan LD innan och efter konsumtion (r=0,955; p &lt;0,01) samt FH innan och efter konsumtion (r=0,393; p &lt;0,01) av koffein kunde påvisas. Nyckelord: Carotisduplex, Kaffe, Vasoaktiv, CCA.

No presente trabalho foram avaliadas as atividades antimicrobianas do extrato hidroalcoólico do barbatimão (Stryphnodendron adstringens), do detergente de mamona (Endoquil Poliquil®) e da solução de digluconato de clorexidina a 2% sobre microrganismos bucais potencialmente envolvidos em infecções endodônticas O barbatimão, como é popularmente conhecido, é muito utilizado na medicina popular para o tratamento de algumas enfermidades como a gonorréia, diarréia, úlceras, como antiinflamatório e cicatrizante. O detergente de mamona (Ricinus communis) possui atividade antimicrobiana similar ao do hipoclorito de sódio a 0,5% quando usado no tratamento de canais com polpa necrosada. A clorexidina é muito conhecida por sua atividade antimicrobiana e tem sido utilizada como medicação intracanal, apresentando efeito antimicrobiano residual, ou substantividade, além de baixa toxicidade. Este trabalho tem por objetivo comparar as atividades antimicrobianas destas substâncias pela técnica da difusão (técnica do cilindro) e pela determinação da concentração inibitória mínima (CIM) frente aos seguintes microrganismos: Prevotella nigrescens ATCC 33563, Actinomyces naeslundii (cepa de campo), Actinomyces naeslundii ATCC 19039, Porphyromonas gingivalis (cepa de campo), Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, Enterococcus faecalis ATCC 4082, Enterococcus faecalis (cepa de campo), Haemophilus actinomycetemcomitansATCC 43717. Os resultados foram submetidos à análise estatística (ANOVA) e mostraram a atividade antimicrobiana do extrato bruto do barbatimão mais efetivo que o Endoquil® no teste de difusão,mas menor efetividade que a solução de clorexidina 2% em relação a todos os microrganismos utilizados. Conclui-se que o extrato bruto do Stryphnodendron adstringens (barbatimão) apresenta atividade antimicrobiana sobre microrganismos presentes nas infecções endodônticas, segundo os parâmetros empregados nesta pesquisa. / Antimicrobial activities of the hydroalcoholic extract of Barbatimão (Stryphnodendron adstringens), the detergent of castor bean (Endoquil, Poliquil®), and the Chlorhexidine 2% on oral microorganisms potentially involved in endodontic infections were evaluated. The Barbatimão, as it is popularly know, is often used in popular Medicine to treat some diseases like gonorrhea, diarrhea, ulcer, as an anti-inflammatory and cicatrizant. As observed in the literature, the detergent derived from the castor bean oil (Ricinus comunis) has similar antimicrobial activity to the sodium hypochlorite 0.5% when used on the treatment of canals with pulp showing necrosis. The Chlorhexidine is well known for its antimicrobial activity and it has been used as auxiliary solution in Endodontics, showing residual antimicrobial effect, or substantivity, as well as low toxicity. The aim of this study is to compare the antimicrobial activities of those substances by the diffusion technique (cylinder technique) and by determining the minimal inhibitory concentration (MIC) in the following microorganisms: Prevotella nigrescens ATCC 33563, Actinomyces naeslundii (cepa de campo), Actinomyces naeslundii ATCC 19039, Porphyromonas gingivalis (cepa de campo), Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, Enterococcus faecalis ATCC 4082, Enterococcus faecalis (cepa de campo), Haemophilus actinomycetemcomitans ATCC 43717. The results were subjected to statistical analysis (ANOVA) and showed that the antimicrobial activity of the raw extract of barbatimão was more effective than the Endoquil®, but still less effective than the Chlorhexidine 2% when compared to all studied microorganisms in agar diffusion method. It can be concluded that the raw extract of Stryphnodendron adstringens (barbatimão) has antimicrobial activities on microorganisms, according to the parameters used in this study.

Resumo: O objetivo do trabalho foi determinar doses de nitrogênio e fósforo combinadas com cultivar e híbrido de mamona semeados no sistema plantio direto, e realizar análise econômica através de custos de produção e rentabilidade. O mesmo foi desenvolvido na Fazenda Experimental da UNESP - Campus de Ilha Solteira, localizada no município de Selvíria (MS), apresentando como coordenadas geográficas 51o 22' W e 20o 22' S, e altitude aproximadamente de 335 m, em LATOSSOLO VERMELHO Distroférrico, e o delineamento experimental foi de blocos casualisados. Os tratamentos foram constituídos pela combinação de um híbrido e um cultivar (Lyra e IAC-2028) respectivamente, 2 doses de fósforo (0 e 309 kg ha-1 de super fosfato simples) e 5 doses de nitrogênio (0, 15, 30, 60 e 120 kg ha-1 sulfato de amônio). A semeadura ocorreu em 07/06/2009, e a cultura foi irrigada pelo sistema de pivô central, utilizando o espaçamento de 0,9 m entre linhas e 0,9 m entre plantas. Conclui-se que a adubação nitrogenada e fosfatada aplicada na sua maior dose (120 kg ha-1) e (309 kg ha-1), respectivamente, obtiveram maiores produtividades, o híbrido ou cultivar não influenciaram a produtividade e o lucro operacional no tratamento mais oneroso foi negativo R$ -430,11/ha, apresentando a cultura uma dificuldade de subsistir nesse sistema de cultivo / Abstract: The objective was to determine nitrogen and phosphorus combined with hybrid and the castor bean cultivar planted in conservation tillage, and carry through economic analysis of production costs and profitability. It was developed at the Experimental Farm UNESP - Single Island, located in Selvíria (MS), presenting as geographic coordinates 51 o 22 'W and 20 o 22' S, altitude approximately 335 m in Haplorthox. The experimental design was randomized blocks. The treatments were a combination of a hybrid and a cultivar (Lyra and IAC-2028) respectively, 2 P rates (0 and 309 kg ha-1 of single super phosphate) and five nitrogen rates (0, 15, 30, 60 and 120 kg ha-1). Sowing occurred on 07/06/2009 and crop was irrigated by center pivot system using the espaçamneto 0.9 m between rows and 0.9 m between plants. It is concluded that nitrogen and phosphorus applied in its highest dose (120 kg ha-1) and (309 kg ha-1), respectively, achieved higher yields, hybrid or cultivar did not influence the productivity and financial returns averaged approximately R $ 503.56 / ha, the economic viability of crop in this cropping system / Orientador: Silvia Maria Almeida Lima Costa / Coorientador: Edson Lazarini / Banca: Maria Aparecida Anselmo Tarsitano / Banca: Gustavo Pavan Mateus / Mestre

Cette étude comporte deux parties, la première concerne l'analyse des arômes et des flavonoïdes sur deux fruits insulaires et la deuxième est consacrée à l'étude du risque encouru par le personnel intervenant lors d'un feu de forêt. Ces deux thèmes correspondent à une attente au niveau des différents protagonistes et s'inscrivent dans le cadre de différents projets auquel le laboratoire est associé. La première partie concerne l'analyse des composés volatils et des flavonoïdes d'un hybride du genre Citrus ainsi que des baies du myrte commun. En Corse, la production annuelle des clémentines est importante, elle constitue le premier produit d'exportation ; les baies du myrte sont utilisées dans l'élaboration des liqueurs et des vins. Ces deux fruits constituent une dynamique économique importante dans l'île. Les arômes sont des substances responsables des propriétés organoleptiques d'une denrée alimentaire. Nous avons identifiés 44 composés volatils dans les jus de clémentine, de mandarine et des hybrides. Les molécules les plus abondantes sont les monoterpènes hydrocarbonés dont principalement le limonène et le -terpinène. Les flavonoïdes sont des substances à fort potentiel antioxydant, nous avons déterminé deux flavones polyméthoxylées et trois flavanones glycosides. Les baies du myrte sont caractérisées par 36 composés volatils avec majoritairement de l'-pinène, de l'eucalyptol, du cis hex-3-èn-1-ol et par 14 composés phénoliques parmi lesquels, la myricétine et ses dérivés glycosides sont les plus abondants. La deuxième partie présente une autre préoccupation de l'île durant la saison estivale, il s'agit des feux de forêt. Chaque année, des milliers d'hectares de forêt brûlent en Europe et plus précisément dans le bassin méditerranéen. L'observation des phénomènes d'embrasement généralisé a été reportée mais le mécanisme reste mal défini. Le but de ce travail est de connaître les molécules terpéniques émises par cinq végétaux représentatifs du couvert végétal Corse à savoir le pin laricio et le pin maritime, le ciste de Montpellier, la bruyère arborescente et l'arbousier. Il s'agit dans un premier de temps de valider la possibilité d'une inflammation subite d'une poche de gaz de composés organiques volatils biogéniques (COVb). Les analyses réalisées montrent que l'-pinène est le composé majoritaire dans les pins, ce sont les diterpènes qui sont les plus émis par le ciste de Montpellier. Ensuite, nous nous sommes intéressés aux émissions de polluants dues aux feux de végétation et à leur pouvoir toxique sur le personnel intervenant. Pour cela, nous analysons les molécules présentes dans les fumées et nous dosons les BTEX (benzène, toluène, éthylbenzène et xylènes) puis nous les comparons aux valeurs limites d'exposition (VLE). Nous avons démontré que la concentration en benzène est supérieure à la VLE, les pompiers seraient donc exposés à un environnement toxique.

L'agriculture a besoin de fongicides ayant la propriété d'être transportés par le phloème pour contrôler des pathogènes vasculaires et racinaires. Jusqu'à présent, les tentatives de modulation structurale de fongicides pour les rendre phloème mobiles ont généralement eu comme conséquence une perte d'activité biologique.<br />La première approche de notre travail reprend la stratégie utilisée avec succès pour le développement d'herbicides auxiniques. Nous avons choisi comme molécule modèle le fenpiclonil en raison de la possibilité d'ajouter un groupe acide carboxylique en divers sites de la molécule. L'un de ces dérivés, le N-(1-carboxyéthyl)-3-cyano-4-(2,3-dichlorophényl)pyrrole possède une mobilité phloémienne modérée et montre une activité fongicide contre une souche d'Eutypa lata comparable à celle du fenpiclonil.<br />La deuxième stratégie a consisté à synthétiser des propesticides mobiles dans le phloème en greffant un acide aminé à divers xénobiontes ou à des composés naturels impliqués dans la défense des plantes. Ces conjugués avec une fonction a-aminoacide sont manipulés par des perméases de la membrane plasmique et sont nettement phloème mobiles. Toutefois, les enzymes qui peuvent libérer le composé initial peuvent être plus spécifiques que le système de transport.<br />Enfin, la capacité du phloème de ricin à charger l'acide salicylique (AS) a été étudiée pour deux raisons : 1- l'AS est une molécule signal importante impliquée dans la résistance systémique acquise 2- dans les cellules animales, l'AS est manipulé par un système de transport qui manipule aussi des médicaments de taille importante. L'AS s'accumule fortement dans le phloème et est ambimobile. Quelques résultats conduisent à l'hypothèse de l'intervention d'un système de transporteurs dépendant du pH et contribuant au chargement phloémien de l'AS, outre le phénomène de piégeage d'acide.

Ce travail de thèse, développé en partenariat avec la Société Mavela et l'INRA de Corse, est axé autour de l'étude de deux plantes traditionnellement utilisées en Corse pour la préparation de spiritueux (liqueur et eau de vie) : le myrte commun (Myrtus communis L.) et le cédrat (Citrus medica L). Le mémoire de thèse se décline en deux parties principales : * Une partie fondamentale visant à établir une méthodologie d'analyse des spiritueux par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse, d'une part, et à définir et à réunir en un même corpus les règles de fragmentation des flavonoïdes, d'autre part. * Une partie appliquée dont l'objectif est de contribuer à la définition d'une qualité en termes de compositions volatile et phénolique. Ainsi, nous avons étudié la variabilité intraspécifique des baies de myrte récoltées en Corse et nous avons caractérisé différentes variétés de cédrats. La composition volatile des baies de myrte est dominée par le couple α-pinène/1,8-cinéole alors que la composition phénolique est riche en myricétine, myricétine-3-O-arabinoside, myricétine-3-O-galactoside et en épigallocatéchine. Cette " empreinte " chimique des baies est retrouvée dans les liqueurs et les eaux de vie correspondantes. En outre, les huiles essentielles ont une composition homogène pour l'ensemble des lieux d'échantillonnage. L'étude des caractéristiques morphologiques, génétiques, et chimiques de 24 variétés de cédrat a permis de différencier les variétés " ancestrales " et les variétés " hybrides ". Sur la base de l'analyse de la diversité morphologique et génétique, 13 variétés dont le cédrat de Corse (Citrus medica var. corsican) sont considérées comme des cédrats ancestraux alors que les 11 autres cultivars sont assimilés à des hybrides entre les cédratiers et d'autres espèces du genre Citrus. Au niveau de la composition chimique des huiles essentielles, les cédratiers ancestraux se distinguent des autres variétés par des chimiotypes à limonène/néral/géranial ou limonène/nérol/géraniol pour les feuilles et à limonène/ץ-terpinène ou limonène/néral/géranial pour les zestes. Au niveau des composés phénoliques, la distinction entre les cédrats ancestraux et hybrides n'a pas pu être mise en évidence. L'étude de la composition chimique des liqueurs élaborées à partir du cédrat de Corse a permis d'étudier l'influence de la maturité des fruits sur la qualité des spiritueux. Il apparait que la date de récolte n'a pas d'impact sur la composition en volatils. A contrario, les concentrations en acides phénoliques et en leurs dérivés diminuent fortement au cours du développement du fruit. En outre, nous avons défini la qualité de la liqueur en fonction des conditions expérimentales de sa préparation. Enfin, ce travail de doctorat est la première étape de la mise en place d'un programme de protection de l'origine géographique et botanique de ces productions identitaires.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv., 2007. / Härtill 4 uppsatser.