Les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) représentent un groupe de pathologies fréquentes. L'apport de l'analyse anatomopathologique des prélèvements dans le cadre de ces pathologies représente un rôle non négligeable dans la prise en charge des patients atteints par ces maladies. Nous avons montré que la présence de lésions de pléxite sur la limite proximale de pièces de résection iléocaecale relative à une atteinte par la maladie de Crohn était prédictive d'une rechute de la maladie nécessitant une seconde chirurgie, pouvant ainsi guider le clinicien pour une prise en charge thérapeutique plus adaptée. D'un point de vue physiopathologique, les MICI sont des maladies dont la pathogénie reste encore en partie à élucider. Dans ce travail nous avons montré l'importance de certains acteurs comme PPAR gamma et NRLP6 dans le maintien d'un fonctionnement normal de l'intestin. Il en est de même pour une carence en donneurs de méthyles : nous avons démontré qu'une telle carence aggravait les lésions de colite induites par DSS (Dextran Sulfate Sodium) chez le rat. Afin de mieux comprendre comment une carence en donneurs de méthyles pouvait intervenir dans la pathogénie de la maladie de Crohn, nous avons étudié l'impact de cette carence sur le fonctionnement et le développement de l'intestin grêle chez des ratons issus de mères carencées en folate et en vitamine B12 durant la gestation et l'allaitement, démontrant ainsi qu'un déficit en donneurs de méthyles entraîne des conséquences sur le fonctionnement de l'intestin grêle, pouvant ainsi créer un état de prédisposition au développement de la maladie de Crohn / Inflammatory bowel diseases (IBD) are very frequent. Pathological examination in IBD management is important for the diagnosis and for the follow-up of the disease. In this study we show that submucosal plexitis in the proximal resection margins and early surgical revision after the first ileocecal resection are associated with CD recidive requiring surgical treatment. It could be very important in order to stratify patients according to their risk, identifying those who can benefit from aggressive medication regimen, possibly modifying the natural course of CD. IBD pathogenesis is not completely clarified. We show the importance of molecules as PPAR gamma and NRLP6 in intestinal homeostasis : a reduced expression of PPAR gamma and NRLP6 could predispose of IBD. The same observation is made for methyl donor deficiency (MDD): methyl deficient diet aggravates experimental colitis induced by Dextran Sodium Sulfate in rat. To understand how MDD could play a part in Crohn?s disease pathogenesis, we investigated whether MDD may affect development and functions of small intestine in rat pups from dams subjected to the MDD during gestation and lactation. MDD has dual effects on small intestine by producing dramatic effects on enterocyte differentiation and barrier function in rats. Our observations could explain how vitamin B12 and folate deficiency can play a role in Crohn?s disease development

La maladie de Crohn est présente principalement dans les pays industrialisés. En France, elle touche 1 personne sur 1000. L’incidence est de 5 pour 100000 habitants par an. A l’heure actuelle sa pathogénie reste mal expliquée et de nombreux facteurs interviennent (facteurs génétiques, immunologiques et environnementaux). Il semble donc essentiel de mieux comprendre la pathogénie de la maladie de Crohn afin d’identifier des cibles thérapeutiques permettant d’améliorer sa prise en charge et d’identifier des facteurs prédictifs de la récidive post-opératoire et des complications post-opératoires afin de personnaliser la prise en charge de chaque patient. Dans ce travail nous avons montré qu'un variant génétique de CARD8 (rs2043211) est un facteur de risque de récidive post-opératoire. Cette association n’est pas influencée par les autres facteurs de risque connus comme le tabagisme actif. L’identification de CARD8 comme un facteur de risque génétique de risque de récidive chirurgicale est d’un intérêt particulier puisqu’il pourrait devenir une nouvelle cible thérapeutique pour le traitement de la maladie de Crohn dans la période post-opératoire. Notre travail a également montré qu'un variant génétique de NOD2 (rs5743289) est un facteur de risque de complications intra-abdominales infectieuses post-opératoires (CIIP) après chirurgie dans la maladie de Crohn. L’identification de NOD2 comme un gène à risque pour la survenue de CIIP pourrait permettre d’établir une stratification précoce des patients à haut risque de CIIP chez qui la chirurgie devra être planifiée et prédire les patients à haut risque de CIIP. Des études sur larges effectifs avec cohorte de réplication restent encore nécessaires avant que les patients puissent bénéficier des retombées de ces outils en pratique courante / Crohn's disease occurs mainly in industrialized countries. In France it affects 1 person in 1000. The incidence is 5 per 100,000 persons per year. At present its pathogenesis remains poorly explained and many factors are involved (genetic, immunological and environmental). It seems essential to better understand Crohn's disease pathogenesis in order to identify therapeutic targets to improve its management and to identify predictors of postoperative recurrence and postoperative complications to customize the care of each patient. In this work we showed that a genetic variant of CARD8 (rs2043211) is a risk factor for postoperative recurrence. This combination is not influenced by the other known risk factors such as active smoking. Identifying CARD8 as a genetic risk factor for risk of surgical recurrence is of particular interest since it may become a novel therapeutic target for the treatment of Crohn's disease in the post-operative period. Our work has also shown that a genetic variant of NOD2 (rs5743289) is a risk factor for postoperative intraabdominal infectious complications (CIIP) after surgery in Crohn's disease. The identification of NOD2 gene as a risk factor for the occurrence of CIIP could establish an early stratification of patients at high risk for CIIP in whom surgery should be planned and predict patients at high risk for CIIP. Studies with large numbers replication cohort are still necessary before patients can enjoy the benefits of these tools in clinical practice

Submitted by PPG Medicina e Ci?ncias da Sa?de (medicina-pg@pucrs.br) on 2018-06-12T14:01:32Z No. of bitstreams: 1 EVANDRA_DURAYSKI.pdf: 1831041 bytes, checksum: 14177d40991ac101fe309c07dd96d0a7 (MD5) / Approved for entry into archive by Sheila Dias (sheila.dias@pucrs.br) on 2018-06-22T18:42:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 EVANDRA_DURAYSKI.pdf: 1831041 bytes, checksum: 14177d40991ac101fe309c07dd96d0a7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-22T18:51:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EVANDRA_DURAYSKI.pdf: 1831041 bytes, checksum: 14177d40991ac101fe309c07dd96d0a7 (MD5) Previous issue date: 2018-03-07 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Introduction: Crohn's disease (CD) is an idiopathic inflammatory bowel disease, which mainly affects the terminal ileum A biopsy colonoscopy with regard to the gold standard in the assessment of disease and the area of education costly and with anesthetic risks. Noninvasive methods of evaluation such as magnetic resonance enterography (MRE) have been developed in the last decade. Evaluation systems such as the magnetic resonance index of activity (MaRIA) and Clermont score are used in clinical studies to quantify inflammation in patients with CD. A diffusion-weighted magnetic resonance imaging (DWI) evaluates a restitution of the water molecules in the tissues. Studies have shown a correlation between a restriction of diffusion on the wall of the intestine with inflammation. However, few studies with MRE of 3 Tesla support analysis a apparent diffusion coefficient (ADC) correlactionan in inflammatory proces in the terminal ileum. Purpose: To determine the applicability of the sequence DWI in 3 Tesla MRE in the identification of inflammatory signs in the distal ileum in patients with Crohn?s disease. Materials and Methods: We retrospectively studied 38 individuals with CD, who underwent MRE between March 2014 to september 2017 and had an anatomopathological and endoscopic evaluation in the distal ileum. The following variables were evaluated: diffusion (DWI), quantitative ADC, wall thickening, intramural edema, ulcerations, stricture, segmental mural hyperenhancement, relativo contrast enchancement (RCE), MaRIA and Clermont score. Results: The mean duration of the disease was 7 ? 5 years, 19 patients (50%) were male. Eighteen patients (47%) had active inflammatory disease and twenthy (53%) had disease in remission in the terminal ileum. Patients with active inflammatory disease in the distal ileum had a greater restriction on DWI, intramural edema, wall thickening, MaRIA and Clermont score, when compared to the group of patients without inflammation. The correlation between MaRIA and Clermont score (r = 0.975) was strong. The Kappa coefficient of interobserver agreement was excellent for the MaRIA, Clermont score and restriction DWI, moderate for ADC and weak for RCE. The best cut-off point in this study for the inflammation identified by the colonoscopy for the ADC was 2.1x103mm2/s, with sensitivity of 88.8% and specificity of 95.0%. The DWI presented accuracy of 89.4%, sensitivity of 88.9% and specificity of 90.0% in relation to inflammation identified by colonoscopy. Conclusion: The quantitative values of ADC have a good sensitivity in detecting inflammation at colonoscopy. Analysis of the diffusion sequence of good accuracy in the detection of ileum inflammmation in patients with Crohn's disease. However, when in association with intramural enhancement, edema and wall thickening it has a strong correlation with severe inflammation identified at colonoscopy. / Introdu??o: A Doen?a de Crohn (DC) ? uma doen?a inflamat?ria intestinal idiop?tica, que acomete principalmente o ?leo terminal. A colonoscopia seguida de bi?psia, apesar de ser considerada o padr?o-ouro na avalia??o de doen?a ativa, ? uma ferramenta de monitoramento onerosa e com riscos anest?sicos. M?todos de avalia??o n?o invasivos, como a enterorresson?ncia (Entero-RM), foram desenvolvidos na ?ltima d?cada. Os sistema de pontua??o como o ?ndice MaRIA e escore de Clermont s?o utilizados em estudos cl?nicos para quantificar a inflama??o em pacientes com DC. A difus?o ? uma sequ?ncia da resson?ncia que avalia a restri??o das m?leculas de ?gua nos tecidos. Estudos demonstraram correla??o entre a restri??o da difus?o na parede do intestino com a inflama??o. Entretanto, poucos estudos com a Entero-RM de 3 Tesla avaliaram se a an?lise quantitativa do ADC (coeficiente de difus?o aparente) teria sensibilidade na avalia??o de processo inflamat?rio no ?leo terminal. Objetivos: Determinar a aplicabilidade da sequ?ncia de Difus?o na Entero-RM de 3 Tesla na identifica??o de sinais inflamat?rios no ?leo distal em pacientes com DC. Materiais e M?todos: Foram estudados retrospectivamente 38 indiv?duos com DC, submetidos a entero-RM no per?odo mar?o de 2014 a setembro de 2017 e que tinham avalia??o anatomopatol?gica e endosc?pica no ?leo distal. Foram avaliadas a seguintes vari?veis: difus?o, ADC quantitativo, espessamento parietal, edema, ulcera??es, estreitamento, realce pelo contraste, realce relativo ao contraste (RCE), ?ndice MaRIA e escore de Clermont. Resultados: A m?dia da dura??o da doen?a foi de 7 ? 5 anos, 19 pacientes (50%) eram do sexo masculino. Dezoito pacientes (47%) tinham doen?a inflamat?ria ativa e 20 (53%) tinham doen?a em remiss?o no ?leo terminal. Os pacientes que apresentavam doen?a inflamat?ria ativa no ?leo distal tiveram maior restri??o a difus?o, edema na mucosa, espessamento parietal, ?ndice de MaRIA e maior valor no escore de Clermont, quando comparados com o grupo de pacientes sem inflama??o. Foi forte a correla??o entre o ?ndice MaRIA com o escore de Clermont (r=0,975). O Coeficiente Kappa de concord?ncia interobservador foi excelente para ?ndice MaRIA, escore de Clermont e restri??o a difus?o, moderada para ADC e fraca para o RCE. O melhor ponto de corte neste estudo para a inflama??o identificada pela colonoscopia para o ADC foi de 2,1x10-3mm2/s, com sensibilidade de 88,8% e especificidade de 95,0%. A sequ?ncia da difus?o apresentou acur?cia de 89,4%, sensibilidade de 88,9% e especificidade de 90,0% em rela??o a inflama??o identificada pela colonoscopia. Conclus?o: Os valores quantitativos do ADC t?m uma boa sensibilidade na detec??o de inflama??o na colonoscopia. A an?lise da sequ?ncia da difus?o tem boa acur?cia na detec??o de segmentos intestinais ileais inflamados em pacientes com doen?a de Crohn. Em suma, quando a restri??o a difus?o tem associa??o com realce, edema e espessura da parede, aumenta a correla??o com a inflama??o severa identificada na colonoscopia.

La maladie de Crohn (MC) est caractérisée par une inflammation intestinale chronique affectant potentiellement n'importe quel segment du tube digestif. L’étiologie de la maladie reste encore inconnue, cependant, la théorie la plus largement acceptée repose sur une réponse inflammatoire anormale dirigée contre le microbiote intestinal chez un hôte génétiquement prédisposé. Plusieurs études ont démontré que la muqueuse iléale de patients atteints de MC est anormalement colonisée par des souches de Escherichia coli adhérentes et invasives (AIEC). Toutefois, à ce jour, au Brésil, aucune étude ne démontre la présence de telles souches d’E. coli chez les patients atteints de MC. Le but de cette étude était d'isoler et de caractériser les souches de E. coli chez les patients atteints de MC au Brésil. Les biopsies ont été réalisées sur 35 sujets, 24 atteints de MC et 11 contrôles. La colonisation par des entérobactéries associées à la muqueuse iléale de patients atteints de MC a été montré élevée par rapport au groupe contrôle. Parmi les 270 souches isolées, 241 ont été identifiées comme étant des E. coli : 183 à partir de patients atteints de MC et 58 des contrôles. La recherche de différents groupes phylogénétiques de E. coli a été réalisée par PCR. Il n'y a pas de différence significative entre la répartition des groupes phylogénétiques des souches de E. coli isolées dans le groupe témoin et les patients MC. Les capacités d'adhésion et d’invasion des souches aux cellules épithéliales intestinales humaines I-407 ont été analysées, aussi bien que sa capacité à survivre et se multiplier en macrophages humains THP-1. L'analyse moléculaire par PCR a également été réalisée pour la détection des facteurs de virulence et la présence de polymorphismes génétiques associées à des souches AIEC. Dans cette étude, seuls quelques- uns des isolats de E. coli présentaient des propriétés invasives et la capacité de survivre dans les macrophages. En outre, l’analyse de la séquence fimH des souches de E. coli isolées dans cette étude n'a pas révélé la sélection de polymorphismes dans l’adhésine FimH, comme décrit pour la collection de souches AIEC isolées chez des patients européens. Ces résultats ont donc permis de montrer que les souches isolées chez les patients atteints de MC brésiliens n’ont probablement pas encore co-évolué avec leur hôte pour développer un phénotype adhérent-invasif fort, mais il sera essentiel de suivre à l'avenir l'évolution des ces souches dans la population brésilienne pour comprendre la sélection et l'évolution du phénotype AIEC. / Crohn's disease (CD) is characterized by chronic intestinal inflammation potentially affecting any segment of the digestive tract. The etiology of the disease is still unknown, however, the most widely accepted theory relies on an abnormal inflammatory response directed against the gut microbiota in a genetically predisposed host. Several studies have shown that the ileal mucosa of patients with CD is abnormally colonized by adherent and invasive Escherichia coli strains (AIEC). However, to date, in Brazil, no study has demonstrated the presence of such E. coli strains. coli in patients with CD. The purpose of this study was to isolate and characterize E. coli strains in patients with CD in Brazil. Biopsies were performed on 35 subjects, 24 with MC and 11 controls. Colonization with enterobacteria associated with the ileal mucosa of MC patients was shown to be elevated relative to the control group. Of the 270 strains isolated, 241 were identified as E. coli: 183 from CD patients and 58 controls. The search for different phylogenetic groups of E. coli was performed by PCR. There is no significant difference between the distribution of phylogenetic groups of E. coli strains isolated in the control and MC patients. The adhesion and invasion abilities of strains to human intestinal epithelial cells I-407 were analyzed, as well as its ability to survive and multiply into human macrophages THP-1. PCR molecular analysis was also performed for the detection of virulence factors and the presence of genetic polymorphisms associated with AIEC strains. In this study, only a few of the E. coli isolates had invasive properties and the ability to survive in macrophages. In addition, analysis of the fimH sequence of E. coli strains isolated in this study did not reveal the selection of polymorphisms in the FimH adhesin, as described for the collection of AIEC strains isolated from European patients. These results have thus shown that strains isolated from patients with Brazilian CD probably have not yet co-evolved with their host to develop a strong adherent-invasive phenotype, but it will be essential to monitor the future evolution of these strains in the Brazilian population to understand the selection and evolution of the AIEC phenotype.

Introduction : La maladie de Crohn (MC), maladie inflammatoire chronique intestinale, est une maladie multifactorielle, d’origine inconnue. La dysbiose bactérienne a été largement évoquée dans la pathogénèse de la MC. Notre objectif était de caractériser la flore fongique, conjointement à la flore bactérienne au cours de formes familiales de MC.Méthodes: Nous avons utilisé une plateforme de séquençage à haut débit pour caractériser la flore fongique et bactérienne fécale, échantillonnée dans 9 familles multiplexes atteints de MC (20 patients, et 28 sujets sains apparentés), et 4 familles contrôles (21 individus sains non apparentés). Une analyse bioinformatique a été réalisée pour analyser l’abondance, la biodiversité, et les interactions microbiennes.Résultats : Le microbiote fécal des membres issus des familles multiplexes était statistiquement différent de celui des membres issus des familles contrôles. L’analyse en composantes principales a montré qu’au sein des familles multiplexes, les membres malades et sains partageaient un répertoire fongique commun. Les patients MC avaient en revanche un microbiote enrichi en Candida tropicalis, Escherichia coli et en Serratia marcescens, et appauvri en bactéries dites bénéfiques (Faecalibacterium prausnitzii). De plus les taux d’ASCA (Anticorps anti- S. cerevisiae), marqueur sérologique de MC étaient corrélées à la présence de C. tropicalis (P = .01). Enfin nous avons mis en évidence une synergie entre C. tropicalis, E. coli, et S. marcescens, suggérant une interaction microbienne in vivo participant à l’initiation de l’inflammation intestinale. Ces données ont été validées par la suite avec un modèle de biofilm.Conclusion : Dans ces formes familiales de MC, les interactions microbiennes entre bactéries et champignons sont déterminantes dans l’initiation de la réponse inflammatoire. / Introduction: Crohn's disease (CD) results from a complex interplay between host genetic factors and endogenous microbial communities.Methods: In the current study, we used Ion Torrent sequencing to characterize the gut bacterial microbiota (bacteriome) and fungal community (mycobiome) in patients with CD and their non-diseased first degree relatives (NCDR) in 9 familial clusters living in Northern France/Belgium, and in healthy individuals from 4 families living in the same area (non-CD unrelated, NCDU). Principal components analysis, diversity, and abundance analyses were conducted and CD-associated inter- and intra-kingdom microbial correlations determined. Significant microbial interactions were identified and validated using single- and mixed-species biofilms.Results: CD and NCDR groups clustered together in the mycobiome, but not in bacteriome. Microbiota of familial (CD, NCDR) samples were distinct from that of non-familial (NCDU) samples. Abundance of Serratia marcescens (SM), Escherichia coli (EC) was elevated in CD patients, while that of beneficial bacteria was decreased. Abundance of the fungus Candida tropicalis (CT) was significantly higher in CD compared to NCDR (P = .003), and positively correlated with levels of anti–Saccharomyces cerevisiae antibody (ASCA). Abundance of CT was positively correlated with SM and EC, suggesting these organisms interact in the gut. The mass and thickness of Triple species (CT+SM+EC) biofilm were significantly higher than single and double species biofilm. CT biofilms comprised of blastospores, while double and triple species biofilms were enriched in hyphae. SM used fimbriae to co-aggregate or attach with CT/EC, while EC closely apposed with CT. Conclusion: Specific inter-kingdom microbial interactions may be key determinants in CD.

Durch Weiterentwicklungen der MR-Technologie hat die diffusionsgewichtete MRT in der Bildgebung des Abdomens zunehmend an Bedeutung gewonnen. Einige wenige Studien zeigten bereits vielversprechende Ergebnisse für den Einsatz der DWI in der Diagnostik und Verlaufsbeurteilung des Morbus Crohn. Ziel dieser Arbeit war es, zu untersuchen, ob die DWI zur Detektion entzündlicher Darmwandläsionen und extraluminaler Komplikationen bei pädiatrischen Patienten mit Morbus Crohn ebenso geeignet ist wie die kontrastmittelverstärkte MRT. Hierzu wurden retrospektiv die klinischen und MR-tomographischen Daten von 48 Kindern, Jugendlichen und jungen Erwachsenen mit Morbus Crohn sowie von 42 Kontrollpatienten ausgewertet, bei denen im Zeitraum zwischen Juli 2008 und Mai 2013 eine MRT-Untersuchung durchgeführt wurde. Aktuelle Befunde einer Ileokoloskopie waren als Referenz bei 60% der Morbus Crohn Patienten und bei etwa einem Drittel der Patienten der Kontrollgruppe vorhanden. Das Bestehen eines Morbus Crohn konnte bei 47 der insgesamt 48 Patienten anhand der diffusionsgewichteten Sequenzen und in 46 Fällen mittels der kontrastverstärkten T1w-Aufnahmen korrekt nachgewiesen werden. Extramurale Komplikationen wie Abszesse oder Fisteln konnten sowohl mittels DWI als auch durch die KM-MRT detektiert werden. Da die DWI weder eine intravenöse Kontrastmittelapplikation noch Atemanhaltetechniken erfordert, ist sie gerade bei pädiatrischen Patienten ein geeignetes Bildgebungsverfahren. Wegen der relativ geringen Ortsauflösung der diffusionsgewichteten Sequenzen sollte jedoch zusätzlich eine Standardsequenz, wie die T2-gewichtete HASTE-Sequenz, akquiriert werden. Nach den Ergebnissen dieser Studie ist die diffusionsgewichtete MRT zur Beurteilung der entzündlichen Veränderungen des Morbus Crohn sehr gut geeignet und besitzt das Potenzial, nicht nur ergänzend, sondern als Alternative zur KM-MRT zum Einsatz zu kommen. / The purpose of this retrospective study was to evaluate the detectability of inflammatory bowel lesions and of extramural complications with diffusion-weighted MRI (DWI), compared to contrast-enhanced MRI (CE-MRI), in pediatric patients with Crohn disease. The study included 48 children and young adults with Crohn disease and 42 matched controls who underwent routine MRI with DWI and contrast-enhanced T1-weighted sequences during a 5-year-period. Colonoscopy as reference standard was available in about two-thirds of the children with Crohn disease and in about one-third of controls. Overall diagnostic accuracy for identifying pediatric patients with inflammatory bowel lesions among patients and controls in our study was 99% (89/90) for DWI and 98% (88/90) for CE-MRI. In conclusion, the results suggest that free-breathing DWI has potential as an alternative to standard CE-MRI protocols in pediatric patients with known or suspected Crohn disease, without a substantial loss of diagnostic information and without the need for intravenous administration of contrast medium.

Background and aims : Crohns disease (CD) and ulcerative colitis (UC) known as inflammatory bowel diseases (IBD) are chronic immuno-inflammatory pathologies of the gastrointestinal tract. These diseases are multifactorial, polygenic and of unknown etiology. Clinical presentation is non specific and diagnosis is based on clinical, endoscopic, radiological and histological criteria. Novel biomarkers are needed to improve early diagnosis and classification of these pathologies as well as to monitor or predict the effects of therapy. Methods We performed a study with 120 serum samples collected from patients classified in 4 groups: 30 CD, 30 UC, 30 inflammatory controls (IC) and 30 healthy controls (HC), according to accredited criteria. We compared protein sera profiles obtained with a Surface Enhanced Laser Desorption Ionization-Time of Flight-Mass Spectrometer (SELDI-TOF-MS). Data analysis with an original multivariate statistical method based on multiple decision trees algorithms allowed us to select new potential biomarkers. Eight of them were purified and identified by mass spectrometry and antibody based methods. Moreover, a similar analysis was applied on sera taken from patients before and after treatment with Infliximab. We obtained multivariates models based on biomarkers able to predict the response and monitor changes in protein profiles before and after therapy. One biomarker was identified by an antibody based method and is able to predict clinical response to anti-TNF therapy. Results : Multivariate analysis generated models that could classify samples with good sensitivity and specificity (minimum 80%) discriminating IBD versus HC and IC or CD versus UC. The discrimination of these multivariate models and those of some identified combined biomarkers were compared to ASCA and ANCA tests and showed better or equivalent power of discrimination. Eight biomarkers were purified and identified: Platelet aggregation Factor 4 (PF4), the Myeloid Related Protein 8 (MRP8), the Fibrinopeptide A (FIBA), the Haptoglobin α2 subunit (Hpα2). They were detected in sera by classical methods, when available. Unique decision tree was built with these biomarkers and correlations with characteristics of patients and between biomarkers were calculated. Finally, we also adressed with a similar strategy predictor of response to Infliximab therapy. Conclusions : SELDI-TOF-MS technology combined with the use of the multiple decision trees method, as robust statistical tool, led to the selection of protein biomarker patterns and of specific biomarkers which could be helpful for diagnosis of inflammatory bowel diseases and prediction of therapy effects as well as understanding of these diseases pathophysiology. Buts : La maladie de Crohn (CD) et la rectocolite ulcéro-hémorrhagique (UC), désignées conjointement sous le nom « Inflammatory Bowel Disease » (IBD), sont deux maladies inflammatoires chroniques de lintestin. Ces pathologies nont pas une étiologie formellement identifiée et semblent être multifactorielles et polygéniques. Leurs présentations cliniques sont aspécifiques et leur diagnostic est actuellement basé sur les données cliniques, endoscopiques, radiologiques et histologiques. Ainsi, de nouveaux marqueurs spécifiques et sensibles de ces pathologies sont nécessaires afin daméliorer le diagnostic précoce et la classification de ces pathologies, ainsi que pour suivre, voire prédire la réponse aux traitements. Méthodes : Une étude protéomique a été réalisée sur 120 échantillons sériques provenant de patients classés en 4 groupes (30 CD, 30 UC, 30 IC et 30 HC), suivant les critères accrédités. Nous avons comparé les profils protéiques obtenus par « Surface Enhanced Laser Desorption Ionization-Time of Flight-Mass Spectrometer » (SELDI-TOF-MS). Lanalyse des données avec une méthode statistique multivariée originale, basée sur la construction darbres de décisions multiples, nous a permis de sélectionner certains biomarqueurs potentiels. Huit dentre eux ont été identifiés par spectrométrie de masse et des techniques de reconnaissance spécifique par anticorps. De plus, une analyse similaire a été effectuée sur des échantillons provenant de patients avant et après traitement par Infliximab. Nous avons obtenu à partir des profils protéiques, des modèles de classification statistiques multivariés et finalement certains biomarqueurs potentiels de prédiction de la réponse au traitement. De plus, un biomarqueur a été identifié par reconnaissance via un anticorps spécifique. Résultats : Lanalyse multivariée a généré des modèles de classification présentant de bonnes sensibilités et spécificités (minimum 80%) pour la discrimination des patients IBD versus contrôles ou encore, CD versus UC. Les résultats ont été comparés avec ceux des tests ASCA et ANCA et montrent une efficacité équivalente ou supérieure. Huit biomarqueurs ont été purifiés et identifiés : le facteur dagrégation plaquettaire 4 (PF4), la protéine MRP8 ou «Myeloid Related Protein 8», le fibrinopeptide A (FIBA), la sous-unité α2 de lhaptoglobine (Hpα2). Ces protéines et peptides ont été détectés, lorsque possible, dans le sérum par les méthodes classiques. Un arbre de décision multiple a été construit sur base de ces biomarqueurs. Les corrélations entre ceux-ci et avec les caractéristiques des patients ont été également évaluées. Conclusions : La technique SELDI-TOF-MS combinée à lutilisation des arbres de décisions multiples en temps que méthode danalyse statistique robuste, a mené à lobtention de signatures protéiques caractéristiques et à la sélection de biomarqueurs spécifiques qui peuvent se révéler utiles au diagnostic des pathologies IBD, au suivi, comme à la prédiction des effets des thérapies et à la compréhension de la physiopathologie de ces maladies

La maladie de Crohn (MC) est une affection inflammatoire chronique du tube digestif dont l'étiologie reste mal connue. Les lésions iléales de patients atteints de MC sont anormalement colonisées par des souches pathogènes de Escherichia coli appartenant au pathovar AIEC pour Adherent-Invasive E. coli. Ces souches adhérent et envahissent fortement les cellules épithéliales intestinales. Elles sont également capables de se multiplier fortement en macrophages et d'induire une sécrétion élevée de TNF-α. L'objectif de ce travail est d'analyser les systèmes de régulation de la souche AIEC de référence LF82 impliqués dans l'expression maximale de virulence au sein la lumière intestinale et/ou en conditions intracellulaires. Nous avons étudié la co-régulation de l'expression des pili de type 1 et des flagelles en partant de l'observation qu'un mutant n'exprimant plus de flagelles perd de façon concomitante sa capacité à synthétiser des pili de type 1. Nous avons pu montrer que cette co-régulation complexe met en jeu la concentration intracellulaire en di-GMP cyclique et en protéine de type-histone Fis. Ces systèmes de régulation transcriptionnelle permettent une expression maximale des pili de type 1 qui, en conditions intestinales, confèrent aux AIEC un avantage par rapport à la flore commensale. L'annotation et l'analyse du génome de la souche AIEC LF82 a permis de mettre en évidence l'existence d'îlots de pathogénicité, des gènes spécifiques codants de potentiels facteurs de virulence mais également des mutations ponctuelles, de type pathoadaptatives, dans des gènes de virulence connus permettant vraisemblablement aux souches AIEC de coloniser la muqueuse intestinale de patients génétiquement prédisposés à développer une MC.

Hintergrund: Patienten mit chronischen entzündlichen Erkrankungen sind aufgrund ihrer Grundkrankheit, aber auch durch die häufig notwendige immunsuppressive Therapie gefährdet, an einer impfpräventablen Infektionskrankheit zu erkranken. In einer Stichprobe sollte der Impfstand bei Patienten mit chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (CED) erhoben werden. Besondere Beachtung galt Vorbehalten der Patienten gegen die empfohlenen Schutzimpfungen. Methoden: Wir baten 203 Patienten mit CED (davon 57% Mb. Crohn, 63% weiblich; medianes Alter 36 Jahre), die im letzten Jahr keine Impfberatung erhalten hatten, einen Fragebogen mit 38 Fragen zu beantworten. Zudem wurden alle Impfnachweise erfasst und mit den aktuellen Empfehlungen der Ständigen Impfkommission abgeglichen. Die Befragung erfolgte vom 1.4. bis 30.9.2009. Ergebnisse: Nur 83% der Patienten hatten einen Impfausweis. Es fanden sich erhebliche Impfdefizite; so wurden in den letzten zehn Jahren nur 67% der Patienten gegen Tetanus und 21% gegen Pertussis geimpft, 28% nahmen die Impfung gegen die saisonale Grippe 2008 wahr und nur 9% wurden jemals gegen Pneumokokken geimpft. Im Subgruppenvergleich von Patienten mit TNF-Blockern (n=39) mit denjenigen Patienten, die noch nie eine immunsuppressive Dauertherapie erhielten (n=67), zeigten sich keine Unterschiede. 80% der Patienten wären bereit, alle offiziell empfohlenen Schutzimpfungen durchführen zu lassen. 22% aller Patienten gaben an, Schutzimpfungen zu vermeiden, weil sie Nebenwirkungen befürchteten, 15% weil das Immunsystem „nicht intakt“ ist und 9% befürchten eine Verschlimmerung der CED durch eine Impfung. Schlussfolgerungen: Der Impfstand in der untersuchten Stichprobe war unzureichend. Es fand sich insbesondere eine deutliche Diskrepanz zwischen der hohen Bereitschaft der Patienten, Schutzimpfungen durchführen zu lassen, und dem tatsächlichen Impfstand. Unsere Daten legen die Notwendigkeit einer erhöhten ärztlicher Wachsamkeit für Impflücken bei immunsuppressiv behandelten Patienten nahe. / Background: Patients with chronic inflammatory diseases are at increased risk for vaccine preventable infectious diseases. This is caused by the inflammatory state itself as well as often necessary immunosuppressive therapy. In a random sample, we investigated whether patients with inflammatory bowel disease (IBD) are sufficiently vaccinated. Special attention was spent to arguments for vaccine refusal. Methods: Between 1.4.2009 and 30.9.2009, we asked 203 consecutive IBD patients (thereof 57% Crohn’s disease, 63% female; median age 36 years), who got no vaccination advise within the last year to answer a questionnaire with 38 questions. As well, the vaccination cards were adjusted with the official recommendations. Results: Only 83% of patients had a vaccination card. We recognized substantial vaccination deficiencies. Within the past 10 years, only 67% of patients had tetanus and 21% had pertussis vaccination. Only 28% had an influenza vaccination in 2008 and only 9% were ever immunized against pneumococcus. A subgroup analysis of patients with TNF-blockers (n=39) with patients, who never had immunosuppressive therapy (n=67) revealed no difference. 80% of all patients are willing to adhere to all officially recommended vaccinations. 22% and 15% of patients stated that they avoid vaccinations as they afraid side effects or as they assess their immune system as not intact. Nine per cent feared a worsening of IBD after vaccination. Conclusions: In this random sample, the adherence to vaccination recommendations was low. We observed a marked difference between the willingness of IBD patients for immunizations and the realized vaccinations. Our data suggest that an increased medical awareness for vaccination deficiencies in immunosuppressed patients is mandatory.

Les microparticules (Mps) sont des vésicules libérées lors de l'activation cellulaire et de l'apoptose. Des taux élevés de Mps et des altérations vasculaires induites par les Mps ont été décrites dans différentes maladies à composante inflammatoire. A ce jour, la participation et le rôle de Mps dans la maladie de Crohn (MC) ne sont pas encore élucidées. L'objectif de cette thèse a été d'étudier si les Mps issues de patients atteints de MC (MCMPs) jouent un rôle dans la régulation de la fonction endothéliale et de la réactivité vasculaire dans cette maladie. En particulier a été évaluée une corrélation entre leur rôle et l'état de la maladie. Deuxièmement, nous avons évalué les effets de MCMPs dans la phase active et inactive sur différents tissus y compris le côlon un des principaux tissus cibles impliqués dans la maladie. Nous avons montré que les patients atteints de MC présentent un taux augmenté de Mps circulantes par rapport aux sujets sains et que les MCMPs sont capable d'induire une dysfonction endothéliale et une hyperéactivité vasculaire dans l'aorte de souris par une altération de l'équilibre entre la production de NO, les métabolites de COX-2 et les ROS. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous rapportons que les MCMPs jouent un rôle dans la production de NO et le stress oxydant dans différents tissus, notamment le côlon et pourraient être liées à des voies de signalisation concernant les cytokines inflammatoires impliquées dans la MC. L'ensemble des résultats suggère que les MCMPs peuvent être considérés comme des marqueurs de la fonction endothéliale, blessure et inflammation permettant d'envisager les Mps comme cibles pharmacologiques de cette maladie.