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Gene Flow and Dispersal of the Flatworm, <em>Polycelis coronata</em>: A Multiscale AnalysisMoore, Jeffrey N. 02 December 2010 (has links) (PDF)
We determined genetic variance and gene flow across multiple scales (reaches, headwater segments, and catchments) to examine the dispersal ability of the flatworm Polycelis coronata along the Wasatch Mountains of Utah. Multiple models predict patterns of genetic differentiation in stream invertebrates based on dispersal traits and the spatial connectivity of the habitat. The stream hierarchy model predicts genetic differentiation to be low and gene flow to be high between reaches nested in segments, moderate among segments within catchments, and differentiation to be highest and gene flow lowest among catchments, whereas the headwater model predicts the greatest differentiation between headwater segments. Our objective was to determine which model best described genetic patterns observed in P. coronata. Using a nested hierarchical sampling design ensured that if limitations to dispersal had an effect on genetic differentiation, we would be able to identify at what scale these processes operate. We hypothesized genetic variation would be small within headwater segments and reach maximum levels between headwater segments with no increase in differentiation with increasing distance between headwater patches or between drainages. We do not expect high dispersal along the stream network or across the terrestrial environment (actively or passively).We generated DNA sequence data (mitochondrial COI) from 50 sites nested within 24 segments, which were nested in four adjacent catchments. We identified 134 haplotypes from 506 individuals using a 763 bp fragment of mtDNA. Genetic patterns did not conform to the SH model. Evidence from one drainage (Provo River) was consistent with the headwater model. However, high differentiation within sites suggested that the genetic patterns we uncovered may be representative of high ancestral polymorphism among pre-fragmented populations that were historically widespread. Large effective population sizes and no evidence of bottleneck events suggest incomplete lineage cannot be discounted as an explanation of high differentiation at the smallest scales.
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Variabilidade populacional em manguezais: análises moleculares e morfológicas em caranguejos Brachyura (Crustacea: Decapoda) / Population variability in mangroves: molecular and morphological analyses in Brachyura crabs (Crustacea: Decapoda)Buranelli, Raquel Corrêa 18 March 2016 (has links)
A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.
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Variabilidade populacional em manguezais: análises moleculares e morfológicas em caranguejos Brachyura (Crustacea: Decapoda) / Population variability in mangroves: molecular and morphological analyses in Brachyura crabs (Crustacea: Decapoda)Raquel Corrêa Buranelli 18 March 2016 (has links)
A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.
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Revisão taxonômica das abróteas do gênero Urophycis Gill, 1863 no Atlântico Sul (Gadiformes: Gadidae) / Taxonomic review of codlings of genus Urophycis Gill, 1863 in the South Atlantic (Gadiformes: Gadidae)Lemes, Paola Cristina Roque 05 May 2017 (has links)
Urophycis Gill, 1863 é um gênero de peixes marinhos demersais de médio porte, popularmente conhecidos como abróteas, distribuídos ao longo da costa do Atlântico Ocidental, do Canadá à Argentina. Atualmente são reconhecidas sete espécies válidas dentro deste gênero. Apesar de sua importância comercial, até então poucos estudos taxonômicos e biogeográficos haviam sido realizados com estas espécies. Três espécies foram descritas do Atlântico Sul ocidental: U. brasiliensis (Kaup, 1858), descrita de Motevideo, Uruguai, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 e Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, ambas descritas do Rio de Janeiro, Brasil. Urophycis mystacea é morfologicamente semelhante à U. cirrata (Goode & Bean, 1896), descrita do Golfo do México nos Estados Unidos, sendo frequentemente confundidas. Os objetivos desta contribuição foram (1) redescrever U. brasiliensis, e alocar U. latus como um sinônimo júnior ; (2) redescrever U. cirrata e alocar U. mystacea como um sinônimo júnior; (3) estabelecer diagnoses e mapas de distribuição atualizados para ambas espécies. Tecidos e exemplares foram obtidos com pescadores e em coleções científicas. Foram utilizados métodos tradicionais de morfologia para comparação dos exemplares, além de técnicas de identificação molecular utilizando o gene mitocondrial citocromo oxidase I (COI). Testes para a amplificação da região controle do DNA mitocondrial de U. brasiliensis foram realizados e discutidos. / Urophycis Gill, 1863 is a genus of marine, demersal, mid-sized fish, popularly known as codlings or hakes, and distributed along the the Western Atlantic coast, from Canada to Argentina. Seven species are currently recognized as valid within this genus. Despite its economical importance, a few taxomomic an biogeographic studies had been carried out with those species. Three species were described from western South Atlantic: U. brasiliensis (Kaup, 1858), described from Montevideo, Uruguay, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 and Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, both described from Rio de Janeiro, Brazil. Urophycis mystacea is morfologically similar to U. cirrata (Goode & Bean, 1896), described from Gulf of Mexico, USA, and these species are repeteadly confused. The objectives of this contributions were (1) redescribe U. brasilienis, placing U. latus as a junior synonym; (2) redescribe U. cirrata, placing U. mystacea as a junior synonym; (3) provide updated diagnosis and maps of distributions for both species. Tissues and specimens were obtained from fisherman and scientific collections. Traditional morphological methods were used to compare the specimens, besides molecular identification techniques using the mithocondrial gene citochrome c oxidadse I (COI). Testst for amplification of the DNA mitochondrial control region in U. brasiliensis were performed and discussed.
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Revisão taxonômica das abróteas do gênero Urophycis Gill, 1863 no Atlântico Sul (Gadiformes: Gadidae) / Taxonomic review of codlings of genus Urophycis Gill, 1863 in the South Atlantic (Gadiformes: Gadidae)Paola Cristina Roque Lemes 05 May 2017 (has links)
Urophycis Gill, 1863 é um gênero de peixes marinhos demersais de médio porte, popularmente conhecidos como abróteas, distribuídos ao longo da costa do Atlântico Ocidental, do Canadá à Argentina. Atualmente são reconhecidas sete espécies válidas dentro deste gênero. Apesar de sua importância comercial, até então poucos estudos taxonômicos e biogeográficos haviam sido realizados com estas espécies. Três espécies foram descritas do Atlântico Sul ocidental: U. brasiliensis (Kaup, 1858), descrita de Motevideo, Uruguai, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 e Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, ambas descritas do Rio de Janeiro, Brasil. Urophycis mystacea é morfologicamente semelhante à U. cirrata (Goode & Bean, 1896), descrita do Golfo do México nos Estados Unidos, sendo frequentemente confundidas. Os objetivos desta contribuição foram (1) redescrever U. brasiliensis, e alocar U. latus como um sinônimo júnior ; (2) redescrever U. cirrata e alocar U. mystacea como um sinônimo júnior; (3) estabelecer diagnoses e mapas de distribuição atualizados para ambas espécies. Tecidos e exemplares foram obtidos com pescadores e em coleções científicas. Foram utilizados métodos tradicionais de morfologia para comparação dos exemplares, além de técnicas de identificação molecular utilizando o gene mitocondrial citocromo oxidase I (COI). Testes para a amplificação da região controle do DNA mitocondrial de U. brasiliensis foram realizados e discutidos. / Urophycis Gill, 1863 is a genus of marine, demersal, mid-sized fish, popularly known as codlings or hakes, and distributed along the the Western Atlantic coast, from Canada to Argentina. Seven species are currently recognized as valid within this genus. Despite its economical importance, a few taxomomic an biogeographic studies had been carried out with those species. Three species were described from western South Atlantic: U. brasiliensis (Kaup, 1858), described from Montevideo, Uruguay, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 and Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, both described from Rio de Janeiro, Brazil. Urophycis mystacea is morfologically similar to U. cirrata (Goode & Bean, 1896), described from Gulf of Mexico, USA, and these species are repeteadly confused. The objectives of this contributions were (1) redescribe U. brasilienis, placing U. latus as a junior synonym; (2) redescribe U. cirrata, placing U. mystacea as a junior synonym; (3) provide updated diagnosis and maps of distributions for both species. Tissues and specimens were obtained from fisherman and scientific collections. Traditional morphological methods were used to compare the specimens, besides molecular identification techniques using the mithocondrial gene citochrome c oxidadse I (COI). Testst for amplification of the DNA mitochondrial control region in U. brasiliensis were performed and discussed.
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Estrutura populacional e filogeografia de Panulirus argus (Latreille, 1804) / Population structure and phylogeography of Panulirus argus (Latreille, 1804)Júlia Losada Tourinho 27 March 2013 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Panulirus argus (Latreille, 1804) é uma das principais espécies de lagosta no Atlântico, sendo um dos maiores recursos pesqueiros do Atlântico Ocidental, onde apresenta um alto valor comercial. A forte explotação da espécie resulta em uma grande pressão sobre suas populações. Recentemente, foi descoberto que sob o binômio P. argus estão contidas duas espécies crípticas que ocorrem em alopatria, uma na região do Caribe e outra na costa brasileira. Esta tese tem como objetivo estudar como se estruturam geneticamente as populações dessas duas espécies, com o propósito de fornecer mais informações para a determinação de estoques e um correto manejo das espécies, e analisar os processos históricos evolutivos que moldaram suas histórias demográficas. Para tal, foram estudados dois marcadores mitocondriais (região controle e o gene da Citocromo Oxidase I) e loci de microssatélites de indivíduos de 7 regiões do Caribe (Florida, Bahamas, Turks e Caicos, Porto Rico, Cuba, Colômbia e Venezuela) e 11 estados do Brasil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo). Dentro de cada espécie foram observadas duas linhagens mitocondriais diferentes, que co-ocorriam, de maneira homogênea, ao longo de suas distribuições. Hipotetiso que essas linhagens foram formadas a partir de um evento de vicariância com contato secundário ou como consequência de um efeito gargalo seguido de expansão. As duas linhagens são evidentes nas sequências da região controle mitocondrial, mas no gene da COI foram evidentes apenas em P. cf. argus do Caribe. As linhagens do Brasil se separaram há aproximadamente 233 - 288 mil anos e cada uma sofreu expansão em tempos diferentes, a primeira se expandiu há 100 mil anos e a segunda linhagem há 50 mil anos. As linhagens do Caribe se separaram cerca de 1 milhão de anos atrás e possuem o mesmo tempo de expansão, 50 mil anos. Os microssatélites não revelaram subdivisão populacional para nenhuma das duas espécies, porém os marcadores, juntos, sugeriram um fluxo gênico diferenciado entre localidades expostas a diferentes correntes marítimas. Considerando que essas lagostas são intensamente explotadas, é importante ser cuidadoso no momento de definir estoques pesqueiros. Para a espécie do Brasil, dois estoques pesqueiros foram sugeridos, o primeiro do Pará à Bahia e o segundo do sul da Bahia a São Paulo. Para a espécie do Caribe, foi mantida e reforçada a hipótese de quatro estoques sugerida pela FAO (Norte, Sul, Centro-Norte e Centro-Sul). / Panulirus argus (Latreille, 1804) is one of the main lobster species in the Atlantic, and one of the largest fisheries in the western Atlantic, with a high commercial value. The heavy exploitation of the species results in much pressure on its populations. Recently, it was discovered that under the name P. argus there are two cryptic species that occur in allopatry, one in the Caribbean and the other on the coast of Brazil. This thesis studies the population genetic structure of those two species with the purpose of providing more information to delimitate stocks for fisheries management, and for understanding the historical processes that have shaped their evolutionary demographic histories. For this, we analysed two mitochondrial markers (control region and the Cytochrome Oxidase I gene) and microsatellite markers of individuals from 7 localities in the Caribbean (Florida, Bahamas, Turks and Caicos, Puerto Rico, Cuba, Colombia, and Venezuela) and 11 States of Brazil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, and São Paulo). Within each species two different mitochondrial lineages were observed. They occurred throughout their distributions, and it is hypothesized that they were formed from a vicariance event with secondary contact or are the result of a genetic bottleneck followed by expansion. The lineages of P. cf. argus from Brazil were only observed in the mitochondrial control region and were separated approximately 233-288 thousand years ago, and each lineage underwent expansion at different times: the first expanded 100,000 years ago and the second 50,000 years ago. The lineages of the Caribbean species were found for the two mitochondrial markers. They were separated about 1 million years ago and have had the same expansion time, 50,000 years. Microsatellites revealed no population subdivision for either species, but the molecular markers together suggest a differential gene flow between localities exposed to different currents. Since these lobsters are heavily exploited, it is important to be conservative when defining their fishing stocks. For the species from Brazil, two fishing stocks are suggested, the first from Pará to Bahia States and the second from Southern Bahia to São Paulo State. For the species of the Caribbean, our data give support to the four stocks suggested by FAO (North, South, North Central and South Central).
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Estrutura populacional e filogeografia de Panulirus argus (Latreille, 1804) / Population structure and phylogeography of Panulirus argus (Latreille, 1804)Júlia Losada Tourinho 27 March 2013 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Panulirus argus (Latreille, 1804) é uma das principais espécies de lagosta no Atlântico, sendo um dos maiores recursos pesqueiros do Atlântico Ocidental, onde apresenta um alto valor comercial. A forte explotação da espécie resulta em uma grande pressão sobre suas populações. Recentemente, foi descoberto que sob o binômio P. argus estão contidas duas espécies crípticas que ocorrem em alopatria, uma na região do Caribe e outra na costa brasileira. Esta tese tem como objetivo estudar como se estruturam geneticamente as populações dessas duas espécies, com o propósito de fornecer mais informações para a determinação de estoques e um correto manejo das espécies, e analisar os processos históricos evolutivos que moldaram suas histórias demográficas. Para tal, foram estudados dois marcadores mitocondriais (região controle e o gene da Citocromo Oxidase I) e loci de microssatélites de indivíduos de 7 regiões do Caribe (Florida, Bahamas, Turks e Caicos, Porto Rico, Cuba, Colômbia e Venezuela) e 11 estados do Brasil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo). Dentro de cada espécie foram observadas duas linhagens mitocondriais diferentes, que co-ocorriam, de maneira homogênea, ao longo de suas distribuições. Hipotetiso que essas linhagens foram formadas a partir de um evento de vicariância com contato secundário ou como consequência de um efeito gargalo seguido de expansão. As duas linhagens são evidentes nas sequências da região controle mitocondrial, mas no gene da COI foram evidentes apenas em P. cf. argus do Caribe. As linhagens do Brasil se separaram há aproximadamente 233 - 288 mil anos e cada uma sofreu expansão em tempos diferentes, a primeira se expandiu há 100 mil anos e a segunda linhagem há 50 mil anos. As linhagens do Caribe se separaram cerca de 1 milhão de anos atrás e possuem o mesmo tempo de expansão, 50 mil anos. Os microssatélites não revelaram subdivisão populacional para nenhuma das duas espécies, porém os marcadores, juntos, sugeriram um fluxo gênico diferenciado entre localidades expostas a diferentes correntes marítimas. Considerando que essas lagostas são intensamente explotadas, é importante ser cuidadoso no momento de definir estoques pesqueiros. Para a espécie do Brasil, dois estoques pesqueiros foram sugeridos, o primeiro do Pará à Bahia e o segundo do sul da Bahia a São Paulo. Para a espécie do Caribe, foi mantida e reforçada a hipótese de quatro estoques sugerida pela FAO (Norte, Sul, Centro-Norte e Centro-Sul). / Panulirus argus (Latreille, 1804) is one of the main lobster species in the Atlantic, and one of the largest fisheries in the western Atlantic, with a high commercial value. The heavy exploitation of the species results in much pressure on its populations. Recently, it was discovered that under the name P. argus there are two cryptic species that occur in allopatry, one in the Caribbean and the other on the coast of Brazil. This thesis studies the population genetic structure of those two species with the purpose of providing more information to delimitate stocks for fisheries management, and for understanding the historical processes that have shaped their evolutionary demographic histories. For this, we analysed two mitochondrial markers (control region and the Cytochrome Oxidase I gene) and microsatellite markers of individuals from 7 localities in the Caribbean (Florida, Bahamas, Turks and Caicos, Puerto Rico, Cuba, Colombia, and Venezuela) and 11 States of Brazil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, and São Paulo). Within each species two different mitochondrial lineages were observed. They occurred throughout their distributions, and it is hypothesized that they were formed from a vicariance event with secondary contact or are the result of a genetic bottleneck followed by expansion. The lineages of P. cf. argus from Brazil were only observed in the mitochondrial control region and were separated approximately 233-288 thousand years ago, and each lineage underwent expansion at different times: the first expanded 100,000 years ago and the second 50,000 years ago. The lineages of the Caribbean species were found for the two mitochondrial markers. They were separated about 1 million years ago and have had the same expansion time, 50,000 years. Microsatellites revealed no population subdivision for either species, but the molecular markers together suggest a differential gene flow between localities exposed to different currents. Since these lobsters are heavily exploited, it is important to be conservative when defining their fishing stocks. For the species from Brazil, two fishing stocks are suggested, the first from Pará to Bahia States and the second from Southern Bahia to São Paulo State. For the species of the Caribbean, our data give support to the four stocks suggested by FAO (North, South, North Central and South Central).
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Populační struktura zlatohlávka tmavého Oxythyrea funesta (Poda, 1761) a fylogeneze rodu Oxythyrea Mulsant, 1842 / Population structure of flower chafer Oxythyrea funesta (Poda, 1761) and phylogeny of the genus Oxythyrea Mulsant, 1842Vondráček, Dominik January 2012 (has links)
Eleven species are distinguished in the genus Oxythyrea Mulsant, 1842 (Coleoptera: Scarabaeidae) nowadays. They are not divided into subspecies. Diversity of the genus is concentrated in the Mediterranean and Oxythyrea funesta (Poda, 1761) inhabit a wide area in the western Palearctic Region. It was observed in last decades, that O. funesta retreated from central Europe to south and then recolonized it back including new areas in northern regions. Master thesis is focused on resolving population structure of O. funesta and partial phylogeny of the genus Oxythyrea using molecular genetic methods. 145 individuals of O. funesta and 15 individuals of five other species of the genus Oxythyrea appear in analysis. We acquired sequences of mitochondrial genes cytochrome oxidase I (807 bp), cytochrome b (381 bp) and nuclear gene internal transcribed spacer 1 (946 bp) from these specimens. The results of phylogenetic analysis confirmed so far the only one existing interpretation of relationships within the genus Oxythyrea based on morphological data. We also confirmed complicated relationships between O. funesta and O. pantherina, which also appear in the historical development of their taxonomy. We detected different genetic lineage in Sicily, southern Italy and Tunisia using phylogenetic trees and haplotype...
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Avaliação sistemática de camarões de água doce do gênero Atya Leach, 1816 (Crustacea: Decapoda: Atyidae) por meio de dados moleculares / Systematic evaluation of freshwater prawns of the genus Atya Leach, 1816 (Crustacea: Decapoda: Atyidae) by means of molecular dataOliveira, Caio Martins Cruz Alves de 30 May 2017 (has links)
Os camarões do gênero Atya Leach, 1816 são os maiores camarões da família Atyidae, sendo que as 13 espécies reconhecidas estão distribuídas em rios e riachos das regiões tropicais e subtropicais da América (vertentes atlântica e pacífica) e oeste da África. O primeiro relato de uma Atya ocorreu no séc. XVII e, desde então, novas espécies foram descritas e descrições prévias revisadas, produzindo um histórico de instabilidade e reclassificações. Embora ao longo do séc. XX revisões taxonômicas tenham estabilizado a sistemática do gênero, a variabilidade morfológica e distribuição geográfica trans-ístmica da espécie A. innocous gerou questionamentos. Além disso, mais recentemente trabalhos de filogenia molecular da família Atyidae que incluíram representantes de Atya suscitaram questões em relação à sistemática do gênero (possível não monofilia) e de algumas espécies como A. gabonensis, A. margaritacea e A. scabra. Visto que o uso de marcadores moleculares nunca foi empregado para a delimitação das espécies de Atya e que seu uso de forma complementar à morfologia poderia aperfeiçoar a sistemática do gênero, o objetivo do presente estudo foi avaliar por meio de dados moleculares as hipóteses taxonômicas das espécies A. gabonensis, A. innocous, A. margaritacea e A. scabra. Sequências dos genes mitocondriais 16S e Citocromo Oxidase I e gene nuclear Histona 3 foram geradas por meio de protocolos de extração e sequenciamento de DNA a partir do tecido de espécimes obtidos em empréstimos/doações. Potenciais espécies evidenciadas pelas análises de similaridade nucleotídicas (distâncias genéticas), compartilhamento de caracteres em um contexto evolutivo (reconstruções filogenéticas), Automatic Barcode Gap Discovery, Poisson Tree Processes e Generalized Mixed Yule Coalescence foram confrontadas com as hipóteses taxonômicas específicas atuais. A avaliação sistemática com dados moleculares aqui realizada, adicionalmente às informações morfológicas existentes na literatura sustentaram A. gabonensis como uma espécie de distribuição anfi-atlântica, mas não corroborou a hipótese de A. innocous como uma espécie trans-ístmica. Assim, o uso do nome A. innocous para as populações do Mar do Caribe e A. tenella para aquelas restritas ao Pacífico é sugerido. A espécie A. margaritacea, distribuída ao longo da costa pacífica da América foi considerada uma espécie válida e distinta de A. scabra, amplamente distribuída na vertente atlântica da América do Sul, África e Mar do Caribe. Contudo, é discutida a possibilidade de uma espécie críptica restrita no Golfo do México existir. Adicionalmente, o conhecimento existente e pertinente para futuros estudos de sistemática e taxonomia sobre os camarões do gênero Atya foram sumarizados e são apresentados. / The genus Atya Leach, 1816 shrimps are the largest of the Atyidae family, and the 13 acknowledge species are geographically distributed in rivers and stream in the tropical and subtropical regions of America (Atlantic and Pacific drainages) and West Africa. The first registry of an Atya was in the XVII century and since then new species were described and previous description revised in an eventful taxonomic historic. Although throughout the XX century taxonomic revisions stabilized the genus systematics, the morphological variability and the trans-isthmic geographic distribution of A. innocous caused questioning. Moreover, molecular phylogenetic studies that included Atya representatives raised doubt on the genus systematics (possibly non-monophyletism) and some species A. gabonensis A. margaritacea and A. scabra hypothesis. As molecular markers have never been used concerning Atya species delimitation complementary to the morphology and it could improve the genus systematics, the goal of this study was to evaluate with molecular markers the taxonomic hypothesis of the species A. gabonensis, A. innocous, A. margaritacea e A. scabra. Sequences of the mitochondrial genes 16S and Cytochrome Oxidase I and nuclear gene Histone 3 were generated by means of DNA extraction and sequence protocols from specimens obtained in loans/donations. Putative species evidenced by the analysis of nucleotide similarity (genetic distances), character sharing (phylogenetic reconstitutions), Automatic Barcode Gap Discovery, Poisson Tree Processes and Generalized Mixed Yule Coalescence were compared to the prevailing taxonomic hypothesis. The systematic evaluation with the molecular data of this study, in addition with the morphological information in the literature sustain A. gabonensis as an amphi-atlantic distributed species, but do not corroborated A. innocous hypothesis as an trans-isthmian species. In this sense, the use of A. innocous stricto sensu for the Caribbeans Sea populations and A. tenella to that restricted to the pacific drainage of America is suggested. Atya margaritacea, distributed along the pacific drainage of America, is considered a valid species distinct from A. scabra, widespread distributed in the Atlantic drainage of America and Africa, besides Caribbean Sea. However, the possibility of a cryptic species in the Gulf of Mexico population is discussed. Aditionally, the relevant knowledge to future systematic and taxonomy studies about the shrimps of the genus Atya were summarized and are shown.
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Caracterização de populações de Anopheles darlingi (Diptera:Culicidae) do Brasil por estruturas de morfologia externa dos ovos, das asas e por sequências gênicas / Characterization of Anopheles darlingi (Diptera: Culicidae) populations from Brazil by external morphological structure of eggs, wings and gene sequencesMotoki, Maysa Tiemi 27 February 2012 (has links)
Introdução - A malária é uma das principais doenças humanas do mundo e afeta principalmente as populações pobres em regiões tropicais e subtropicais onde as condições ambientais são favoráveis tanto para a proliferação dos agentes etiológicos como dos mosquitos vetores. No Brasil, An. darlingi é considerado vetor primário de plasmódios humanos. Devido à importância médica, esse inseto tem sido objeto de campanhas de controle populacional. No entanto, não foi considerada a ocorrência de microevolução em An. darlingi e consequentemente, a possibilidade de populações diferentes apresentarem características biológicas distintas. Objetivo Verificar a presença de variabilidade genética e morfológica em populações de An. darlingi no Brasil. Metodologia - Foram analisados e comparados 26 atributos da morfologia externa de ovos de nove populações, bem como a morfometria geométrica da forma alar de espécimes de 10 localidades diferentes de Anopheles darlingi. Além disso, foram empregadas sequências do gene mitocondrial citocromo oxidase subunidade I (COI) para analisar a estrutura populacional de An. darlingi. Resultados e Conclusão Apesar dos atributos dos ovos apresentarem variação, somente as amostras de Tocantins e Pará foram diferenciadas das demais populações. As variações nas estruturas externas dos ovos são provavelmente adaptativas, com influência de fatores ambientais, como temperatura, umidade e disponibilidade de alimento para as fêmeas. A comparação da morfometria geométrica da asa demonstrou que existe maior similaridade entre as populações da costa (estados do Espírito Santo , do cerrado (estados de Goiás e Tocantins), do norte do rio Amazonas (estados do Amazonas e Amapá), e do sul do rio Amazonas (estados de Mato Grosso e Pará). As análises de COI demonstraram diferenciação das populações da costa da Mata Atlântica em relação às demais populações do Brasil central, Amazônia e Mata Atlântica do Interior. O padrão da diversidade de haplótipos de COI, os testes de neutralidade e a distribuição de diferenças pareadas indicaram recente expansão demográfica. A distância geográfica, as ecorregiões e fatores ambietais podem provavelmente limitar a dispersão da espécie, tendo alguma influência sobre a estrutura populacional de An. darlingi / Introduction Malaria is a major human disease that primarily affects poor persons in tropical and subtropical regions where environmental conditions are favorable to the proliferation of the etiological agent as well as vector mosquitoes. In Brazil, Anopheles darlingi is considered a primary vector of human plasmodia and has been the target of control campaigns because of its medical importance. However, the occurrence of microevolution in An. darlingi was not considered and, consequently, the possibility of different populations exhibit distinct biological characteristics. Objective Verify the presence of morphological and genetic variability in Brazilian Anopheles darlingi populations. Methods Twenty six attributes of external egg morphology were analyzed and compared in nine populations. Similarly, the geometric morphometry of wing shape was evaluated in ten An. darlingi localities. In addition, the mitochondrial gene cytochrome oxidase subunit I (COI) was employed to analyze the population structure of An. darlingi. Results and Conclusion - Although, egg attributes showed variation, only samples from Tocantins and Pará were differentiated from other populations. Variation in external egg structure is arguably adaptive in light of environmental factors such as temperature, humidity and food availability for females. Comparisons of wing geometric morphometry indicated that there is greater similarity between Coastal (Espírito Santo and Rio de Janeiro states) and Inner (São Paulo and Paraná states) populations of the Atlantic Forest, and differentiation of those from (Goiás and Tocantins states) and regions both north (Amazonas and Amapá states) and south (Pará and Mato Grosso states) of the Amazon Region. Cytochrome oxidase I analyses indicated differentiation between coastal Atlantic Forest populations (Espírito Santo and Rio de Janeiro states) and those from the cerrado, the Amazon and the interior Atlantic Forest. The pattern of COI haplotype diversity, neutrality tests and distribution of pairwise differences suggest a recent demographic expansion. Geographical distance, ecoregions and potentially environmental constraints may limit the species´ dispersal and influence the population structure of An. darlingi
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