Les systèmes d'information des entreprises, soumis à la fois à l'environnement économique et à l'avènement d'Internet, sont le cœur d'investigations multiples : on parle de refonte, fusion, architectures, etc. Il y a, d'un côté, la demande croissante en fonctionnalités de toute sorte, couvrant les diverses fonctions des entreprises comme les services commerciaux, les services responsables de la production, les services de direction et de management. De l'autre côté, les directions informatiques ont du mal à se situer, coincées entre l'attrait d'un éditeur de logiciel unique et la disponibilité d'applications concurrentes, parfois complémentaires sur le marché. <br />Disposer d'outils de gestion de la chaîne logistique, de gestion de la relation client ou d'achat en ligne, avoir la capacité de s'interfacer avec d'autres systèmes d'information sont devenus des impératifs. Les PGI (Progiciels de Gestion Intégrée), d'un outil interne, évoluent vers un outil de gestion interentreprises (appelé ECM, pour Enterprise Commerce Management). Les architectures de ces outils devront être adaptées, répondant aux soucis d'ouverture, d'interopérabilité, du respect de normes, de maintenance, d'autonomie et d'exigences fonctionnelles. Aussi, la tendance que l'on trouve avec les approches de l'EAI (Enterprise Application Integration) est à l'intégration d'applications indépendantes, de services, distribués à travers le réseau et permettant, ensemble, de satisfaire les besoins des utilisateurs.<br />C'est dans ce contexte que se situe notre problématique et en particulier ce que nous appelons des fédérations d'outils. Ces dernières sont un assemblage d'outils hétérogènes, géographiquement répartis, autonomes et dont l'intégration doit couvrir les attentes des utilisateurs.<br />L'approche que nous proposons aborde plusieurs axes : conceptuel, ou comment construire un système d'information composé d'outils hétérogènes ; opérationnel, définissant le mode de fonctionnement et de contrôle de la fédération ; et technologique, permettant aux différentes applications de participer à une fédération. Aussi, nous verrons en quoi l'architecture que nous proposons permet la construction de fédérations d'outils, leurs mises en oeuvre et leur contrôle à l'exécution.

Le relevé extérieur d'ouvrage architectural est le moyen de créer une représentation du bâtiment dans son état de conservation. Deux techniques d'acquisition à distance se distinguent par leur efficacité et la qualité des données produites : la photogrammétrie et le balayage optique. Ces deux techniques sont soumises aux règles de l'optique et ne permettent pas de mesurer les parties invisibles de l'objet. La combinaison des techniques peut améliorer la qualité des données, mais il subsiste toujours des zones non mesurées et de ce fait non représentables. Pour palier ce problème, nous émettons l'hypothèse que l'usage de connaissances architecturales peut permettre de recomposer les parties manquantes lors de la modélisation. Cette thèse propose un processus basé sur la combinaison de ces deux techniques et sur l'intégration des connaissances architecturales accessibles depuis la documentation écrite ou encore par les règles de construction des édifices. La complexité d'un ouvrage architectural et la multitude des données imposent une division de la modélisation en plusieurs étapes identifiables. Nous proposons de découper le processus de modélisation selon le mode de figuration des niveaux de détail utilisé pour la représentation de l'architecture. Les niveaux différents de détail permettent d'obtenir des étapes de modélisation clairement indentifiables, mais aussi un processus progressif où les informations peuvent être utilisées au fur et à mesure. Notre approche intègre ainsi les données dimensionnelles à la documentation architecturale, pour permettre la mise en place d'un processus de modélisation afin d'obtenir un modèle le plus complet possible

We all have a body: our own body and just one body. Through it, we move, we interact with the world and other persons, we perceive, basically we live. It's a unique essential object. If it is true that we have only one physical body, we also have many representations of it in the brain. There is little agreement about the exact number of body representations in the brain, but not on the fact that we have more than one. The multi-componential models of body representation are based on the notion, supported by scientific evidence that different activities demand and rely on specifically adapted representations. In my thesis, I studied one particular body representation that is used and involved in action planning and execution, i.e. the Body Schema. I have been able to describe and measure the plasticity of the Body Schema and its level of specificity in healthy individuals. In particular, using a tool-use paradigm, I showed that the Body Schema is quickly and efficiently updated once a change in the body configuration occurs. With a series of kinematic studies, I contributed unveiling the ingredients that rule the plasticity of the BS and the sensory information that is used to this purpose. As a result of my thesis, I suggest that a clearer definition and operational description of the Body Schema, as an action-devoted repertoire of effectors representations, is possible, particularly thanks to its plastic features.

Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (VFHCC) est un virus transmis par des tiques, appartenant au genre Nairovirus de la famille des Bunyaviridae. Il est réparti sur plus d’une trentaine de pays de plusieurs continents : Europe, Asie et Afrique ; avec une mortalité moyenne estimée de 30%. Le VFHCC peut causer à l’homme une maladie hémorragique très sévère et parmi divers symptômes, il peut induire une inflammation aigüe et des lésions hépatiques. Les phagocytes mononucléaires, les hépatocytes et les cellules endothéliales ont été décrits comme étant des cellules cibles lors d’études cliniques et post-mortem ainsi que lors d’études en modèle murin. Nous avons analysé, lors d’étude in vitro, la réponse cellulaire de cellules présentatrices de l’antigène (CPAs) et d’hépatocytes humains. Afin de mieux comprendre la pathogenèse du VFHCC, nous avons comparé la réponse de ces cellules avec celle du virus Dugbe (DUGV), un nairovirus génétiquement le plus proche de VFHCC considéré comme faiblement pathogénique. Finalement, afin améliorer la détection de DUGV in vitro et lors d’études épidémiologiques de terrain, nous avons développé un test moléculaire en temps réel pour détecter et quantifier DUGV.Nous avons observé que le VFHCC induisait une réponse inflammatoire chez les CPAs, en revanche, DUGV induisait une réponse plus forte, ce qui suggère que VFHCC induirait une inhibition sélective de certains médiateurs de la réponse pro-inflammatoire. Lors de l’infection in vitro des hépatocytes par le VFHCC, nous avons observé que le virus induisait du stress du RE, l’activation de l’IL-8 un médiateur pro-inflammatoire, et la modulation des deux voies pro-apoptotiques. Quand nous avons comparé cette réponse à celle induite par DUGV nous avons trouvé que la différence majeure était l’absence d’apoptose. Ces différences pourraient, en partie, expliquer le rôle du foie dans la pathogenèse induite par le VFHCC. / Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a widely distributed tick-borne member of the Nairovirus genus (Bunyaviridae) inducing an average mortality rate of 30% in humans. CCHFV induces a severe hemorrhagic disease in infected patients that includes, among other bleeding symptoms, acute inflammation and liver lesions. The mononuclear phagocytes, the hepatocytes and the endothelial cells were described to be the main target cells in both human clinical studies and animal model in vivo studies.We analysed the in vitro cellular response of host antigen presenting cells (APC) and hepatocytes. Then, to better elucidate the pathogenesis of CCHFV, we compared the response of these cells after infection with Dugbe virus (DUGV), a mild pathogenic virus genetically close to CCHFV. In order to improve DUGV detection in vitro and in field studies, we also developed a molecular real-time quantitative tool to detect and quantify DUGV.We found that CCHFV induced an inflammatory response in both APCs tested; however DUGV induced a higher cytokine/chemokine response in these target cells than CCHFV. Our results suggest that CCHFV was able to selectively inhibit the activation of some inflammatory mediators in the in vitro infection and that CCHFV/DUGV cellular response differences could be relevant in pathogenesis. On the other hand, when we in vitro infected hepatocytes with CCHFV, we observed that it was able to induce ER-stress, activate IL-8 secretion and modulate both mitochondrial and death receptor pathways of apoptosis. When we compared this cellular response with that induced by DUGV, we found that the most striking difference was the absence of apoptosis. These differences could, in part, explain the role of the liver in the pathogenesis induced by CCHFV.

Qu’est-ce qui nous pousse à utiliser un outil, et pourquoi un outil est-il accepté ou rejeté par un utilisateur ? Cette thèse propose d’étudier la question de l’acceptabilité (i.e. l'intention a priori d’utiliser un outil avant une utilisation) et surtout de l’acceptation (i.e. la décision ou l’intention d’utiliser un outil après une utilisation réelle), en l’examinant sous l’angle des aspects cognitifsde l’utilisation d’outils. Après une revue de la littérature sur ce sujet, qui recense 142 critères de l’acceptation, nous proposons une nouvelle grille de lecture théorique en classant les critères présents dans la littérature en quatre catégorie de critères : l’utilité, la facilité, l’esthétique et un dernier critère regroupant les différences contextuelles et individuelles de l’utilisateur. Suite ànotre partie théorique, qui explore également le domaine des outils cognitifs, les mécanismes de la prise de décision dans l’utilisation d’outils et le rôle de la métacognition, des résultats expérimentaux sont également présentés. Dans un premier ensemble d’expériences, les participants sont face à des outils physiques qui varient selon différents critères (utilité, facilitéet esthétisme). Nous nous intéressons aux différences qu’il existe entre les phases d’acceptabilité (exposition à court terme) et d’acceptation (exposition à long terme), notamment dans les représentations qu’ont les utilisateurs des outils, et si les préférences des utilisateurs sont guidées par des critères propres à l’outil. Les résultats montrent qu’il existe une hiérarchiedes critères. Dans la phase d’acceptabilité, c’est le critère de la facilité qui a la plus grande influence. En revanche, dans la phase de l’acceptation, c’est le critère de l’utilité qui a une plus grande influence, que ça soit en terme de préférence (classement des outils) ou de temps passé sur l’outil. L’esthétique n’a aucune influence sur les choix des utilisateurs. Dans un second ensemble d’expériences, nous étudions l’influence des performances pour différentes fonctions cognitives dans l’utilisation d’outils. Des participants sont exposés à des outils cognitifs qui assistent différentes fonctions cognitives (mémoire, attention visuelle, prise de décision). Nous avons cherché à savoir dans quelles fonctions cognitives les utilisateurs préfèrent être assistés, et si ces préférences sont rationnelles, à savoir si elles sont en lien avec leurs performances ou la méta-représentation de leurs performances dans ces mêmes fonctions cognitives. On observe que l’outil assistant la mémoire de travail est largement préféré, mais qu’il existe des profils d’utilisateurs, certains préférant être assisté en attention visuelle ou en prise de décision. Cette préférence est basée sur la méta-représentation de la performance, et non sur la performance enelle-même. Les résultats montrent en effet que plus les sujets estiment qu’ils sont mauvais dans une fonction cognitive, plus ils vont utiliser un outil qui assiste cette même fonction cognitive, et ce indépendamment de leurs performances réelles dans cette fonction cognitive. Enfin, une discussion générale étudie l’impact des résultats obtenus dans cette thèse. Dans cette dernièrepartie du manuscrit, nous proposons de réfléchir et de conclure sur les conséquences et les implications de nos résultats, et nous avançons des perspectives et des questionnements sur les évolutions futures des questions liées à l’acceptation de l’outil. / What drives us to use a tool, and why is a tool accepted or rejected by a user? This thesis proposes to study the question of acceptability (i.e. the a priori intention to use a tool, before use) and especially of the acceptance (i.e. the decision or the intention to use a tool, after real use), from the perspective of cognitive aspects of tool use. After a review of the literature onthis subject, which lists 142 criteria of acceptance, we propose a new theoretical reading grid by classifying the criteria present in the literature in four categories of criteria: Utility, ease of use, aesthetic and a final criterion, social, contextual and individual differences. Following our theoretical part, which also explores the field of cognitive tools, the mechanisms of decision making in the use of tools and the role of metacognition, experimental results are also presented. In a first set of experiments, participants are faced with physical tools that vary according to different criteria (utility, ease of use and aesthetics). We are interested in the differences between acceptability and acceptance phases and by criteria specific to the tool which guide user representations of tools and user preferences. The results show that there is a hierarchy of criteria. In the acceptability phase, it is the ease of use criterion that has the greatest influence. On the other hand, in the acceptance phase, the criterion of utility has a greater influence, whether in terms of preference (ranking position) or time spent on the tool. Aesthetics has no influence on user choices. In a second set of experiments, we study the influence of performances for different cognitive functions in the use of tools. Participants are exposed to cognitive tools that support different cognitive functions (memory, selective visual attention,decision making). We have sought to know in which cognitive functions users prefer to be assisted, and whether these preferences are rational, i.e. whether they are related to their performance or the meta-representation of their performance in these same cognitive functions. In the results, we observe that the tool assisting the working memory is widely preferred, butthat there are user profiles, some preferring to be assisted in visual attention or decision making. This preference is based on the meta-representation of the performance, and not on the performance itself. The results show that the more the subjects feel that they are bad in a cognitive function, the more they will use a tool that assists this same cognitive function, regardless of their actual performance in this cognitive function. Finally, a general discussion studies the impact of the results obtained in this thesis. In this last part of the manuscript, we propose to reflect and conclude on the consequences and the implications of our results, and we propose perspectives and questions on the future evolutions of the questions related to the acceptance of the tool.

Les tâches de saisie, de manipulation et d'assemblage d'objets de très<br />petites dimensions sont parmi les thèmes majeurs en micro-robotique. La<br />"micromanipulation" s'adresse d'une manière générale à la manipulation d'objets<br />de dimensions globalement comprises entre 1 micromètre et 1 mm et requiert une<br />résolution de positionnement en rapport avec ces dimensions. Le<br />micro-assemblage consiste à réaliser une séquence d'opérations élémentaires<br />conduisant à l'obtention de micro-composants constitués de différentes pièces.<br />La manipulation de chacune de ces pièces nécessite d'utiliser des effecteurs<br />dédiés, adaptés à leurs particularités (géométrie, dimensions, propriétés<br />mécaniques). Différents types d'outils doivent ainsi être utilisés<br />séquentiellement pour réaliser un micro-assemblage.<br /><br />Dans ce but, une station de micromanipulation a été réalisée. Elle est composée<br />d'une micropince montée sur un manipulateur à trois degrés de liberté. Un<br />système permettant de changer automatiquement l'extrémité de la micropince<br />(i.e. les outils) a plus particulièrement été étudié et réalisé. Il permet de<br />fixer alternativement les outils à l'actionneur de la micropince ou à un<br />magasin en utilisant une colle thermique. Celle-ci est liquéfiée par chauffage<br />ou solidifiée par refroidissement.<br /><br /><br />Ce système de changement d'outils apporte une flexibilité notablement accrue à<br />la station de micromanipulation et permet de réaliser des opérations de<br />micro-assemblage dans des espaces restreints comme par exemple la chambre d'un<br />microscope électronique à balayage. Un plan de travail compliant a également<br />été réalisé. Il permet de limiter les efforts en jeu pendant les opérations de<br />micromanipulation et d'améliorer ainsi le taux de réussite des opérations<br />délicates.

Dans le développement et la maintenance de logiciels de grande taille, la programmation globale est l'activité la moins formalisée, la moins assistée alors que c'est l'activité prépondérante, celle qui consomme le plus de temps. Nous décrivons les principaux concepts et mécanismes de Nomade, un noyau d'environnement pour supporter le développement et la maintenance de gros logiciels. Nomade constitue une extension et une généralisation de son prédécesseur Adèle. Il fournit un modèle pour la construction, l'intégration et le contrôle des logiciels en versions multiples et de leurs équipes. Nous présentons essentiellement la base d'objets et les mécanismes de contrôle de la structure du logiciel avec la notion de partition et d'activation d'outils basée sur le concept d'événement action. La base d'objets est conçue autour d'un modèle adapté aux besoins de la programmation globale qui inclut des notions "orientées objet". La base conserve la structure du logiciel : les objets logiciels, leurs versions, leurs documents, leurs attributs, leurs relations et leurs objets dérivés. Le mécanisme d'événements actions s'inspire des mécanismes d'activations (déclencheurs, démons, exceptions) développés dans d'autres domaines. Nous montrons comment Nomade permet de maintenir les contraintes de cohérence complexes rencontrées dans la programmation globale, de définir et d'intégrer les stratégies et les outils spécifiques à un environnement de développement et de maintenance.

Cette étude porte sur l'impact des fuites de CO2 provenant d'un réservoir géologique de stockage de CO2 sur un aquifère d'eau douce. Elle se distingue des autres études, réalisées sur le même thème, par la recherche et l'application, depuis l'échelle du laboratoire jusqu'à celle d'un site pilote, de nouveaux outils de monitoring et d'approche isotopique destinés à la détection précoce de fuite de CO2. Afin de tester ces outils, des échantillons solides et liquides provenant de l'aquifèrestratégique de l'Albien du Bassin de Paris ont été prélevés, analysés et utilisés pour une étude expérimentale en batch. Cette expérience permet de contraindre et de comprendre précisément les interactions eau-roche-CO2 et les réponses isotopiques. Une application grandeur nature en Norvège a permis de mettre en place ce programme isotopique et de suivre l'évolution de la composition isotopique en distinguant les processus et phénomènes naturels et les processus reliés à l'injection de CO2. Ces deux cas d'étude appliqués au contexte de détection de fuite de CO2 ont permis de choisir les outils isotopiques les meilleurs comme indicateurs indirects de la présence de CO2, dans le cas particulier des systèmes étudiés. L'efficience de ces outils isotopiques réside dans l'enregistrement de la trace laissée par la présence de CO2 au cours d'interactions eau/roche/CO2. L'utilisation de tels outils nécessite une méthodologie rigoureuse abordée dans ce manuscrit et nécessite d'être adaptée aux spécificités des sites envisagés.

Cette thèse aborde les formalismes pour la modélisation multi-physique en support au cycle en V de conception. Ce travail a été réalisé dans le cadre du projet ANR-MoCoSyMec, selon la méthodologie du prototypage virtuel fonctionnel (PVF) et illustré sur des systèmes électromagnétiques. Nous nous sommes principalement intéressés au langage VHDL-AMS, en tant que support aux différents niveaux de modélisation apparaissant dans le cycle en V de conception. Cela nous a conduits à traiter la portabilité et l'interopérabilité en VHDL-AMS de diverses méthodes et outils de modélisation. Nous avons proposé et validé, via le formalisme des composants logiciels ICAr, des solutions aux limites de l'utilisation de VHDL-AMS pour modéliser certains phénomènes physiques reposants sur des calculs numériques. Nous avons étendu la norme ICAr pour supporter des modèles dynamiques décrits par des équations différentielles algébriques (DAE) ; et pour des besoins de co-simulation, nous pouvons également y associer un solveur. Ces développements sont désormais capitalisés dans le framework CADES. Enfin, nous avons proposé une architecture pour le portage de modèles d'un formalisme à un autre. Elle a été définie et mise en oeuvre plus particulièrement pour des modèles magnétiques réluctants (Reluctool) et des MEMS magnétiques (MacMMems) vers le VHDL-AMS. Ces formalismes et méthodologies sont mis en oeuvre autour du PVF d'un contacteur électromagnétique.

La mucoviscidose est la maladie génétique létale la plus fréquente dans les populations d’origine Caucasiennes et résulte de mutations du gène CFTR. Bien que de nombreux travaux aient permis de comprendre le mode de synthèse et de maturation de la protéine ainsi que la fonction du canal CFTR, les mécanismes qui contrôlent l’expression de ce gène restent peu connus. En effet, le gène CFTR est finement régulé au niveau tissulaire et au cours du développement pulmonaire. Le contrôle de cette expression nécessite le recrutement d’éléments régulateurs qui modulent à la fois l’activité de son promoteur et la stabilité de son transcrit en contexte physiologique et lors de stress cellulaires induits par la pathologie. Le premier travail a été d’identifier en contexte physiologique des régulateurs, incluant des facteurs de transcription et des miARNs, qui participent à la répression de l’expression du gène CFTR dans des cultures pulmonaires fœtales et matures. La détermination d’éléments cis répresseurs a permis le développement d’outils capables de stabiliser les transcrits CFTR. Grâce à l’utilisation d’oligonucléotides modifiés bloquant la fixation des miARNs sur le transcrit CFTR, nous avons montré dans un modèle ex vivo issu de patients CF, une augmentation du taux d’ARNm et de la quantité de protéines CFTR (p.Phe508del) ainsi qu’une restauration de l’activité du canal muté. Le second travail fait suite à l’exploration du locus CFTR, par des séquenceurs de deuxième génération, des régions non codantes incluant les introns, séquences encore peu étudiées à ce jour. Sur une cohorte de patients CF chez qui une seule mutation avait été identifiée, nous avons détecté de nouvelles mutations affectant l’épissage à travers l’insertion d’un exon cryptique. L’utilisation d’oligonucléotides modifiés, spécifiquement localisés sur les introns ciblés, a permis de restaurer la séquence normale des transcrits. Enfin, dans le but d’identifier de nouveaux miARNs qui participent à la physiopathologie CF, le profil d’expression des miARNs a été évalué à partir de différents épithéliums respiratoires (polypes, nez, bronches) issus d’individus sains où atteints de mucoviscidose. La caractérisation d’éléments cis- et trans-régulateurs est essentielle pour poursuivre la compréhension des mécanismes impliqués dans l’expression du gène CFTR ainsi que pour déterminer de nouvelles cibles pour combattre la mucoviscidose. / Cystic Fibrosis is the most frequent lethal genetic disease in the Caucasian populations and results from CFTR gene mutations. Many studies improved the understanding of CFTR biogenesis and CFTR channel function, however the mechanisms driving the expression of this gene remains neglicted. CFTR gene displays a tightly regulated tissue-specific and temporal expression in the lungs. This regulation requires the recruitment of regulatory elements which modulate, the activity of CFTR gene transcription and the stability of its transcript, in both physiological and cellular stress conditions.Firstly, we identify regulators, including transcription factors and miRNAs, which contribute to the CFTR gene repression in pulmonary mature cells compared to fœtal cultures. Determination of cis-repressors elements led to the development of oligonucleotides that block specifically the binding of miRNAs on the CFTR transcrits and that stabilize it. Administration of these modified oligonucleotides, in a ex-vivo model taken from CF patients, increased CFTR mRNA level, p.Phe508del proteins amount, as well as restored CFTR channel activity.Secondly, by using a next generation sequencing approach, we explored the entire CFTR locus, including introns poorly studied. In CF patients in whom only one mutation had hitherto been identified, we found the second disease-causing CFTR mutation that results in aberrantly spliced transcripts due to the inclusion of a pseudoexon in the mature transcripts. We next tested the effect of pseudoexon skipping mediated by antisense oligonucleotides targeting splice sites on two of them. Our findings result in the restoration of the full-length, in-frame CFTR transcript, demonstrating the effect of antisense oligonucleotide-induced pseudoexon skipping in CF. Finally, in order to identify new miRNAs deregulated in CF and to determine their involvement in CF physiopathology, miRNA expression profiling was carried out in three airway epitheliums (polyps, nose, bronchi) taken from healthy individuals and CF patients.Characterization of cis- and trans-regulatory elements offers new understanding of the control of the CFTR gene regulation and new therapeutic targets for Cystic Fibrosis.