Comment la période nazie et la Shoah ont-elles été présentées dans les manuels d’histoire de fin de premier cycle de l’enseignement secondaire, publiés de 1950 à nos jours, en Allemagne, au Royaume-Uni, en Belgique francophone et en France ? Une étude comparative de leur contenu sera proposée, en accordant une place centrale à l’évolution de celui-ci et à l’apport, tant de la recherche historique que des différents événements ayant composé l’actualité de ces sujets depuis plus de cinquante ans. Alors que l’opinion publique européenne évoque fréquemment le profond mutisme sur la période nazie et la Shoah jusqu’à la fin des années quatre-vingts, les manuels d’histoire offrent, dès les années cinquante, un ensemble d’informations aux élèves de 14 à 16 ans, en Allemagne en particulier. Ces éléments de connaissance, certes lacunaires et imparfaits au départ, apparurent donc très tôt, rompant le silence, avant d’être considérablement augmentés et précisés à la fin du vingtième siècle. À l’échelle de notre étude, une nette différence quantitative et qualitative se dessine entre le solide contenu des manuels allemands et français, à un degré moindre toutefois, et les ouvrages britanniques, nettement plus limités sur notre sujet, les publications scolaires wallonnes ayant été très rares durant le dernier quart du vingtième siècle. / We can wonder how the nazi period and the Shoah have been presented in the history textbooks for secondary schools which have been published since 1950 in Germany, in the United Kingdom, in French-speaking Belgium and in France.We will compare their contents, by underlining the evolution of this content and the influence of the historic researches as well as the various events which have been topical over the last fifty years. Whilst the European public opinion often mentions the deep silence about this nazi period and the Shoah up to the late nineties, German textbooks provided pupils, aged 14 to 16, with important information, from the fifties. Although incomplete and imperfect at the beginning, this knowledge was quickly offered and broke the silence before being dramatically increased and more precise at the turn of the century. As far as quantity and quality are concerned, there is a sharp contrast between the German and French textbooks and the British ones which deal much less with this topic. As for Walloon textbooks, they were scarce from the seventies to 2000.

L’écosystème pélagique du Golfe du Lion a subi un changement très marqué de la dynamique de population des poissons petits pélagiques depuis 2008. L'anchois (Engraulis encrasicolus) et la sardine (Sardina pilchardus), exploités économiquement, sont devenus plus petits et plus maigres tandis que le sprat (Sprattus sprattus), non exploité car de faible valeur commerciale a fortement augmenté en abondance et en biomasse. Cette thèse analyse les changements observés en se basant sur la condition corporelle, i.e. les réserves énergétiques des individus, et les causes et conséquences de ses variations. La condition corporelle était optimale, en 2005 et 2006 pour l’anchois et la sardine, puis s’est dégradée depuis 2008 pour rester à de faibles niveaux depuis 2010. Les principaux paramètres expliquant les changements de condition corporelle sont la concentration zooplanctonique pour les deux espèces ainsi que la température de surface pour la sardine et le débit du Rhône pour l’anchois. Depuis 2008, les sardines les plus âgées semblent être les plus touchées par cette chute de condition. Le chapitre suivant a permis d'identifier des changements temporels des niches isotopiques qui sont aujourd’hui partagées par l’anchois et la sardine avec le sprat alors qu’elles ne l’étaient pas en 2004-2005. En plus de cette compétition potentielle, les proies aujourd’hui consommées sont de plus petite taille et probablement moins énergétiques. Ces deux résultats peuvent expliquer la plus faible condition actuellement observée par un apport nutritif actuellement réduit. Malgré les plus faibles réserves disponibles, les deux espèces investissent toujours autant dans la reproduction, voire même plus pour la sardine, comme suggéré par plusieurs proxys que sont l’indice gonado-somatique ou la durée de la période de reproduction. L’investissement énergétique semble donc se faire vers la reproduction au détriment de la survie, ce qui explique la disparition des sardines les plus âgées (celles en âge de se reproduire). Des effets maternels ont aussi été montrés, les plus grands individus pondant plus d’œufs et ceux en meilleure condition produisant des œufs de meilleure qualité. Le stock de sardine produit ainsi moins d’œufs depuis 2010 alors que l’anchois en produit plus, ce qui pourrait venir de l’augmentation du nombre d’individus et de l’abaissement de la taille et de l’âge à maturité. Dans une étude à large échelle, nous avons mis en évidence que la baisse de la condition est également perceptible dans d’autres zones de Méditerranée. Néanmoins, les variations de condition ne sont pas régies de façon synchrone en Méditerranée, pointant l’importance des facteurs locaux dans cette mer quasi-fermée. De plus, les anchois présentent une meilleure condition corporelle dans les zones de convergence des masses d’eaux (e.g. fronts, upwellings locaux) alors que les sardines préfèrent les zones de forte production primaire. Ces différences pourraient être liées aux différences dans le cycle de reproduction et dans le comportement alimentaire. Ces travaux de thèse complètent les précédents travaux faits sur les mécanismes top-down et soulignent ici le rôle que joue la ressource alimentaire (contrôle 'bottom-up') dans les variations de condition corporelle dans le Golfe du Lion et en Méditerranée. L’étude de la condition corporelle a aussi permis de comprendre les raisons de la troncation démographique observée chez la sardine. Malgré cela, il est toujours nécessaire d’estimer si un seuil létal de la condition corporelle existe chez nos espèces et d’améliorer le suivi zooplanctonique pour mieux comprendre le lien entre la productivité planctonique et la dynamique de population des petits pélagiques. Cette thèse permet une avancée notable dans la compréhension de la dynamique de population des petits pélagiques et permettra d’appréhender au mieux les répercussions écologiques et économiques de la baisse générale de leur condition dans toute la Méditerranée. / Multiple changes have been described since 2008 in the Gulf of Lions ecosystem and particularly in small pelagic fish dynamic. In particular, the two main exploited species, i.e. anchovy (Engraulis encrasicolus) and sardine (Sardina pilchardus) are now smaller and in poor condition while a third species, the sprat (Sprattus sprattus) strongly increased in terms of biomass and abundance. This PhD thesis investigated these changes through the analysis of small pelagic fish body condition (i.e individual energy stores) variations, its causes and consequences. Anchovy and sardine body condition was optimal in 2005 and 2006 and decreased after 2008 to remain steady at low level since 2010. Moreover, older sardine have particularly displayed poor body condition since 2008. A part of these changes is associated with changes in zooplankton concentration for both species, but also with both sea surface temperature and diatoms for sardine and Rhône outflow for anchovy. Thus, as bottom-up control was highlighted, the following chapter investigated potential changes in diet through isotope and stomach content analyses. Isotopic niche varied temporally and have been overlapping since 2010 for both anchovy and sardine with the sprat, resulting in a potential new trophic competition. Further, preys are also smaller and probably less energetic. Both studies may explain the poorer body condition by a reduced food supply. Although smaller energy stores are available, both species still allocate a large part of their energy to reproduction, as observed through e.g. gonado-somatic indices. This bias in energy allocation towards reproduction might impair survival and explain the disappearance of oldest mature sardine in the Gulf of Lions. Maternal effects were also underlined. Indeed, large individuals spawn more eggs while fatter individual spawn higher quality eggs. The decrease in size and condition has thus led to a lower production of eggs since 2010 for sardines while anchovy managed to maintain if not increase its egg production thanks to the expanding number of individuals and the decline of anchovy size and age at maturity. At a broader scale, we pointed out that fish body condition decreased in other Mediterranean areas such as the Adriatic Sea, the Catalan Sea or the Strait of Sicily. Nonetheless, body condition variations were not synchronous in the Mediterranean Sea, pointing out the importance of local factors in this quasi-enclosed basin. Furthermore, anchovy displays a better body condition in high energetic areas (fronts areas, local upwellings) when sardine prefers areas with high primary productivity. Those differences could be linked to the different reproductive cycles and trophic behaviours. This PhD thesis complements the previous work made on top-down processes and strengthens the bottom-up importance to determine forage fish body condition both in the Gulf of Lions and the Mediterranean Sea. Studying body condition allowed understanding the reasons of the sardine demographic truncation. Indeed, the older the individual the poorer the body condition, preventing them to achieve both reproduction and survival. This PhD thesis reaches new conclusions and improves knowledge on small pelagic fish dynamic in the Gulf of Lions. Although, further work is still necessary to estimate experimentally if a body condition threshold exists and to improve zooplanktonic monitoring to better understand the link between planktonic productivity and small pelagic fish dynamic. This will help to investigate deeply the ecological and economical consequences of small pelagic fish decreasing body condition in the Mediterranean.

En 1983, le rapport A Nation at Risk déclencha un mouvement national de réforme de l’éducation visant à faire de l’excellence scolaire la priorité des politiques éducatives des États. La Californie s’impliqua fortement dans ce mouvement, particulièrement dans le domaine de l’histoire. En 1988, les nouvelles Recommandations pour l’enseignement de l’histoire et des sciences sociales adoptées par le conseil californien de l’Éducation mirent l’histoire au centre du programme de social studies. Alors que les guerres culturelles divisaient le pays, la Californie élabora un programme qui visait à allier excellence scolaire et multiculturalisme. En 1998, la Californie définit des normes scolaires et des objectifs de niveau pour les écoles. À partir de là, les écoles furent tenues pour responsables des performances scolaires de leurs élèves. Contrairement à ce que les réformateurs avaient initialement prévu, les tests standardisés ramenèrent la mémorisation de faits isolés dans les classes d’histoire, au détriment du raisonnement critique et de la participation sociale. À travers le cas du district scolaire unifié de Los Angeles, nous étudions le mouvement pour l’excellence scolaire dans le contexte de l’hyperpluralisme politique et culturel californien. Nous isolons les étapes successives du processus de réforme depuis l’État jusqu’aux écoles afin de mettre en évidence plusieurs aspects de la politique éducative californienne : les objectifs politiques et la culture institutionnelle sur lesquels elle s’appuie, la complexité de la mise en oeuvre par les districts et les exigences contradictoires qui pèsent sur les enseignants. / In 1983, the report A Nation at Risk launched a national education reform movement to make academic excellence the states’ education policies top priority. California became deeply involved in this movement, particularly in the subject area of history. In 1988, the new History-Social Science Framework for California Public Schools, adopted by the State Board of Education, made history the focus of the social studies curriculum. While cultural wars were dividing the country, California drafted a framework aiming to combine academic excellence with multiculturalism. In 1998, California set academic standards and goals of achievement for schools. From then on, schools were held accountable for their students’ performance. Contrary to what reformers had initially planned, standardized testing brought memorization of discrete facts back to the history classroom, to the detriment of critical thinking and social participation. By focusing on the case of Los Angeles Unified School District, we examine the academic excellence movement within California’s political and cultural hyperpluralism. We single out the successive steps of the reform process from the state level to the schools to emphasize several aspects of California’s education policy: the political goals and institutional culture supporting the reform, the complexity of implementation at the district level, and the contradictory demands made on teachers.

L’enjeu de cette thèse sur Henry Fuseli est de tenter de montrer la façon dont cet artiste a conçu sa pratique de la peinture d’histoire comme un véritable spectacle. En nous appuyant notamment sur l’analyse du corpus d’œuvres shakespeariennes peintes, dessinées et gravées par l’artiste entre 1768 et 1825, nous avons essayé de mettre au jour les processus de « spectacularisation » à l’œuvre chez Fuseli. L’étude de la participation de l’artiste à la société anglaise et à ses divertissements - spectacles privés, fréquentation des théâtres publics et d’attractions plus populaires - a permis de mesurer en quoi une culture visuelle bien plus large que celle issue de la simple production théâtrale informe la production de l’artiste. Le spectacle populaire, véritable modèle caché du peintre, a nourri la réflexion de Fuseli sur la recherche de l’effet en peinture, dans sa relation avec la mémoire du spectateur. Contre l’idée commune faisant de Fuseli un peintre visionnaire, ancrant son œuvre dans sa seule imagination, cette thèse a pour ambition de montrer la nature du rapport éminemment matériel que l’artiste entretint avec les spectacles de son temps. La mise au jour du rôle des réminiscences de la scène de théâtre dans la création picturale et l’étude du transfert d’un certains nombre de « signes matériels » de la scène au tableau (tels que le cadre, les portes, le rideau…), nous ont permis de mettre en évidence l’esthétique en acte dans la peinture d’histoire de Fuseli. C’est la question de la relation que cette peinture instaure avec son spectateur qui clôt notre étude : une forme de pacte au sein duquel celui qui peint et celui qui regarde s’accordent, le temps du regard, pour croire à ce qui est donné à voir, afin d’en éprouver l’effet. / Trying to demonstrate how Henry Fuseli’s practice of history painting was truly conceived as a show is what is the challenge of this thesis. By basing ourselves mainly on the analysis of the corpus of Shakespearian paintings, drawings and engravings made by the artist between 1768 and 1825, we have tried to highlight the processes of spectacularisation (theatrical devices) within Fuseli’s work. The study of the artist’s involvement in the english society – his attendance to various entertainments such as privates shows, public theatres or even more popular scenes – enabled us to measure that the artist’s production is the result not only of the mere theater scene but accounts for a much broader visual culture. Hidden model for the painter, the popular scene nourished Fuseli’s thoughts in the search for painting effects and the induced relationship with the spectator’s memory. Despite the common belief of Fuseli being a visionary painter who’s work sets roots solely in his imagination, this thesis ambition is to show the very concrete and material links of the artist with the scenes of his time. Highlighting reminiscences of the theatre scene in the pictorial creation and the moving from the scene to the painting of a number of “material signs” (such as the frame, the doors, the curtain…) have enabled us to show the aesthetics performing within Fuseli’ history paintings. Our study ends with the relationship that these paintings generate with their spectator : a kind of pact in which for the time of a glance painter and spectator agree to believe in what is given to see so as to experi-ence its effects.

Le capricorne asiatique Anoplophora glabripennis est un exemple d’insecte ayant bénéficié du commerce international depuis l’Asie pour envahir une partie de l’Amérique du Nord où il est présent depuis les années 1990, et de l’Europe où sa présence a été détectée au début des années 2000. Cette espèce hautement polyphage se développe dans les arbres urbains et peut causer leur mort, soulignant l’importance du contrôle de sa population. En utilisant une approche pluridisciplinaire sur la base du modèle A. glabripennis, cette thèse vise à apporter de nouveaux éléments pour la compréhension globale des invasions biologiques. Dans un premier temps, j’ai cherché à retracer son cheminement dans le monde. Dans un second temps, j’ai cherché à savoir si certaines de ses caractéristiques biologiques avaient contribué au succès de son invasion. Enfin, j’ai abordé la question de l’impact écologique d’A.glabripennis en me focalisant sur les modifications de la faune de xylophages que sa présence aurait pu entrainer. Les résultats obtenus au cours de cette thèse ont permis de mettre en évidence une invasion complexe incluant plusieurs introductions ainsi qu’un scénario de tête de pont entre l’Amérique du Nord et l’Europe. Il apparait également que certains traits de l’espèce ont contribué à modeler son schéma de distribution. Sa résistance au stress thermique notamment a probablement favorisé son installation sous des climats variés. Par ailleurs, la dispersion naturelle d’A. glabripennis semble très limitée, mais mes résultats indiquent que l’espèce n’est pas restreinte par ses capacités physiologiques pour disperser. Enfin, l’étude préliminaire des faunes envahies ne révèle pas pour le moment d’effet de l’espèce sur les autres Cérambycidés. Au regard des autres cas d’invasion documentés, le cas d’A.glabripennis souligne donc la diversité des caractéristiques des espèces devenant invasives, et confirme la difficulté d’en dresser un portrait type. / The Asian longhorned Beetle Anoplophora glabripennis provides a good example of insects that benefited from international trade from Asia. It partly invaded North America, where it has been present since the 1990s, and Europe where its presence was detected in the early 2000s. This highly polyphagous species develops in urban trees and can cause their death, highlighting the importance of its management. The aim of this thesis was to use a multidisciplinary approach to study the invasion of A. glabripennis in order to bring new elements to the global understanding of biological invasions. I therefore first wanted to retrace its invasion route through the world. Secondly, I sought to know whether some of its biological characteristics had contributed to the success of its invasion. Finally, I addressed the question of the ecological impact of A. glabripennis by focusing on the alterations of the xylophagous fauna that its presence could have caused. The results obtained in this thesis revealed a complex invasion which includes several introductions as well as a bridgehead scenario between North America and Europe. It also appeared that some traits of the species contributed to shaping its distribution pattern. Notably, its resistance to thermal stress probably favored its installation in various climates. Furthermore, the natural dispersion of A. glabripennis seems very limited, but my results indicated that the species is not limited by its physiological capacities to disperse. Finally, the preliminary study of the invaded fauna did not reveal any effects of the species on the other Ceramycidae for the moment. In the light of the other cases of invasion documented, the case of A. glabripennis highlights the diversity of the characteristics of species becoming invasive, and confirms the difficulty of drawing a typical portrait.

Ce travail a pour objectif d’explorer les altérations de l’ADN et leurs conséquences potentielles pour les traits d’histoire de vie (survie, croissance et reproduction) d’un invertébré aquatique, Daphnia magna exposé à l’uranium appauvri. La démarche expérimentale vise à évaluer l’accumulation et la transmission des altérations de l’ADN suite à une exposition sur deux générations successives (F0 et F1). Différents scénarios d’exposition mis en place pour tester la sensibilité spécifique de divers stades de vie. Lors d’expositions continue et post-éclosion, les résultats mettent en évidence une accumulation et une transmission des dommages à l’ADN au fil des générations en parallèle de la sévérité des effets. Les altérations de l’ADN sont reportées dès l’éclosion de F1 dès 2 µg.L 1. Les effets sur la croissance et la reproduction sont plus sévères lorsque le stade embryonnaire est exposé et restent visibles dès 9,9 µg.L-1 malgré un retour en milieu non contaminé à l’éclosion. Les résultats suggèrent que les dommages à l’ADN pourraient être des indicateurs précoces de futurs effets sur les traits d’histoire de vie. Une analyse mécanistique des résultats expérimentaux est conduite à l’aide du modèle DEBtox afin de mieux cerner les causes de l’aggravation des effets au cours des générations. Un modèle à deux facteurs de stress (l’un corrélé à la concentration d’exposition et l’autre à un niveau de dommages) est développé. Les ajustements suggèrent l’implication d’un second mode d’action (une augmentation des coûts de croissance et de maturation) pour expliquer les effets immédiats de l’uranium sur la nutrition et les conséquences des dommages accumulés au fil des générations. / This PhD work explored how depleted uranium alters DNA and affects life history traits (survival, growth and reproduction) of an aquatic invertebrate, Daphnia magna. An experimental study is performed to evaluate DNA accumulation and transmission during an uranium exposure over two successive generations (F0 and F1). Different exposures scenarios are achieved to test the specific sensitivity of several life stages to uranium. Genotoxic effects are estimated using random amplified DNA technique combined with PCR. In continuous and post-hatching exposure scenarios, results highlighted an accumulation and a transmission of DNA damage across generations with an increase in effect severity. DNA alterations are reported at hatching of F1 at 2 µg L-1. Effects on growth and reproduction are stronger when the embryo stage is exposed and remain visible at 9.9 µg L-1 despite a return in a clean medium at hatching. Results suggest that DNA damage could be used as early indicators of future effects on life history traits. A mechanistic analysis of experimental results is conducted using a DEBtox model to better understand the causes of the increase in effect severity across generations. A model with two stress factors (one correlated to external concentration and another correlated to a damage level) is developed. Results of fits suggest the involvement of one second mode of action (increase in costs for growth and maturation) to explain immediate effects of uranium on nutrition and consequences of cumulated damage across generations.

Les changements phénotypiques et génétiques consécutifs au processus de domestication et plus largement du passage d'un environnement sauvage aux agro-écosystèmes sont bien décrits chez les espèces végétales. Cependant, l’impact de ces changements de traits d'histoire de vie sur les populations de pathogènes infectant les hôtes domestiqués a jusqu’alors été très peu abordé. En particulier,quelles sont les conséquences sur les traits d’histoire de vie des pathogènes du passage d’un milieu sauvage caractérisé par une grande hétérogénéité d’hôtes à des agro-écosystèmes bien plus denses et homogènes génétiquement? Est-ce que le génome des pathogènes porte des signatures de changements démographiques ou de sélection en relation avec la domestication de leurs hôtes ? Ces questions traitées dans le cadre de la présente thèse ont porté sur le champignon Venturiainaequalis, agent pathogène de la tavelure du pommier, qui partage en Asie Centrale le même centre d’origine que son hôte endémique sauvage Malus sieversii. Les travaux reposent principalement sur 1)l'étude du passage de souches sauvages virulentes sur pommier résistant VF expliquant le contournement rapide de cette résistance et 2)l'étude de génomique des populations et de variations phénotypiques comparant une population de V. inaequalis échantillonnée sur M.sieversii au Kazakhstan, préalablement identifiée comme étant une relique de la population ancestrale, et d'une population Kazakhe de milieu anthropisé. Ces deux populations sont génétiquement différenciées et partiellement isolées reproductivement. L’utilisation des deux méthodes d’inférence l'une l'ABC et l'autre dadi basées sur l’alignement de 10 994 gènes échantillonnés au sein des deux populations révèlent une histoire complexe de contact secondaire, où le champignon aurait dans un premier temps « suivi » la plante hôte à travers le monde au cours de la domestication (modèle de l'hosttracking) puis échangerait à nouveau depuis peu des gènes avec la population ancestrale au Kazakhstan. Cette situation originale de remise en contact secondaire favorisant la mise en évidence d’incompatibilités génétiques, permet à la fois d’envisager de détecter des gènes impliqués dans l’adaptation à l’habitat (pommier cultivé versus Malus sieversii) et dans l’isolement reproductif post-zygotique. L’analyse des 36 génomes séquencés a ainsi permis d’identifier plus de 602 gènes présentant un indice de différentiation (Fst) supérieur à 0,7 autant de gènes verrous faisant potentiellement obstacle aux flux de gènes homogènes entre ces deux populations. Enfin, l’analyse phénotypique de ces deux populations montre que la domestication du pommier a profondément modifié les traits d’histoire de vie de V. inaequalis liés à sa dispersion. L’ensemble de ces analyses a donc permis d’identifier des locus candidats potentiellement impliqués dans des modifications des traits d’histoire de vie, et dans des barrières géniques, en lien avec la domestication du pommier. / Phenotypic and genetic changes occurring during the process of domestication are well described in plants. However, the impact of domestication in life history traits of their pathogens has been poorly studied. In particular, what are the consequences on the life history traits of pathogens that switch from the wild habitat characterized by a high host genetic and spatial heterogeneity to a much more dense and genetically homogeneous agroecosystems? Have pathogen’s genomes particular signatures of demographic changes or of selection related to the domestication of their host? Here we focused on the fungus Venturia inaequalis, causal agent of apple scab, that shares in Central Asia the same center of origin of its wild endemic host Malus sieversii. In the first part of this work we retrace evolutionary history of a population from the wild that was responsible for the rapid breakdown of the Vf resistance gene in apple orchards. We then highlight the threat of wild habitat to scab resistance apple cultivars and thus the necessity to take into account the wild in the management of resistance genes. In the second part, a comparative study based on phenotypic and genomic data was carried out between two populations sampled in Kazakhstan on M. sieversii, either in anthropized areas or in non anthropized area, the latter being identified as a relic of the ancestral population of V. inaequalis. These two populations were genetically differentiated and partially reproductively isolated. The use of two methods of inference (ABC and dadi) based on the alignment of 10 994 genes sampled in the two populations revealed a complex history of a secondary contact event. The fungus would have first followed its host worldwide by "Host-tracking" during the domestication process and then very recently it would re-exchange genes with its ancestral population in Kazakhstan. Secondary contact context is particularly favorable to detect genetic incompatibilities, this particular situation could then allow identification of genes involved in adaptation to habitat (cultivated apple versus M. sieversii) and in post-zygotic reproductive isolation. Analysis of 36 sequenced genomes has identified more than 602 genes with an index of differentiation (Fst) greater than 0.7, what represents numerous candidates genes of potential barriers to homogeneous gene flow between these two populations. Comparative phenotypic analysis between these two populations such spores size and capacity to sporulate showed that apple domestication would have also modified life history traits of V. inaequalis related to its dispersion. This study has allowed identification of candidate loci potentially involved in changes in life history traits, and genetic barriers in pathogen related to the domestication of apple.

Face à la menace des pathogènes présents dans l’environnement, l’immunité représente une fonction cruciale pour la survie des organismes. Cependant, cette fonction représente divers coûts de développement et d’utilisation, et le caractère limité des ressources dans l’environnement impose des compromis d’allocation entre différentes fonctions (immunité, croissance, reproduction). Sur le long-terme, ces choix peuvent avoir de lourdes conséquences sur les probabilités de se reproduire et de survivre à chaque âge. L’objectif de cette thèse a été de décrire les variations avec l’âge du phénotype immunitaire d’un mammifère longévif, le chevreuil (Capreolus capreolus) et de mieux comprendre les compromis régissant l’allocation de ressources entre l’immunité et les autres grandes fonctions de l’organisme. Cette thèse a été menée au sein de deux populations naturelles, permettant de tester l’influence de conditions environnementales contrastées sur ces variations. Nous avons montré qu’une croissance rapide pendant les premiers mois de vie du chevreuil n’imposait pas de coûts en terme de développement du phénotype immunitaire sur la même période (niveaux des traits innés et acquis), ni sur le long-terme. Nous avons aussi montré que le développement de l’immunité des jeunes n’était pas dépendant de l’âge de leur mère, mais était fortement influencé par la condition corporelle de celle-ci. Chez les adultes, nous avons décrit les variations avec l’âge d’une dizaine de traits reflétant l’immunité innée et adaptative. Cela a permis de mettre en évidence de profondes modifications du profil immunitaire aux âges avancés, i.e. une augmentation de la production de marqueurs inflammatoires (haptoglobine, beta-globulines) et une diminution de la réponse adaptative (lymphocytes). L’augmentation parallèle avec l’âge de la charge parasitaire des individus appuie l’idée que le chevreuil est sujet à l’immunosenescence. Enfin, nous avons montré que la longueur des télomères leucocytaires varie avec l’âge. Nous n’avons pas trouvé d’associations entre la longueur des télomères et les proportions de chaque forme leucocytaire (neutrophiles, monocytes, lymphocytes). Cependant, nous avons montré que de forts niveaux de certains marqueurs inflammatoires (beta- et alpha1-globulines) semblent être associés à des télomères courts dans les cellules immunitaires. Ces résultats ouvrent de nombreuses pistes pour une meilleure compréhension des mécanismes physiologiques à la base du vieillissement / Immunity determines an organism’s sensitivity to pathogens and parasites and thus represent a crucial function that affects survival of individuals in the wild. However, this function represents several energy costs for development and use, and in natural conditions, resources are limited. Organisms consequently face energy allocation trade-offs between costly functions such as immunity, growth or reproduction. On the long term, these allocations are supposed to have serious consequences on probability of individuals to reproduce and to survive at each age.The aim of this thesis was to describe age-related variations of immune phenotype in a wild and long-lived mammal, the roe deer (Capreolus capreolus), and to provide a better understanding of energy trade-offs between immune function and other life-history traits. This thesis was conducted in roe deer of both sexes and from two natural populations, which allow to test the influence of sex and contrasting environmental conditions on these variations.We first described that rapid growth did not impair the development of young roe deer immune phenotype (levels of innate and adaptive traits), neither on the short-term (during growth), neither on the long-term (during adulthood). We also proved that immune development of juveniles was not dependent of maternal age, but was strongly influenced by maternal body condition. In adult roe deer, we have described the precise patterns of age-related changes in ten immune traits reflecting both innate and adaptive immunity. It revealed that roe deer are subjected to profound changes in their immune profile with increasing age, i.e. an increase in the production of inflammatory markers (haptoglobin, beta-globulin) and a decrease in the adaptive response (lymphocytes). In the same individuals, the parallel increase with age of parasite load supports the idea that deer are subject to immunosenescence. Finally, we described age-related changes in leukocyte telomere length. We found no associations between telomere length and proportions of each leukocyte form (neutrophils, monocytes, lymphocytes). However, we observed that high levels of some inflammatory markers (beta- and alpha1-globulin) tend to be associated with short telomeres in immune cells. These results open many avenues for a better understanding of the physiological mechanisms underlying aging

Vitis vinifera L. représente l’une des cultures les plus répandues dans les pays producteurs de vin, laquelle est soumise à de nombreuses contraintes environnementales pouvant favoriser l’émergence des maladies de dépérissement du bois (MDB). La famille des Botryosphaeriaceae est responsable du Botryosphaeria dieback, provoquant des chancres et des nécroses qui conduisent à une dépréciation de la qualité du vin, voire à la mort des ceps. Les méthodes de lutte sont peu efficaces. Sept espèces sont retrouvées dans le vignoble français dont B. dothidea, D. intermedia, D. mutila, D. seriata, Do. viticola, N. parvum et L. viticola. Nous avons étudié différents traits d’histoire de vie de ces agents pathogènes : (i) leur agressivité in planta, (ii) leur adaptation à des contraintes environnementales (e.g. température, fongicides), (iii) la présence de mycovirus, pour acquérir des connaissances sur leur pouvoir adaptatif face aux contraintes environnementales et expliquer la variabilité de leur agressivité. En complément, l’évaluation de la sensibilité de cultivars de Vitis face à une infection par N. parvum et D. seriata a été réalisée, et le potentiel de défenses de différents cépages (Ugni Blanc, Cabernet-Sauvignon et Merlot) a été étudié. L’ensemble des travaux menés ont permis de révéler des espèces très agressives telles que N. parvum et L. viticola par rapport à D. seriata, lors d’inoculations en serre sur des boutures. Les températures optimales de croissance déterminées montrent que certaines espèces (ex. Lasidiplodia spp.) sont mieux adaptées à des températures élevées (33°C). Par ailleurs, la sensibilité de 65 souches et génotypes a été testée pour 9 fongicides avec des modes d’action différents (inhibiteurs de la respiration mitochondriale, de la biosynthèse des stérols, du cytosquelette, multi-sites, etc.). De nombreuses espèces sont peu ou pas sensibles à certains de ces fongicides et des souches résistantes ont été trouvées avec un facteur de résistance pouvant atteindre plus de 1000. D’autre part, la détection de mycovirus au sein des 65 isolats a permis d’identifier la présence de 6 mycovirus, dont Neofusicoccum luteum mitovirus 1 et Neofusicoccum luteum fusavirus 1. L’évaluation du potentiel de défense des trois cultivars Vitis face à une infection par N. parvum et D. seriata a montré des réponses différentes entre cépages et en fonction de l’agent pathogène. In fine, des analyses croisant les différents traits d’histoire de vie et les interactions plante-pathogènes ont été faites, et l’ensemble des résultats nous a fourni de nouvelles pistes d’étude pour lutter contre ces agents pathogènes. / Vitis vinifera L. is largely cultivated in countries producing wine but an increase in grapevine trunk diseases (GTDs) have been observed due to the attack of several fungal pathogens including those belonging to the Botryosphaeriaceae family (Botryosphaeria dieback). Seven species were isolated in the French vineyards B. dothidea, D. intermedia, D. mutila, D. seriata, Do. viticola, N. parvum and L. viticola. Nowadays, no efficient products are available to control these diseases. Studying, different life traits of 65 strains of different genotypes of the Botryosphaeriaceae’s family, known to have members displaying different aggressiveness, would lead to a better understanding of these wood pathogens. Their in planta aggressiveness, their adaptation towards environmental pressures (temperature, fungicides), and the detection of mycoviruses were carried out. In order to have a better comprehension of the interaction within the plant, the expression analysis of genes involved in the plant defense were assayed upon 3 cultivars (Cabernet Sauvignon, Merlot, and Ugni-Blanc) but also on two species (N. parvum and D. seriata). L. viticola, and N. parvum, were shown to be more aggressive than D. seriata and. L. viticola is more adapted to higher temperature (33°C). Moreover, the strains tested with 9 different fungicides (mitochondrial respiratory, sterol biosynthesis, cytoskeleton or multisite inhibitors, etc.) showed lower sensitivity within some species, (with a resistance factor reaching a 1000). In addition, at least 6 mycoviruses were characterized. Amongst them, two mycoviruses were isolated from a N. luteum strain and were fully sequenced (Neofusicoccum luteum mitovirus 1 and Neofusicoccum luteum fusavirus 1). The three cultivars infected with either N. parvum or D. seriata showed different gene responses between themselves but also between the different strains inoculated. These different studies are giving us more information upon these Botryospheriaceae fungi, to find out new efficient or complementary methods in order to control GTDs

Cette thèse étudie l’influence de la diversité des tactiques d’histoire de vie sur la dynamique des populations de deux salmonidés à migration partielle: le saumon Atlantique, Salmo salar et la truite commune, Salmo trutta. Ces deux espèces ont de fortes valeurs écologique et économique, mais les rôles respectifs des individus résidents et migrateurs sur la dynamique et la résilience des populations à des changements environnementaux demeurent méconnus. Nous avons abordé ces questions par des approches démographiques, génétiques et de modélisation. Nous avons démontré que la détermination de la tactique d’histoire de vie est en partie plastique et permet aux individus juvéniles de migrer en réponse à un changement de l’environnement. De plus, cette thèse démontre que la diversité des tactiques permet aux populations à migration partielle de bénéficier d’un changement favorable de l’environnement et de réduire l’effet d’un changement défavorable sur la dynamique de populationCes deux processus pourraient expliquer la plus forte résilience des populations à migration partielle face aux variations environnementales par rapport aux populations strictement résidentes ou migratrices. Toutefois, étant donné les différences de stratégies chez le saumon Atlantique et la truite commune, nos résultats suggèrent que la truite a une meilleure capacité de réponse aux changements environnementaux et un niveau de résilience plus élevé que le saumon Atlantique / This thesis investigates the influence of the tactic diversity on population dynamics in two partially migratory salmonids: Atlantic salmon, Salmo salar and brown trout, Salmo trutta. These two species have high ecological and economic values but the role of migrant and resident individuals on population dynamics and resilience to environmental changes is currently largely unknown. I undertook a multidisciplinary approach combining demographic, genetic, and modeling tools to address these issues in populations from France. I found that tactic determination is partly plastic as juveniles can respond to environmental variations by migrating. In addition, this thesis showed that tactics diversity in partially migratory populations enables a better use of favorable environmental conditions and buffer the effects of unfavorable conditions on their dynamics.These two processes might promote a higher resilience of partially migratory populations to environmental change, including anthropogenic effects, than in solely migratory or resident populations. Nonetheless, given the different strategies in Atlantic salmon and brown trout, my results suggested that brown trout should have better abilities to response to environmental changes and a higher level of resilience than Atlantic salmon.