L’étude des interactions hôtes-parasites est devenue un thème de recherche incontournable pour les sciences de l’évolution. Cette coévolution complexe dépend de nombreux compromis évolutifs et peut être grandement influencée par les facteurs environnementaux. Nous nous proposons ici d’étudier les interactions hôtes-parasites à plusieurs échelles, à travers des approches expérimentales et des études en populations naturelles, en étudiant les parasites de la malaria aviaire. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à l’influence des caractéristiques de l’hôte et notamment au système immunitaire. Le système immunitaire est bénéfique pour l’hôte dans sa lutte contre le parasite, mais peut également engendrer des coûts immunopathologiques. Des traits d’histoire de vie, comme l’âge ou le statut social peuvent modifier la parasitémie au sein des hôtes, sans toutefois avoir d’effet sur la prévalence. Dans un second temps, l’effet de certains facteurs environnementaux a été évalué au sein des interactions hôtes-parasites. La température et la contamination en métaux lourds ont un effet sur la prévalence dans les populations, mais n’affectent pas la parasitémie. Au cours de cette thèse, nous avons également montré l’influence directe des parasites sanguins sur la structure génétique des populations hôtes, notamment au niveau des gènes du CMH. / Host-parasite interactions are one of the main topics in evolutionary sciences. This complex coevolution depends on several trade-offs and can be influenced by environmental factors. Here, we propose to study host-parasite interactions with a multi-level approach, using experimental and natural population studies, focusing on avian malaria parasites. First, we studied the effect of host characteristics, and more precisely the immune system. The immune system confers benefits in terms of protection against the parasite, but can also generated immunopathological costs. Life history traits, like age or social status, appear to modify parasitemia but not prevalence. In a second part, we evaluated the effect of environmental factors on host-parasite interactions. We found that temperature and heavy metal contamination had an effect on population prevalence, but not on host parasitemia. We also showed the direct parasite influence on host population genetic structure, and more precisely on MHC genes.

L'hétérogénéité du paysage, définie par la composition en habitats et leur configuration spatiale, est considérée comme un facteur majeur affectant la biodiversité. Cependant, les effets de la composition et de la configuration sont souvent confondus du fait de corrélations entre les descripteurs de ces deux composantes. Il est crucial de déterminer leurs effets indépendants pour comprendre les processus qui contrôlent la biodiversité, et allouer les ressources dédiées à la conservation des espèces aux actions de gestion les plus pertinentes. L'objectif de cette thèse est, grâce à la mise en place de protocoles pseudo-expérimentaux dans l'ouest de la France, d'étudier les effets indépendant de la composition et de la configuration paysagère sur la richesse spécifique, la composition spécifique et la composition en traits fonctionnels des coléoptères carabiques et plantes vasculaires. Ces indices de diversité ont été mesurés au niveau du paysage (diversité gamma), et différentes représentations paysagères ont été testées pour comprendre le rôle de l'hétérogénéité de l'espace cultivé, au-delà de la seule prise en compte des habitats semi-naturels. Les résultats indiquent que l'hétérogénéité paysagère joue un rôle de filtre écologique sur les espèces de carabes et de plantes en fonction de leurs traits fonctionnels. La composition paysagère affecte la composition spécifique de ces groupes, les divers habitats hébergeant des communautés différentes. La configuration affecte la diversité des carabes en lien avec des processus possibles de complémentation entre habitats, tandis qu'elle n'a pas d'effet sur la diversité des plantes, qui ne semble donc pas déterminée par les processus de dispersion. Enfin, nos résultats soulignent que l'hétérogénéité liée aux habitats agricoles contribue à la diversité gamma. / Landscape heterogeneity, defined by habitats composition and their spatial configuration, is considered as one of the main factor affecting biodiversity. However, the effects of landscape composition and configuration are often confounded because of correlations between the descriptors of these two components. It is crucial to separate the effects of compositional and configurational heterogeneity to understand the ecological processes driving biodiversity and to allocate conservation resources to the most effective actions. Mensurative experiments were carried out in western France to assess the independent effects of landscape composition and configuration on species richness, species composition, and functional traits composition of carabid beetles and vascular plants. These diversity indices were measured at landscape level (gamma diversity), and different landscape representations were tested to address the role of the farmland heterogeneity, beyond the semi natural habitat / farmland matrix dominant representation. Results indicate that landscape heterogeneity act as an ecological filter on carabid and plant species according to their functional traits. Landscape composition affects species composition because different communities benefit from the various habitat types. In addition, landscape configuration influences carabid beetles diversity in relationships with possible complementation processes between habitats, but had no effect on plant diversity, suggesting dispersal was not a driving process of plant diversity. Furthermore, we found that the heterogeneity related to cultivated lands contributes to gamma diversity.

La dynamique d’une population résulte de la combinaison de plusieurs traits d’histoire de vie qui sont façonnés par l’histoire évolutive de cette population. L’altération d’un de ces traits par des contraintes environnementales peut donc avoir des effets sur la persistance de la population. Les ajustements individuels de certains traits phénotypiques pourraient permettre à cette population de répondre rapidement à ces contraintes sans la nécessité immédiate d’adaptations génétiques. Durant cette thèse, la variabilité de certains traits a été identifiée chez 3 espèces sentinelles des écosystèmes polaires. Ces résultats permettent de mieux comprendre les associations entre ces traits et les pressions évolutives qui en sont à l’origine, ainsi que l’importance de traits tels que la personnalité dans la part inexpliquée de la variabilité de la valeur sélective des individus. A terme, nous pourrions ainsi mieux évaluer la capacité d’adaptation des populations face aux changements globaux. / Population dynamics is driven by several life history traits shaped by the evolutionary history of the population. The alteration of one of these traits by environmental constraints may thus have effects on the population persistence. Individual adjustments of some phenotypic traits could then enable this population to rapidly respond to these constraints without the immediate necessity of genetic adaptations. During this PhD project, we identified variability in some of these traits in 3 sentinel species of polar ecosystems. These results allowed us to better understand the associations between these traits and the evolutionary pressures underlying these associations, as well as the importance of traits such as personality in the amount of variability in individuals’ fitness that remains unexplained. In the long term, we should then be able to better gauge the adaptive capacity of populations to face global changes.

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Saudações, Maria Auxiliadora on 2017-03-08T19:03:19Z (GMT) / Submitted by Tatiana Polliana Pinto de Lima (tatyalima@yahoo.com) on 2017-03-08T19:12:54Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado em Educação - Tatiana Polliana Pinto de Lima.pdf: 4107381 bytes, checksum: 97b307bc2606240a47ea39d3834e5d42 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Auxiliadora da Silva Lopes (silopes@ufba.br) on 2017-03-14T17:53:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado em Educação - Tatiana Polliana Pinto de Lima.pdf: 4107381 bytes, checksum: 97b307bc2606240a47ea39d3834e5d42 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T17:53:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado em Educação - Tatiana Polliana Pinto de Lima.pdf: 4107381 bytes, checksum: 97b307bc2606240a47ea39d3834e5d42 (MD5) / O texto “Entrelaçando Saberes e Práticas: a História ensinada no 5º ano do Ensino Fundamental na cidade do Salvador/BA” foi construído em consonância com uma pesquisa que busca compreender como no cotidiano da sala de aula a disciplina História é organizada no 5. Ano do Ensino Fundamental a partir das falas de duas professoras da Escola Municipal Luiz Anselmo e das escritas de cinquenta e quatro docentes das mais diversas escolas da rede municipal de Salvador. A pesquisa foi desenvolvida a partir de uma abordagem quali-quantitativa, que acontece em dois momentos. A primeira fase foi realizada na Escola Municipal Luiz Anselmo, localizada no bairro de Luiz Anselmo, em Salvador/BA, a partir de entrevistas com duas docentes, observações do cotidiano escolar, das salas de aula das docentes e da escrita de um Jornal de Pesquisa. A segunda fase contou, como principal instrumento de coleta de dados, com um questionário aplicado em 35 escolas municipais da cidade, escolhidas aleatoriamente. Ao final percebe-se que as professoras da Rede de Educação do município de Salvador/BA reconhecem que é necessária uma mudança na forma como os conteúdos são selecionados e no modo como estão sendo trabalhados em sala de aula. Deixam transparecer que, mesmo desesperançadas, em alguns momentos, em outros espaços-tempos, buscam trazer para suas salas de aula recursos e metodologias diversas e enriquecedoras que tornem, em suas óticas, as aulas de História prazerosas. / ABSTRACT The text "Weaving knowledge and practices: the history taught in the fifth grade of elementary school in the city of Salvador/BA" was built in line with a survey that aims to understand how the discipline History is organized in fifth grade everyday classroom of elementary school based on two teachers view of the Municipal School Luiz Anselmo and on the writings of 54 teachers from different schools of Salvador. The research was developed based on a qualitative and quantitative approach, which takes place in two phases. The first phase was held at the Municipal School Luiz Anselmo, located in the neighborhood of Luiz Anselmo, in Salvador/BA, from interviews with two teachers, observations of daily life, the classrooms of teachers, and the writing of a Research Newspaper. The second phase had, as the main instrument of data collection, a questionnaire applied in 35 schools in the city, randomly chosen. The study highlights that the teachers of the Municipal Educational System of the city of Salvador/BA recognize that there is a need for a change in the way the contents are selected and how they are being worked in the classroom. They report that, even hopeless in a few moments, in other spaces and times they try to bring various and enriching methodologies to their classrooms that make, in their view, History lessons more enjoyable. / RESUMEN El texto “Entrelaçando Saberes e Práticas: a História ensinada no 5º ano do Ensino Fundamental na cidade do Salvador/BA” se construyó de acuerdo con una investigación que intenta comprender cómo se organiza en la rutina del aula la enseñanza de historia en el 5 año la Escuela Primaria tenendo em cuenta los discursos de dos maestras de la Escuela Municipal Luiz Anselmo y los escritos de cincuenta y cuatro maestras de varias escuelas municipales de Salvador. La investigación se desarrolló con enfoque cualitativo y cuantitativo, que se lleva a cabo en dos etapas. La primera fase se llevó a cabo en la Escuela Municipal Luiz Anselmo, ubicada en el barrio Luiz Anselmo en Salvador / BA, tenendo en cuenta entrevistas con dos maestras, observaciones de la rutina de la escuela, de las aulas de las maestras y la escritura una revista de investigación. La segunda fase tiene como el principal instrumento de recolección de datos un cuestionario que ha sido aplicado en 35 escuelas municipales de la ciudad, elegidas al azar. Al final, se concluye que las maestras de la Red Municipal de Educación de Salvador / BA reconocen que es necesario un cambio en la manera en que son elegidos los contenidos y la forma en la que se trabajan en el aula. Ellas demuestran que, aunque sin esperanza, a veces, en otros espacios-tiempo, tratan de aportar a sus aulas recursos y metodologias diversas y enriquecedoras que hacen, en sus miradas, las clases de Historia placenteras. / RESUMÉ Le texte “Entrelancent savoirs et pratiques: L’histoire enseignée au 5º année de L’enseignement Fondamentale dans la ville de Salvador/BA” a été construit em consonance avec une recherche qui cherche comprendre comment le quotidien dans les cours d’histoire est organisé dans le 5º année de L’enseignement Fondamental à partir des discours de deux professeures de L’École Municipale Luiz Anselmo et des écritures de cinquente et quatre enseignants de plusieures écoles du réseaux Municipal de Salvador. La recherche était dévelopée à partir d’une approche quali-quantitative, qu’ a eu lieu em deux moments: La première phase était réalisée dans L’École Municipale Luiz Anselmo, localisée dans le quartier de Luiz Anselmo, en Salvador/BA, à partir des entretiens avec deux enseignantes, des observations du quotidien escolier, dans les classes des enseignantes et de l’écriture d’um jornal de recherche. La deuxième phase a compté, comme principal instrument de recueils de donnés, avec um questionnaire aplique em 35 écoles municipales de la ville, choisies au hasard. A la fin on s’aperçoit que les enseignantes du réseaux de L’Education Municipale de Salvador/BA reconnaissent le besoin d’un changement dans la façon que les contenus sont selectionnés, ainsi que dans la forme qu’ils sont travaillés en classe. Laissent transparaître que, même sans espoirs, em quelques moments, em d’autres espaces-temps, cherchent apporter pour ses cours de ressources et méthodologies diverses et enrichissantes qui rendent, par ses regards, les cours d’Histoire avec plus de plaisirs.

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Les relations hôte-parasite sont complexes et soumettent les deux protagonistes à un ensemble de compromis aussi bien plastiques qu’évolutifs. D'un côté, bien que l’immunité soit indispensable pour la lutte contre les parasites, elle peut aussi causer de nombreux dégâts à l’hôte lors de la réponse et mener à des maladies inflammatoires. De l’autre côté, les parasites, bien que dotés de mécanismes d'évasion, vont être affectés par l'environnement inflammatoire de l'hôte. Cela pose la question des coûts et bénéfices que l'interaction entre ces deux protagonistes va avoir sur chacun d'eux lors de l'apparition de troubles inflammatoires chez l'hôte. Grâce à différentes approches expérimentales et bibliographiques nous avons pu montrer que l’immunopathologie est un trait qui perdure vraisemblablement grâce aux bénéfices de la réponse immunitaire dans la lutte contre les parasites. Par ailleurs, j’ai pu mettre en évidence qu’une inflammation altérait positivement les traits d’histoire de vie du parasite Heligmosomoides polygyrus aussi bien de façon plastique que lors de processus de sélection. Cependant, le parasite investit davantage dans l’immunomodulation et le camouflage lorsqu'il est confronté à cet environnement, laissant planer la question du coût de cette inflammation à long terme et sur plusieurs générations. / Host-parasite interactions are characterized by trade-offs that involve both plastic and microevolutionary responses. On one hand, while immunity is essential to fight parasites, it can also cause damage to the host, leading to autoimmunity and inflammatory diseases. On the other hand, parasites have to cope with the immune environnement provided by the host. This raises the question of the costs and benefits of the inflammatory response for the two partners of the interaction. With different experimental and literature-based approaches, I showed that immunopathology is a trait that likely persists because of the immediate benefits of the immune response in terms of protection against parasites. Furthermore, I was able to show that inflammation positively altered the life history traits of the gastrointestinal nematode Heligmosomoides polygyrus both plastically or after experimental evolution. However, the parasite invested more in immunomodulation and camouflage when facing an inflammatory environment, leaving open the question of the costs associated with an inflammatory environment over the entire lifespan of the parasite and/or across generations.

La population de la crevette blanche Palaemon longirostris, espèce résidente des estuaires faisant l’objet d’une pêche traditionnelle, est soumise à des forçages environnementaux (fluctuations naturelles du milieu, modifications du régime hydro-climatique de l’estuaire en lien avec le changement climatique) et anthropiques importants (aspiration dans les circuits du CNPE -Centre Nucléaire de production d’Electricité du Blayais-, pêche ciblée, pollutions etc.). Dans ce contexte et sur la base d’un suivi mensuel, réalisé depuis 1979, complété par des échantillonnages en 2007, cette thèse montre que cette population répond fortement aux changements environnementaux abiotiques et anthropiques. Ainsi, d’importantes fluctuations spatio-temporelles des abondances sont mises en évidence à diverses échelles temporelles, spatiales et biologiques. L’analyse de la série à long terme montre des fortes oscillations interannuelles régulières (période 5/10 ans) en partie liées aux facteurs environnementaux et aux variations du recrutement. Une diminution de l’abondance globale, ainsi qu’un déplacement vers l’amont de cette population, sont également constatés. Ce déclin est attribué aux fortes variations et nombreuses modifications des traits de vie de l’espèce –reproduction, -croissance, -mortalité, démontrées au cours de l’étude. La présence de déformations de l’exosquelette, étudiée aussi via un élevage de plusieurs mois, révèle par ailleurs, de forts impacts négatifs à l’échelle individuelle (mortalité). De plus, des simulations réalisées à partir d’un modèle matriciel de dynamique de population élaboré durant l’étude, montrent la synergie des pressions anthropiques par prélèvements (CNPE, pêche) et des forçages environnementaux, ainsi que l’importance des processus de déplacement dans le fonctionnement de cette population. Cette étude démontre finalement l’intérêt que revêt cette population et plus largement les populations de crevettes estuariennes, pour l’étude du fonctionnement et du diagnostic de l’état des écosystèmes estuariens. De nouvelles métriques originales sont proposées, lesquelles ouvrent vers la voie vers de nouveaux indicateurs. / The white shrimp, Palaemon longirostris, is an estuarine species and an important fishing resource. This species therefore encounters an important environmental forcing (natural fluctuations of the environment, modifications of the hydro-climatic regime of the estuary associated with the climate change) and an anthropological forcing (drawing up by the circuits of the CNPE - Nuclear center of electricity production of Blayais-, targeted fishing, pollutions etc.). In this context and on the basis of a monthly survey in place since 1979 and completed in 2007, this study shows that this population is strongly influenced by environmental and anthropological changes. Important spatio-temporal variations in the shrimp abundance are highlighted at different temporal, spatial and biological scales. A long-term analysis underlines strong regular interannual oscillations (5/10-year period) partially linked with environmental factors and recruitment variations. A decrease in the global abundance and a movement of this population towards the upstream part of the estuary are also displayed. In this study, the decline is attributed to strong variations and numerous modifications in the life history traits of the species - reproduction, - growth, - mortality. The presence of exoskeletal deformities, alternatively studied via a rearing of several months, reveals strong negative impacts at the individual scale (mortality). Furthermore, simulations based on a population-matrix model, developed during the study, show the synergy of the anthropological pressure by capture (CNPE, fishing) and the environmental forcing, as well as the importance of movement processes in the population dynamics. This study finally demonstrates the interest of this population, and more widely of the estuarine shrimp populations, in the understanding of the functioning and the diagnosis of the estuarine ecosystem state. New original metrics are proposed, opening the way towards new indicators.

Shakespeare est partout en ce XIXe siècle. Il inspire la littérature, la musique, les arts plastiques. Il est dans l'accomplissement d'un nouveau théâtre et dans le rêve d'une génération d'artistes qui se jette à corps perdu dans un nouvel idéal. Que cherchent-ils alors dans l'infamie des sorcières, les procrastinations d'un jeune prince, le désarroi d'un vieux roi, l'interdit de l'amour ? Ils s'en vont rêver à d'autres univers, peuplés de créatures fantastiques, d'hommes au cœur vrai et de folles passions. Et dans ce début de siècle comme le dit Stendhal au détour d'une pensée dédiée au dramaturge anglais : « il faut sentir et non savoir ! ». L'objectif de la présente étude est de poser les bases d'une réflexion approfondie sur l'inspiration shakespearienne française en peinture au XIXe siècle. Nous nous sommes attachés à en déterminer les causes et en identifier les manifestations, mais aussi à l'englober dans une histoire plus générale de l'art à travers la remise en question d'un genre pictural menacé, la peinture d'histoire. C'est pourquoi notre travail s'articule autour de cinq grandes parties afin d'offrir un examen complet et synthétique du sujet. La première partie a pour but d'initier le lecteur à cette inspiration littéraire. Les trois parties suivantes sont consacrées à l'étude approfondie des différentes sources d'inspiration des peintres (textuelles, visuelles et iconographiques). Enfin, après la mise en place contextuelle, l'exploration iconographique et iconologique de notre sujet, notre dernière partie tend à analyser le rôle qu'a joué en France l'inspiration shakespearienne en peinture à travers plusieurs approches : esthétique, critique et idéologique. / The name of Shakespeare overhangs the 19th century. The English playwright inspires literature, music and fine arts. He is closely associated with theatre renewal and becomes a model for a generation of artists. What are they looking for in the witches' infamy, the procrastination of a young prince, the distress of an old king, forbidden romances? They dream of other universes crowded with fantastic creatures and passionate human beings. In the beginning of this century, as Stendhal pointed out in a note dedicated to The Bard : “We need to feel rather than to know”. The aim of the research herein is to analyse the Shakespearean inspiration on French painting over the 19th century through a discussion which deals with iconographical and aesthetic concerns as well. To be as relevant as possible, we chose to organize our work in five parts in order to offer a global and complete view of the subject. Thus, the first part of our dissertation tends to initiate the reader to the Shakespearean iconography in general, while the following third parts explore the painter's different sources of inspiration (textual, visual and iconographical). Finally, the fifth part is devoted to the examination of the role played by this literary inspiration on French painting through intellectual, critical and ideological approaches.

L’ichtyofaune est encore peu utilisée en bioindication sur les plans d’eau, alors que la demande des gestionnaires est forte, notamment dans le contexte de la mise en œuvre de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau. L’objectif de cette thèse est d’analyser la réponse de l’ichtyofaune à diverses pressions anthropiques, afin de définir des variables biologiques de bioindication et construire un indice rendant compte de l’état écologique des lacs naturels et des retenues français. Plusieurs questions sont successivement abordées.En première analyse, les possibilités de sélection de métriques répondant à des pressions s’exerçant sur le bassin versant sont explorées par une approche typologique. L’analyse consiste à effectuer des classifications des plans d’eau, puis à établir, au sein de chaque groupe homogène d’un point de vue environnemental, des régressions linéaires entre les métriques candidates et les pressions. Les résultats montrent la pertinence de l’ichtyofaune en bioindication sur ces milieux, mais mettent en exergue des limites à cette approche typologique. Ainsi, afin de tester la possibilité de construction d’un bioindicateur commun aux lacs naturels et aux retenues, une méthode alternative dite « site spécifique » a ensuite été développée. Une modélisation statistique a été appliquée pour contrôler l’effet de l’environnement naturel sur les communautés piscicoles lacustres. Cette analyse montre que les métriques piscicoles répondant aux pressions sont différentes entre les deux types de milieux. La dernière étape, explique le développement d’un indicateur, construit sur le principe de la mesure d’un écart à la référence, en se basant sur une approche de type statistique par hindcasting. Cette méthode encore peu utilisée permet de s’affranchir de la sélection de sites de référence en France en modélisant les conditions biologiques de référence, i.e., telles qu’elles seraient en l’absence de pression anthropique. Les caractéristiques des communautés piscicoles des sites non perturbés sont ensuite comparées à celles des sites plus ou moins impactés par des pressions anthropiques. Ont été considérées ici les pressions s’exerçant à l’échelle du bassin versant et localement sur les plans d’eau. Suivant ce protocole, un indice poisson lacustre issu de la combinaison de métriques répondant conjointement à des pressions anthropiques globales et locales est proposé pour les lacs naturels et pour les retenues.Les avancées de ce travail et les perspectives sont ensuite discutées au regard du contexte européen de la gestion des milieux aquatiques. / Fish communities remain underused in the domain of lentic ecosystem bioindication, even though water managers need such tools in the current context of the Water Directive Framework. The objective of this thesis was to analyse the fish communities’ response to various anthropogenic pressures, in order to define the candidate biological variables in bioindication and to develop an index to evaluate the ecological status of French natural lakes and reservoirs. Several questions are raised.First of all, the means available to select fish-based metrics responding to catchment-scale anthropogenic pressures are analysed using a typological approach. This analysis consists in classifying lentic ecosystems using classifications, and then, within each homogenous group of ecosystems identified based on environmental criteria, performing linear regressions between candidate fish-based metrics and anthropogenic pressures. The results clearly show that fish communities could be used as good bioindicators for the lentic ecosystems, but they also underline the limits of typological approaches.To test how a bioindicator shared by natural lakes and reservoirs could be developed, an alternative site-specific method was subsequently developed. Statistical modeling was applied to control the natural environmental effects on lentic fish communities. This analysis shows that fish-based metrics responding to catchment-scale anthropogenic pressures differ in the two types of lentic ecosystems.The last part reports the development of an index, based on the reference condition approach, using a hindcasting statistical approach. This method, still infrequently used, enables one to sidestep the problem related to the selection of reference sites in France. Furthermore, this method allows modeling biological reference conditions, i.e. conditions without anthropogenic pressures. Fish communities’ characteristics are then compared for both undisturbed sites and sites that are more or less impacted by anthropogenic pressures. Both catchment-scale and local anthropogenic pressures were considered in this analysis. Following this protocol, a lake fish-based index resulting from the combination of metrics that respond jointly to global and local anthropogenic pressures was developed for natural lakes and reservoirs. Finally, the advances made as a result of this research and its perspectives are discussed with regards to the European context of aquatic ecosystem management.