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Estruturação genética de Stenella coeruleoalba Meyen, 1833 no Oceano Atlântico

FREIRE, M. C. C. 07 April 2017 (has links)
Made available in DSpace on 2018-08-01T23:27:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10881_81 - Mylla Carla Cescon Freire.pdf: 1313608 bytes, checksum: 57fa1668897624f985a8b3440fe12072 (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / O Stenella coeruleoalba é um pequeno cetáceo pelágico da família Delphininae que apresenta uma ampla distribuição e pode ser encontrado em águas tropicais e temperadas dos oceanos Atlântico, Pacífico e Índico, bem como em mares adjacentes, como o Mar Mediterrâneo. O presente estudo teve por objetivo analisar a região do citocromo b (Cit-b) e a região controle (D-loop) do DNA mitocondrial de indivíduos do Nordeste e do Sul do Brasil (Oceano Atlântico Sul), além de compará-las com sequências de golfinhos-listrados provenientes do Oceano Atlântico Norte, e com isso avaliar os índices de diversidade e a presença ou a ausência de estruturação genética entre as diferentes localidades. Os S. coeruleoalba do Brasil apresentaram uma alta diversidade genética para ambos os marcadores mitocondriais analisados (D-loop: h= 0,984; π= 0,294; Cit-b: h= 0,848; π= 0,249) e considerando o marcador Cit-b constituem duas populações (FST= 0,180; P= 0,045). Uma diferenciação significativa entre as unidades amostrais de S. coeruleoalba do Atlântico Norte e do Atlântico Sul foi verificada a partir dos dois marcadores mitocondriais avaliados (D-loop: FST= 0,034/ P= 0,009; Cit-b: FST= 0,130/ P= 0,026). Ademais, com a região D-loop, foi possível evidenciar estruturação genética entre dois grupos de golfinhos-listrados do Mar Mediterrâneo (FST= 0,0913/ P= 0,000). Não foi possível identificar estruturação entre os indivíduos do oeste do Oceano Atlântico Norte com as unidades amostrais do Brasil, mesmo estes não apresentando compartilhamento de haplótipos. Tal fato sugere que estas unidades possam ter surgido de linhagens próximas geneticamente e ainda fazem parte de uma mesma população. Até então, nenhum estudo genético populacional com a espécie S. coeruleoalba havia sido realizado no Oceano Atlântico Sul. Entender como os golfinhos-listrados encontram-se estruturados é de suma importância para compreender a genética destes indivíduos e assim definir estratégias de conservação adequadas para cada população identificada.
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Phylogeographic structure of the Atlantic pupfish, Cyprinodon variegatus (Cyprinodontidae), along the eastern coast of North America: Evidence from mitochondrial nucleotide sequences

Finne, Katherine Lee 03 May 2001 (has links)
Cyprinodon variegatus is a pupfish that inhabits the Atlantic coast of North America, nearly continuously, from Massachusetts to Belize. This research attempts to resolve the phlylogeography of C. variegatus by investigating the genetic sequence structure of the mitochondrial control region (D-loop, non-coding origin of replication) and cytochrome-b gene for evidence of northern and southern subspecies within the Atlantic Coast of the eastern United States. Additionally, it will be may be possible to determine if secondary hybrid zones developed as a result of the last retreat of ice from North America during the Pleistocene, about 17,000 years ago. A definitive monophyletic northern clade was found using parsimony, distance, and maximum likelihood phylogenetic methods to analyze the control region data. The cytochrome-b sequence data supported this monophyletic northern clade, although their utility for this analysis is marginal. Little evidence was found for the existence of a hybrid zone. More thorough sampling will be needed to make more accurate determinations regarding the existence of such a zone. / Master of Science
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Phylogeographic Variation of Siberian Weasel (Mustela sibirica) in Taiwan, Based on Control Region Sequences of Mitochondrial DNA.

Wu, Ming-Chin 05 September 2004 (has links)
Siberian weasel, Mustela sibirica is a widespread carnivora mammal in Eurasia. In Taiwan, it inhabits a variety of environments restricted to altitude above 800 m. Based on mitochondrial control region sequences, I constructed phylogeography and analyzed population interflow about the species in Taiwan. The mean length of D-loop in Siberian weasel is 1038.9 bp. The D-loop structure can be divided into ETAS, CD and CSB domain. Among these, CD is the most conserved region while the two flank domains are variable. There are tandem repeat sequences in CSB domain, common in other carnivores. In phylogenetic analyses, three major lineages were found in phylogenetic trees and MSN topology. In general, haplotypes in clades are correlated to geographic distribution. The haplotypes of clade I were sampled from southern Taiwan, while the majority of those clade II and clade III were from northern Taiwan. The gene flow among clades were low. However no significant geographic boundaries existed between clades. It is speculated that the genetic isolation among clades may have been resulted from bottleneck effect, like other high altitude mammals in Taiwan, and not from geographic barriers mainly.
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Genetic Variation of Pheasant-tailed Jacana (Hydrophasianus chirurgus), Based on Control Region Sequences of Motochondrial DNA

Lin, Chien-li 25 July 2005 (has links)
The number of Pheasant-tailed Jacana (Hydrophasianus chirurgus) in Taiwan has been reduced and habitats decreased because of human activities in many years. From a conservation perspective, the genetic diversity of this bird became an important subject. The control region in mitochondrial DNA was used as a gene marker to investigate the genetic variation amoung populations of Hydrophasianus chirurgus from Taiwan, Goungdong, and Thailand. An 1182-bp nucleotide sequence was amplified from 34 individuals. Six variable sites and seven haplotypes were found in the control region, and the observed haplotypes were similar in all samples. Low genetic divergence and high degree of gene flow were estimated among three populations. However, this conclusion need more samples of individuals to be proved.
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Cromossomos B no gênero Astyanax (CHARACIFORMES, CHARACIDAE) estudos genéticos e modelagem de nicho /

Daniel, Sandro Natal. January 2018 (has links)
Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Dentre os peixes Neotropicais, o gênero Astyanax é caracterizado como um dos mais comuns e diversificados, representado por 147 espécies, das quais pelo menos 12 destas espécies têm demonstrado a presença de elementos adicionais denominados cromossomos B em seu genoma. No entanto, muitas vezes estas informações encontram-se dispersas ou fragmentadas. Assim, no presente estudo reportamos a diversidade de cromossomos B no gênero Astyanax, projetando nichos ecológicos preferenciais entre as espécies e populações B+ e B- do grupo em cenários do passado (Last Glacial Maximum - LGM: 22.000 e Mid-Holoceno - MD: 6.000 anos atrás), presente e futuro (2.060), além de análises populacionais de A. bockmanni a partir do mtDNA D-loop. Os períodos LGM e MH registraram ampla ocorrência de populações B+ e B- em boa parte das regiões Sudeste, Norte, Centro-Oeste e parte da Bahia. No presente observamos áreas favoráveis B+ e B- quase que exclusivamente em parte de SP, MG, PR, RJ, MT e ES. Para 2.060, verificamos áreas preferenciais B+ quase que exclusivamente em parte de MG, RJ e SP. Quando sobrepostos, os cenários indicam um acúmulo das populações B+ em uma mesma área, padrão não observado nas populações B-, sugerindo que a região sobreposta poderia representar uma zona climaticamente estável para populações B+ desde o LGM, já que nenhuma população B- foi mantida nesta região. Análises qPCR indicaram a presença de cromossomos BM em seis populações de A. bockmanni. A partir do mtDNA D-loop em 1... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the Neotropical fish, the genus Astyanax is characterized as the most common and diversified, represented by 147 species, of which at least 12 of these species have demonstrated the presence of additional elements denominated B chromosomes in their genome. However, this information is often scattered or fragmented. Thus, in the present study we report the diversity of B chromosomes in the Astyanax genus, projecting preferential ecological niches among the species and B+ and B- populations of the group in scenarios of the past (Last Glacial Maximum - LGM: 22.000 and MidHoloceno - MD: 6.000 years ago), present and e future (2.060), in addition to population analyzes of A. bockmanni from the mtDNA D-loop. The LGM and MH periods recorded a large occurrence of B+ and B- populations in most of the Southeast, North, Central West regions and part of Bahia State. In the present we observed favorable areas B+ and B- almost exclusively in part of SP, MG, PR, RJ, MT and ES. For 2.060, we see B+ preferred areas almost exclusively in part of MG, RJ and SP States. When overlapping, the scenarios indicate an accumulation of B+ populations in the same area, a pattern not observed in B- populations, suggesting that the overlapping region could represent a climatically stable zone for B+ populations since the LGM period, since no B- population was maintained in this region. qPCR analyzes indicated the presence of BM chromosomes in six A. bockmanni populations. From the D-loop mtDNA in 16 ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Atualizações sobre biologia e manejo conservacionista em primatas atelídeos da espécie Lagothrix cana

Carneiro, Marcelo Rocha January 2018 (has links)
Orientador: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Resumo: Este trabalho relata preliminarmente, a caracterização genética de primatas da espécie Lagothrix cana (macacos-barrigudos cinza), por meio de sequenciamento genético e análise de DNA mitocondrial do segmento D-Loop, após extração do DNA com a utilização da técnica do fenol/clorofórmio. Aliado a isso, é reportada uma revisão bibliográfica acerca dos dados anatômicos, fisiológicos, clínicos, reprodutivos e comportamentais, já disponíveis em literatura especializada sobre a espécie. Também, é validado um protocolo de contenção farmacológica executável e eficiente para procedimentos da rotina dos profissionais que desenvolvem ações, na área de medicina da conservação e atuam com primatas cativos deste gênero. Foram utilizados 21 primatas adultos da espécie Lagothrix cana (macaco-barrigudo), pesando 5,24 ± 1,66 kg, sendo 14 fêmeas e sete machos, para a validação deste protocolo. Os fármacos utilizados foram a tiletamina, o zolazepam, a atropina e a detomidina, em associação, com suas doses calculadas por meio de extrapolação alométrica interespecífica. Os fármacos foram combinados numa preparação concentrada que foi denominada “ZAD-50” (Zoletil/50® + Atropina + Detomidina), obtendo-se volume final exato de 3,0 ml de ZAD-50, com a associação de fármacos numa concentração que permite a contenção farmacológica de um mamífero placentário que pese 10,0 Kg com um volume de 0,6 ml, por exemplo. 567 pares de bases de DNA mitocondrial foram utilizadas, e conseguiu-se caracterizar os indiví... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This manuscript reports, at first, the genetic characterization of primates Lagothrix cana (“gray wooly-monkeys”), by means of DNA sequencing and mitochondrial DNA analysis of the D-Loop section, after the extraction with the phenol/chloroform method, described by Sambrook e Russel (2001). In addition, is related a wide vision of the scientific data available bibliographic about the anatomical, physiological, medical, reproductive and behavioural existing data, about the specie. Also is related a performable and efficient chemical restraint protocol to permit usual procedures for professionals of conservation medicine, who works with captive primates of Lagothrix sp. genus. The study evaluate the chemical restraint and field anesthesia of 21 wooly-monkeys (Lagothrix cana: Atelidae) weighing 5,24 ± 1,66 kg, being fourteen female and seven male. There was employed the combination of tiletamine, zolazepam, atropine, and detomidine, in allometrically scaled dosages. The drugs were combined in a concentrate preparation called “ZAD-50” (Zoletil/50® + Atropine + Dormiun-V®). and give an accurate final volume of 3.0 mL of ZAD-50, with the combination of drugs at a concentration that allows the pharmacological restraint of a placental mammal weighing 10.0 kg with a volume of 0.6 ml, for example. 567 base pairs of mitochondrial DNA samples was utilized and was realized the classification of the specimens as Lagothrix cana, after the comparison with L. poepigii and L. lagothricha data. ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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DIVERSIDADE GENÉTICA E MORFOMÉTRICA DE Hoplias malabaricus (BLOCH, 1794) EM DRENAGENS DO ESTADO DO MARANHÃO / GENETIC AND MORPHOMETRIC DIVERSITY OF Hoplias malabaricus (BLOCH, 1794) IN DRAINAGE OF THE STATE OF MARANHÃO

SOUZA, Camila Penha Abreu 30 July 2014 (has links)
Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-04-11T13:25:05Z No. of bitstreams: 1 Camila Penha Abreu.pdf: 668357 bytes, checksum: bda3e1a88cd78c2f25f3b992ee3057bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T13:25:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Camila Penha Abreu.pdf: 668357 bytes, checksum: bda3e1a88cd78c2f25f3b992ee3057bf (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / CAPES, CNPQ / Hoplias malabaricus is a caraciforme of wide distribution, popularly known like traíra, that occurs in all the great Brazilian watersheds,presenting a small morphological differentiation and great karyotype variety.Since the population of H. malabaricus in the state of Maranhão presents only a cytotype recognized for this region, the present study examined its diversity in the Maranhão hydrographic region using geometric morphometry techniques and molecular diversity, associating the patterns found with geomorphological data and paleohydrologic processes of the drainage involved. Samples of H. malabaricus were collected from the rivers Turiaçu, Pindaré Mearim, Itapecuru, Munim, Gurupi, Parnaíba and Tocantins. The morphometric data, obtained from 15 anatomical landmarks, were submitted to a Canonical Variable Analysis (CVA). For molecular analysis two markers were used, the control region (D-Loop) of the mitochondrial DNA and the S7 intron 1 nuclear gene. Morphometric analyzes indicated significant variations among populations. In general, the differences were related in the variation of the head region and shortening / elongation of the caudal region. Molecular analysis Indicated the presence of eight Haplogroups (A-H) for D-loop and three groups (Group I, Group II and Group III) for the nuclear gene S7 íntron 1. The results found suggest high genetic diversity in specimens of H. malabaricus in the basins along the north-northeast region of Brazil with discreet morphometric variation. Such diversity seems to be related to the main events of diversification of freshwater fish, evidencing a possible speciation event cryptic of H. malabaricus in the studied region. / Hoplias malabaricus é um caraciforme de ampla distribuição, conhecido popularmente como traíra, que ocorre em todas as grandes bacias hidrográficas brasileiras, apresentando uma pequena diferenciação morfológica e grande variedade cariotípica. Uma vez que a população de H. malabaricus do estado do Maranhão apresenta apenas um citótipo reconhecido para essa região, o presente trabalho examinou sua diversidade críptica na região hidrográfica do Maranhão pelas técnicas de morfometria geométrica e diversidade molecular, associando os padrões encontrados com dados geomorfológicos e paleohidrológicos das drenagens envolvidas. Amostras de H. malabaricus foram coletados dos rios Turiaçu, Pindaré Mearim, Itapecuru, Munim, Gurupi, Parnaíba e Tocantins. Os dados morfometricos, obtidos a partir de 15 marcos anatômicos, foram submetidos a uma Análise das Variáveis Canônicas (AVC). Para a análise molecular foram utilizados dois marcadores, a região controle (D-Loop) do DNA mitocondrial e o gene nuclear S7 íntron 1. As análises morfometricas indicaram variações significativas entre as populações. De uma forma geral, as diferenças foram relacionadas na variação da região da cabeça e encurtamento/alongamento da região caudal. A análise molecular indicou a presença de oito Haplogrupos (A-H) para D-loop e três grupos (Grupo I, Grupo II e Grupo III) para o gene nuclear S7 íntron 1. Os resultados encontrados sugerem elevada diversidade genética em espécimes de H. malabaricus nas bacias hidrográficas ao longo da região norte-nordeste do Brasil com discreta variação morfométrica. Tal diversidade parece estar relacionada aos principais eventos de diversificação dos peixes de água doce, evidenciando um possível evento de especiação críptica de H. malabaricus em curso na região estudada.
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An?lise da estrutura gen?tica populacional da pira?na (cephalopholis fulva: serranidae) ao longo da costa e ilhas oce?nicas brasileiras

Souza, Allyson Santos de 26 April 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-03T14:00:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AllysonSS_DISSERT.pdf: 3119890 bytes, checksum: 5de05e8e42f3274421226e677a37e4ea (MD5) Previous issue date: 2011-04-26 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Brazil has about 8,500 km of coastline and on this scale, fishing is a historically important source of animal protein for human consumption. The national fishing background shows a growth of marine fishery production until 1985 and within this period it was recorded a steady decline. From the year 2003 fishing statistics aim to some "recovery" of the total fisheries production, which probably is related to a change in industry practice. The target of commercial fishing became smaller species with low commercial value, but very abundants. The coney, Cephalopholis fulva (Serranidae), is one of these species that have been suffering a greater fishing pressure in recent years. In order to provide data about the current situation of the genetic diversity of these populations, several molecular markers have been being used for this purpose. The prior knowledge of genetic variability is crucial for management and biodiversity conservation. To this end, the control region sequences (dloop) of mtDNA from Cephalopholis fulva (Serranidae) from five geographical points of the coast of Brazil (Cear?, Rio Grande do Norte, Bahia and Esp?rito Santo) and the Archipelago of Fernando de Noronha (FN) were sequenced and their genetic diversity analyzed. The FST values were very low (0.0246 to 0.000), indicating high gene flow between the sampled spots. The indices h and indicate a secondary contact between previously allopatric lineages differentiated or large and stable populations with long evolutionary history. Tests of Tajima and Fu showed expansion for all populations. In contrast, the mismatch distribution and SSD indicated expansion just for coastal populations. Unlike other species of the Atlantic which have been deeply affected by events on later Pleistocene, the population-genetic patterns of C. fulva may be related to recent events occurred approximately 130,000 years ago. Moreover, the data presented by geographical samples of the specie C. fulva showed high genetic diversity, also indicating the absence of deleterious effects of over-exploitation on this specie, as well as evidence of complete panmixia between all sampled populations / Brasil possui cerca de 8.500 km de litoral e diante desta dimens?o, a pesca historicamente constitui uma importante fonte de prote?na animal para consumo humano. O hist?rico nacional na pesca mostra um crescimento da produ??o pesqueira marinha at? 1985 e a partir deste per?odo registrou-se um cont?nuo decr?scimo. A partir do ano de 2003 as estat?sticas pesqueiras apontam para certa ?recupera??o? da produ??o pesqueira total, o que provavelmente esta relacionada a uma mudan?a nas pr?ticas do setor. O alvo da pesca comercial passou a ser esp?cies menores e de baixo valor comercial, por?m muito abundantes. A pira?na, Cephalopholis fulva (Serranidae) ? uma destas esp?cies alvo que vem sofrendo uma maior press?o pesqueira nos ?ltimos anos. A fim de fornecer dados sobre a real situa??o da diversidade gen?tica destas popula??es, diversos marcadores moleculares v?m sendo utilizados para esta finalidade. O pr?vio conhecimento da variabilidade gen?tica ? crucial para o manejo e conserva??o da biodiversidade. Neste intuito, sequ?ncias da regi?o controle (d-loop) do DNAmt de Cephalopholis fulva (Serranidae) de cinco pontos geogr?ficos da costa brasileira (Cear?, Rio Grande do Norte, Bahia e Esp?rito Santo) e o Arquip?lago de Fernando de Noronha (FN) foram sequenciadas e sua diversidade gen?tica analisada. Os valores de FST se revelaram muito baixos (0.0246 a 0.000), indicando intenso fluxo g?nico entre os pontos amostrados. Os ?ndices h e indicam um contato secund?rio entre linhagens alop?tricas previamente diferenciadas ou a grandes e est?veis popula??es com longa hist?ria evolutiva; Os testes de Fu e Tajima indicaram expans?o para todas as popula??es. J? as diferen?as par-a-par e o SSD indicaram expans?o apenas para as popula??es costeiras. Diferentemente de outras esp?cies do Atl?ntico que foram profundamente afetadas por eventos Pleistoc?nicos mais tardios, os padr?es gen?tico-populacionais presentes em C. fulva parecem estar relacionados a eventos mais recentes ocorridos a cerca de 130.000 anos. Al?m disso, os dados apresentados pelas amostras geogr?ficas da esp?cie C. fulva demonstram elevada diversidade gen?tica, indicando ainda a aus?ncia de efeitos delet?rios da sobrepesca da esp?cie, bem como evid?ncias de panmixia plena tanto entre as ?reas continentais, como entre estas e o regi?es insulares
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Mechanistic Study of D-loop Formation during Homologous Recombination by Molecular Microscopy / Étude mécanistique de la formation de la D-loop au cours de la recombinaison homologue par microscopies moléculaires

Moreira Tavares, Eliana 02 October 2018 (has links)
La Recombinaison Homologue (RH) est une des voies majeures, hautement fidèle, de réparation des cassures double brin de l’ADN et du redémarrage des fourches de réplication arrêtées ou bloquées. La RH utilise une séquence homologue pour réparer avec précision l'ADN. Elle est essentielle pour le maintien de la stabilité des génomes dans tous les organismes et également pour assurer la transmission et l'échange de l'information génétique pendant la méiose. L'étude mécanistique de la RH est importante pour comprendre l'instabilité génétique, la perte d'hétérozygotie, les aberrations chromosomiques, la mort cellulaire et la cancérogenèse associée à une RH déficiente. Les étapes clés de la RH et les protéines impliquées sont très conservées dans toutes les espèces. Chez Saccharomyces cerevisiae, la recombinase Rad51 forme un filament présynaptique avec l’ADNsb qui est capable de rechercher les homologies de séquences dans tout le génome, en partenariat avec d'autres partenaires protéiques. Une fois l'homologie identifiée, une structure de D-loop (pour Displacement loop) est formée pour favoriser l'échange de brins. Le moteur moléculaire Rad54 assiste Rad51 dans la formation de la D-loop. Son rôle dans la recherche d'homologie et la formation des complexes synaptiques, avant mêle la formation de la D-loop reste un sujet de débat. Cette thèse porte sur mes travaux d’étude in vitro des mécanismes de formation de la D-Loop, en utilisant des protéines de la RH purifiées Rad51 et Rad54 avec d'autres partenaires protéiques et des substrats d'ADN synthétisés, mimant les structures de la RH. J'ai utilisé la microscopie électronique (ME) pour visualiser directement l'ADN et les complexes ADN-protéines intervenant au cours de la formation de D-loop in vitro avec Rad51, Rad54 et un mutant de Rad54. Ces approches d’imagerie, combinées à la biochimie suggèrent que Rad54 est crucial pour la recherche d'homologie et la formation du complexe synaptique, avant la formation de la D-loop, dans une coopération étroite avec Rad51. J'ai également montré que les paralogues de Rad51, Rad55-Rad57, stimulent la formation de la D-loop et que cet hétérodimère présente une activité ATPase dix fois plus forte que Rad51. Par ailleurs, j'ai également développé d'autres outils méthodologiques en ME et en microscopie à force atomique à haute vitesse (HS-AFM) pour mieux caractériser différents intermédiaires de la RH. / Homologous recombination (HR) is a major high-fidelity DNA repair pathway of double-stranded breaks and recovery of stalled and collapsed replication forks. HR uses a homologous template to accurately repair DNA that is essential for maintaining genomic stability in all organisms and to ensure the transmission and exchange of the genetic information during meiosis. The importance of HR study is highlighted by genetic instability, loss of heterozygosity, chromosomal aberrations, cell death and carcinogenesis associated with a defected HR. The key recombinational stages and proteins are well conserved throughout species. In Saccharomyces cerevisiae, the Rad51 recombinase forms a presynaptic filament with ssDNA that along with other protein partners is able to search for homology within the entire genome. Once homology is identified, a Displacement-loop (D-loop) is formed to promote strand-exchange. The Rad54 molecular motor assists Rad51 in the D-loop formation, and it is still a matter of debate whether it also plays a key role in homology search and synaptic complex formation, prior to D-loop. This dissertation covers my in vitro assays using purified key HR proteins Rad51 and Rad54, other protein partners and designed DNA substrates, mimicking HR structures.I used electron microscopy (EM) to directly visualize the HR DNA and DNA-protein complexes generated by D-loop in vitro assay with Rad51, Rad54 and a Rad54 mutant, and these studies combined with biochemistry suggest Rad54 is crucial to homology search and synaptic complex formation, prior to D-loop formation, in a tight intercooperation by Rad51 and Rad54. In a multiprotein system, I also showed the Rad51 paralogs Rad55-Rad57 stimulate the D-loop formation and that this heterodimer presents a ten times stronger ATPase activity than Rad51. I also developed other EM and high speed atomic force microscopy (HS-AFM) methodological tools to characterize other HR intermediates.
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Avaliação da diversidade e estrutura genética de Micoureus paraguayanus (Didelphidae) através do marcador mitocondrial d-loop no Parque Estadual Morro do Diabo e em fragmentos de Mata Atlântica adjacentes

Cattony Neto, Pedro de Queiroz 25 June 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2705.pdf: 4158508 bytes, checksum: e7be7fc76294b9361bf22b40ad1ada06 (MD5) Previous issue date: 2009-06-25 / Financiadora de Estudos e Projetos / The dynamics of use of land in urban and agricultural areas has led to destruction and fragmentation of ecosystems. It has been related to the increase of susceptibility of natural populations to extinction due to increase of isolation between populations and reduction of population size. To evaluate the effect of the recent habitat fragmentation on the genetic diversity of natural populations, we will analyze the diversity and genetic structure of populations of the wooly mouse opossum Micoureus paraguayanus (Marsupialia: Didelphimorphia) in the Parque Estadual Morro do Diabo (SP) and in bush fragments in its surroundings. For this purpose, we used the control region (D-Loop) to examine population structure and dynamics in fragmented forest habitats. We found low values of haplotypic and nucleotidic diversity when compared to values from previous works with marsupials in fragmented areas. We found values of diversity of 0.28 and 0.0022% respectively. Besides that, there was a correlation between continuous cultivated lands distance and number of exclusives haplotypes. The AMOVA test showed no genetic structure between fragments, however, Fst values indicated significant genetic differentiation to Santa Tereza and Ponte Branca when compared with all the others fragments. These are between the smallest areas evaluated in this study and the differentiation indicates that the recent fragmentation suffered by these patches could be responsible for the changes in the genetic composition of these populations. / A dinâmica de uso da terra em áreas urbanas e rurais tem levado à fragmentação de ecossistemas e suas conseqüências têm sido relacionadas ao aumento da susceptibilidade de populações naturais à extinção devido à redução do tamanho populacional e ao aumento do isolamento por distância entre populações. Para avaliar os efeitos que a fragmentação recente de habitat possui sobre a diversidade genética das populações naturais, nós analisamos a diversidade e estrutura genética do marsupial Micoureus paraguayanus em fragmentos remanescentes de Floresta Estacional Semi-Decidual na região do Pontal do Paranapanema (SP) através da análise da região controle (D-Loop) do DNA mitocondrial. Foram encontrados valores baixos para as diversidades haplotípica e nucleotídica quando comparados à outros valores citados na literatura para populações de outras espécies de marsupiais em declínio. Nós encontramos valores de diversidades haplotípica e nucleotídica de 0.28 e 0.0022% respectivamente. Além disso, foi encontrada uma correlação entre a distancia agropastoril contínua e o numero de haplótipos exclusivos nos fragmentos amostrados para este estudo. O teste AMOVA não detectou estruturação genética entre fragmentos, todavia, os valores de Fst mostram diferenciação significativa dos fragmentos Santa Tereza e Ponte Branca em relação aos demais. Estes estão entre os menores e mais alterados fragmentos avaliados e a sua diferenciação indica que o processo recente de fragmentação (cerca de 60 anos) já pode ter sido o responsável por mudanças na composição genética da população.

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