O mecanismo responsável pela exposição da fosfatidilserina (PS) nas membranas celulares não está bem definido. Uma atividade dependente de ATP está envolvida, provavelmente uma ATPase tipo-P. ATPases tipo P são uma família de proteínas transmembranares envolvidas no transporte de metais, íons e fosfolipídios através da membrana plasmática. As P4 ATPases translocam aminofosfolipidios (APTLs) como a PS durante a apoptose. No entanto, o sentido do transporte de PS pela APLT não está claramente definido. Os macrófagos reconhecem a PS exposta na superfície das células apoptóticas, o que inibe sua capacidade microbicida. Formas promastigotas e amastigotas de Leishmania ssp. sofrem apoptose, porém a exposição de PS na superfície dos promastigotas sempre leva à morte, enquanto que nos amastigotas não está necessariamente associada à morte e permite a internalização desses protozoários e sua sobrevivência no macrófago. Esse trabalho teve como objetivo a caracterização molecular da APLT de L. (L.) amazonensis e a avaliação de seu papel na exposição de PS nesse parasita. / The mechanism responsible for phosphatidylserine (PS) exposure in biological membranes is still an open subject. An ATP-dependent activity is involved, probably a Type P- ATPase. Type P ATPases are a family of transmembrane proteins involved in the transport of metals, ions and phospholipids across plasma membrane. P4 ATPases mediate phospholipid transport (APLT) as PS during the process of cell death by apoptosis. However, the direction (inwards or outwards) of this translocation has not been defined. Macrophages recognize exposed PS on the surface of apoptotic cells, what inhibits their microbicidal capacity. Promastigotes and amastigotes of Leishmania ssp. die by apoptosis, but PS exposure on promastigotes always leads to apoptosis, whereas PS exposure by amastigotes is not necessarily associated to death and allows their internalization and survival in the macrophage. This work aimed to characterize APLT from L. (L.) amazonensis and to evaluate its role in PS exposure in this parasite.

A dissertação Território e Estratégia de Assentamento Guarani na Planície Sudoeste da Laguna dos Patos e Serra do Sudeste - RS teve como objetivo central realizar um estudo de arqueologia regional, em que se buscou compreender as relações sistêmicas de ocupação Guarani no espaço que engloba as terras baixas da margem sudoeste da Laguna dos Patos e as terras altas da Serra do Sudeste. A partir de uma abordagem regional, buscou-se identificar e analisar sítios arqueológicos, mapear e compreender suas situações de conservação, bem como estudar as estruturas arqueológicas e os conjuntos artefatuais, para então pensar a ocupação Guarani nas suas relações de distribuição territorial e seus significados funcionais, econômicos e simbólicos. Neste sentido, a articulação dos dados da distribuição espacial dos sítios arqueológicos, da sistematização das análises tecnotipológicas, da composição dos sítios arqueológicos e das informações etnográficas e etnohistóricas, permitiram constituir um panorama histórico de longa duração, em que se constatou que os grupos Guarani empreenderam estratégias de manutenção de redes sociais e contatos inter-culturais, constituindo um domínio de território que se articula entre os distintos estratos ambientais da região. / The dissertation Guarani Settlement Strategy and Territory on the Southwest Plain of Laguna dos Patos and Southeast Mountain Range - RS has had as the central aim to make a study of regional archaeology, which it has been searched to comprehend the systemic relations of Guarani occupation on a space that takes the low land from Laguna dos Patos southwest border and the high land from southeast mountain range (Serra do Sudeste). From a regional approach, it has searched to identify and to analyze archeological sites, to survey and to comprehend their conservative situation, as well as it has aimed to study the archeological structures and artifact ensemble, so then we can realize the Guarani occupation on its territorial distribution and their functional, economical, and symbolical meanings. On this way, the association of the archeological settlement spatial data distribution, of the techno-tipological analyses systematization, of the archeological sites composition and of the ethnografic and ethnohistorical information, it has allowed to build up a long duration historic view, in which was realized the Guarani groups undertook social web maintenance strategies and intercultural contacts, constituting a territory dominion that articulates itself between the distinct environmental stratum of the region.

Orientador: Sérgio Kurokawa / Resumo: Uma linha de transmissão representada por uma cascata de circuitos π é descrita por meio de sistema de equações diferenciais ordinárias que podem ser resolvidas diretamente no domínio do tempo, através de métodos numéricos de integração. A cada passo de cálculo é resolvido o sistema de ordem 2n, sendo n a quantidade de circuitos π. Este é o procedimento clássico de resolução. Um método alternativo de resolução de equações diferencias, proposto recentemente, resolve os sistemas de equações diferenciais em linhas de até 5 km representada por uma quantidade limite de 333 circuitos π. Neste trabalho é investigado a aplicação desse método alternativo em linhas de maior comprimento e sua eficiência na resolução das equações diferenciais que representam a linha de transmissão. No método alternativo cada circuito π da linha é resolvido individualmente através de um sistema que não depende da quantidade de circuitos π, cuja matrizes possuem ordem 2x2. Dessa forma, para n circuitos π é necessário resolver n sistemas de duas equações diferencias para cada instante de tempo. Este procedimento é denominado como método acelerado. A análise do desempenho do método acelerado é realizada através do número de operações de pontos flutuantes (flops) e através do tempo de cálculo das variáveis de estado ao longo da linha de transmissão. O mesmo procedimento é realizado no método clássico e após comparados os resultados é possível constatar a eficiência do método acelerado para determinadas config... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A transmission line represented by a cascade of π circuits is described by means of a system of ordinary differential equations that can be solved directly in the time domain, through numerical integration methods. At each calculation step, the 2n order system is solved, with n being the number of π circuits. This is the classic resolution procedure. An alternative method of solving differential equations recently proposed solves the systems of differential equations in lines of up to 5 km represented by a limit quantity of 333 π circuits. This work investigates the application of this alternative method on lines of greater length and its efficiency in solving the differential equations that represent the transmission line. In the alternative method, each π circuit of the line is solved individually through a system that does not depend on the number of π circuits, whose matrices have a 2x2 order. Thus, for n π circuits, it is necessary to solve n systems of two different equations for each instant of time. This procedure is called an accelerated method. The analysis of the performance of the accelerated method is performed through the number of floating-point operations (flops) and through the calculation time of the state variables along the transmission line. The same procedure is performed in the classic method and after comparing the results it is possible to verify the efficiency of the accelerated method for certain transmission line configurations. / Mestre

Neste trabalho procura-se compreender o comportamento das configurações magnéticas presentes em objetos micrométricos e filmes finos. Estes estudos foram realizados principalmente através de microscopia de força magnética (MFM) e do efeito Kerr magneto-ótico (MOKE). Foi também desenvolvido um procedimento para a obtenção de curvas de histerese a partir de imagens de microscopia MOKE. Para definir o tamanho e a geometria dos objetos empregaram-se as técnicas de litografia por feixe de luz e por feixe de elétrons, e depois para a deposição do material de Co e CoFeSiB amorfo, se fez uso do magnetron sputering. O material assim obtido foi analisado para determinar suas propriedades magnéticas por meio das técnicas do MOKE, magnetrometria de amostra vibrante (VSM), MFM, e microscopia de força atômica (AFM) para o estudo da morfologia dos objetos. Os resultados do MFM e sua interpretação foram apoiados por simulações da estrutura magnética usando o programa Mumax3. Além disso foram analisados as relações entre as propriedades magnéticas e cristalografias de um material de Fe6%Si por médio das imagens MOKE e as imagens de EBSD. As medidas das curvas de histereses por VSM foram feitas em filmes preparados nas mesmas condições dos objetos litografados. Elas mostram que não há eixo anisotropia preferencial, portanto, não apresentam uma direção preferencial de magnetização. Com base nas medidas do MFM se encontrou que os objetos de Co policristalino apresentam configurações de estrutura de domínios magnéticos complexas, diferentes comparativamente do material magneticamente mais mole de CoFeSiB amorfo. Isto se deve as diferenças entre os dois materiais, na anisotropia magnética e magnetostricção. As diferentes geometrias dos objetos estudados apresentaram configurações magnéticas diferentes entre si, fato este, determinado principalmente pela anisotropia de forma. As semelhanças entre objetos da mesma geometria, mas de diferentes materiais mostraram fortes semelhanças, porém com a presença de perturbações locais no caso de Co. O material mole, amorfo, apresenta estados magnéticos ideais e simples, isto é, as tensões mecânicas residuais não geram perturbações magnéticas neste material de baixa magnetostricção. Além disto, nos objetos quadrados a presença de paredes de domínio do tipo cross-tie tem lugar sob certas condições, tendo a espessura do objeto como principal parâmetro. Estes resultados para a parede do tipo cross-tie foram vistos também em simulações micromagnéticas feitas no programa Mumax3. As estruturas magnéticas foram simuladas, com boa similaridade para a amostra de CoFeSiB, mas encontrou-se discordâncias no caso da amostra de Co, estas discordâncias foram analisadas e se estabeleceu as possíveis causas em cada geometria. / In this work the aim is to understand the behavior of the magnetic configurations present in micrometric objects and thin films. This study was developed through the use of magnetic force microscopy (MFM) and magneto-optical Kerr effect (MOKE). Another development was the use of MOKE microscopy images to obtain hysteresis curves. To define the size and geometry of the objects were used laser beam and electron beam lithography techniques, and for the deposition of Co and amorphous CoFeSiB materials was used magnetron sputtering. The produced samples were analyzed to determine its magnetic properties by MOKE, vibrating sample magnetometer (VSM), MFM, and atomic force microscopy (AFM) technique for the study of the object morphology. The results of the MFM and its interpretation were supported by simulations of the magnetic structure using the Mumax3 software. The measurements of the hysteresis loops by VSM were made on films produced under the same conditions of the lithographed objects. They show that there was no overall preferential anisotropy on the surface, this shows the absence of anisotropy in the deposition of the grains, in the case of Co, and therefore do not present a preferential direction of magnetization. Based on the MFM measurements, the polycrystalline Co objects were found to have different configurations compared to the amorphous CoFeSiB magnetically soft material. This is due to the differences in magnetic anisotropy and magnetostriction. The different geometries of the studied objects presented different magnetic configurations between them, this fact is determined mainly by the shape anisotropy. The similarities between objects of the same geometry but of different materials showed strong similarities with the presence of local perturbations in the case of Co. The magnetically soft amorphous material presents ideal and simple magnetic states, due to the fact the residual mechanical stresses do not generate disturbances in this low magnetostriction material. By the other side, in the square objects the presence of cross-tie domain walls takes place under certain conditions, where the thickness of the magnetic object is the main parameter. This kind of domain wall is also seen on the micromagnetic simulations developed using the Mumax3 software. The magnetic structures were simulated with good similarity to the amorphous CoFeSiB sample, but disagreements were found in the case of the Co sample. These disagreements were analyzed and the possible causes in each geometry were established.

A Infecção pelo dengue afeta todas as regiões tropicais e subtropicais do globo, registra aproximadamente 390 milhões de casos por ano, e se destaca como um problema emergente de proporções crescentes, especialmente no Brasil, que atualmente responde por 60% dos casos no continente americano. Assim, ações para criar, adaptar e atender as condições para promover avanços na compreensão do processo de infecção pelo vírus em nível molecular pode ser de grande valor, tanto para enfrentar os desafios impostos pela conjuntura atual do dengue, quanto pela possibilidade de ampliar o conhecimento de mecanismos moleculares para outros vírus relacionados. Aqui, focando na proteína E do envelope do vírus do dengue, abordamos o problema da infecção viral sob os aspectos estruturais da proteína do envelope (E) quando enfrenta as condições ambientais distintas ao longo do caminho desde o trato digestivo do vetor exotérmico até a maquinaria celular do hospedeiro homeotérmico. Para este efeito, empregamos simulações de Dinâmica Molecular, avaliando e quantificando os processos de rearranjo conformacional do o domínio III isolado da proteína E dos quatro sorotipos de dengue, os quais são induzidos por alterações nos parâmetros termodinâmicos intensivos (pH 3, 5 e 7, T = 298K e 310K). Além disso, a configuração quaternária pentarradial de cinco domínios III é estudada, correlacionando flexibilidades específicas das regiões de loops a ajuste induzido a eventuais ligantes. Nós também verificamos a estabilidade estrutural do complexo DIII com o fragmento da região ligante de antígeno de um anticorpo monoclonal (Fab 1A1D-2), bem como as forças de interação entre a interface de ligação, identificando resíduos-chave. Além disso, os eventos relacionados com a interação da proteína E (tanto na forma monomérica quanto na dimérica) com o envelope lipídico viral são minuciosamente estudados, abrindo o caminho para um possível estudo centrado na formação de trímeros da proteína E, levando à fusão de membranas e subsequente inoculação do RNA viral no citoplasma. Finalmente, alternativas são propostas para a compreensão do mecanismo de ação da fosfolipase do veneno de Crotalus durissus terrificus - a cascavel sul-americana, que tem se mostrado eficaz na inibição in vitro da infecção pelo vírus do dengue. / Dengue infection burdens all tropical and subtropical regions of the globe, registers approximately 390 million cases annually, and stands out as an emerging problem of increasing proportions, especially in Brazil, which currently accounts for 60% of cases in the American continent. Thus, actions to create, adapt and meet conditions to promote advances in understanding the process of virus infection at the molecular level can be of great value both to meet the challenges posed by current conjuncture of dengue, and for the possibility to extend the knowledge of the molecular mechanisms to related viruses. Here, focusing on the E protein of the dengue virus envelope, we address the problem of viral infection under stereochemical aspects of the envelope (E) protein when it undergoes the distinct environmental conditions along the pathway from the exothermic vector\'s digestive tract to the homeothermic host\'s cell machinery. To this end, we employ molecular dynamics to assess and quantify the processes of conformational rearrangement of isolated domain III of the E protein of the four serotypes of dengue, as induced by changes on intensive thermodynamic parameters (pH 3, 5 and 7; T = 298K and 310K). Further, the 5-fold quaternary configuration of five domains III is studied, correlating specific loop regions flexibilities with induced fit with eventual ligands. We also check the structural stability and interaction forces between the interface of the complex DIII and the antigen binding fragment of a monoclonal antibody (Fab 1A1D-2), identifying key residues. Additionally events related to the interaction of the E protein (both as a monomer and as a dimer) with the viral membrane are thoroughly studied, paving the way for a possible study focused on the formation of trimers of E protein, leading to membrane fusion and subsequent inoculation of viral RNA in the cytoplasm. Finally, alternatives are proposed for understanding the mechanism of action of the phospholipase from the venom of Crotalus durissus terrificus - the South American rattlesnake, which has proven effective in vitro inhibition of Dengue virus infection.

This thesis is a combination of the development of numerical models regarding transient simulation of transmission lines and their advantages associated with fault location methods. The transmission line models presented in this work are in time-domain, which is a new approach considering traditional methods as being the phasor and traveling wave techniques. The use of phasors for this purpose has some technical difficulties: the presence of a damped DC component, greater influence of the fault impedance and metrological equipment layout. This work deals with single-phase AC and mono polar DC transmission lines. The proposed transmission line model has three main differentials compared to the traditional Bergeron model: full distribution of linear resistance; full distribution of leakage conductance; and just one recurrence of historical values. The first point is critical for evaluation of the exponential component of transient short circuit currents. The second point refers to the inclusion of the corona effect in the transmission line modeling. The single recurrence indicated in the third topic is given by the complete resolution of the telegrapher\'s equations, so there is no need of serial composition to improve waveform accuracy. The principle of fault location method is calculating the absolute difference between fault voltages seen by the transmission line ends. This technique guarantees a lower influence of the fault impedance and its electrical parameters. / Esta dissertação é uma combinação do desenvolvimento de modelos numéricos para simulação de transitórios eletromagnéticos em linhas de transmissão e suas benesses associadas à localização de faltas. Os modelos de linha de transmissão aqui apresentados estão no domínio do tempo, o que descaracteriza a abordagem tradicional de localização de faltas como técnicas fasoriais e ondas viajantes. A utilização de fasores para esse propósito admite algumas dificuldades técnicas: presença da componente DC amortecida, maior influência da impedância de falta e disposição dos equipamentos metrológicos. Abordam-se linhas de transmissão de sistemas alternado monofásico e contínuo monopolar. A modelagem proposta possui três principais diferenciais frente ao modelo de Bergeron: plena distribuição da resistência linear; plena distribuição da condutância transversal; e apenas uma recorrência a valores históricos. O primeiro ponto é fundamental para avaliação da componente exponencialmente amortecida das correntes transitórias de curto circuito. O segundo ponto se refere à inclusão do efeito corona no modelamento. A recorrência unitária apontada no terceiro tópico apresenta a vantagem de não ser necessária a composição em série do modelo para aprimorar a qualidade das formas de onda. O princípio de localização de faltas se dá pelo cálculo da diferença absoluta entre as tensões instantâneas de falta vistas pelos terminais da linha. Essa técnica garante uma menor influência de impedância de falta e dos parâmetros elétricos.

A fim de se compreender como varia a diversidade de pteridófitas em função do aumento da elevação do terreno e quais os potenciais mecanismos responsáveis pelas mudanças na riqueza e na abundância de espécies ao longo do gradiente de altitude, foram estudadas as vertentes leste-nordeste de três montanhas do complexo costeiro da Serra do Mar, no Estado do Paraná Serra da Graciosa, Pico do Marumbi e Serra da Prata. As amostragens foram conduzidas em 10 parcelas de 10m x 60m, ao longo do gradiente florestal altitudinal de cada montanha. Os sítios de amostragem foram distribuídos em intervalos aproximados de 200 m em elevação, desde localidades próximas à linha de costa (áreas de Restinga arbórea e de Floresta Ombrófila Densa de Terras Baixas, entre 0-10 m de altitude) até os pontos mais altos das serras de (1.500 m.s.n.m., aproximadamente). Considerando todos os sítios, foram registradas 166 espécies, distribuídas em 61 gêneros e 21 famílias. Enquanto Hymenophyllaceae, Lycopodiaceae e as gramitidóides são observadas em altitudes mais elevadas, Polypodiaceae, Cyatheaceae, Thelypteridaceae, Lomariopsidaceae e Schizaeceae tendem a ocorrer em localidades mais baixas. Os resultados indicaram que existe um forte efeito da altitude sobre a determinação da riqueza de espécies, tanto em escala local (cada montanha, individualmente) quanto em escala regional (conjunto das três montanhas): a riqueza interpolada e a observada variaram segundo uma curva em forma de sino, ao longo dos gradientes, atingindo um pico a 800-1.000 m.s.n.m.. Análises de regressão múltipla evidenciaram que os principais fatores abióticos capazes de explicar o padrão de riqueza encontrado foram, em ordem decrescente, as restrições geométricas verificadas nos extremos do gradiente (modelo nulo baseado no efeito do domínio central MDE), a estrutura da floresta e a constituição físico-química do solo, para =0,05. Essas três variáveis, juntas, foram capazes de explicar 46,7% a 95,4% da variação da riqueza de espécies, dependendo da escala em questão. A riqueza interpolada foi mais bem amplamente explicada pelo MDE, enquanto que a riqueza observada foi explicada, primordialmente, pelos solos e pela estrutura florestal (valores resumidos segundo os primeiros eixos de análises não-métricas de escalas multidimensionais NMDS). A abundância, por sua vez, variou apenas no gradiente de altitude da Serra da Prata, apresentando relações positivas com a complexidade estrutural da floresta. Conforme vem sendo discutido na literatura para diversos grupos biológicos, os MDE mostraram-se os principais fatores determinantes da riqueza de espécies, atribuindo um forte peso à estocasticidade na explicação de padrões de distribuição das espécies. / In order to better understand how diversity of pteridophytes varies in function of the terrain elevation and what are the potential mechanisms driving species richness and abundance changes, the eastern-northeastern slopes of three mountains at Serra do Mar, State of Paraná, Brazil Serra da Graciosa, Marumbi Peak and Serra da Prata were studied. The surveys were done in 10 plots of 10m x 60m along forested altitudinal gradient at each mountain. Sites were distributed on 200 m-elevation intervals, from near sea level (forests on sandbanks Restinga and Lowland Rain Forest, between 0-10 m-elevation) up to the tops of mountains (1,500 m a.s.l., approximately). Considering all sites combined, we found 166 species of pteridophytes from 61 genera and 21 families. While Hymenophyllaceae, Lycopodiaceae, and grammitids are mainly observed at high elevations, Polypodiaceae, Cyatheaceae, Thelypteridaceae, Lomariopsidaceae, and Schizaceae tend to occur at lower places of the mountains. Results showed a strong altitudinal effect over the pteridophyte species richness for both local and regional scales (the three mountains separately or treated as a set): both interpolated and observed species richness had described a hump-shaped pattern along all gradients, peaking at 800-1,000 m a.s.l. Multiple regression analysis provided evidences that the main factors able to explain richness pattern were, in decreasing order, the geometric constraints noticed in the ends of the gradient (Mid-Domain Effect - MDE), the forest structure, and the physiochemical constitution of the soil, for =0.05. These three variables together explained 46.7% to 95.4% of species richness variation, depending on the scale. Interpolated richness was better explained by MDE, while the observed richness was firstly explained by soils and forest structure (summarized by the first dimensions of the non-metric multidimensional scaling analysis NMDS). Moreover, the abundance varied only in the altitudinal gradient at Serra da Prata, where a positive relationship to the structural complexity of the forest was remarked. According to the present results and to data found in the current literature for many taxonomic groups, MDE has been the most important factor determining the species richness. Thus, sthocasticity can get an original play in species distribution patterns.

Centrinas são proteínas componentes essenciais nos centro organizadores de microtubulos em diversos organismos. Pertencem à família das proteínas EF-Hand ligantes de cálcio e podem ser divididas em duas subfamílias: uma definida pela centrina da alga Chlamydomonas reinhardtii CrCenp, associada a funções contráteis, e a outra pela centrina da levedura Saccharomices cerevisiae ScCdc31p, relacionada a duplicação de centros mitóticos. Curiosamente o fungo Blastocladiella emersonii possui duas formas de centrinas em seu genoma : BeCen1 mais parecida com a CrCenp, e BeCen3 com a ScCdc31p, enquanto todos os outros fungos já descritos possuem apenas uma forma, pertencente ao grupo ScCdc31p. Diante desse fato curioso, descrito em 2005, estudos estruturais e termodinâmicos comparativos entre as proteínas recombinantes BeCen1 e BeCen3, foram desenvolvidos para identificar e caracterizar diferenças relevantes, que pudessem justificar a presença dessas duas proteínas no fungo Blatocladiella emersonii. Ambas as centrinas foram expressas em E. coli e purificadas por cromatografia, resultando em um rendimento de aproximadamente 5mg/l. Analises estruturais foram realizadas utilizando técnicas de dicroísmo circular (CD) , fluorescência, espalhamento de luz (DLS e RALS), microscopias de força atômica (AFM) e eletrônica de transmissão (MET). Por calorimetria de titulação isotérmica (ITC) parâmetros termodinâmicos foram obtidos para BeCen1 e BeCen3 em relação a ligação de cálcio. Ambas apresentaram conteúdo predominante de hélices alfa e diferenças físico-químicas e estruturais marcantes. BeCen1, após desnaturação a 90ºC e deixada a temperatura de 4°C por 24 horas horas, mostrou um espectro de CD compatível com um processo de reenovelamento; a TM foi de 42°C e aumentou cerca de 4°C na forma holo; os espectros de CD são modificados na presença de cálcio, mostrando uma forma característica de movimentação de hélices das proteínas ligantes de cálcio; pelos dados obtidos por ITC liga cálcio em três sítios EF-Hand por uma reação endotérmica; na presença de magnésio apresentou mudanças conformacionais, compatíveis com a ligação deste nos sítios de cálcio; a partir de 40°C é observado um processo de agregação chegando a formação de filamentos, que foram visualizados por AFM e MET. BeCen3 após ser desnaturada e colocada nas mesmas condições de BeCen1, permanece desnaturada; A TM é de 49°C e aumentou em aproximadamente 5°C na forma holo; os espectros de CD, na presença de cálcio, apresentam aspectos característicos de movimentação de -hélices das proteínas ligantes de cálcio; liga cálcio em apenas dois sítios EF-Hand por uma reação exotérmica, sofre mudanças conformacionais na presença de magnésio e a partir de 30°C já sofre um processo de agregação, formando filamentos. Neste trabalho foi estabelecido o primeiro protocolo para a expressão e purificação das centrinas de B. emersonii, além dos estudos de caracterização estrutural e termodinâmica destas proteínas. O estudo também foi pioneiro quanto a obtenção de imagens no processo de formação de filamentos destas centrinas na ausência de cálcio. As centrinas de B. emersonii apresentam diferenças importantes nas respostas em função da presença de cálcio e também do magnésio. Os dados obtidos são fortes indicativos que estas centrinas têm mecanismos de ação diferentes dentro do fungo B. emersonii. / Centrin proteins are essential component of the microtubule organizing centers in a large range of organisms. They belong to the EF-Hand calcium binding proteins family e can be divided in two subfamilies: one defined by the green algae Chlamydomonas reinhardtii CrCenp, related to contractile functions and the other centrin of the yeast Saccharomices cerevisiae ScCdc31p, related to duplication of centrossome mitotic centers. Interesantly, Blastocladiella emersonii fungus posses two centrin forms in it genome: BeCen1 closely related to CrCenp and BeCen3 closely related to ScCdc31p. All other known fungus have only one form of centrin: ScCdc31p. With this curious finding, described in 2005, compared structural and thermodynamics studies between recombinant proteins BeCen1 and BeCen3 were performed, in attempt to identify relevant differences that could explain the presence of two forms of centrins in this fungus. Both centrins were expressed in E. coli and purified by chromatography resulting in 5mg/l protein yield. Structural analyses were performed with circular dichroism (CD), fluorescence, light scattering (DLS AND RALS), atomic force microscopy (AFM) and transmission electronic microscopy (TEM). Using isothermal titration calorimetry (ITC) thermodynamics parameters about the calcium binding were defined. Both showed alpha helix predominant content and structural physical-chemistry differences. After denaturation at 90°C and cooled overnight at 4°C, BeCen1 showed a CD spectrum consistent to a renaturation process; the calculated TM was 42°C and raised 4°C in the holo state; CD spectra were modified under calcium presence showing characteristics changes of calcium binding proteins; ITC data exhibited tree calcium binding motifs through an endothermic reaction and the presence of magnesium also showed conformational changes; From 40°C a aggregation process leading to filament formation was observed and visualized with AFM and TEM. After denaturation at 90°C and cooled overnight at 4°C, BeCen3 remained denaturated; Calculated TM was 49°C and raised 5°C in the holo state; CD spectra were modified under calcium presence showing characteristics changes of calcium binding proteins; ITC data exhibited only two calcium binding motifs through an exothermic reaction and the presence of magnesium also showed conformational changes; From 30°C BeCen3 already suffered a aggregation process forming filaments. In this study it was established the first expression and purification protocol for B. emersonii centrins, besides the structural and thermodynamic characterization of these proteins. This is the first study containing filaments images of the centrins of B. emersonii. These centrins showed important response differences in calcium and magnesium binding. All the obtained data are strong indications that the two centrins have distinct functions in the fungus.

Os Sistemas de Apoio à Decisão (SAD) organizam e processam dados e informações para gerar resultados que apoiem a tomada de decisão em um domínio especifico. Eles integram conhecimento de especialistas de domínio em cada um de seus componentes: modelos, dados, operações matemáticas (que processam os dados) e resultado de análises. Nas metodologias de desenvolvimento tradicionais, esse conhecimento deve ser interpretado e usado por desenvolvedores de software para implementar os SADs. Isso porque especialistas de domínio não conseguem formalizar esse conhecimento em um modelo computável que possa ser integrado aos SADs. O processo de modelagem de conhecimento é realizado, na prática, pelos desenvolvedores, parcializando o conhecimento do domínio e dificultando o desenvolvimento ágil dos SADs (já que os especialistas não modificam o código diretamente). Para solucionar esse problema, propõe-se um método e ferramenta web que usa ontologias, na Web Ontology Language (OWL), para representar o conhecimento de especialistas, e uma Domain Specific Language (DSL), para modelar o comportamento dos SADs. Ontologias, em OWL, são uma representação de conhecimento computável, que permite definir SADs em um formato entendível e accessível a humanos e máquinas. Esse método foi usado para criar o Framework Decisioner para a instanciação de SADs. O Decisioner gera automaticamente SADs a partir de uma ontologia e uma descrição naDSL, incluindo a interface do SAD (usando uma biblioteca de Web Components). Um editor online de ontologias, que usa um formato simplificado, permite que especialistas de domínio possam modificar aspectos da ontologia e imediatamente ver as consequência de suasmudanças no SAD.Uma validação desse método foi realizada, por meio da instanciação do SAD SustenAgro no Framework Decisioner. O SAD SustenAgro avalia a sustentabilidade de sistemas produtivos de cana-de-açúcar na região centro-sul do Brasil. Avaliações, conduzidas por especialistas em sustentabilidade da Embrapa Meio ambiente (parceiros neste projeto), mostraram que especialistas são capazes de alterar a ontologia e DSL usadas, sem a ajuda de programadores, e que o sistema produz análises de sustentabilidade corretas. / Decision Support Systems (DSSs) organize and process data and information to generate results to support decision making in a specific domain. They integrate knowledge from domain experts in each of their components: models, data, mathematical operations (that process the data) and analysis results. In traditional development methodologies, this knowledge must be interpreted and used by software developers to implement DSSs. That is because domain experts cannot formalize this knowledge in a computable model that can be integrated into DSSs. The knowledge modeling process is carried out, in practice, by the developers, biasing domain knowledge and hindering the agile development of DSSs (as domain experts cannot modify code directly). To solve this problem, a method and web tool is proposed that uses ontologies, in the Web Ontology Language (OWL), to represent experts knowledge, and a Domain Specific Language (DSL), to model DSS behavior. Ontologies, in OWL, are a computable knowledge representations, which allow the definition of DSSs in a format understandable and accessible to humans and machines. This method was used to create the Decisioner Framework for the instantiation of DSSs. Decisioner automatically generates DSSs from an ontology and a description in its DSL, including the DSS interface (using a Web Components library). An online ontology editor, using a simplified format, allows that domain experts change the ontology and immediately see the consequences of their changes in the in the DSS. A validation of this method was done through the instantiation of the SustenAgro DSS, using the Decisioner Framework. The SustenAgro DSS evaluates the sustainability of sugarcane production systems in the center-south region of Brazil. Evaluations, done by by sustainability experts from Embrapa Environment (partners in this project), showed that domain experts are capable of changing the ontology and DSL program used, without the help of software developers, and that the system produced correct sustainability analysis.

O objetivo do trabalho foi avaliar o desempenho do reflectômetro no domínio do tempo (TDR) comparativamente ao tensiômetro com manômetro de mercúrio (considerado como instrumento padrão), dando-se ênfase na sensibilidade de detecção de variações na umidade do solo sob condições de molhamento e secagem. Foi instalado um experimento em um solo classificado como Nitossolo Vermelho distrófico latossólico de textura muito argilosa, localizado próximo ao Posto Meteorológico do Departamento de Ciências Exatas, ESALQ/USP, Piracicaba (SP), Brasil, 22 o 42’ 30’’ de latitude sul e 47 o 38’ 00’’ de longitude oeste. Com dados de um ensaio de determinação da condutividade hidráulica do solo pelo Método do Perfil Instantâneo, de um período de secagem e de inundações intermitentes do solo, analisou-se a concordância entre a constante dielétrica obtido pelo TDR e o potencial matricial da água no solo obtido pelo tensiômetro, além dos valores de umidade volumétrica obtidos pelas mesmas técnicas. Concluiu-se que o desempenho do TDR foi superior ao do tensiômetro sob condições de secagem do solo e na detecção de variações de umidade. / The performance of a time domain-reflectometer (TDR) was compared with a mercury tensiometer (considered to be the norm), emphasizing the detection of variations in soil water content under wetting and drying conditions (as in instantaneous profile method to determine soil hydraulic conductivity). An experiment was performed in a Nitossolo Vermelho distrófico latossólico argiloso (Brazilian classification system), close to the meteorological observatory of the ESALQ/USP, Piracicaba (SP), Brazil, latitude 22 o 42’30’’ S, longitude 47 o 38’00’’ W. Data of matric potential, dieletric constant and water content during a dry period and water application were analyzed. The TDR cable tester was better than the tensiometer to detect the soil moisture variation.