Broiler performance is dependent on immunocompetency and the ability to respond to environmental challenges. Incubation temperature, post-hatch transportation, and vaccination may impose stress upon the embryo and post-hatch chick and impact immune system development and lifetime performance of the bird. The objective of the first study was to evaluate incubation temperature and post-hatch transportation environment on response parameters indicative of early immunity in the neonatal chick. Cobb 500 eggs (n=5200) were incubated with combinations of eggshell temperatures common to commercial multi-stage incubators during early and late incubation: low (L): 36.7°C, standard (S): 37.5°C, and high (H): 39.0°C. After hatch, chicks were transported under one of two conditions: control (C: 34°C) or distressed (D: 40°C), yielding 8 experimental treatments: LH-C, LS-C, SH-C, SS-C, LH-D, LS-D, SH-D, and SS-D. The objective of the second study was to examine the effects of incubation temperature profiles on response to vaccination in Cobb 500 broilers (n=2000). Temperature treatments were the same as the first study, and embryos were administered vaccinations for Marek's disease virus (MDV) at embryonic day (ED) 18, Newcastle disease virus (NDV) at hatch, the combination of MDV+NDV, or no vaccine (control). There were 16 resulting experimental groups: LH-Control, LH-MDV, LH-NDV, LH-MDV+NDV, LS-Control, LS-MDV, LS-NDV, LS-MDV+NDV, SH-Control, SH-MDV, SH-NDV, SH-MDV+NDV, SS-Control, SS-MDV, SS-NDV, and SS-MDV+NDV. Two and three way interactions (P<0.05) were observed for the parameters evaluated and are presented for both studies. These studies suggest an influence of incubation temperature and post-hatch stressors on chick development and early immune response parameters. / Master of Science

Les virus influenza de type A sont des pathogènes respiratoires causant des épidémies saisonnières et des pandémies de manière plus occasionnelles. Au cours d’une saison, 10 à 20 % de la population mondiale est touchée, ce qui constitue un problème majeur de santé publique. Les virus de sous-type A/H3N2 sont associés à une plus forte morbidité et mortalité que les virus de sous-type A/H1N1. La vaccination reste le moyen le plus efficace de contrôler les infections, cependant l’efficacité de ces vaccins est de courte durée et compromise en cas de non-appariemment entre les souches circulantes et vaccinales. La première partie de cette thèse a été consacrée à l’optimisation des vaccins inactivés A/H3N2 en testant de nouveaux adjuvants et de nouvelles voies d’administration chez la souris et le furet. Nous avons démontré que l’adjuvant AS25 semble prometteur pour le développement de vaccins plus efficaces. La seconde partie de cette thèse a été consacrée à suivre l’évolution moléculaire et antigénique des souches A/H3N2 circulantes au Québec entre 2009 et 2011. Notre conclusion est qu’il n’y a pas que le nombre de mutations dans la HA qui est important, en ce sens que la nature et la localisation de ces dernières jouent un rôle clé lors d’une dérive antigénique. Après avoir suivi les souches A/H3N2 sous pression immunitaire, nous avons suivi dans la troisième partie de cette thèse une souche A/H3N2 sous pression d’un nouvel antiviral; le laninamivir. Les antiviraux sont la première ligne de défense en cas de pandémie ou lors d’une épidémie lorsqu’il y a un mésappariemment entre les souches circulante et vaccinale. Notre conclusion est que la réplication de notre mutant est conservé in vitro mais non in vivo. Les différentes expériences effectuées au cours de cette thèse ont permis de suivre l’évolution des souches A/H3N2 et de mettre en œuvre de nouveaux moyens de prévention et de traitement. / Influenza are respiratory pathogens responsible for seasonal epidemics and more occasionnally pandemics. During a season, 10 to 20 % of the global population is infected, which is a major public health problem. A/H3N2 viruses are associated with greater morbidity and mortality than A/H1N1 viruses. Vaccination remains the most effective way to control infections; however the effectiveness of these vaccines is short-lived and compromised in the event of a mismatch between circulating and vaccine strains. The first part of this thesis was devoted to the optimization of inactivated A/H3N2 vaccines by testing new adjuvants and routes of administration in mice and ferrets. It was shown that the adjuvant AS25 looks promising for the development of more effective vaccines. The second part of this thesis was devoted to the characterization of the molecular and antigenic evolution of A/H3N2 strains circulating in Quebec between 2009 and 2011. Our conclusion is that not only the number of mutations in the HA gene is important, but the nature and location of such mutations also play a key role in the antigenic drift. After characterizing the A/H3N2 strains under immune selection, we followed, in the third part of this thesis, an A/H3N2 strain under pressure with a new antiviral, laninamivir. Antivirals are the first line of defense in a pandemic or during an outbreak when there is a mismatch between circulating and vaccine strains. Our conclusion is that the viral fitness of our mutant strain is conserved in vitro but not in vivo. The different experiments done in this thesis have permitted to characterize the evolution of A/H3N2 strains and new ways of preventing or treating such infections.

L’évaluation de relations causales à l’aide de données observationnelles est une pratique courante en épidémiologie. En présence de telles données, l’exposition d’intérêt est non randomisée et l’estimation des effets peut être biaisée par l’existence de variables confondantes. Les graphes acycliques dirigés (DAG) permettent de représenter les relations causales présumées entre les variables jugées pertinentes, ainsi que d’identifier les variables réellement confondantes, mais tracer un DAG peut être un défi majeur. Dans ce mémoire, nous avons étudié, développé et comparé différentes méthodes de validation des DAG. Un DAG est dit compatible avec les données si les indépendances statistiques sous-tendues par le DAG sont présentes dans les données. Nous avons considéré quatre méthodes statistiques paramétriques et deux non-paramétriques afin de tester l’ensemble de ces indépendances. À partir de données synthétiques simulées, nous avons évalué la capacité de ces tests à distinguer les DAG valides de ceux non valides. Plusieurs simulations variant en fonction de la taille d’échantillon, du nombre et du type de variables, ainsi que de la forme de leurs relations ont été réalisées. Par ailleurs, nous avons illustré l’application de nos tests pour valider un DAG concernant l’impact des nouveaux retards vaccinaux aux visites de vaccination sur le statut vaccinal. La performance des tests varie d’un scénario à l’autre. La majorité des tests rejettent plus souvent la validité des DAG pourtant valides dans certains scénarios que l’erreur de type I prévue de 5% à l’exception du test d’équations structurelles WLSMV (mean and variance adjusted weighted least squares) qui donne des résultats assez satisfaisant, notamment en absence de relations quadratiques dans la structure des données. Ce dernier test a toutefois une puissance relativement faible à détecter les DAG non valides dans certains cas. Par ailleurs, nos résultats illustrent que certains DAG non valides sont impossibles à discerner d’un DAG valide à partir des données observées. Les tests que nous avons explorés peuvent aider à discerner certains problèmes dans les DAG. Malgré leurs limites, ces tests sont des outils avec un potentiel important pour aider les épidémiologistes à valider leurs hypothèses lorsqu’ils utilisent des DAG. / Assessing causal relationships using observational data is common practice in epidemiology. In the presence of such data, the exposure of interest is non-randomized and the estimation of the effects may be biased by the existence of confounding variables. Directed acyclic graphs (DAGs) allow depicting the presumed causal relationships between variables deemed relevant, as well as identify truly confounding variables, but building a DAG can be a major challenge. In this thesis, we have developed and compared different DAG validation methods. A DAG is said to be compatible with the data if the statistical independencies underlying the DAG are present in the data. We consider three parametric and two nonparametric statistical methods in order to test all of these independencies. Using simulated synthetic data, we evaluate the ability of these tests to distinguish valid DAGs from those that are not valid. Several simulations varying according to the sample size, the number and type of variables, as well as the form of their relationships were performed. In addition, we illustrate the application of our tests to validate a DAG concerning the impact of new vaccine delays on vaccination visits at vaccination status. Tests’ performance vary from scenario to scenario. The majority of tests reject more often the validity of DAG yet valid in some scenarios than the type I error of 5% expected with the exception of the structural equation WLSMV (mean and variance adjusted weighted least squares) which gives fairly satisfactory results, especially in the absence of quadratic relationships in the data structure. However, this last test has a relatively low power to detect invalid DAGs in certain cases. Our results also illustrate that some invalid DAGs are impossible to discern from a valid DAG based on the observed data. The tests we have explored can help detect certain problems in DAGs. Despite their limitations, these tests are therefore tools with significant potential to help epidemiologists to validate their hypotheses when using DAGs.

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En s’appuyant sur un devis qualitatif, ce projet de mémoire avait pour objectif d’explorer comment les perceptions et les attitudes de parents canadiens sont influencées par quatre variations d’un message de promotion de la vaccination contre la rougeole. Ces messages, rédigés dans un format journalistique, différaient selon le type de contenu (narratif et émotif vs factuel) et selon la source d’un témoignage qui y était inclus (provenant d’une mère ou d’un médecin). Quatre groupes de discussion réunissant 28 parents de jeunes enfants ont été réalisés à Québec et à Winnipeg. Les attitudes vaccinales des participants étaient diversifiées : la plupart étaient favorables à la vaccination, certains étaient hésitants ou incertains et un parent avait refusé presque tous les vaccins pour ses enfants. Bien que le projet soit exploratoire, les résultats ont indiqué l’existence d’une interaction entre le type de message et la source du témoignage. Un message factuel dans lequel un médecin témoignait était généralement apprécié, en particulier par une majorité de parents hésitants à la vaccination qui valorisaient l’accès à des informations balancées pour exercer un consentement éclairé. Une histoire narrative et émotive, dans laquelle une mère témoignait au sujet de l’hospitalisation de son enfant non vacciné pour la rougeole, était aussi appréciée par les parents en général. Elle confortait plusieurs parents dans leur décision d’avoir accepté la vaccination et était perçue comme plus marquante. Par contre, deux participants étaient rebutés par l’aspect émotif de ce message et avaient la perception qu’on voulait les manipuler. Des réactions négatives ont aussi été observées par rapport à certains aspects des deux autres messages testés. Ces résultats rappellent l’importance d’évaluer rigoureusement des messages de promotion avant de les diffuser à la population.

Les vaccins ont été l'un des succès les plus spectaculaires de la médecine depuis les travaux révolutionnaires d'Edouard Jenner (1749-1823) et Louis Pasteur (1822-1895). L'approche traditionnelle de conception de vaccins, reposant principalement sur l'inoculation de pathogènes inactivés ou atténués, ne peut plus répondre aux besoins actuels en vaccinologie. En effet, l'émergence de nouveaux pathogènes (VIH, VHC) a poussé les scientifiques à raffiner leur approche en identifiant des nouvelles cibles immunoprotectrices (épitopes) et en inventant des nouveaux modes de présentation de ces cibles au système immunitaire. Ceux-ci ont pour objectif d'augmenter l'immunogénicité de cibles qui souvent sont peu immunogènes en raison de leur faible durée de vie dans l'organisme. Dans ce contexte, les pseudovirions (PV) constitués d'une protéine structurale capable de se multimériser et mimer l'organisation hautement répétitive d'un virus sauvage, sont des modes de présentation prometteurs. L'objectif de mon doctorat a été d'étudier et caractériser le potentiel d'un de ces pseudovirions formé à partir des nucléocapsides du virus de la Mosaïque de la Papaye (PapMV). Dans un premier temps, les résultats ont montré que les PV de PapMV sont capables d'induire in vivo une forte réponse humorale contre un épitope du VHC présenté à surface en de nombreuses copies. Cette réponse humorale est diversifiée (Th1/Th2), de longue durée, et entièrement dépendante du niveau de multimérisation de la nucléocapside. En effet, la nucléocapside mutée, présentant le même épitope et incapable de s'assembler en pseudovirion, perd toute immunogénicité. Dans un second temps, il a été démontré que les PV de PapMV présentant un épitope hautement conservé d'influenza (M2) sont capables de fournir une protection partielle in vivo contre une infection virale. Cette protection peut être améliorée de façon très importante si les PV de PapMV (PapMVCP-M2) sont adjuvantés avec des PV de PapMV sans fusion (PapMVCP). Ces résultats soulignent la nature versatile des PV de PapMV, pouvant être utilisés à la fois comme système de présentation d'épitopes mais aussi comme adjuvant. En outre, des expériences ont démontré que les modes de purification des PV pouvaient influer sur l'immunogénicité des PV de PapMVCP-M2. L'ensemble de ces résultats, associés à des études montrant l'efficacité des PV de PapMV pour induire une réponse cellulaire (LCT) protectrice, font des PV de PapMV un outil hautement attractif pour la conception des vaccins modernes.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2016-2017 / Introduction: En 2015, 65 pays avaient des programmes de vaccination contre les VPH. La modélisation mathématique a joué un rôle crucial dans leur implantation. Objectifs: Nous avons réalisé une revue systématique et analysé les prédictions de modèles mathématiques de l’efficacité populationnelle de la vaccination sur la prévalence des VPH-16/18/6/11 chez les femmes et les hommes, afin d’évaluer la robustesse/variabilité des prédictions concernant l’immunité de groupe, le bénéfice ajouté par la vaccination des garçons et l’élimination potentielle des VPH-16/18/6/11. Méthodes: Nous avons cherché dans Medline/Embase afin d’identifier les modèles dynamiques simulant l’impact populationnel de la vaccination sur les infections par les VPH-16/18/6/11 chez les femmes et les hommes. Les équipes participantes ont réalisé des prédictions pour 19 simulations standardisées. Nous avons calculé la réduction relative de la prévalence (RRprev) 70 ans après l’introduction de la vaccination. Les résultats présentés correspondent à la médiane(10ème; 90èmeperccentiles) des prédictions. Les cibles de la vaccination étaient les filles seulement ou les filles &amp; garçons. Résultats: 16/19 équipes éligibles ont transmis leurs prédictions. Lorsque 40% des filles sont vaccinées, la RRprev du VPH-16 est 53%(46%; 68%) chez les femmes et 36%(28%; 61%) chez les hommes. Lorsque 80% des filles sont vaccinées, la RRprev est 93%(90%; 100%) chez les femmes et 83%(75%; 100%) chez les hommes. Vacciner aussi les garçons augmente la RRprev de 18%(13%; 32%) chez les femmes et 35%(27%; 39%) chez les hommes à 40% de couverture, et 7%(0%; 10%) et 16%(1%; 25%) à 80% de couverture. Les RRprev étaient plus élevées pour les VPH-18/6/11 (vs. VPH-16). Si 80% des filles &amp; garçons sont vaccinés, les VPH-16/18/6/11 pourraient être éliminés. Interprétation: Même si les modèles diffèrent entre eux, les prédictions s’accordent sur: 1)immunité de groupe élevée même à basse couverture, 2)RRprev supérieures pour les VPH-18/6/11 (vs. VPH-16), 3)augmenter la couverture chez les filles a un meilleur impact qu’ajouter les garçons, 4)vacciner 80% des filles &amp; garçons pourraient éliminer les VPH-16/18/6/11. / Background: As of 2015, 65 countries have introduced HPV vaccination programmes. Mathematical models have played a key role in the implementation of these programmes. Objectives: We conducted a systematic review and pooled-analysis of model predictions of population-level effectiveness of HPV vaccination against HPV-16/18/6/11 infection in women and men, to examine the robustness/variability of predicted populationnal effects, incremental benefit of vaccinating boys, and potential for HPV vaccine-type elimination. Methods: We searched Medline and Embase (2009-2015) for transmission-dynamic modeling studies predicting the population-level impact of vaccination on HPV-16/18/6/11 infections among women and men in high-income countries. Participating modeling teams produced predictions for 19 standardized scenarios. We derived pooled relative reduction in HPV prevalence (RRprev) 70 years after vaccination, using the median (10th; 90thpercentile) of model predictions. Strategies investigated were Girls-Only and Girls &amp; Boys vaccination at 12 years of age. Findings: 16/19 eligible models, from ten high-income countries provided predictions. With 40% Girls-Only vaccination coverage, HPV-16 RRprev among women and men was 53%(46%; 68%) and 36%(28%; 61%), respectively. With 80% Girls-Only vaccination coverage, HPV-16 RRprev among women and men was 93%(90%; 100%) and 83%(75%; 100%), respectively. Vaccinating boys in addition to girls increased HPV-16 RRprev among women and men by 18%(13%; 32%) and 35%(27%; 39%) for 40% coverage, and 7%(0%; 10%) and 16%(1%; 25%) for 80% coverage, respectively. RRprev were greater for HPV-18/6/11 than HPV-16 for all scenarios. Finally at 80% coverage, most models predicted that Girls &amp; Boys vaccination would eliminate HPV-16/18/6/11, with a median RRprev of 100% for women and men for all types. Interpretation: Although HPV models differ in structure, data used for calibration and setting, population-level predictions were generally concordant: 1) strong herd effects from vaccinating Girls-Only, even with low coverage, 2) greater post-vaccination reductions in HPV-18/6/11 infection (vs. HPV-16), 3) increasing coverage in girls provides greater impact than including boys, and 4) reaching 80% coverage in Girls would eliminate HPV-16/18/6/11, with a median RRprev of 100% for women and men for all types. Interpretation: Although HPV models differ in structure, data used for calibration and setting, population-level predictions were generally concordant: 1) strong herd effects from vaccinating Girls-Only, even with low coverage, 2) greater post-vaccination reductions in HPV-18/6/11 infection (vs. HPV-16), 3) increasing coverage in girls provides greater impact than including boys, and 4) reaching 80% coverage in Girls would eliminate HPV-16/18/6/11, with a median RRprev of 100% for women and men for all types. Interpretation: Although HPV models differ in structure, data used for calibration and setting, population-level predictions were generally concordant: 1) strong herd effects from vaccinating Girls-Only, even with low coverage, 2) greater post-vaccination reductions in HPV-18/6/11 infection (vs. HPV-16), 3) increasing coverage in girls provides greater impact than including boys, and 4) reaching 80% coverage in Girls &amp; Boys could eliminate HPV-16/18/6/11.

Vaccination is one of the most important preventive epidemiological measures. My thesis focuses on comparing vaccination strategies of the EU countries with those of the Czech Republic. When collecting information, I studied the present situation of all twenty seven EU countries, including WHO recommendations on immunization, and suggestions of both ECDC and vaccine producers. Available incidence data about particular preventable diseases and vaccination coverage are also mentioned. Furthermore, I also point out the effectiveness of vaccination, illustrating the fact on the occurrence of specific illnesses. This is especially apparent from Czech vaccination schedule for measles, which, owing to taken measures, occur only as an imported malady. Vaccination schedules vary considerably among the EU countries. The Czech Republic follows same schedules as most of the EU countries and has a well-developed vaccination system, established in Notice no. 537/2006 Sb. of vaccination against infectious diseases, as amended. The number of illnesses, vaccination against which is prescribed, almost doesn?t differ from other European countries, and neither does the sickness rate. Quite to the contrary; compared to certain EU states, vaccination coverage in the Czech Republic is steadily high and recommendations to update vaccination schedules arise only from new findings and freshly emerged epidemiological situation. New vaccines against infectious diseases are being introduced to the market each year and individual countries therefore often reappraise, adjust and update their vaccination schedules. It?s imperative that they take into consideration present epidemiological situation, both in the countries themselves and in surrounding states, and also the knowledge of trends in infectious diseases occurrence. It?s necessary to update vaccination schedules and to increase the number of vaccines ? be it within periodic vaccinations covered by state, or personally requested vaccinations compensated by insurance companies ?, thus improving vaccination coverage. 5 Attempts at unification are unrealistic. In view of various epidemiological situations, means of individual countries, and attitudes towards vaccination in certain liberal leaning states, it is not possible to dictate vaccine use or vaccination schedules to any country. Considering the scope of the issue, the aim of my thesis isn?t to suggest solutions, but rather to monitor the present circumstances in individual states, find sources of information, and compare the situation in the EU and Czech Republic.

Bakgrund: Vaccin skyddar både individen och samhället. Utan vaccin hotas flockimmuniteten och hälsan hos befolkningen. Runt om i världen finns hos vissa föräldrar en ovilja att vaccinera sina barn. Inspirationen till detta kommer ofta från internet. Syftet med detta arbete är att undersöka anledningar till att föräldrar avstår från att vaccinera sina barn. Detta är viktigt i sjuksköterskans arbetsroll då det i den ingår att stödja patienten i sin egenvård. Med hjälp av information från denna litteraturöversikt kan sjuksköterskor få en ökad förståelse för varför vissa väljer att tacka nej till vaccin. Metod: Genom en litteraturöversikt har artiklar angående föräldrar som inte vaccinerar sina barn granskats för att besvara syftet. Litteratursökningar gjordes i vetenskapliga databaser, vilket resulterade i att 13 vetenskapliga artiklar inkluderades i studien. Genom att noggrant granska dessa artiklar framkom många olika anledningar till varför föräldrarna väljer att avstå från att vaccinera sina barn. Resultat: Saker som föräldrar oroade sig för var biverkningar, följdsjukdomar och vaccinets innehåll. En del föräldrar tror inte på att sjukdomarna existerar längre eller tror att vaccinet inte fungerar. De allra flesta anledningarna syftade till att skydda barnet och berodde främst på okunskap eller för lite information. Slutsats: Slutsatsen är att mer pålitlig information måste bli tillgänglig för alla föräldrar att ta del av. Informationen bör komma från trovärdiga källor som gärna bör ge ut sin information via internet eller sociala medier, då föräldrar tenderar att söka sig dit. Sjuksköterskan kan med hjälp av bättre information hjälpa föräldrar att fatta ett bra beslut. / Background: Vaccine protects both individuals and the society in general. Without vaccines, both herd-immunity and public health are threatened. Around the world, some parents choose not to vaccinate their children. This decision is often based on information the parents have received from internet sources. This study aimed to investigate the reasons why parents refrain from vaccinating their children. This information is important in the nurse's profession as the role involves supporting the patient in his or her self-care. Method: Through a systematic review, articles regarding vaccine resistance and hesitancy have been examined to answer the purpose of this study. A literature search was made in scientific databases, and 13 articles were selected. The articles were reviewed and various reasons for the vaccine resistance were found. Result: Things that parents worried about were side effects, illnesses and the content of the vaccine. Some parents did not believe that the disease exists anymore or thought that the vaccine is not reliable. Most of the parents' decisions aimed to protect their child and were, in most cases, made by lack of information. Conclusion: The conclusion of this review is that more reliable information must be available for parents. The information should come from reliable sources, such as authorities. The authorities should also reach out with information through the internet and social media, as parents tend to rely on the internet whilst making decisions. With information from this study nurses can help the parents make an informed decision regarding vaccinations.

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