Identifier rapidement le contenu microbien d’un échantillon biologique complexe constitue un enjeu majeur en biodéfense et dans les domaines concernant la santé humaine, les biotechnologies et l’environnement. La spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) permet de sonder le contenu protéique d’un échantillon avec précision. Ce travail de thèse porte sur le développement d’un nouveau concept d’interprétation des données de spectrométrie de masse MS/MS à des fins d’identification sans a priori du contenu microbien d’un échantillon à l’aide de bases de données protéiques généralistes. L’approche d’identification se base (i) sur la base de données actuelle la plus exhaustive, et (ii) sur un algorithme d’interprétation de spectres MS/MS. Une architecture informatique a été développée afin de regrouper les résultats MS/MS selon la taxonomie des organismes vivants tout en veillant à minimiser le temps de traitement nécessaire et à maximiser le taux d’attribution de spectres MS/MS. Une stratégie d’identification récursive à travers l’arbre taxonomique basée sur le nombre de spectres spécifiques associés à chaque taxon est possible, mais ne permet pas d’identifier avec confiance le contenu d’un échantillon multi-organismes séquencés. Le concept innovant développé a permis d’établir une corrélation entre le nombre de spectres attribués à un taxon et la distance phylogénétique de ce taxon au taxon de l’organisme présent dans le cas d’un échantillon mono-organisme séquencé. Cette corrélation permet de modéliser et de déterminer la présence de tout organisme séquencé dans un échantillon multi-organismes. Un outil automatique d’estimation de distances phylogénétiques entre taxons a donc été mis au point, basé sur l’ajout de nouveaux organismes à un alignement multiple de séquences de référence composé de 31 familles de protéines universelles pour des organismes des 3 domaines du vivants (bactéries, archées, eucaryotes). Enfin, deux algorithmes d’identification du contenu d’un échantillon multi-organismes séquencés ont été évalués : un algorithme glouton naïf basé sur une heuristique et un algorithme résolvant un problème d’optimisation non-convexe de manière itérative utilisant un terme de régularisation pondéré de norme ℓ1. / The rapid identification of the microbial content of a complex biological sample is a major issue in biodefense and in areas related to human health, biotechnology and the environment. Tandem mass spectrometry (MS/MS) enables accurate profiling of the protein content of a sample. This thesis focuses on the development of a new concept in MS/MS data interpretation to identify the microbial content of a sample using general protein databases without prior knowledge of the target. The identification approach is based on (i) the most extensive protein database currently available and (ii) an MS/MS spectra interpretation algorithm. A dedicated computer architecture has been developed to combine the MS/MS results according to the taxonomy of living organisms while minimizing the required processing time and maximizing the MS/MS spectra assignment rate. A recursive identification strategy across the taxonomic tree based on the number of specific spectra associated with each taxon is possible but does not confidently identify the contents of a sample containing multiple sequenced organisms. The innovative concept developed here enables the correlation of the number of spectra assigned to a given taxon and the phylogenetic distances between this taxon and the taxon of the organism present in the case of a sample containing a single sequenced organism. This correlation allows us to model and determine the presence of any sequenced organism in a sample containing multiple organisms. An automatic tool for estimating phylogenetic distances between taxa has been developed. This tool is based on the addition of new organisms to a multiple sequence alignment comprising 31 families of universal proteins from organisms from all 3 domains of life (Bacteria, Archaea, Eukarya). Finally, two algorithms for identifying multiple organisms from a single sample have been assessed : a naive greedy algorithm based on a heuristic and an iterative algorithm that solves a non-convex optimization problem using a weighted ℓ1 norm regularization term.

La couleur est omniprésente dans nos quotidiens, mais sa représentation par le marketing fait apparaître aujourd’hui un double paradoxe : d’une part le recours à une rhétorique publicitaire invoquant des caractéristiques de la couleur qui sont précisément niées par sa fabrication industrielle, et d’autre part, la multiplication de l’image du nuancier dans des conditions d’impression qui s’opposent aux fonctions d’exemplification qu’il est sensé assumer. Cette thèse se propose de mettre en évidence, grâce aux outils de la poïétique, les mutations qu’a connu la construction de la pensée de la couleur par les manufactures, l’industrie et le commerce depuis le milieu du XIXème siècle en interrogeant ses divers modes d’échantillonnage, le nuancier notamment, tels qu’ils ont été instaurés par ses producteurs. Mais l’échantillonnage de la couleur est ici envisagé comme une interface d’expression maximum entre les producteurs et commerçants de couleur et ceux auxquels il est destiné : il relève de conduites créatrices spécifiques, il en génère aussi.L’objectif de ce travail est de parvenir à mesurer l’évolution respective des divers types d’information apportés, et donc communiqués, par le nuancier. La recherche s’ancre dans un corpus de documents sur lequel est appliqué une grilled’analyse permettant dans un premier temps de mettre en évidence les cinq territoires d’information qui ont été identifiés dans l’échantillonnage de la couleur, puis d’en explorer les caractéristiques quantitatives et qualitatives. Des concepts opératoires ont ainsi pu être élaborés pour cerner précisément deux conduites créatives distinctes : celle générant le nuancier et celle générant le recueil d’échantillons. L’amplitude chronologique de cette recherche ainsi que le parti-pris de laisser au terrain la possibilité de déployer toute sa richesse a imposé ses limites à l’entreprise. Celle-ci devait poser le cadre et les principaux repères d’un sujet encore peu exploré et élaborer des outils conceptuels aptes à être réutilisés. Une évaluation de la pertinence de la méthode, des outils et des concepts mis en oeuvre a été effectuée. Ses résultats sont encourageants puisqu’ils montrent que la recherche entreprise est féconde pour déceler les enjeux dont le nuancier, entre industrie et individu, est partie prenante. Elle a mis en évidence que l’analyse du nuancier, entité riche de ce dont elle résulte et de ce qu’elle induit, peut être employée pour contribuer à décrypter la société contemporaine. Il s’agira de prolonger cette première étape par de nouvelles investigations sur l’échantillonnage de la couleur. / Colour is omnipresent in our daily lives, but its representation in today’s marketing shows a double paradox: on the one hand, the use of advertising rhetoric, invoking characteristics of color – the same being manifestly denied by the manufacturing industry, and on the other hand, the multiplication of the image of color chart – but under printing-conditions that are opposed to the functions of exemplification it is supposed to fulfill. Using tools from poietic, this thesis intends to demonstrate what kind of changes manufacturers, industry and commerce has gone through in terms of construction of theidea of colour since the mid-nineteenth Century by questioning its various sampling modes, in particular how the color chart was introduced by manufacturers. Sampling of colour is here considered as an interface of maximum expression betweencolour producers and traders and those for whom it is intended: it originates from specific creative conducts - which it also generates. The purpose of this work is to measure the evolution of each type of provided - and obviously communicated - information through the color chart. The research is anchored to a body of documentation, upon which an analytical grid isapplied, first of all in order to define the five fields of information the colour sampling has allowed for. It also enables one to explore their quantitative and qualitative characteristics. Thus it has been possible to develop operational concepts in order to define precisely two distinct creative lines: one generating the color chart and the other generating the sample collection. The chronological amplitude of this research and the prejudice to let the field maintain its ability to display all its treasures, has imposed its own limitations to this research. It has defined the framework and the main landmarks of a - until now - poorly explored subject and developed the conceptual tools capable of being re-used. An evaluation has been performed on the adequacy of the methodology, the tools and on implemented concepts. The results are encouraging as they show that the undertaken research has successfully identified the issues the color chart, the rich entity of where it comes from and what it leads to can contribute to deciphering contemporary society. The purpose is to extend this first step by carrying out new investigations on the sampling of color.

La thèse vise principalement à démontrer la pertinence du marketing d'entreprises aux consommateurs. A travers deux articles, nous explorons le concept de marketing de l'entreprise dans les domaines qui constituent un intérêt considérable dans la communauté académique telle que les émotions et les relations des consommateurs avec l'entreprise. Le premier article traite des implications des marques d'entreprises vis-à-vis des expériences émotionnelles de consommateurs. L'étude démontre que les différences au niveau conceptuel entre des marques d'entreprises et des marques de produits donnent lieu à des différences significatives et importantes sur les réactions émotionnelles et comportementales des clients. Dans le second article, nous nous concentrons sur la relation de l'identification du consommateur avec les entreprises (ICE). Cette recherche élabore les mécanismes d'engagement basés sur l'identité et leur effet sur les réponses des consommateurs à de nouvelles initiatives de la société.Le troisième article aborde d'une autre question de recherche. Etant donné que les études empiriques faisant l'objet des deux premiers articles font appel à des étudiants comme participants, notre troisième article se concentre sur le fait d'utiliser un échantillon d'étudiants dans les recherches en marketing. / The thesis primarily aims to demonstrate the relevance of corporate marketing framework to consumers. Therefore, across two different articles we explore the concept of corporate marketing in areas which hold considerable interest among academicians i.e. consumer emotions and consumer relationships. The first article, deals with the implications of corporate brands on consumer's emotional experiences. The study demonstrates that conceptual differences between corporate and product brands have important and meaningful differences on consumer's emotional and behavioral reactions. In the second article, we focus on consumer's identification relationship with companies. This research elaborates the mechanisms of identity-based commitment and its effect on consumer responses to new company initiatives. The proposed two-tiered, identification-based commitment model explains both positive and negative consumer reactions, an insight missing from prior studies.Finally, the thesis includes a 3rd article which discusses a rather different issue. As the empirical studies in the first two articles use “students” as participants therefore, our third article focuses on the usage of student sample in marketing research. This article explores the underlying argument on the usage of student sample; problems associated with such studies, and identify best practices in French marketing research.

Les liens entre facteurs socio démographiques et trajectoires de consommation d’alcool chez les jeunes restent peu connus. De même, les études sur les liens entre trajectoire socio-économique et consommation d’alcool ont échoué à montrer un effet propre de la trajectoire socio-économique. Enfin, la littérature qui est disponible actuellement ne permet pas de dégager un consensus sur l'effet du sexe des enfants et des parents dans la transmission intergénérationnelle de la consommation d'alcool. L’objectif de cette thèse a été d’identifier les déterminants sociaux, économiques et démographiques des trajectoires de consommation d’alcool chez les jeunes. Il s’est agi d’une étude de cohorte prospective menée en population générale dans la cohorte TEMPO [(n=2.582, âgées de 4 à 16 ans en 1991), (n=1.333, âgés de 12 à 25 ans en 1999), (n=1.103, âgés de 22 à 35 ans en 2009)], et pour lesquels les données ont été recueillies par auto-questionnaire postal, incluant des jeunes dont un des parents participe à la cohorte GAZEL. Il est ressorti de nos analyses que la consommation excessive d’alcool qui s’installe au début de l’adolescence est un phénomène limité dans le temps chez la majorité des jeunes. Elle persiste dans des sous populations particulières comme les personnes issues de catégorie sociale défavorisée et les jeunes femmes. La situation sociale, mesurée par la trajectoire sociale de l’enfance au début de l’âge adulte, est un facteur prédictif de la consommation d’alcool au début de l’âge adulte. Les tendances de certains de nos résultats laissent penser que les mécanismes à l’œuvre dans un possible lien parents-descendance pour l'abus d'alcool pourraient être en lien avec le sexe des jeunes. Ces résultats suggèrent que la trajectoire de consommation d’alcool chez les jeunes est en partie déterminée par des facteurs sociodémographiques présents précocement, au cours de l’enfance et l’adolescence. Etant donné les risques de l’abus d'alcool chez les jeunes tant sur leur santé que sur leur devenir social et professionnel à long terme, les trajectoires d'abus d'alcool devraient faire l'objet d'une surveillance plus accrue. La prise en compte des mécanismes sociaux à l’œuvre dans les trajectoires d'abus d'alcool chez les jeunes pourrait être contributive. / Young adulthood is a critical period in terms of establishing lifelong health behaviors, including alcohol use. Yet, trajectories of alcohol abuse from adolescence onwards are not well known.Using data from a longitudinal cohort study set up in France [(n=2,582, age 4-16 years in 1991), (n=1,333, age 12-25 years in 1999), (n=1,103, age 22-35 years in 2009)], we examined the relationship between repeated alcohol intoxication in adolescence and later alcohol abuse, testing whether this association varies depending on individuals’ sociodemographic characteristics. We also studied the hypothesis that patterns of alcohol use in young adulthood are associated with lifecourse socioeconomic trajectory. In addition, we examined the relationship between parental history of alcohol use and offspring’s alcohol use in young adulthood, testing differences according to sex.In most adolescents, alcohol abuse is a time-limited behavior. Nonetheless, in adolescent participants from low income families, in girls, the likelihood of persistent alcohol abuse beyond adolescence may be increased. We also found that young adults who had a persistently low socioeconomic position from childhood to young adulthood were more likely to abstain from alcohol even after controlling for demographic, social, psychological and family characteristics. Additionally, participants with a downward social trajectory were disproportionately likely to abuse alcohol. In addition, parental history of alcohol use is especially predictive of offspring’s young adulthood alcohol misuse in men.Our findings suggest that alcohol use patterns in young adulthood may be influenced by early socioeconomic factors, which should be confirmed by additional studies in the future. Given young people alcohol abuse risks about their health and their future social and professional situation, alcohol use trajectories from adolescence onwards should be better monitored. Taking into account social mechanisms that influence trajectories of alcohol abuse among young people could be contributive, which should be brought to the attention of policymakers and mental health specialists.

Ces dernières années les principaux relevés cosmologiques ont collectés plusieurs dizaines de milliers de spectres de noyaux actifs de galaxies (connus aussi sous l'abréviation anglaise AGN), illustrant ainsi la grande éfficacité des techniques de pré-sélections optiques de candidat AGN. Ils ont ainsi permis une étude statistique détaillée de la population d'AGN.<br />Le revers de ces techniques de pré-sélection est que certaines catégories de la population globale des AGN optiques sont peut-être sous-représentées dans ces échantillons, biaisant notre compréhension actuelle de l'évolution de ces objets.<br /><br />Cette thèse de doctorat est dédiée à l'étude des propriétés des AGN de type 1 de faible luminosité. Dans ce but nous utilisons un échantillon spectroscopique de 130 AGN à raies<br />d'émission larges, extrait d'un grand relevé de galaxie: le VIRMOS VLT Deep Survey (VVDS).<br />Cet échantillon présente un intérêt unique, de part la simplicité des critères de pré-sélection de ces objets (une simple limite en magnitude) ainsi que par la profondeur en magnitude atteinte: il fournit d'une part un aperçu des propriétés des AGN de type 1 à des magnitudes encore peu explorées spectroscopiquement (les AGN étudiés ici sont jusqu'à cent fois plus faibles que ceux du SDSS) et il permet d'autre part de quantifier les biais qui seraient introduits par des critères classiques de sélection.<br /><br />Nous mesurons une densité sur le ciel d'environ 470 AGN par degré carré à notre magnitude limite (Iab=24). Une fraction importante des AGN que nous observons ne serait pas sélectionée par les techniques de sélections morphologiques et d'excès d'UV classiquement appliquées. Nous attribuons cet effet à la contamination de nos AGN par leur galaxie hôte, vue leur faible luminosité. La fonction de luminosité des AGN montre qu'il y a relativement plus d'AGN de faible luminosité à bas redshift qu'á plus grand redshift. Cette observation corrobore le scénario de croissance anti-hierarchique de trous-noirs galactiques suggéré par les echantillons d'AGN sélectionnés en rayons-X.<br />Finalement nous nous sommes intéressés à la nature des trous noirs qui sont à l'origine de nos AGN. S'agit-il de petits trous noirs galactiques ou bien, au contraire, de trous noirs de grandes masses accrétant faiblement ?<br />Nos résultats, encore préliminaires, suggèrent que nos AGN correspondent en moyenne à des trous noirs galactique de masses intermediaires (~100 millions de masses solaires) accrétant à des taux d'Eddington modeste (~< 10%).

Ce travail a eu pour objectif de répondre aux problématiques inhérentes aux tests multiples dans le contexte des essais cliniques. A l’heure actuelle un nombre croissant d’essais cliniques ont pour objectif d’observer l’effet multifactoriel d’un produit, et nécessite donc l’utilisation de co-critères de jugement principaux. La significativité de l’étude est alors conclue si et seulement si nous observons le rejet d’au moins r hypothèses nulles parmi les m hypothèses nulles testées. Dans ce contexte, les statisticiens doivent prendre en compte la multiplicité induite par cette pratique. Nous nous sommes consacrés dans un premier temps à la recherche d’une correction exacte pour l’analyse des données et le calcul de taille d’échantillon pour r = 1. Puis nous avons travaillé sur le calcul de taille d’´echantillon pour toutes valeurs de r, quand les procédures en une étape, ou les procédures séquentielles sont utilisées. Finalement nous nous sommes intéressés à la correction du degré de signification engendré par la recherche d’un codage optimal d’une variable explicative continue dans un modèle linéaire généralisé / This work aimed to meet multiple testing problems in clinical trials context. Nowadays, in clinical research it is increasingly common to define multiple co-primary endpoints in order to capture a multi-factorial effect of the product. The significance of the study is concluded if and only if at least r null hypotheses are rejected among the m null hypotheses. In this context, statisticians need to take into account multiplicity problems. We initially devoted our work on exact correction of the multiple testing for data analysis and sample size computation, when r = 1. Then we worked on sample size computation for any values of r, when stepwise and single step procedures are used. Finally we are interested in the correction of significance level generated by the search for an optimal coding of a continuous explanatory variable in generalized linear model.

Cette thèse porte sur une série d'études technologiques et d'applications physiques dans les domaines de la dynamique ultrarapide et contrôle cohérent. Du point de vue technologique, nous avons effectué une étude approfondie de couplage spatio-temporel induit par l'interaction de l'onde optique avec une onde acoustique au sein d'un cristal non linéaire pour le façonnage de l'impulsion laser ultra courte. Cette étude a été menée en utilisant des techniques interférométriques. Ces effets bien connus dans les façonneurs d'impulsions utilisant une ligne 4f n'avaient jamais été mesurés dans ce type façonneur. Nos résultats ont été les premiers à les démontrer, les quantifier et les expliquer. Du point de vue du contrôle, nous avons mis en évidence des résultats très intéressants concernant la refocalisation temporelle d'une impulsion large bande fortement perturbée par un milieu multi-diffusif (i.e. l'analogue temporel de speckle spatiale). Pour cela nous avons d'eveloppé une mesure résolue spatialement de la phase spectrale de l'impulsion déformée suivie par une rétroaction en boucle ouverte permettant la correction en temps réelle de la phase grâce à un façonneur d'impulsions: en raison de la linéarité du processus de diffusion, cette compensation a permis de réaliser la recompression d'une impulsion laser en sortie de l''echantillon en un point donné (localisation spatiale) . Cela a suscité beaucoup d'intérêts parmi les collègues pour diverses applications telles que l'imagerie biologique ou pour des développements utilisant l'optique quantique.

La rupture différée d’un composite SiC/SiC a été étudiée en fatigue statique, sous air, aux températures intermédiaires (500°C-800°C). Les résultats expérimentaux (durée de vie, loi de comportement en traction, déformation) et les fractographies ont permis d’identifier les modes de rupture de fibre qui interviennent dans la rupture différée. Un modèle mécanique probabiliste multiéchelle a été développé pour simuler le comportement en fatigue et prévoir la durée de vie. La microstructure est décrite par des distributions statistiques identifiées à partir des résultats de l’étude fractographique. Des diagrammes d’endurance du composite en fatigue ont été calculés pour prévoir la durée de vie. Ces derniers confirment que la tenue du composite est dictée par les fils. La modélisation montre que la microstructure joue un rôle déterminant sur la durée de vie et sa variabilité. Des relations microstructures-propriétés sont établies. Le lien entre contrainte résiduelle et durée de vie est également examiné. Une approche fiabiliste sur les échantillons à information faible est menée à l’aide de l’inférence bayésienne. Les résultats concordent avec l’approche mécanique. / Delayed failure of SiC/SiC woven composite is studied under static fatigue, in air, for intermediate temperatures (500°C – 800°C). Experimental results and fractographic examination are used to identify damage mechanisms. A multi-scale probabilistic facture based model is proposed to simulate damage kinetics in longitudinal tows. Microstructure is described with appropriate statistical distributions identified on fractographic investigations. Simulations demonstrate a significant effect of the microstructure on the lifetime of the tows. Microstructure – properties relations are established.