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Prospección fitosanitaria en un bosque puro de ciprés de la cordillera (Austrocedrus chilensis) en San Gabriel, Comuna de San José de Maipo, Región Metropolitana

Jorquera Olave, Víctor January 2012 (has links)
Memoria para optar al Título Profesional de Ingeniero Forestal / Este estudio entrega un registro de los principales problemas sanitarios, evaluación física del daño y sus principales agentes causales, de un bosque puro de ciprés de la cordillera, Austrocedrus chilensis (D. Don) Pic. Serm. et Bizarri (Cupressaceae), en San Gabriel, Región Metropolitana; además de identificar la fauna entomológica asociada y entregar propuestas preliminares de medidas silviculturales. El área de estudio fue un bosque puro, ralo y de sitio xérico, bajo la influencia de diversos factores de origen natural y antrópico. Se evaluaron síntomas, signos y daños en la población natural de A. chilensis, mediante un muestreo de 50 árboles, bajo la metodología de líneas de muestreo de 10 árboles cada una, con 5 repeticiones, y una intensidad de 5 cada 1.000 árboles. Para la colecta e identificación de los insectos se utilizaron trampas entomológicas y se hicieron prospecciones al azar en enero y febrero de 2011. También se colectaron conos con distinta orientación en copas de árboles al azar a alturas variables, para el análisis de conos y semillas. En general, los árboles presentaron un buen estado de vigor y los síntomas generales más importantes fueron daño mecánico y espiralamiento. En las ramas el problema fitosanitario más importante fue la escoba de bruja, mientras que en el follaje fue una clorosis y defoliación leve, y en el fuste la presencia de cancros y resinación. Se registró 49% de consumo de las semillas maduras, probablemente por larvas de Nanodacna austrocedrella (Laundry & Adamski) (Lepidoptera: Agonoxenidae); además se identificó un total de 35 especies de insectos asociados a bosques puros de ciprés de la cordillera. Debido a que el principal problema del bosque en San Gabriel es la escasa regeneración, como medidas silviculturales se propone aumentar la presencia de especies arbustivas nativas, instalar o reparar cercos de los límites del predio, manejo arbustivo, y el control de la población del microlepidóptero que consume las semillas de A. chilensis. Palabras clave: Austrocedrus chilensis, insectos, síntomas d
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Identificación y caracterización molecular de los virus que afectan a la higuera (Ficus carica L.) en Chile mediante Rt-PCR

Ubidia Vásquez, Paola January 2014 (has links)
Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Agropecuarias Mención Sanidad Vegetal / La Enfermedad del Mosaico de la Higuera está ampliamente distribuida en el mundo y ha sido reportada en varios países, especialmente en la cuenca del Mediterráneo. Sin embargo, para Chile no existe ningún registro de la situación viral de la higuera. En este trabajo se realizó una prospección en los principales cultivos comerciales de este frutal distribuidos en las Regiones de Coquimbo (IV), Valparaíso (V), Libertador Bernardo O´Higgins (VI) y Región Metropolitana. Las variedades “Black Mission” (higo negro) y “Kadota” (higo blanco) fueron encontradas más comúnmente. La detección en las 120 muestras estudiadas se realizó mediante la técnica de RT-PCR. Los virus prospectados fueron FLMaV-1, FLMaV-2, FMV, FMMaV, FFkaV, AFCV-2, FBV-1, FCV, FLV-1 y AFCV-1, de los cuales no fueron detectados los tres últimos. El virus que fue encontrado con mayor frecuencia fue FBV-1 (84,03%), seguido por FMV con una incidencia de 69,75% y FLMaV-1 en 62,18% de las muestras. Las infecciones virales fueron simples (20%), dobles (20,83%), triples (29,17%), cuádruples (25,83%) o quíntuples (0,83%), y 3,33% de las plantas no presentaron ninguno de los virus prospectados. Finalmente, se realizó una caracterización molecular de los aislados virales encontrados en Chile para los virus FMV, FLMaV-1, FLMaV-2, FFkaV, FMMaV y AFCV-2, que confirman esta prospección y clasifican a estos virus a nivel molecular con otras cepas encontradas en diversos países. / The Fig Mosaic Disease (FMD) is widely distributed worldwide and it has been reported in several countries, especially around the Mediterranean basin. However, there is no record of the viral situation of fig trees in Chile. In this research, a viral prospection was done in the main commercial fig orchards, distributed in the regions of Coquimbo (IV), Valparaíso (V), Libertador Bernardo O´Higgins (VI) and Metropolitan Region. “Black Mission” (black fig) and “Kadota” (white fig) were the fig varieties that were most commonly found. 120 samples were analyzed and the detection was made with RT-PCR. FLMaV-1, FLMaV-2, FMV, FMMaV, FFkaV, AFCV-2, FBV-1, FCV, FLV-1 and AFCV-1 were analyzed in each sample, and the last three viruses named here were not found. The most frequent virus was FBV-1, found in 84,03% of the samples, followed by FMV (69,75%) and FLMaV-1 (62,18%). The viral infections were simple (20%), double (20,83%), triple (29,17%), quadruple (25,83%) or quintuple (0,83%), and 3,33% of the plants did not present any of the analyzed virus. Finally, a molecular characterization of the viral isolates found in Chile was conducted for FMV, FLMaV-1, FLMaV-2, FFkaV, FMMaV and AFCV-2, which confirms the results of this prospection and classifies these viruses at a molecular level with viral isolates of other countries.
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Efecto insecticida de cuatro extractos botánicos y del cartap sobre la polilla de la papa Phthorimaea operculella (Zeller) (Lepidoptera: Gelechiidae) y en cuatro controladores biológicos, en el Perú

Iannacone Oliver, José January 2003 (has links)
Phthorimasa(Zeller)(Lepidoptera: Gelechiidae) es una laga clave en el cultivo de papa en el Perú , El depredadorChrysoperla externa hagen y las tres microavispasparasitoides Trichogrammma pintoi Vosgelé, Copidosoma koehleri blanchard y Dolichogenidia gelechiidivoris(Marsh) son controladores biológicos promisorios de plagas agrícolas clave en el Perú, pais donde no se ha investigado los efectos de la integración de métodos biológicos y productos biocidas al manejo integrado de plagas. / Phthorimaea operculella (Zeller) (Lepidoptera: Gelechiidae) is a key pest in potato crops in Peru. Chrysoperla externa Hagen and the three parasitoid microwasps Trichogramma pintoi Voegelé, Copidosoma Koehleri Blanchard and Dolichogenidia gelechiidivoris (Marsh) are promissory biological control agents of key agricultural pests in peru, where the effects of integration of biological control agents and chemical or natural products into integrated pest management have not been investigated.
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Búsqueda de altos niveles de resistencia a la marchitez bacteriana en especies silvestres de papa

Vargas Mogollón, María Elena January 2010 (has links)
La marchitez bacteriana de la papa (MB) causada por Ralstonia solanacearum (Smith, 1896) (Yabuuchi et al., 1995), es una de las más devastadoras enfermedades que afectan el cultivo de la papa en los países en desarrollo. En la actualidad, no existe un control químico efectivo. De todas las medidas de control, la utilización de variedades genéticamente resistentes es la mejor estrategia de manejo de la enfermedad y la que ofrece mejores perspectivas. El objetivo principal de este estudio fue identificar genotipos de especies silvestres de papa que presenten altos niveles de resistencia a la MB con énfasis en la resistencia a la infección latente en tubérculos. Para ello, se evaluaron 4461 genotipos diferentes de papa silvestre del Banco de Germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP). 10 plantas por genotipo fueron inoculadas con una suspensión de la cepa CIP204 de R. solanacearum a una concentración de 1 x 108 ufc/g de suelo. Para asegurar la durabilidad de la resistencia, los genotipos resistentes fueron evaluados nuevamente contra 7 cepas de R. solanacearum con alta agresividad. Los genotipos resistentes a por lo menos 5 cepas fueron sometidos a una tercera prueba donde se evaluó además la resistencia a la infección en tubérculos en condiciones menos severas. Se encontraron 178 genotipos resistentes a la cepa CIP204 (4% de los tamizados). De 162 genotipos resistentes analizados, la resistencia pudo ser confirmada en sólo 52 genotipos en tamizados consecutivos con varias cepas del patógeno, de los cuales 9 genotipos también son resistentes al tizón tardío de la papa. De 26 genotipos analizados para la infección en tubérculos, 7 genotipos (6 de Solanum acaule y 1 de Solanum chacoense) fueron resistentes a la marchitez en planta y no mostraron infección latente ni en tallos ni en tubérculos. S. acaule y S. chacoense son las especies más promisorias para los futuros programas de mejoramiento. Esta es la primera evidencia de que altos niveles de resistencia a la marchitez bacteriana existe en la naturaleza. Palabras clave: MB, papa, resistencia, silvestres, infección latente. / The Bacterial Wilt of the Potato(BW) caused by Ralstonia solanacearum (Smith, 1896) (Yabuuchi et al., 1995), is one of the most devastating illnesses that affect the potato’s cultivation in the developing countries. At the present time an effective chemical control does not exist. Of all the control measures of BW, the use of genetically resistant varieties is the best handling strategy of the illness and the one that offer better perspectives. The main objective of this study was to identify genotypes of wild potato species that show high levels of resistance to bacterial wilt with emphasis in the resistance to the latent infection in tubers. For that reason, 4461 different genotypes from the Germoplasm Bank at the International Potato Center (CIP) Lima-Perú,were evaluated. Ten plants per genotype were inoculated with a suspension of the strain CIP204 of R. solanacearum to a concentration of 108 ufc/g soil. To ensure the durability of resistance, resistant genotypes were tested against seven strains of R. solanacearum with various levels of aggressiveness. The genotypes resistant to at least 5 strains of R. solanacearum were re-exposed to the pathogen in less severe conditions to assess the presence of latent infection in tubers. 178 genotypes (4%) of all screened were found to be resistant to CIP204 strain. From162 resistant genotypes analyzed, resistance could be confirmed in only 52 in subsequent screenings with several strains of the pathogen. From these, 9 genotypes are also resistant lo Late Blight. From 28 genotypes tested for tuber infection, seven (6 of S. acaule and 1 of S. chacoense) were found resistant to plant wilt and did not harbour any stem or tuber latent infection. S. acaule and S. chacoense are the most promising species for future breeding programs.This is the first evidence that high resistance levels of resistance to Bacterial Wilt exist in the nature. Keywords: BW, potato, resistance, wild, latent infection
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Caracterización molecular de la resistencia al tizón tardío en Solanum paucissectum Ochoa (Solanaceae) mediante el uso de la técnica NBS y marcadores para loci candidatos

Bernaola Alvarado, Lina January 2008 (has links)
El tizón tardío causado por el oomiceto Phytophthora infestans (Mont.) de Bary, es la enfermedad más seria y devastadora en cultivos de papa alrededor del mundo. Aparte del uso de fungicidas, el uso de variedades resistentes es otro método para la protección de los cultivos contra esta enfermedad. Las especies silvestres de papa han demostrado ser una fuente continua de resistencia al tizón tardío en muchos programas de mejoramiento. Esta resistencia está controlada por genes R los cuales son fácilmente superados por razas nuevas de P. infestans, y/o por un número desconocido de genes que expresan un tipo cuantitativo de resistencia el cual podría ser más durable. Con el objetivo de caracterizar la resistencia a tizón tardío, 57 genotipos de una progenie diploide PCS1, originada del cruce entre Solanum paucissectum Ochoa 762126.227 (R) con S. paucissectum 762124.236 (S) fue analizada por medio de marcadores moleculares.La primera parte de la tesis estuvo enfocada en la evaluación de la técnica del perfil NBS (sitio de unión nucleotídica), estrategia basada en PCR (reacción en cadena de la polimerasa) que eficientemente reconoce regiones cromosómicas que contienen genes R y análogos de genes R (RGAs) y al mismo tiempo produce marcadores polimórficos en estos genes. Los porcentajes de polimorfismo medio detectado al usar RsaI y HaeIII como enzimas de restricción fueron 11% y 8%, respectivamente. El número promedio de polimorfismo por combinación de iniciador-enzima fue igual a 5, con un rango que va desde 3 a 13 bandas polimórficas. Los resultados indican que el perfil NBS proporciona un medio efectivo para identificar polimorfismo en papa.La segunda parte se encontró enfocada en la evaluación de regiones genómicas responsables para resistencia a tizón tardío. La familia PCS1 fue analizada con 15 marcadores de ADN conocidos por estar ligados a QTL (locus de carácter cuantitativo) para resistencia en el genoma de la papa. Los fragmentos de ADN específicos basados en PCR fueron probados por asociación con este carácter cuantitativo analizado. Dos marcadores significativamente ligados a QTL para resistencia a P. infestans fueron encontrados en los cromosomas V y XI en la progenie PCS1. / Late blight caused by the oomycete Phytophthora infestans (Mont.) de Bary, is the most serious and devastating disease of potato production worldwide. Beside fungicides, the use of resistance varieties is another strategy to protect potato production against this disease. Wild potato species have proven to be a source of resistance to late blight used by much breeding programs. This resistance is controlled by R genes which may be easily overcome by new races of P. infestans, and/or by an unknown number of genes resulting in a quantitative type of resistance which may be more durable. With the goal of characterizing resistance to late blight, 57 genotypes of a PCS1 diploid offspring originated from cross among Solanum paucissectum Ochoa 762126.227 (R) with S. paucissectum 762124.236 (S) it was analyzed by means of molecular markers.The first part of the thesis focused on the evaluation of the NBS profiling technique, a strategy based on PCR (polymerase chain reaction) that efficiently it recognizes chromosomal regions containing R genes or R genes analogs (RGAs). At the same time it produces polymorphic markers for this gene. Mean polymorphic rates detected using RsaI and HaeIII as restriction enzymes were 11% and 8%, respectively. Mean number of polymorphisms per enzyme-primer combination was equal to 5, ranging from 3 to 13 polymorphic bands. Our results indicate that NBS profiling provides an effective means to identify polymorphism in potato.The second part of the thesis focused on the evaluation of genomic regions responsible for resistance to late blight. PCS1 family was genotyped with 15 DNA markers known to be linked to QTL (quantitative trait locus) for resistance on potato genome. Specific DNA fragments based on PCR were tested for association with this analyzed quantitative character. Two markers significantly linked to QTL for resistance to P. infestans were found on chromosomes V and XI in the PCS1 progeny.
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Control biológico in vitro de Botrytis cinerea (Pers) mediante el uso de hongos antagonistas, en vid (Vitis vinifera)

Memenza Zegarra, Miriam Estela January 2009 (has links)
En el cultivo de la vid, se reporta a Botrytis cinerea Pers como el hongo patógeno causante de lesiones cancrosas, necrosamiento de brotes y racimos de flores, y pudrición de frutos y semillas, que ocasionan grandes pérdidas económicas a los agricultores. El control de este patógeno se realiza hasta nuestros días con sustancias de origen químico: plaguicidas; los cuales son aplicados al follaje, a las semillas y al suelo, ocasionando problemas en el ambiente. En el presente trabajo, se colectaron 56 muestras de hojas de vid, infectadas con Botrytis cinerea Pers, en un viñedo del caserío La Huaca, en el distrito de San Benito, provincia de Contumaza, departamento de Cajamarca, durante el verano del 2006; de las cuales se aislaron e identificaron 12 cepas de Trichoderma viride. En la evaluación de la actividad antagonista de las 12 cepas de T. viride sobre B. cinerea mediante el método Precolonizado de Placas a 24° C y 28° C, se seleccionó a las cinco cepas: CH-13, CH-25, CH-30, CH-38 y CH-52 que presentaron los mayores porcentajes de área ocupada sobre el patógeno. Estas cepas presentaron actividad antagonista del tipo micoparasitismo, observándose enrollamiento y penetración de las hifas de las cepas de T. viride sobre las hifas de B. cinerea. De las cinco cepas seleccionadas de T. viride, la cepa CH-30 presentó el mayor porcentaje de área ocupada sobre B. cinerea a 24° C y 28° C con un 54.67% y 98% respectivamente. Por los resultados obtenidos, las cinco cepas nativas de Trichoderma viride pueden ser consideradas como una alternativa ecológica para su evaluación como agentes potenciales de control biológico del patógeno B. cinerea. / In the culturing of grapevine, there is reported Botrytis cinerea Pers as the fungus pathogenic causative of canker injuries, necrotizing of outbreaks and clusters of flowers, and rotting of fruits and seeds, which cause big economic losses to the farmers. The control of this pathogenic is realized actually by substances of chemical origin: pesticides; which are applied to the foliage, to the seeds and to the soil, causing environment problems. In this present work, there were collected 56 samples of leaves of grapevine, infected with Botrytis cinerea Pers, in a vineyard of The Huaca hamlet, in San Benito district, Contumaza province, Cajamarca department, during the summer of 2006; from these ones, there were isolated and identified 12 strains of Trichoderma viride. In the evaluation of the antagonist activity of these 12 strains of T. viride on B. cinerea by the method of Plates pre-colonized in 24° C and 28 °C, was selected five strains: CH-13, CH-25, CH-30, CH-38 and CH-52 that presented the major percentages of occupied area over the fungus pathogenic. These strains showed antagonist activity of mycoparasitism kind, being observed rolling and penetration of mycelium of T. viride strains on the mycelium of B. cinerea. From 5 T. viride strains selected, the CH-30 one showed the major percentage of occupied area on B. cinerea in 24° C and 28 °C with 54.67% and 98% respectively. For the results obtained, five native strains of Trichoderma viride can be considered as an ecological alternative for its evaluation as potential agents of biological control of the pathogenic B. cinerea.
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Determinación y diferenciación de Pantoea agglomerans y patógenos por medio de perfiles de ácidos grasos a partir de aislamientos de 5 variedades de semillas de Allium cepa L.

Rafael Mallaupoma, Zeny C. January 2007 (has links)
Por medio de metil acido esteres (FAMES), fueron analizados 382 aislamientos pertenecientes a cinco variedades de semillas de Allium cepa L. (S1, S2,S3,S4,S5). Se determino que el 20% afecta a cultivos de interés económico, el 36% pertenecen a patógenos que afectan humanos, el 4% afectan a animales y el 40% son del ambiente. A los aislamientos se les identifico por medio de perfiles de ácidos grasos usando un cromatógrafo HP 5890 serie II y una columna capilar agilent ultra 2, software MIDI , Newark , Del. Se encontró principalmente los géneros Erwinia, Enterobacter, Pantoea y Pseudomonas las cuales afectan cultivos de interés económico (Allium cepa L. Carica papaya, Zingiber ofíciale, Eucalyptus spp, Cucumis melón, Ananas comosus, Sorghum). De las variedades analizadas, S2 reportó mayor diversidad de Pantoea agglomerans seguida por S3 que además presenta mayor concentración de Enterobacter cloacae; en la variedad S1 ambos patógenos se presentaron en proporción semejante, a diferencia de S5 que presentó Pantoea ananas, Pantoea ananatis, Enterobacter cloacae y S4 solo presento Pantoea agglomerans. / By means of acid methyl esters (FAMES), 382 isolates were analyzed from five varieties of seed Allium cepa L. (S1, S2, S3, S4, S5). It was determined that 20% affect crops of economic interest, 36% belong to pathogens that affect humans, 4% affect animals and 40% are from the environment. The isolates were identified by means of fatty acid profile chromatography using an HP 5890 series II, a capillary column Agilent Ultra 2 and MIDI software, Newark, Del. Findings included mainly the genera Erwinia, Enterobacter, Pantoea and Pseudomonas; all of them are described affecting crops of interest. (Allium cepa L. Carica papaya, Zingiber ofíciale, Eucalyptus spp, Cucumis melón, Ananas comosus, Sorghum). Of the varieties tested, S2 reported the greatest diversity of Pantoea agglomerans S3 followed by the largest concentration of Enterobacter cloacae; In the variety S1, both pathogens were presented in similar proportion, unlike S5 which submitted Pantoea ananas, Pantoea ananatis, and Enterobacter cloacae. S4 only presented Pantoea agglomerans.
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Estudio comparativo de especies del género Carlavirus que afectan al cultivo de la papa

Rosas Díaz, Tábata Victoria January 2004 (has links)
Se realizaron estudios comparativos de sintomatología en plantas indicadoras, relaciones serológicas y relaciones moleculares de los PVS, PVM, PLV y PVP pertenecientes al género Carlavirus y que afectan al cultivo de la papa. Los rangos de infección en plantas indicadoras mostraron sintomatología variable desde el más amplio para PLV y los más estrechos para PVS, PVP y PVM. PVS infectó a Chenopodium quinoa de manera sistémica, mientras otros virus como PVM ocasionaron una infección local, en cambio PLV se mostró asintomático o no infección como PVP. Lycopersicon esculentum resultó ser una planta susceptible solamente a la infección con PVM, siendo la única característica que lo diferencia del PVP, en cambio PLV infectó a plantas poco comunes entre los Carlavirus como Physalis floridana, Nicotiana rustica y N. glutinosa. La reacciones heterólogas con anticuerpos policlonales (PAbs) no mostraron una relación serológica en DAS-ELISA entre los cuatro Carlavirus estudiados, pero sí una reactividad cruzada entre PVM y PVP en NCM-ELISA. Mediante PCR usando el iniciador universal Carla-U se amplificó regiones conservadas del gen 11k de los cuatro virus estimando productos comprendidos entre 100 a 200 bp. Los iniciadores específicos diseñados a partir de la cápside proteica de los virus PVS, PVM y PLV mostraron alta especificidad para cada uno de los virus. Igualmente los productos amplificados obtenidos y que se usaron como sondas no mostraron reacciones cruzadas entre ellas. Es el primer reporte de la secuencia del gen 11k de PVP la cual presentó una alta identidad con PVSA (variante andina) (70,9%). El nivel de identidad de los Carlavirus para el gen 11k resultó ser más baja (entre 24% y 41%) que la presentada al nivel de la región que codifica la proteína de la cápside (entre 25% y 79,4%). El análisis de secuencia que codifica la proteína de la cápside de los cuatro virus en relación con otros miembros del grupo mostraron que el aislamiento de PVS-CIP (peruano) corresponde a la variante andina (PVSA), y que la especie de PVM-CIP (peruano) presentó mayor identidad con el aislamiento “Idaho” (95,8%) (USA) que con aislamientos de Europa y Asia. Asimismo, PVSA presentó alta identidad con PLV-CIP y PRDV (virus del enanismo rugoso de la papa) (54,8% y 72% respectivamente) más no con PVSO (variante ordinaria)sugiriendo que estas dos nuevas especies podrían tener como antecesor común o mayor cercanía a PVSA. PRDV y PLV-CIP presentaron una identidad de 60,2% sugiriendo que estos dos nuevos virus, aún denominadas como tentativas del género Carlavirus por el Comité Internacional de Taxonomía (ICTV), sean consideradas como especies definitivas. La mayor incidencia encontrada en muestreos dentro del banco del germoplasma del CIP fue para PVS (49%) seguido por PLV (13,7%), PVM (8,7%) y PVP (5,13%). No fue posible la recuperación de algún aislamiento de PLV a partir de estos muestreos. En conclusión, basado en los resultados moleculares, PVP y PLV deberían ser considerados definitivamente en el género Carlavirus. Empleando una mezcla de PAbs en DAS-ELISA y una “polisonda” en NASH se logró la detección simultáneamente de los cuatro virus, lo cual reduce costos y tiempo cuando ambas pruebas son empleadas individualmente. / The relationship among four Carlaviruses species such as potato virus S, M, P (PVS, PVM, PVP) and potato latent virus (PLV Syn. Red LaSoda Virus) affecting potato crop were studied using three criteria: Biological (symptomatology in host plants), serological and molecular relationships. Symptomlogically, PLV infected a wider range of host plants than PVS, PVM and PVP. Virus PVS caused a systemic infection to Chenopodium quinoa plants while other members caused a local infection (PVM), symptomless infection (PLV) and not infection (PVP) in that plant. Lycopersicon esculentum was the only host plant that get infected with PVM, in the other hand infection with PLV was generally symptomless and found in plants that are uncommon for the Carlavirus genera like Physalis floridana, Nicotiana rustica and N. glutinosa. PVP and PVM caused a similar range of infection in host plants. Serologically PVS, PVM, PLV and PVP were evaluated using double antibody sandwich enzyme-linked immnosorbent assay (DAS-ELISA). This test did not show a relevant relationship or cross-reactions, it is probably because of the high specificity of DAS-ELISA (Koenig, 1978), there was only an exception when PVS antibody cross-reacted with CVB (Chrysanthemum Virus B). This, however, did not seem to be equal when the same viruses were evaluated on indirect NCM-ELISA test where a weak cross-reaction was observed between PVM and PVP. Molecularly, primer carla-uni (Badge et al., 1996) has been shown to be a primary tool for Carlaviruses when RT-PCR was carried out on PVS, PVM, PLV and PVP, and usually gives a PCR product of about 120 bp in all four viruses. Specific primers designed to amplifying the coat protein sequence for PVS, PLV and PVM have shown a total specificity, maybe because of the low homology in this region. These three PCR products were cloned, then used to develop probes and finally tested in Nucleic Acid Spot Hybridization (NASH), so that specificity was confirmed because the probes hybridized only with their complementary pathogens. These specific probes were combined to form “Polyprobe” to achieve a simultaneous detection of PVS, PVM and PLV in a radioactive and no radioactive NASH tests. The successfully developed assay was tested with material that was processed from both in greenhouse and field in order to detect these three viruses. This is the first report of the partial sequence of 11k gene of PVP, which shown high homology with the same region of PVSA (70,9%). Nucleotides identity among Carlavirus 11k gene (between 24 and 41%) was lower than the one among coat protein regions (between 25 and 79,4 %). Alignments of the partial coat protein showed clearly that PVS-CIP was identical to PVSA (91%), while PVM-CIP was identitcal to PVM “Idaho” (95,8%) and PLV showed a high similarity with PVM-CIP (64,7%.) PVS showed the highest incidence (49%), then PLV (13,7%), PVM (8,7%) and the lowest PVP (5,13%) in the native Andean cultivar collection maintained at CIP. In conclusion, all these pathogens can be classified as distinct Carlavirus members, according to their biological, serological and molecular traits. Furthermore, this work showed modifications of standard detection tests like simultaneous detections in order to simplify the technique and reduce costs and time.
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Desarrollo de marcadores SCAR y CAPS en un QTL con efecto importante sobre la resistencia al tizón tardío de la papa

Trujillo Luján, Guillermo January 2004 (has links)
El tizón tardío, causado por el oomiceto Phytophthora infestans, es la enfermedad más devastadora que ataca a la papa alrededor del mundo. La resistencia horizontal a tizón tardío, controlada por QTLs, es la de mayor uso en los programas de mejoramiento convencional debido a su mayor durabilidad. Mediante la detección de 8 QTLs que determinan este tipo de resistencia, ésta ha sido caracterizada en una población diploide (PD), que proviene del cruce entre Solanum phureja (phu) (CHS-625) (2n=2x=24) (P) x Solanum tuberosum dihaploide (dih-tbr) (PS-3) (n=2x=24) (D). El QTL del cromosoma XII del parental dih-tbr fue reportado como el más importante de los detectados debido a su gran contribución a la resistencia y a su asociación con marcadores ligados a genes que intervienen en rutas bioquímicas de defensa. Cuatro marcadores AFLP ligados al QTL tbr-XII fueron seleccionados para su conversión en marcadores de secuencia específica con el objetivo de facilitar su detección a gran escala en poblaciones segregantes. La técnica de PCR inversa (i-PCR) fue implementada como estrategia para la búsqueda de polimorfismo. Se desarrolló un marcador SCAR y un marcador CAPS para dicho QTL mediante i-PCR. Los otros dos marcadores SCAR fueron obtenidos directamente de la secuencia AFLP. La similitud de los patrones de segregación de los marcadores AFLP originales y los marcadores de secuencia específica obtenidos indica que éstos pueden ser empleados para detectar y/o acelerar la introgresión del QTL tbr-XII en variedades cultivadas. Adicionalmente, se secuenciaron 8 marcadores AFLP que podrían ser útiles para el diseño de marcadores de fácil uso / Late blight (LB) caused by the oomycete Phytophthora infestans, is the most severe potato disease worldwide. Horizontal resistance to late blight, governed by QTLs, is the most used in breeding programs because of its longer durability, and it has been characterized in a 2x Solanum population (PD) resulted from a cross between Solanum phureja (phu) (CHS-625) (2n=2x=24) (P) x Solanum tuberosum dihaploide (dih-tbr) (PS-3) (n=2x=24) (D). Eight QTL were detected by interval mapping methods. The QTL at chromosome XII of dihaploid S. tuberosum was reported as the most important one detected in the PD population because of its high contribution to field resistance and association to defense-related markers. Four Amplified Fragments Length Polymorphism (AFLP) linked to QTL tbr-XII were selected for conversion into sequence-specific markers in order to facilitate its detection in subsequent large progenies. Three Sequence Characterized Amplified Regions (SCAR) and one Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (CAPS) markers have been developed for this QTL. Markers were converted by using inverse Polymerase Chain Reaction (iPCR) approach and by using the sequence of the original AFLP. Testing of these markers in the PD population confirmed their linkage to the QTL tbr-XII. Therefore, the developed markers can be applied to accelerate the introgression of this QTL into advanced breeding material. Additionally, eight AFLP markers were sequenced and may be useful for PCR-based markers designing
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Diferenciación de clones de papa resistentes y susceptibles a mosca minadora Liriomyza hudobrensis, Blanchard. (Agromizydae:Diptera), por electroforesis de proteínas

Olivera García, José Enrique January 2000 (has links)
Se evaluó las diferencias bioquíinicas en el ámbito de la actividades proteolíticas y de la inhibición de la actividad proteolítica ensayas con proteínas de hojas de papa, entre los clones "resistentes" (282LM87B, 220LM87B, 136LM86B y 662LM86B) y "susceptible" (Revolución) a la inosca ininadora Lirionzyza hmidobrensis, Blanchard (Díptera, Agromyzidae), una plaga perjudicial del cultivo de la papa (Solarium tuberosunz spp) especialmente en lugares donde el uso de insecticidas es intenso. Las i plantas de papa resistentes, y Revolución, fueron sometidas previamente al daño por el ataque de adultos de la mosca minadora (daño por mosca) o por herida con estilete (daño artificial), y para ser evaluados mediante el grado de inducción de las proteínas en las hojas. Entre los clones resistentes, se encontró importantes márgenes de variación de las actividades proteolíticas en las hojas y la inhibición proteolítica de los extractos de larvas por efecto de las proteínas de hojas de los clones 282LM87B y 662LM86B con respecto a Revolución. Las unidades de actividad proteolítica por gramo de proteína de las de hojas (ug-') y las unidades de actividad proteolítica de larvas (U) heron 20,5 ugeyl 0.05 U con 282LM87B; 20.83 ug-'y 0,12 U con 662LM86B y 17,5 ug-'y 0,25 U con Revolución, respectivamente. Mediante ensayos de zimografía para determinar isoinhibidores de proteasas se encontró dos bandas, de 63 y 105 kDa de peso molecular aproximado, expresados mayosinente entre los clones resistentes. Este ensayo determinó una diferenciación visual iinpoitante entre los clones resistentes con el susceptible. Se siguió el nivel de expresión de la banda de 105 kDa entre plantas de diferentes edades (20-80 días) dañadas artificialinente y en el cual se observó disminución en el nivel de su expresión en plantas de más de 60 días. Se discute la correlación de los niveles mayores de actividad proteolítica y de la inhibición de la actividad proteolítica hallados en los clones resistentes, especialmente en 282LM87B, con el atributo de la resistencia a la mosca minadora. Palabras claves: Solanum tuberosum, mosca minadora, zimografía, plantas resistentes.

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