Submitted by MÉRCIA DE FREITAS FERREIRA null (merciafferreira@gmail.com) on 2017-08-11T15:41:36Z No. of bitstreams: 1 MERCIA F. FERREIRA-TESE-FINAL 09-08-2017.pdf: 1313791 bytes, checksum: ea1c35f1effa7ab50c033e9eb8c56fc7 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-08-16T13:35:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ferreira_mf_dr_bot.pdf: 1313791 bytes, checksum: ea1c35f1effa7ab50c033e9eb8c56fc7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-16T13:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ferreira_mf_dr_bot.pdf: 1313791 bytes, checksum: ea1c35f1effa7ab50c033e9eb8c56fc7 (MD5) Previous issue date: 2017-06-09 / Os microrganismos endofíticos ocorrem naturalmente em todas as partes do cafeeiro e produzem metabólitos secundários que podem influenciar as características da expressão da bebida, bem como a resistência da planta às doenças e pragas. O aumento da concentração atmosférica de CO2 vem sendo observado nas últimas décadas e pode afetar positiva, negativamente ou ser neutro na planta de café, e também influenciar na comunidade de microrganismos endofíticos. A melhor forma de se realizar os estudos com o aumento da concentração de CO2 é por meio de experimento tipo FACE (Free Air Carbon Dioxide Enrichement), o qual possibilita obter uma resposta sem alterar o microclima em áreas extensas de amostragens. Diante disso, o presente trabalho teve por objetivo estudar a comunidade bacteriana endofítica em folhas, frutos e ramos de cafeeiro da variedade Catuaí Vermelho IAC 144, cultivados no experimento ClimapestFACE da Embrapa Meio Ambiente, bem como identificar as bactérias endofíticas presentes em frutos e ramos de café por meio de sequenciamento em larga escala. O experimento FACE é composto por 12 anéis, dos quais seis com a concentração atual de CO2 que é de aproximadamente 400 ppm e os outros seis enriquecidos com CO2 até uma concentração de 550 ppm. Em cada anel, foram coletados folhas, ramos e frutos nas safras de 2013 a 2015. Com os tecidos amostrados foi realizada análises por meio da técnica de T-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), onde na amplificação do gene 16S rDNA de todas as amostras foram utilizados primers específicos para bactérias universais. Para a identificação da comunidade endofítica foi utilizado 16S rDNA de oito amostras de frutos e de três fragmentos de ramos, provenientes de quatro anéis com CO2 ambiente e quatro anéis enriquecido com CO2 de uma mesma planta, dos dois anos de coleta, totalizando 16 amostras selecionadas para o sequenciamento realizado pela técnica Ion Torrent. Os dados da técnica de T-RFLP foram analisados pelo teste ANOSIM e observadas diferenças quando comparados os agrupamentos entre folhas, frutos e ramos, contudo não foram observadas diferenças entre os tratamentos com CO2 ambiente e com enriquecimento de CO2. A Análise de Componentes Principais veio a confirmar o resultado do teste ANOSIM revelando que a estrutura das comunidades bacterianas endofíticas apresentam maior dissimilaridade quando comparadas as partes das plantas (folha, fruto e ramo). Mas ao comparar os tratamentos com CO2 ambiente e com enriquecimento de CO2, houve uma similaridade e em alguns casos havendo sobreposição, o que mostra que não houve distinção das comunidades entre os tratamentos. O sequenciamento em larga escala de amostras de frutos e ramos de cafeeiro revelou que a microbiota endofítica, que habita estes tecidos vegetais, são na sua grande maioria bactérias pertencentes aos filos Proteobactéria, Actinobactéria e Firmicutes. Quando se comparou os tecidos em que estes microrganismos vivem (frutos e ramos), a maior abundância foi encontrada colonizando os tecidos dos ramos. As plantas desenvolvidas na concentração de CO2 ambiente apresentaram maior predominância de bactérias endofíticas que as cultivadas em ambiente enriquecido com CO2. / Endophytic microorganisms occur naturally in coffee plant and produce secondary metabolites that can influence the beverage characteristics, as well as the resistance of plant diseases and pests. The increase in the atmospheric CO2 concentration has been observed in the last decades and can affect positively, negatively or be neutral to coffee plant, and also influence the endophytic microorganisms. The best way to carry out the studies with the increase of CO2 concentration is in FACE experiment (Free Air Carbon Dioxide Enrichement). The objective of this study was to study the endophytic bacterial community in leaves, fruits and branches of coffee grown in the ClimapestFACE experiment at Embrapa Environment, as well as to identify the endophytic bacteria in fruits and branches of through large-scale sequencing. The FACE experiment consists of 12 rings, of which six maintains the ambient CO2 concentration (400 pm) and other six enriched with CO2 at 550 ppm. In each ring were collected leaves, branches and fruit between 2013 and 2015. Samples were analyzed using T-RFLP technique, where specific universal bacteria primers were used in the amplification of 16S rDNA gene. For identification of endophytic community sequencing was performed through Ion Torrent technique. The data of T-RFLP technique were analyzed by ANOSIM test and differences were observed when comparing the groupings between leaves, fruits and branches, however no differences were observed between treatments with or without CO2 enrichment. The Principal Component Analysis confirmed the ANOSIM test and revealed that the structure of endophytic bacterial communities presents greater dissimilarity when comparing leaf, fruit and branch. However, in the comparison between treatments with and without CO2 enrichment there was a similarity and in some cases overlap, which shows that there was no distinction between communities. The largescale sequencing of coffee fruit and branches revealed that endophytic microbiota, which inhabits these plant tissues, are Proteobacteria, Actinobacteria and Firmicutes. When comparing the community of microorganisms in the tissues, the branches present greater abundance than the fruits. Plants developed in the ambient CO2 concentration had a greater predominance of endophytic bacteria than those grown in an environment enriched with CO2.

Face detection refers to a number of techniques that identify faces in images and videos. As part of the senior project exercise at Pomona College, I explore the process of face detection using a JavaScript library called CLMtrackr. CLMtrackr works in any browser and detects faces within the video stream captured by a webcam. The focus of this paper is to explore the shortcomings in the inclusivity of the CLMtrackr library and consequently that of face detection. In my research, I have used two datasets that contain human faces with diverse backgrounds, in order to assess the accuracy of CLMtrackr. The two datasets are the MUCT and PPB. In addition, I investigate whether skin color is a key factor in determining face detection's success, to ascertain where and why a face might not be recognized within an image. While my research and work produced some inconclusive results due to a small sample size and a couple outliers in my outputs, it is clear that there is a trends toward the CLMtrackr algorithm recognizing faces with lighter skin tones more often than darker ones.

Orientador: Edmundo Medici Filho / Banca: Edmundo Medici Filho / Banca: Emiko Saito Arita / Banca: Mari Eli Leonelli de Moraes / Resumo: Considerando a proporção áurea uma forma de individualizar a análise cefalométrica a partir das características próprias de cada pessoa, propõe-se neste estudo verificar se algumas razões estão em proporção áurea, tanto em indivíduos braquifaciais como em mesofaciais, e assim identificar padrões que caracterizam esses tipos facias, auxiliando no plano de tratamento. Foram utilizadas radiografias cefalométricas laterais de 48 indivíduos braquifaciais e 43 mesofaciais, do sexo masculino e do feminino, com idades entre 17 e 25 anos e oclusão Classe I de Angle. Das oito razões avaliadas, quatro diferiram estatisticamente entre os dois grupos, sendo as razões Or-Me/A-Pog, Or-Me/Co-Go, Ena-AA/N-Ena e SO-POOr/Ena-Enp, áureas nos indivíduos mesofaciais. O grupo Braqui não apresentou nenhuma das razões estudadas em proporção áurea. / Abstract: Since the divine proportion is considered a way to develop individualized cephalometric analysis from proper characteristics of each person, the aim of this study was to verify if there is divine proportion between some segments of the face of brachifacial and mesofacial individuals, and identify features of these facial patterns that can be used as data to the treatment plan. Lateral cephalometric radiographs from 48 brachifacial and 43 mesofacial individuals with ages between 17 and 25 years and Angle's Class I occlusion were evaluated. Four of the eight rations were statistically different between the groups. Or-Me/A-Pog, Or-Me/Co-Go, Ena-AA/N-Ena and SO-POOr/Ena-Enp were considered golden ratios for the mesofacial group. On the other hand, the results showed no golden ratios for the brachifacial group. / Mestre

Made available in DSpace on 2015-03-03T13:52:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarcelaSEM.pdf: 1679390 bytes, checksum: 570e24ce56540e2cc752039a8dc670b7 (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / O presente trabalho, objetivou avaliar comparativamente o diagn?stico cl?nico, radi?gr?fico e histol?gico de molares permanentes humanos sem ou com les?o de c?rie na superf?cie oclusa!. Vinte e quatro dentes que estavam armazenados em formalina a 10% foram selecionados e em seguida submetidos a um exame cl?nico, atrav?s da inspe??o visual, onde foram separados em 3 grupos: grupo 1 (G1), formado por dentes h?gidos; grupo 2(G2), por dentes com pigmento na superf?cie oclusal e grupo 3(G3), aqueles com les?o de c?rie na oclusal. Este exame foi realizado com aux?lio de luz artificial proveniente de um refletor odontol?gico, sem qualquer manipula??o da superf?cie. Para cada dente foram realizados duas tomadas radiogr?ficas com e sem tela milimetrada, no sentido vestibulo lingual por um dos avaliadores, simulando uma radiografia interproximal, onde o feixe incidiu perpendicular ao longo eixo do dente. Em seguida os dentes foram preparados histomorfologicamente para colora??o com hematoxilina e eosina e an?lise microsc?pica. Pela avalia??o dos resultados a partir da amostra de 100%, foi poss?vel concluir: 1) Os dentes clinicamente considerados h?gidos (G1) apresentaram radiograficamente 74,99% de aus?ncia de imagem radiol?cida e em 25% presen?a desta imagem na Jun??o Amelo?dentin?ria e microscopicamente aus?ncia de c?rie em 100%; 2) os dentes que clinicamente apresentaram fissura pigmentada' (G2) notou-se em 33,33%, aus?ncia da imagem radiol?cida e em 66,66% presente esta imagem na jun??o amelodentin?ria, 100% de aus?ncia de c?rie atrav?s da an?lise microsc?pica; 3) clinicamente, os dentes que apresentaram les?o de c?rie (G3), radiograficamente foram comprovados 100% de imagem radiol?cida sugestiva de c?rie e microscopicamente dos 100% destas, foram considerados c?ries rasa (16,66%), m?dia (61,10%) e profunda (22,22%) respectivamente

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The identification of a person by their face is one of the most effective non-intrusive methods in biometrics, however, is also one of the greatest challenges for researchers in the area, consisting of research in psychophysics, neuroscience, engineering, pattern recognition, analysis and image processing, computer vision and applied in face recognition by humans and by machines. The algorithm proposed in this dissertation for face recognition was developed in three stages. In the first stage feature matrices are derived of faces using the Two-Dimensional Discrete Cosine Transform (2D-DCT) and Two-Dimensional Principal Component Analysis (2D-PCA). The training of the Concurrent Self-Organizing Map (Csoma) is performed in the second stage using the characteristic matrices of the faces. And finally, the third stage we obtain the feature matrix of the image consulting classifying it using the CSOM network of the second step. To check the performance of face recognition algorithm proposed in this paper were tested using three well-known image databases in the area of image processing: ORL, YaleA and Face94. / A identificação de uma pessoa pela sua face é um dos métodos não-intrusivo mais efetivo em biometria, no entanto, também é um dos maiores desafios para os pesquisadores na área; consistindo em pesquisas em psicofísica, neurociência, engenharia, reconhecimento de padrões, análise e processamento de imagens, e visão computacional aplicada no reconhecimento de faces pelos seres humanos e pelas máquinas. O algoritmo proposto nesta dissertação para reconhecimento de faces foi desenvolvido em três etapas. Na primeira etapa são obtidas as matrizes características das faces utilizando a Two-Dimensional Discrete Cosine Transform (2D-DCT) e a Two-Dimensional Principal Component Analysis (2D-PCA). O treinamento da Concurrent Self-Organizing Map (CSOM) é realizado na segunda etapa usando as matrizes características das faces. E finalmente, na terceira etapa obtém-se a matriz característica da imagem consulta classificando-a utilizando a rede CSOM da segunda etapa. Para verificar o desempenho do algoritmo de reconhecimento de faces proposto neste trabalho foram realizados testes utilizando três bancos de imagens bem conhecidos na área de processamento de imagens: ORL, YaleA e Face94. / Mestre em Ciências

Made available in DSpace on 2011-12-27T14:14:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 000381452-0.pdf: 2032428 bytes, checksum: 03c32727b22736414d713a7c6c63acdf (MD5) license.txt: 581 bytes, checksum: 44ea52f0b7567232681c6e3d72285adc (MD5) / Cleft lip and palate (CLP) are the most commom craniofacial anomalies among humans. This etiology is complex, involving genetic and environmental factors. Non-syndromic cleft lip and palate (NS-CLP) seem to have a distinct etiology of the CLP associated to some syndrome. Since the late 1980’s, researches have been carried with the objective to identify genes that act in the etiology of the NSCLP, amongst them the TGFA (transforming growth factor alpha). The objective of this study was to test the TGFA/Taq I polymorphism in patients with NS-CLP, and to compare the results with those gotten in a control sample constituted by individuals without CLP, aiming to identify the inquiring the existence of mutations in this locus. A comparison was carried between enters gotten by the techniques of DNA extraction of buccal swab and peripherical blood. Extration of DNA by buccal swab showed itself efficient for the determination genotypical TGFA locus and propicia for the collection in population with CLP. Mutations in TGFA gene are not associated to NS-CLP in the population of Rio Grande do Sul studied, therefore it is not possible to conclude which would be the role of the TGFA in the NS-CLP expression. / As fissuras labiopalatinas (FLP) são as malformações craniofaciais mais comuns em seres humanos. Sua etiologia é complexa, envolvendo tanto fatores genéticos quanto ambientais. As fissuras labiopalatinas em pacientes não-sindrômicos (FLP-NS) parecem ter uma etiologia distinta das FLP associadas a alguma síndrome. Desde o final da década de 1980, são realizadas pesquisas com o objetivo de testar genes que atuem na etiologia das FLP-NS, entre eles o TGFA (fator transformador de crescimento epitelial alfa). O objetivo deste trabalho foi testar o polimorfismo TGFA/Taq I em pacientes portadores de FLP-NS, comparando os resultados obtidos com uma amostra controle de indivíduos sem fissuras para averiguar a ausência ou a presença da mutação gênica nesse lócus. Além disso, foi feita a comparação entre as técnicas de extração de DNA obtidas através de sangue periférico e swab bucal. A extração de DNA a partir de swab bucal se mostrou eficaz na determinação genotípica do lócus TGFA e propícia para a coleta em populações com FLP. Mutações no gene TGFA não estão associadas à FLP-NS na amostra da população do Rio Grande do Sul estudada não sendo, então, possível concluir qual seria o papel do TGFA na expressão da FLP-NS.

Esta dissertação apresenta um novo método para cálculo da pose da cabeça em imagens monoculares. Este cálculo é estimado no sistema de coordenadas da câmera, comparando as posições das características faciais específicas com as de múltiplas instâncias do modelo da face em 3D. Dada uma imagem de uma face humana, o método localiza inicialmente as características faciais, como nariz, olhos e boca. Estas últimas são detectadas e localizadas através de um modelo ativo de forma para faces. O algoritmo foi treinado sobre um conjunto de dados com diferentes poses de cabeça. Para cada face, obtemos um conjunto de pontos característicos no espaço de imagem 2D. Esses pontos são usados como referências na comparação com os respectivos pontos principais das múltiplas instâncias do nosso modelo de face em 3D projetado no espaço da imagem. Para obter a profundidade de cada ponto, usamos as restrições impostas pelo modelo 3D da face por exemplo, os olhos tem uma determinada profundidade em relação ao nariz. A pose da cabeça é estimada, minimizando o erro de comparação entre os pontos localizados numa instância do modelo 3D da face e os localizados na imagem. Nossos resultados preliminares são encorajadores e indicam que a nossa abordagem produz resultados mais precisos que os métodos disponíveis na literatura. / This dissertation presents a new method to accurately compute the head pose in mono cular images. The head pose is estimated in the camera coordinate system, by comparing the positions of specific facial features with the positions of these facial features in multiple instances of a prior 3D face model. Given an image containing a face, our method initially locates some facial features, such as nose, eyes, and mouth; these features are detected and located using an Adaptive Shape Model for faces , this algorithm was trained using on a data set with a variety of head poses. For each face, we obtain a collection of feature locations (i.e. points) in the 2D image space. These 2D feature locations are then used as references in the comparison with the respective feature locations of multiple instances of our 3D face model, projected on the same 2D image space. To obtain the depth of every feature point, we use the 3D spatial constraints imposed by our face model (i.e. eyes are at a certain depth with respect to the nose, and so on). The head pose is estimated by minimizing the comparison error between the 3D feature locations of the face in the image and a given instance of the face model (i.e. a geometrical transformation of the face model in the 3D camera space). Our preliminary experimental results are encouraging, and indicate that our approach can provide more accurate results than comparable methods available in the literature.

Two peculiarities of the film The Passion of Joan of Arc (Carl Theodor Dreyer,1928) are explored in this essay: its unusual close-ups and its strongly expressivecharacter. We start from the idea that both characteristics are closely related andwe seek to clarify this relationship making use of Gilles Deleuze’s affection-image and Georges Didi-Huberman’s dialectical image. / Dos particularidades de la película La pasión de Juana de Arco (Carl Theodor Dreyer, 1928) son exploradas en este ensayo: sus insólitos primeros planos y sucarácter fuertemente expresivo. Partimos de la idea de que ambas característicasestán íntimamente relacionadas y buscamos esclarecer esta relación sirviéndonos de la imagen-afección de Gilles Deleuze y de la imagen dialéctica de Georges Didi-Huberman.

abstract: Many learning models have been proposed for various tasks in visual computing. Popular examples include hidden Markov models and support vector machines. Recently, sparse-representation-based learning methods have attracted a lot of attention in the computer vision field, largely because of their impressive performance in many applications. In the literature, many of such sparse learning methods focus on designing or application of some learning techniques for certain feature space without much explicit consideration on possible interaction between the underlying semantics of the visual data and the employed learning technique. Rich semantic information in most visual data, if properly incorporated into algorithm design, should help achieving improved performance while delivering intuitive interpretation of the algorithmic outcomes. My study addresses the problem of how to explicitly consider the semantic information of the visual data in the sparse learning algorithms. In this work, we identify four problems which are of great importance and broad interest to the community. Specifically, a novel approach is proposed to incorporate label information to learn a dictionary which is not only reconstructive but also discriminative; considering the formation process of face images, a novel image decomposition approach for an ensemble of correlated images is proposed, where a subspace is built from the decomposition and applied to face recognition; based on the observation that, the foreground (or salient) objects are sparse in input domain and the background is sparse in frequency domain, a novel and efficient spatio-temporal saliency detection algorithm is proposed to identify the salient regions in video; and a novel hidden Markov model learning approach is proposed by utilizing a sparse set of pairwise comparisons among the data, which is easier to obtain and more meaningful, consistent than tradition labels, in many scenarios, e.g., evaluating motion skills in surgical simulations. In those four problems, different types of semantic information are modeled and incorporated in designing sparse learning algorithms for the corresponding visual computing tasks. Several real world applications are selected to demonstrate the effectiveness of the proposed methods, including, face recognition, spatio-temporal saliency detection, abnormality detection, spatio-temporal interest point detection, motion analysis and emotion recognition. In those applications, data of different modalities are involved, ranging from audio signal, image to video. Experiments on large scale real world data with comparisons to state-of-art methods confirm the proposed approaches deliver salient advantages, showing adding those semantic information dramatically improve the performances of the general sparse learning methods. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Computer Science 2014

Com a grande procura da sociedade moderna pela estética perfeita a cirurgia ortognática para conseguir melhores resultados e mais precisos, começou a planejar e diagnosticar os casos clínicos utilizando medidas obtidas de grandezas do perfil tegumentar dos pacientes com o auxílio de imagens digitais empregadas em softwares de planejamento, Neste estudo foi proposto aferir as medidas de brasileiros leucodermas de descendência européia e compará-las com as medidas já padronizadas por ARNETT, com o intuito de criar novas medidas para serem seguidas por brasileiros utilizando-se o software Dolphin Imaging 9.0 de predicção cirúrgica. Foi utilizado na metodologia radiografias cefalométricas de 60 pacientes com oclusão classe I de Angle e harmonia facial. Todas as radiografias foram digitalizadas e inseridas no software Dolphin 9.0 e um total de 16 pontos de tecido mole e 22 pontos do esqueleto facial foram marcados, seguindo exatamente as marcações da análise de Arnett & McLaughlin presentes no programa. Os resultados obtidos foram avaliados estatisticamente e mostram que o perfil do brasileiro é quase totalmente diferente do perfil norte-americano, exceção feita a apenas quatro pontos para os homens e outros quatro, para as mulheres. Os brasileiros apresentam uma face menos protruída, um perfil mais convexo e menor proeminência do queixo do que o grupo controle. Os dados obtidos mostram a necessidade de realizar algumas mudanças nas grandezas numéricas para que um perfeito diagnóstico e planejamento possa ser realizado em brasileiros, criando assim o padrão do perfil facial do brasileiro leucoderma de descendência européia. / Considering that modern orthognatic surgery is mainly concerned in planning and diagnosing clinical cases by the use of patients\' soft tissue measurements obtained from digital images employed in planning software, the aim of this study is to establish Caucasian Brazilians measures and to compare them to the standard North American measures. For this, a total of 60 Angle\'s class I patients not previously submitted to orthodontic treatment and presenting harmonious facial features were invited to participate in the study as volunteers. The patients were initially photographed in frontal and lateral views and, afterwards, cephalograms were obtained. The images were digitized, adjusted and indexed in Dolphin\'s image software. In order to procede cephalometric analysis, a total of 16 soft tissue profile points and 22 hard tissue profile points were demarcated, accordingly to North American original measurements used in Dolphin\'s digital image program. After, all cephalograms were again evaluated to determine intra-examiner error according to paired Student\'s t test. Mean and standard error measures were obtained and compared to American measures by unpaired Student\'s t test with 95% confidence level. The results obtained have shown that all measurements, except for four points in male and four points in female, are significantly different (p < 0.05) between Brazilian and American samples. Datas show that Brazilians\' soft tissue profile is almost completely different from North Americans\', with a less protrusive face, shorter chin projection and a more convex profile. This suggests the necessity of performing some changes in numerical values to obtain an ideal diagnosis and planning of orthognatic surgery in Caucasian Brazilians.