Spelling suggestions: "subject:"fenotipagem""
1 |
Estudi citogenètic-molecular de la Síndrome de DownNadal Sánchez, Margarida 22 December 2000 (has links)
Els pacients amb síndrome de Down (SD) deguda a trisomia parcial del cromosoma 21 (HSA21), han estat històricament estudiats per tal d'establir correlacions entre el genotip i el fenotip. La caracterització citogenètica, molecular i clínica d'aquests pacients és essencial. Donada la gran heterogeneitat fenotípica i la manca de penetració de la majoria dels trets clínics, per tal d'establir comparacions fiables, és important definir els punts de trencament en cada cas així com fer-ne una caracterització clínica exhaustiva. S'han identificat sis pacients amb SD deguda a trisomia parcial del HSA21, quatre dels quals impliquen només aquest cromosoma. Dos dels pacients presenten una translocació que comporta una monosomia parcial dels cromosomes 13 i 15 respectivament; dos pacients presenten una duplicació directa que comprèn des del marcador D21S302 fins el telòmer; un altre pacient presenta una translocació entre 21q i 21p; finalment, s'ha identificat un pacient amb una duplicació intersticial del YAC 876d4 el qual conté el gen GART. Els punts de trencament han estat caracteritzats mitjançant FISH fent servir com a sondes, un contigu de YACs de 21q, el quimerisme dels quals va ser prèviament estudiat. L'avaluació clínica va ser feta en cada cas per l'equip clínic que referia el pacient, tots d'acord el mateix protocol. Els sis pacients defineixen quatre trisomies segmentàries diferents: des de D21S302 fins el telòmer, des de D21S226 fins el telòmer, des de CBR també fins el telòmer i finalment, un cas només comprèn la regió entre els marcadors D21S216 i D21S323. Per als trets clínics que no són totalment penetrants, les comparacions clíniques es basen només en la seva presència. Els resultats indiquen que la majoria d'alteracions clíniques de la SD mapen al terç distal de 21q, tal com ja s'havia postulat a la literatura. Si es comparen els resultats amb d'altres previàment publicats, es pot concloure que: 1/. l'estenosi duodenal queda restringida a la regió compresa entre els marcadors D21S59 i D21S302, 2/. la llengua escrotal mapa entre el centròmer i D21S302, 3/. la hipotonia es pot excloure de la regió compresa entre D21S216 i D21S323, 4/. finalment, donat que el gen APP queda exclòs de totes les trisomies estudiades i dos dels pacients estudiats són majors de 30 anys i no presenten cap signe de la malatia d'Alzheimer, es pot sustentar la hipòtesi que la trisomia d'APP és necessària per a desenvolupar aquesta malaltia en la SD. La caracterització d'aquests casos de SD, ha permès poder oferir assessorament genètic a les famílies dels pacients, especialment en aquells casos en què el reordenament cromosòmic és d'origen familiar. En aquest treball també s'ha aplicat la FISH per al mapatge en cromosomes humans d'alguns dels gens del HSA21 identificats al Grup de Recerca de la SD del Centre de Genètica Mèdica i Molecular de l'IRO. Finalment, la FISH també s'ha fet servir per a determinar el nombre i la localització de la inserció de transgens en dos models murins de la SD generats al mateix laboratori. / Down syndrome (DS) patients with partial trisomy of chromosome 21 (HSA21) have historically been studied to establish correlations between the phenotype and the genotype. Thus, cytogenetic, molecular and clinical characterisation of these patients is essential. Given the high heterogeneity and the lack of penetrance of most of the features, to make reliable comparisons, it is crucial to define the breakpoints and the clinical features of each patient. We have identified six patients with DS due to partial trisomy of HSA21, four of them involving only this chromosome. Two of the patients present a translocation involving a partial monosomy of chromosome 13 and 15 respectively; two other patients present a direct duplication from marker D21S302 to the telomere; another patient presents a translocation 21q-21p; finally, we have identified a patient with an interstitial duplication of YAC 876d4 which contains the gene GART. The breakpoints were characterised by FISH using a contig of YACs from 21q previously assessed for chimerism. The clinical evaluation was performed in each case by the clinical geneticists of the referring hospitals, all according to the same protocol. The six patients define four different segmental trisomies: from D21S302 to the telomere, from D21S226 to the telomere, from CBR to the telomere, and finally one case only encompasses the region from D21S216 to D21S323. The clinical comparisons are based, for the traits not fully penetrant, only in the presence of the trait. The results indicate that most of the clinical alterations seen in DS map to the distal third of 21q, as it has already been reported in the literature. Comparing these results with the published ones, it may be concluded that: 1/. The duodenal stenosis may restricted from D21S59 to D21S302; 2/. The furrowed tongue maps from the centromere to D21S323; 3/. Hypotonia may be excluded from the region encompassed from D21S216 to D21S323; 4/: finally, since APP is always excluded from the trisomies studied and two of the patients are older than 30 years and do not show any sign of Alzheimer's like dementia, it may be inferred that trisomy of APP is necessary to develop Alzheimer disease in DS. The characterisation of partial trisomies has enabled the genetic counselling to the families of the patients, specially when the chromosomal rearrangement was of familial origin. We have also applied FISH to map on human chromosomes several genes of HSA21 identified by our Down Syndrome Research Group at the CGMM (IRO). Finally, FISH has been performed to determine the number and chromosomal localisation of transgene insertions of two transgenic mouse models generated in the same lab.
|
2 |
Reabsorció renal d'aminoàcids: anàlisi de mutacions de SLC7A9, el gen de cistinúria de tipus B, i generació d'un model murí "knockout" de Slc7a8Font i Llitjós, Mariona 24 February 2005 (has links)
La cistinúria és una aminoacidúria hereditària autosòmica recessiva (tipus I, OMIM 220100) i dominant amb penetrança incompleta (tipus no I, OMIM 600918) caracteritzada per un defecte en el transport d'aminoàcids bàsics i cistina que afecta les cèl·lules epitelials del túbul renal i de l'intestí. Es manifesta per una hiperaminoacidúria de cistina i aminoàcid dibàsics. La cistina precipita formant càlculs renals que poden produir obstruccions, infeccions i insuficiència renal en alguns casos. S'han descrit tres fenotips: I, no-I i mixte. El 1994 es clonà el cDNA humà de SLC3A1 (que codifica per rBAT), es mapà al cromosoma 2p16, i el nostre grup trobà mutacions en pacients de cistinúria de tipus I. Aquestes mutacions causaven un defecte en el transport quan s'expresaven en oòcits.S'ha acotat el locus de cistinúria de tipus no I al cromosoma 19q13.1, en una zona compresa entre els marcadors C13 i D19S587 de 2,3 Mb. S'ha clonat el gen SLC7A9 que codifica per a la subunitat lleugera de rBAT, b0,+AT. S'ha realitzat un anàlisi exhaustiu de mutacions del gen SLC7A9 en pacients de cistinúria. Aquestes mutacions causen pèrdua de funció del sistema de transport b0,+.El 88% dels al·lels associats al fenotip no I presenten mutacions a SLC7A9 indicant que és el principal responsable del tipus no I. S'han identificat 52 i 24 mutacions noves a SLC7A9 i SLC3A1 en 164 famílies amb cistinúria de l'Internacional Cystinuria Consortium (ICC), que eleven el total de mutacions publicades a 66 i 105 a SLC7A9 i SLC3A1 respectivament.Les mutacions identificades per l'ICC expliquen el 90,5%, 87,6% i 89,3% de pacients amb cistinúria de tipus I, no I i mixt, respectivament. Les mutacions més freqüents de SLC3A1 i SLC7A9 són p.M467T (26,4% dels al·lels mutats) i p.G105R (27,4% dels al·lels mutats) respectivament.L'anàlisi del mRNA de vuit mutacions puntuals de SLC7A9, que no afecten zones consens de splicing, revela que tres d'elles (les freqüents p.R333W i c.614dupA i la rara c.586C>T) presenten alteracions en el splicing. Aquestes mutacions eleven el percentatge d'al·lels amb splicing erroni del 7% al 28%.Per estudis de correlació genotip-fenotip s'ha observat que majoritàriament les mutacions a SLC3A1 i SLC7A9 s'associen a fenotips I i no I respectivament, però aproximadament el 12% dels heterozigots de SLC7A9 presenten fenotip I, i només el 4% dels heterozigots de SLC3A1 (mutació dupE5-E9) presenten fenotip no I. Aquesta dissociació entre genotip i fenotip ha motivat la proposta d'una nova classificació de la cistinúria: tipus A, causat per dues mutacions a SLC3A1; tipus B: causat per dues mutacions a SLC7A9 ; i un possible tipus AB, causat per una mutació a cada un dels gens. Els nostres resultats demostren que l'herència digènica (AB) no dóna lloc a un desenvolupament complet de la malaltia (litiasi), encara que pot agreujar l'hiperexcreció d'aminoàcids.Aproximadament el 13% dels al·lels de pacients amb cistinúria de l'ICC no han estat explicats per mutacions a SLC3A1 o SLC7A9 Aquests al·lels podrien explicar-se per mutacions al promotor o introns, a polimorfismes o a mutacions a altres gens.S'han identificat dos polimorfismes de canvi d'aminoàcid (p.V142A i p.L223M) i tres a la regió promotora de SLC7A9 (c.1-313G>T i c.1-617G>T c.1-1314G>A) que estan associats a cistinúria, suggerint un possible paper d'aquests polimorfismes en la malaltia o l'existència de mutacions associades a aquests encara no identificades. D'altra banda, el polimorfisme IVS8+8C>A en el gen candidat SLC7A8 (LAT-2) sembla que està associat a cistinúria, suggerint un possible paper causatiu o modulador de LAT-2 en el fenotip cistinúric. S'ha descartat la implicació de SLC7A10 (asc-1) en la cistinúria. S'ha començat a generar un ratolí knockout per Slc7a8 (LAT-2) per conèixer el seu possible paper en el fenotip cistinúric i en els altres teixits on s'expressa. / Cystinuria is an autosomal recessive (type I, OMIM 220100) and dominant with low penetrance (type non-I, OMIM 600918) aminoaciduria due to a disorder of renal reabsorption of cystine and dibasic amino acids, which results in urolithiasis of cystine. Three cystinuria phenotypes have been described: I, non-I and mixed. Cystinuria is due to mutations in the heavy subunit rBAT (SLC3A1) and in the light subunit b0,+AT (SLC7A9) of the heteromeric amino acid transporter system b0,+. We narrowed down the locus for type non-I cystinuria on chromosome 19q13.1 to 2,3 Mb, between markers C13 and D19S587. Then cloned SLC7A9, the gene that encodes for the light subunit of rBAT, b0,+AT. We performed an exhaustive mutation analysis of SLC7A9 in cystinuria patients. These mutations caused loss of function of the system b0,+. We have identified 52 new mutations in SLC7A9 and 24 in SLC3A1 from 164 probands that increases the total number of mutations to 66 and 105 respectively. The mutated alleles reached an average of 86.8%. Mutations in SLC3A1 (type A) and in SLC7A9 (type B) accounted for 44.3% and 55.7% of the alleles identified. These data demonstrate that SLC7A9 is the main non-Type I cystinuria gene. The mRNA analysis of eight point mutations in SLC7A9, which do not affect splicing consensus sequences, revealed that three of them showed aberrant splicing. These mutations increase the percentage of alleles with aberrant splicing from 7% to 28%.SLC3A1 heterozygotes showed phenotype I with the exception of some carriers of dupE5-E9, which showed phenotype non-I. SLC7A9 heterozygotes showed phenotype non-I, with the exception of eleven mutations. Therefore we proposed a new cystinuria classification based on genetic criteria: type A caused by two mutations in SLC3A1 (rBAT), type B caused by two mutations in SLC7A9 (bo,+AT) and, the possibility of type AB with one mutation on each of the above genes. Our results indicate that digenic inheritance contributes to the urine phenotype but none of the AB individuals presented cystine urolithiasis. There are still 13% of unexplained alleles. Our results suggest that these alleles may be due to amino acid change polymorphisms and to promoter variants in SLC7A9, rather than to mutations in a third gene.
|
3 |
Evolutionary patterns of the human skull. A quantitative genetic analysis of craniofacial phenotypic variation / Patrons evolutius del crani humà: Anàlisi geneticoquantitativa de la variacio fenotípica craniofacial.Martínez Abadías, Nieves 19 December 2007 (has links)
This thesis is the final outcome of the project "Quantitative genetics of craniofacial traits: a functional approach to heritability", which received support from the Wenner-Gren Foundation for Anthropological Research in 2004.The main goal is to integrate geometric morphometric with quantitative genetics in order to estimate the genetic variation underlying skull morphology and to assess its capability to evolve. The analyses herein are based on a sample of human skulls from Hallstatt, an Austrian village from the Alps. The uniqueness of this sample for evolutionary anthropological studies is the availability of associated genealogical data.The results show that substantial amounts of genetic variation underlying both size and shape and pervasive genetic integration are the two main aspects that characterize the genetic architecture of the human skull. The main developmental regions of the human skull (namely the face, the neurocranium and the basicranium) have similar amounts of genetic variation. There is evidence for genetic constraints, which reduce the evolutionary potential of the human skull. These correspond to shape features that can not evolve because they do not have sufficient genetic variation. The ability to evolve is restricted by complex patterns of covariation among cranial regions which direct evolution towards certain trajectories of morphological change that would maintain an operational and functional skull shape.Simulation analyses suggest a re-interpretation of the selective scenarios for human evolution. The origin of any one of the derived characters of modern humans may have facilitated the evolution of the others. The morphological changes associated with bipedalism may have enhanced the evolution of a more globular and expanded neurocranial shape, which could be favoured afterwards by selection for bigger and more complex brains. Natural selection has significantly acted over the last 200 years, since strong directional selection on skull shape and weak stabilizing selection on skull size has been detected at Hallstatt's population. However, other microevolutionary forces contributed to the evolution of skull morphology but in opposite directions, causing a non correspondence between secular trends and the response to selection patterns. The skull responds to these pressures through complex and widespread networks of genetic and epigenetic interactions. / Aquesta tesi és el resultat final d'un projecte titulat "Quantitative genetics of craniofacial traits: a functional approach to heritability", que va rebre finançament per part de la Wenner Gren Foundation for Anthropological Research l'any 2004. El principal objectiu d'aquest projecte és integrar els mètodes de Morfometria Geomètrica i de Genètica Quantitativa per quantificar la variació genètica que determina la morfologia del crani humà i estimar la seva capacitat d'evolucionar. Les anàlisis realitzades estan basades en una mostra de cranis moderns de Hallstatt, una localitat dels Alps austríacs. Aquesta és una mostra única per a estudis d'antropologia evolutiva perquè els cranis tenen informació demogràfica i genealògica associada. Altres objectius específics de la tesi es detallen a continuació: 1) Quantificar els patrons de variació-covariació genètica, fenotípica i ambiental de la morfologia craniofacial humana, a través de caràcters craneomètrics univariats i multivariats. 2) Analitzar els patrons d'integració morfològica del crani humà, tant a nivell fenotípic com genètic. 3) Estimar la capacitat evolutiva del crani humà. 4) Simular l'evolució dels caràcters derivats de la morfologia craniofacial dels humans moderns.5) Detectar l'acció de la selecció natural en el crani humà, combinant dades demogràfiques d'èxit reproductiu amb dades morfològiques. Els resultats obtinguts evidencien que els dos aspectes que caracteritzen l'arquitectura genètica del crani humà són, d'una banda, els elevats nivells de variació genètica que determinen tant la forma com la grandària del crani humà; i per l'altra, els patrons dominants d'integració morfològica. Les tres regions principals del crani (la cara, el neurocrani i el basicrani) presenten nivells similars de variació genètica, però la base del crani és la que mostra una major integració. Les anàlisis de Genètica Quantitativa indiquen l'existència de límits genètics al canvi morfològic, que redueixen la capacitat de resposta a la selecció. Aquests límits corresponen a característiques morfològiques que no poden evolucionar perquè no tenen suficient variació genètica heretable. La capacitat evolutiva del crani humana està restringida i dirigida cap a determinades trajectòries de canvi morfològic que mantindrien una forma cranial operativa i funcional. Les anàlisis de simulació de la selecció mostren que l'origen de qualsevol dels caràcters derivats dels humans moderns pot haver facilitat l'evolució dels altres, fet que suggereix una reinterpretació dels escenaris selectius de l'evolució humana. Concretament, els resultats indiquen que l'evolució del bipedisme podria haver estimulat l'evolució d'una volta cranial més gran i més globular, que posteriorment podria haver estat afavorida per la selecció per un cervell de major grandària i més complex, tal com indiquen les evidències moleculars. Finalment, s'ha detectat que la selecció natural ha operat en l'evolució de la forma del crani de la població de Hallstatt durant els últims 200 anys. Els resultats mostren una acció significativa de selecció direccional en la forma del crani i de selecció estabilitzadora en la grandària del crani. No obstant això, es detecta que altres forces microevolutives (flux gènic, mestissatge, variació ambiental) han participat en aquest procés evolutiu, però en direccions oposades a les seleccionades. La conclusió general d'aquesta tesi posa de manifest que el crani humà es troba sota l'acció de nombroses forces evolutives, que actuen simultàniament i dirigint el canvi morfològic. El crani respon a aquestes pressions a través de complexes xarxes d'interacció genètica i epigenètica.
|
4 |
Pathway oriented stroid hormone-dependent transcriptome analysis. Establishment of a custom cDNA microarray to study hormone signaling in breast cancerMiñana Gómez, Belén 06 March 2008 (has links)
Para avanzar en el entendimiento de las vías de señalización moleculares involucradas en la progresión de cáncer tumoral, se construyo una plataforma personalizada de cDNAs, la cual contiene genes de vías de señalización representativas para investigar la respuesta dinámica temporal a hormonas (progesterona y estradiol) empleando como modelo la línea celular T47D-MTVL e inhibidores específicos de las vías de señalización. Adicionalmente, se realizó un análisis de los perfiles de expresión de un grupo de tumores de mama encontrando buena correlación con los datos clínico-histopatológicos y mostrando como fenotipos específicos correlacionan con mal pronóstico. Los genes más significativos capaces de discriminar entre los fenotipos de tumor fueron determinados, y probados sobre un nuevo grupo de muestras, asignándolas a los subtipos predichos. El análisis de las vías de señalización de los genes más significativos de cada fenotipo fue realizado para elucidar las vías moleculares más representativas afectadas en cada clase de tumor.
|
5 |
Transportadores heterométricos de aminoácidos: análisis mutacional de rBAT en cistinuria y estudios de relación estructura-funciónJiménez Vidal, Maite 28 January 2005 (has links)
Los transportadores heteroméricos de aminoácidos (HAT) están formados por una subunidad ligera (LSHAT) y una subunidad pesada (HSHAT) unidas entre ellas mediante un puente disulfuro.Se han descrito dos HSHATs: rBAT, y 4F2hc. Son glicoproteínas de membrana de tipo II, con un extremo N-terminal intracelular, un único dominio trans-membrana y un extremo C-terminal extracelular homólogo a las alfa-amilasas.Hasta el momento se han identificado 9 LSHATS: 6 se unen a 4F2hc para dar lugar al transportador funcional (LAT-1, LAT-2, y+LAT-1, y+LAT-2, asc-1, xCT), una se une a rBAT (bo,+ AT) y existen dos miembros "huérfanos" (asc-2, AGT-1), que no interaccionan con las HSHATs descritas y que quizás se unen a HSHATs todavía por identificar. Las diferentes LSHAT presentan las siguientes características estructurales y funcionales comunes: 1. Son proteínas altamente hidrofóbicas no glicosiladas. 2. Presentan una predicción de estructura de 12 segmentos trans-membrana, con extremos N y C-terminal intracelulares. Esta topología se ha demostrado para la subunidad ligera xCT, que presenta además un reentrant-loop entre los segmentos trans-membrana 2 y 3, con evidencias funcionales de su proximidad a la vía de translocación de sustrato.3. El residuo de cisteína conservado que interviene en la formación del puente disulfuro se encuentra localizado en el dominio extracelular putativo II.4. Necesitan la coexpresión de la HSHAT para alcanzar la membrana plasmática en un sistema de expresión heterólogo. 5. Confieren la especificidad de transporte al complejo heteromérico, representando una gran diversidad de sustratos y acoplamiento a iones: aminoácidos neutros de tamaño grande (LAT-1, LAT-2), pequeño (asc-1, LAT-2), cargados negativamente (xCT) y aminoácidos básicos y neutros (y+LAT-1, y+LAT-2 y bo,+AT).6. Se comportan como intercambiadores obligatorios con una estequiometría 1:1 y con una afinidad intracelular aparente por el sustrato mucho menor que la extracelular, excepto para el caso asc-1/4F2hc, y quizás asc-2, que se comporta como un intercambiador no obligatorio.7. La LSHAT es capaz de mediar el transporte en ausencia de la subunidad pesada cuando se consigue expresarla en superficie, como ocurre en un sistema reconstituido.rBAT (codificada por el gen SLC3A1) y bo,+AT (codificada por el gen SLC7A9) forman el sistema bo,+, que transporta aminoácidos neutros y básicos. Defectos en este sistema de transporte causan cistinuria. La cistinuria (OMIM 220100) es una enfermedad hereditaria, autosómica recesiva, causada por el defecto en la absorción intestinal y la reabsorción renal de aminoácidos básicos (lisina, arginina, ornitina) y cistina. Debido a su baja solubilidad, la cistina precipita formando cálculos a lo largo del sistema urinario. Los cálculos causan obstrucción, infecciones y, en último término, insuficiencia renal. Mutaciones en SLC3A1 causan cistinuria tipo I (recesiva completa: los heterozigotos no presentan hiperexcreción de aminoácidos) y mutaciones en SLC7A9 causan cistinuria tipo no I (recesiva incompleta: los heterozigotos hiperexcretan los cuatro aminoácidos en menor medida que los homozigotos cistinúricos y raramente llegan a desarrollar cálculos).En esta tesis se ha realizado un análisis mutacional de rBAT (SLC3A1) en familias cistinúricas, y estudios de relación estructura-función con las LSHATS bo,+AT y xCT. Debido al solapamiento de fenotipos encontrado en los portadores con mutaciones en SLC3A1 o SLC7A9, se ha establecido una nueva clasificación de la cistinuria, basada en datos genéticos. Los estudios de relación estructura-función han dado lugar a la identificación de un residuo en xCT (C327) próximo al lugar de unión y/o translocación de sustrato, y a la determinación de la unidad funcional mínima en xCT y bo,+AT, formada por una única subunidad ligera. Con estos resultados, y con los conocimientos que tenemos de esta familia de transportadores, proponemos que en una subunidad ligera coexisten dos vías de translocación asimétricas, una para el influjo, y otra para el eflujo. / Heteromeric amino acid transporters (HATs) are composed by disulfide-linked heavy (HSHAT) and light (LSHAT) subunits. HSHATs are type II membrane glycoproteins with a large extracellular domain and are involved in trafficking of the heterodimer to the plasma membrane. The LSHAT is a polytopic membrane protein that confers transport function and specificity. Two HSHATs are known, rBAT and 4F2hc. rBAT forms system b0,+ with the light subunit b0,+AT. 4F2hc forms two different system L isoforms with LAT1 and LAT2, two different system y+L isoforms with y+LAT1 and y+LAT2, system asc with asc1, and system xC- with xCT.Mutations in rBAT (SLC3A1 gene) or b0,+AT (SLC7A9 gene) cause cistinuria, an autosomal inherited metabolic disorder characterised by impaired transport of cystine and dibasic amino acids in the renal tubule and the gastrointestinal tract. High cystine concentration in the urinary tract often causes the formation of cystine stones. SLC3A1 mutations cause type I cystinuria (recessive form) and SLC7A9 mutations cause non-type I cistinuria (dominant form with incomplete penetrance). Mixed cistinuria has also been described. Mutational analysis in SLC3A1 realized in this thesis, together with mutational analysis in SLC7A9 in 164 families of the International Cystinuria Consortium database, established a new genetic classification: type A, with two mutations in SLC3A1; type B, with two mutations in SLC7A9; and type AB, with one mutation on each gene. Digenic inheritance in two mixed families caused partial phenotype.Little is known about the structure-function relationships of the HATs. Structure-function studies realized in this thesis demonstrate that Cys327 in transmembrane domain 8 of xCT is the target for transport inactivation by sulfhydril reagents. Protection and kinetic experiments suggest that Cys327 is close to the substrate permeation pathway. On the other hand, co-injection of xCT or b0,+AT sensitive (wild type) and insensitive (xCT C327S and b0,+AT C321S) to the inactivation by sulfhydryl reagents, and/or the effect of these reagents on concatamers indicate that the heterodimer is the functional unit of systems b0,+ and xc-. Together, with earlier studies on system b0,+, the results suggest that two asymmetric translocation pathways (export and import) co-exist simultaneously on a single LSHAT subunit.
|
6 |
Fenotipske i genotipske karakteristike makrolid rezistentnog Streptococcus pneumoniae / Phenotypic and genotypic characterization of macrolide resistant Streptococcus pneumoniaeHadnađev Mirjana 24 July 2015 (has links)
<p><em>Streptococcus pneumoniae</em> (pneumokok) je jedan od vodećih uzroka morbiditeta i mortaliteta širom sveta, kada su u pitanju infektivne bolesti. Pretežno izaziva infekcije gornjih respiratornih puteva (sinuzitis, otitis) i konjunktivitis. Vodeći je uzročnih vanbolničkih pneumonija, bakterijskog meningitisa i sepse. Lekovi izbora u terapiji pneumokoknih bolesti su beta laktamski antibiotici i makrolidi. Iako se makrolidni antibiotici uveliko koriste u lečenju pneumokoknih infekcija širom sveta, porast rezistencije na makrolide bi mogao da kompromituje njihovu upotrebu. Rezistencija pneumokoka na makrolide je posredovana putem dva glavna mehanizma: modifikacija ciljnog mesta delovanja leka i aktivni efluks leka. Metilaciju 23S ribozomalne ribonukleinske kiseline (rRNK) obavlja enzim metilaza, čiju sintezu kodira<em> ermB</em> gen. Kod ovog tipa rezistencije dolazi do ukrštene rezistencije na makrolide (M), linkozamide (L) i streptogramine B (Sb). Ovakav vid rezistencije se ispoljava kao MLS<sub>b</sub> - fenotip i karakteriše ga visok nivo rezistencije. Može se javiti kao konstitutivni (cMLS) i inducibilni (iMLS). Drugi mehanizam rezistencije na makrolide je aktivni efluks leka, kodiran od strane <em>mefA</em> gena. Efluks antibiotik a determiniše rezistenciju samo na 14-člane i 15-člane makrolide, bez ukrštene rezistencije. Ispoljava se kao M-fenotip, a karakteriše ga niži stepen rezistencije. Cilj ove studije je bio da se odredi u čestalost makrolidne rezistencije <em>Streptococcus pneumoniae</em> među invazivnim i neinvazivnim izolatima kod dece i odraslih, da se odrediti u čestalost korezistencije i multiple rezistencije kod makrolid rezistentnih sojeva <em>Streptococcus pneumoniae</em>, da se fenotipski odredi tip rezistencije na makrolide i da se ispita genska osnova makrolidne rezistencije (detektovati prisustvo <em>ermB</em> i <em>mefA</em> gena). Analizirani su podaci o 326 sojeva <em>Streptococcus pneumoniae</em> rezistentnih na makrolide (MRSP) sakupljenih širom Srbije u periodu od januara 2010. do decembra 2012. godine. Sakupljeni MRSP izolati su transportovani u Nacionalnu referentnu laboratoriju za streptokok radi daljih ispitivanja. Identifikacija je vršena na osnovu mikroskopskih, kulturelnih i biohemijskih osobina. Konzervacija je vršena u moždano-srčanom bujonu sa 10% sadržajem glicerola na -80°C. Dvostruki disk difuzioni test, kombinovani difuzion odilucioni test i automatizovani VITEK 2 sistem su korišćeni za određivanje fenotipova rezistencije na makrolide. Geni koji kodiraju rezistenciju na makrolide su detektovani PCR metodom. Ukupna rezistencija sojeva <em>S.pneumoniae</em> na makrolide u Srbiji je iznosila 34%. Sojevi <em>S.pneumoniae</em> rezistentni na makrolide su češće bili izolovani kod dece (36%) u odnosu na odrasle (29%) osobe, i češće su izolovani iz neinvazivnih (35,5%) u odnosu na invazivne (27,4%) materijale. Dominantan fenotip rezistencije na makrolide je bio MLS<sub>b</sub> fenotip (78,5%). Konstitutivan MLS fenotip je bio zastupljen kod 73,9%, a inducibilan MLS kod 4,6% MRSP izolata. Potvrđena je udruženost <em>mefA</em> gena i M fenotipa; <em>ermB</em> gena i iMLS fenotipa, kao i <em>ermB</em> gena i cMLS fenotipa. Prisustvo oba ermB i mefA gena rezistencije je potvrđeno kod 43,9 % izolata. Svi izolati sa koji su imali oba gena rezistencije su ispoljili MLS<sub>b</sub> fenotip. Istovremena neosetljivost na penicilin je bila zastupljena kod 16% MRSP sojeva. Visok nivo rezistencije na penicilin je imalo svega 5,8% MRSP izolata. Među MRSP sojevima je bio prisutan visok nivo rezistencije na tetraciklin (81,3%) i trimetoprim-sulfametoksazol (74,3%). Multirezistenti sojevi, koji su bili rezistentni na tetracikline i trimetoprim-sulfametoksazol su predstavljali dve trećine (66,1%) MRSP izolata. Zastupljenost udružene rezistencije MRSP na tetraciklin i trimetoprim-sulfametoksazol je bila veća kod sojeva sa MLS fenotipom (73,1%) u odnosu na sojeve sa M fenotipom (36,7%). Zastupljenost istovremene rezistencije na makrolide i druge antibiotike među kojima su penicilin, amoksicilin, cefotaksim, tetraciklin, trimetoprim-sulfametoksazol, kao i multirezistentnih sojeva je bila veća kod pedijatrijskih izolata pneumokoka u odnosu na sojeve dobijene kod odraslih. U čestalost istovremene rezistencije na makrolide i druge antibiotike među kojima su tetraciklin i ofloksacin je bila više prisutna među neinvazivnim u odnosu na invazivne MRSP izolate. Invazivni MRSP izolati iz likvora su pokazivali veću rezistenciju na beta laktamske antibiotike u odnosu neinvazivne sojeve. MRSP sojevi su pokazali veoma visok nivo osetljivosti na levofloksacin (99,6), telitromicin (98,4%), cefotaksim (93,5%), i mipenem (97,3%). MRSP sojevi su u potpunosti bili osetljivi na vankomicin, linezolid, moksifloksacin, sparfloksacin, rifampicin i pristinamicin. Među invazivnim sojevima <em>S.pneumoniae</em> rezistentnim na makrolide je nađeno 12 različitih serotipova. Polovina izolata je pripadala serotipovima 19F (25%) i 14 (23%), dok su sledeći po učestalosti bili 6A (10,4%) i 23F (8,3%). Istovremena rezistencija na makrolide, penicilin, tetracikline i trimetoprim-sulfametoksazol je nađena kod serotipova 19F, 14 i 23F, dok su serotpovi 12F i 31 bili neosetljivi samo na makrolide. Naše istraživanje predstavlja prvu detaljnu analizu fenotipskih i genotipskih osobina sojeva pneumokoka rezistentnih na makrolidne antibiotike u Srbiji. Dobijeni rezultati ukazuju na potrebu za aktivnim nadzorom nad pneumokoknim infekcijama u Srbiji.</p> / <p><em>Streptococcus pneumoniae</em> (pneumococcus) is one of the leading morbidity and mortality causes all over the world with respect to infectious diseases. <em>Streptococcus pneumoniae</em> is a leading cause of upper respiratory tract infections ( sinusitis, otitis) and conjunctivitis. It is also the most common cause of community-acquired pneumonia, bacterial meningitis and sepsis. Beta lactam and macrolide antibiotics remained a first choice for empirical treatment of pneumococcal infections. Although macrolides are widely used for treatment of pneumococcal infections, an increase in macrolide resistance might compromise their use. Pneumococcal macrolide resistance is mediated by two major mechanisms: target site modification and active drug efflux. Methylation of the 23S ribosomal ribonucleic acid (rRNA) is performed by the enzyme methylase, encoded by the<em> ermB </em>gene. Modification of ribosomal targets leads to cross-resistance to macrolides (M), lincosamides (L) and streptogramins B (Sb). It is expressed as the MLS<sub>b</sub> –phenotype, which confers a high-level resistance. This phenotype can be either constitutively (cMLS) or inducibly (iMLS). expressed. Another macrolide resistance mechanism is the active drug efflux, encoded by the <em>mefA </em> gene. The drug efflux confers resistance to 14- and 15-membered macrolides only, with no cross-resistance. It is expressed as the M-phenotype, which confers low-level resistance. The objective of this study was : 1) to examine the prevalence of macrolide resistant <em>Streptococcus pneumoniae </em>(MRSP) among invasive and noninvasive isolates in children and adults, 2) to examine the prevalence of coresistance and multiple-resistance among MRSP strains, 3) to examine the prevalence of macrolide resistant phenotypes, and 4) to examine the prevalence of macrolide resistant genotypes (detect the presence of the <em>ermB</em> and <em>mefA</em> gene). A total of 326 MRSP strains were analyzed, which were collecte dall over Serbia in the period from January, 2010 - December, 2012. The collected MRSP isolates were referred to the National Reference Laboratory for streptococci and pneumococci for further investigation. Identification based on microscopic, culture and biochemical features of the isolates. Conservation was performed in the brain-heart infusion broth with a 10% glycerol content at -80°C. Macrolide resistance phenotypes were determined by a double disc diffusion test, combine d diffusion-dilution test and automatized VITEK 2 system. Macrolide resistance genes were determined by PCR. Overall, macrolide nonsusceptibility rate in Serbia was 34%. MRSP isolates were more prevale nt among children (36%) than adults (29%), and were more prevalent among noninvasive (35.5%) than invasive (27.4%) samples. Predominant macrolide resistance phenotype was the MLS b phenotype (78.5%), from which 73.9 % belonged to cMLS and 4.6% to iMLS phenotype. All the strains assigne d to the MLS<sub>b</sub> phenotype harbored<em> ermB</em> gene, while all the strains with M phenotype had the mefA gene. The presence of both ermB and mefA resistance genes was confirmed in 43.9 % of isolates. All the isolates which harbored both resistance genes expressed the MLS<sub>b</sub> phenotype. Among macrolide resistant strains, penicillin nonsusceptiblility was observed in 16% . A high level resistance was confirmed in 5. 8% of MRSP isolates. MRSP strains showed high resistance rates to tetracyclin (81.3%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (74.3%). Multiresistant strains, resistant to tetracyclines and trimethoprim-sulfamethoxazole, made two thirds (66.1 %) of MRSP isolates. Among MRSP, co-resistance to tetracycline and trimethoprim-sulfamethoxazole was more prevalent among MLS phenotypes (73.1%) than M phenotypes (36.7%). Co-resistance strains to macrolides and other antibiotics including penicillin, amoxicillin, cefotaxime, tetracyclin, trimethoprim-sulfamethoxazole and multiresistant strains were more prevalent among children than adult. Coresistance to macrolides and other antibiotics including tetracycline and ofloxacin was more prevalent among noninvasive than invasive strains. Invasive MRSP isolates from the cerebrospinal fluid showed a higher resistance rate to beta lactam antibiotics than noninvasive strains. MRSP strains had a high susceptibility rates to levofloxacin (99.6), telithromycin (98.4%), cefotak sime (93.5%) and imipenem (97.3%). MRSP strains were fully susceptible to vancomycin, linezolid, moxifloxacin, sparfloxacin, rifampicin a nd pristinamycin. Among macrolide resistant <em>S.pneumoniae</em> strains, 12 different serotypes were identified. One half of these isolates belonged to the 19F (27.1%) and 14 (22. 9%) serotype, followed in frequency by the 6A (10.41%) and 23F (8.3%) serotype . Multiresistant strains (macrolides, penicillin, tetracyclines and trimethoprim-sulfamethoxazole) belonged to serotypes 19F, 14 and 23F, while the 12F and 31 serotype were resistant to macrolides only. This in vestigation represents the first detailed analysis of phenotypes and genotypes of macrolide resistant pneumococcal strains in Serbia. The obtained results suggest the need for an active surveillance of pneumococcal infections in Serbia.</p>
|
7 |
Espectro clínico-mutacional y estudios de correlación genotipo-fenotipo en la población española afectada de lipofuscinosis neuronal ceroideaPérez Poyato, María del Socorro 02 July 2012 (has links)
Las lipofuscinosis neuronal ceroidea (LNCs) constituyen uno de los grupos de enfermedades neurodegenerativas de herencia autosómica recesiva más frecuentes en la infancia. Presentan variabilidad en la edad de inicio y comparten amplio espectro fenotípico: epilepsia, déficit visual, deterioro motor y cognitivo progresivos con fallecimiento a edad precoz. Se han identificado ocho genes responsables de las diferentes formas clínicas en la edad pediátrica (CLN10/CTSD, CLN1/PPT1, CLN2/TPP1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN7/MFSD8 y CLN8). El análisis mutacional permite asociar el defecto genético a cada una de las formas clínicas: congénita, LNCC (CLN10); infantil, LNCI (CLN1); infantil tardía, LNCIT (CLN2); juvenil, LNCJ (CLN3); variante infantil tardía finlandesa, vLNCITFin (CLN5); variante infantil tardía juvenil precoz, vLNCITJuv (CLN6); variante infantil tardía turca, vLNCITTur (CLN7) y variante infantil tardía epilepsia del norte con retraso mental, EPMR - variante infantil tardía (CLN8).
Nos proponemos, a través de los estudios realizados en los pacientes españoles con LNC, profundizar en el conocimiento de los aspectos clínicos y moleculares de este grupo de enfermedades, determinar el espectro mutacional de los genes CLN1, CLN2, CLN3, CLN5 y CLN7 y establecer una adecuada correlación genotipo-fenotipo en la población pediátrica de nuestro país.
Desde el año 1974-2011 se estudiaron 6 pacientes con LNCI (5 núcleos familiares). Desde el año 1979-2011 se estudiaron 12 pacientes con LNCIT (10 núcleos familiares). Desde el año 1975-2010 se estudiaron 24 pacientes con LNCJ, divididos en 2 grupos: variante (11 pacientes) con mutaciones en el gen CLN1 y clásico (13 pacientes) con mutaciones en el gen CLN3. Se describieron 3 pacientes con vLNCITFin y uno con vLNCITTur. Se creó una base de datos clínica con 50 ítems. Para el estudio estadístico se utilizó la prueba de Kaplan-Meier.
Los pacientes con LNCI, iniciaron la enfermedad entre los 8-15 meses con retraso en el desarrollo motor y marcha inestable. La epilepsia puede aparecer en cualquier momento. La LNCI se caracteriza por un severo y progresivo curso clínico y en nuestra población, la mutación V181M en el gen CLN1 está asociada con el fenotipo más severo de la enfermedad.
La LNCIT se inició entre los 18 meses y los 3.7 años con retraso del lenguaje y convulsiones febriles simples seguidas de epilepsia. El trastorno de aprendizaje y la ataxia ocurrieron a los 4 años. La regresión clínica se inició con una pérdida de las frases, seguido de pérdida de la deambulación. Todos los pacientes desarrollaron epilepsia mioclónica continua. La LNCIT presenta un curso clínico muy homogéneo y se demuestra heterogeneidad genética en nuestra población.
La forma variante de LNCJ se inició con retraso / regresión del lenguaje y dificultades de aprendizaje mientras que la forma clásica se inició con déficit visual. La regresión clínica se inició con una pérdida de las frases seguida por una pérdida de la deambulación durante la adolescencia en el grupo variante y durante la edad adulta el grupo clásico. El curso clínico es más severo y progresivo en pacientes con mutaciones en el gen CLN1 que en el gen CLN3. La mutación V181L en el gen CLN1 fue identificada en homocigosis en 9 pacientes pertenecientes a 4 familias consanguíneas, no relacionadas, todas de etnia gitana. Se considera la posibilidad de realizar un diagnóstico precoz de LNCJ en base a la sintomatología inicial y la edad de inicio. El índice de progresión de la enfermedad orienta hacia los fenotipos causados por mutaciones en los genes CLN1 / CLN3 y el diagnóstico definitivo deberá confirmarse mediante el análisis mutacional de dichos genes.
Se ha elaborado un protocolo diagnóstico que permite realizar estudios de correlación genotipo-fenotipo y amplía el espectro clínico-mutacional en la población española afectada de lipofuscinosis neuronal ceroidea. / Neuronal ceroid lipofuscinosis (NCLs) is one of the most common groups of progressive neurodegenerative diseases in childhood. Eight disease genes causing NCL in childhood have been identified: CLN10/CTSD, CLN1/PPT1, CLN2/TPP1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN7/MFSD8, and CLN8.
The main objective was to assess the natural history of the disease and to establish phenotype/genotype correlations in Spanish patients with NCL.
Infantile neuronal ceroid lipofuscinosis (INCL) is caused by mutations in the CLN1/PPT gene. The age at disease onset in six Spanish patients with INCL ranged from 8 to 15 months. Delayed motor skills and ataxia were the initial symptoms. The V181M mutation in the CLN1 gene was found in homozygosis which is associated with the most severe INCL phenotype.
Late infantile neuronal ceroid lipofuscinosis (LINCL) is caused by mutations in the CLN2. The clinical outcome in 12 Spanish patients reported the age at onset of clinical symptoms ranged from 18 months to 3.7 years, and they included delayed speech and simple febrile seizures followed by epilepsy. Clinical regression was initiated by loss of sentences followed by loss of walking ability. The clinical progression of LINCL was relatively homogeneous and genetic heterogeneity was demonstrated in the 10 families studied.
Juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis (JNCL) is usually caused by a 1.02-kb deletion in the CLN3 gene and mutations in the CLN1 gene may be associated with a variant form of JNCL (vJNCL). To assess the natural history of the disease, 24 Spanish patients with JNCL were studied. Patients were classified into the groups of vJNCL with mutations in the CLN1 gene (n= 11) and classic JNCL (cJNCL) with mutations in the CLN3 gene (n=13). Patients with vJNCL showed a more severe and progressive clinical course than those with cJNCL. The rate of disease progression may be useful to diagnose vJNCL or cJNCL, which should be confirmed by molecular studies in CLN1/CLN3 genes.
Three unrelated patients with Finnish variant late infantile (CLN5) and another patient with Turkish variant late infantile (CLN7) were described.
The diagnostic algorithm is a useful tool for the diagnosis of the patients with NCL and the correlation genotype-phenotype studies in Spain.
|
8 |
Use of mouse models to establish genotype-phenotype correlations in Williams-Beuren syndromeSegura Puimedon, Maria, 1985- 20 November 2012 (has links)
Williams-Beuren syndrome (WBS) is a neurodevelopmental disorder caused by the common
deletion of 26-28 contiguous genes in the 7q11.23 region, which poses difficulties to the
establishment of genotype-phenotype correlations. The use of mouse models would broader the
knowledge of the syndrome, the role of deleted genes, affected pathways and possible treatments.
In this thesis project, several mouse models, tissues and cells have been used to define the
phenotypes at different levels, the deregulated genes and pathways and to discover modifying
elements and novel treatments for the cardiovascular phenotype. In addition, a new binding motif
has been described for Gtf2i, a deleted gene encoding a transcription factor with a major role in
WB, providing new target genes from deregulated pathways. The obtained results reveal the
essential role of mouse models for the study of Williams-Beuren syndrome and provide new
treatments options and affected pathways and genes which could be future treatment targets. / La síndrome de Williams-Beuren és una malaltia del neurodesenvolupament causada per una
deleció comú d’entre 26 i 28 gens contigus a la regió 7q11.23, dificultant l’establiment de relacions
genotip-fenotip. L’ús de models de ratolí pot augmentar el coneixement sobre la malaltia, el paper
dels gens delecionats, les vies moleculars afectades i els futurs tractaments. En aquesta tesi s’han
usat diversos models de ratolí, les seves cèl·lules i teixits per tal de descriure i definir fenotips, gens i
vies moleculars desregulades i per descobrir elements modificadors i nous tractaments. Per últim,
s’ha definit un nou motiu d’unió per Gtf2i, uns dels gens delecionats que codifica per un factor de
transcripció amb un rol central en la síndrome, proporcionats possible nous gens diana de vies
moleculars desregulades. Els resultats obtinguts revelen el paper essencial dels models de ratolí per
a l’estudi de la síndrome de Williams-Beuren, proporcionen noves opcions terapèutiques i
defineixen nous gens i vies moleculars afectades que podrien suposar noves dianes terapèutiques.
|
Page generated in 0.0639 seconds