CHARLES UNIVERSITY and HASSELT UNIVERSITY / tUL Doctoral dissertation Collagen structures from cell culture to intact tendon ABSTRACT Author: Daniel Hadraba Promoters: Assoc. Prof. Karel Jelen | Charles University Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University Co-promoters: Dr. Frantisek Lopot | Charles University Prof. Virginie Bito | Hasselt University Annotation Author: Ing. Mgr. Daniel Hadraba Doctoral thesis title: Collagen structures from cell culture to intact tendon Year: 2010 - 2017 Doctoral program: Doctor of Biomechanics at Charles University Doctor of Biomedical Science at Hasselt University / transnational University Limburg Departments: Dept. Anatomy and Biomechanics | Faculty of Physical Education and Sport | Charles University Dept. Biophysics | Hasselt University Promoters: Assoc. Prof. Karel Jelen | Dept. Anatomy and Biomechanics | Faculty of Physical Education and Sport | Charles University Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University / transnational University Limburg Co-promoters: Dr. Frantisek Lopot | Dept. Anatomy and Biomechanics | Faculty of Physical Education and Sport | Charles University Prof. Virginie Bito | Hasselt University / transnational University Limburg Bibliography details: Pages 102 Figures 30 Tables 2 Equations 17 Keywords: tendon, collagen, crimps, orientation, aging,...

CHARLES UNIVERSITY and HASSELT UNIVERSITY / tUL Doctoral dissertation Collagen structures from cell culture to intact tendon ABSTRACT Author: Daniel Hadraba Promoters: Assoc. Prof. Karel Jelen | Charles University Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University Co-promoters: Dr. Frantisek Lopot | Charles University Prof. Virginie Bito | Hasselt University Annotation Author: Ing. Mgr. Daniel Hadraba Doctoral thesis title: Collagen structures from cell culture to intact tendon Year: 2010 - 2017 Doctoral program: Doctor of Biomechanics at Charles University Doctor of Biomedical Science at Hasselt University / transnational University Limburg Departments: Dept. Anatomy and Biomechanics | Faculty of Physical Education and Sport | Charles University Dept. Biophysics | Hasselt University Promoters: Assoc. Prof. Karel Jelen | Dept. Anatomy and Biomechanics | Faculty of Physical Education and Sport | Charles University Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University / transnational University Limburg Co-promoters: Dr. Frantisek Lopot | Dept. Anatomy and Biomechanics | Faculty of Physical Education and Sport | Charles University Prof. Virginie Bito | Hasselt University / transnational University Limburg Bibliography details: Pages 102 Figures 30 Tables 2 Equations 17 Keywords: tendon, collagen, crimps, orientation, aging,...

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In dieser Arbeit wird das Stickstoff-Fehlstellenzentrum (NV Zentrum) in Diamant als ein solcher Einzelphotonenemitter untersucht. Durch Benutzung eines hybriden Ansatzes werden hier NV Zentren in Diamantnanopartikeln in photonische Strukturen integriert. Zuerst wird eine aufnehmen-und-ablegen-Nanomanipulationstechnik mittels eines Rasterkraftmikroskops verwendet um einzelne NV Zentren an eine photonische Kristallkavität und eine optische Faser zu koppeln. Durch Kopplung an die photonische Kristallkavität wird die Emission der Nullphononenlinie des NV Zentrums um den Faktor 12.1 erhöht und durch Kopplung an die optische Faser entsteht eine direkt gekoppelte Einzelphotonenquelle hoher effektiver numerischer Apertur. Durch Kopplung an plamonische Wellenleiter können einzelne Oberflächenplasmon-Polaritonen nachgewiesen werden. Zweitens wird ein anderer Ansatz, die Entwicklung eines hybriden Materials, verfolgt. Hier sind die Nanodiamanten, anstatt sie auf die Strukturen von Interesse zu legen, von Anfang in dem Material enthalten, aus dem die Strukturen hergestellt werden. Mittels direktem Zweiphotonen-Laserschreiben ist es dann möglich, Kombinationen aus chipintegrierten Wellenleitern, Resonatoren und Einzelphotonenemittern zu zeigen. Um mehr über die Dynamik von NV Zentren in Nanodiamant zu erfahren und Wege zu ihrer Verbesserung zu finden, wird die Dynamik der Nullphononenlinie des NV Zentrums mittels eines Photonenkorrelationsinterferometers untersucht. Zusätzlich zu Techniken zur Herstellung photonischer und plasmonischer Strukturen werden auch Methoden zu ihrer Charakterisierung benötigt. Hier für kann es ausgenutzt werden, dass das NV Zentrum weiter nicht nur ein Einzelphotonenemitters ist, sondern es ebenso als Sensor verwendet werden kann. Das NV Zentrum wird hier verwendet, um die lokale optische Zustandsdichte in einem Rastersondenverfahren zu messen, was die Technik der dreidimensionalen Quantenemitter Fluoreszenzlebensdauermikroskopie einführt. / In this thesis, one of such single photon emitters, the nitrogen vacancy centre (NV centre) in diamond, will be examined. By using different hybrid approaches, NV centres in diamond nanoparticles are integrated into photonic structures. Firstly, using a pick-and-place nanomanipulation technique with an atomic force microscope, a single NV centre is coupled to a photonic crystal cavity and an optical fibre. Coupling to the photonic crystal cavity results in an enhancement of the NV centre''s zero phonon line by a factor of 12.1 and coupling to the fibre yields a directly coupled single photon source with an effective numerical aperture of 0.82. By coupling to plasmonic waveguides, the signature of single surface plasmon polaritons is found. Secondly, instead of placing the nanodiamonds on the structures of interest, a hybrid material where the emitters are incorporated is used. With two-photon direct laser writing, on-chip integration and combination of waveguides, resonators, and single photon emitters is demonstrated. In order to learn more on the dynamics of NV centre in nanodiamonds and find ways for improvements, the dynamics of the ultra-fast spectral diffusion of the NV centre''s zero phonon line are investigated using a photon correlation interferometer. In addition to techniques for the fabrication of photonic and plasmonic structures, also methods for their characterisation are needed.For this, it can be exploited that the NV centre also is not only a single photon emitter, but can also be employed as a sensor. Here, the NV centre is used to measure the local density of optical states in a scanning probe experiment, establishing the technique of three-dimensional quantum emitter fluorescence lifetime imaging.

Polymer brushes, consisting of densely end-tethered polymers to a surface, can exhibit rapid and sharp conformational transitions due to specific stimuli, which offer intriguing possibilities for surface-based sensing of the stimuli. The key toward unlocking these possibilities is the development of methods to readily transduce signals from polymer conformational changes. Herein, we report on single-fluorophore integrated ultrathin (<40 nm) polymer brush surfaces that exhibit changing fluorescence properties based on polymer conformation. The basis of our methods is the change in occupied volume as the polymer brush undergoes a collapse transition, which enhances the effective concentration and aggregation of the integrated fluorophores, leading to a self-quenching of the fluorophores’ fluorescence and thereby reduced fluorescence lifetimes. By using fluorescence lifetime imaging microscopy, we reveal spatial details on polymer brush conformational transitions across complex interfaces, including at the air–water–solid interface and at the interface of immiscible liquids that solvate the surface. Furthermore, our method identifies the swelling of polymer brushes from outside of a direct droplet (i.e., the polymer phase with vapor above), which is controlled by humidity. These solvation-sensitive surfaces offer a strong potential for surface-based sensing of stimuli-induced phase transitions of polymer brushes with spatially resolved output in high resolution.

Elektrische und magnetische Emitter können zur Erforschung unterschiedlicher plasmonischer Nanostrukturen genutzt werden. Indem wir die Änderung der Abstrahldynamik und in der Lebensdauer bestimmen, detektieren wir die photonische lokale Zustandsdichte. Diese Zustandsdichte, die eine Eigenschaft der Umgebung ist, ermöglicht uns nicht nur Rückschlüsse auf die elektronischen und andere physikalische Eigenschaften dieser zu treffen sondern auch die allgemeinen Eigenschaften der plasmonischen Nanostruktur im Bezug auf Licht-Materie Kopplung zu bestimmen. Eine starke Licht-Materie-Kopplung ist für die zukünftige Anwendung im Bereich der Quantentechnologien wichtig. Wenn Emitter hierbei mit plasmonischen Nanostrukturen koppeln, fokussieren letztere nicht nur das emittierte Lichts an der Oberfläche im Subwellenlängenbereich sondern ermöglichen durch die Feldüberhöhung an der Oberfläche auch eine starke Licht-Materie-Kopplung. In der Arbeit konzentrieren wir uns auf zwei grundlegend unterschiedliche plasmonische Systeme: zunächst untersuchen wir analytisch den Einfluss von Graphen auf elektrische und magnetische Emitter und diskutieren dann die Lebensdaueränderungen und Strahlungsdynamiken in der Nähe von Silber- und Goldnanostrukturen. Im ersten Teil der Arbeit analysieren wir den Einfluss von Graphen mit einer Bandlücke auf den Emitter und zeigen Möglichkeiten zur experimentellen Bestimmung der Bandlücke auf. Im zweiten Teil modellieren wir die Propagation elektromagnetischer Felder im dreidimensionalen Raum mit Hilfe der Diskontinuierlichen Galerkin Zeitraum Methode mit erweiterten Funktionalitäten. Diese verwenden wir sowohl zur theoretischen Modellierung des ersten dreidimensionalen Fluoreszenlebensdauerabbildungsmikroskopie mit einem einzelnen Quantenemitter als auch zur selbstkonsistent Beschreibung von Emittern in der Nähe eines Goldpentamers. Die Kombination der Studien betont die Stärke von Emittern elektrische, optische und magnetische Eigenschaften zu detektieren. / Electric and magnetic emitters can be used to probe different plasmonic nanostructures. By determining the modification of the radiation dynamics and the lifetimes, we can measure the photonic local density of states. This, being a property of the enviroment, does not only allow us to draw conclusions regarding the electronic and other physical properties of the latter but also regarding the general light-matter coupling properties of the plasmonic nanostructure. A strong light-matter coupling is important for future applications in quantum technology. If emitters couple specifically to plasmonic nanostructure, the latter do not only focus the emitted light at the sub-wavelength scale at the surface of the structure but also allow for such a strong light-matter coupling due to the field enhancement at the surface. In this work, we focus on two different basic plasmonic systems: first, we study analytically the influence of graphene on electric and magnetic emitters, and second we discuss lifetime modifications and radiation dynamics close to silver and gold nanostructures. In the first part of this work, we specifically focus on the influence of graphene exhibiting a finite band gap on the emitter. In the second part, we model the propagation of electromagnetic fields in three-dimensional space making use of the discontinuous Galerkin time-domain method with extended functionalities. This framework we apply to model the first three-dimensional scanning-probe fluorescence-lifetime imaging microscopy by use of a single quantum-emitter as well as for a self-consistent description of emitters in the proximity of a gold pentamer. The combination of these studies stress that the strength of emitters lies in the detection of electronic, optical and magnetic properties.