Os P-splines de Eilers e Marx (1996) são métodos de suavização que é uma combinação de bases B-splines e uma penalização discreta sobre os coeficientes das bases utilizados para suavizar dados normais e não normais em uma ou mais dimensões, no caso de várias dimensões utiliza-se como suavização o produto tensor dos P-splines. Também os P-splines são utilizados como representação de modelos mistos Currie et al. (2006) pela presença de características tais como: efeitos fixos, efeitos aleatórios, correlação espacial ou temporal e utilizados em modelos mais generalizados tais como os modelos mistos lineares generalizados e modelos mistos aditivos generalizados. Neste trabalho apresentou-se toda a abordagem, metodologia e descrição dos P-splines como modelos mistos e como componentes das estruturas suavizadoras de variáveis unidimensionais e bidimensionais dos modelos mistos aditivos generalizados, mostrando essa abordagem e propondo seu uso em uma aplicação no comportamento dos níveis médios da produção de cana-de-açúcar sob a influência das alterações das variáveis climáticas como temperatura e precipitação, que foram medidos ao longo de 10 anos em cada mesorregião do Estado de São Paulo. O motivo de usar essa abordagem como método de suavização é que muitas vezes não é conhecido a tendência dessas covariáveis climáticas mas sabe-se que elas influenciam diretamente sobre a variável resposta. Além de permitir essa abordagem inclusão de efeitos fixos e aleatórios nos modelos a serem propostos, permitirá a inclusão do processo autoregressivo AR(1) como estrutura de correlação nos resíduos. / P-splines of Eilers e Marx (1996) are methods of smoothing that is a combination of B-splines bases and penalty the coefficients of the bases used to smooth normal and non-normal data in one or more dimensions; in the case of several dimensions it is used as smoothing the tensor product of the P-splines. Also the P-splines are used as representation of mixed models Currie et al. (2006) by the presence of characteristics such as: fixed effects, random effects, spatial or temporal correlation and used in more generalized models such as generalized linear mixed models and generalized additive mixed models. In this work the whole approach, methodology and description of the P-splines as mixed models and as components of the smoothing structures of one-dimensional and two-dimensional variables of generalized additive mixed models were presented, showing this approach and proposing its application in the behavior of the average levels of sugarcane production, which is influenced by changes in climatic variables such as temperature and precipitation , which were measured over 10 years in each mesoregion of the state of São Paulo. The reason for using this approach as a smoothing method is that the tendency of these climate covariables is not know for the most part, but is known that they influence directly the response variable, besides allowing this approach to include fixed and random effects in the models to be proposed, will allow the inclusion of the autoregressive process AR(1) as a correlation structure in the residuos.

Para efeito de aplicação em cálculos de canais acoplados, potenciais calculados de maneira exata para sistemas envolvendo núcleos deformados não são adequados, pois resultariam em integrais multidimensionais muito difíceis de serem calculadas numericamente pelo tempo de cálculo computacional que isso implica. Nesta dissertação, apresentamos expressões para calcular de maneira aproximada os potenciais nuclear e coulombiano entre núcleos deformados, sendo essas expressões uma generalização de resultados obtidos em trabalhos anteriores. Os cálculos foram feitos no contexto do Modelo Generalizado de Rotação-Vibração (GRVM), que é um modelo de estrutura nuclear desenvolvido recentemente. Para obter essas expressões, as densidades nucleares foram expandidas até segunda ordem na deformação e foi levado em conta um valor finito para a difusividade nuclear nos cálculos de dupla convolução. Comparamos os correspondentes resultados obtidos com aqueles provenientes de algumas outras expressões, usualmente assumidas nesse tipo de cálculos, e também com os valores exatos (obtidos ao resolver numericamente a integral sextupla no cálculo de dupla convolução). As análises mostraram que a nossa aproximação -GRVM- é superior a essas outras de uma maneira geral, e, em particular, de forma muito melhor na região de pequenas distâncias de interação. As expressões analíticas do GRVM exprimem a dependência do potencial com as deformações de maneira explícita, sendo essa característica extremamente útil para a obtenção de potenciais de acoplamento de maneira analítica / For systems involving deformed nuclei, potentials calculated through an exact form are not appropriated for applications in coupled-channel (CC) calculations, because they result in multidimensional integrals impossible to be calculated numerically. In this work, we present equations for calculating the heavy-ion nuclear and Coulomb potentials, in an approximate form, that express the dependence of the potential on the deformations explicitly. This characteristic is extremely useful for obtaining coupling potentials analytically. The calculations were made in the context of the Generalized Rotation-Vibration Model (GRVM), which is a recently developed model of nuclear structure. To obtain these expressions, the nuclear densities were expanded up to second order in the deformation and a finite diffuseness value was taken into account in the calculation of the double-folding potential. We have compared the corresponding results with those obtained from other expressions usually assumed in such calculations, and also with the exact potential strength values (obtained by solving numerically the six dimensional integral of the double-folding calculation). The analyses show that our approach presents better results than the others, particularly so much better in the region of interaction of small distances.

O objetivo desta pesquisa é conhecer o perfil de mulheres quanto à prevenção contra o câncer de colo de útero no Brasil, identificando os fatores que estão associados à realização ou não do exame citopatológico e a sua frequência temporal. Para tanto, foram utilizados os microdados da Pesquisa Nacional de Saúde do ano de 2013 do IBGE. A base teórica utilizada na pesquisa é a Economia da Saúde, juntamente com o Modelo de Demanda por Saúde de Michael Grossman. Para atingir o objetivo da pesquisa utilizou-se, além da estatística descritiva, o Modelo Logit Ordenado Generalizado para estimar os principais determinantes na decisão de prevenção. Os resultados apontam que o perfil das mulheres que mais se previnem são as que possuem plano de saúde, têm ou já tiveram câncer, vivem com o cônjuge ou companheiro, possuem nível superior completo, não fumam e residem no Sul do país. No outro extremo, o comportamento preventivo das mulheres que nunca se preveniram é não ter instrução, ser fumante, ser da zona rural e residir no Nordeste do Brasil. Na análise descritiva dos dados foi demonstrado que 40% das mulheres entrevistadas fizeram o exame de prevenção em menos de um ano, por outro lado, mais de 15% declararam nunca ter feito. Os resultados sugerem que não houve avanços na distribuição dos serviços de saúde de forma equitativa e na política de informações às mulheres, principalmente as menos escolarizadas. / The objective of this research is to know the profile of women on the prevention of cervical cancer in Brazil, identifying the factors that are associated with the performance or nonperformance of cervical cancer screening and their temporal frequency. Therefore, the data from the National Health 2013 IBGE research were used. The theoretical basis used in the research is the Health Economics, along with the Demand Model for Health Michael Grossman. To achieve the objective of the research was used, in addition to descriptive statistics, the logit model Sort Generalized to estimate the main determinants in the decision prevention. The results show that the profile of women that most prevent are those with health insurance, have or have had cancer, living with spouse or partner, have college degrees, do not smoke and live in the south. At the other end, preventive behavior of women who never warned not have education, smoking, being rural and reside in the Northeast of Brazil. In the descriptive analysis of the data demonstrated that 40% of the women interviewed did take prevention in less than a year, on the other hand, over 15% said they have never done. The results suggest that there was no progress in the distribution of health services equitably and information policy to women, especially the less educated.

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2017-08-21T12:30:58Z No. of bitstreams: 1 Celso Aurélio de Morais Lima.pdf: 2546394 bytes, checksum: 8a8908066e6f60ae202da67d1738b90d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-21T12:30:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Celso Aurélio de Morais Lima.pdf: 2546394 bytes, checksum: 8a8908066e6f60ae202da67d1738b90d (MD5) Previous issue date: 2017-04-27 / The main objective of this dissertation is to develop a reliability assessment applied to reparable systems in the sugar and alcohol industry. The work has a quantitative approach with a combined research method: simulation modeling with case-study. Therefore, a dynamic modeling is used to develop a case-study. For this, a Non- Homogeneous Markov Process (PNHM) model is used to represent the states transitions (operation-maintenance) of sugar centrifuges, in order to obtain reliability indicators. Integrated to the PNHM model, it will be used the Generalized Renewal Process (PRG) to describe the probabilities of failures considering imperfect repairs. The PRG is defined according to the parameters of scale, shape and rejuvenation (α, β, q), which are estimated by Bayesian Inference. In the development of the case-study, the data collection of centrifugal failures was performed and, through the simulation of the hybrid model, the case-study was conceived. The estimated availability for 5640 hours was 93.23%, whose the other 7% represents maintenances moments. For 323 hours of simulation, the reliability resulting was 50%, demonstrating high system susceptibility to failures. The results suggest the revisions of the intervals defined for preventives maintenances, which should be applied to the most observed failure mode, called malfunction of the sensing systems. / O principal objetivo desta dissertação é desenvolver uma avaliação de confiabilidade aplicada a sistemas reparáveis, na indústria sucroalcooleira. O trabalho possui abordagem quantitativa com método de pesquisa combinado: modelagem de simulação com estudo de caso. Portanto, utilizar-se-á de uma modelagem dinâmica para desenvolver um estudo de caso. Para isso, aplicar-se-á um modelo de Processos Não Homogêneos de Markov (PNHM) para representar as transições entre estados (operacional-em manutenção) das centrífugas de açúcar, visando obter indicadores de confiabilidade. Integrado ao modelo PNHM, será utilizado o Processo de Renovação Generalizado (PRG) para descrever as probabilidades de falhas considerando reparos imperfeitos. O PRG é definido em função dos parâmetros de escala, forma e rejuvenescimento ( ,!,"), que serão estimados via Inferência Bayesiana. No desenvolvimento do estudo de caso, realizou-se a coleta de dados de falhas das centrífugas e, por meio da simulação do modelo híbrido, o estudo de caso foi concebido. A disponibilidade estimada para 5640 horas foi de 93,23%, sendo os 7% complementares referentes a manutenções. A confiabilidade apresentada foi de 50% para 323 horas, demonstrando alta suscetibilidade do sistema à falhas. Os resultados sugerem revisão nos intervalos definidos para manutenção preventiva, as quais deverão ser dedicadas ao modo de falha mais observado, denominado mal funcionamento dos sistemas de sensoreamento.

No presente trabalho, foram realizados cálculos de canais acoplados (CC) para reações nucleares que envolvem íons pesados. Nesses cálculos assumimos o Modelo Generalizado de Rotação-Vibração (GRVM), que é um modelo coletivo de estrutura nuclear desenvolvido recentemente. Fizemos algumas modificações no GRVM, que tornam o modelo mais simples e consistente com o objeto de estudo. Assumimos esse modelo de estrutura nuclear para calcular as densidades de transição de carga e de matéria entre estados nucleares. % considerados no modelo. Relacionamos as densidades de transição de carga teóricas com resultados experimentais de espalhamento elástico e inelástico de sistemas elétron-núcleo, o que permitiu testar a precisão do GRVM. Como mais um teste que reforça a confiabilidade do GRVM, comparamos os respectivos resultados com aqueles obtidos com o modelo de estrutura nuclear microscópico de Dirac-Hartree-Bogoliubov (DHB). Dentro do contexto do GRVM, também foi desenvolvido o formalismo de cálculos CC. As densidades de transição, anteriormente calculadas, foram usadas para obter, com precisão, potenciais de acoplamento (próprios de cálculos CC), considerando o método de dupla-convolução. Em todos esses cálculos, as densidades nucleares foram expandidas até segunda ordem na deformação e foram levados em conta valores finitos para as difusividades das densidades, os quais são desprezados na maioria dos modelos de estrutura nuclear. Foi elaborado um programa computacional para o cálculo de seções de choque de diversos processos, o qual foi utilizado na analise de dados de espalhamentos elástico e inelástico de sistemas de núcleos pesados, bem como de dados de fusão nuclear. / In this work we perform coupled-channel (CC) calculations for nuclear reactions involving heavy-ions. In these calculations, we assume the Generalized Rotation-Vibration Model (GRVM), which is a recently developed collective model of nuclear structure \\cite. We propose some modifications in the GRVM, which make the model simpler and more consistent with the subject of study. We assume this nuclear structure model to calculate the charge and matter transition densities between nuclear states. We relate the theoretical transition charge densities with experimental results of elastic and inelastic scattering for electron-nucleus systems, which allowed us to test the accuracy of the GRVM. As a further test that reinforces the reliability of the GRVM, we compare the respective results with those obtained with the Dirac-Hartree-Bogoliubov (DHB) microscopic model of nuclear structure. Within the context of the GRVM, we have also developed the formalism of CC calculations. The earlier calculated transition densities were used to accurately obtain coupling potentials (typical of CC calculations), considering the double-folding method described in \\cite . In these calculations, the nuclear densities were expanded up to second-order in the deformation, and it was taken into account finite values for the diffuseness of the densities, which are neglected in most of the nuclear structure models. A computational program was developed for the calculation of cross sections of several processes, which was used in the analysis of elastic and inelastic scattering data, as well as of fusion data, of heavy-ion systems.

Os investimentos no setor ferroviário brasileiro desde o processo de privatização das ferrovias trouxeram um expressivo crescimento ao setor, evidenciado principalmente pelo aumento do volume de cargas transportadas. Entretanto, a capacidade de processamento dos trens tem sido comprometida pela imposição de limites operacionais de velocidades, decorrentes principalmente do aumento do desgaste da via permanente em função da intensificação do tráfego da malha ferroviária e das restrições das características geométricas da via construída no final do século XIX. Neste contexto e diante das perspectivas de crescimento do setor na próxima década, o objetivo desta dissertação é investigar a validade da hipótese de que a construção de uma nova via, com melhores padrões de projeto e maior capacidade no transporte de cargas, é uma alternativa mais atraente em relação à recuperação e modernização de uma ferrovia existente. O processo de investigação consiste em um método expedito de comparação de cenários através de um modelo de custos generalizado. Neste método, as características planimétricas da nova ferrovia são obtidas pela geração de um conjunto de vetores por inspeção visual no software Google Earth, posteriormente em uma plataforma de desenho assistido por computador (CAD). As características altimétricas da ferrovia são estabelecidas pela associação da geometria da via em planta com os dados altimétricos obtidos do modelo digital de terreno proposto pelo SRTM, através de um método computacional de cálculo dos gradientes da via. A partir dessas informações são estimados os volumes de movimentação de terra associados a cada cenário estabelecido. Como aplicação prática, apresenta-se a análise para um trecho de cerca de 200 km de um dos principais corredores de exportação do país entre as cidades de Santa Fé do Sul e São José do Rio Preto, no Estado de São Paulo, sob concessão da empresa América Latina Logística S.A. Os resultados da investigação permitem inferir que, apesar das limitações impostas pela técnica de modelagem utilizada, o custo total de implantação de uma nova ferrovia supera em apenas 4,3% o custo total de reforma e retificação do traçado antigo, mostrando-se como uma alternativa atraente do ponto de vista econômico, técnico e ambiental. / Investments in the Brazilian railway sector since the privatization of the railways brought a significant growth to the sector, notable primarily by the increase of cargo volume transported. However the processing capacity of the trains has been compromised by the restriction of operation speed limits, due mainly to the increased wear of the railway superstructure with the traffic increase and the geometric restriction of the track built in the late 90th century. In this context and given the sectors growth prospects over the next decade, the goal of this research is to investigate the validity of the hypothesis that the construction of a railroad with new improved design standards and greater capacity is a more attractive alternative than the repair and modernization of an existing railway. The research process consists of an expedite method of scenarios comparison through a generalized cost model. The planimetry features of the new railway are obtained by generating a set of vectors by visual inspection using the Google Earth software, which are fed into a computer aided design (CAD). The altimetry characteristics of track are set by the association of the horizontal track geometry platform with the elevation data obtained from the digital terrain model proposed by SRTM, using a computational method to calculate the gradient of the track. Earthwork volumes are calculated for each scenario based on this date. As a practical application, it presents an analysis of a segment of approximately 200 km between the cities of Santa Fé do Sul and São José do Rio Preto, São Paulo, operated by America Latina Logística S.A. The results of research may imply that, despite the limitations imposed by the modeling technique show that, the total cost of deployment of a new railway exceeds in only 4,3% the total cost of rectification and reform of the old track, and therefore constitutes an attractive alternative from the economical, technical and environmental point of view.

Os investimentos no setor ferroviário brasileiro desde o processo de privatização das ferrovias trouxeram um expressivo crescimento ao setor, evidenciado principalmente pelo aumento do volume de cargas transportadas. Entretanto, a capacidade de processamento dos trens tem sido comprometida pela imposição de limites operacionais de velocidades, decorrentes principalmente do aumento do desgaste da via permanente em função da intensificação do tráfego da malha ferroviária e das restrições das características geométricas da via construída no final do século XIX. Neste contexto e diante das perspectivas de crescimento do setor na próxima década, o objetivo desta dissertação é investigar a validade da hipótese de que a construção de uma nova via, com melhores padrões de projeto e maior capacidade no transporte de cargas, é uma alternativa mais atraente em relação à recuperação e modernização de uma ferrovia existente. O processo de investigação consiste em um método expedito de comparação de cenários através de um modelo de custos generalizado. Neste método, as características planimétricas da nova ferrovia são obtidas pela geração de um conjunto de vetores por inspeção visual no software Google Earth, posteriormente em uma plataforma de desenho assistido por computador (CAD). As características altimétricas da ferrovia são estabelecidas pela associação da geometria da via em planta com os dados altimétricos obtidos do modelo digital de terreno proposto pelo SRTM, através de um método computacional de cálculo dos gradientes da via. A partir dessas informações são estimados os volumes de movimentação de terra associados a cada cenário estabelecido. Como aplicação prática, apresenta-se a análise para um trecho de cerca de 200 km de um dos principais corredores de exportação do país entre as cidades de Santa Fé do Sul e São José do Rio Preto, no Estado de São Paulo, sob concessão da empresa América Latina Logística S.A. Os resultados da investigação permitem inferir que, apesar das limitações impostas pela técnica de modelagem utilizada, o custo total de implantação de uma nova ferrovia supera em apenas 4,3% o custo total de reforma e retificação do traçado antigo, mostrando-se como uma alternativa atraente do ponto de vista econômico, técnico e ambiental. / Investments in the Brazilian railway sector since the privatization of the railways brought a significant growth to the sector, notable primarily by the increase of cargo volume transported. However the processing capacity of the trains has been compromised by the restriction of operation speed limits, due mainly to the increased wear of the railway superstructure with the traffic increase and the geometric restriction of the track built in the late 90th century. In this context and given the sectors growth prospects over the next decade, the goal of this research is to investigate the validity of the hypothesis that the construction of a railroad with new improved design standards and greater capacity is a more attractive alternative than the repair and modernization of an existing railway. The research process consists of an expedite method of scenarios comparison through a generalized cost model. The planimetry features of the new railway are obtained by generating a set of vectors by visual inspection using the Google Earth software, which are fed into a computer aided design (CAD). The altimetry characteristics of track are set by the association of the horizontal track geometry platform with the elevation data obtained from the digital terrain model proposed by SRTM, using a computational method to calculate the gradient of the track. Earthwork volumes are calculated for each scenario based on this date. As a practical application, it presents an analysis of a segment of approximately 200 km between the cities of Santa Fé do Sul and São José do Rio Preto, São Paulo, operated by America Latina Logística S.A. The results of research may imply that, despite the limitations imposed by the modeling technique show that, the total cost of deployment of a new railway exceeds in only 4,3% the total cost of rectification and reform of the old track, and therefore constitutes an attractive alternative from the economical, technical and environmental point of view.

O vetor de sufixo é uma estrutura de dados importante utilizada em muitos problemas que envolvem cadeias de caracteres. Na literatura, muitos trabalhos têm sido propostos para a construção de vetores de sufixo em memória externa. Entretanto, esses trabalhos não enfocam conjuntos de cadeias, ou seja, não consideram vetores de sufixo generalizados. Essa limitação motiva esta dissertação, a qual avança no estado da arte apresentando o algoritmo eGSA, o primeiro algoritmo proposto para a construção de vetores de sufixo generalizados aumentado com o vetor de prefixo comum mais longo (LCP) e com a transformada de Burrows-Wheeler (BWT) em memória externa. A dissertação foi desenvolvida dentro do contexto de bioinformática, já que avanços tecnológicos recentes têm aumentado o volume de dados biológicos disponíveis, os quais são armazenados como cadeias de caracteres. O algoritmo eGSA foi validado por meio de testes de desempenho com dados reais envolvendo sequências grandes, como DNA, e sequências pequenas, como proteínas. Com relação aos testes comparativos com conjuntos de grandes cadeias de DNA, o algoritmo proposto foi comparado com o algoritmo correlato mais eficiente na literatura de construção de vetores de sufixo, o qual foi adaptado para construção de vetores generalizados. O algoritmo eGSA obteve um tempo médio de 3,2 a 8,3 vezes menor do que o algoritmo correlato e consumiu 50% menos de memória. Para conjuntos de cadeias pequenas de proteínas, foram realizados testes de desempenho apenas com o eGSA, já que no melhor do nosso conhecimento, não existem trabalhos correlatos que possam ser adaptados. Comparado com o tempo médio para conjuntos de cadeias grandes, o eGSA obteve tempos competitivos para conjuntos de cadeias pequenas. Portanto, os resultados dos testes demonstraram que o algoritmo proposto pode ser aplicado eficientemente para indexar tanto conjuntos de cadeias grandes quanto conjuntos de cadeias pequenas / The suffix array is an important data structure used in several string processing problems. In the literature, several approaches have been proposed to deal with external memory suffix array construction. However, these approaches are not specifically aimed to index sets of strings, that is, they do not consider generalized suffix arrays. This limitation motivates this masters thesis, which presents eGSA, the first external memory algorithm developed to construct generalized suffix arrays enhanced with the longest common prefix array (LCP) and the Burrows-Wheeler transform (BWT). We especially focus on the context of bioinformatics, as recent technological advances have increased the volume of biological data available, which are stored as strings. The eGSA algorithm was validated through performance tests with real data from DNA and proteins sequences. Regarding performance tests with large strings of DNA, we compared our algorithm with the most efficient and related suffix array construction algorithm in the literature, which was adapted to construct generalized arrays. The results demonstrated that our algorithm reduced the time spent by a factor of 3.2 to 8.3 and consumed 50% less memory. For sets of small strings of proteins, tests were performed only with the eGSA, since to the best of our knowledge, there is no related work that can be adapted. Compared to the average time spent to index sets of large strings, the eGSA obtained competitive times to index sets of small strings. Therefore, the performance tests demonstrated that the proposed algorithm can be applied efficiently to index both sets of large strings and sets of small strings

Submitted by Laiza Helena de Souza Iung (laizinha21@hotmail.com) on 2018-08-07T12:43:48Z No. of bitstreams: 1 Tese.docx: 1450969 bytes, checksum: 14eebb289793e8f3e10418092c6f74d9 (MD5) / Rejected by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br), reason: Bom dia! Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 1 - O texto está em doc e deve estar em pdf para a submissão. 2 - Está faltando a folha de aprovação da banca logo após a ficha catalográfica. Agradecemos a compreensão. on 2018-08-07T12:58:57Z (GMT) / Submitted by Laiza Helena de Souza Iung (laizinha21@hotmail.com) on 2018-08-07T16:56:16Z No. of bitstreams: 1 Tese_ficha_certificado.pdf: 1688621 bytes, checksum: acb18834b18404dc8fb08d52ebb036d9 (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-08-08T16:47:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 iung_lhs_dr_jabo.pdf: 1688621 bytes, checksum: acb18834b18404dc8fb08d52ebb036d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-08T16:47:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 iung_lhs_dr_jabo.pdf: 1688621 bytes, checksum: acb18834b18404dc8fb08d52ebb036d9 (MD5) Previous issue date: 2018-07-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A existência de um controle genético sobre a variância residual torna possível a seleção para uniformidade de produção. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) investigar a presença deste componente genético na variância residual do peso ao sobreano (PS) em bovinos da raça Nelore (N = 194.628, touros = 625), usando duas abordagens: dois passos (two-step) e modelo linear generalizado hierárquico duplo (double hierarchical generalized linear model, DHGLM); e ii) identificar, através de estudo de associação genômica ampla (genome-wide association study, GWAS), regiões genômicas associadas com uniformidade do PS usando differentes variáveis respostas: EBV desregredido (dEBVv) obtido a partir de soluções de um DHGLM assumindo correlação genética não-nula entre média e variância residual (rmv ≠ 0); e dEBVv_r0 e variância dos resíduos log-transformada (ln_σ2ê) obtidos a partir de soluções de um DHGLM assumindo rmv = 0. Os resultados confirmam a presença de heterogeneidade genética de variância residual bem como oportunidade de seleção (coeficiente de variação genética da variância residual (GCVE) variando de 0,10 a 0,17). Porém, a seleção pode ser limitada devido à magnitude da variância genética da variância residual e à forte e positiva correlação genética entre a média e a variância (0,20 e 0,76 para a abordagem em dois passos e DHGLM, respectivamente). Além disso, foi possível observar que um grande número de progênies por touro é necessário para obter EBV com maiores acurácias (herdabilidade da variância residual, h2v < 0,007). A relação média-variância foi reduzida com a utilização da transformação Box-Cox, o que provocou uma redução nas estimativas dos parâmetros genéticos (h2v, GCVE) e mudou o sinal e a magnitude das correlações genéticas entre média e variância residual. DHGLM foi superior à abordagem em dois passos de acordo com as comparações realizadas, incluindo um delineamento de validação-cruzada. Em relação aos resultados do GWAS, dEBV da média (dEBVm) foi altamente correlacionado com dEBVv (0,90), resultando em regiões associadas simultaneamente com a média e variância residual do PS, no qual demonstraram estar além dos efeitos de escala. Resultados mais independentes entre média e variância residual foram obtidos quando rmv = 0 foi assumida. No total, 13 e 4 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) mostraram uma forte associação (Bayes Factor > 20) com dEBVv e ln_σ2ê , respectivamente, apenas sugestivos sinais (Bayes Factor > 3) foram encontrados para dEBVv_r0. Todas as janelas de 1-Mb compartilhadas entre as top 20 entre dEBVm e dEBVv foram previamente associadas com características de crescimento. Potenciais genes candidatos do ponto de vista biológico para uniformidade estão envolvidos em metabolismo (principalmente energético e lipídico), resposta ao estresse, resposta inflamatória e imune, mineralização, atividade neuronal e formação óssea. É necessário usar uma estratégia como assumir rmv = 0 a fim de obter resultados relacionados à uniformidade e não a média. Nenhuma evidência clara em favor da utilização de uma variável resposta específica foi observada, por isso recomenda-se a utilização de diferentes variáveis para estudar uniformidade a fim de aumentar as evidências sobre regiões candidatas e os mecanismos biológicos que influenciam este tipo de resposta. / The existence of genetic control on residual variance makes possible the selection for uniformity. Thus, the objectives of the present study were: i) to investigate the presence of this genetic component on the residual variance of yearling weight (YW) in Nellore cattle (N = 194,628, sires = 625) using two approaches: two step approach and double hierarchical generalized linear model (DHGLM); and ii) to identify, through a genome-wide association study (GWAS), genomic regions associated with uniformity of YW using different response variables: deregressed EBV (dEBVv) obtained from solutions of a DHGLM assuming non-null genetic correlation between mean and residual variance (rmv ≠ 0); and dEBVv_r0 and log-transformed variance of estimated residuals (ln_σê 2) obtained from solutions of a DHGLM assuming rmv = 0. The results confirm the presence of genetic heterogeneity of residual variance as well as opportunity of selection (coefficient of genetic variance of residual variance (GCVE) ranging from 0.10 to 0.17). However, selection may be limited by the magnitude of the genetic variance of the residual variance and the strong and positive genetic correlation between mean and variance (0.20 and 0.76 for two-step approach and DHGLM, respectively). In addition, it was observed that large sire families are required to obtain higher EBVv accuracies (heritability of residual variance, hv 2 < 0.007). The mean-variance relationship was reduced by using Box-Cox transformation, which reduced the genetic parameter estimates (hv 2 , GCVE) and changed the signal and magnitude of the genetic correlation between mean and residual variance. The DHGLM was superior to the two-step approach according to the comparisons, including a cross-validation design. Regarding the GWAS results, dEBV of the mean (dEBVm) were highly correlated with dEBVv (0.90), resulting in regions associated simultaneously with mean and residual variance of YW, in which they proved to be beyond scale effects. More independent results between mean and residual variance were obtained when rmv = 0 was assumed. In total, 13 and 4 single nucleotide polymorphisms (SNPs) showed a strong association (Bayes Factor > 20) with dEBVv and ln_σê 2, respectively, only suggestive signals (Bayes Factor > 3) were found for dEBVv_r0. All 1-Mb windows shared among top 20 between dEBVm and dEBVv were previously associated with growth traits. Potential candidate genes from the biological point of view for uniformity are involved in metabolism (mainly energetic and lipid), stress, inflammatory and immune responses, mineralization, neuronal activity, and bone formation. It is necessary to use a strategy like assuming rmv = 0 in order to obtain results related only with uniformity. No clear evidence in favor of using a specific response variable was observed, we recommend using different variables to study uniformity to increase evidence on candidate regions and biological mechanisms behind it. / CAPES: 88881.131673/2016-01

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-07-11T21:15:21Z No. of bitstreams: 1 MARCO ANTONIO LÁZARO VELÁSQUEZ - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2007..pdf: 704392 bytes, checksum: 65d621d0e292ed7ae65f9c1d129b6200 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-11T21:15:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARCO ANTONIO LÁZARO VELÁSQUEZ - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2007..pdf: 704392 bytes, checksum: 65d621d0e292ed7ae65f9c1d129b6200 (MD5) Previous issue date: 2007-03 / Capes / Em problemas de otimização convexa e, de maneira geral, em problemas de inequações variacionais aparecem os conceitos de: trajetória central (definida por uma função barreira), algoritmo de ponto proximal generalizado (com distâncias de Bregman) e trajetória de Cauchy em variedades de Riemannianas. Nesta disertação são estudados os três conceitos e suas possíveis relações. Estas relações são dadas principalmente para programação linear. Primeiro é mostrado, com hipóteses adequadas, que a trajetória central está bem definida, é limitada, contínua, possui pontos de acumulação e converge para o centro analítico do conjunto de soluções. Depois, também com hipóteses adequadas, é provado que a seqüência gerada pelo algoritmo de ponto proximal generalizado converge para uma solução do problema de inequações varacionais. Um fato importante é quando a trajetória central é definida pela distância de Bregman como função barreira. Nestas considerações, é mostrado que a trajetória central e a seqüência gerada pelo algoritmo de ponto proximal generalizado convergem para o mesmo ponto. Além disso, para programação linear é mostrado que a seqüência gerada pelo algoritmo de ponto proximal generalizado está contida na trajetória central. Finalmente, é mostrado para programação linear que a trajetória central também coincide com a trajetória de Cauchy em variedades Riemannianas definidas em subconjuntos abertos de IRn com métrica dada pelo hessiano da função barreira. / In convex otimization problems and, more generally, in variational inequality problems appears concepts of: central paths defined by a barrier function, generalized proximal point algorithm with Bregman’s distances and Cauchy trajectory in Riemannian manifolds. In this work are studed these three concepts and its possible relationships. These relationships are showed principally to linear programming. First is showed, with adequate hypotheses, that a central path is well defined, is bounded, is continuos, have cluster points, these cluster points are solutions of variational inequality problems and converge to the analytic center of the solution set. Next, with adequate hypotheses too, is showed that a sequence generated by the generalized proximal point algorithm converge to someone solution of variational inequality problem. An important fact is when a central path is defined by the Bregman’s distance as a barrier function. In these cases, is showed that a central path and the sequence generated by the generalized proximal point algorithm converges to the same point. Furthermore, to linear programming is showed that the sequence generated by the generalized proximal point algorithm is contained in the central path. Finally, is showed to linear programming that a central path also coincides with a Cauchy trajectory in the Riemannian manifold defined on the open subsets ofIRn with metric given by the hessian of the barrier function.