Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Johann Sölkner / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Paolo Ajmone Marsan / Banca: Celso Luis Marino / Resumo: O gene 1 do adenoma pleomórfico (PLAG1) apresenta evidência de seleção positiva recente e associação com tamanho corporal e fertilidade em um grande número de raças bovinas ao redor do mundo. Tendo em vista sua recentemente descoberta função como fator de transcrição para o gene do fator de crescimento semelhante à insulina 2 (IGF2), o PLAG1 possui papel emergente como um dos principais reguladores do crescimento e da reprodução em bovinos. Apesar de sua importância, a variante de sequência de DNA responsável pelos efeitos pleiotrópicos atribuídos ao PLAG1 em bovinos permanece desconhecida. Também não está claro se a mesma mutação explica as associações fenótipo-genótipo encontradas em diferentes populações bovinas. Além disso, ainda é incerto onde e quando ocorreu a pressão de seleção responsável pelo aumento da frequência da mutação do PLAG1. No presente trabalho, reportamos o desenvolvimento de um pacote para o software estatístico R, o qual é direcionado à análise de haplótipos como preditores para variantes genéticas não observadas. Através da aplicação desta ferramenta a dados genômicos de bovinos oriundos de diversas regiões do mundo, encontramos evidência indicando que um único alelo derivado do PLAG1 aumentou em frequência rapidamente em bovinos Bos taurus do noroeste europeu entre os séculos XVI e XVIII. Este período é reconhecido como a última onda de aumento de estatura em bovinos por meio de registros arqueológicos. Os dados também sugerem que o alelo foi introgr... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1) presents both evidence of recent positive selection and association with body size and fertility in a wide range of worldwide cattle breeds. Considering its recently uncovered function as a transcription factor for the insulin-like growth factor 2 gene (IGF2), PLAG1 is emerging as a major regulator of bovine growth and reproduction. In spite of its importance, the causal DNA sequence variant underlying the pleiotropic effects of PLAG1 in cattle remains unknown. It is also unclear whether the same mutation accounts for the phenotype-genotype associations detected across different cattle populations. Furthermore, when and where the selective pressure responsible for increasing the frequency of the PLAG1 mutation occurred is still uncertain. Here, we report the development of a package for the R statistical software to analyze haplotypes as surrogates for unobserved genetic variants. By applying this tool to genomic data of worldwide cattle breeds, we found evidence that a single bovine PLAG1 derived allele increased rapidly in frequency in Northwestern European Bos taurus populations between the 16th and 18th centuries. This period is recognized as the last wave of increase in bovine stature from archaeological data. The data also suggested that the allele was introgressed into non-European B. taurus and Bos indicus breeds towards the 19th and 20th centuries, achieving an almost global distribution in the last century. Ancient DNA analyses... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2016-02-26T13:38:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 taina_monte_ioc_mest_2014.pdf: 2518433 bytes, checksum: 7691ab89b672f7a5b9084cbb9979957c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Angiostrongylus cantonensis é responsável por causar meningoencefalite eosinofílica em humanos e casos já foram registrados em diversas partes do mundo incluindo o Brasil (ES, PE e SP). Nesse estudo, relatamos a variabilidade genética entre isolados de A. cantonensis do Brasil utilizando sequências do gene mitocondrial COI. Foram identificados três haplótipos brasileiros de A. cantonensis, baseados em oito haplótipos conhecidos (ac1-ac8). O haplótipo brasileiro ac5 ficou agrupado com isolados do Japão e o haplótipo brasileiro ac8 (isolados do RJ, SP, PA e PE) formaram um clado distinto. Foi relatado um novo haplótipo brasileiro, haplótipo ac9, o qual se encontra intimamente relacionado com os haplótipos da China (ac6) e do Japão (ac7). Dois isolados brasileiros de A. cantonensis, Olinda e Caju (haplótipos ac8 e ac9, respectivamente) relatados no presente estudo, tiveram sua biologia e morfologia caracterizadas após infecção experimental. Foi observada diferença significativa com maior carga parasitária recuperada nos isolados de Caju e um número significativamente maior de larvas L1 eliminadas nas fezes no início do período patente. Entretanto, quando comparado o total de larvas eliminadas não foi verificada diferença significativa entre os dois isolados O isolado de Caju apresentou diferença significativa na proporção entre espécimes fêmeas e machos (0,64:1), enquanto que o mesmo não foi observado para o isolado de Olinda (1,16:1). A análise morfométrica revelou que os espécimes machos e fêmeas do isolado de Olinda foram significativamente maiores com relação aos caracteres analisados quando comparados com os espécimes de Caju. A análise morfológica evidenciou pequena variação no nível das bifurcações que unem os raios laterais no lobo direito da bolsa copuladora, entre os dois isolados. A variação genética observada apoia a hipótese que o aparecimento do parasito no Brasil é um resultado de múltiplas introduções de ratos parasitados e pelo molusco Achatina fulica, o qual contribui para a dispersão. As variações biológicas, morfológicas e morfométricas entre os dois haplótipos estudados, reforçam a variação observada pelo marcador COI e pela possível influência do isolamento geográfico. Estudos futuros devem ser realizados para verificar a possível presença do haplótipo recentemente relatado, ac9, em outras áreas do país, além da zona portuária da cidade do Rio de Janeiro / Angiostrongylus cantonensis is respons ible for causing eosinophili c meningoencephalitis in humans and cases have been recorded in various part s of the world including Brazil (ES, PE and SP) . In this study, we report the geneti c variability among Brazilian isolates of A. cantonensis using seque nces of the mitochondrial COI gen e . We identified three Brazilian haplotypes of A. cantonensis , based o n eight known haplotypes (ac1 - ac8) . The Brazilian haplotype ac 5 , was clustered with isolates from Japan and the Brazilian haplotype ac8 ( is olates from R J, SP, PA and PE) formed a distinct clade . It was reported a new Brazilian haplotype , haplotype ac9 , which is closely re lated to haplotype from China (ac6) and Japan (ac7) . Two Brazilian isolates of A. cantonensis , Olinda and Caju (haplotypes ac8 and ac9 , respectively ) reported in this st udy, had their biology and morphology characterized after experimental infection . Significant differences were observed with higher parasite load recovered in the isolates from Caju and a significantly greater number of L1 larvae eliminated in the feces at the beg inning of the patent pe riod . However , when compared to the total larvae eliminated there was no significant difference between the two isolates . The isolates from Caju showed significant difference in the proportion of female and male spec imens (0,64 :1) , but it was not observe d for isolates from Olinda (1,16 :1 ) . The m orphom etric analysis showed that male and female spec imens from Olinda were significantly higher with respect to the analyzed characters when c ompared w it h specimens from Caju. The m orphologic al analysis showed little variation in the level of bifurcations that unite the lateral rays in the right lobe of copulatory bursa , betwe en the two isolates . Genetic variation among isolates supports the hypothesis t hat the appearance of the parasite in Brazil is a result of multiple introd uctions of infected rodents and by the mollusc , Achatina fulica , which contributes to the dispersion . Biological, morphological and morphometric variation between the two haplotype s of A. cantonensis studied , reinforce the observed v ariation by the COI marker and the possible influence of geographical isolation. Future studies should be performed to verify the possible presence of the haplotype recently reported, ac 9, in other areas of the country, beyond the port area of the city of Rio de Janeiro.

Orientador: Henrique Nunes de [UNESP] Oliveira / Coorientador: Camila Urbano Braz / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: Com o avanço dos estudos em genética e da tecnologia aplicada à genotipagem de marcadores moleculares, a identificação de polimorfismos associados às características de interesse econômico se tornou mais acessível, possibilitando a sua utilização aumentar a acurácia de modelos de predição do mérito genético dos animais. Esse avanço também possibilitou aumentar a acurácia dos estudos para identificação de QTLs para características de interesse econômico. Entretanto, os marcadores comumente utilizados para tal fim são os SNPs, que por serem bi-alélicos podem não ser muito eficientes na identificação dos QTLs. Os haplótipos, multi-alélicos, apresentam maior possibilidade de estarem em desequilíbrios de ligação (DL) com os QTLs. Dessa forma, objetivou-se no presente trabalho identificar o melhor método de construção de haplótipos para utilização em estudos de detecção de QTLs, a partir da comparação dos três métodos mais comumente utilizados para este fim. Foram utilizadas três populações simuladas representando características com três diferentes valores de herdabilidade, para as quais foram armazenados os dados fenotípicos, genotípicos e de pedigree dos 6.000 animais da população mais recente: Pop1 com herdabilidade baixa (0,10); Pop2 com herdabilidade moderada (0,25); e, Pop3 com herdabilidade alta (0,35). Os genomas simulados consistiram de 750.000 marcadores do tipo SNP, e 750 QTLs, com dois a quatro alelos, dispostos aleatoriamente em 29 cromossomos com tamanho total de 2.3... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: With the advancement of genetic studies and the technology applied to the genotyping of molecular markers, the identification of polymorphisms associated with the characteristics of economic interest became more accessible, allowing its use to increase the accuracy of prediction models of the genetic merit of the animals. This advance also made it possible to increase the accuracy of studies to identify QTLs for characteristics of economic interest. However, the commonly used markers for this purpose are SNPs, which because they are bi-allelic may not be very efficient in identifying QTLs. The haplotypes, multi-allelic, are more likely to be in linkage disequilibrium (LD) with QTLs. Thus, the objective of this work was to identify the best haplotype construction method for use in QTLs detection studies, by comparing the three methods most commonly used for this purpose. Three simulated populations representing characteristics with three different heritability values were used for which the phenotypic, genotypic and pedigree data of the 6,000 animals were stored: Pop1 with low heritability (0.10); Pop2 with moderate heritability (0.25); and, Pop3 with high heritability (0.35). The simulated genomes consisted of 750,000 SNP-type markers, and 750 QTLs, with two to four alleles, arranged randomly on 29 chromosomes with a total size of 2,333 centimorgans (cM). From the simulation the SNPs whose frequency of the lowest allele was less than 0.1 were eliminated, leaving 576,027, 577,... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Resumo: O DNA mitocondrial é uma molécula circular, dupla fita, que se encontra na mitocôndria, uma organela responsável pela respiração e produção de energia da célula. Este DNA é herdado exclusivamente por via materna e possui polimorfismos que permitem diferenciar indivíduos, auxiliando nas investigações forenses e corroborando com outros exames de identificação humana. Devido à possibilidade de compatibilidade deste DNA entre indivíduos não relacionados por via materna, é necessário estimar as frequências haplotípicas utilizando bancos de dados populacionais. Com a finalidade de se compilar e avaliar a utilização do DNA mitocondrial no Brasil realizou-se um estudo sobre os haplótipos depositados no banco de dados do European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP) e acessando artigos científicos sobre dados de populações brasileiras, observando os países participantes e seus respectivos dados depositados. Na avaliação dos dados do EMPOP, a América do Norte foi o continente com maior número de haplótipos depositados no banco, principalmente pela participação dos Estados Unidos. A América do Sul contém 3172 haplótipos, sendo 782 desse total correspondentes ao Brasil. Esses números parecem insuficientes para representar a população grande e miscigenada do país. Na literatura, encontrou-se um total de 2367 haplótipos, os quais foram organizados por haplogrupos e as regiões brasileiras correspondentes: Sudeste e Nordeste apresentaram-se similares, com predomínio de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mitochondrial DNA is a circular and double-stranded molecule found in the mitochondria, an organelle responsible for breathing and energy production of the cell. This DNA is exclusively inherited through maternal and has polymorphisms that allow differentiating individuals, it assists in forensic investigations and corroborates with other tests of human identification. Due to the possibility of compatibility of this DNA between unrelated individuals, it is necessary to estimate the haplotype frequencies through population databases. In order to compile and evaluate the use of mitochondrial DNA in Brazil, a study was carried out about the haplotypes deposited in the European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP), and acessing scientific articles with data from Brazilian populations, verifying participating countries and their respective deposited data. In the evaluation of EMPOP data, North America was the continent with the highest number of data deposited in the bank, mainly by the participation of the United States. South America contains 3172 haplotypes, 782 of which correspond to Brazil. These numbers seem insufficient to represent the large and mixed population of this country. In the literature, a total of 2367 haplotypes were found, which were organized by haplogroups and the corresponding Brazilian regions: the Southeast and Northeast were similar, with predominance of African ancestry (44%), while the South had a predominantly European origin (6... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

GALVÃO, L. M. Estudo de haplótipos da globina ΒS com o fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), hemoglobina fetal e eventos clínicos em pacientes com anemia falciforme. 2016. 97 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-09-09T13:45:46Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_lmgalvao.pdf: 6180430 bytes, checksum: 208c243819ac5f016894f322fa2e4112 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-09-09T13:46:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_lmgalvao.pdf: 6180430 bytes, checksum: 208c243819ac5f016894f322fa2e4112 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-09T13:46:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_lmgalvao.pdf: 6180430 bytes, checksum: 208c243819ac5f016894f322fa2e4112 (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / Sickle cell anemia (SCA) is a hereditary disease caused by a point mutation in βS globin gene causing an abnormal hemoglobin called hemoglobin S (HbS), when deoxygenated polymerizes favoring the vaso-occlusion phenomenon, vascular endothelial injury and expression of angiogenic factors. Genetic factors such as beta globin S haplotypes are responsible for the clinical differences among patients. The aim of this study was to investigate the association of haplotypes of βs globin with vascular endothelial growth factor-A (VEGF-A), with fetal hemoglobin (HbF) and clinical manifestations in patients with SCD. The study was cross, analytical and observational. The study population consisted of 51 patients with a molecular diagnosis of SCD, 39 in use hydroxyurea (HU) (617 mg/day) and 12 unused. A total of 61 individuals without hemoglobinopathies, considered healthy, participated as a control group. The haplotype analysis was performed by PCR-RFLP and the dosage of VEGF-A by ELISA. Clinical and laboratory data were obtained in consultation records. Statistical analysis was performed by using the statistical program GraphPad Prism version 5.0. Patients with SCD showed characteristic hematological disease and significant increase in VEGF-A in the control group when stratified patients by the use of HU was observed higher concentrations among patients who were not in use HU. The predominant haplotype in the group studied was the Bantu, there was no difference in VEGF-A concentrations between groups of haplotypes of βS globin and clinical manifestations, except for the vaso-occlusive crises (CVO), where the use of HU influenced VEGF-a concentrations in the group with the largest number of attacks per year. There was a negative correlation between VEGF-A concentrations and concentrations of HbF and a positive correlation with the reticulocyte count. It is concluded that the increase of VEGF-A in patients without use of HU can be attributed to the pathophysiology of disease and probably the use of HU had an anti-angiogenic effect. However more studies are needed to evaluate the role of VEGF-A and angiogenesis in SCD. / A anemia falciforme (AF) é uma doença hereditária decorrente de uma mutação pontual no gene da globina βS gerando uma hemoglobina anormal denominada de hemoglobina S (HbS) , que quando desoxigenada sofre polimerização favorecendo o fenômeno de vaso-oclusão, dano endotelial vascular e a expressão de fatores angiogênicos. Fatores genéticos como os haplótipos da beta globina S são responsáveis pelas diferenças clínicas entre os pacientes. O objetivo deste trabalho foi verificar a associação dos haplótipos da globina βs com o fator de crescimento endotelial vascular-A (VEGF-A), com hemoglobina fetal (HbF) e manifestações clínicas em pacientes com AF. O estudo foi do tipo transversal, analítico e observacional. A população em estudo foi constituída por 51 pacientes com diagnóstico molecular de AF, sendo 39 em uso hidroxiúreia (HU) (617 mg/dia) e 12 sem uso. No total de 61 indivíduos sem hemoglobinopatias, considerados sadios, participaram como grupo controle. A análise dos haplótipos foi realizada por PCR-RFLP e a dosagem de VEGF-A por ELISA. Os dados clínicos e laboratoriais foram obtidos por consulta em prontuários. A análise estatística foi realizada mediante a utilização do programa estatístico GraphPad Prism versão 5.0. Os pacientes com AF apresentaram parâmetros hematológicos característicos da doença e aumento significativo de VEGF-A em relação ao grupo controle, quando se estratificou os pacientes pelo uso de HU foi observada concentrações maiores entre os pacientes que não estavam em uso de HU. O haplótipo predominante no grupo estudado foi o Bantu, não houve diferença nas concentrações de VEGF-A entre os grupos de haplótipos da globina βs e manifestações clínicas, excetuando-se as crises vaso-oclusivas (CVO), onde o uso de HU influenciou as concentrações de VEGF-A no grupo com maior quantidade de crises por ano. Observou-se uma correlação negativa entre as concentrações de VEGF-A e as concentrações de HbF e uma correlação positiva com a contagem de reticulócitos. Conclui-se que o aumento do VEGF-A nos pacientes sem uso de HU possa ser atribuído a fisiopatologia da doença e que provavelmente o uso da HU teve uma ação anti-angiogênica. No entanto mais estudos são necessários para avaliar o papel do VEGF-A e da angiogênese na AF.

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

Orientador: Erick da Cruz Castelli / Resumo: Os genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) codificam moléculas envolvidas com a regulação do sistema imune, participando do reconhecimento do que é próprio ou estranho ao indivíduo. O gene HLA-E, parte do MHC, é caracterizado por apresentar baixa, porém, ampla expressão pelos tecidos do corpo. O HLA-E é extremamente conservado e um dos menos polimórficos entre os genes HLA de classe I. A principal função da molécula HLA-E está relacionada ao mecanismo de imunovigilância, através da interação com receptores de células Natural Killer e linfócitos T. Pontos de variação nas regiões regulatórias e codificadora de HLA-E podem alterar sua função através da modificação da expressão gênica ou estrutura da molécula codificada, influenciando a interação com peptídeos e receptores. O presente trabalho propôs a avaliação da variabilidade do segmento estendido do gene HLA-E, incluindo promotor e íntrons, e estrutura de haplótipos por meio de sequenciamento de nova geração ou sequenciamento massivo paralelo. A metodologia foi aplicada para avaliação da variabilidade de 420 amostras do Estado de São Paulo. Considerando um segmento de mais de 7kb, o gene HLA-E mostrou-se conservado, apresentando poucas sequências diferentes e frequentes. Ao todo, 63 pontos de variação foram encontrados e caracterizados em 75 haplótipos estendidos. Foram encontrados 37 haplótipos de região promotora, porém apenas 10 apresentam frequência superior a 1%. Para a região codificadora, foram encont... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) genes encode molecules involved mainly in recognition of self and non self antigens. The HLA-E gene is characterized by low but wide expression among tissues. Thus far, HLA-E is considered a conserved gene and one of the least polymorphic class I HLA genes. The main HLA-E function is related to immune surveillance by the interaction with natural killer cell receptors and T lymphocytes. Variable sites within the HLA-E regulatory and coding segments may influence gene function by modifying its expression pattern or encoded molecule, thus, influencing its interaction with receptors and the peptide. Here we propose an approach to evaluate de complete HLA-E variability, including promoter and introns segments, and the evaluation of the HLA-E haplotype structure by using massively parallel sequencing, or next-generation sequencing. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population such as Brazilians counting 420 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 7kb, the HLA-E gene is indeed conserved with few different and frequent sequences. In general, 63 variable sites were detected, arranged 75 extended haplotypes. We found 37 promoter haplotypes, but only 10 presented a frequency greater that 1%. For the coding region, 27 haplotypes were detected, with 15 representing new HLA-E alleles. Nevertheless, the HLA-E conding alleles did encode mainly two different full-length molecules, known as alle... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: O mercado consumidor tem sido cada vez mais exigente quanto à qualidade da carne e, portanto, a pecuária precisa melhorar sua eficiência e fornecer produtos diferenciados, padronizados e com qualidade. Entre as características de qualidade de carne, a maciez é a que mais influencia na satisfação dos consumidores. Considerando a importância dada à maciez da carne, pesquisas têm sido desenvolvidas para melhor compreender os mecanismos relacionados à expressão fenotípica desta característica. Os estudos de genes candidatos têm possibilitado a identificação de polimorfismos que modificam as estruturas das proteínas ou ainda, que estejam em desequilíbrio de ligação com alterações funcionais no DNA. Com a automatização dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) muitas regiões ao longo do genoma foram identificadas como responsáveis pela variação fenotípica da maciez da carne. No entanto, os marcadores SNPs podem ter baixa capacidade de identificar locos que atuam nas características quantitativas (QTL) por serem, na grande maioria, bi-alélicos e, mesmo que aconteçam mutações, as mudanças nas frequências alélicas dos SNPs podem permanecer quase inalteradas. Por outro lado, com a utilização de haplótipos, mutações tendem a causar mudanças nas frequências dos haplótipos, aumentando as chances de identificação dos QTL. Sendo assim, este estudo teve como objetivos detectar QTL e mutações causais em genes candidatos e identificar QTL por meio de uma análise de associação genômica ampl... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The consumer market has been increasingly demanding about the meat quality and therefore livestock needs to improve its efficiency and provide differentiated products, standardized and with quality. Considering the importance given to the meat tenderness, research has been undertaken to better understand the mechanisms related to the phenotypic expression of this trait. The candidate gene studies have allowed the identification of polymorphisms that change the structures of the proteins or that are in linkage disequilibrium with functional alterations in the DNA. With the advent of single nucleotide polymorphisms (SNPs) throughout many regions of the genome have been identified as responsible for phenotypic variation in meat tenderness. However, SNPs markers may have low ability to identify mutations, because SNPs are commonly bi-allelic and even when mutations have occurred, allelic frequencies can remain unaltered. On the other hand, using haplotype, mutations tend to cause major changes in haplotype frequencies, increasing the chances of identification of QTL. Thus, this study aimed to detect QTL and causal mutations by the approach of candidate genes and identify possible QTL through a genome-wide association analysis, for the trait meat tenderness in Nelore cattle using haplotypes as fundamental units of association tests. Information of the phenotypic, genotypic and pedigree were used from farms that belong to the breeding programs DeltaGen and PAINT. Fifty-two candidat... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor