Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2007. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 99-126).

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2007. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 93-109).

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T10:12:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 288452.pdf: 18421548 bytes, checksum: 1fce1ff2624a6da0c4283042fc679586 (MD5) / AIDS é um dos principais problemas de saúde pública atuais e acredita-se que a epidemia somente será controlada com uma vacina capaz de impedir ou controlar a infecção causada pelo HIV. Inúmeras estratégias vacinais têm sido investigadas experimentalmente, dentre elas o uso de vírus recombinantes como vetores vacinais, para indução de resposta imune no trato genital, uma das mais importantes portas de entrada do HIV. Neste estudo avaliou-se a indução de células T no trato genital feminino de camundongos BALB/c mediante a administração de vetores adenovirais expressando a proteína Gag de HIV-1. Diferentes protocolos de imunização utilizando vetores adenovirais símios foram avaliados quanto à indução de resposta imune celular Gag-específica em tecidos sistêmicos e de mucosas. A imunização por via intranasal induziu baixa frequência de células T CD8+ Gag-específicas no trato genital e em tecidos sistêmicos. A imunização por via intramuscular foi capaz de induzir frequência de células T CD8+ Gag-específicas de maior magnitude do que a administração por vias de mucosa, sendo esta resposta detectada em diversos tecidos, inclusive no trato genital feminino, por ao menos um ano após a administração da vacina. As células T CD8+ Gag-específicas de origem genital apresentaram elevada expressão de diversos marcadores de ativação celular e secretaram IFN- . A administração intramuscular do vetor adenoviral alterou também a frequência e o fenótipo de células T CD4+ e CD8+ de origem genital. Foi observado que apesar de anticorpos neutralizantes representarem a principal forma de interferência da imunidade pré-existente ao vetor vacinal na indução de células transgene-específicas em tecidos sistêmicos e sangue, no tecido mucoso esta situação é provavelmente também mediada por mecanismos celulares. Em conjunto, estes resultados sugerem que a administração intramuscular de vetores adenovirais símios expressando a proteína Gag de HIV-1 induz resposta imune celular transgene-específica capaz de residir no trato genital feminino por longos períodos, sendo que esta resposta pode ser alterada pela presença de imunidade pré-existente contra o vetor vacinal.

Variações em genes de resposta imune têm sido associadas com a progressão à AIDS. Após a infecção pelo HIV a proteína sérica MBL é capaz de reconhecer N-glicanos presentes na glicoproteína viral gp120. Além disso, TLRs reconhecem diferentes moléculas antigênicas do vírus presentes no interior da célula, como o ssRNA viral reconhecido pelo TLR7 e o DNA proviral reconhecido pelo TLR9. O presente estudo investigou a influência de polimorfismos nos genes MBL2, TLR7 e TLR9 na progressão à AIDS em uma população com ancestralidade Europeia e Africana. A partir da investigação retrospectiva de 3.300 prontuários médicos de pacientes HIV+ em atendimento regular, 107 indivíduos foram classificados quanto à progressão para a AIDS (20 progressores rápidos, 29 progressores lentos e 58 outros). Através de técnicas de biologia molecular, polimorfismos na região promotora (H/L, rs11003125 e X/Y, rs7096206) e no exon-1 (R52C, rs5030737; G54D, rs1800450; G57E, rs1800451) do gene MBL2 foram determinados, assim como do gene TLR7 (Gln11Leu, rs179008) e do gene TLR9 (T-1237C, rs5743836 e G1635A, rs352140). Para avaliar a influência dos genótipos na progressão para AIDS, testes estatísticos como Análise de Sobrevivência (Kaplan-meier), regressão de Cox e regressões logísticas binárias foram realizados; além disso, a presença dos alelos CCR5del32 e HLA27/HLA57 foram utilizados como fator de correção. Foram observadas diferenças significativas na composição étnica dentro das categorias de progressão, 58,6% dos pacientes com progressão lenta eram Afrodescendentes (p<0.05). A Análise de Sobrevivência para o polimorfismo -1237T/C no TLR9 revelou uma associação significativa entre os portadores do alelo C e um tempo mediano maior (10 anos) de progressão à AIDS, quando comparado com os portadores do alelo A (6 anos). Além disso, esta associação também foi reproduzida na regressão multivariada de Cox (0,616 Hz, 95% CI 0,379-1,003, p <0,05), incluindo idade e etnia como variáveis. No entanto, ajustando o modelo para a presença dos alelos CCR5del32 e HLA-B27/57 a associação foi perdida. Já para o polimorfismo +1635G/A no TLR9, ao analisar a variação dentro dos grupos étnicos, encontramos uma associação significativa do alelo A com a progressão rápida para AIDS em Eurodescendentes. Nenhum resultado significativo foi encontrado para as variantes investigadas nos genes TLR7 e MBL2. Nossos resultados sugerem que o background genético é importante na progressão à AIDS, embora todos os genes e variantes responsáveis por este comportamento ainda não estejam identificados. Além disso, os dados indicam uma relação entre os polimorfismos -1237T/C e +1635G/A no gene TLR9 e progressão para a AIDS. / Variations in innate immune response genes have been associated with different AIDS progression. In HIV infection MBL (mannose-binding lectin) recognizes N-glycans present in the viral glicoprotein gp120, and TLRs (toll-like receptors) recognizes different HIV molecules present inside the infected cell; ie TLR7 recognizes to viral RNA and TLR9 to proviral DNA. The present study investigated the influence of MBL2, TLR7 and TLR9 polymorphisms in AIDS progression in a population with European and African ancestry in patients from Southernmost Brazil. From 3,300 medical records of HIV+ patients, 107 were classified according to AIDS progression (20 rapids, 58 chronics and 29 slows AIDS progressors). Promoter region (H/L, rs11003125 e X/Y, rs7096206) and exon-1 region (R52C, rs5030737; G54D, rs1800450; G57E, rs1800451) polymorphisms in the MBL2 gene were determined, as well as in TLR7(Gln11Leu, rs179008) and TLR9 (T-1237C, rs5743836 e G1635A, rs352140). To evaluate the influence of genotypes in the progression to AIDS, statistical tests as Survival Analysis, Cox regression and binary logistic regressions were performed. Significant differences were observed in the ethnic composition within progression categories, 58.6% of slow-AIDS progressors patients were African-derived (p<0.05). Kaplan-Meier curves applied to polymorphism -1237T/C in TLR9 revealed a significant association between C allele carriers and longer time (10 years) for AIDS progression when compared with A allele carriers (6 years). Moreover, this association was also reproduced in the multivariate Cox regression (0.616 Hz, 95% CI 0.379 to 1.003, p <0.05), including age and ethnicity as variables. However, adjusting the model to the presence of the alleles CCR5del32 and HLA-B27/57 the association was lost. For the polymorphism +1635G/A in TLR9 gene, when analyzing the variation within ethnic groups, an statistically significant association of allele A (1.966 HZ, 95% CI 1.052 3.674, p<0.05) with rapid AIDS progression was observed in European-derived patients. No significant results for MBL2 and TLR7 polymorphism and AIDS progression were shown. Our data highlights a relationship between the investigated polymorphisms in TLR9 gene and progression to AIDS. In addition, the results suggests the genetic background is important in HIV-1 infection, although several genes and variants responsible by this behavior remain to be identified.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O HIV-1 possui uma importante diversidade genética. Essa diversidade decorre das limitações de fidelidade da transcriptase reversa durante a replicação, acentuada pela alta capacidade de geração e pelo rápido turnover viral. A transcrição reversa é um evento crucial do ciclo de vida viral e pode sofrer a influência de diversos fatores, como, por exemplo, o estado de ativação celular e a concentração de deoxrribonucleotídeos. A redução da variabilidade e tamanho das populações quasispecies, como as que acontecem durante a transmissão do HIV-1, coloca em risco a sua sobrevivência. A proposta deste estudo foi analisar a geração da diversidade genética após um ciclo único de replicação usando partículas virais pseudotipadas com envelopes R5 e X4 do HIV-1 em cultivo celular. Para tanto, PBMCs de indivíduos saudáveis foram estimuladas com fitohemaglutinina antes e durante infecção. Células em repouso também foram infectadas. Quarenta e oito clones provirais foram obtidos por End Point-PCR para cada condição. Em seguida, um fragmento de 1050pb do gene pol foi seqüenciado para todos os clones. As mutações acumuladas em um evento único de transcrição viral foram analisadas e comparadas com a seqüência do HIV-1 presente no inóculo original (tempo zero). Os resultados mostraram uma alta taxa de substituições em todas as condições de cultura e a existência de contextos comuns entre as seqüências onde ocorrem as substituições, destacando-se as regiões 200 a 350pb, 400 a 650pb, 750 a 800pb e 950 a 1025pb no grupo R5 e as regiões 375 a 525pb, 600 a 650pb e 775 a 975pb no grupo X4. Nestas regiões, o processo mutacional é intenso, os eventos que mais ocorrem são as transições e as substituições mais freqüentes são as de G para A e de T para C. A taxa mutacional encontrada foi de 2,0 x 10-3 /nt/ciclo no grupo R5 e 1,07 x 10-3 /nt/ciclo no grupo X4, valores muito acima dos comumente encontrados. A distribuição dos sítios onde ocorrem as mutações é influenciada pelo estágio de ativação em que as células alvo se encontram no momento da infecção, com regiões mais sujeitas a variação em segmentos de sequência quando as células estão ativadas. A maior diversidade encontrada no grupo R5 indica um papel importante desta variante viral no estabelecimento da infecção. Esse aumento brusco na diversidade genética viral pode fazer parte de uma estratégia do vírus em recuperar parte diversidade genética perdida na população durante os eventos de transmissão. / HIV-1 has an important genetic diversity that results from the rapid viral turnover rate and from reverse transcritase errors during viral DNA synthesis. Reverse transcription is a crucial step during HIV-1 replication cycle and its accuracy depends on balanced cellular dNTP pools. HIV-1 populations correspond to an organized swarm of mutants named quasispecies. If a quasispecies population goes throught transmission genetic bottlenecks and looses its best adapted variants, the fitness of the entire population is reduced. In the present work we studied the HIV-1 genetic diversity generated after a single replication cycle using CCR5 and CXCR4 pseudotyped particles in cell culture. Resting PBMCs from healthy donors were stimulated with PHA before and during HIV-1 infection. Resting PBMCs were also infected. 48 proviral DNA clones were obtained by End Point-PCR from each infected culture. A 1050pb fragment from pol was sequenced from all clones. All sequences were compared to the original sequence at time 0 and mutations introduced after a single replicartion cycle were tabulated. Observed mutations were not uniformly distributed occurring more frequently between the nucleotide 200 and 350, 400 and 650pb, 750 and 800pb and 950 and 1025pb in R5 pseudotypes and between the nucleotide 375 and 525pb, 600 and 650pb and 775 and 975pb in X4 pseudotypes. G to A and T to C transitions were the most frequent substituition type. The calculated mutational tax was 2,0 x 10-3 /nt/cycle for R5 virus and 1,07 x 10-3 /nt/cycle for X4. Both mutational taxes were higher than the ones currently described for HIV-1. The distribution of sites where mutations occur is influenced by the cellular activation status with mutations clustering in sequence segments in activated cells. R5 pseudotypes accumulated more variation than X4 virus, suggesting that R5 virus host colonization soon after transmission may be a part of a HIV-1 strategy to recuperate the genetic diversity reduction during the transmission bottleneck / FAPESP: 06/51495-6 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-06T18:37:16Z No. of bitstreams: 1 Publico-03.pdf: 680420 bytes, checksum: 28c206d0e333eb6ac5cb4cd4efa99f59 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-06T18:41:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-03.pdf: 680420 bytes, checksum: 28c206d0e333eb6ac5cb4cd4efa99f59 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-06T18:41:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-03.pdf: 680420 bytes, checksum: 28c206d0e333eb6ac5cb4cd4efa99f59 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV), agente etiológico da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS), infecta principalmente o linfócito T CD4+, uma importante célula do sistema imunológico, levando a uma imunossupressão progressiva. Os medicamentos antirretrovirais (ARV) são capazes de reduzir a replicação viral e, com isso, retardar a progressão da doença e a mortalidade, aumentando, desta forma, a sobrevida dos pacientes. Para muitos pacientes infectados com o HIV-1, a administração de combinações de medicamentos ARV, terapia antirretroviral altamente efetiva (HAART), tem êxito em suprimir a replicação viral e reverter a evolução da doença. Em alguns pacientes, entretanto, o efeito supressor da HAART é incompleto, o que geralmente leva à seleção de variantes virais com resistência aos agentes ARV. De acordo com a pressão seletiva exercida por um medicamento, o vírus pode desenvolver algumas mutações específicas, seguindo o que chamamos de “vias” ou “caminhos mutacionais” distintos. Variantes virais contendo mutações para mais de uma “via mutacional” concomitantemente são raramente observadas in vivo e in vitro, sugerindo que a coocorrência destas mutações num mesmo genoma não seja favorável ao HIV-1 (correlação negativa). A análise genotípica padrão comumente utilizada consiste na análise populacional das variantes virais, onde a sequência observada representa um consenso das diversas populações virais presentes naquele indivíduo. Para distinguirmos as populações observadas pela análise populacional fizemos uso da análise clonal pela técnica de diluição limitante, onde é possível observar as mutações presentes num único genoma. Neste estudo, detectamos, em dois pacientes, clones contendo as mutações D30N e L90M na mesma molécula do genoma viral; essas mutações também estavam acompanhadas de outras mutações compensatórias, como a N88D e a L63P. Outra observação foi a confirmação da alta correlação da mutação N88D com a mutação D30N. Investigamos também a possibilidade da presença concomitante das mutações de resistência aos análogos timidínicos (TAM). Dentre os quatro pacientes, detectados vi pela a análise populacional, que apresentavam as seis mutações das TAM, todos apresentaram estas mesmas mutações na análise clonal. Com o acúmulo das mutações de resistência aos análogos timidínicos (TAM), também observamos aumento no número e complexidade das mutações acessórias. A uniformidade e predominância dos clones em alguns pacientes sugerem que, no momento da análise clonal, amplificamos a população que foi selecionada e expandiu-se, tornando-se majoritária. Portanto, observamos que a ocorrência concomitante das mutações de vias distintas, ou seja, D30N + L90M na protease, e as seis mutações da TAM na transcriptase reversa, ainda que rara, pode ser observada em uma mesma molécula genômica de isolados da população viral intrapaciente. Em adição, esses isolados com mutações pertencentes a múltiplas vias, são preferencialmente selecionados após terapia antirretrovial prolongada, onde os pacientes são tratados com diferentes medicamentos antivirais. Concluímos também que, na análise populacional padrão, a sequência obtida corresponde à combinação de genomas de variantes presentes na população viral de um indivíduo. Essa sequência pode representar a população viral majoritária presente naquele momento, ou uma mistura de diversas sub-populações minoritárias, que se dividem em pequenos grupos na análise clonal. / For many patients infected with HIV-1, administration of combinative ARV drugs, often referred as highly active antiretroviral therapy (HAART) is succeeded by suppressing of detectable virus replication and, therefore, by reducing HIV-related morbidity and mortality. In some patients, however, the HAART suppressive effect is incomplete, which usually leads to selection of antiretroviral resistant viral variants. According to drug selective pressure, HIV-1 can develop specific mutations, leading to distinct mutational pathways. Species containing mutations from more than one mutational pathway are extremely rare, suggesting that the coexistence of these mutations in the same genome structure results in unfavorable virological effects (negative correlation). To distinguish populations previously observed in standard population analysis, clonal analysis by limited dilutions technique was used, permitting observation of present mutations in single genome copy. In the present study, we have observed that, though rare, mutations from distinct pathways can occur concomitantly in same genome molecule from intrapatient viral isolates population. In addition, viral isolates with mutations from multiple pathways are preferentially selected after prolonged antiretroviral therapy, when patients are treated with different antiviral drugs. It has been also concluded that sequences obtained from standard population analysis, corresponded to a combination of genomes from variants present in individual viral population. These consensus sequences can represent the major viral population present in that moment, or a mixture of diverse minor sub-populations, that are shared in small groups in clonal analysis.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-04-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A APOBEC3G (A3G) tem sido descrita como um fator celular que inibe a replicação do HIV-1. Durante a transcrição reversa, a A3G promove a desaminação de citidinas para uracilas nas fitas negativas de DNA viral, induzindo hipermutação de guaninas para adeninas nas fitas positivas. O HIV-1 contra-ataca esse efeito pela atividade da proteína viral Vif, que neutraliza complexos A3G através de um mecanismo de degradação proteassômica. Apesar de alguns polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) terem sido descritos ocorrendo ao longo do gene A3G, seus efeitos sobre a progressão da infecção pelo HIV-1 não são claros. Este estudo tentou estabelecer, na população brasileira, a freqüência de 7 SNPs descritos anteriormente e seu impacto na carga viral e contagem de células T CD4+, em associação com a presença de hipermutação no gene da integrase. Além disso, foi analisada a diversidade genética do gene vif a fim de estabelecer sua associação com o estado clínico e os polimorfismos da A3G. Foram analisadas 400 amostras provenientes de indivíduos infectados pelo HIV-1 que não foram submetidos a tratamento antiretroviral. Os SNPs na A3G foram detectados por resequenciamento. Com o auxílio de ferramentas de bioinformática, foram utilizados modelos baseados em códons para estudar o processo evolutivo do gene vif, a partir de 156 sequências do subtipo B do HIV-1. A hipermutação foi investigada utilizando o corante Bisbenzamida-PEG durante a eletroforese em gel de agarose. Os géis foram analisados utilizando o software Image J e de acordo com a posição das bandas, quando comparados aos controles, as amostras foram categorizadas. Foi verificado que brasileiros e europeus têm freqüências genotípicas similares no gene A3G. A análise também revelou que os polimorfismos na maioria dos loci da A3G não tiveram qualquer influência na carga viral e contagem de células T CD4+. A análise das amostras em gel de agarose com HA-Yellow encontrou 36% de hipermutação. Notavelmente, códons sob o efeito de epistasia no gene vif foram associados com os níveis de células T CD4+. As análises baseadas em filogenia revelaram que os polimorfismos na A3G e a hipermutação tiveram um impacto insignificante na taxa de mutação neutra no gene vif. No entanto, códons sob selecção positiva foram detectados no gene vif entre as regiões MKSLVK e YRHHY, e nas regiões de interação com a BC-Box e Cullin5-Box. Estas regiões são envolvidas na degradação de Vif induzida por complexos A3G. Em conclusão, foi observado que a evolução do vif é parcialmente explicada pela resposta adaptativa otimizada para neutralizar a atividade da A3G, o que demonstra a plasticidade evolutiva do HIV-1 para se adaptar aos genes com função antiviral do hospedeiro. / APOBEC3G (A3G) has been described as a cellular factor that inhibits replication of HIV-1. During reverse transcription, A3G promotes deamination of cytidine to uracil in the minus strand viral DNA, inducing hypermutation of guanines to adenines in plus strand DNA. The HIV-1 counters this effect by the activity of the viral protein Vif, which counteracts A3G complexes through a mechanism of proteasome degradation. Although some single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been described occurring along the A3G gene, its effects on the progression of HIV-1 are unclear. This study attempted to establish, in the Brazilian population, the frequency of seven SNPs previous described and their impact on viral load and CD4 cell count, in association with the presence of hypermutation in the integrase gene. In addition, we analyzed the genetic diversity of the vif gene to establish its association with clinical status and polymorphisms of A3G. We analyzed 400 samples from drug naïve infected HIV-1 patients. SNPs were detected by resequencing. Bioinformatic tools for HIV-1 sequences analyses were used for studying the evolutionary process of gene vif. Hypermutation has been investigated using the dye-PEG Bisbenzimide in agarose gel electrophoresis. The gels were analyzed using Image J software and according to the position of the bands, when compared to controls, the samples were categorized. It was found that Brazilians and Europeans have similar genotype frequencies in the A3G gene. The analysis also revealed that the polymorphisms in most loci of A3G had no impact on viral load and CD4 + T cells counts. Analysis using agarose gels with HA-Yellow found that 36% of all samples ware hypermutated. Notably, the codons under epistasis influence in the vif gene were associated with levels of CD4 + T cells. The phylogenetic-based analysis revealed that A3G polymorphisms and hypermutation had insignificant impact in the rate of neutral mutation in vif gene. However, codons under positive selection were detected between the MKSLVK and YRHHY regions and within the BC-Box and the Cullin5-Box of vif gene. These regions are involved in the degradation of Vif-induced A3G complexes. In conclusion, we observed that the evolution of vif is partly explained by the optimized adaptive response to counteract A3G activity, which demonstrates evolutionary plasticity of HIV-1 to adapt to host genes with antiviral function. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-03T18:29:13Z No. of bitstreams: 1 Raimundo Coutinho Junior. Reatividade de Linfócitos T de indivíduos infectados pelo HIV-1 contra epitopos GAG e NEF de diferentes subtipos HIV-1. Dissertação Mestrado - CPqGM - 2008.pdf: 883674 bytes, checksum: e99dbac32085a623e129289408e7f7d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-03T18:29:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raimundo Coutinho Junior. Reatividade de Linfócitos T de indivíduos infectados pelo HIV-1 contra epitopos GAG e NEF de diferentes subtipos HIV-1. Dissertação Mestrado - CPqGM - 2008.pdf: 883674 bytes, checksum: e99dbac32085a623e129289408e7f7d6 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O Vírus da imunodeficiência humana é o agente causador da AIDS. Apesar de existir tratamento para a infecção do HIV-1, este não leva a cura dos pacientes. A identificação de epitopos de proteínas virais do HIV-1 reconhecidos por linfócitos T pode ser eficiente para o desenvolvimento de uma vacina. Neste trabalho foi avaliado o padrão da resposta imune de indivíduos infectados pelo HIV -1 frente às proteínas GAG e NEF de diferentes subtipos do HIV-1. Foi utilizado PBMC de pacientes infectados pelo HIV-1 sob o uso de terapia antiretroviral. Foram utilizados 23 pools de peptídeos do HIV-1 na concentração de 2μg/mL derivados dos subtipos brasileiros BBR, C, F e do isolado de referencia B (HXB2), em ensaio de ELISPOT. Todos os pacientes responderam a pelo menos um dos pools de peptídeos. Destes, 41% responderam para os pools de proteínas do isolado HXB2 e 49% para os pools de proteínas do subtipo brasileiro BBR, C e F. Isoladamente, as maiores freqüências de respondedores foram para os pools de proteínas do isolado HXB2 NEF 3 (68%) e HXB2 NEF 2 (63%). Da mesma forma, os pools de peptídeos das seqüências brasileiras BBR, C e F que apresentaram as maiores freqüências de respondedores foram NEF F (87%), NEF C (62%), GAG F1 (62%). A magnitude da resposta foi em média de 2174 SFCX106 PBMC para os pools do isolado HXB2 e de 1331 SFCX106 PBMC para os pools dos subtipos brasileiros. O pool que apresentou a maior magnitude da resposta foi GAG p24-1 do isolado HXB2 com 3290 SFCX106 PBMC. Estes resultados demonstram que os pacientes infectados pelo HIV-1 respondem aos pools de peptídeos das proteínas GAG e NEF do isolado HXB2 e dos subtipos brasileiros BBR, C e F. / The human immunodeficiency virus is the etiological agent of AIDS. The antiretroviral treatment is efficient, however the cure is not reach. The identification of T cell epitopes from HIV-1 proteins could be an efficient approach for development of an HIV-1 vaccine. In this work, we evaluated the immune responses of HIV-1 infected individuals to GAG and NEF HIV-1 proteins from different virus subtypes. Pools of peptides of proteins from Brazilians HIV-1 subtypes BBR, C, F sequences and from HIV-1 subtype B isolate (HXB2) were tested by ELISPOT assay. All tested pools were recognized. PBMC of 41% of patients recognized subtype HXB2 pools and 49% recognized the pools from Brazilians subtypes. The most frequently recognized pools were NEF3 (68%) and NEF2 (63%) from HXB2 isolated. The most frequently recognized pool from Brazilians subtypes were NEF F (87%), NEF C (62%), GAG F1 (62%). On average, the magnitude of responses to HXB2 isolate pools were 2174 SFCX106 PBMC and 1331 SFCX106 PBMC for Brazilians pools. The highest magnitude of response was directed to GAG p24-1 from HXB2 subtype with 3290 SFCX106 PBMC. These results indicated that peptides from NEF and GAG proteins from HXB2 isolated or Brazilians subtypes BBR, C and F sequences are recognized by HIV-1 infected patients and may have the potential for inclusion in a vaccine against HIV-1.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 840.pdf: 810675 bytes, checksum: d3525f79141d4c4b7c949d4be32026a0 (MD5) Previous issue date: 2005 / Cabo Verde é um arquipélago de 10 ilhas, situado a 445 Km da Costa Ocidental da África, politicamente estável e com uma população residente de 436.412 habitantes. A realização dos testes sorológicos para pesquisa de anticorpos anti-HIV-1 e 2 teve início em 1987, sendo diagnosticados no país os dois tipos virais circulantes (HIV-1 e HIV-2). Na expectativa de contribuir para o conhecimento da epidemia no país e na estruturação da rede de diagnóstico laboratorial do HIV, efetuamos um estudo descritivo, de natureza retrospectiva, com base nos dados disponíveis no laboratório de referência para diagnóstico de HIV em Cabo Verde. Foram preenchidas 1149 (Fichas de Investigação Individual Soro-Epidemiológica), sendo 993 pacientes com infecção pelo HIV e 156 pacientes com amostra indeterminada/inconclusiva. Observamos que, na população estudada, a epidemia vem crescendo em progressão linear, com padrão de transmissão predominantemente heterossexual, sendo as idades mais afetadas as que vão de 30 a 49 anos. Praia, o interior de Santiago e S. Vicente são as regiões em que se concentra o maior número de amostras positivas, sendo a maioria com Aids eselecida. Entre 1987 a 1991, os pacientes eram em sua maioria devido ao HIV-2 e com uma maior participação proporcional do sexo masculino. De 1992 a 1998, observa-se uma nítida inversão do predomínio do tipo viral, com participação proporcional similar em ambos sexos. De 1999 a 2002, predominam os pacientes com infecção pelo HIV-1, com uma contribuição progressivamente maior de mulheres. Quanto às amostras indeterminadas/inconclusivas, a reanálise efetuada concluiu que a maioria deve ser considerada simplesmente (inconclusiva). O número expressivo de amostras inconclusivas para a infecção para o HIV-1 e/ou com positividade para apenas uma das glicoproteínas de membrana específica do HIV-1 exige estudos mais aprofundados, capazes de esclarecer o quanto às evidências laboratoriais disponíveis correspondem, de fato, à distribuição dos tipos virais na dinâmica da epidemia em Cabo Verde.

Made available in DSpace on 2015-11-11T12:07:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 joanna_oliveira_ioc_dout_2012.pdf: 15696220 bytes, checksum: 6efb10fddae91e99a98db7885605ee11 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-05-21 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A coinfecção Leishmania/HIV vem sendo considerada uma associação em várias regiões do mundo e a evolução da doença é agravada pelo comprometimento imune causado por ambos os patógenos. A ativação crônica é um dos principais substratos imunopatogênicos decorrentes da infecção pelo HIV-1 e também pela Leishmania infatum. Neste contexto, este estudo teve por objetivo avaliar a influência da infecção por Leishmania no grau de comprometimento quantitativo e qualitativo dos linfócitos T e na ativação do sistema imune de pacientes coinfectados. Além disso, foram avaliados fatores microbianos associados à ativação celular na leishmaniose visceral (LV) e na coinfecção LV/HIV-1, bem como, o impacto da reconstituição imune pós-terapia antiretroviral (TARV) e do tratamento anti-Leishmania na recuperação da resposta imune celular na LV. Para isso, foram avaliados LV/HIV-1, sendo vinte e um casos com LV ativa e quatorze em fase de remissão pós-tratamento anti-leishmania. Sete casos fazem parte de um estudo longitudinal e ainda se encontram em acompanhamento até o momento Indivíduos com LV (fase ativa e de remissão), casos de HIV-1 e indivíduos sadios também foram estudados como controles. O comprometimento imune foi avaliado através das contagens absolutas de linfócitos T CD4 + , expressão de moléculas associadas à ativação celular (CD38) e à senescência/diferenciação replicativa (CD57 e CD27), bem como, pela caracterização das regiões variáveis da cadeia beta (V\03B2) do receptor de linfócitos T ex vivo e in vitro. Os fatores potencialmente associados à ativação celular também foram avaliados, entre eles: carga viral plasmática (CV), quantificação do parasitismo por Leishmania, níveis de lipopolissacarídeo (LPS), CD14 solúvel (sCD14), proteína intestinal ligadora de ácido graxo (IFABP) e o perfil de citocinas circulantes. Os pacientes LV/HIV-1 apresentaram contagens de linfócitos T CD4 + inferiores a 250 células/mm 3 , sem correlação com a CV e independente da fase clínica. Os maiores percentuais de linfócitos T CD8 + expressando CD38 foram observados nos pacientes coinfectados, comparados aos casos de HIV-1/AIDS e de LV apenas. Além disso, tais níveis permaneceram elevados apesar do uso de TARV e da menor carga parasitária pós-tratamento anti-leishmania. O acompanhamento prospectivo de um paciente LV/HIV-1 até longo tempo pós-tratamento para LV também mostrou a ausência de recuperação quantitativa e qualitativa da resposta imune celular, aliado à presença de lesões cutâneas concomitantes e episódio de reativação Altos níveis de LPS foram observados nos casos de LV apenas, os quais se correlacionaram com a ativação de células T, sCD14, IFABP e citocinas pró-inflamatórias, sugerindo que um produto bacteriano não associado à infecção por Leishmania e, de provável origem luminal, pode exercer um papel importante na imunopatogênese da LV. Os níveis de LPS também foram elevados na coinfecção LV/HIV-1 e embora não tenham sido superiores aos casos de HIV-1 apenas, se correlacionaram com o percentual de células T CD8 + ativadas e com o perfil de citocinas pró-inflamatórias. Consistente com o status de ativação celular e comprometimento imune, os pacientes LV/HIV-1 apresentaram níveis elevados de células senescentes e alterações no repertório do TCR, sem a mobilização diferencial de uma determinada família V\03B2 frente à coinfecção. Além disso, a análise prospectiva de cinco casos de LV/HIV-1 mostrou que o desfecho clínico da LV não pôde ser associado a um perfil de distribuição dos V\03B2 (mono/oligo/policlonal). Nossos resultados sugeriram que a associação LV/HIV-1 resulta num efeito sinérgico in vivo, no qual o grau de ativação celular e o perfil de citocinas liberadas podem estar diretamente relacionados à infecção por L. infantum e suas consequências imunopatogênicas, bem como à atividade estimulatória do LPS. Estudos prospectivos poderão auxiliar a validar o papel desses parâmetros imunológicos no prognóstico da associação Leishmania/HIV / Leishmania/HIV co-infection has been considered an association in many regions around the world and the outcome of this disease is aggravated by immune impairment caused by both pathogens. Chronic immune activation is a hallmark of HIV-1 and Leishmania infantum infection separately. In this context, our aim was to evaluate the influence of Leishmania infection in the degree of quantitative and qualitative impairment of T lymphocytes and in the cellular activation of co-infected patients. In addition, we also evaluated microbial products associated with cellular activation in visceral leishmaniasis (VL) and in VL/HIV co-infection, as well as, the impact of immune reconstitution after antiretroviral therapy (ART) and anti-leishmania treatment in the recovery of specific immune response to VL. For this purpose, VL/HIV-1 co-infected patients were evaluated: twenty one cases in the active phase of VL and fourteen in the remission. Among VL/HIV-1 patients, seven cases are part of a longitudinal study and they are still in follow up until this moment. Individuals with VL (active and remission), HIV-1 infection and healthy subjects were also investigated as controls. The immune impairment was evaluated by the absolute counts of CD4+ T cells, expression of molecules associated with cellular activation (CD38) and to replicative senescence/differentiation (CD57 and CD27), as well as, by the ex vivo and in vitro characterization of the variable regions of the beta chain (Vβ) of T cell receptor (TCR). Factors potentially associated with cellular activation were also assessed, such as: plasma viral load, Leishmania parasite load, lipopolyscharide levels (LPS), soluble CD14 (sCD14), intestinal fatty acid binding protein (IFABP) and the profile of plasma cytokines. VL/HIV-1 co-infected patients presented counts of CD4+ T cells lower than 250 cells/mm3, without correlation with viral load and independent of clinical phase of leishmaniasis. The highest percentages of CD8 T cells expressing CD38 were observed in co-infected patients, especially those with the visceral form of the disease, compared with HIV-1 and VL cases alone. Moreover, such high levels remained despite ART use and lower parasite load in the remission co-infected patients. The prospective analysis of one VL/HIV-1 patient until long term after anti-Leishmania treatment also showed the absence of quantitative and qualitative recovery of the cellular immune response, coupled with concomitant cutaneous lesions and reactivation episode. High levels of LPS were observed in VL cases alone, which correlated with T-cell activation, sCD14, IFABP and pro-inflammatory cytokines levels, suggesting that a bacterial molecule not associated with Leishmania infection, and probably from luminal origin may play an important role in the immunopathogenesis of VL. LPS levels were also elevated in VL/HIV-1 patients, and although no higher than HIV-1 cases, it were correlated with activated CD8+ T cells and with inflammatory cytokines. Consistent with the cellular activation state and immune impairment, co-infected patients presented high levels of senescent cells and alterations in the TCRVβ repertoire, without the differential mobilization of any Vβ for VL/HIV-1 co-infection. In addition, prospective analysis of five VL/HIV-1 cases showed the clinical outcome could not be associated with any Vβ profile (mono/oligo/polyclonal). Our results suggested that VL/HIV-1 association results in a synergistic effect in vivo, in which the degree of cellular activation and the profile of cytokines may be directly related to L.infantum infection and its immunopathogenic consequences, along with the stimulatory LPS activity. Prospective studies may help to validate the role of these immunologic parameters in the prognosis of Leishmania/HIV co-infection.